Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 16 (3%) 476 9.9999e-06 0.000143 0.20364 0.298 0.091119 0.175 0.27871 0.384 0.0097699 0.035 0.00061999 0.0041 0.31241 0.421 0.0419 0.098 0.84775 0.899 0.17471 0.267 1q gain 26 (5%) 466 9.9999e-06 0.000143 0.14215 0.233 0.04225 0.0985 0.21134 0.307 0.00016 0.00139 0.00053999 0.00363 0.097489 0.181 0.03321 0.0852 0.50204 0.607 0.19478 0.289 2p gain 10 (2%) 482 0.00104 0.0063 0.076509 0.155 0.42493 0.535 0.44624 0.559 0.0067499 0.0256 0.14276 0.233 0.11287 0.195 0.03646 0.0897 0.16539 0.256 0.18831 0.281 2q gain 7 (1%) 485 0.00091999 0.00575 0.46892 0.581 0.84913 0.899 0.68842 0.761 0.1021 0.184 0.55488 0.65 0.5097 0.609 0.062539 0.133 0.17585 0.267 0.15944 0.248 3p gain 40 (8%) 452 9.9999e-06 0.000143 0.01018 0.036 0.04061 0.0961 0.02677 0.0742 0.00468 0.0195 0.00039 0.00288 0.02157 0.0627 0.0050899 0.0208 0.00371 0.0163 0.00025 0.00198 3q gain 54 (11%) 438 9.9999e-06 0.000143 0.0075399 0.0278 0.02699 0.0742 0.02582 0.0725 0.00112 0.00654 0.0013 0.00727 0.0052899 0.0213 0.00391 0.0171 0.0148 0.0472 2e-05 0.000262 4p gain 9 (2%) 483 0.0277 0.0754 0.84687 0.899 0.1484 0.24 0.41708 0.527 0.48897 0.596 0.7659 0.835 0.91701 0.95 0.41418 0.525 0.60474 0.686 0.57639 0.667 4q gain 10 (2%) 482 0.073829 0.151 0.48688 0.595 0.27336 0.377 0.40279 0.517 1 1 0.55811 0.651 0.85219 0.901 0.17587 0.267 0.1537 0.246 0.071849 0.148 5p gain 23 (5%) 469 9.9999e-06 0.000143 0.059069 0.128 0.02753 0.0752 0.19067 0.283 0.0088199 0.0319 0.061429 0.132 0.00122 0.00692 0.00152 0.00822 0.00191 0.00979 0.00403 0.0173 5q gain 12 (2%) 480 2e-05 0.000262 0.17144 0.264 0.58803 0.675 0.57857 0.669 0.03489 0.0872 0.23005 0.327 0.38034 0.491 0.15917 0.248 0.12315 0.209 0.32386 0.43 6p gain 10 (2%) 482 0.00136 0.00745 0.15925 0.248 0.17377 0.266 0.40398 0.517 0.13913 0.229 0.27209 0.377 0.66989 0.743 0.10628 0.187 0.01767 0.0542 0.074529 0.152 6q gain 6 (1%) 486 0.02025 0.0607 0.79036 0.852 0.82837 0.887 0.91322 0.948 0.10178 0.184 0.58237 0.671 0.19589 0.289 0.0392 0.0931 0.27001 0.374 0.56816 0.661 7p gain 102 (21%) 390 9.9999e-06 0.000143 9.9999e-06 0.000143 0.22872 0.326 0.29885 0.407 9.9999e-06 0.000143 3e-05 0.000358 0.01839 0.0557 5e-05 0.000548 0.00023 0.00186 0.00168 0.00895 7q gain 95 (19%) 397 9.9999e-06 0.000143 9.9999e-06 0.000143 0.30313 0.411 0.63983 0.72 9.9999e-06 0.000143 4e-05 0.000464 0.0242 0.0687 8.9999e-05 0.000857 4e-04 0.00288 0.0054899 0.0219 8p gain 71 (14%) 421 9.9999e-06 0.000143 9.9999e-06 0.000143 7.9999e-05 0.00078 0.00048 0.00325 5.9999e-05 0.000615 0.00048 0.00325 0.12618 0.213 0.0059099 0.0231 0.00207 0.0103 0.00187 0.00965 8q gain 124 (25%) 368 9.9999e-06 0.000143 9.9999e-06 0.000143 0.00013 0.00116 0.00038 0.00284 5e-05 0.000548 3e-05 0.000358 0.00046 0.00323 9.9999e-06 0.000143 9.9999e-06 0.000143 3e-05 0.000358 9p gain 34 (7%) 458 9.9999e-06 0.000143 0.10028 0.184 0.70302 0.774 0.12828 0.215 0.078499 0.158 0.098449 0.182 0.48535 0.595 0.11084 0.193 0.01608 0.0501 0.18016 0.272 9q gain 50 (10%) 442 9.9999e-06 0.000143 0.11827 0.202 0.29466 0.403 0.091749 0.176 0.01543 0.0484 0.18987 0.282 0.35701 0.464 0.01087 0.0376 0.0070199 0.0264 0.01391 0.0456 10p gain 15 (3%) 477 5.9999e-05 0.000615 0.03442 0.0871 0.54527 0.642 0.80138 0.863 0.10467 0.186 0.03373 0.0859 0.57379 0.665 0.01351 0.0445 0.17244 0.265 0.00069999 0.00452 10q gain 14 (3%) 478 0.00025 0.00198 0.057169 0.126 0.072279 0.149 0.092589 0.176 0.12864 0.215 0.0323 0.0831 0.58518 0.673 0.086419 0.168 0.27262 0.377 0.00197 0.01 11p gain 26 (5%) 466 9.9999e-06 0.000143 0.055309 0.123 1 1 0.45449 0.566 0.094269 0.179 0.01456 0.047 0.59953 0.683 0.053629 0.12 0.03557 0.0885 0.17731 0.269 11q gain 29 (6%) 463 9.9999e-06 0.000143 0.073639 0.151 0.95512 0.985 0.40567 0.518 0.03058 0.0808 0.03829 0.092 0.6901 0.761 0.050869 0.114 0.084589 0.166 0.12487 0.212 12p gain 14 (3%) 478 2e-05 0.000262 0.18477 0.276 0.78105 0.844 0.4875 0.595 0.088919 0.172 0.11364 0.195 0.36409 0.473 0.00106 0.00638 0.02383 0.0678 0.20735 0.303 12q gain 17 (3%) 475 0.00048 0.00325 0.082669 0.165 0.47969 0.59 0.62208 0.702 0.20018 0.294 0.11079 0.193 0.78143 0.844 0.01985 0.0597 0.01574 0.0492 0.096009 0.18 13q gain 8 (2%) 484 0.01445 0.0469 0.13944 0.229 0.096069 0.18 0.84878 0.899 0.60463 0.686 0.66347 0.739 0.82249 0.883 0.55831 0.651 0.73934 0.807 0.86782 0.913 14q gain 10 (2%) 482 5.9999e-05 0.000615 0.15826 0.248 0.46771 0.58 0.77882 0.843 0.082649 0.165 0.22856 0.326 0.1131 0.195 0.25419 0.357 0.49294 0.598 0.46545 0.578 15q gain 6 (1%) 486 0.02072 0.0609 1 1 0.42671 0.536 0.88869 0.928 0.87715 0.921 0.6685 0.743 0.77717 0.843 0.18001 0.272 0.70627 0.776 0.32087 0.429 16p gain 31 (6%) 461 9.9999e-06 0.000143 0.26489 0.369 0.56007 0.652 0.85938 0.907 0.070249 0.145 0.31825 0.426 0.15477 0.246 0.00398 0.0173 0.02624 0.0731 0.01271 0.0427 16q gain 8 (2%) 484 0.083279 0.165 0.50038 0.606 0.57994 0.669 0.77053 0.839 0.60485 0.686 0.90299 0.942 0.10224 0.184 0.01293 0.0431 0.64581 0.722 0.54329 0.641 17p gain 8 (2%) 484 0.01471 0.0471 0.91096 0.946 0.3344 0.441 1 1 0.050059 0.113 0.66269 0.739 0.02082 0.061 0.01654 0.0513 0.60645 0.687 0.00361 0.016 17q gain 11 (2%) 481 0.00047 0.00325 0.80252 0.863 0.77867 0.843 0.95718 0.986 0.01719 0.0529 0.216 0.312 0.090349 0.174 0.11001 0.193 0.47572 0.587 0.00067999 0.00442 18p gain 18 (4%) 474 2e-05 0.000262 0.35681 0.464 0.73838 0.807 0.95328 0.984 0.13927 0.229 0.50655 0.609 0.6884 0.761 0.61265 0.693 0.72553 0.794 0.45013 0.562 18q gain 9 (2%) 483 0.0049 0.0203 1 1 0.11067 0.193 1 1 0.10393 0.185 0.9095 0.946 0.64212 0.721 0.43795 0.549 0.45067 0.562 0.6646 0.739 19p gain 12 (2%) 480 9.9999e-06 0.000143 0.15888 0.248 0.01504 0.0477 0.29753 0.406 0.03567 0.0885 0.34238 0.448 0.13961 0.229 0.086139 0.168 0.5142 0.613 0.12189 0.207 19q gain 12 (2%) 480 9.9999e-06 0.000143 0.10182 0.184 0.15185 0.245 0.10945 0.192 0.0383 0.092 0.36657 0.475 0.21823 0.315 0.061519 0.132 0.50699 0.609 0.15468 0.246 20p gain 26 (5%) 466 9.9999e-06 0.000143 0.02222 0.0644 0.22148 0.319 0.1456 0.237 0.02326 0.0665 0.03673 0.0901 0.00203 0.0101 0.00401 0.0173 0.03135 0.0817 0.00407 0.0174 20q gain 28 (6%) 464 9.9999e-06 0.000143 0.0196 0.0592 0.34185 0.448 0.03402 0.0864 0.055149 0.123 0.1255 0.212 0.01144 0.0393 0.0078999 0.029 0.1005 0.184 0.0092899 0.0335 21q gain 21 (4%) 471 9.9999e-06 0.000143 0.03879 0.0924 0.54098 0.639 0.84322 0.898 0.00179 0.00935 0.02682 0.0742 0.01449 0.0469 0.00321 0.0149 0.01212 0.0413 0.02919 0.0784 22q gain 4 (1%) 488 0.094719 0.179 0.55122 0.647 1 1 0.88881 0.928 0.55773 0.651 0.22388 0.321 0.32485 0.431 0.40728 0.519 0.40416 0.517 0.15909 0.248 xp gain 7 (1%) 485 0.00107 0.00639 0.066109 0.139 1 1 0.83811 0.895 0.10246 0.184 0.092149 0.176 0.50974 0.609 0.04442 0.103 0.0063799 0.0244 0.085809 0.168 xq gain 7 (1%) 485 0.00104 0.0063 0.066109 0.139 1 1 0.83794 0.895 0.10148 0.184 0.092369 0.176 0.50735 0.609 0.04606 0.106 0.0063799 0.0244 0.085959 0.168 1p loss 22 (4%) 470 9.9999e-06 0.000143 0.00056999 0.0038 0.54052 0.639 0.86867 0.913 0.00117 0.00673 0.00026 0.00204 0.02523 0.0711 0.00361 0.016 0.02044 0.0608 0.01301 0.0432 1q loss 6 (1%) 486 0.02041 0.0608 0.1538 0.246 0.67911 0.752 0.47318 0.585 0.04325 0.101 0.094949 0.179 0.10143 0.184 0.10162 0.184 0.051059 0.114 0.39324 0.506 2p loss 16 (3%) 476 8.9999e-05 0.000857 0.0051699 0.021 0.17578 0.267 0.59121 0.677 0.48109 0.591 0.35305 0.461 0.13426 0.223 0.087359 0.17 0.00367 0.0162 0.00332 0.0151 2q loss 18 (4%) 474 0.00012 0.00108 0.0207 0.0609 0.47783 0.589 0.88633 0.928 0.72309 0.792 0.48524 0.595 0.12698 0.214 0.0349 0.0872 0.0085499 0.0312 0.00098999 0.00609 3p loss 9 (2%) 483 0.03373 0.0859 0.31314 0.421 0.51825 0.617 0.20542 0.3 0.1064 0.187 0.0382 0.092 0.10436 0.186 0.41051 0.521 0.050279 0.114 0.19538 0.289 3q loss 5 (1%) 487 0.30448 0.411 1 1 NA NA NA NA 0.33106 0.438 0.25122 0.355 0.1567 0.248 0.03222 0.0831 NA NA NA NA 4p loss 24 (5%) 468 9.9999e-06 0.000143 0.01813 0.0551 0.03762 0.0917 0.12795 0.215 0.0043 0.0181 0.02865 0.0774 0.00131 0.00728 0.00259 0.0126 4e-05 0.000464 6.9999e-05 7e-04 4q loss 17 (3%) 475 9.9999e-06 0.000143 0.15423 0.246 0.59328 0.678 0.82732 0.887 0.0064999 0.0248 0.10523 0.186 0.20179 0.296 0.04841 0.111 0.01469 0.0471 0.0050399 0.0207 5p loss 12 (2%) 480 2e-05 0.000262 0.17021 0.262 0.91063 0.946 0.55099 0.647 0.03879 0.0924 0.0055699 0.0221 0.86372 0.91 0.00291 0.0138 0.51031 0.609 0.10274 0.184 5q loss 22 (4%) 470 9.9999e-06 0.000143 0.00279 0.0134 0.1028 0.184 0.28539 0.392 0.012 0.041 0.002 0.0101 0.057299 0.126 0.00112 0.00654 0.11144 0.193 0.02697 0.0742 6p loss 25 (5%) 467 9.9999e-06 0.000143 0.01527 0.0481 0.16811 0.26 0.057549 0.126 0.00027 0.0021 0.00283 0.0135 0.057569 0.126 0.03134 0.0817 0.01436 0.0469 0.00354 0.0159 6q loss 40 (8%) 452 9.9999e-06 0.000143 0.03475 0.0872 0.02622 0.0731 0.02796 0.0758 0.00031 0.00238 0.00091999 0.00575 0.01294 0.0431 0.04818 0.11 0.00438 0.0183 0.00198 0.01 8p loss 168 (34%) 324 9.9999e-06 0.000143 9.9999e-06 0.000143 0.84793 0.899 0.38711 0.499 9.9999e-06 0.000143 9.9999e-06 0.000143 0.00035 0.00267 0.079869 0.16 0.057959 0.126 0.0316 0.0821 8q loss 24 (5%) 468 0.0295 0.0789 0.00112 0.00654 0.71214 0.782 0.41643 0.527 0.01041 0.0365 0.0249 0.0704 0.10262 0.184 0.99194 1 0.21574 0.312 0.24846 0.352 9p loss 21 (4%) 471 9.9999e-06 0.000143 0.2854 0.392 0.0072099 0.0269 0.0052799 0.0213 0.00423 0.018 0.02254 0.0646 0.26257 0.367 0.24248 0.344 0.10692 0.188 0.063299 0.134 9q loss 10 (2%) 482 0.00134 0.00739 0.33978 0.446 0.19742 0.291 0.14951 0.242 0.26228 0.367 0.22697 0.324 0.61475 0.695 0.54969 0.647 0.52015 0.618 0.0373 0.0913 10p loss 41 (8%) 451 9.9999e-06 0.000143 5e-05 0.000548 0.21027 0.306 0.31501 0.423 2e-04 0.00167 5.9999e-05 0.000615 0.083849 0.166 5.9999e-05 0.000615 0.01142 0.0393 0.00014 0.00123 10q loss 43 (9%) 449 9.9999e-06 0.000143 0.00077999 0.00495 0.352 0.46 0.16303 0.253 0.00221 0.0108 4e-04 0.00288 0.03843 0.092 0.00125 0.00704 0.00178 0.00935 0.00012 0.00108 11p loss 8 (2%) 484 0.00214 0.0106 0.077799 0.157 0.59664 0.681 0.70228 0.774 0.26567 0.369 0.11738 0.201 0.32244 0.43 0.25961 0.364 0.1143 0.196 0.1023 0.184 11q loss 5 (1%) 487 0.01348 0.0445 0.069429 0.144 1 1 0.88884 0.928 0.062099 0.133 0.30205 0.41 0.63376 0.714 0.18486 0.276 0.02051 0.0608 0.2883 0.395 12p loss 48 (10%) 444 9.9999e-06 0.000143 0.29839 0.407 0.1382 0.229 0.52544 0.624 0.04955 0.113 0.41836 0.528 0.45648 0.568 0.01666 0.0515 0.0069699 0.0263 0.00277 0.0133 12q loss 20 (4%) 472 3e-05 0.000358 0.18123 0.274 0.50447 0.608 0.33311 0.44 0.25338 0.357 0.26437 0.368 1 1 0.050979 0.114 0.068299 0.142 0.0087699 0.0319 13q loss 77 (16%) 415 9.9999e-06 0.000143 0.33077 0.438 0.49886 0.605 0.01252 0.0424 0.04166 0.0977 0.064949 0.137 0.18179 0.274 0.04074 0.0961 0.22705 0.324 2e-04 0.00167 14q loss 25 (5%) 467 9.9999e-06 0.000143 0.058119 0.126 0.18217 0.274 0.8403 0.896 0.076299 0.155 0.097329 0.181 0.40441 0.517 0.064829 0.137 0.097099 0.181 0.068129 0.142 15q loss 36 (7%) 456 9.9999e-06 0.000143 0.0018 0.00935 0.14015 0.23 0.40783 0.519 0.00066999 0.00439 0.0061599 0.0239 0.00012 0.00108 0.0072599 0.0269 0.00116 0.00672 0.00018 0.00155 16p loss 32 (7%) 460 0.00169 0.00895 0.33606 0.442 1 1 0.13924 0.229 0.49015 0.596 0.37923 0.49 0.64549 0.722 0.31878 0.426 0.22403 0.321 0.03083 0.0811 16q loss 107 (22%) 385 9.9999e-06 0.000143 0.00074999 0.0048 0.96812 0.995 0.95372 0.984 0.03008 0.0802 0.03092 0.0811 0.081249 0.162 0.00045 0.00319 0.00428 0.0181 7.9999e-05 0.00078 17p loss 76 (15%) 416 9.9999e-06 0.000143 0.00122 0.00692 0.02233 0.0645 0.15353 0.246 0.00012 0.00108 0.00168 0.00895 0.098929 0.183 0.03189 0.0826 0.02249 0.0646 6.9999e-05 7e-04 17q loss 20 (4%) 472 9.9999e-06 0.000143 0.01077 0.0375 0.5916 0.677 0.52692 0.625 0.00094999 0.00589 0.03584 0.0885 0.0127 0.0427 0.04656 0.107 0.0306 0.0808 0.14643 0.238 18p loss 68 (14%) 424 9.9999e-06 0.000143 0.0054799 0.0219 0.01008 0.0358 0.0032 0.0149 0.00329 0.0151 0.0489 0.111 0.058159 0.126 0.03023 0.0803 0.01021 0.036 0.0050499 0.0207 18q loss 101 (21%) 391 9.9999e-06 0.000143 0.0062899 0.0243 0.00037 0.00279 0.0014 0.00762 0.00332 0.0151 0.02155 0.0627 0.0072499 0.0269 0.00334 0.0151 0.0151 0.0477 9.9999e-06 0.000143 19p loss 17 (3%) 475 0.00021 0.00173 0.057129 0.126 0.64611 0.722 0.25262 0.356 0.30519 0.412 0.15947 0.248 0.13108 0.219 0.15786 0.248 0.003 0.0141 0.0099599 0.0356 19q loss 17 (3%) 475 0.00019 0.00162 0.054949 0.122 0.64449 0.722 0.25462 0.357 0.30383 0.411 0.15966 0.248 0.13143 0.219 0.15895 0.248 0.00268 0.013 0.01071 0.0374 20p loss 19 (4%) 473 0.0377 0.0917 0.062899 0.134 1 1 0.95337 0.984 0.22182 0.319 0.18229 0.274 0.49054 0.596 0.18496 0.276 1 1 0.58293 0.671 20q loss 9 (2%) 483 0.0275 0.0752 0.078669 0.158 1 1 0.77156 0.839 0.094059 0.179 0.03825 0.092 0.073269 0.15 0.060049 0.129 1 1 0.5034 0.607 21q loss 24 (5%) 468 3e-05 0.000358 0.068339 0.142 0.15272 0.246 0.15789 0.248 0.00324 0.015 0.32281 0.43 0.57119 0.663 0.10331 0.184 0.42509 0.535 0.04141 0.0974 22q loss 47 (10%) 445 9.9999e-06 0.000143 0.213 0.309 0.088739 0.172 0.37255 0.482 0.01806 0.0551 0.04692 0.108 0.069119 0.144 0.02896 0.078 0.14795 0.24 0.00022 0.0018 xp loss 39 (8%) 453 9.9999e-06 0.000143 3e-05 0.000358 0.11302 0.195 0.084569 0.166 0.00041 0.00293 5e-05 0.000548 9.9999e-06 0.000143 0.03586 0.0885 0.0057299 0.0226 0.096289 0.18 xq loss 39 (8%) 453 9.9999e-06 0.000143 9.9999e-06 0.000143 0.11311 0.195 0.083309 0.165 4e-04 0.00288 0.00011 0.00104 9.9999e-06 0.000143 0.03458 0.0872 0.0059199 0.0231 0.095829 0.18