Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1p34.2 13 (7%) 171 0.11262 0.206 0.29616 0.402 0.17135 0.278 0.04352 0.106 0.86235 0.899 0.26432 0.37 0.92926 0.949 0.91733 0.941 0.47462 0.575 0.42419 0.53 amp_1p12 27 (15%) 157 0.54921 0.638 0.19702 0.303 0.16859 0.277 0.20239 0.309 0.26342 0.37 0.44078 0.548 0.47614 0.575 0.26284 0.37 0.45605 0.56 0.098639 0.189 amp_1q21.3 62 (34%) 122 0.00281 0.0127 9.9999e-06 0.00014 0.065779 0.141 0.076669 0.159 0.00123 0.00717 0.011 0.0345 0.00147 0.00812 0.01573 0.0459 0.00038 0.00272 0.00258 0.0121 amp_2q36.2 26 (14%) 158 0.00016 0.00128 0.00094999 0.00581 0.056529 0.127 0.31367 0.416 0.058329 0.13 0.02071 0.0567 0.6069 0.683 0.00376 0.0158 0.16733 0.275 0.00301 0.0134 amp_3p12.2 12 (7%) 172 0.0082599 0.0283 0.01224 0.0382 0.083539 0.167 0.76743 0.821 1 1 0.91995 0.942 0.83379 0.878 1 1 1 1 0.71669 0.776 amp_3q26.2 32 (17%) 152 5.9999e-05 0.000548 2e-05 0.000233 0.21148 0.319 0.0166 0.048 0.04093 0.101 0.052469 0.121 0.21815 0.326 0.01757 0.0499 0.0067399 0.0241 0.086939 0.172 amp_4p16.3 15 (8%) 169 0.04375 0.106 0.62882 0.7 0.13881 0.24 0.070489 0.15 0.03284 0.0831 0.01901 0.053 0.13023 0.23 0.02777 0.0714 0.64353 0.714 0.13814 0.239 amp_6p21.31 12 (7%) 172 0.00231 0.0111 0.18512 0.292 0.68096 0.75 0.6845 0.751 0.29672 0.402 0.85286 0.896 0.47889 0.575 0.71642 0.776 0.0090399 0.0303 0.14481 0.247 amp_7q22.1 56 (30%) 128 9.9999e-06 0.00014 0.0076999 0.0271 0.03231 0.0821 0.68327 0.751 0.14297 0.246 0.31251 0.416 0.04232 0.104 0.03935 0.0976 0.0058699 0.022 0.066189 0.141 amp_8p11.22 34 (18%) 150 0.01859 0.0523 0.47892 0.575 0.1236 0.22 0.33298 0.438 1 1 0.69774 0.762 0.81038 0.857 0.68601 0.752 0.050029 0.117 0.50634 0.601 amp_8p11.21 34 (18%) 150 0.0062099 0.023 0.26164 0.37 0.23919 0.348 0.45398 0.559 0.59177 0.671 0.69756 0.762 0.85771 0.898 0.21294 0.319 0.02089 0.0568 0.17032 0.277 amp_8q24.21 74 (40%) 110 9.9999e-06 0.00014 9.9999e-06 0.00014 0.10376 0.195 0.14372 0.247 0.13151 0.23 0.061299 0.134 0.11498 0.209 0.056009 0.127 0.00272 0.0124 0.0064999 0.0235 amp_9p13.3 24 (13%) 160 0.00224 0.0109 0.7139 0.776 0.94842 0.965 0.31339 0.416 0.14579 0.248 0.39029 0.496 0.61984 0.692 0.079689 0.163 0.73863 0.795 0.58831 0.67 amp_12p13.33 39 (21%) 145 9.9999e-06 0.00014 2e-05 0.000233 0.40263 0.509 0.27598 0.383 0.77116 0.823 0.54957 0.638 0.12246 0.219 0.19836 0.304 0.00066999 0.00431 0.88672 0.919 amp_12p11.21 43 (23%) 141 9.9999e-06 0.00014 9.9999e-06 0.00014 0.49549 0.59 0.46064 0.561 0.24474 0.354 0.31084 0.416 0.01938 0.0538 0.0075899 0.0269 0.00378 0.0158 0.51515 0.609 amp_12q15 29 (16%) 155 9.9999e-06 0.00014 0.00163 0.00863 0.28852 0.396 0.074369 0.156 0.80521 0.853 0.32742 0.432 0.098099 0.189 0.076069 0.158 0.01328 0.0402 0.40428 0.509 amp_15q26.1 22 (12%) 162 0.01076 0.0341 0.055489 0.126 0.33279 0.438 0.66688 0.737 0.2123 0.319 0.11143 0.206 0.45132 0.556 0.53701 0.627 0.36279 0.467 0.30042 0.404 amp_17p11.2 15 (8%) 169 0.00227 0.011 0.37054 0.475 0.36902 0.474 0.40779 0.512 0.18101 0.287 0.04948 0.116 0.04703 0.113 0.11213 0.206 0.88597 0.919 0.31098 0.416 amp_17q12 31 (17%) 153 5e-05 0.000485 0.11435 0.208 0.95904 0.973 0.98574 0.995 0.13099 0.23 0.21343 0.319 0.080369 0.163 0.058919 0.13 0.25346 0.361 0.12665 0.225 amp_18q11.2 56 (30%) 128 2e-05 0.000233 0.00016 0.00128 0.074469 0.156 0.10338 0.195 0.02451 0.0646 0.075709 0.158 0.00268 0.0124 0.00063999 0.00416 0.00378 0.0158 0.00022 0.00163 amp_19p13.2 18 (10%) 166 0.00169 0.00887 0.25609 0.363 0.44885 0.556 0.34495 0.447 0.90231 0.93 0.70997 0.774 0.00457 0.0181 0.11183 0.206 0.10288 0.195 0.26741 0.373 amp_19q13.2 47 (26%) 137 9.9999e-06 0.00014 0.02551 0.0664 0.34303 0.446 0.51023 0.604 0.95034 0.966 0.87316 0.908 0.57466 0.658 0.2283 0.335 0.38912 0.496 0.57572 0.658 amp_20p11.23 38 (21%) 146 9.9999e-06 0.00014 0.00155 0.00849 0.077799 0.161 0.11763 0.212 0.72461 0.782 0.39172 0.497 0.38787 0.496 0.02524 0.066 0.00086999 0.00543 0.16093 0.266 amp_xp22.11 11 (6%) 173 0.01464 0.0435 0.22681 0.334 0.40974 0.513 0.050249 0.117 0.10791 0.2 0.076029 0.158 0.03516 0.0882 0.091299 0.178 0.84319 0.887 0.0081699 0.0283 amp_xq27.1 21 (11%) 163 9.9999e-06 0.00014 0.31114 0.416 0.18767 0.293 0.29987 0.404 0.75939 0.814 0.19493 0.301 0.21175 0.319 0.4577 0.561 0.86798 0.904 0.65225 0.722 del_1p36.32 52 (28%) 132 4e-05 0.000406 9.9999e-06 0.00014 0.04881 0.115 0.48216 0.576 0.01019 0.0331 0.15218 0.256 0.17499 0.281 0.064409 0.139 0.01505 0.0443 0.01758 0.0499 del_1p36.11 68 (37%) 116 9.9999e-06 0.00014 9.9999e-06 0.00014 0.01667 0.048 0.28222 0.39 0.00215 0.0106 0.01788 0.0505 0.10774 0.2 0.086049 0.171 0.0082699 0.0283 0.0055799 0.0214 del_2q14.3 9 (5%) 175 4e-05 0.000406 0.11816 0.213 0.33839 0.441 0.19669 0.303 1 1 0.47555 0.575 0.48455 0.578 0.71981 0.778 0.094579 0.183 0.60529 0.682 del_3p21.31 51 (28%) 133 2e-05 0.000233 0.00444 0.0178 0.24094 0.35 0.54151 0.631 0.20803 0.317 0.78825 0.836 0.098319 0.189 0.04462 0.108 0.04828 0.114 0.21313 0.319 del_4p15.31 30 (16%) 154 0.011 0.0345 0.00052999 0.00359 0.39043 0.496 0.52884 0.622 0.03569 0.0892 0.02649 0.0684 0.45903 0.561 0.0097299 0.0323 0.51789 0.611 0.01051 0.0338 del_4q22.1 27 (15%) 157 0.12955 0.229 0.01061 0.0338 0.33746 0.441 0.14476 0.247 0.00496 0.0192 0.090389 0.177 0.13197 0.23 0.00159 0.00863 0.22578 0.334 0.0057399 0.0218 del_4q34.3 35 (19%) 149 0.00419 0.017 0.061439 0.134 0.10507 0.196 0.053869 0.123 0.18732 0.293 0.6226 0.694 0.7156 0.776 0.17228 0.279 0.61631 0.69 0.2317 0.339 del_5q14.2 35 (19%) 149 9.9999e-06 0.00014 0.050309 0.117 0.29055 0.397 0.14804 0.251 0.19233 0.298 0.21943 0.327 0.1023 0.194 0.17805 0.285 0.079739 0.163 0.089839 0.177 del_6p25.2 74 (40%) 110 9.9999e-06 0.00014 2e-05 0.000233 0.00205 0.0102 0.18018 0.287 0.0314 0.0801 0.01239 0.0385 0.090499 0.177 0.00045 0.00319 0.00143 0.00797 0.00016 0.00128 del_6p22.2 70 (38%) 114 9.9999e-06 0.00014 8.9999e-05 0.000787 0.0359 0.0894 0.56134 0.648 0.078399 0.161 0.02214 0.0589 0.22844 0.335 0.00097999 0.00588 0.00262 0.0122 0.00014 0.00119 del_6q25.3 91 (49%) 93 9.9999e-06 0.00014 9.9999e-06 0.00014 0.01247 0.0385 0.40382 0.509 0.00055999 0.00375 0.00476 0.0185 0.00465 0.0182 0.00016 0.00128 9.9999e-06 0.00014 0.00015 0.00126 del_7q36.1 15 (8%) 169 0.00119 0.00701 0.1693 0.277 0.15433 0.257 0.02179 0.0582 0.21143 0.319 0.60089 0.678 0.9053 0.932 0.33828 0.441 0.056239 0.127 0.2496 0.357 del_8p23.2 58 (32%) 126 0.00018 0.00137 0.060219 0.132 0.29604 0.402 0.29648 0.402 0.35607 0.46 0.31692 0.419 0.1746 0.281 0.15362 0.257 0.02093 0.0568 0.066299 0.141 del_9p21.3 116 (63%) 68 9.9999e-06 0.00014 9.9999e-06 0.00014 0.15118 0.255 0.56763 0.653 9.9999e-06 0.00014 9.9999e-05 0.000863 9.9999e-06 0.00014 9.9999e-06 0.00014 9.9999e-06 0.00014 9.9999e-06 0.00014 del_9q22.33 47 (26%) 137 0.065759 0.141 0.2496 0.357 0.47911 0.575 0.17394 0.281 0.13522 0.235 0.4295 0.536 0.081599 0.165 0.10073 0.192 0.15591 0.258 0.11553 0.209 del_10p15.3 41 (22%) 143 0.00087999 0.00544 0.23332 0.34 0.89662 0.926 0.67742 0.747 0.02803 0.0718 0.01294 0.0396 0.10819 0.2 0.02487 0.0653 0.057249 0.128 0.0064999 0.0235 del_10q23.33 35 (19%) 149 0.00034 0.00246 0.40476 0.509 0.56841 0.653 0.31184 0.416 0.45071 0.556 0.17746 0.284 0.75844 0.814 0.5365 0.627 0.63058 0.701 0.090339 0.177 del_11p15.4 29 (16%) 155 0.00062999 0.00413 0.81957 0.865 0.0019 0.00965 0.083199 0.167 0.92896 0.949 0.78455 0.834 0.46439 0.565 0.55171 0.639 0.16982 0.277 1 1 del_12p13.1 29 (16%) 155 3e-05 0.00032 0.00070999 0.00452 0.0081599 0.0283 0.05 0.117 0.0098999 0.0326 0.00134 0.00767 0.00463 0.0182 5.9999e-05 0.000548 0.02163 0.0582 0.00050999 0.00349 del_12q12 25 (14%) 159 9.9999e-06 0.00014 0.00018 0.00137 0.13553 0.235 0.22079 0.328 0.00405 0.0167 0.00097999 0.00588 0.00237 0.0113 0.02102 0.0568 0.00177 0.00914 0.00294 0.0132 del_12q21.33 44 (24%) 140 9.9999e-06 0.00014 0.00137 0.00778 0.01267 0.0389 0.02063 0.0567 0.0072599 0.0258 0.00179 0.00917 0.0058499 0.022 0.0062099 0.023 0.00339 0.0146 0.00141 0.00793 del_12q24.33 43 (23%) 141 2e-05 0.000233 0.00209 0.0104 0.01414 0.0424 0.01436 0.0429 0.00126 0.00728 0.00333 0.0145 0.00334 0.0145 0.00058999 0.00391 0.0067299 0.0241 0.00017 0.00134 del_13q14.2 20 (11%) 164 0.0031 0.0138 0.10483 0.196 0.97303 0.986 0.50315 0.598 0.062179 0.135 0.26301 0.37 0.1223 0.219 0.062319 0.135 0.00196 0.00988 0.090299 0.177 del_14q11.2 20 (11%) 164 0.00371 0.0158 0.0082499 0.0283 0.90771 0.933 0.73945 0.795 0.10109 0.192 0.1315 0.23 0.24683 0.355 0.24694 0.355 0.2634 0.37 0.53648 0.627 del_15q15.1 36 (20%) 148 9.9999e-06 0.00014 0.01028 0.0332 0.26833 0.373 0.43658 0.544 0.04566 0.11 0.00328 0.0145 0.18362 0.291 0.03355 0.0845 0.12361 0.22 0.0057099 0.0218 del_16q23.1 19 (10%) 165 0.01532 0.0449 0.5277 0.621 0.18988 0.295 0.0064499 0.0235 0.55993 0.647 0.04765 0.113 0.29897 0.404 0.33424 0.439 0.15278 0.256 0.2789 0.386 del_17p12 89 (48%) 95 9.9999e-06 0.00014 9.9999e-06 0.00014 0.22691 0.334 0.46045 0.561 9.9999e-06 0.00014 5e-05 0.000485 9.9999e-06 0.00014 7.9999e-05 0.00072 9.9999e-06 0.00014 9.9999e-06 0.00014 del_17q22 49 (27%) 135 9.9999e-06 0.00014 0.00163 0.00863 0.00395 0.0164 0.059799 0.132 0.0099899 0.0326 0.01363 0.0411 0.0085999 0.0291 0.0258 0.0669 3e-05 0.00032 0.053689 0.123 del_18p11.31 54 (29%) 130 0.35025 0.453 0.60059 0.678 0.26592 0.371 0.18451 0.291 0.61376 0.688 0.97515 0.986 0.18839 0.294 0.8548 0.896 0.58997 0.67 0.11225 0.206 del_18q21.2 126 (68%) 58 9.9999e-06 0.00014 9.9999e-06 0.00014 0.24222 0.351 0.61078 0.686 4e-05 0.000406 3e-05 0.00032 0.00018 0.00137 5.9999e-05 0.000548 0.0099799 0.0326 9.9999e-06 0.00014 del_19p13.3 36 (20%) 148 2e-05 0.000233 2e-05 0.000233 0.78167 0.832 0.25113 0.359 0.083239 0.167 0.00175 0.00911 0.16634 0.274 0.0085999 0.0291 5e-05 0.000485 0.00411 0.0168 del_19p13.2 28 (15%) 156 3e-05 0.00032 3e-05 0.00032 0.56889 0.653 0.082989 0.167 0.0062299 0.023 0.00359 0.0154 0.053269 0.122 0.00046 0.00322 9.9999e-06 0.00014 0.00075999 0.00479 del_19q13.33 22 (12%) 162 0.0025 0.0118 0.15106 0.255 0.58922 0.67 0.53088 0.623 0.19374 0.3 0.22678 0.334 0.18636 0.293 0.085549 0.171 0.25358 0.361 0.072969 0.154 del_21q11.2 62 (34%) 122 9.9999e-06 0.00014 0.01061 0.0338 0.34342 0.446 0.21018 0.319 0.0092499 0.0308 0.058379 0.13 0.37378 0.479 0.02179 0.0582 0.00033 0.00242 0.01867 0.0523 del_22q13.31 60 (33%) 124 9.9999e-06 0.00014 5.9999e-05 0.000548 0.46977 0.57 0.89631 0.926 0.01326 0.0402 0.079789 0.163 0.04048 0.1 0.01676 0.048 8.9999e-05 0.000787 0.00108 0.00642 del_22q13.32 62 (34%) 122 9.9999e-06 0.00014 0.00021 0.00157 0.86142 0.899 0.94111 0.959 0.15157 0.255 0.17889 0.285 0.15544 0.258 0.28639 0.395 0.00050999 0.00349 0.0447 0.108 del_xp21.1 29 (16%) 155 2e-05 0.000233 0.095099 0.184 0.0472 0.113 0.57675 0.658 0.29039 0.397 0.45093 0.556 0.056369 0.127 0.77901 0.83 0.01489 0.044 0.48073 0.576 del_xq11.2 23 (12%) 161 9.9999e-06 0.00014 0.00271 0.0124 0.00163 0.00863 0.28819 0.396 0.0089399 0.0301 0.02065 0.0567 0.0043 0.0174 0.02336 0.0618 0.00447 0.0178 0.01601 0.0465