Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1p22.3 89 (24%) 281 9.9999e-06 9.54e-05 0.00279 0.00834 0.053439 0.0909 0.04578 0.0803 0.52173 0.579 0.94483 0.953 0.0089899 0.0216 0.14912 0.208 amp_1q22 283 (76%) 87 9.9999e-06 9.54e-05 9.9999e-06 9.54e-05 5e-05 0.000314 0.0035 0.01 0.82925 0.857 0.01243 0.028 0.20865 0.265 0.30402 0.362 amp_1q42.3 270 (73%) 100 9.9999e-06 9.54e-05 0.00012 0.00064 2e-05 0.00015 0.00089999 0.00341 0.49466 0.556 0.03753 0.0689 0.38733 0.448 0.55707 0.611 amp_2p24.1 65 (18%) 305 0.00475 0.0129 0.5401 0.597 0.14412 0.204 0.00403 0.0114 0.48073 0.542 0.04304 0.0768 0.14055 0.2 0.092259 0.142 amp_2q33.1 64 (17%) 306 0.00344 0.00992 0.5832 0.636 0.052159 0.0892 0.01121 0.0256 0.28068 0.338 0.12142 0.175 0.00023 0.00113 0.17285 0.232 amp_3q26.31 77 (21%) 293 3e-04 0.00133 0.03183 0.06 0.0067099 0.0176 0.0196 0.0407 0.075689 0.119 0.0045 0.0124 0.0402 0.0725 0.02271 0.046 amp_4p14 54 (15%) 316 0.00364 0.0104 0.02701 0.0534 0.00011 6e-04 0.00112 0.00408 0.18493 0.245 0.056589 0.0948 0.01004 0.0235 0.01587 0.0341 amp_5p15.33 163 (44%) 207 9.9999e-06 9.54e-05 0.03741 0.0689 0.22116 0.278 0.60662 0.66 0.075629 0.119 0.01719 0.0364 0.091879 0.142 0.16515 0.225 amp_5q35.3 135 (36%) 235 5e-05 0.000314 0.03466 0.0646 0.57427 0.627 0.9585 0.962 0.9371 0.947 0.99933 0.999 0.85222 0.875 0.63512 0.684 amp_6p25.2 159 (43%) 211 9.9999e-06 9.54e-05 0.00015 0.000791 0.0177 0.0372 0.02449 0.0492 0.66699 0.711 0.062529 0.103 0.20929 0.265 0.40031 0.46 amp_6p21.1 158 (43%) 212 9.9999e-06 9.54e-05 0.00035 0.00151 0.01121 0.0256 0.064479 0.105 0.11679 0.17 0.064259 0.105 0.27694 0.335 0.49971 0.561 amp_6q12 109 (29%) 261 9.9999e-06 9.54e-05 0.053649 0.0909 0.03667 0.0679 0.10734 0.159 0.4583 0.519 0.61949 0.671 0.0099299 0.0233 0.15303 0.212 amp_6q12 83 (22%) 287 2e-05 0.00015 0.0072199 0.0185 0.0081099 0.0202 0.0093099 0.0222 0.88121 0.901 0.55104 0.606 0.00423 0.0119 0.070049 0.113 amp_7q31.2 120 (32%) 250 0.19628 0.256 0.0087499 0.0212 0.98024 0.982 0.89572 0.912 0.52174 0.579 0.43393 0.493 0.6969 0.737 0.42198 0.481 amp_8q13.3 207 (56%) 163 9.9999e-06 9.54e-05 0.14793 0.207 5.9999e-05 0.000367 9.9999e-06 9.54e-05 0.099089 0.149 0.00219 0.00679 0.0394 0.0718 2e-05 0.00015 amp_8q24.21 231 (62%) 139 9.9999e-06 9.54e-05 0.0075199 0.0191 2e-05 0.00015 9.9999e-06 9.54e-05 0.01528 0.033 0.0071799 0.0185 0.082139 0.127 2e-05 0.00015 amp_9q34.2 47 (13%) 323 0.02999 0.0578 0.16806 0.227 0.03344 0.0628 0.092499 0.142 0.059059 0.098 0.01336 0.0295 0.32906 0.389 0.01279 0.0284 amp_11q13.3 57 (15%) 313 0.30789 0.366 0.61593 0.668 0.0078999 0.0198 0.01748 0.0369 0.0085299 0.0208 0.00334 0.00974 0.21524 0.272 0.00018 0.00093 amp_13q32.3 67 (18%) 303 9.9999e-06 9.54e-05 0.053689 0.0909 0.01603 0.0342 0.080089 0.125 0.16558 0.225 0.20048 0.258 0.01289 0.0285 0.01827 0.0382 amp_13q33.3 67 (18%) 303 9.9999e-06 9.54e-05 0.01988 0.0411 0.00436 0.0121 0.24982 0.308 0.15391 0.213 0.17891 0.239 0.071359 0.114 0.04909 0.0845 amp_15q26.3 54 (15%) 316 0.02583 0.0512 0.20046 0.258 0.04054 0.0729 0.03889 0.0712 0.83774 0.864 0.18089 0.24 0.29935 0.358 0.41901 0.479 amp_17p11.2 46 (12%) 324 0.19994 0.258 0.02089 0.043 0.39126 0.451 0.23062 0.288 0.02533 0.0507 0.25182 0.309 0.079629 0.125 0.087209 0.135 amp_17q25.3 145 (39%) 225 3e-05 0.000216 0.02105 0.0431 0.00106 0.00392 0.01038 0.0242 0.00103 0.00384 0.0014 0.00489 0.02552 0.0508 0.01498 0.0324 amp_19p13.12 69 (19%) 301 0.081029 0.126 0.00017 0.000888 7.9999e-05 0.000467 0.00053999 0.00216 4e-05 0.000268 0.00246 0.00753 0.00059999 0.00238 0.00129 0.0046 amp_19q12 78 (21%) 292 0.054929 0.0924 0.00239 0.00736 0.00154 0.00523 0.00138 0.00485 0.00111 0.00408 0.01111 0.0256 0.00027 0.00129 0.002 0.00636 amp_19q13.11 91 (25%) 279 0.02988 0.0578 0.073349 0.116 0.00098999 0.00372 0.00061999 0.00244 0.0070099 0.0182 0.00178 0.00577 3e-05 0.000216 0.00046 0.00189 amp_20q13.13 124 (34%) 246 9.9999e-06 9.54e-05 0.36548 0.427 0.03112 0.0591 0.00039 0.00164 0.10938 0.161 0.01184 0.0268 9.9999e-06 9.54e-05 0.060939 0.101 amp_20q13.33 128 (35%) 242 9.9999e-06 9.54e-05 0.071719 0.114 0.0071299 0.0184 5.9999e-05 0.000367 0.19093 0.25 0.061029 0.101 2e-05 0.00015 0.12472 0.179 amp_xq28 85 (23%) 285 8.9999e-05 0.000519 0.02937 0.0574 0.04087 0.0732 0.01607 0.0342 0.0092399 0.0221 0.00492 0.0133 0.0473 0.0823 0.00034 0.00148 del_1p36.31 162 (44%) 208 0.00149 0.00513 9.9999e-06 9.54e-05 9.9999e-06 9.54e-05 2e-05 0.00015 0.054459 0.0919 0.00127 0.00456 0.01272 0.0284 0.0097099 0.023 del_1p36.11 142 (38%) 228 4e-05 0.000268 9.9999e-06 9.54e-05 9.9999e-06 9.54e-05 9.9999e-06 9.54e-05 0.00167 0.00559 5e-05 0.000314 0.00023 0.00113 0.00037 0.00157 del_2q22.1 52 (14%) 318 0.068859 0.111 0.5091 0.567 0.00254 0.00768 0.065059 0.106 0.20839 0.265 0.1686 0.227 0.63557 0.684 0.11599 0.169 del_2q37.3 62 (17%) 308 0.10424 0.156 0.70565 0.743 4e-05 0.000268 0.00080999 0.00309 0.04004 0.0725 0.0097999 0.0231 0.23634 0.295 0.00151 0.00517 del_3p13 73 (20%) 297 0.0053999 0.0145 0.04582 0.0803 6.9999e-05 0.000418 9.9999e-06 9.54e-05 0.00167 0.00559 0.03395 0.0635 0.00028 0.00131 0.00202 0.00638 del_4p16.3 85 (23%) 285 2e-05 0.00015 0.10535 0.157 0.19809 0.257 0.10225 0.153 0.7043 0.743 0.02735 0.0536 0.04533 0.08 0.0067999 0.0178 del_4q21.3 171 (46%) 199 9.9999e-06 9.54e-05 0.00281 0.00835 9.9999e-06 9.54e-05 3e-04 0.00133 0.18918 0.249 0.00174 0.00568 2e-05 0.00015 0.00041 0.00169 del_4q22.3 172 (46%) 198 9.9999e-06 9.54e-05 0.00341 0.00989 9.9999e-06 9.54e-05 0.00022 0.0011 0.20863 0.265 0.00121 0.00438 0.00011 6e-04 0.00051999 0.0021 del_4q35.1 172 (46%) 198 9.9999e-06 9.54e-05 0.00028 0.00131 9.9999e-06 9.54e-05 0.00066999 0.00262 0.15286 0.212 0.0059499 0.0159 3e-04 0.00133 0.00453 0.0124 del_6q27 136 (37%) 234 0.0087799 0.0212 0.02718 0.0535 0.68543 0.728 0.48082 0.542 0.64721 0.695 0.03969 0.0721 0.3535 0.415 0.15916 0.218 del_8p23.2 247 (67%) 123 9.9999e-06 9.54e-05 0.04429 0.0785 0.15654 0.216 0.64901 0.695 0.24932 0.308 0.16726 0.227 0.3343 0.394 0.14468 0.204 del_8p12 242 (65%) 128 9.9999e-06 9.54e-05 0.02393 0.0482 0.14521 0.204 0.56155 0.615 0.19119 0.25 0.10111 0.152 0.27807 0.336 0.096419 0.147 del_9p21.3 150 (41%) 220 3e-05 0.000216 0.0078699 0.0198 2e-05 0.00015 0.00199 0.00636 0.26521 0.322 0.00206 0.00647 0.01921 0.04 0.0077299 0.0196 del_9q31.3 119 (32%) 251 0.00199 0.00636 0.01423 0.0311 0.00284 0.00838 0.00032 0.0014 0.15708 0.216 0.0066099 0.0175 0.065189 0.106 2e-04 0.00102 del_10q23.31 97 (26%) 273 0.03058 0.0583 0.01394 0.0306 9.9999e-06 9.54e-05 9.9999e-06 9.54e-05 0.03125 0.0592 9.9999e-06 9.54e-05 0.04814 0.0832 9.9999e-06 9.54e-05 del_10q26.13 105 (28%) 265 0.0083099 0.0205 0.048 0.0832 9.9999e-06 9.54e-05 9.9999e-06 9.54e-05 0.13513 0.193 2e-05 0.00015 0.2034 0.261 9.9999e-06 9.54e-05 del_11q14.1 77 (21%) 293 0.01154 0.0263 0.65188 0.697 0.10986 0.162 0.1444 0.204 0.80189 0.834 0.26086 0.319 0.00037 0.00157 0.01255 0.0282 del_11q24.2 95 (26%) 275 0.00428 0.012 0.29649 0.355 0.12375 0.178 0.051129 0.0878 0.31828 0.377 0.25662 0.314 0.00076999 0.00296 4e-04 0.00167 del_12p12.1 78 (21%) 292 0.00047 0.00191 0.1612 0.22 0.00211 0.00658 0.22744 0.286 0.21595 0.273 0.03006 0.0578 0.50555 0.565 0.071589 0.114 del_12q24.33 59 (16%) 311 0.00011 6e-04 0.84057 0.865 0.74759 0.781 0.91445 0.928 0.81531 0.846 0.71496 0.75 0.81944 0.849 0.29071 0.349 del_13q14.2 179 (48%) 191 9.9999e-06 9.54e-05 0.077299 0.121 0.00029 0.00132 9.9999e-06 9.54e-05 0.00271 0.00815 0.00070999 0.00275 0.098929 0.149 7.9999e-05 0.000467 del_14q23.3 131 (35%) 239 9.9999e-06 9.54e-05 0.37434 0.436 0.00012 0.00064 4e-05 0.000268 0.87485 0.897 0.097469 0.148 0.0066499 0.0175 0.058489 0.0974 del_14q32.33 132 (36%) 238 9.9999e-06 9.54e-05 0.11415 0.168 0.00024 0.00117 6.9999e-05 0.000418 0.75284 0.784 0.24341 0.303 0.01469 0.032 0.03036 0.0581 del_15q26.3 79 (21%) 291 0.0349 0.0648 0.25047 0.308 0.0045 0.0124 0.0083899 0.0206 0.35649 0.417 0.12074 0.175 0.00173 0.00568 0.070829 0.114 del_16q23.1 162 (44%) 208 9.9999e-06 9.54e-05 9.9999e-06 9.54e-05 9.9999e-06 9.54e-05 9.9999e-06 9.54e-05 0.71184 0.748 9.9999e-06 9.54e-05 2e-05 0.00015 4e-05 0.000268 del_17p13.1 226 (61%) 144 9.9999e-06 9.54e-05 0.02145 0.0436 2e-05 0.00015 9.9999e-05 0.000564 0.00172 0.00568 5e-05 0.000314 0.62652 0.677 9.9999e-06 9.54e-05 del_17p11.2 195 (53%) 175 9.9999e-06 9.54e-05 0.15321 0.212 0.00145 0.00503 0.0082799 0.0205 9.9999e-05 0.000564 0.00029 0.00132 0.27525 0.334 0.00022 0.0011 del_18q21.2 94 (25%) 276 0.00138 0.00485 0.00029 0.00132 0.20543 0.263 9.9999e-06 9.54e-05 0.11462 0.168 0.53872 0.596 0.17179 0.231 0.24848 0.308 del_19p13.3 87 (24%) 283 9.9999e-06 9.54e-05 0.42762 0.486 0.00027 0.00129 0.00295 0.00866 0.40461 0.463 0.13094 0.187 0.0212 0.0433 0.00251 0.00764 del_20p12.1 29 (8%) 341 0.04373 0.0777 0.6841 0.728 0.95391 0.96 0.54661 0.602 0.37719 0.438 0.73548 0.77 0.92264 0.934 0.37798 0.438 del_22q12.1 79 (21%) 291 0.02961 0.0576 0.18891 0.249 0.00168 0.00559 0.1054 0.157 0.22884 0.287 0.19552 0.255 0.18085 0.24 0.50255 0.563 del_22q13.32 83 (22%) 287 0.0049 0.0133 0.058139 0.0971 5e-05 0.000314 0.01042 0.0242 0.092959 0.142 0.26317 0.321 0.18076 0.24 0.12163 0.175 del_xq26.2 67 (18%) 303 2e-05 0.00015 0.04692 0.0819 0.34127 0.401 0.39239 0.452 0.90514 0.92 0.69692 0.737 0.31328 0.372 0.89431 0.912