Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 18 (10%) 166 0.42895 0.628 0.078359 0.211 0.10323 0.258 0.02176 0.0895 0.75827 0.878 0.73894 0.866 1 1 0.93726 0.98 0.13542 0.3 0.89346 0.96 1q gain 50 (27%) 134 0.0075899 0.0436 6.9999e-05 0.00126 0.42577 0.627 0.29366 0.479 0.01189 0.0592 0.062439 0.181 0.0056499 0.0363 0.03791 0.13 0.00032 0.00471 0.01213 0.0592 2p gain 14 (8%) 170 0.02157 0.0891 0.00060999 0.00686 0.44671 0.638 0.28934 0.474 0.6342 0.793 0.18468 0.367 0.43872 0.633 0.01517 0.0694 0.12748 0.29 0.098009 0.249 2q gain 16 (9%) 168 0.0358 0.125 0.00171 0.0148 0.446 0.638 0.28788 0.473 0.46564 0.651 0.18238 0.366 0.51537 0.696 0.00458 0.0304 0.19811 0.386 0.04076 0.135 3p gain 10 (5%) 174 0.01222 0.0593 0.0077699 0.0442 0.55588 0.731 0.20596 0.394 0.54016 0.718 0.61653 0.781 0.84105 0.927 0.44144 0.635 0.52943 0.708 0.52811 0.708 3q gain 20 (11%) 164 0.00029 0.0045 4e-05 0.000853 0.20593 0.394 0.04246 0.138 0.26312 0.456 0.27806 0.465 0.77591 0.89 0.059309 0.177 0.17536 0.353 0.27032 0.457 4p gain 11 (6%) 173 0.01465 0.0679 0.57204 0.743 0.3559 0.549 0.04624 0.146 0.00126 0.0117 0.01001 0.052 0.03535 0.124 0.02023 0.0862 0.78098 0.893 0.20437 0.393 4q gain 8 (4%) 176 0.00052999 0.00631 0.22444 0.412 0.35578 0.549 0.0457 0.145 0.02262 0.0907 0.0343 0.122 0.02204 0.0897 0.03945 0.133 0.52179 0.702 0.15302 0.325 5p gain 28 (15%) 156 9.9999e-06 0.000279 0.35945 0.552 0.80447 0.904 0.46533 0.651 0.66891 0.816 0.15682 0.329 0.23772 0.43 0.12579 0.289 0.0066299 0.0398 0.45436 0.64 5q gain 20 (11%) 164 9.9999e-06 0.000279 0.4852 0.67 0.71943 0.853 0.25749 0.453 0.32762 0.518 0.01012 0.0522 0.10996 0.266 0.03457 0.123 0.11609 0.276 0.14491 0.313 6p gain 7 (4%) 177 0.00045 0.00579 0.52625 0.707 0.74482 0.871 0.43186 0.629 0.88932 0.958 1 1 0.90701 0.963 0.87288 0.947 0.060479 0.179 1 1 6q gain 5 (3%) 179 0.0167 0.0747 0.65568 0.811 1 1 0.90747 0.963 0.85245 0.931 1 1 1 1 1 1 0.03188 0.117 0.45395 0.64 7p gain 52 (28%) 132 9.9999e-06 0.000279 0.01539 0.07 0.0095599 0.0503 0.060519 0.179 0.35414 0.548 0.26739 0.457 0.2788 0.466 0.04742 0.149 0.0058599 0.0371 0.16565 0.339 7q gain 48 (26%) 136 9.9999e-06 0.000279 0.085789 0.226 0.03979 0.133 0.12632 0.289 0.75753 0.878 0.2586 0.454 0.66845 0.816 0.33917 0.53 0.02354 0.0912 0.45039 0.638 8p gain 26 (14%) 158 0.0035 0.0244 0.096339 0.245 0.64877 0.805 0.94034 0.98 0.75806 0.878 0.95841 0.991 0.22102 0.412 0.55483 0.731 0.01196 0.0592 0.66524 0.814 8q gain 48 (26%) 136 3e-05 0.000694 0.0084499 0.0462 0.84533 0.929 0.78756 0.893 0.29332 0.479 0.54656 0.722 0.39883 0.594 0.080579 0.215 0.00119 0.0112 0.066539 0.187 9p gain 8 (4%) 176 0.01137 0.0579 1 1 0.79781 0.901 0.26625 0.456 0.59092 0.756 0.63314 0.793 0.68108 0.823 0.7872 0.893 0.57552 0.743 0.44543 0.638 9q gain 12 (7%) 172 6.9999e-05 0.00126 0.65882 0.812 0.82181 0.914 0.50224 0.683 0.92757 0.974 0.61179 0.777 0.63049 0.793 0.26548 0.456 0.26341 0.456 0.28349 0.468 10p gain 10 (5%) 174 0.03373 0.122 0.20082 0.387 0.0186 0.0806 0.094089 0.243 0.21637 0.409 0.81736 0.911 0.47505 0.662 0.9009 0.961 0.00089999 0.00935 1 1 10q gain 13 (7%) 171 0.02707 0.102 0.057239 0.173 0.04232 0.138 0.13849 0.303 0.14688 0.316 0.38006 0.573 0.29637 0.48 0.91323 0.967 5e-04 0.00623 1 1 11p gain 13 (7%) 171 0.00075999 0.0081 0.04511 0.144 0.13238 0.296 0.71539 0.851 0.75211 0.877 1 1 0.72658 0.859 0.78757 0.893 0.43094 0.629 0.75007 0.875 11q gain 15 (8%) 169 0.0059099 0.0371 0.0121 0.0592 0.071239 0.195 0.03146 0.116 0.94111 0.98 0.93608 0.98 0.49959 0.68 0.53745 0.716 0.28234 0.468 0.18283 0.366 12p gain 30 (16%) 154 9.9999e-06 0.000279 0.00093999 0.00962 0.30788 0.494 0.02386 0.0912 0.67536 0.818 0.25348 0.448 0.111 0.268 0.068709 0.191 0.00228 0.0181 0.45666 0.642 12q gain 22 (12%) 162 9.9999e-06 0.000279 0.01679 0.0747 0.055839 0.169 0.055239 0.168 0.58848 0.755 0.11178 0.269 0.20643 0.394 0.04173 0.137 0.00412 0.0278 0.15248 0.325 13q gain 29 (16%) 155 0.01727 0.0756 0.78742 0.893 0.87357 0.947 0.89835 0.96 0.21125 0.401 0.47118 0.658 0.21854 0.411 0.12586 0.289 0.43511 0.632 0.79558 0.9 14q gain 26 (14%) 158 2e-05 0.000506 0.22283 0.412 0.58981 0.756 0.66175 0.814 0.2754 0.463 0.57581 0.743 0.1705 0.347 0.26528 0.456 0.10344 0.258 0.9242 0.974 15q gain 14 (8%) 170 0.088709 0.232 0.064169 0.183 0.66563 0.814 1 1 0.3428 0.534 0.13308 0.296 0.24924 0.444 1 1 0.25368 0.448 0.86583 0.941 16p gain 22 (12%) 162 9.9999e-06 0.000279 0.00075999 0.0081 0.00172 0.0148 0.42757 0.627 0.15552 0.329 0.059379 0.177 0.067649 0.189 0.01475 0.0679 0.00208 0.017 0.02862 0.107 16q gain 23 (12%) 161 9.9999e-06 0.000279 3e-04 0.0045 0.11294 0.271 0.83835 0.925 0.10595 0.26 0.055059 0.168 0.01287 0.0617 0.00076999 0.0081 0.00244 0.019 0.003 0.0219 17p gain 9 (5%) 175 5.9999e-05 0.00113 0.02038 0.0863 0.40594 0.602 0.27987 0.466 0.00252 0.0194 0.00051999 0.00631 0.00094999 0.00962 0.00255 0.0195 0.22398 0.412 0.0098999 0.0517 17q gain 17 (9%) 167 0.00048 0.00607 0.25192 0.447 0.66387 0.814 0.81402 0.911 0.18977 0.374 0.062949 0.181 0.096209 0.245 0.069199 0.192 0.12051 0.283 0.24685 0.441 18p gain 28 (15%) 156 9.9999e-06 0.000279 0.01971 0.0845 0.5605 0.733 0.45925 0.645 0.02597 0.0983 0.19721 0.386 0.1458 0.314 0.0229 0.0908 0.03378 0.122 0.10118 0.255 18q gain 12 (7%) 172 3e-05 0.000694 0.68205 0.823 0.8785 0.951 0.16153 0.334 0.38144 0.574 0.4885 0.672 0.4796 0.663 0.12301 0.286 0.36566 0.558 0.088669 0.232 19p gain 17 (9%) 167 0.00058999 0.00683 0.69268 0.829 0.27505 0.463 0.11632 0.276 0.68315 0.823 0.61846 0.781 0.01209 0.0592 0.33643 0.527 0.38428 0.577 0.59859 0.765 19q gain 28 (15%) 156 0.00027 0.00429 0.31645 0.503 0.88501 0.956 0.63859 0.796 0.89585 0.96 0.88938 0.958 0.069429 0.192 0.68954 0.827 0.1058 0.26 1 1 20p gain 34 (18%) 150 9.9999e-06 0.000279 0.01743 0.0759 0.14395 0.313 0.11686 0.276 0.22724 0.416 0.15622 0.329 0.22011 0.411 0.01723 0.0756 0.0064299 0.0398 0.25993 0.456 20q gain 45 (24%) 139 9.9999e-06 0.000279 0.03175 0.117 0.22962 0.419 0.02056 0.0863 0.54351 0.72 0.17499 0.353 0.33329 0.523 0.02321 0.0908 0.00033 0.00475 0.2102 0.4 22q gain 8 (4%) 176 0.35079 0.545 0.065239 0.185 0.88072 0.952 0.23011 0.419 0.10852 0.264 0.078539 0.211 0.3655 0.558 0.065669 0.186 0.14457 0.313 0.26905 0.457 xp gain 8 (4%) 176 5e-05 0.00101 0.22377 0.412 0.72967 0.859 0.098249 0.249 0.12453 0.289 0.03527 0.124 0.04208 0.137 0.04006 0.134 0.72325 0.856 0.070869 0.195 xq gain 13 (7%) 171 0.00039 0.00526 0.68617 0.825 0.12664 0.289 0.31682 0.503 0.1255 0.289 0.0093199 0.0497 0.16243 0.335 0.03706 0.128 0.81001 0.908 0.085859 0.226 1p loss 36 (20%) 148 5.9999e-05 0.00113 9.9999e-06 0.000279 0.0057399 0.0366 0.1393 0.304 0.0094899 0.0502 0.063339 0.181 0.16597 0.339 0.051389 0.159 0.02919 0.108 0.02316 0.0908 1q loss 8 (4%) 176 0.04323 0.139 0.41349 0.612 0.74237 0.869 0.92528 0.974 1 1 0.51073 0.692 0.75841 0.878 0.6967 0.832 0.10483 0.26 0.78252 0.893 2p loss 11 (6%) 173 0.0080799 0.0454 0.57289 0.743 0.44754 0.638 0.80031 0.902 0.67063 0.817 0.19208 0.377 0.92145 0.973 0.75845 0.878 0.26489 0.456 0.84668 0.929 2q loss 5 (3%) 179 0.00058999 0.00683 0.75956 0.878 NA NA NA NA 0.45098 0.638 0.090189 0.235 0.44894 0.638 0.29454 0.479 0.15727 0.329 0.36137 0.554 3p loss 36 (20%) 148 0.00161 0.0142 0.050349 0.157 0.13138 0.296 0.45052 0.638 0.65177 0.807 0.90657 0.963 0.20898 0.398 0.29933 0.483 0.1091 0.265 0.55722 0.732 3q loss 19 (10%) 165 0.032 0.117 0.42255 0.625 0.00285 0.021 0.058699 0.177 0.53025 0.708 0.67279 0.817 0.78239 0.893 1 1 0.0075299 0.0436 0.85444 0.931 4p loss 25 (14%) 159 0.04206 0.137 0.0069299 0.041 0.29321 0.479 0.84953 0.93 0.10526 0.26 0.10375 0.258 0.57593 0.743 0.01172 0.0592 0.95765 0.991 0.00315 0.0226 4q loss 25 (14%) 159 0.24571 0.44 0.02054 0.0863 0.49642 0.678 0.3594 0.552 0.054539 0.167 0.18448 0.367 0.19936 0.386 0.0027 0.0202 0.70823 0.844 0.00133 0.0121 5p loss 9 (5%) 175 0.00335 0.0236 0.85323 0.931 0.93358 0.98 0.81746 0.911 0.91017 0.965 0.23894 0.431 0.84335 0.928 1 1 0.15892 0.331 0.80347 0.904 5q loss 13 (7%) 171 0.00391 0.0266 0.26103 0.456 0.72856 0.859 0.35308 0.548 0.93482 0.98 0.24967 0.444 0.62011 0.781 0.44911 0.638 0.13857 0.303 0.60287 0.768 6p loss 64 (35%) 120 2e-05 0.000506 0.00019 0.00321 0.082429 0.219 0.18859 0.373 0.13544 0.3 0.01456 0.0679 0.22038 0.411 0.00111 0.0107 0.00283 0.021 0.00013 0.00224 6q loss 83 (45%) 101 9.9999e-06 0.000279 9.9999e-06 0.000279 0.03899 0.133 0.55968 0.733 0.00024 0.00389 0.00045 0.00579 0.00134 0.0121 9.9999e-06 0.000279 9.9999e-06 0.000279 9.9999e-06 0.000279 7p loss 3 (2%) 181 0.17504 0.353 0.61888 0.781 NA NA NA NA 0.79913 0.902 0.77282 0.889 0.42754 0.627 1 1 0.43343 0.63 0.31353 0.5 7q loss 4 (2%) 180 0.071249 0.195 0.23727 0.43 0.16432 0.338 0.16185 0.334 0.81022 0.908 1 1 0.5442 0.72 1 1 0.26425 0.456 0.56109 0.733 8p loss 41 (22%) 143 0.00104 0.0103 0.0037 0.0254 0.10321 0.258 0.20074 0.387 0.1473 0.316 0.0052599 0.0341 0.01557 0.0705 0.01184 0.0592 0.0066199 0.0398 0.00227 0.0181 8q loss 16 (9%) 168 0.01898 0.0818 0.28013 0.466 0.062979 0.181 0.30444 0.49 0.79353 0.899 0.4385 0.633 0.33342 0.523 0.44945 0.638 0.050339 0.157 0.16854 0.344 9p loss 75 (41%) 109 9.9999e-06 0.000279 0.0066299 0.0398 0.10747 0.263 0.17476 0.353 0.0031 0.0224 0.03952 0.133 0.01677 0.0747 0.01431 0.0678 0.0084399 0.0462 0.0073399 0.0428 9q loss 43 (23%) 141 0.11661 0.276 0.54346 0.72 0.51525 0.696 0.11631 0.276 0.27001 0.457 0.43975 0.634 0.1985 0.386 0.26617 0.456 0.21932 0.411 0.31219 0.499 10p loss 36 (20%) 148 0.00036 0.00494 0.29631 0.48 0.89637 0.96 0.67515 0.818 0.15958 0.331 0.19239 0.377 0.36821 0.56 0.14393 0.313 0.063309 0.181 0.093979 0.243 10q loss 30 (16%) 154 5e-05 0.00101 0.89769 0.96 0.89603 0.96 0.19809 0.386 0.18485 0.367 0.01724 0.0756 0.53032 0.708 0.33311 0.523 0.22997 0.419 0.099069 0.25 11p loss 17 (9%) 167 0.00141 0.0126 0.12534 0.289 0.28378 0.468 0.074639 0.202 0.94242 0.98 0.68387 0.823 0.47624 0.663 0.47982 0.663 0.4791 0.663 0.72761 0.859 11q loss 16 (9%) 168 0.00067999 0.00755 0.65843 0.812 0.47924 0.663 0.00114 0.0109 0.78446 0.893 0.81724 0.911 0.92746 0.974 0.57246 0.743 0.40104 0.596 0.82216 0.914 12p loss 20 (11%) 164 2e-04 0.00331 0.03553 0.125 4e-05 0.000853 0.00043 0.00571 0.061919 0.181 0.0082599 0.0458 0.083109 0.22 0.00106 0.0103 0.34242 0.534 0.00178 0.0152 12q loss 28 (15%) 156 9.9999e-06 0.000279 0.060009 0.179 0.00452 0.0303 0.052189 0.161 0.15364 0.326 0.00239 0.0188 0.12253 0.286 0.118 0.278 0.24049 0.433 0.02454 0.0933 13q loss 20 (11%) 164 0.00060999 0.00686 0.0093099 0.0497 0.97299 1 0.63262 0.793 0.0027 0.0202 0.15787 0.33 0.0238 0.0912 0.01239 0.0597 0.00182 0.0154 0.061979 0.181 14q loss 16 (9%) 168 0.23507 0.427 0.02273 0.0907 0.55079 0.727 0.73401 0.862 0.49197 0.673 0.074069 0.201 0.37368 0.567 0.21846 0.411 0.7714 0.889 0.58286 0.751 15q loss 30 (16%) 154 3e-05 0.000694 0.0088999 0.0484 0.56472 0.737 0.61842 0.781 0.02151 0.0891 0.00198 0.0164 0.078249 0.211 0.0066499 0.0398 0.10787 0.263 0.00353 0.0244 16p loss 11 (6%) 173 0.0082499 0.0458 0.5764 0.743 0.0223 0.0899 0.0092299 0.0497 0.67141 0.817 0.49036 0.672 0.63361 0.793 0.42695 0.627 0.27601 0.463 0.83637 0.925 16q loss 13 (7%) 171 0.02388 0.0912 0.94043 0.98 0.71916 0.853 0.37781 0.571 0.70622 0.842 0.12192 0.285 0.43164 0.629 0.24247 0.435 0.13069 0.295 0.28102 0.466 17p loss 80 (43%) 104 9.9999e-06 0.000279 9.9999e-06 0.000279 0.061019 0.18 0.15273 0.325 9.9999e-06 0.000279 9.9999e-06 0.000279 9.9999e-06 0.000279 4e-05 0.000853 9.9999e-06 0.000279 2e-05 0.000506 17q loss 22 (12%) 162 0.00074999 0.0081 0.22276 0.412 0.01068 0.0548 0.081299 0.217 0.15581 0.329 0.3865 0.579 0.51745 0.697 0.31129 0.498 0.17677 0.355 0.31762 0.503 18p loss 55 (30%) 129 0.12819 0.291 0.26852 0.457 0.83698 0.925 0.76555 0.883 0.64743 0.804 0.63581 0.794 0.36547 0.558 0.90171 0.961 0.26867 0.457 0.27288 0.46 18q loss 106 (58%) 78 9.9999e-06 0.000279 0.00034 0.00475 0.77457 0.89 0.50507 0.685 0.00192 0.016 0.0052099 0.034 0.01474 0.0679 0.00321 0.0228 0.04852 0.152 5.9999e-05 0.00113 19p loss 19 (10%) 165 0.00134 0.0121 0.02229 0.0899 0.49754 0.678 0.067829 0.189 0.062299 0.181 0.0231 0.0908 0.38871 0.581 0.0066599 0.0398 3e-04 0.0045 0.02123 0.0886 19q loss 12 (7%) 172 0.0070199 0.0412 0.13266 0.296 0.29894 0.483 0.22246 0.412 0.03951 0.133 0.01461 0.0679 0.48954 0.672 0.051549 0.159 0.095409 0.245 0.072869 0.199 20p loss 20 (11%) 164 0.00034 0.00475 0.0457 0.145 0.66338 0.814 0.73105 0.859 0.0066799 0.0398 0.092729 0.241 0.03757 0.129 0.0406 0.135 0.00212 0.0172 0.01422 0.0678 20q loss 5 (3%) 179 0.26646 0.456 0.065979 0.186 NA NA NA NA 0.38447 0.577 0.84731 0.929 0.92053 0.973 0.8273 0.918 0.12915 0.292 0.60204 0.768 21q loss 58 (32%) 126 9.9999e-06 0.000279 0.02331 0.0908 0.61204 0.777 0.13173 0.296 0.02197 0.0897 0.095709 0.245 0.39301 0.586 0.03241 0.118 0.00052999 0.00631 0.03658 0.127 22q loss 46 (25%) 138 9.9999e-06 0.000279 0.0049 0.0323 0.85754 0.934 0.95097 0.988 0.2194 0.411 0.37652 0.57 0.30766 0.494 0.03973 0.133 0.00101 0.0101 0.0285 0.107 xp loss 27 (15%) 157 0.00013 0.00224 0.13589 0.3 0.03418 0.122 0.6408 0.797 0.43842 0.633 0.2848 0.469 0.13624 0.3 0.95529 0.991 0.2521 0.447 0.69158 0.829 xq loss 18 (10%) 166 9.9999e-06 0.000279 0.0434 0.139 0.0077999 0.0442 0.18639 0.369 0.36823 0.56 0.32986 0.521 0.26317 0.456 0.83427 0.924 0.49049 0.672 0.58631 0.754