Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1p32.1 94 (37%) 162 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 0.00407 0.00959 5e-05 0.000266 2e-05 0.000121 9.9999e-06 6.95e-05 0.00471 0.0109 0.00011 0.000491 0.16478 0.216 0.00041 0.00154 amp_1q21.3 104 (41%) 152 9.9999e-06 6.95e-05 0.00187 0.00514 0.11607 0.16 0.0059299 0.0133 0.51144 0.57 0.078789 0.117 0.65415 0.693 0.1926 0.247 0.096509 0.136 0.27158 0.333 amp_1q24.3 102 (40%) 154 9.9999e-06 6.95e-05 0.00385 0.00917 0.12495 0.17 0.28919 0.351 0.0092799 0.0193 0.02494 0.0434 0.8022 0.83 0.079289 0.117 0.68221 0.717 0.58833 0.638 amp_2p11.2 64 (25%) 192 0.0028 0.00703 0.01837 0.0338 0.3168 0.375 0.02685 0.0463 0.82183 0.844 0.25115 0.31 0.76876 0.799 0.4415 0.498 0.7861 0.816 0.99957 1 amp_3p12.1 69 (27%) 187 9.9999e-06 6.95e-05 5e-05 0.000266 0.0052999 0.0119 5.9999e-05 0.000302 0.00019 0.000794 9.9999e-06 6.95e-05 0.31159 0.371 0.00093999 0.00297 0.00226 0.0059 0.00268 0.00678 amp_4q12 78 (30%) 178 2e-05 0.000121 5.9999e-05 0.000302 0.01663 0.0313 0.00124 0.00365 0.00025 0.001 0.00415 0.00975 0.03263 0.0544 0.00205 0.00555 0.03015 0.0512 0.0057099 0.0128 amp_5p15.33 119 (46%) 137 9.9999e-06 6.95e-05 0.00174 0.00483 0.13809 0.183 0.11942 0.163 0.0099299 0.0203 0.00074999 0.00246 0.3335 0.39 0.085699 0.125 0.7674 0.799 0.86779 0.884 amp_6p21.1 60 (23%) 196 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 4e-05 0.000218 0.00127 0.00373 0.00015 0.000639 0.00032 0.00124 0.01351 0.0262 5e-04 0.00177 0.30879 0.368 0.01582 0.0299 amp_6q25.1 75 (29%) 181 0.00478 0.0111 9.9999e-06 6.95e-05 0.00021 0.000856 0.00018 0.000762 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 0.00118 0.00354 5.9999e-05 0.000302 0.00219 0.00576 0.01028 0.0207 amp_7q31.2 77 (30%) 179 9.9999e-06 6.95e-05 3e-05 0.000174 0.01562 0.0296 0.00067999 0.00227 9.9999e-06 6.95e-05 0.0050499 0.0115 0.00099999 0.0031 9.9999e-06 6.95e-05 7.9999e-05 0.000377 0.00013 0.000564 amp_8p11.22 81 (32%) 175 3e-05 0.000174 0.01449 0.0278 0.03324 0.0553 0.1254 0.17 0.33268 0.39 0.02816 0.0484 0.32394 0.382 0.053699 0.0838 0.52392 0.58 0.094329 0.134 amp_8q24.21 83 (32%) 173 0.00133 0.00385 0.067909 0.102 0.0089399 0.0187 0.01814 0.0334 0.65046 0.69 0.1833 0.237 0.52012 0.577 0.91216 0.922 0.1083 0.15 0.45807 0.515 amp_11q22.2 36 (14%) 220 0.03682 0.06 0.01243 0.0247 0.39105 0.448 0.15883 0.209 0.01441 0.0277 0.01957 0.0354 0.19917 0.254 0.050709 0.0799 0.60863 0.652 0.058989 0.0899 amp_12q15 94 (37%) 162 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 amp_13q34 54 (21%) 202 9.9999e-06 6.95e-05 0.0071299 0.0155 0.95456 0.959 0.00199 0.0054 0.49704 0.555 0.061579 0.0934 0.55143 0.603 0.084199 0.123 0.80556 0.831 0.0070699 0.0155 amp_15q26.3 84 (33%) 172 9.9999e-06 6.95e-05 0.14159 0.188 0.68121 0.717 0.27749 0.339 0.67109 0.708 0.1035 0.144 1 1 0.40759 0.464 0.94497 0.952 0.69683 0.731 amp_17p12 102 (40%) 154 9.9999e-06 6.95e-05 2e-05 0.000121 0.26276 0.324 0.0015 0.00427 0.064009 0.0969 0.00495 0.0113 0.23214 0.29 0.00117 0.00353 0.058269 0.089 0.0065199 0.0144 amp_17p11.2 104 (41%) 152 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 0.24026 0.298 0.00035 0.00134 0.03838 0.0619 0.02161 0.0388 0.59547 0.642 0.0085199 0.0179 0.076319 0.113 0.0052999 0.0119 amp_17q24.3 79 (31%) 177 9.9999e-06 6.95e-05 0.00077999 0.00254 0.03098 0.052 0.00335 0.00813 0.24113 0.299 0.00324 0.00795 0.055289 0.0853 0.052319 0.0818 0.10071 0.141 0.2187 0.275 amp_19p13.2 107 (42%) 149 9.9999e-06 6.95e-05 0.0075199 0.0162 0.36058 0.417 0.00189 0.00518 0.13193 0.177 0.03457 0.0569 0.84229 0.862 0.15639 0.206 0.92907 0.938 0.093919 0.134 amp_19q12 93 (36%) 163 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-05 0.000449 0.04912 0.0785 5e-05 0.000266 0.0305 0.0516 0.01812 0.0334 0.60753 0.652 0.051659 0.081 0.79992 0.829 0.01009 0.0204 amp_20q13.33 98 (38%) 158 9.9999e-06 6.95e-05 2e-05 0.000121 0.00486 0.0112 7.9999e-05 0.000377 0.00097999 0.00307 0.00337 0.00815 0.01127 0.0225 0.0060299 0.0134 0.02246 0.0397 0.0046 0.0107 amp_21q21.1 73 (29%) 183 9.9999e-06 6.95e-05 7.9999e-05 0.000377 0.20708 0.263 0.2275 0.285 0.073959 0.11 0.39584 0.452 0.55132 0.603 0.086769 0.126 0.48054 0.538 0.22157 0.279 amp_xp21.2 97 (38%) 159 9.9999e-06 6.95e-05 0.00013 0.000564 0.30256 0.362 0.13665 0.182 0.39505 0.452 0.073689 0.11 0.86205 0.879 0.02186 0.0391 0.41991 0.475 0.0081999 0.0173 amp_xq21.1 46 (18%) 210 9.9999e-06 6.95e-05 0.00107 0.00324 0.03054 0.0516 0.38913 0.447 0.04222 0.068 0.00393 0.0093 0.11511 0.159 0.29853 0.36 0.53796 0.592 0.46401 0.521 del_1p36.32 69 (27%) 187 0.1226 0.167 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 0.00095999 0.00302 del_1q44 80 (31%) 176 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 0.056079 0.0862 3e-05 0.000174 0.00052999 0.00185 7.9999e-05 0.000377 0.02551 0.0441 0.00087999 0.00285 0.099289 0.14 0.00131 0.00381 del_2p25.3 94 (37%) 162 9.9999e-06 6.95e-05 2e-05 0.000121 0.078379 0.116 0.00278 0.007 2e-05 0.000121 0.00103 0.00315 0.00047 0.0017 0.00026 0.00103 0.00031 0.00121 0.00066999 0.00224 del_2q37.3 108 (42%) 148 9.9999e-06 6.95e-05 0.00128 0.00374 0.099639 0.14 0.13176 0.177 0.02148 0.0386 0.00105 0.00319 0.16513 0.216 0.02469 0.0432 0.083919 0.123 0.02878 0.0492 del_2q37.3 110 (43%) 146 9.9999e-06 6.95e-05 0.00043 0.00159 0.60755 0.652 0.0237 0.0417 0.01367 0.0265 0.00192 0.00524 0.5657 0.616 0.065659 0.0992 0.59417 0.642 0.10304 0.144 del_3p21.31 65 (25%) 191 0.0194 0.0353 9.9999e-06 6.95e-05 0.00052999 0.00185 9.9999e-05 0.000449 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 0.00036 0.00137 0.00069999 0.00232 0.00156 0.0044 9.9999e-06 6.95e-05 del_3q13.31 51 (20%) 205 5.9999e-05 0.000302 0.00375 0.00897 0.00077999 0.00254 0.01807 0.0334 0.0050599 0.0115 0.0094499 0.0196 0.0103 0.0207 0.0088599 0.0186 0.01773 0.0331 0.03079 0.0518 del_3q29 54 (21%) 202 0.00050999 0.0018 0.0050699 0.0115 0.0097099 0.02 0.51185 0.57 0.34166 0.397 0.1865 0.241 0.29242 0.353 0.02212 0.0394 0.30662 0.366 0.086149 0.125 del_4q35.1 94 (37%) 162 9.9999e-06 6.95e-05 0.00123 0.00364 0.67024 0.708 0.01937 0.0353 0.0077699 0.0166 0.0494 0.0786 0.81189 0.836 0.29963 0.36 0.94662 0.952 0.33464 0.391 del_5p15.33 33 (13%) 223 0.03339 0.0554 0.02887 0.0492 0.01469 0.0281 0.00154 0.00436 0.01146 0.0229 0.00309 0.00767 0.19384 0.248 0.055029 0.0853 0.02457 0.0431 0.090239 0.129 del_6p25.3 81 (32%) 175 0.072619 0.109 0.00207 0.00558 0.00060999 0.00208 0.14243 0.188 0.00049 0.00175 0.00232 0.00603 0.01501 0.0285 0.01811 0.0334 0.057569 0.0882 0.23578 0.294 del_6q14.1 78 (30%) 178 2e-05 0.000121 0.00314 0.00776 0.0073799 0.016 0.03606 0.0591 0.30076 0.361 0.21292 0.269 0.58924 0.638 0.83631 0.857 0.056159 0.0862 0.97136 0.974 del_7q36.3 71 (28%) 185 9.9999e-06 6.95e-05 0.02512 0.0435 0.29038 0.352 0.055309 0.0853 0.095189 0.135 0.19517 0.249 0.1289 0.174 0.03456 0.0569 0.11907 0.163 0.55506 0.606 del_8p23.3 81 (32%) 175 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 0.00053999 0.00187 3e-04 0.00118 9.9999e-05 0.000449 0.00093999 0.00297 0.00267 0.00678 0.00063999 0.00217 0.0098799 0.0203 0.00070999 0.00234 del_9p24.3 100 (39%) 156 9.9999e-06 6.95e-05 0.71132 0.744 0.03803 0.0616 0.090199 0.129 0.1663 0.217 0.35732 0.414 0.11958 0.163 0.27368 0.335 0.083899 0.123 0.87297 0.888 del_9p21.3 114 (45%) 142 9.9999e-06 6.95e-05 0.088059 0.127 0.0067699 0.0148 0.00242 0.00621 0.00388 0.00921 0.00263 0.0067 0.03226 0.0539 0.087139 0.126 7.9999e-05 0.000377 0.00328 0.00802 del_9q34.3 61 (24%) 195 9.9999e-06 6.95e-05 0.00123 0.00364 0.02259 0.0399 0.091279 0.13 0.050089 0.0795 0.12641 0.171 0.00141 0.00406 0.00044 0.00161 0.11929 0.163 0.03617 0.0591 del_10p15.3 128 (50%) 128 0.0079699 0.0169 0.00208 0.00558 0.36511 0.421 0.00088999 0.00287 0.28773 0.35 0.00348 0.00835 0.22703 0.285 0.068469 0.103 0.71168 0.744 0.64983 0.69 del_10q23.31 138 (54%) 118 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 2e-05 0.000121 5.9999e-05 0.000302 0.00042 0.00157 0.00033 0.00127 del_10q26.3 132 (52%) 124 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 2e-05 0.000121 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 5.9999e-05 0.000302 8.9999e-05 0.000415 8.9999e-05 0.000415 2e-04 0.000825 del_11p15.5 110 (43%) 146 9.9999e-06 6.95e-05 0.00056999 0.00195 0.27668 0.338 0.01286 0.0254 0.44462 0.501 0.29064 0.352 0.57247 0.622 0.84703 0.865 0.80539 0.831 0.63893 0.682 del_11q24.2 123 (48%) 133 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 0.03805 0.0616 4e-04 0.00151 0.00159 0.00445 0.00217 0.00576 0.054089 0.0842 0.01902 0.0348 0.33718 0.393 0.01738 0.0325 del_12p13.1 87 (34%) 169 5.9999e-05 0.000302 0.00163 0.00454 0.54807 0.601 0.11596 0.16 0.0077299 0.0166 0.0090899 0.0189 0.15277 0.202 0.055009 0.0853 0.25879 0.319 0.32025 0.379 del_12q12 56 (22%) 200 9.9999e-06 6.95e-05 0.00219 0.00576 0.65671 0.695 0.8895 0.902 0.050679 0.0799 0.02216 0.0394 0.04863 0.0779 0.40813 0.464 0.13176 0.177 0.33092 0.389 del_12q24.33 69 (27%) 187 9.9999e-06 6.95e-05 0.01322 0.0258 0.54193 0.595 0.82045 0.843 0.61014 0.653 0.01276 0.0253 0.51873 0.576 0.12814 0.173 0.12651 0.171 0.39712 0.453 del_13q14.2 180 (70%) 76 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 4e-05 0.000218 0.00287 0.00717 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 2e-05 0.000121 9.9999e-06 6.95e-05 0.00046 0.00168 0.00025 0.001 del_14q24.1 80 (31%) 176 0.02514 0.0435 0.0129 0.0254 0.41405 0.47 0.57939 0.629 0.20785 0.263 9.9999e-06 6.95e-05 0.04533 0.0728 0.0196 0.0354 0.19281 0.247 0.02847 0.0488 del_16q11.2 130 (51%) 126 4e-05 0.000218 6.9999e-05 0.000342 0.03006 0.0511 0.00159 0.00445 0.00043 0.00159 8.9999e-05 0.000415 0.00219 0.00576 0.0080999 0.0171 2e-05 0.000121 4e-05 0.000218 del_16q23.1 134 (52%) 122 9.9999e-06 6.95e-05 0.00047 0.0017 0.01694 0.0318 0.075599 0.113 0.00102 0.00313 0.00055999 0.00192 0.00346 0.00833 0.01005 0.0204 2e-05 0.000121 6.9999e-05 0.000342 del_17p13.1 129 (50%) 127 0.00022 0.000891 9.9999e-06 6.95e-05 0.0060699 0.0135 0.00013 0.000564 2e-05 0.000121 4e-05 0.000218 0.00019 0.000794 0.00093999 0.00297 2e-05 0.000121 0.00038 0.00144 del_17q11.2 81 (32%) 175 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 0.00048 0.00172 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 6.9999e-05 0.000342 0.0043 0.0101 0.0076099 0.0164 0.01292 0.0254 0.02485 0.0434 del_17q25.3 67 (26%) 189 3e-05 0.000174 0.00297 0.0074 0.31446 0.373 0.29139 0.352 0.13334 0.178 0.35283 0.409 0.72184 0.754 0.13432 0.179 0.23992 0.298 0.17562 0.229 del_18q23 86 (34%) 170 0.00101 0.00311 9.9999e-06 6.95e-05 0.00316 0.00778 9.9999e-05 0.000449 0.0067699 0.0148 0.00214 0.00572 0.01499 0.0285 0.10589 0.147 0.085539 0.125 0.00014 6e-04 del_19p13.3 70 (27%) 186 0.00014 6e-04 0.00234 0.00606 0.0099699 0.0203 0.00148 0.00425 0.0095199 0.0196 0.00223 0.00584 0.01094 0.0219 0.00331 0.00806 0.00178 0.00492 0.01428 0.0276 del_19q13.43 106 (41%) 150 0.0133 0.0259 0.00121 0.00361 0.17734 0.23 0.32147 0.38 0.18111 0.235 0.42418 0.479 0.60569 0.652 0.089409 0.128 0.53378 0.588 0.00479 0.0111 del_21q11.2 51 (20%) 205 0.059649 0.0907 0.082309 0.121 0.17296 0.226 0.01295 0.0254 0.18751 0.241 0.21542 0.272 0.00238 0.00614 0.18672 0.241 0.088139 0.127 0.3294 0.388 del_21q22.3 66 (26%) 190 0.00021 0.000856 0.0075199 0.0162 0.30101 0.361 0.01627 0.0307 0.081309 0.12 0.22818 0.285 0.38684 0.445 0.26329 0.324 0.49056 0.549 0.53014 0.585 del_22q13.32 83 (32%) 173 9.9999e-06 6.95e-05 0.094679 0.134 0.75504 0.787 0.20098 0.256 0.64713 0.69 0.051129 0.0803 0.34082 0.397 0.52613 0.582 0.8921 0.903 0.6503 0.69 del_xp21.1 55 (21%) 201 0.88489 0.899 0.00246 0.00629 0.03619 0.0591 0.099779 0.14 0.0079299 0.0169 0.02069 0.0373 0.01859 0.0341 0.03228 0.0539 0.36227 0.418 0.04922 0.0785 del_xq21.1 114 (45%) 142 0.00053999 0.00187 2e-04 0.000825 4e-05 0.000218 0.0015 0.00427 4e-05 0.000218 0.00029 0.00115 6.9999e-05 0.000342 0.00093999 0.00297 0.03807 0.0616 0.03369 0.0557 del_xq22.3 123 (48%) 133 9.9999e-06 6.95e-05 9.9999e-06 6.95e-05 0.00065999 0.00222 0.0066699 0.0147 9.9999e-06 6.95e-05 3e-05 0.000174 0.00013 0.000564 0.00098999 0.00308 0.0223 0.0396 0.050689 0.0799