Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 57 (15%) 313 0.2899 0.427 0.20996 0.355 0.02898 0.0837 0.37897 0.511 0.96711 0.976 0.03845 0.103 0.11172 0.232 0.02203 0.0681 1q gain 222 (60%) 148 9.9999e-06 0.000205 5.9999e-05 0.000837 2e-05 0.000312 0.00028 0.00301 0.15628 0.291 0.00436 0.0209 0.41662 0.54 0.053429 0.134 2p gain 44 (12%) 326 0.16326 0.3 0.28296 0.424 0.11511 0.235 0.00036 0.00358 0.54934 0.659 0.93856 0.952 0.0093799 0.0373 0.38446 0.516 2q gain 41 (11%) 329 0.087179 0.192 0.29298 0.43 0.01361 0.0492 0.00048 0.00437 0.69625 0.779 0.76052 0.822 0.00354 0.0188 0.37624 0.509 3p gain 35 (9%) 335 0.03844 0.103 0.04706 0.122 0.00261 0.0154 0.087349 0.192 0.1345 0.262 0.51703 0.629 0.02382 0.0714 0.25229 0.397 3q gain 38 (10%) 332 0.29773 0.434 0.13513 0.262 0.00374 0.0194 0.092689 0.2 0.21434 0.36 0.51168 0.624 0.01496 0.0528 0.61138 0.713 4p gain 27 (7%) 343 0.01479 0.0527 0.0124 0.0462 0.0055499 0.0248 0.00191 0.0123 0.29434 0.43 0.4395 0.559 0.066319 0.158 0.20734 0.351 4q gain 7 (2%) 363 0.80182 0.854 0.61857 0.719 0.7556 0.821 0.40649 0.531 0.24652 0.393 0.84781 0.892 0.27502 0.414 0.5572 0.665 5p gain 135 (36%) 235 0.00022 0.00241 0.091349 0.198 0.90082 0.931 0.80402 0.855 0.22513 0.373 0.17641 0.315 0.30019 0.436 0.58166 0.691 5q gain 107 (29%) 263 0.00422 0.0207 0.12662 0.25 0.67157 0.756 0.94494 0.957 0.64374 0.738 0.85056 0.892 0.92898 0.948 0.89396 0.926 6p gain 117 (32%) 253 9.9999e-06 0.000205 0.00224 0.0139 0.0057999 0.0252 0.02735 0.0797 0.14421 0.275 0.00264 0.0154 0.32368 0.455 0.10425 0.218 6q gain 67 (18%) 303 0.00080999 0.0064 0.15767 0.293 0.03799 0.103 0.59808 0.705 0.19991 0.343 0.18747 0.327 0.20455 0.349 0.39072 0.522 7p gain 111 (30%) 259 0.04519 0.119 0.086039 0.192 0.98334 0.986 0.90468 0.933 0.04332 0.114 0.073699 0.17 0.25905 0.403 0.33678 0.47 7q gain 111 (30%) 259 0.37301 0.506 0.00065999 0.00548 0.96331 0.974 0.87882 0.912 0.2174 0.363 0.20672 0.351 0.52257 0.634 0.34176 0.476 8p gain 80 (22%) 290 6.9999e-05 0.000957 0.24695 0.393 0.02063 0.0654 0.03509 0.0963 0.0113 0.0433 0.11596 0.235 0.14961 0.284 0.01491 0.0528 8q gain 188 (51%) 182 9.9999e-06 0.000205 0.087359 0.192 9.9999e-06 0.000205 9.9999e-06 0.000205 0.02817 0.0818 0.00383 0.0195 0.13385 0.262 0.00018 0.00211 9p gain 19 (5%) 351 0.46408 0.579 0.40567 0.531 0.85652 0.895 0.67078 0.756 0.70892 0.783 0.39998 0.528 0.096019 0.206 0.36359 0.499 9q gain 21 (6%) 349 0.084999 0.191 0.60013 0.705 0.24704 0.393 0.3923 0.523 0.76737 0.825 0.41623 0.54 0.11257 0.232 0.23473 0.384 10p gain 61 (16%) 309 0.00059999 0.00518 0.42494 0.548 0.00379 0.0194 0.02137 0.0672 0.27212 0.414 0.4181 0.541 0.02183 0.0681 0.01895 0.0625 10q gain 37 (10%) 333 0.00109 0.00803 0.02948 0.0848 2e-05 0.000312 0.071329 0.166 0.065089 0.156 0.04326 0.114 0.03801 0.103 0.03351 0.0928 11p gain 17 (5%) 353 0.46935 0.581 0.29305 0.43 0.44029 0.559 0.04661 0.121 0.30175 0.437 0.47043 0.581 0.01541 0.054 0.27437 0.414 11q gain 18 (5%) 352 0.91029 0.936 0.78245 0.836 0.46825 0.581 0.2445 0.393 0.36813 0.502 0.70127 0.781 0.17855 0.317 0.34399 0.477 12p gain 41 (11%) 329 0.01692 0.0581 0.30837 0.44 0.01215 0.0458 0.00062999 0.0053 0.78705 0.84 0.36612 0.5 0.00142 0.00951 0.02367 0.0712 12q gain 47 (13%) 323 0.02294 0.0697 0.48027 0.59 0.01366 0.0492 0.00315 0.0174 0.34363 0.477 0.62189 0.72 0.00062999 0.0053 0.069759 0.163 13q gain 23 (6%) 347 0.0096999 0.0381 0.32744 0.458 0.28885 0.427 0.40959 0.533 0.077159 0.176 0.29387 0.43 0.17995 0.317 0.213 0.358 14q gain 23 (6%) 347 0.45248 0.57 0.46894 0.581 0.25359 0.397 0.15248 0.287 0.75835 0.821 0.15005 0.284 0.066949 0.159 0.65064 0.741 15q gain 33 (9%) 337 0.64597 0.738 0.55045 0.659 0.97862 0.986 0.71755 0.787 0.85077 0.892 0.2881 0.427 0.52856 0.639 0.83225 0.881 16p gain 31 (8%) 339 0.17361 0.314 0.91434 0.936 0.0054999 0.0248 0.9818 0.986 0.76869 0.825 0.2536 0.397 0.10183 0.215 0.31691 0.448 16q gain 17 (5%) 353 0.90565 0.933 0.057639 0.141 0.00102 0.0076 0.31381 0.445 0.12496 0.25 0.91204 0.936 0.15902 0.295 0.70643 0.783 17p gain 30 (8%) 340 0.10088 0.213 0.084879 0.191 0.49201 0.603 0.099079 0.211 0.39641 0.525 0.75859 0.821 0.053229 0.134 0.14113 0.271 17q gain 95 (26%) 275 0.00172 0.0112 0.0461 0.12 0.2403 0.391 0.11894 0.239 0.01968 0.0636 4e-04 0.00386 0.60536 0.709 0.02428 0.0721 18p gain 36 (10%) 334 0.02209 0.0681 0.2173 0.363 0.059959 0.145 0.01795 0.0607 0.76842 0.825 0.19218 0.334 0.086899 0.192 0.4566 0.574 18q gain 28 (8%) 342 0.01938 0.0636 0.62495 0.721 0.055839 0.138 0.00342 0.0184 0.8296 0.879 0.053169 0.134 0.02003 0.0641 0.28262 0.424 19p gain 56 (15%) 314 0.58424 0.693 0.00386 0.0195 0.00094999 0.00716 0.0082299 0.0337 0.01346 0.0492 0.00462 0.0216 0.00076999 0.00624 0.03679 0.1 19q gain 72 (19%) 298 0.39343 0.524 0.00126 0.00868 0.00226 0.0139 2e-05 0.000312 0.00018 0.00211 0.00079999 0.0064 2e-05 0.000312 0.00070999 0.00582 20p gain 108 (29%) 262 9.9999e-06 0.000205 0.18007 0.317 0.03265 0.0913 0.00244 0.0148 0.17159 0.311 0.03141 0.0888 7.9999e-05 0.00107 0.075799 0.173 20q gain 112 (30%) 258 9.9999e-06 0.000205 0.19102 0.332 0.17427 0.314 0.0079699 0.0329 0.30738 0.44 0.074979 0.172 3e-05 0.000447 0.087759 0.192 21q gain 26 (7%) 344 0.18017 0.317 0.80897 0.859 0.072079 0.167 0.38782 0.519 0.9243 0.944 0.22494 0.373 0.24575 0.393 0.52552 0.636 22q gain 48 (13%) 322 2e-05 0.000312 0.24705 0.393 0.04808 0.124 0.00214 0.0135 0.61144 0.713 0.73767 0.804 0.00216 0.0135 0.13519 0.262 xp gain 42 (11%) 328 0.00042 0.00399 0.29874 0.435 0.054649 0.137 0.65536 0.745 0.43604 0.558 0.15508 0.291 0.98442 0.986 0.052279 0.133 xq gain 64 (17%) 306 0.00115 0.00829 0.067089 0.159 0.00249 0.015 0.01362 0.0492 0.0063299 0.0271 0.00034 0.00343 0.16229 0.299 0.00031 0.00318 1p loss 81 (22%) 289 0.00287 0.0164 9.9999e-06 0.000205 9.9999e-06 0.000205 9.9999e-06 0.000205 0.00399 0.02 0.0072999 0.0307 0.00055999 0.0049 0.00436 0.0209 1q loss 22 (6%) 348 0.36967 0.503 0.85149 0.892 0.22935 0.377 0.24026 0.391 0.35585 0.489 0.24487 0.393 0.28487 0.425 0.061169 0.148 2p loss 33 (9%) 337 0.059669 0.145 0.71213 0.783 0.0094799 0.0375 0.03874 0.103 0.37919 0.511 0.70713 0.783 0.19927 0.343 0.26758 0.412 2q loss 38 (10%) 332 0.18765 0.327 0.60107 0.705 0.0099899 0.0388 0.01997 0.0641 0.25515 0.399 0.59396 0.702 0.60003 0.705 0.40722 0.531 3p loss 52 (14%) 318 0.03255 0.0913 0.42798 0.55 0.0075899 0.0315 0.0099299 0.0388 0.0073699 0.0308 0.3201 0.451 0.00125 0.00868 0.04963 0.127 3q loss 40 (11%) 330 0.3266 0.458 0.66489 0.752 0.0188 0.0623 0.069609 0.163 0.077509 0.176 0.31304 0.445 0.0053099 0.0244 0.27274 0.414 4p loss 107 (29%) 263 9.9999e-06 0.000205 0.059279 0.145 0.00121 0.00863 0.01437 0.0515 0.98683 0.987 0.0183 0.0612 0.0054799 0.0248 0.00277 0.0159 4q loss 148 (40%) 222 9.9999e-06 0.000205 0.0055999 0.0248 9.9999e-06 0.000205 0.00081999 0.0064 0.24948 0.394 0.0057799 0.0252 5e-05 0.000729 0.0085599 0.0349 5p loss 28 (8%) 342 0.02473 0.0731 0.2128 0.358 0.054939 0.137 0.01702 0.0582 0.26387 0.408 0.099609 0.211 0.0088199 0.0357 0.01807 0.0608 5q loss 39 (11%) 331 0.00313 0.0174 0.0072099 0.0305 0.02363 0.0712 0.00019 0.00219 0.53252 0.641 0.04733 0.122 0.00115 0.00829 0.00126 0.00868 6p loss 28 (8%) 342 0.64427 0.738 0.76956 0.825 0.31907 0.45 0.71197 0.783 0.67489 0.758 0.72213 0.791 0.27056 0.414 0.24433 0.393 6q loss 92 (25%) 278 0.18769 0.327 0.43188 0.554 0.25007 0.394 0.73132 0.8 0.52259 0.634 0.13966 0.269 0.67207 0.756 0.83554 0.883 7p loss 16 (4%) 354 0.36558 0.5 0.28553 0.425 0.055669 0.138 0.35216 0.485 0.87828 0.912 0.22658 0.373 0.0061599 0.0266 0.03946 0.105 7q loss 21 (6%) 349 0.43703 0.558 0.26194 0.406 0.089709 0.195 0.085679 0.192 0.55977 0.666 0.026 0.0765 9.9999e-05 0.00126 0.00481 0.0224 8p loss 190 (51%) 180 2e-04 0.00222 0.064189 0.154 0.01853 0.0617 0.84854 0.892 0.24213 0.393 0.02987 0.0856 0.45071 0.57 0.43887 0.559 8q loss 43 (12%) 327 0.00138 0.00933 0.11532 0.235 0.2732 0.414 0.54836 0.659 0.76377 0.824 0.93543 0.95 0.68911 0.773 0.90047 0.931 9p loss 118 (32%) 252 2e-05 0.000312 0.02232 0.0681 0.00029 0.00307 0.00452 0.0213 0.10868 0.226 0.0091999 0.037 0.03063 0.0874 0.01188 0.0453 9q loss 107 (29%) 263 3e-04 0.00312 0.01206 0.0457 0.01263 0.0468 0.00309 0.0173 0.27291 0.414 0.0158 0.0546 0.11679 0.236 0.00164 0.0108 10p loss 45 (12%) 325 0.02424 0.0721 0.22545 0.373 0.00084999 0.00648 0.00266 0.0154 0.61229 0.713 0.0056799 0.025 0.39498 0.525 0.02037 0.0649 10q loss 76 (21%) 294 0.0093899 0.0373 0.094709 0.204 9.9999e-06 0.000205 2e-05 0.000312 0.31333 0.445 5.9999e-05 0.000837 0.45209 0.57 2e-05 0.000312 11p loss 65 (18%) 305 0.46422 0.579 0.98337 0.986 0.01965 0.0636 0.00412 0.0203 0.64251 0.738 0.17642 0.315 0.00127 0.00868 0.0055699 0.0248 11q loss 73 (20%) 297 0.14321 0.274 0.77904 0.834 0.19451 0.337 0.12616 0.25 0.66248 0.752 0.30262 0.437 0.00306 0.0173 0.01581 0.0546 12p loss 65 (18%) 305 0.00082999 0.00641 0.11618 0.235 0.02734 0.0797 0.27389 0.414 0.40724 0.531 0.16399 0.3 0.62207 0.72 0.43472 0.557 12q loss 36 (10%) 334 0.088879 0.194 0.41928 0.541 0.39994 0.528 0.66421 0.752 0.87741 0.912 0.9144 0.936 0.69751 0.779 0.93438 0.95 13q loss 122 (33%) 248 0.00013 0.00161 0.03593 0.0982 0.0070299 0.0299 0.00018 0.00211 0.00264 0.0154 0.00441 0.021 0.01967 0.0636 0.00157 0.0104 14q loss 107 (29%) 263 9.9999e-06 0.000205 0.16465 0.301 9.9999e-06 0.000205 9.9999e-06 0.000205 0.47895 0.589 0.17604 0.315 4e-04 0.00386 0.01548 0.054 15q loss 67 (18%) 303 0.056819 0.14 0.067459 0.159 3e-05 0.000447 8.9999e-05 0.00116 0.15473 0.291 0.25016 0.394 2e-05 0.000312 0.01745 0.0593 16p loss 109 (29%) 261 9.9999e-06 0.000205 8.9999e-05 0.00116 9.9999e-06 0.000205 9.9999e-06 0.000205 0.0041 0.0203 9.9999e-06 0.000205 9.9999e-06 0.000205 2e-05 0.000312 16q loss 145 (39%) 225 9.9999e-06 0.000205 9.9999e-06 0.000205 9.9999e-06 0.000205 9.9999e-06 0.000205 0.16971 0.308 9.9999e-06 0.000205 9.9999e-06 0.000205 9.9999e-06 0.000205 17p loss 185 (50%) 185 9.9999e-06 0.000205 0.02141 0.0672 0.0050899 0.0235 0.02227 0.0681 0.00355 0.0188 0.00046 0.00425 0.44658 0.566 0.00045 0.00422 17q loss 39 (11%) 331 0.37106 0.504 0.19899 0.343 0.34913 0.483 0.16852 0.307 0.17814 0.317 0.62517 0.721 0.27095 0.414 0.46262 0.579 18p loss 74 (20%) 296 0.04921 0.126 0.01094 0.0422 0.71206 0.783 0.00318 0.0174 0.53071 0.64 0.71278 0.783 0.067879 0.16 0.22097 0.368 18q loss 79 (21%) 291 0.00376 0.0194 0.00359 0.0188 0.64671 0.738 5e-04 0.00449 0.20471 0.349 0.40365 0.531 0.11567 0.235 0.3065 0.44 19p loss 55 (15%) 315 9.9999e-06 0.000205 0.55513 0.663 0.03348 0.0928 0.098919 0.211 0.15035 0.284 0.079959 0.181 0.28485 0.425 0.00327 0.0177 19q loss 39 (11%) 331 9.9999e-06 0.000205 0.3815 0.513 0.11517 0.235 0.58643 0.694 0.03085 0.0876 0.15594 0.291 0.47285 0.583 0.24727 0.393 20p loss 26 (7%) 344 0.26509 0.409 0.27503 0.414 0.62231 0.72 0.10374 0.218 0.086559 0.192 0.85377 0.893 0.71166 0.783 0.30363 0.438 20q loss 13 (4%) 357 0.35013 0.484 0.20326 0.348 0.14084 0.271 0.11222 0.232 0.4671 0.581 0.63946 0.736 0.01289 0.0475 0.2584 0.403 21q loss 110 (30%) 260 0.00051999 0.00461 0.73786 0.804 2e-04 0.00222 0.12641 0.25 0.49919 0.611 0.93108 0.948 0.12191 0.245 0.30701 0.44 22q loss 70 (19%) 300 0.03465 0.0955 0.072949 0.169 0.00207 0.0132 0.1611 0.298 0.50574 0.618 0.46326 0.579 0.10519 0.22 0.87552 0.912 xp loss 94 (25%) 276 0.03269 0.0913 0.057589 0.141 0.18015 0.317 0.02226 0.0681 0.12823 0.253 0.231 0.379 0.00434 0.0209 0.28723 0.426 xq loss 70 (19%) 300 0.01229 0.0461 0.1393 0.269 0.40098 0.528 0.30835 0.44 0.13239 0.26 0.69865 0.779 0.12588 0.25 0.74552 0.811