Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features
Skin Cutaneous Melanoma (Metastatic)
21 August 2015  |  analyses__2015_08_21
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doi:10.7908/C10864KC
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2015): Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C10864KC
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant arm-level copy number variations (cnvs) and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 82 arm-level events and 14 clinical features across 366 patients, 2 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • 17q gain cnv correlated to 'YEARS_TO_BIRTH'.

  • 10q loss cnv correlated to 'YEARS_TO_BIRTH'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 82 arm-level events and 14 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 2 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
from
Specimen
Diagnosis
to
Death 		Time
to
Death 		YEARS
TO
BIRTH 		PATHOLOGIC
STAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		MELANOMA
ULCERATION 		MELANOMA
PRIMARY
KNOWN 		BRESLOW
THICKNESS 		GENDER RADIATION
THERAPY 		RACE ETHNICITY
nCNV (%) nWild-Type logrank test logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
17q gain 65 (18%) 301 0.435
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.000162
(0.0932) 		0.885
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.25
(1.00) 		1
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.214
(1.00) 		1
(1.00)
10q loss 224 (61%) 142 0.303
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.000131
(0.0932) 		0.511
(1.00) 		0.0595
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.0768
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.0355
(1.00) 		1
(1.00)
1p gain 87 (24%) 279 0.684
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.0983
(1.00) 		1
(1.00) 		0.665
(1.00)
1q gain 171 (47%) 195 0.862
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.434
(1.00) 		1
(1.00) 		0.258
(1.00)
2p gain 67 (18%) 299 0.594
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.72
(1.00) 		1
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.359
(1.00)
2q gain 65 (18%) 301 0.247
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.0927
(1.00) 		1
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.0574
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.611
(1.00)
3p gain 63 (17%) 303 0.00745
(0.777) 		0.0462
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.0961
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.0918
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.606
(1.00)
3q gain 72 (20%) 294 0.021
(0.891) 		0.0229
(0.891) 		0.267
(1.00) 		0.0913
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.0665
(1.00) 		0.0931
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.0752
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.354
(1.00)
4p gain 56 (15%) 310 0.803
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.0759
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.713
(1.00) 		1
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.628
(1.00) 		1
(1.00)
4q gain 47 (13%) 319 0.982
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.332
(1.00) 		1
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.53
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.564
(1.00) 		1
(1.00)
5p gain 76 (21%) 290 0.0809
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.0685
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.569
(1.00) 		1
(1.00) 		0.64
(1.00)
5q gain 52 (14%) 314 0.393
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.0629
(1.00)
6p gain 144 (39%) 222 0.406
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.0502
(1.00) 		0.413
(1.00) 		1
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.706
(1.00)
6q gain 48 (13%) 318 0.171
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.0521
(1.00) 		0.0213
(0.891) 		0.749
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.873
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.6
(1.00)
7p gain 203 (55%) 163 0.114
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.981
(1.00) 		0.016
(0.855) 		0.466
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.465
(1.00)
7q gain 200 (55%) 166 0.0873
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.0147
(0.855) 		0.627
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.0834
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.46
(1.00)
8p gain 121 (33%) 245 0.526
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.0523
(1.00) 		1
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.359
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0396
(1.00) 		1
(1.00)
8q gain 169 (46%) 197 0.14
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.0636
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.199
(1.00) 		1
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.0597
(1.00) 		0.0787
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.184
(1.00) 		1
(1.00)
9p gain 16 (4%) 350 0.823
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.759
(1.00) 		1
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.253
(1.00) 		1
(1.00) 		0.446
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
9q gain 21 (6%) 345 0.872
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.577
(1.00) 		1
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.0901
(1.00) 		0.0508
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.0885
(1.00) 		1
(1.00)
10p gain 12 (3%) 354 0.397
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.154
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0112
(0.855) 		0.667
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.64
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
10q gain 3 (1%) 363 0.803
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.073
(1.00) 		1
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.339
(1.00) 		1
(1.00) 		0.34
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
11p gain 35 (10%) 331 0.113
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.0956
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.246
(1.00) 		1
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.693
(1.00) 		1
(1.00) 		0.105
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
11q gain 29 (8%) 337 0.0521
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.0673
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.856
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.0774
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.0786
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
12p gain 65 (18%) 301 0.213
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.0102
(0.84) 		0.401
(1.00) 		0.00819
(0.784) 		0.777
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.778
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0701
(1.00) 		0.613
(1.00)
12q gain 39 (11%) 327 0.414
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.0301
(1.00) 		1
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.226
(1.00) 		1
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.547
(1.00)
13q gain 94 (26%) 272 0.0233
(0.891) 		0.165
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.037
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.707
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.708
(1.00) 		1
(1.00)
14q gain 41 (11%) 325 0.634
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.538
(1.00) 		1
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.329
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
15q gain 85 (23%) 281 0.343
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.462
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
16p gain 58 (16%) 308 0.893
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.0962
(1.00) 		0.07
(1.00) 		0.0429
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.00258
(0.592) 		0.555
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.648
(1.00) 		1
(1.00)
16q gain 44 (12%) 322 0.422
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.0147
(0.855) 		0.194
(1.00) 		1
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.0049
(0.713) 		0.249
(1.00) 		1
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.576
(1.00)
17p gain 37 (10%) 329 0.454
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.286
(1.00) 		1
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.476
(1.00) 		1
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.527
(1.00)
18p gain 55 (15%) 311 0.183
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.0659
(1.00) 		0.0175
(0.855) 		0.00578
(0.713) 		0.692
(1.00) 		1
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.63
(1.00) 		1
(1.00)
18q gain 44 (12%) 322 0.0654
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.0146
(0.855) 		0.00311
(0.595) 		0.64
(1.00) 		1
(1.00) 		0.279
(1.00) 		1
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.239
(1.00) 		1
(1.00) 		0.586
(1.00)
19p gain 57 (16%) 309 0.792
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.624
(1.00) 		1
(1.00)
19q gain 56 (15%) 310 0.811
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.612
(1.00) 		1
(1.00)
20p gain 147 (40%) 219 0.145
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.038
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.0434
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.874
(1.00) 		1
(1.00) 		0.707
(1.00)
20q gain 179 (49%) 187 0.0681
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.0501
(1.00) 		0.0267
(0.991) 		0.886
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.0879
(1.00) 		1
(1.00) 		0.639
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
21q gain 67 (18%) 299 0.21
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.0353
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.0573
(1.00) 		1
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.84
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
22q gain 126 (34%) 240 0.576
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.09
(1.00) 		0.817
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.43
(1.00)
xp gain 41 (11%) 325 0.555
(1.00) 		0.0568
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.971
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.52
(1.00) 		1
(1.00)
xq gain 43 (12%) 323 0.00899
(0.794) 		0.00125
(0.416) 		0.127
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.472
(1.00) 		1
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.818
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0938
(1.00) 		0.54
(1.00) 		1
(1.00)
1p loss 53 (14%) 313 0.567
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.605
(1.00) 		1
(1.00)
1q loss 28 (8%) 338 0.713
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.971
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.253
(1.00) 		1
(1.00) 		0.454
(1.00) 		1
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.556
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
2p loss 51 (14%) 315 0.868
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.475
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.06
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.653
(1.00) 		1
(1.00) 		0.246
(1.00)
2q loss 52 (14%) 314 0.34
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.978
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.517
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0417
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.511
(1.00) 		1
(1.00) 		0.254
(1.00)
3p loss 61 (17%) 305 0.739
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.297
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
3q loss 53 (14%) 313 0.85
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.611
(1.00) 		1
(1.00)
4p loss 80 (22%) 286 0.72
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.516
(1.00) 		1
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.603
(1.00) 		1
(1.00) 		0.453
(1.00) 		1
(1.00)
4q loss 85 (23%) 281 0.493
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.191
(1.00) 		1
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.136
(1.00) 		1
(1.00)
5p loss 79 (22%) 287 0.408
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.0877
(1.00) 		0.00621
(0.713) 		0.188
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.353
(1.00)
5q loss 99 (27%) 267 0.731
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.079
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.197
(1.00)
6p loss 68 (19%) 298 0.502
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.389
(1.00) 		1
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.688
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
6q loss 172 (47%) 194 0.253
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.969
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.101
(1.00) 		1
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.276
(1.00) 		1
(1.00)
7p loss 18 (5%) 348 0.964
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.0138
(0.855) 		0.612
(1.00) 		0.618
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.461
(1.00) 		1
(1.00) 		0.267
(1.00) 		1
(1.00)
7q loss 17 (5%) 349 0.453
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.612
(1.00) 		1
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.653
(1.00) 		1
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.253
(1.00) 		1
(1.00)
8p loss 67 (18%) 299 0.797
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.299
(1.00) 		1
(1.00) 		0.159
(1.00) 		1
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.842
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
8q loss 27 (7%) 339 0.604
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.546
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.892
(1.00) 		1
(1.00) 		0.765
(1.00) 		1
(1.00) 		0.413
(1.00)
9p loss 236 (64%) 130 0.419
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.0179
(0.855) 		0.191
(1.00) 		1
(1.00) 		0.103
(1.00)
9q loss 185 (51%) 181 0.986
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.986
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.0402
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.721
(1.00)
10p loss 204 (56%) 162 0.554
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.0228
(0.891) 		0.511
(1.00) 		0.0057
(0.713) 		0.655
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.0392
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.117
(1.00) 		1
(1.00)
11p loss 126 (34%) 240 0.305
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.0171
(0.855) 		0.145
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.0169
(0.855) 		0.328
(1.00) 		0.338
(1.00) 		1
(1.00)
11q loss 148 (40%) 218 0.53
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.00145
(0.416) 		0.528
(1.00) 		0.634
(1.00) 		1
(1.00)
12p loss 59 (16%) 307 0.0973
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.463
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.603
(1.00)
12q loss 67 (18%) 299 0.284
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.749
(1.00) 		1
(1.00) 		0.859
(1.00) 		1
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.359
(1.00)
13q loss 80 (22%) 286 0.123
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.0805
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.652
(1.00)
14q loss 112 (31%) 254 0.44
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.967
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.735
(1.00) 		1
(1.00) 		0.444
(1.00)
15q loss 52 (14%) 314 0.868
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.053
(1.00) 		0.0385
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.578
(1.00) 		1
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.6
(1.00)
16p loss 68 (19%) 298 0.514
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.0695
(1.00) 		0.0404
(1.00) 		0.334
(1.00) 		1
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.125
(1.00)
16q loss 106 (29%) 260 0.562
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.0706
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.423
(1.00)
17p loss 127 (35%) 239 0.984
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.993
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.0548
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.429
(1.00)
17q loss 64 (17%) 302 0.256
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.0775
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.663
(1.00) 		1
(1.00)
18p loss 104 (28%) 262 0.547
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.0481
(1.00) 		1
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.515
(1.00) 		1
(1.00)
18q loss 100 (27%) 266 0.847
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.219
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.511
(1.00) 		1
(1.00)
19p loss 77 (21%) 289 0.791
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.0334
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
19q loss 73 (20%) 293 0.546
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.0809
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
20p loss 26 (7%) 340 0.92
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.622
(1.00) 		1
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.533
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0792
(1.00)
20q loss 9 (2%) 357 0.391
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.247
(1.00) 		1
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.493
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.165
(1.00)
21q loss 70 (19%) 296 0.201
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.0549
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.0844
(1.00) 		1
(1.00)
22q loss 39 (11%) 327 0.38
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.127
(1.00) 		1
(1.00) 		0.336
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0544
(1.00) 		0.557
(1.00)
xp loss 97 (27%) 269 0.15
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.0925
(1.00) 		0.0202
(0.891) 		0.22
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
xq loss 93 (25%) 273 0.593
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.083
(1.00) 		0.105
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
'17q gain' versus 'YEARS_TO_BIRTH'

P value = 0.000162 (Wilcoxon-test), Q value = 0.093

Table S1.  Gene #31: '17q gain' versus Clinical Feature #3: 'YEARS_TO_BIRTH'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 358 56.3 (15.7)
17Q GAIN MUTATED 64 63.1 (15.4)
17Q GAIN WILD-TYPE 294 54.9 (15.4)

Figure S1.  Get High-res Image Gene #31: '17q gain' versus Clinical Feature #3: 'YEARS_TO_BIRTH'

'10q loss' versus 'YEARS_TO_BIRTH'

P value = 0.000131 (Wilcoxon-test), Q value = 0.093

Table S2.  Gene #61: '10q loss' versus Clinical Feature #3: 'YEARS_TO_BIRTH'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 358 56.3 (15.7)
10Q LOSS MUTATED 217 53.8 (16.0)
10Q LOSS WILD-TYPE 141 60.3 (14.5)

Figure S2.  Get High-res Image Gene #61: '10q loss' versus Clinical Feature #3: 'YEARS_TO_BIRTH'

Methods & Data
Input

  • Copy number data file = broad_values_by_arm.txt from GISTIC pipeline

  • Processed Copy number data file = /xchip/cga/gdac-prod/tcga-gdac/jobResults/GDAC_Correlate_Genomic_Events_Preprocess/SKCM-TM/19784515/transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = /xchip/cga/gdac-prod/tcga-gdac/jobResults/Append_Data/SKCM-TM/19775519/SKCM-TM.merged_data.txt

  • Number of patients = 366

  • Number of significantly arm-level cnvs = 82

  • Number of selected clinical features = 14

  • Exclude regions that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
Copyright © 2015 Broad Institute TCGA GDAC as part of the TCGA Research Network. All rights reserved.
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