Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 9 (3%) 279 4e-05 0.000255 2e-05 0.000135 0.070589 0.131 0.02862 0.0638 0.00352 0.0114 0.0033 0.0108 0.48123 0.594 0.10495 0.178 0.053929 0.104 0.0059099 0.017 1q gain 17 (6%) 271 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.60384 0.707 0.04907 0.0968 5.9999e-05 0.000347 8.9999e-05 0.000497 0.34147 0.457 0.0094299 0.0251 0.0064799 0.0182 0.00049 0.00213 2p gain 42 (15%) 246 9.9999e-06 7.25e-05 0.0069499 0.0193 0.94058 0.987 0.11975 0.199 0.13411 0.219 0.9013 0.954 0.25433 0.363 0.14717 0.239 0.78093 0.863 0.1987 0.302 2q gain 47 (16%) 241 9.9999e-06 7.25e-05 0.0074399 0.0203 1 1 0.03284 0.0706 0.60348 0.707 0.73791 0.828 0.2504 0.359 0.10887 0.184 0.40882 0.524 0.27584 0.386 3p gain 74 (26%) 214 9.9999e-06 7.25e-05 0.0017 0.00632 0.21025 0.313 0.00011 0.000586 9.9999e-06 7.25e-05 0.0019 0.00696 0.073229 0.134 0.00085999 0.00354 0.086749 0.155 0.00094999 0.00384 3q gain 94 (33%) 194 9.9999e-06 7.25e-05 0.00469 0.0142 0.26273 0.372 0.00429 0.0133 9.9999e-06 7.25e-05 0.00356 0.0115 0.01511 0.0368 0.00073999 0.00311 0.50819 0.622 0.00448 0.0139 4p gain 10 (3%) 278 0.24114 0.347 0.81232 0.891 0.8929 0.948 0.43516 0.551 0.32588 0.44 0.68355 0.782 0.673 0.773 0.84779 0.919 0.8376 0.91 0.9447 0.989 4q gain 9 (3%) 279 0.51723 0.63 0.813 0.891 0.89321 0.948 0.43528 0.551 0.52973 0.641 0.73939 0.828 0.40248 0.52 0.69041 0.784 0.49453 0.607 1 1 5p gain 33 (11%) 255 9.9999e-06 7.25e-05 0.0068499 0.0191 0.76167 0.848 0.8433 0.915 0.0184 0.0434 0.00017 0.00085 0.5885 0.695 0.21098 0.314 0.33127 0.447 0.1177 0.196 5q gain 31 (11%) 257 9.9999e-06 7.25e-05 0.00112 0.00439 0.53754 0.647 0.77861 0.862 0.0056399 0.0163 5e-05 0.000301 0.38086 0.5 0.26269 0.372 0.4704 0.585 0.25405 0.363 6p gain 10 (3%) 278 0.049 0.0968 0.00363 0.0116 0.16287 0.258 0.13356 0.219 0.00156 0.00592 0.062419 0.118 0.16158 0.257 0.04001 0.0832 0.10386 0.177 0.04031 0.0836 6q gain 8 (3%) 280 0.02252 0.0511 0.0017 0.00632 0.62679 0.729 0.1746 0.273 0.01232 0.0308 0.13189 0.216 0.21994 0.323 0.1611 0.257 0.12792 0.21 0.061799 0.117 7p gain 172 (60%) 116 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.0064599 0.0182 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.04255 0.087 0.00016 0.000805 0.00015 0.000766 9.9999e-06 7.25e-05 7q gain 173 (60%) 115 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.01183 0.0302 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.057509 0.109 0.00019 0.000937 0.00028 0.00134 9.9999e-06 7.25e-05 8p gain 20 (7%) 268 0.74587 0.834 0.0105 0.0274 0.16693 0.264 0.56043 0.669 0.099779 0.171 0.080309 0.145 0.35935 0.476 0.32458 0.439 0.40821 0.524 0.37894 0.499 8q gain 25 (9%) 263 0.12595 0.208 8.9999e-05 0.000497 0.27919 0.39 0.44946 0.565 0.01277 0.0318 0.04411 0.0892 0.10737 0.182 0.066779 0.124 0.04355 0.0885 0.097099 0.169 9p gain 3 (1%) 285 0.87495 0.939 NA NA NA NA NA NA 0.099309 0.171 0.03635 0.0765 0.29059 0.403 0.48014 0.593 0.30104 0.416 0.01162 0.0298 10p gain 9 (3%) 279 0.00098999 0.00398 0.03338 0.0714 1 1 0.03419 0.0729 0.092289 0.163 0.35719 0.474 0.22042 0.323 0.62821 0.729 0.89393 0.948 0.18543 0.286 10q gain 9 (3%) 279 0.00108 0.00425 0.03227 0.0702 1 1 0.03275 0.0706 0.091989 0.163 0.35728 0.474 0.22384 0.327 0.62496 0.728 0.89247 0.948 0.1863 0.286 11p gain 11 (4%) 277 0.00038 0.00168 0.01996 0.0462 0.57514 0.683 0.01704 0.0409 0.18657 0.286 0.00029 0.00138 1 1 1 1 0.81982 0.896 0.17744 0.276 11q gain 10 (3%) 278 9.9999e-06 7.25e-05 0.00343 0.0111 0.34857 0.465 0.01712 0.041 0.02184 0.05 0.00385 0.0122 0.91986 0.968 0.91877 0.968 0.81879 0.896 0.17695 0.276 12p gain 112 (39%) 176 0.0055699 0.0162 0.29865 0.413 0.02949 0.0651 0.078929 0.143 2e-04 0.000974 0.11666 0.194 0.21527 0.317 0.050949 0.1 0.67497 0.774 0.093639 0.164 12q gain 112 (39%) 176 0.0051999 0.0153 0.30171 0.416 0.02817 0.063 0.080209 0.145 0.00023 0.00111 0.11532 0.193 0.215 0.317 0.051949 0.102 0.67652 0.775 0.093099 0.164 13q gain 28 (10%) 260 0.22464 0.327 0.96602 1 0.87736 0.939 0.68945 0.784 0.18482 0.286 0.77403 0.86 0.82366 0.899 0.55212 0.661 0.3468 0.463 0.31173 0.426 14q gain 3 (1%) 285 0.24142 0.347 0.01747 0.0416 0.01756 0.0416 0.40697 0.524 0.49229 0.605 0.03573 0.0758 1 1 0.47942 0.593 0.30311 0.417 0.01201 0.0304 15q gain 5 (2%) 283 0.00031 0.00142 0.01992 0.0462 0.31058 0.425 0.20484 0.307 0.22065 0.323 0.26316 0.372 0.52697 0.639 0.23094 0.334 NA NA NA NA 16p gain 153 (53%) 135 9.9999e-06 7.25e-05 0.01216 0.0306 0.91092 0.963 0.00063999 0.00274 9.9999e-06 7.25e-05 3e-05 0.000195 0.00106 0.00423 2e-05 0.000135 0.0083399 0.0224 2e-05 0.000135 16q gain 148 (51%) 140 9.9999e-06 7.25e-05 0.0062599 0.0179 0.95335 0.992 0.00194 0.00707 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-05 0.000544 5e-05 0.000301 9.9999e-06 7.25e-05 0.00218 0.00775 9.9999e-06 7.25e-05 17p gain 174 (60%) 114 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 5.9999e-05 0.000347 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.00283 0.00965 0.00031 0.00142 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 17q gain 191 (66%) 97 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.00088999 0.00364 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.03203 0.0699 0.00118 0.00457 0.00031 0.00142 2e-05 0.000135 18p gain 12 (4%) 276 0.00285 0.00967 0.20399 0.307 0.47063 0.585 0.79292 0.873 0.55517 0.664 0.48628 0.599 0.16774 0.265 0.57094 0.679 0.46477 0.58 0.76121 0.848 18q gain 9 (3%) 279 0.0027 0.00925 0.092869 0.164 0.26347 0.372 0.5929 0.696 0.57917 0.687 0.16261 0.258 0.40486 0.522 0.20793 0.311 0.32422 0.439 0.39471 0.511 19p gain 4 (1%) 284 0.0016 0.00601 0.69004 0.784 0.30996 0.425 0.38326 0.5 0.04557 0.0911 0.04096 0.0845 1 1 1 1 1 1 0.31642 0.43 19q gain 4 (1%) 284 0.0016 0.00601 0.69116 0.784 0.31033 0.425 0.38251 0.5 0.0453 0.0908 0.04101 0.0845 1 1 1 1 1 1 0.31441 0.428 20p gain 99 (34%) 189 3e-05 0.000195 0.02002 0.0462 0.02519 0.0565 0.00223 0.00786 0.00452 0.0139 0.02228 0.0507 0.03276 0.0706 0.00309 0.0102 0.18578 0.286 0.093389 0.164 20q gain 101 (35%) 187 0.00015 0.000766 0.02107 0.0484 0.072299 0.133 0.0079399 0.0215 0.01062 0.0276 0.04956 0.0975 0.04401 0.0892 0.0050299 0.0149 0.34106 0.457 0.054939 0.106 21q gain 19 (7%) 269 0.51465 0.628 0.15132 0.244 0.60662 0.709 0.51656 0.63 0.11014 0.185 0.94917 0.99 0.2139 0.317 0.085019 0.152 0.50779 0.622 0.083629 0.151 22q gain 5 (2%) 283 0.0087099 0.0234 0.72733 0.819 1 1 0.88332 0.943 0.86176 0.928 0.71644 0.81 0.52962 0.641 0.39097 0.508 0.86852 0.934 1 1 xp gain 87 (30%) 201 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.16027 0.256 0.00296 0.00991 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.0097799 0.0258 5.9999e-05 0.000347 0.0019 0.00696 0.0039 0.0123 xq gain 91 (32%) 197 9.9999e-06 7.25e-05 2e-05 0.000135 0.15783 0.253 0.0099799 0.0261 9.9999e-06 7.25e-05 3e-05 0.000195 0.01163 0.0298 0.00034 0.00153 0.0095299 0.0253 0.01743 0.0416 1p loss 30 (10%) 258 9.9999e-06 7.25e-05 0.0313 0.0687 0.89095 0.948 0.63247 0.732 6.9999e-05 0.000398 0.00083999 0.00347 0.2752 0.386 0.063559 0.119 0.83782 0.91 0.12492 0.206 1q loss 21 (7%) 267 0.00026 0.00125 0.72913 0.82 0.84933 0.919 0.37849 0.499 0.055949 0.107 0.0081399 0.022 0.20055 0.303 0.01298 0.032 0.5674 0.676 0.21569 0.317 2p loss 5 (2%) 283 0.27507 0.386 0.0099199 0.026 0.01704 0.0409 0.20813 0.311 0.01622 0.0392 0.074739 0.137 0.28048 0.391 0.73995 0.828 NA NA NA NA 2q loss 3 (1%) 285 0.66103 0.762 0.10515 0.178 NA NA NA NA 0.099979 0.171 0.03609 0.0763 0.77755 0.862 1 1 NA NA NA NA 3p loss 22 (8%) 266 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.15861 0.254 0.03194 0.0699 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.27289 0.385 0.094449 0.164 0.052439 0.102 0.00093999 0.00382 3q loss 7 (2%) 281 9.9999e-06 7.25e-05 0.00183 0.00677 0.53308 0.643 0.2028 0.306 0.02188 0.05 0.00298 0.00993 0.38902 0.507 0.72296 0.816 0.39339 0.51 0.2937 0.407 4p loss 25 (9%) 263 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.20599 0.309 0.00083999 0.00347 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.14899 0.241 0.069289 0.129 0.0057999 0.0167 9.9999e-06 7.25e-05 4q loss 26 (9%) 262 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.47768 0.592 0.00361 0.0116 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.26184 0.372 0.20021 0.303 0.0072399 0.0199 5e-05 0.000301 5p loss 8 (3%) 280 0.16983 0.266 0.0485 0.0965 0.58021 0.687 0.076939 0.14 0.02981 0.0657 0.00032 0.00145 0.03907 0.0817 0.02345 0.0527 0.01225 0.0307 5.9999e-05 0.000347 5q loss 8 (3%) 280 0.16955 0.266 0.04863 0.0965 0.58137 0.687 0.074419 0.136 0.02882 0.064 0.00031 0.00142 0.03929 0.0819 0.02341 0.0527 0.01193 0.0303 9.9999e-06 7.25e-05 6p loss 21 (7%) 267 9.9999e-06 7.25e-05 0.04436 0.0892 0.94637 0.989 0.04141 0.0851 0.0063499 0.018 0.00019 0.000937 0.01889 0.0442 0.26079 0.372 0.44788 0.564 0.097399 0.169 6q loss 26 (9%) 262 9.9999e-06 7.25e-05 0.00241 0.00837 0.87832 0.939 0.0416 0.0853 0.00016 0.000805 3e-05 0.000195 0.27372 0.385 0.75428 0.842 0.098749 0.17 0.20073 0.303 8p loss 16 (6%) 272 0.00154 0.00587 0.31777 0.431 0.16865 0.266 0.28707 0.399 0.00462 0.0141 0.0091899 0.0246 0.85498 0.924 0.94661 0.989 0.36911 0.488 0.22933 0.332 8q loss 9 (3%) 279 0.00248 0.00858 0.38182 0.5 0.44445 0.56 0.4115 0.527 0.01212 0.0306 0.00058999 0.00255 0.91542 0.966 0.62323 0.727 0.68511 0.782 0.53313 0.643 9p loss 33 (11%) 255 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.33707 0.454 0.01586 0.0385 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.00453 0.0139 0.14161 0.231 0.0054299 0.0159 0.00141 0.00543 9q loss 34 (12%) 254 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.056849 0.108 0.0046 0.0141 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.00295 0.00991 0.065409 0.123 0.00107 0.00423 2e-04 0.000974 10p loss 16 (6%) 272 9.9999e-06 7.25e-05 5e-05 0.000301 0.92479 0.972 0.15387 0.248 0.00049 0.00213 0.00296 0.00991 0.59048 0.695 0.55021 0.66 0.01857 0.0436 0.03515 0.0747 10q loss 17 (6%) 271 9.9999e-06 7.25e-05 0.00013 0.000673 0.71694 0.81 0.04716 0.0941 0.00013 0.000673 0.00207 0.00751 0.17353 0.271 0.66258 0.763 0.00154 0.00587 0.0069799 0.0193 11p loss 18 (6%) 270 2e-05 0.000135 0.00072999 0.0031 0.52276 0.635 0.14864 0.241 5.9999e-05 0.000347 0.00264 0.00909 0.46229 0.578 0.19388 0.295 0.01936 0.0452 0.01393 0.0342 11q loss 21 (7%) 267 9.9999e-06 7.25e-05 4e-05 0.000255 0.097809 0.169 0.01116 0.0288 0.00013 0.000673 0.00209 0.00754 0.77922 0.862 0.34181 0.457 0.03685 0.0772 0.077259 0.14 13q loss 24 (8%) 264 9.9999e-06 7.25e-05 5e-05 0.000301 0.47767 0.592 0.00117 0.00456 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.053499 0.104 0.01097 0.0284 0.00409 0.0128 5e-05 0.000301 14q loss 47 (16%) 241 9.9999e-06 7.25e-05 0.00011 0.000586 0.0055799 0.0162 0.00011 0.000586 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.21304 0.316 0.86117 0.928 0.00391 0.0123 0.00306 0.0102 15q loss 31 (11%) 257 9.9999e-06 7.25e-05 0.00219 0.00775 0.091649 0.163 0.02896 0.0642 5e-05 0.000301 9.9999e-06 7.25e-05 0.093889 0.164 0.061129 0.116 0.071069 0.131 0.0023 0.00806 16p loss 4 (1%) 284 0.04295 0.0876 0.0333 0.0714 0.1879 0.288 0.084319 0.151 0.04428 0.0892 0.0076699 0.0209 0.83169 0.906 0.22419 0.327 0.11407 0.191 0.0096999 0.0256 16q loss 7 (2%) 281 0.00036 0.00161 0.0073799 0.0202 0.63471 0.734 0.062189 0.117 0.00215 0.00772 0.0128 0.0318 0.39134 0.508 0.37973 0.499 0.03268 0.0706 0.03638 0.0765 17p loss 12 (4%) 276 0.00412 0.0129 0.00032 0.00145 0.43372 0.551 0.54801 0.658 9.9999e-06 7.25e-05 3e-04 0.00141 0.42874 0.545 0.65343 0.754 0.0064899 0.0182 0.00073999 0.00311 18p loss 42 (15%) 246 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.00231 0.00806 0.0053499 0.0157 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.10434 0.178 0.00107 0.00423 0.01955 0.0455 0.00039 0.00172 18q loss 45 (16%) 243 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.00478 0.0144 9.9999e-05 0.000544 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.052659 0.102 0.00038 0.00168 0.0068599 0.0191 0.00013 0.000673 19p loss 17 (6%) 271 7.9999e-05 0.000452 0.00217 0.00775 1 1 0.12439 0.206 0.00492 0.0147 0.0063599 0.018 0.42269 0.538 0.056629 0.108 0.089049 0.159 0.01298 0.032 19q loss 16 (6%) 272 2e-05 0.000135 0.00467 0.0142 0.79566 0.875 0.11099 0.186 0.0049 0.0147 0.02259 0.0511 0.58977 0.695 0.41354 0.529 0.089369 0.159 0.1082 0.183 21q loss 43 (15%) 245 0.00061999 0.00267 0.45573 0.572 0.073019 0.134 0.238 0.343 0.18833 0.288 0.42101 0.537 0.87563 0.939 0.19399 0.295 0.78709 0.868 0.066249 0.124 22q loss 60 (21%) 228 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.43666 0.551 0.01404 0.0344 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.94974 0.99 0.69389 0.786 0.054439 0.105 0.0051899 0.0153 xp loss 34 (12%) 254 9.9999e-06 7.25e-05 9.9999e-06 7.25e-05 0.22643 0.329 0.00321 0.0105 9.9999e-06 7.25e-05 6.9999e-05 0.000398 0.17825 0.277 0.35667 0.474 0.01795 0.0424 0.00076999 0.00322 xq loss 30 (10%) 258 9.9999e-06 7.25e-05 2e-05 0.000135 0.45868 0.574 0.01408 0.0344 9.9999e-06 7.25e-05 8.9999e-05 0.000497 0.1442 0.235 0.6288 0.729 0.052159 0.102 0.0032 0.0105