Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 3p gain 8 (12%) 58 0.2691 0.506 0.52927 0.743 0.4591 0.683 0.04488 0.186 0.95066 1 0.64834 0.834 0.51574 0.735 0.69213 0.846 0.66904 0.846 0.60316 0.795 3q gain 8 (12%) 58 0.271 0.508 0.52681 0.743 0.45767 0.683 0.04326 0.183 0.95256 1 0.64619 0.834 0.5135 0.735 0.69291 0.846 0.66904 0.846 0.60225 0.795 4p gain 24 (36%) 42 0.054929 0.209 1 1 0.34579 0.581 0.15228 0.37 4e-05 0.000787 4e-05 0.000787 0.76872 0.889 0.0091199 0.058 0.034911 0.157 0.01643 0.0927 4q gain 24 (36%) 42 0.055009 0.209 1 1 0.3427 0.579 0.1509 0.37 2e-05 0.00045 5.9999e-05 0.00105 0.7676 0.889 0.0092499 0.0583 0.034911 0.157 0.0173 0.0953 5p gain 8 (12%) 58 0.42355 0.658 0.68214 0.846 0.70883 0.859 0.1977 0.434 0.44756 0.676 0.44732 0.676 0.36229 0.596 0.060679 0.223 1 1 0.12737 0.34 5q gain 8 (12%) 58 0.42262 0.658 0.68129 0.846 0.71228 0.859 0.19575 0.434 0.44705 0.676 0.44597 0.676 0.36356 0.596 0.059669 0.221 1 1 0.12706 0.34 7p gain 24 (36%) 42 0.15148 0.37 1 1 0.097289 0.299 0.13892 0.353 0.01602 0.0917 0.061519 0.224 0.90105 0.974 0.11779 0.326 0.76563 0.889 0.10082 0.3 7q gain 24 (36%) 42 0.15134 0.37 1 1 0.097829 0.299 0.13605 0.35 0.01601 0.0917 0.060809 0.223 0.90095 0.974 0.11637 0.324 0.76563 0.889 0.10109 0.3 8p gain 17 (26%) 49 0.41148 0.649 0.41935 0.657 0.39059 0.623 0.13124 0.343 0.00351 0.0272 0.03114 0.145 0.46791 0.69 0.099139 0.299 1 1 0.02917 0.145 8q gain 18 (27%) 48 0.34146 0.579 0.37562 0.611 0.25549 0.497 0.072749 0.245 0.00109 0.0103 0.01041 0.0643 0.69587 0.846 0.087459 0.275 0.75145 0.889 0.04161 0.178 9p gain 10 (15%) 56 1 1 1 1 0.25795 0.497 0.23458 0.476 0.7237 0.859 0.81298 0.925 0.83311 0.927 0.59972 0.794 1 1 0.26414 0.502 9q gain 10 (15%) 56 1 1 1 1 0.25633 0.497 0.23494 0.476 0.72226 0.859 0.81294 0.925 0.832 0.927 0.60023 0.794 1 1 0.26117 0.499 10p gain 4 (6%) 62 0.43783 0.671 0.16012 0.379 1 1 0.55175 0.758 0.51245 0.735 0.20543 0.44 1 1 0.1669 0.388 1 1 0.45882 0.683 11p gain 15 (23%) 51 0.28175 0.52 0.68056 0.846 0.55984 0.763 0.087229 0.275 2e-05 0.00045 0.00036 0.0042 0.87207 0.959 0.0262 0.131 0.19654 0.434 0.078499 0.259 11q gain 15 (23%) 51 0.2813 0.52 0.6793 0.846 0.2118 0.446 0.087639 0.275 9.9999e-06 0.000286 2e-05 0.00045 0.61956 0.81 0.01892 0.1 0.19654 0.434 0.10327 0.303 12p gain 19 (29%) 47 0.47936 0.702 0.76416 0.889 0.83599 0.929 0.46659 0.69 0.078549 0.259 0.15731 0.379 1 1 0.066799 0.235 0.2129 0.446 0.15456 0.375 12q gain 20 (30%) 46 0.44461 0.676 0.59334 0.793 0.78699 0.905 0.41212 0.649 0.14679 0.364 0.082069 0.267 0.94307 1 0.03278 0.15 0.23522 0.476 0.13217 0.343 14q gain 21 (32%) 45 0.10804 0.307 0.82762 0.926 0.20143 0.439 0.29304 0.529 0.00070999 0.00733 0.00494 0.0362 0.42741 0.658 0.056469 0.212 0.031178 0.145 0.078079 0.259 15q gain 21 (32%) 45 0.10586 0.306 0.82711 0.926 0.20042 0.438 0.29262 0.529 0.00167 0.0142 0.063289 0.225 0.75421 0.889 0.21321 0.446 0.76221 0.889 0.47323 0.697 16p gain 21 (32%) 45 0.106 0.306 1 1 0.26631 0.504 0.36655 0.598 9.9999e-06 0.000286 6.9999e-05 0.00108 0.15854 0.379 0.0052299 0.0379 0.031178 0.145 0.0070499 0.0472 16q gain 21 (32%) 45 0.10643 0.306 1 1 0.26784 0.505 0.36366 0.596 2e-05 0.00045 0.00012 0.00172 0.16001 0.379 0.0053899 0.0386 0.031178 0.145 0.0069599 0.0472 18p gain 17 (26%) 49 0.52205 0.739 0.80724 0.924 0.76246 0.889 0.65685 0.84 0.00192 0.0159 0.0134 0.0796 0.93826 0.999 0.04824 0.196 0.34059 0.579 0.04811 0.196 18q gain 16 (24%) 50 0.64019 0.83 0.92688 0.993 0.93095 0.996 0.55258 0.758 0.00095999 0.0093 0.01898 0.1 0.82253 0.926 0.050939 0.202 0.11865 0.326 0.062919 0.225 19p gain 19 (29%) 47 0.48182 0.703 0.27391 0.512 0.13206 0.343 0.04379 0.184 0.02344 0.121 0.0090999 0.058 0.65993 0.842 0.03997 0.172 1 1 0.70753 0.859 19q gain 17 (26%) 49 0.51691 0.735 0.31155 0.55 0.20581 0.44 0.1288 0.34 0.00138 0.0124 0.00158 0.0139 0.41116 0.649 0.04635 0.191 1 1 0.65705 0.84 20p gain 20 (30%) 46 0.21359 0.446 0.59516 0.793 0.42662 0.658 0.13922 0.353 0.02939 0.145 0.03122 0.145 0.71021 0.859 0.03122 0.145 0.53518 0.748 0.18288 0.413 20q gain 21 (32%) 45 0.22838 0.47 0.38735 0.621 0.29049 0.529 0.10765 0.307 0.069869 0.241 0.0174 0.0953 0.67762 0.846 0.03602 0.161 0.76221 0.889 0.099499 0.299 21q gain 4 (6%) 62 0.43732 0.671 0.16167 0.38 0.55503 0.759 0.80885 0.924 0.51737 0.735 0.10577 0.306 0.679 0.846 0.16523 0.386 1 1 0.40985 0.649 22q gain 19 (29%) 47 0.90082 0.974 0.714 0.859 0.25684 0.497 0.24218 0.484 0.068689 0.239 0.36154 0.596 0.55203 0.758 0.02418 0.123 1 1 0.0089699 0.058 xp gain 7 (11%) 59 0.80973 0.924 0.31685 0.554 0.45958 0.683 0.30356 0.539 0.00159 0.0139 0.052809 0.203 0.15747 0.379 0.10914 0.308 0.3805 0.613 0.12281 0.335 xq gain 6 (9%) 60 1 1 0.72153 0.859 0.48157 0.703 0.29112 0.529 0.0072599 0.0481 0.12122 0.332 0.26471 0.502 0.11862 0.326 0.14179 0.353 0.070579 0.242 1p loss 53 (80%) 13 0.67055 0.846 5e-05 0.000955 0.72326 0.859 0.59452 0.793 0.00046 0.00508 0.00026 0.00321 0.16371 0.383 0.00121 0.011 0.17642 0.403 0.0037 0.0277 1q loss 52 (79%) 14 0.47523 0.698 9.9999e-06 0.000286 0.28202 0.52 0.40516 0.645 6.9999e-05 0.00108 4e-05 0.000787 0.22941 0.471 0.00051999 0.00565 0.17642 0.403 0.00422 0.0313 2p loss 46 (70%) 20 0.087649 0.275 9.9999e-06 0.000286 0.12843 0.34 0.50883 0.735 9.9999e-06 0.000286 9.9999e-06 0.000286 0.081549 0.266 2e-05 0.00045 0.030584 0.145 0.00062999 0.00673 2q loss 46 (70%) 20 0.087049 0.275 9.9999e-06 0.000286 0.12634 0.34 0.51068 0.735 9.9999e-06 0.000286 9.9999e-06 0.000286 0.083769 0.27 2e-05 0.00045 0.030584 0.145 0.00065999 0.00693 3p loss 9 (14%) 57 0.0362 0.161 0.89409 0.974 0.81747 0.926 0.16938 0.392 0.063159 0.225 0.00278 0.0222 0.90401 0.974 0.20272 0.439 0.3805 0.613 0.84623 0.939 3q loss 8 (12%) 58 0.02029 0.106 0.36423 0.596 0.89499 0.974 0.3867 0.621 0.02578 0.13 0.00164 0.0142 0.57261 0.775 0.18235 0.413 0.14179 0.353 0.68745 0.846 5p loss 10 (15%) 56 0.098159 0.299 0.25266 0.497 1 1 0.82091 0.926 0.00083999 0.00827 0.01884 0.1 0.42516 0.658 0.01367 0.0805 0.45109 0.677 0.3425 0.579 5q loss 10 (15%) 56 0.099559 0.299 0.25462 0.497 1 1 0.82122 0.926 0.00079999 0.00813 0.01888 0.1 0.42747 0.658 0.01509 0.088 0.45109 0.677 0.3435 0.579 6p loss 51 (77%) 15 0.33183 0.571 0.00012 0.00172 0.16074 0.379 0.10332 0.303 6.9999e-05 0.00108 9.9999e-06 0.000286 0.34892 0.585 0.0011 0.0103 0.17642 0.403 0.00024 0.00315 6q loss 51 (77%) 15 0.32988 0.569 2e-04 0.00274 0.15893 0.379 0.10232 0.303 6.9999e-05 0.00108 9.9999e-06 0.000286 0.35214 0.587 0.00112 0.0104 0.17642 0.403 0.00023 0.00308 8p loss 9 (14%) 57 9.9999e-06 0.000286 0.084029 0.27 0.01062 0.065 0.0076799 0.0504 0.052819 0.203 0.03945 0.171 0.1481 0.366 0.46406 0.688 0.14179 0.353 0.32157 0.558 8q loss 8 (12%) 58 9.9999e-06 0.000286 0.04477 0.186 0.03217 0.148 0.01938 0.102 0.13411 0.346 0.073169 0.245 0.29068 0.529 0.52739 0.743 0.14179 0.353 0.31934 0.556 9p loss 10 (15%) 56 1 1 0.90201 0.974 0.51407 0.735 0.55205 0.758 0.064329 0.228 0.01648 0.0927 0.90986 0.977 0.60528 0.796 0.69505 0.846 0.89076 0.974 9q loss 10 (15%) 56 1 1 0.90374 0.974 0.51112 0.735 0.55476 0.759 0.063139 0.225 0.01708 0.0952 0.91024 0.977 0.6002 0.794 0.69505 0.846 0.89128 0.974 10p loss 48 (73%) 18 0.34252 0.579 0.00031 0.00368 0.089079 0.278 0.10701 0.306 5.9999e-05 0.00105 9.9999e-06 0.000286 0.27468 0.512 0.00016 0.00224 0.75898 0.889 0.01094 0.0663 10q loss 49 (74%) 17 0.24878 0.494 0.00025 0.00315 0.1772 0.403 0.23608 0.476 4e-05 0.000787 9.9999e-06 0.000286 0.22693 0.469 0.00025 0.00315 0.53841 0.749 0.00301 0.0237 11p loss 7 (11%) 59 0.62722 0.816 0.57411 0.775 0.52939 0.743 0.25309 0.497 0.11016 0.31 0.31732 0.554 0.20213 0.439 0.9372 0.999 0.3805 0.613 0.57528 0.775 11q loss 7 (11%) 59 0.62877 0.817 0.57193 0.775 0.53258 0.746 0.25286 0.497 0.11183 0.313 0.31712 0.554 0.20546 0.44 0.93831 0.999 0.3805 0.613 0.57606 0.775 13q loss 43 (65%) 23 0.25984 0.498 0.00046 0.00508 0.29684 0.533 0.052039 0.202 0.00358 0.0272 5.9999e-05 0.00105 0.85098 0.941 0.1972 0.434 0.54105 0.751 0.0056199 0.0393 16p loss 4 (6%) 62 0.68399 0.846 0.51767 0.735 0.67503 0.846 0.33949 0.579 0.0241 0.123 0.03674 0.162 0.67892 0.846 0.089529 0.278 0.2864 0.525 0.98458 1 16q loss 5 (8%) 61 0.72044 0.859 0.39013 0.623 0.85147 0.941 0.22492 0.466 0.0055699 0.0393 0.0069799 0.0472 0.42712 0.658 0.050019 0.199 0.072436 0.245 0.68974 0.846 17p loss 50 (76%) 16 0.30274 0.539 9.9999e-06 0.000286 0.1394 0.353 0.067329 0.236 9.9999e-06 0.000286 9.9999e-06 0.000286 0.051419 0.202 7.9999e-05 0.0012 0.049144 0.197 0.0019 0.0159 17q loss 50 (76%) 16 0.29994 0.535 9.9999e-06 0.000286 0.14047 0.353 0.068939 0.239 9.9999e-06 0.000286 9.9999e-06 0.000286 0.051899 0.202 6.9999e-05 0.00108 0.049144 0.197 0.00214 0.0175 18p loss 8 (12%) 58 0.67743 0.846 0.096869 0.299 0.35196 0.587 0.26004 0.498 0.31468 0.554 0.2115 0.446 0.7163 0.859 0.95006 1 0.66904 0.846 0.77025 0.889 18q loss 10 (15%) 56 0.62227 0.812 0.080249 0.263 0.25703 0.497 0.23627 0.476 0.44631 0.676 0.27896 0.518 0.57394 0.775 0.86304 0.952 0.69505 0.846 0.5141 0.735 19q loss 3 (5%) 63 0.64563 0.834 0.7654 0.889 0.61312 0.804 0.31022 0.549 0.76747 0.889 0.82396 0.926 0.51407 0.735 0.86482 0.953 1 1 0.81961 0.926 20p loss 4 (6%) 62 0.29987 0.535 0.80615 0.924 0.36453 0.596 0.33717 0.579 0.20445 0.44 0.21245 0.446 0.45068 0.677 0.65465 0.84 0.2864 0.525 0.54962 0.758 20q loss 3 (5%) 63 1 1 0.41931 0.657 0.61413 0.804 0.59167 0.793 0.22486 0.466 0.058679 0.219 0.29404 0.529 0.8254 0.926 0.056025 0.211 0.71628 0.859 21q loss 35 (53%) 31 0.77542 0.893 0.01007 0.0628 0.12559 0.34 0.1888 0.425 0.25044 0.496 0.19621 0.434 1 1 0.12873 0.34 1 1 0.04337 0.183 22q loss 8 (12%) 58 0.82912 0.926 0.13237 0.343 0.87913 0.965 1 1 0.24734 0.493 0.23355 0.476 0.89774 0.974 0.21381 0.446 0.68742 0.846 0.35379 0.588 xp loss 38 (58%) 28 0.12867 0.34 0.00277 0.0222 0.69048 0.846 0.71946 0.859 0.00029 0.00351 0.00045 0.00508 0.18963 0.425 9.9999e-06 0.000286 0.23926 0.48 0.01245 0.0747 xq loss 39 (59%) 27 0.59563 0.793 0.072019 0.245 0.64718 0.834 0.53815 0.749 0.0067399 0.0467 0.00358 0.0272 0.3262 0.565 0.00081999 0.0082 0.77013 0.889 0.03701 0.162