Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1q22 40 (8%) 452 9.9999e-06 5e-05 0.03598 0.0569 0.01163 0.022 0.04241 0.0646 0.00126 0.00324 0.00017 0.000576 0.0116 0.022 0.00036 0.00108 0.03878 0.06 0.02056 0.0353 amp_3q21.3 75 (15%) 417 9.9999e-06 5e-05 0.00086999 0.00245 0.10706 0.141 0.0051799 0.0111 0.00033 0.001 6.9999e-05 0.000265 0.0175 0.0309 0.00032 0.000977 0.0089899 0.018 0.00023 0.000736 amp_3q26.2 86 (17%) 406 9.9999e-06 5e-05 0.04454 0.0673 0.14867 0.186 0.084369 0.114 0.00492 0.0108 0.01456 0.0266 0.082709 0.112 0.0077599 0.0159 0.0075199 0.0155 2e-05 8.84e-05 amp_4p16.3 20 (4%) 472 9.9999e-06 5e-05 0.01056 0.0206 0.3727 0.418 0.02083 0.0356 0.01863 0.0327 0.1369 0.174 0.40568 0.449 0.073309 0.101 0.7453 0.767 0.5791 0.614 amp_4q13.3 22 (4%) 470 9.9999e-06 5e-05 0.52238 0.564 0.057679 0.0824 0.03909 0.0603 0.1007 0.134 0.28491 0.332 0.02728 0.0454 0.067379 0.0942 0.03718 0.058 0.16613 0.205 amp_5q35.3 28 (6%) 464 9.9999e-06 5e-05 0.01443 0.0265 0.061559 0.0872 0.20503 0.248 0.054309 0.0786 0.04195 0.0642 0.18513 0.226 0.00090999 0.00254 0.01705 0.0303 0.29153 0.338 amp_7p14.3 104 (21%) 388 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.17701 0.216 0.31449 0.357 9.9999e-06 5e-05 5.9999e-05 0.000232 0.00403 0.009 0.00044 0.00129 0.00121 0.00321 0.0091699 0.0182 amp_7q22.1 101 (21%) 391 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.24769 0.293 0.24963 0.294 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.0066899 0.014 2e-05 8.84e-05 0.00051999 0.0015 0.00306 0.007 amp_8p11.23 67 (14%) 425 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.0219 0.0373 0.0112 0.0214 9.9999e-06 5e-05 0.00046 0.00134 0.04584 0.0687 0.00123 0.00324 9.9999e-06 5e-05 0.00051999 0.0015 amp_8q22.1 157 (32%) 335 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 6.9999e-05 0.000265 4e-05 0.000164 2e-05 8.84e-05 9.9999e-06 5e-05 3e-05 0.000127 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 4e-05 0.000164 amp_8q24.21 152 (31%) 340 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.00022 0.000711 3e-05 0.000127 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 2e-05 8.84e-05 9.9999e-06 5e-05 3e-05 0.000127 0.00039 0.00117 amp_9q33.3 62 (13%) 430 9.9999e-06 5e-05 0.01996 0.0345 0.25564 0.3 0.070939 0.0989 0.00237 0.00562 0.01524 0.0275 0.01892 0.0331 0.00101 0.00276 0.01746 0.0309 0.0078899 0.0161 amp_11q13.2 48 (10%) 444 9.9999e-06 5e-05 0.0079199 0.0161 0.088749 0.12 0.10945 0.143 0.0066099 0.0139 0.00044 0.00129 0.03165 0.0512 0.00019 0.000633 0.0069599 0.0145 0.02904 0.0474 amp_12q23.1 36 (7%) 456 2e-05 8.84e-05 0.00208 0.0051 0.052749 0.0767 0.0057399 0.0122 0.061379 0.0871 0.00044 0.00129 0.64969 0.68 0.00216 0.0052 0.2888 0.336 0.11998 0.154 amp_13q12.11 25 (5%) 467 9.9999e-06 5e-05 0.00231 0.0055 0.00015 0.000521 0.00116 0.0031 0.00486 0.0107 0.10585 0.139 0.01427 0.0263 0.03164 0.0512 0.067069 0.0942 0.072429 0.1 amp_14q21.1 30 (6%) 462 9.9999e-06 5e-05 0.078099 0.107 0.33673 0.381 0.81932 0.831 0.01074 0.0208 0.03635 0.0571 0.0084199 0.017 0.01085 0.0209 0.067349 0.0942 0.02861 0.0471 amp_15q11.2 16 (3%) 476 0.01001 0.0198 0.50574 0.549 0.30448 0.349 0.2664 0.311 0.90185 0.905 0.52202 0.564 0.13354 0.17 0.68409 0.713 0.53695 0.575 0.15413 0.192 amp_16q11.2 30 (6%) 462 9.9999e-06 5e-05 0.13999 0.177 0.46338 0.507 0.50375 0.548 0.14485 0.182 0.057699 0.0824 0.00175 0.00436 0.00107 0.00289 0.083239 0.113 0.24438 0.289 amp_17q23.2 25 (5%) 467 9.9999e-06 5e-05 0.79059 0.805 0.66139 0.69 0.29211 0.338 0.074779 0.103 0.2348 0.28 0.52196 0.564 0.01413 0.0261 0.37865 0.424 0.091459 0.123 amp_19q13.43 19 (4%) 473 9.9999e-06 5e-05 0.0374 0.0582 0.39711 0.441 0.066629 0.0937 0.00212 0.00518 0.02582 0.0431 0.0058899 0.0125 0.00128 0.00328 0.15229 0.19 0.01145 0.0218 amp_20q13.2 45 (9%) 447 9.9999e-06 5e-05 5.9999e-05 0.000232 0.71064 0.737 0.02729 0.0454 0.00123 0.00324 0.00149 0.00375 0.00032 0.000977 6.9999e-05 0.000265 0.15921 0.198 5.9999e-05 0.000232 amp_xp22.11 26 (5%) 466 9.9999e-06 5e-05 0.14119 0.179 0.40076 0.445 0.057549 0.0824 0.092959 0.125 0.058859 0.0839 0.01606 0.0288 0.00491 0.0108 0.04549 0.0684 0.31234 0.356 amp_xp22.11 25 (5%) 467 2e-05 8.84e-05 0.36734 0.413 0.58141 0.616 0.01326 0.0247 0.03261 0.0523 0.01362 0.0253 0.0080299 0.0163 0.01033 0.0203 0.04661 0.0694 0.23349 0.279 amp_xp21.1 23 (5%) 469 3e-05 0.000127 0.02813 0.0464 0.52387 0.565 0.11643 0.15 0.04061 0.0623 0.12632 0.161 0.01935 0.0338 0.0090499 0.018 0.0050799 0.011 0.14574 0.183 amp_xq21.1 16 (3%) 476 0.00124 0.00324 0.03071 0.05 0.52498 0.565 0.03653 0.0571 0.0077099 0.0158 0.01948 0.0339 0.31105 0.355 0.45625 0.5 0.45161 0.496 0.39722 0.441 amp_xq21.1 14 (3%) 478 0.00247 0.00584 0.01656 0.0295 0.556 0.593 0.01101 0.0211 0.20799 0.25 0.00411 0.00915 0.052729 0.0767 0.23682 0.282 0.30162 0.348 0.77287 0.791 amp_xq25 19 (4%) 473 0.00272 0.00629 0.01956 0.0339 0.72302 0.748 0.21194 0.255 0.1076 0.141 0.02475 0.0417 0.20358 0.247 0.15044 0.188 0.73171 0.756 0.14148 0.179 amp_xq27.1 19 (4%) 473 0.00392 0.00882 0.0365 0.0571 0.82566 0.836 0.4336 0.479 0.096509 0.129 0.11074 0.144 0.00099999 0.00274 0.00016 0.000544 0.03641 0.0571 0.12421 0.159 del_1p31.3 60 (12%) 432 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.53531 0.575 0.8959 0.9 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.00183 0.00452 0.16945 0.209 0.0051299 0.0111 0.00105 0.00286 del_1p22.1 58 (12%) 434 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.53568 0.575 0.43518 0.479 0.00095999 0.00266 2e-04 0.00066 0.0075799 0.0156 0.00332 0.00755 0.01045 0.0205 0.0075199 0.0155 del_1q23.1 28 (6%) 464 0.0051299 0.0111 5e-05 0.000199 0.33476 0.38 0.74527 0.767 9.9999e-05 0.000355 0.00059999 0.00173 0.04464 0.0673 0.055139 0.0795 0.01955 0.0339 0.19114 0.233 del_1q42.3 47 (10%) 445 0.00088999 0.00249 7.9999e-05 0.000297 0.77651 0.794 0.30262 0.348 0.35106 0.397 0.075729 0.104 0.11009 0.143 0.031 0.0504 0.69821 0.725 0.04703 0.0698 del_2p21 46 (9%) 446 9.9999e-06 5e-05 4e-05 0.000164 0.0477 0.0706 0.57825 0.614 4e-04 0.00119 0.02032 0.0349 0.00076999 0.0022 0.072799 0.101 0.0326 0.0523 0.01457 0.0266 del_2q22.1 92 (19%) 400 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.057699 0.0824 0.04946 0.0727 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.00146 0.00369 0.00096999 0.00267 del_2q22.3 85 (17%) 407 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.20396 0.247 0.10824 0.142 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 8.9999e-05 0.000327 4e-05 0.000164 0.01221 0.0229 0.00029 0.000911 del_3p13 78 (16%) 414 0.00061999 0.00178 9.9999e-06 5e-05 0.74617 0.767 0.20704 0.25 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.29198 0.338 0.065709 0.0926 0.02889 0.0473 0.16916 0.209 del_3q29 32 (7%) 460 0.6094 0.642 0.29982 0.346 0.84873 0.857 0.6617 0.69 0.03651 0.0571 0.073509 0.101 0.30932 0.354 0.25101 0.296 0.12062 0.155 0.60363 0.637 del_4q28.2 51 (10%) 441 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.095009 0.127 0.053609 0.0778 9.9999e-06 5e-05 2e-05 8.84e-05 0.090389 0.122 0.01565 0.0282 0.00085999 0.00243 0.02576 0.0431 del_5q11.2 100 (20%) 392 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.00183 0.00452 0.44531 0.49 0.00031 0.000964 9.9999e-06 5e-05 0.00018 0.000603 2e-05 8.84e-05 0.00094999 0.00264 2e-04 0.00066 del_5q13.2 99 (20%) 393 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.0033 0.00753 0.68877 0.716 0.00107 0.00289 0.0027 0.00627 0.00032 0.000977 9.9999e-06 5e-05 0.00214 0.00519 0.00022 0.000711 del_5q21.1 109 (22%) 383 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.051859 0.0757 0.17019 0.209 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.00021 0.000689 0.00261 0.0061 0.099439 0.132 0.00449 0.00996 del_6p25.1 46 (9%) 446 9.9999e-06 5e-05 0.01381 0.0256 0.63234 0.664 0.25728 0.301 0.0064799 0.0136 0.01191 0.0225 0.14747 0.185 0.04909 0.0724 0.38699 0.432 0.01659 0.0295 del_6q14.3 180 (37%) 312 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.01503 0.0274 5e-05 0.000199 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 2e-05 8.84e-05 0.00214 0.00519 0.00496 0.0109 del_7q31.33 28 (6%) 464 8.9999e-05 0.000327 0.01514 0.0275 0.10314 0.136 0.11535 0.149 0.00016 0.000544 0.00031 0.000964 0.00114 0.00306 0.00023 0.000736 0.7543 0.775 0.04668 0.0694 del_8p23.2 224 (46%) 268 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.0209 0.0357 0.071389 0.0994 9.9999e-06 5e-05 2e-05 8.84e-05 0.00025 0.000797 0.00032 0.000977 0.03521 0.056 0.00167 0.00417 del_8p21.3 294 (60%) 198 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.01056 0.0206 0.00134 0.0034 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 2e-05 8.84e-05 0.0090999 0.0181 3e-05 0.000127 del_9p23 45 (9%) 447 9.9999e-06 5e-05 0.20421 0.247 0.01006 0.0198 0.0052999 0.0114 0.00016 0.000544 0.00195 0.0048 0.02751 0.0456 0.079879 0.109 0.073059 0.101 0.01643 0.0294 del_10q23.31 157 (32%) 335 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.03576 0.0567 0.21901 0.263 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.01326 0.0247 9.9999e-06 5e-05 0.03998 0.0614 9.9999e-06 5e-05 del_11p11.2 34 (7%) 458 9.9999e-06 5e-05 0.00248 0.00584 0.061219 0.0871 0.096089 0.128 0.00124 0.00324 0.02566 0.0431 0.02889 0.0473 0.02418 0.0408 0.0085999 0.0173 0.47571 0.519 del_11q22.3 43 (9%) 449 0.04356 0.0662 0.02005 0.0346 0.03775 0.0586 0.11292 0.146 0.35595 0.402 0.10377 0.137 0.86423 0.871 0.78176 0.798 0.16052 0.199 0.01208 0.0227 del_11q23.2 48 (10%) 444 0.13345 0.17 0.083909 0.114 0.17221 0.211 0.10205 0.135 1 1 0.92429 0.926 0.23867 0.284 0.46621 0.509 0.30332 0.348 0.25735 0.301 del_12p13.1 124 (25%) 368 2e-05 8.84e-05 2e-05 8.84e-05 0.050089 0.0735 0.0232 0.0393 0.00126 0.00324 0.0037 0.00838 0.062259 0.088 7.9999e-05 0.000297 9.9999e-05 0.000355 0.00291 0.00668 del_12q24.32 43 (9%) 449 5.9999e-05 0.000232 0.37558 0.421 0.8154 0.828 0.8814 0.887 0.23438 0.28 0.56975 0.606 0.62962 0.662 0.55116 0.589 0.39461 0.44 0.071939 0.0999 del_13q14.13 227 (46%) 265 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.051639 0.0756 0.04571 0.0686 4e-05 0.000164 3e-05 0.000127 5e-05 0.000199 0.00034 0.00103 0.00012 0.000422 2e-05 8.84e-05 del_13q22.1 176 (36%) 316 9.9999e-06 5e-05 5e-05 0.000199 0.02236 0.0379 9.9999e-05 0.000355 2e-05 8.84e-05 0.00012 0.000422 0.0050299 0.011 0.0012 0.0032 0.00152 0.00381 8.9999e-05 0.000327 del_15q21.3 67 (14%) 425 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.03355 0.0537 0.04606 0.0688 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 2e-05 8.84e-05 5.9999e-05 0.000232 7.9999e-05 0.000297 9.9999e-06 5e-05 del_16q22.3 191 (39%) 301 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.63784 0.669 0.29954 0.346 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-05 0.000355 4e-05 0.000164 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 del_16q24.1 213 (43%) 279 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.24143 0.286 0.10985 0.143 9.9999e-06 5e-05 0.0064799 0.0136 0.00027 0.000852 9.9999e-06 5e-05 0.00252 0.00591 9.9999e-06 5e-05 del_17p13.1 163 (33%) 329 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.00379 0.00855 0.02814 0.0464 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.00014 0.000489 9.9999e-06 5e-05 0.0013 0.00331 9.9999e-06 5e-05 del_17q21.31 96 (20%) 396 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.50601 0.549 0.03475 0.0555 9.9999e-06 5e-05 0.00016 0.000544 0.55872 0.595 0.054659 0.079 0.17147 0.21 0.31011 0.354 del_18q21.31 131 (27%) 361 9.9999e-06 5e-05 0.00216 0.0052 0.0062299 0.0132 0.0023 0.0055 0.00018 0.000603 0.01203 0.0227 0.00022 0.000711 0.01856 0.0327 0.00398 0.00892 9.9999e-06 5e-05 del_18q23 137 (28%) 355 9.9999e-06 5e-05 0.01063 0.0206 0.11199 0.145 0.0423 0.0645 6.9999e-05 0.000265 0.04432 0.0672 0.01099 0.0211 0.0072499 0.0151 0.0085899 0.0173 9.9999e-06 5e-05 del_19q13.2 52 (11%) 440 9.9999e-06 5e-05 0.00126 0.00324 0.59454 0.628 0.4197 0.464 0.0053899 0.0115 0.04898 0.0724 0.00262 0.0061 0.00078999 0.00224 0.00223 0.00535 0.00125 0.00324 del_21q22.2 52 (11%) 440 0.00042 0.00125 8.9999e-05 0.000327 0.03521 0.056 0.79696 0.811 2e-05 8.84e-05 0.00026 0.000824 0.16328 0.202 0.03914 0.0603 0.83609 0.845 0.00289 0.00666 del_21q22.3 147 (30%) 345 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.01523 0.0275 0.36163 0.407 9.9999e-06 5e-05 9.9999e-06 5e-05 0.03248 0.0523 9.9999e-06 5e-05 0.77036 0.79 9.9999e-06 5e-05