Clinical Features MRNA_CNMF MRNA_CHIERARCHICAL CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nMutated (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q FAM18B2 35 (5%) 628 0.00232 0.0194 0.01912 0.0928 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 0.78642 1 0.10144 0.321 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 TP53 35 (5%) 628 NA NA NA NA 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 0.93471 1 0.01272 0.0707 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 PTEN 26 (4%) 637 0.61632 0.991 0.91963 1 0.053199 0.204 0.42369 0.801 0.39713 0.77 0.28955 0.643 0.01714 0.0868 0.0055699 0.0368 0.34172 0.699 0.052499 0.203 0.01869 0.092 0.00265 0.0213 KDM5C 28 (4%) 635 NA NA NA NA 0.068789 0.248 0.01913 0.0928 0.32929 0.683 0.30319 0.658 0.03157 0.139 0.0089999 0.0525 0.00123 0.0126 0.0067799 0.0425 0.81107 1 0.66935 1 SETD2 56 (8%) 607 0.53959 0.92 0.57972 0.951 0.065349 0.242 0.01354 0.0729 0.47961 0.855 0.37115 0.729 0.14405 0.388 5e-05 0.000795 0.32639 0.683 0.11422 0.335 0.04624 0.186 0.075569 0.266 PBRM1 138 (21%) 525 0.00374 0.0277 0.0022 0.0188 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 0.0349 0.149 0.00195 0.0175 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 NEFH 16 (2%) 647 NA NA NA NA 0.12413 0.358 0.02208 0.103 0.062289 0.233 0.28688 0.639 0.0039 0.0284 0.0087599 0.0521 0.056159 0.215 0.0088599 0.0522 0.21033 0.517 0.14846 0.391 VHL 195 (29%) 468 0.00148 0.0143 0.002 0.0178 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 0.04139 0.171 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 MET 19 (3%) 644 NA NA NA NA 0.0090599 0.0525 9.9999e-06 0.000175 0.04655 0.186 0.69298 1 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 3e-05 5e-04 9.9999e-06 0.000175 0.00094999 0.0104 0.00013 0.00198 HNRNPM 12 (2%) 651 NA NA NA NA 0.0273 0.124 0.00144 0.0141 0.42235 0.8 0.36645 0.728 0.00082999 0.00946 0.00183 0.0174 0.00104 0.0111 9.9999e-05 0.00155 0.03309 0.143 0.03098 0.138 NF2 16 (2%) 647 NA NA NA NA 0.077529 0.272 0.10979 0.329 0.8999 1 0.16661 0.433 0.0033 0.0248 3e-04 0.00419 0.072059 0.257 0.00031 0.00424 0.00242 0.0199 0.0187 0.092 TDG 5 (1%) 658 NA NA NA NA 0.03298 0.143 0.03647 0.154 0.87778 1 0.64596 1 0.0365 0.154 0.11354 0.335 0.1224 0.355 0.051889 0.203 0.10355 0.325 0.061059 0.231 MUC5B 32 (5%) 631 NA NA NA NA 0.00408 0.0294 4e-05 0.000651 0.56487 0.946 0.02962 0.134 0.00015 0.00223 2e-05 0.000342 9.9999e-06 0.000175 9.9999e-06 0.000175 0.03965 0.166 0.0069699 0.0431 ZNF814 13 (2%) 650 NA NA NA NA 0.0074499 0.0455 0.0064399 0.0408 0.64589 1 0.78736 1 0.00189 0.0175 0.01517 0.0795 0.01087 0.0609 0.00144 0.0141 0.44761 0.824 0.3613 0.723 CSGALNACT2 8 (1%) 655 NA NA NA NA 0.00377 0.0277 0.24651 0.575 0.52067 0.904 0.38932 0.759 0.01053 0.06 0.04958 0.196 0.0403 0.168 0.01011 0.0581 0.087139 0.294 0.22207 0.537 GPR50 5 (1%) 658 NA NA NA NA 1 1 0.61758 0.991 0.01939 0.0934 0.30962 0.666 0.42245 0.8 0.56763 0.946 0.85556 1 0.62565 0.991 NA NA NA NA STAG2 14 (2%) 649 NA NA NA NA 1 1 0.85637 1 0.54451 0.924 0.12929 0.36 0.56547 0.946 0.0069899 0.0431 0.20173 0.5 0.1366 0.375 0.12866 0.36 0.22923 0.548 NFE2L2 10 (2%) 653 NA NA NA NA 0.52692 0.908 0.10863 0.329 0.60515 0.98 0.16904 0.438 0.0474 0.188 0.13784 0.377 0.49999 0.875 0.29079 0.644 0.29622 0.647 0.10147 0.321 KDELR3 6 (1%) 657 NA NA NA NA 1 1 0.1996 0.496 0.50871 0.888 0.49511 0.868 0.071079 0.255 0.29503 0.647 0.86922 1 0.23681 0.557 0.11157 0.332 0.28465 0.636 ATM 16 (2%) 647 NA NA NA NA 0.56614 0.946 0.45767 0.828 0.91303 1 0.98763 1 0.24958 0.578 0.23514 0.557 0.33129 0.685 0.088459 0.295 0.75756 1 0.54267 0.923 MTOR 32 (5%) 631 NA NA NA NA 0.00061999 0.00731 0.0084699 0.0513 0.01688 0.0868 0.02168 0.102 0.14233 0.386 0.089039 0.296 0.00116 0.012 0.00441 0.0305 0.40109 0.773 0.073749 0.261 EGFR 6 (1%) 657 NA NA NA NA 0.29596 0.647 0.42786 0.806 0.77297 1 0.87625 1 0.34987 0.706 0.72435 1 0.24998 0.578 1 1 NA NA NA NA SLC6A14 5 (1%) 658 NA NA NA NA 0.8559 1 0.099599 0.318 0.87845 1 0.17521 0.447 0.7557 1 0.57099 0.946 0.52552 0.908 0.10729 0.329 0.10947 0.329 0.14178 0.386 PIK3CA 12 (2%) 651 NA NA NA NA 0.19434 0.487 0.78403 1 0.89202 1 0.6053 0.98 0.21487 0.521 0.33968 0.699 0.65105 1 0.6857 1 NA NA NA NA EMG1 4 (1%) 659 0.00419 0.0299 0.0044 0.0305 0.068439 0.248 NA NA NA NA NA NA 0.01863 0.092 0.00306 0.0235 0.82148 1 0.00488 0.033 NA NA NA NA RIMBP3 5 (1%) 658 NA NA NA NA 0.44696 0.824 0.17389 0.447 0.48957 0.862 0.75095 1 0.62431 0.991 0.01612 0.0835 0.44927 0.824 0.43063 0.809 NA NA NA NA RAI1 7 (1%) 656 NA NA NA NA 0.10222 0.322 0.7431 1 0.56956 0.946 0.88372 1 0.90789 1 0.34664 0.704 1 1 0.41579 0.797 0.10972 0.329 0.28388 0.636 FAM160B2 4 (1%) 659 NA NA NA NA 0.84046 1 1 1 0.75133 1 0.70212 1 0.9054 1 0.83347 1 0.45231 0.824 0.74383 1 NA NA NA NA ZNF598 11 (2%) 652 NA NA NA NA 0.03137 0.139 0.00194 0.0175 0.57967 0.951 0.48621 0.859 0.00213 0.0184 0.0011 0.0116 0.00131 0.0132 0.00023 0.00328 0.087279 0.294 0.00063999 0.00742 KDM6A 10 (2%) 653 NA NA NA NA 0.097679 0.315 0.0051599 0.0346 0.22868 0.548 0.29516 0.647 0.00466 0.0319 0.0055999 0.0368 0.0057399 0.0374 0.00227 0.0192 0.32885 0.683 0.1942 0.487 DPCR1 8 (1%) 655 NA NA NA NA 1 1 0.79877 1 0.65096 1 0.96674 1 0.83039 1 0.89269 1 1 1 0.565 0.946 NA NA NA NA CYP4F11 5 (1%) 658 NA NA NA NA 0.44858 0.824 0.78592 1 0.41435 0.796 0.067379 0.246 0.37032 0.729 0.8463 1 0.2491 0.578 1 1 NA NA NA NA STAM 6 (1%) 657 NA NA NA NA 1 1 0.01295 0.0708 0.34249 0.699 0.12936 0.36 0.3685 0.728 0.12542 0.36 0.32357 0.683 0.23567 0.557 0.00298 0.0232 0.056979 0.217 NUDT11 5 (1%) 658 NA NA NA NA 0.16325 0.428 0.71768 1 0.57393 0.948 0.90959 1 0.9304 1 0.7113 1 0.85365 1 1 1 NA NA NA NA PARD6B 5 (1%) 658 NA NA NA NA 0.32241 0.683 0.12809 0.36 0.04218 0.172 0.061819 0.232 0.14562 0.388 0.096319 0.312 0.45305 0.824 0.22494 0.542 0.53101 0.913 0.45057 0.824 RHEB 3 (0%) 660 NA NA NA NA 0.78465 1 NA NA 0.36743 0.728 0.25346 0.582 1 1 0.47365 0.848 0.166 0.433 1 1 0.43794 0.816 0.91563 1 SLC16A1 3 (0%) 660 NA NA NA NA 1 1 1 1 0.04221 0.172 0.01368 0.0731 1 1 0.95534 1 0.79936 1 1 1 NA NA NA NA SKI 9 (1%) 654 NA NA NA NA 0.00095999 0.0104 0.12615 0.36 0.6259 0.991 0.35788 0.718 0.00018 0.00262 0.00247 0.0201 0.00054999 0.00672 0.00297 0.0232 0.02287 0.106 0.082769 0.286 THBS1 10 (2%) 653 NA NA NA NA 0.48571 0.859 0.34809 0.704 0.41689 0.797 0.30394 0.658 0.25244 0.581 0.1439 0.388 0.71741 1 0.57092 0.946 0.6217 0.991 0.8593 1 SH3BP2 4 (1%) 659 NA NA NA NA 0.068609 0.248 0.2777 0.627 0.90092 1 0.46503 0.835 0.11214 0.332 0.091569 0.303 0.21303 0.519 0.12837 0.36 NA NA NA NA NASP 4 (1%) 659 NA NA NA NA 0.31816 0.678 0.067069 0.246 0.34341 0.699 0.305 0.658 0.04097 0.17 0.14629 0.388 0.21312 0.519 0.04982 0.196 0.086849 0.294 0.1336 0.368 FAT1 21 (3%) 642 NA NA NA NA 0.10967 0.329 0.03065 0.138 0.96348 1 0.1884 0.476 0.00038 0.005 4e-04 0.00516 0.01408 0.0747 0.00061999 0.00731 0.23112 0.551 0.064319 0.239 CACNA1C 17 (3%) 646 1 1 1 1 0.52477 0.908 0.62761 0.991 0.58278 0.954 0.43174 0.809 0.49043 0.862 0.76526 1 0.53607 0.917 0.5333 0.914 0.45244 0.824 0.60451 0.98 PCK1 5 (1%) 658 NA NA NA NA 1 1 NA NA 0.60614 0.98 0.92462 1 0.86839 1 0.60904 0.983 0.31376 0.673 1 1 NA NA NA NA TPPP 3 (0%) 660 NA NA NA NA 1 1 0.17458 0.447 1 1 0.3681 0.728 0.5137 0.894 0.19614 0.49 1 1 0.45731 0.828 NA NA NA NA MLL3 38 (6%) 625 0.77466 1 0.62472 0.991 0.02334 0.108 0.01075 0.0608 0.26528 0.605 0.66239 1 0.02574 0.118 0.02158 0.102 0.00439 0.0305 0.00087999 0.00987 0.21233 0.519 0.59446 0.97 PAM 4 (1%) 659 NA NA NA NA 0.01998 0.0956 0.0058099 0.0375 0.1454 0.388 0.10868 0.329 0.00278 0.0221 0.01293 0.0708 0.01305 0.0708 0.01523 0.0795 NA NA NA NA GAPDHS 5 (1%) 658 NA NA NA NA 0.64258 1 0.26097 0.597 0.4624 0.832 1 1 0.14668 0.388 0.01789 0.09 0.12028 0.35 0.1074 0.329 NA NA NA NA TMCO3 7 (1%) 656 NA NA NA NA 0.078459 0.274 0.27314 0.621 0.18307 0.464 0.94522 1 0.8674 1 0.085159 0.293 0.34189 0.699 0.6238 0.991 NA NA NA NA RPL7A 3 (0%) 660 NA NA NA NA 1 1 0.098569 0.317 1 1 0.13342 0.368 0.087129 0.294 0.093349 0.306 0.23676 0.557 0.03204 0.14 NA NA NA NA ARHGAP35 7 (1%) 656 NA NA NA NA 0.63795 1 0.30212 0.658 0.76095 1 0.84757 1 1 1 0.65729 1 0.11025 0.329 1 1 NA NA NA NA AHNAK2 33 (5%) 630 0.17751 0.451 0.052329 0.203 0.56061 0.946 0.03328 0.143 0.88907 1 0.40077 0.773 0.0061699 0.0394 0.00044 0.00557 0.0171 0.0868 0.0087299 0.0521 0.68087 1 0.35704 0.718 JMJD1C 10 (2%) 653 NA NA NA NA 0.8551 1 0.43366 0.81 0.082569 0.286 0.31623 0.676 0.11719 0.343 0.86755 1 0.1701 0.439 1 1 0.3267 0.683 0.48069 0.855 TTLL6 6 (1%) 657 NA NA NA NA 1 1 0.093449 0.306 0.57487 0.948 0.55682 0.943 0.096119 0.312 0.39471 0.767 0.76872 1 0.10666 0.329 0.27904 0.628 0.83607 1 AMAC1L3 8 (1%) 655 NA NA NA NA 0.48128 0.855 0.00314 0.0239 0.087889 0.295 0.00206 0.0181 0.00195 0.0175 0.00051999 0.00647 0.24206 0.567 0.00038 0.005 0.32575 0.683 0.32959 0.683 TRAPPC9 5 (1%) 658 NA NA NA NA 0.85432 1 0.12861 0.36 0.37966 0.744 0.92479 1 0.14703 0.388 0.32752 0.683 0.45261 0.824 0.1089 0.329 NA NA NA NA MED16 4 (1%) 659 NA NA NA NA 0.46005 0.83 0.42112 0.8 1 1 0.2034 0.502 0.90698 1 0.04608 0.186 0.82041 1 0.12721 0.36 0.38372 0.75 0.27737 0.627