Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 56 (22%) 200 2e-04 0.00228 2e-05 0.000443 0.1507 0.251 0.064289 0.141 0.28541 0.403 0.04497 0.111 0.25525 0.372 0.65536 0.741 0.072829 0.155 0.25413 0.371 1q gain 49 (19%) 207 0.00273 0.0143 0.0089299 0.0364 0.19399 0.302 0.03047 0.084 0.0090899 0.0367 0.21011 0.32 0.02407 0.0725 0.10648 0.201 0.00053999 0.00456 0.0052599 0.0232 2p gain 22 (9%) 234 0.00154 0.00964 0.01351 0.0486 0.18216 0.289 0.02383 0.0721 0.00109 0.00752 0.00092999 0.00669 0.01815 0.0593 0.03851 0.101 0.01904 0.0616 0.00338 0.0164 2q gain 22 (9%) 234 0.00024 0.00259 0.094069 0.182 0.27433 0.393 0.084629 0.169 0.00426 0.0193 0.00149 0.0094 0.03372 0.0898 0.0097999 0.0384 0.03362 0.0898 0.18382 0.291 3p gain 39 (15%) 217 0.00069999 0.00536 6.9999e-05 0.00099 0.01168 0.0437 0.01827 0.0594 0.00293 0.0148 4e-05 0.000713 0.04401 0.11 0.11499 0.209 0.00092999 0.00669 0.00105 0.00736 3q gain 36 (14%) 220 0.00186 0.0111 0.00253 0.0135 0.00132 0.00859 0.01618 0.0551 0.00414 0.019 0.00346 0.0165 0.04754 0.115 0.12917 0.226 0.00089999 0.00659 0.00125 0.00833 4p gain 68 (27%) 188 2e-05 0.000443 6.9999e-05 0.00099 0.03329 0.0892 0.00015 0.00181 0.02464 0.0735 0.00396 0.0184 0.04307 0.108 0.01789 0.0589 0.30824 0.426 0.076129 0.16 4q gain 47 (18%) 209 0.03023 0.084 0.0093799 0.0377 0.091619 0.178 0.35879 0.478 0.18786 0.296 0.069849 0.15 0.36524 0.486 0.10947 0.203 0.16727 0.271 0.36932 0.49 5p gain 98 (38%) 158 9.9999e-06 0.000328 5e-05 0.00082 0.17807 0.284 0.00419 0.0191 0.01177 0.0437 2e-05 0.000443 0.8015 0.856 0.00299 0.0149 0.70362 0.782 0.53282 0.641 5q gain 71 (28%) 185 6.9999e-05 0.00099 0.01399 0.0501 0.56207 0.669 0.19423 0.302 0.27901 0.397 0.01513 0.0528 0.4237 0.539 0.16234 0.266 0.75231 0.817 0.70765 0.783 6p gain 51 (20%) 205 9.9999e-06 0.000328 7.9999e-05 0.00111 0.00050999 0.00445 0.00032 0.00316 0.00025 0.00266 6.9999e-05 0.00099 0.063769 0.141 0.01178 0.0437 0.50923 0.616 0.03821 0.1 6q gain 50 (20%) 206 0.00037 0.00349 0.00056999 0.00472 0.00308 0.0153 0.01099 0.0418 0.00032 0.00316 4e-04 0.00364 0.080859 0.165 0.0067499 0.0288 0.29731 0.415 0.03576 0.0946 7p gain 82 (32%) 174 9.9999e-06 0.000328 0.00164 0.0101 0.04287 0.108 0.00214 0.0121 0.00232 0.0127 0.0219 0.0678 0.19796 0.305 0.19525 0.303 0.00432 0.0195 0.002 0.0115 7q gain 68 (27%) 188 2e-05 0.000443 0.00033 0.00318 0.11739 0.212 0.00286 0.0147 0.00044 0.00396 0.03197 0.0868 0.04624 0.113 0.01102 0.0418 0.00027 0.00284 0.00298 0.0149 8p gain 52 (20%) 204 0.063279 0.141 0.57059 0.672 0.49929 0.609 0.66344 0.748 0.73207 0.801 0.073329 0.155 0.37122 0.491 0.26799 0.385 0.35742 0.477 0.067029 0.145 8q gain 65 (25%) 191 0.10645 0.201 0.083009 0.168 0.13338 0.23 0.01958 0.0625 0.965 0.977 0.077149 0.161 0.3356 0.455 0.59349 0.691 0.04603 0.113 0.15847 0.26 9p gain 57 (22%) 199 5e-05 0.00082 0.00207 0.0118 0.04118 0.106 0.00079999 0.00596 0.0060199 0.0263 0.00057999 0.00476 0.088349 0.173 0.00332 0.0162 0.70844 0.783 0.28624 0.403 9q gain 73 (29%) 183 3e-05 0.000559 0.00019 0.00223 0.00482 0.0214 0.00023 0.00251 9.9999e-05 0.00134 3e-05 0.000559 0.066749 0.145 0.00033 0.00318 0.02819 0.0794 0.0074399 0.0314 10p gain 23 (9%) 233 0.02606 0.0763 0.04301 0.108 0.25679 0.373 0.50855 0.616 0.14931 0.249 0.16678 0.27 0.34692 0.467 0.56709 0.671 0.02627 0.0767 0.059279 0.134 10q gain 12 (5%) 244 0.72408 0.795 0.11012 0.204 0.050399 0.12 0.77479 0.834 0.10733 0.201 0.053349 0.124 0.36718 0.488 0.32399 0.441 0.04487 0.111 0.33518 0.455 11p gain 23 (9%) 233 0.04475 0.111 0.02674 0.0772 0.94902 0.964 0.5745 0.675 0.12353 0.22 0.01106 0.0418 0.401 0.517 0.59589 0.692 0.12857 0.225 0.17812 0.284 11q gain 22 (9%) 234 0.01113 0.0419 0.12181 0.217 0.96915 0.979 0.90294 0.931 0.63236 0.721 0.03657 0.0964 0.9158 0.94 0.90522 0.933 0.37803 0.499 0.75303 0.817 12p gain 43 (17%) 213 9.9999e-06 0.000328 0.02896 0.0813 0.00279 0.0144 0.01294 0.047 0.00012 0.00154 0.00062999 0.00497 0.084179 0.169 0.090869 0.177 0.04662 0.113 0.00075999 0.00577 12q gain 34 (13%) 222 0.00099999 0.00707 0.03386 0.0899 0.00052999 0.00453 0.11939 0.214 0.0044 0.0196 0.051659 0.122 0.080899 0.165 0.071629 0.153 0.064239 0.141 0.01762 0.0583 13q gain 15 (6%) 241 0.00189 0.0111 0.19835 0.305 0.28254 0.401 0.19607 0.303 0.094499 0.183 0.12696 0.223 0.45494 0.569 0.57255 0.674 0.578 0.677 0.23585 0.35 14q gain 57 (22%) 199 0.00348 0.0165 0.04677 0.113 0.073199 0.155 2e-04 0.00228 0.26544 0.382 0.0011 0.00752 0.75351 0.817 0.72175 0.793 0.24483 0.361 0.60956 0.702 15q gain 63 (25%) 193 9.9999e-06 0.000328 0.099619 0.19 0.96278 0.976 0.86684 0.903 0.12069 0.216 0.058289 0.132 0.2242 0.337 0.49826 0.609 0.01715 0.0572 0.02156 0.0672 16p gain 40 (16%) 216 5.9999e-05 0.000946 0.11241 0.206 0.219 0.331 0.19646 0.303 0.12777 0.224 0.37905 0.499 0.78923 0.847 0.26417 0.381 0.91701 0.94 0.34711 0.467 16q gain 21 (8%) 235 0.01442 0.051 0.22288 0.335 0.086719 0.171 0.00127 0.00833 0.02596 0.0763 0.23008 0.343 0.60969 0.702 1 1 0.77338 0.833 0.073939 0.156 17p gain 61 (24%) 195 9.9999e-06 0.000328 0.00356 0.0168 0.01654 0.0556 0.071129 0.152 0.02804 0.0794 0.053279 0.124 0.068649 0.148 0.00216 0.0121 0.076299 0.16 0.052669 0.123 17q gain 57 (22%) 199 9.9999e-06 0.000328 0.0307 0.084 0.075029 0.158 0.01508 0.0528 0.060809 0.137 0.00414 0.019 0.01648 0.0556 0.00311 0.0154 0.0064799 0.0278 0.03042 0.084 18p gain 53 (21%) 203 2e-05 0.000443 0.02265 0.0693 0.3215 0.439 0.1882 0.296 0.086299 0.171 0.39024 0.509 0.56688 0.671 0.39467 0.511 0.69017 0.771 0.22906 0.343 18q gain 36 (14%) 220 0.02186 0.0678 0.04924 0.117 0.17945 0.286 0.16885 0.272 0.75997 0.822 0.21611 0.327 0.5337 0.641 0.4351 0.551 0.24683 0.363 0.99551 1 19p gain 87 (34%) 169 9.9999e-06 0.000328 0.00233 0.0127 0.14041 0.239 0.00166 0.0102 0.02552 0.0755 0.0082399 0.0343 0.43774 0.553 0.24704 0.363 0.83835 0.883 0.113 0.207 19q gain 65 (25%) 191 9.9999e-06 0.000328 9.9999e-06 0.000328 0.0056799 0.0249 9.9999e-06 0.000328 0.00059999 0.00487 0.00078999 0.00594 0.56737 0.671 0.063069 0.141 0.80043 0.856 0.02301 0.0699 20p gain 62 (24%) 194 0.00015 0.00181 0.12014 0.215 0.38654 0.505 0.126 0.222 0.35193 0.472 0.084079 0.169 0.85871 0.899 0.29648 0.415 0.55279 0.661 0.38603 0.505 20q gain 83 (32%) 173 3e-05 0.000559 0.00189 0.0111 0.0083699 0.0347 0.00409 0.0189 0.04173 0.107 0.03291 0.0888 0.22803 0.342 0.01618 0.0551 0.13621 0.233 0.02046 0.0648 21q gain 58 (23%) 198 9.9999e-06 0.000328 0.02806 0.0794 0.14335 0.242 0.01748 0.058 0.63284 0.721 0.49295 0.605 0.92433 0.943 0.825 0.873 0.2196 0.331 0.3465 0.467 22q gain 60 (23%) 196 0.0087199 0.0358 0.00237 0.0128 0.01606 0.0551 0.00339 0.0164 0.0074999 0.0315 0.00278 0.0144 0.67401 0.756 0.11341 0.207 0.10754 0.201 0.13464 0.231 xp gain 74 (29%) 182 3e-05 0.000559 0.050609 0.12 0.43013 0.546 0.68407 0.766 0.77186 0.833 0.2852 0.403 0.25738 0.373 0.54223 0.65 0.17266 0.277 0.35476 0.475 xq gain 33 (13%) 223 0.01422 0.0505 0.063619 0.141 0.24761 0.363 0.6193 0.71 0.21041 0.32 0.14805 0.248 0.30809 0.426 0.13488 0.231 0.20862 0.319 0.18803 0.296 1p loss 32 (12%) 224 0.15347 0.255 0.02718 0.0782 0.5541 0.661 0.91214 0.937 1 1 0.4598 0.573 0.85826 0.899 0.60147 0.695 0.33577 0.455 0.6653 0.749 1q loss 40 (16%) 216 0.01023 0.0396 0.00179 0.0107 0.28699 0.404 0.053649 0.124 0.077569 0.162 0.18933 0.297 0.02778 0.0794 0.00239 0.0128 0.058099 0.132 0.055919 0.128 2p loss 88 (34%) 168 9.9999e-06 0.000328 9.9999e-06 0.000328 0.093799 0.182 0.00234 0.0127 9.9999e-06 0.000328 5e-05 0.00082 0.0026 0.0137 0.00038 0.00354 0.00065999 0.00511 0.00046 0.00406 2q loss 71 (28%) 185 9.9999e-06 0.000328 0.00136 0.00871 0.19371 0.302 0.42278 0.539 0.11248 0.206 0.10134 0.192 0.71842 0.792 0.16422 0.269 0.69737 0.778 0.67044 0.754 3p loss 56 (22%) 200 0.052689 0.123 5.9999e-05 0.000946 0.0064399 0.0278 0.00193 0.0112 0.00012 0.00154 0.00035 0.00334 0.00045 0.00401 0.00111 0.00752 0.00061999 0.00494 0.00056999 0.00472 3q loss 49 (19%) 207 0.0011 0.00752 0.0128 0.0469 0.01479 0.0521 0.079089 0.163 0.0096599 0.0381 0.061139 0.137 0.0162 0.0551 0.01634 0.0554 0.01104 0.0418 0.04707 0.114 4p loss 42 (16%) 214 0.083409 0.168 0.96199 0.976 0.56492 0.671 0.85249 0.895 0.9069 0.933 0.98654 0.993 0.62031 0.71 0.50114 0.61 0.81881 0.869 0.52638 0.634 4q loss 51 (20%) 205 0.00175 0.0106 0.37047 0.491 0.8363 0.883 0.50471 0.612 0.91927 0.941 0.64295 0.731 0.89562 0.926 0.77701 0.835 0.87349 0.908 0.58793 0.686 5p loss 22 (9%) 234 0.59737 0.693 0.067089 0.145 0.0485 0.116 0.10796 0.201 0.058139 0.132 0.02537 0.0754 0.4361 0.552 0.41519 0.532 0.095659 0.184 0.25598 0.372 5q loss 35 (14%) 221 0.084849 0.169 0.10738 0.201 0.03926 0.102 0.01912 0.0616 0.15519 0.257 0.04189 0.107 0.74777 0.814 0.04038 0.104 0.30471 0.423 0.31606 0.434 6p loss 60 (23%) 196 0.49361 0.605 0.055559 0.128 0.15771 0.26 0.83855 0.883 0.1246 0.221 0.26323 0.38 0.29768 0.415 0.41979 0.537 0.45393 0.568 0.17186 0.276 6q loss 53 (21%) 203 0.02422 0.0725 0.01082 0.0417 0.1568 0.259 0.15599 0.258 0.48434 0.598 0.11646 0.211 0.86485 0.903 0.65475 0.741 0.70878 0.783 0.57072 0.672 7p loss 32 (12%) 224 0.089649 0.175 0.03812 0.1 0.01589 0.055 0.11047 0.204 0.01006 0.0391 0.0333 0.0892 0.38649 0.505 0.51411 0.62 0.25865 0.374 0.02114 0.0666 7q loss 34 (13%) 222 0.064189 0.141 0.45073 0.567 0.57025 0.672 0.87098 0.906 0.13067 0.227 0.096509 0.185 0.44824 0.565 0.61226 0.704 0.32206 0.439 0.47025 0.584 8p loss 62 (24%) 194 0.00032 0.00316 0.00389 0.0182 0.14643 0.246 0.00135 0.00871 0.11954 0.214 0.051799 0.122 0.10204 0.193 0.01528 0.0531 0.27715 0.395 0.10735 0.201 8q loss 46 (18%) 210 2e-05 0.000443 0.0044 0.0196 0.5864 0.685 3e-04 0.00311 0.055769 0.128 0.080189 0.164 0.14964 0.249 0.00219 0.0122 0.76693 0.829 0.13267 0.23 9p loss 83 (32%) 173 9.9999e-06 0.000328 0.23068 0.343 0.14822 0.248 0.48361 0.598 0.34231 0.462 0.052989 0.123 0.71804 0.792 0.85928 0.899 0.16678 0.27 0.35305 0.473 9q loss 51 (20%) 205 2e-05 0.000443 0.11101 0.205 0.48395 0.598 0.65066 0.738 0.23343 0.347 0.16816 0.271 1 1 0.49356 0.605 0.70773 0.783 0.28816 0.405 10p loss 120 (47%) 136 0.01916 0.0616 0.087159 0.171 0.04914 0.117 0.12976 0.226 0.079929 0.164 0.0090899 0.0367 0.066379 0.145 0.20515 0.314 0.11596 0.21 0.7372 0.805 10q loss 131 (51%) 125 9.9999e-06 0.000328 9.9999e-06 0.000328 2e-05 0.000443 5e-05 0.00082 9.9999e-06 0.000328 9.9999e-06 0.000328 2e-05 0.000443 2e-05 0.000443 3e-05 0.000559 0.00023 0.00251 11p loss 94 (37%) 162 9.9999e-06 0.000328 0.00014 0.00174 0.87702 0.908 0.02037 0.0647 0.81648 0.867 0.14187 0.241 0.64488 0.732 0.59583 0.692 0.63272 0.721 0.10077 0.192 11q loss 91 (36%) 165 9.9999e-06 0.000328 0.00039 0.00359 0.19264 0.301 0.00256 0.0135 0.3942 0.511 0.01813 0.0593 0.50186 0.61 0.62295 0.712 0.87699 0.908 0.0098899 0.0386 12p loss 65 (25%) 191 2e-05 0.000443 0.00223 0.0124 0.81014 0.863 0.3414 0.462 0.01672 0.056 0.01295 0.047 0.89723 0.927 0.54979 0.658 0.79632 0.852 0.38687 0.505 12q loss 54 (21%) 202 3e-05 0.000559 0.02988 0.0836 0.72966 0.8 0.49172 0.605 0.23829 0.353 0.03875 0.101 0.86613 0.903 0.41285 0.531 0.59952 0.694 0.4293 0.546 13q loss 132 (52%) 124 9.9999e-06 0.000328 0.00082999 0.00613 0.067009 0.145 0.04551 0.112 0.099119 0.189 0.00179 0.0107 0.4105 0.528 0.31217 0.43 0.13488 0.231 0.16552 0.27 14q loss 62 (24%) 194 0.13451 0.231 0.18907 0.297 0.93746 0.954 0.72034 0.793 0.29388 0.412 6.9999e-05 0.00099 0.32036 0.439 0.058179 0.132 0.50199 0.61 0.064969 0.142 15q loss 45 (18%) 211 0.02559 0.0755 0.03224 0.0872 0.27209 0.39 0.080779 0.165 0.085069 0.169 0.087089 0.171 0.02141 0.067 0.02996 0.0836 0.02652 0.0771 0.10908 0.203 16p loss 75 (29%) 181 0.00032 0.00316 0.0096099 0.0381 0.30149 0.419 0.02815 0.0794 0.82334 0.872 0.086769 0.171 0.18233 0.289 0.73381 0.802 0.16569 0.27 0.61324 0.704 16q loss 124 (48%) 132 6.9999e-05 0.00099 4e-05 0.000713 0.0069499 0.0295 0.0196 0.0625 0.00063999 0.005 0.00012 0.00154 0.0096599 0.0381 0.02274 0.0693 0.00019 0.00223 0.00052999 0.00453 17p loss 57 (22%) 199 0.31418 0.432 0.2131 0.323 0.8399 0.883 0.068219 0.147 0.98123 0.988 0.32101 0.439 0.57839 0.677 0.70358 0.782 0.30765 0.426 0.38563 0.505 17q loss 48 (19%) 208 0.00203 0.0116 0.21179 0.322 0.1326 0.23 0.12609 0.222 0.97874 0.987 0.48548 0.599 0.81206 0.864 0.68887 0.771 0.391 0.509 0.67136 0.754 18p loss 62 (24%) 194 0.01423 0.0505 0.23028 0.343 0.39288 0.511 0.04569 0.112 0.80244 0.856 0.57788 0.677 0.92696 0.944 0.82885 0.876 0.45947 0.573 0.39785 0.514 18q loss 72 (28%) 184 8.9999e-05 0.00123 0.0063199 0.0274 0.01338 0.0483 0.00021 0.00236 0.062629 0.14 0.02422 0.0725 0.49493 0.606 0.51302 0.62 0.19623 0.303 0.01255 0.0461 19p loss 21 (8%) 235 0.03073 0.084 0.00163 0.0101 0.7408 0.808 0.051629 0.122 0.39541 0.511 0.03119 0.085 0.44832 0.565 0.75482 0.818 0.65822 0.743 0.0274 0.0786 19q loss 39 (15%) 217 0.03969 0.103 0.0478 0.115 0.87693 0.908 0.079609 0.164 0.92438 0.943 0.45353 0.568 0.92099 0.942 1 1 0.60151 0.695 0.17497 0.28 20p loss 55 (21%) 201 0.04214 0.107 0.00331 0.0162 0.96922 0.979 0.16506 0.27 0.04141 0.106 0.078059 0.162 0.79503 0.852 0.01187 0.0438 0.078419 0.162 0.02664 0.0772 20q loss 25 (10%) 231 0.14354 0.242 0.30024 0.418 0.42262 0.539 0.24997 0.366 0.46973 0.584 0.70413 0.782 0.56028 0.668 0.12559 0.222 0.11422 0.208 0.19087 0.299 21q loss 50 (20%) 206 0.00289 0.0147 0.02119 0.0666 0.45186 0.567 0.0084499 0.0348 0.13203 0.229 0.24252 0.358 0.084549 0.169 0.27736 0.395 0.37936 0.499 0.14257 0.242 22q loss 66 (26%) 190 2e-05 0.000443 0.14348 0.242 0.28555 0.403 0.097269 0.186 0.20537 0.314 0.04471 0.111 0.14203 0.241 0.27753 0.395 0.081539 0.166 0.2524 0.369 xp loss 62 (24%) 194 0.41385 0.531 0.00114 0.00766 0.0095299 0.0381 0.077649 0.162 0.00126 0.00833 0.0078799 0.033 0.02231 0.0685 0.04398 0.11 0.47908 0.594 0.094669 0.183 xq loss 101 (39%) 155 0.00061999 0.00494 9.9999e-06 0.000328 0.00094999 0.00677 0.03073 0.084 3e-05 0.000559 0.00013 0.00164 0.00148 0.0094 0.00349 0.0165 0.11868 0.214 0.02225 0.0685