Clinical Features MRNA_CNMF MRNA_CHIERARCHICAL CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1q22 42 (8%) 471 NA NA NA NA 0.00038 0.00126 0.0075499 0.017 0.084999 0.137 0.70667 0.788 0.0054899 0.0129 0.057539 0.097 0.56753 0.664 0.090369 0.144 0.15378 0.223 0.3129 0.404 amp_1q32.1 43 (8%) 470 NA NA NA NA 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.29051 0.379 0.4452 0.536 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.25169 0.336 9.9999e-06 4.49e-05 0.00115 0.00323 9.9999e-06 4.49e-05 amp_2p24.3 24 (5%) 489 0.61407 0.704 0.58203 0.675 0.00256 0.00657 0.0323 0.0613 0.090459 0.144 0.087399 0.14 0.17653 0.247 0.0028 0.0071 0.72171 0.803 0.03505 0.0655 0.43816 0.531 0.1158 0.178 amp_3q26.33 21 (4%) 492 1 1 0.57882 0.674 9.9999e-06 4.49e-05 0.00094999 0.00277 0.02414 0.0475 0.28625 0.375 0.00049 0.00161 0.00129 0.00353 0.00118 0.0033 0.01835 0.0375 0.054689 0.094 0.00363 0.00895 amp_4q12 30 (6%) 483 1 1 0.04273 0.0766 0.00017 0.000596 0.00037 0.00123 2e-04 0.000697 0.33244 0.422 0.00014 0.000499 2e-05 8.49e-05 0.00304 0.00768 6.9999e-05 0.000268 0.9444 1 0.00374 0.00919 amp_7p11.2 128 (25%) 385 0.76256 0.842 0.40223 0.495 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.00064999 0.00201 0.00228 0.0059 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.00037 0.00123 9.9999e-06 4.49e-05 7.9999e-05 0.000301 9.9999e-06 4.49e-05 amp_7q31.2 174 (34%) 339 1 1 0.8146 0.89 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.071819 0.119 0.12781 0.193 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.0105 0.0227 9.9999e-06 4.49e-05 0.0085799 0.0191 9.9999e-06 4.49e-05 amp_7q32.3 182 (35%) 331 0.694 0.777 1 1 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.10721 0.167 0.11086 0.171 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.055329 0.0945 9.9999e-06 4.49e-05 0.02179 0.0439 9.9999e-06 4.49e-05 amp_8q24.13 100 (19%) 413 0.36842 0.456 0.23788 0.322 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.19676 0.27 0.422 0.515 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.02891 0.0557 0.00106 0.00303 0.11036 0.171 2e-05 8.49e-05 amp_9q34.3 46 (9%) 467 0.5062 0.6 0.88277 0.953 0.094839 0.15 0.04906 0.0858 0.01847 0.0377 1 1 0.069419 0.115 0.00022 0.000763 0.20084 0.275 0.084819 0.137 0.28119 0.37 0.28668 0.375 amp_10p15.3 71 (14%) 442 0.52455 0.62 0.086199 0.139 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.0081599 0.0183 0.00152 0.00407 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.00105 0.00303 0.074469 0.122 0.33608 0.426 0.00012 0.000435 amp_11q24.1 87 (17%) 426 0.071499 0.118 0.11998 0.183 0.61359 0.704 0.01128 0.0243 0.24049 0.325 0.04669 0.0823 0.10029 0.157 0.15899 0.228 0.76369 0.842 0.11326 0.174 0.85151 0.927 0.04349 0.0775 amp_12p13.32 72 (14%) 441 0.86422 0.94 0.098389 0.155 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.0056099 0.0132 0.14483 0.215 0.00125 0.00347 9.9999e-06 4.49e-05 0.01014 0.0221 0.0066699 0.0153 0.02458 0.0482 0.086519 0.139 amp_12q14.1 37 (7%) 476 NA NA NA NA 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.01377 0.029 0.34731 0.438 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.00277 0.00705 9.9999e-06 4.49e-05 0.04248 0.0766 2e-05 8.49e-05 amp_13q34 22 (4%) 491 NA NA NA NA 0.00186 0.00492 0.00126 0.00348 0.13601 0.204 0.76801 0.845 0.03867 0.0714 0.02216 0.0441 0.29565 0.385 0.69205 0.777 0.96202 1 0.050519 0.0881 amp_15q26.3 19 (4%) 494 1 1 0.04249 0.0766 9.9999e-06 4.49e-05 0.00070999 0.00217 0.16169 0.231 0.19374 0.267 0.02556 0.0498 0.062119 0.104 0.49698 0.593 0.28436 0.374 0.59229 0.686 0.19318 0.267 amp_17q25.1 44 (9%) 469 NA NA NA NA 0.055469 0.0945 0.35822 0.446 0.062439 0.104 0.04839 0.0848 0.14148 0.211 0.052989 0.0913 0.15145 0.22 0.56573 0.664 0.18844 0.261 0.56194 0.66 amp_19p13.3 129 (25%) 384 0.076639 0.125 0.14898 0.219 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.24804 0.334 0.00481 0.0114 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.00012 0.000435 0.15484 0.224 0.04591 0.0812 0.00079999 0.00239 amp_19p13.2 122 (24%) 391 0.076079 0.125 0.14928 0.219 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.055689 0.0945 0.00074999 0.00228 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.00016 0.000564 0.14066 0.21 0.04154 0.0759 0.00052999 0.00171 amp_xp11.22 48 (9%) 465 0.64933 0.738 1 1 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.4487 0.538 0.16631 0.237 0.00112 0.00318 3e-05 0.000125 0.055719 0.0945 0.59686 0.69 0.33182 0.422 0.10863 0.169 amp_xp11.22 63 (12%) 450 0.65048 0.738 1 1 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.14444 0.215 0.10376 0.162 2e-05 8.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.00037 0.00123 0.35033 0.44 0.076879 0.125 0.0092999 0.0207 del_1p36.32 206 (40%) 307 0.00056999 0.00182 0.00013 0.000469 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.00060999 0.0019 3e-04 0.00102 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 del_1p32.3 196 (38%) 317 0.02933 0.0563 0.00016 0.000564 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.00166 0.00441 0.00060999 0.0019 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 del_1q43 31 (6%) 482 NA NA NA NA 0.31804 0.409 0.0097499 0.0214 0.17569 0.246 0.35067 0.44 0.0259 0.0502 0.03883 0.0715 0.22874 0.312 0.755 0.835 0.79447 0.87 0.30272 0.393 del_2q37.3 77 (15%) 436 0.36978 0.457 0.01257 0.0268 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.0011 0.00313 0.01464 0.0306 0.00093999 0.00275 9.9999e-06 4.49e-05 0.01486 0.0309 0.13848 0.207 0.10199 0.16 0.080609 0.131 del_3p21.31 49 (10%) 464 1 1 0.0073099 0.0165 9.9999e-05 0.000367 0.00229 0.0059 5.9999e-05 0.000233 0.04332 0.0775 0.04265 0.0766 0.00106 0.00303 0.00058999 0.00187 0.00218 0.00567 0.72574 0.806 0.051659 0.0898 del_3q13.31 39 (8%) 474 0.17526 0.246 0.88303 0.953 4e-05 0.00016 0.00401 0.00977 0.0096999 0.0214 0.01945 0.0395 0.15027 0.22 0.01246 0.0266 0.156 0.225 5e-04 0.00163 0.57266 0.669 0.11669 0.178 del_3q29 47 (9%) 466 0.17453 0.246 0.88261 0.953 9.9999e-06 4.49e-05 0.00050999 0.00166 0.43567 0.529 0.60623 0.699 0.016 0.0331 4e-05 0.00016 0.12959 0.195 0.00462 0.0111 0.691 0.777 0.17041 0.241 del_4q34.3 138 (27%) 375 1 1 0.35412 0.443 0.01325 0.028 9.9999e-06 4.49e-05 0.04484 0.0795 0.35955 0.446 0.02381 0.047 8.9999e-05 0.000334 0.0307 0.0586 0.03856 0.0714 0.00123 0.00343 0.0061799 0.0144 del_5p15.33 50 (10%) 463 1 1 0.068179 0.113 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.77712 0.854 0.65248 0.739 0.00056999 0.00182 5.9999e-05 0.000233 0.00212 0.00554 0.2049 0.28 0.9472 1 0.43999 0.532 del_5q34 64 (12%) 449 0.44471 0.536 0.23755 0.322 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.03646 0.0677 0.0469 0.0824 3e-05 0.000125 9.9999e-06 4.49e-05 4e-05 0.00016 0.14671 0.216 0.61799 0.705 0.66604 0.75 del_6p25.3 50 (10%) 463 NA NA NA NA 0.00014 0.000499 0.04161 0.0759 0.26492 0.352 0.32812 0.42 0.18131 0.253 0.072719 0.12 0.41225 0.505 0.25151 0.336 0.1455 0.215 0.088319 0.141 del_6q22.31 78 (15%) 435 0.61428 0.704 0.57907 0.674 4e-05 0.00016 2e-05 8.49e-05 0.062419 0.104 0.01545 0.032 0.00461 0.0111 0.00128 0.00352 0.00078999 0.00237 0.12022 0.183 0.0066099 0.0153 9.9999e-06 4.49e-05 del_6q24.3 82 (16%) 431 0.16789 0.238 0.27884 0.369 0.00028 0.00096 9.9999e-06 4.49e-05 0.052609 0.091 0.0096499 0.0214 0.00139 0.00377 0.00039 0.00129 9.9999e-05 0.000367 0.16172 0.231 0.02098 0.0425 2e-05 8.49e-05 del_7p22.3 23 (4%) 490 NA NA NA NA 0.02553 0.0498 0.12352 0.187 0.31426 0.405 0.15679 0.226 0.55812 0.657 0.70589 0.788 0.50595 0.6 0.097379 0.154 0.73451 0.814 0.35079 0.44 del_8q24.3 29 (6%) 484 NA NA NA NA 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.33754 0.427 0.12 0.183 0.00333 0.00828 0.0067399 0.0154 0.00476 0.0113 0.00317 0.00794 0.16704 0.237 0.02971 0.0569 del_9p23 150 (29%) 363 0.44551 0.536 0.65645 0.741 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.0062599 0.0145 4e-05 0.00016 0.02205 0.0441 0.00027 0.000931 0.91612 0.981 0.11342 0.174 0.40875 0.502 0.00309 0.00777 del_9p21.3 176 (34%) 337 0.33242 0.422 0.062859 0.105 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 5.9999e-05 0.000233 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.25095 0.336 9.9999e-06 4.49e-05 0.00077999 0.00236 9.9999e-06 4.49e-05 del_10q26.3 151 (29%) 362 0.084099 0.136 0.70677 0.788 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.00131 0.00357 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 del_11p15.5 104 (20%) 409 0.64255 0.732 0.00060999 0.0019 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.055079 0.0944 0.89861 0.966 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 3e-05 0.000125 0.00447 0.0108 0.98987 1 0.88764 0.957 del_11p15.1 72 (14%) 441 1 1 0.03141 0.0598 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.00149 0.00401 0.61472 0.704 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 6.9999e-05 0.000268 0.87343 0.948 0.03322 0.0628 del_12p13.1 38 (7%) 475 NA NA NA NA 0.00067999 0.00209 0.00197 0.00516 0.22962 0.312 0.58096 0.675 0.0101 0.0221 0.0068499 0.0156 0.056989 0.0964 0.0445 0.0791 0.95603 1 0.25189 0.336 del_12q12 72 (14%) 441 1 1 0.15069 0.22 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.42567 0.519 0.98274 1 0.00188 0.00495 9.9999e-06 4.49e-05 0.01299 0.0276 0.498 0.593 0.91072 0.976 0.9625 1 del_13q14.2 142 (28%) 371 0.17989 0.251 7.9999e-05 0.000301 9.9999e-06 4.49e-05 4e-05 0.00016 0.03353 0.0632 0.65601 0.741 0.0070799 0.0161 9.9999e-06 4.49e-05 0.01799 0.0369 0.0061199 0.0143 0.47356 0.566 0.41431 0.507 del_13q14.2 144 (28%) 369 0.18241 0.254 5e-05 0.000197 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.02858 0.0552 0.78723 0.863 0.00363 0.00895 2e-05 8.49e-05 0.01606 0.0331 0.00381 0.00932 0.43433 0.528 0.35847 0.446 del_13q34 110 (21%) 403 0.5067 0.6 0.15011 0.22 8.9999e-05 0.000334 0.01118 0.0241 0.0219 0.0439 0.38382 0.473 0.04271 0.0766 0.00084999 0.00253 0.02593 0.0502 0.00262 0.0067 0.31086 0.402 0.17523 0.246 del_14q24.3 121 (24%) 392 0.30265 0.393 0.098009 0.154 0.0043 0.0104 0.01163 0.0249 0.00057999 0.00185 0.0222 0.0441 0.00092999 0.00274 0.00064999 0.00201 0.00033 0.00112 0.00468 0.0112 0.00166 0.00441 0.00114 0.00322 del_18q23 78 (15%) 435 0.32068 0.412 0.33032 0.422 0.45458 0.544 0.00327 0.00816 0.98256 1 0.26196 0.349 0.28136 0.37 0.22517 0.307 0.34715 0.438 0.61617 0.704 0.53146 0.627 0.89989 0.966 del_19q13.41 267 (52%) 246 0.03469 0.0652 0.01025 0.0223 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.00494 0.0117 0.01383 0.0291 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 del_19q13.42 278 (54%) 235 0.03498 0.0655 0.0213 0.043 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.0066299 0.0153 0.0224 0.0444 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 del_22q13.31 77 (15%) 436 0.2506 0.336 0.04206 0.0765 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.00078999 0.00237 0.04155 0.0759 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.03521 0.0656 2e-05 8.49e-05 0.00144 0.00389 7.9999e-05 0.000301 del_xq21.1 78 (15%) 435 0.83903 0.915 0.26686 0.354 0.19376 0.267 0.052649 0.091 0.00086999 0.00257 0.01444 0.0302 0.0083699 0.0187 5e-05 0.000197 0.00101 0.00293 0.35987 0.446 0.12116 0.184 0.1577 0.227