This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.
Testing the association between mutation status of 117 genes and 14 clinical features across 290 patients, 2 significant findings detected with Q value < 0.25.
-
NF1 mutation correlated to 'YEARS_TO_BIRTH'.
-
MUC7 mutation correlated to 'YEARS_TO_BIRTH'.
Clinical Features |
Time from Specimen Diagnosis to Death |
Time to Death |
YEARS TO BIRTH |
PATHOLOGIC STAGE |
PATHOLOGY T STAGE |
PATHOLOGY N STAGE |
PATHOLOGY M STAGE |
MELANOMA ULCERATION |
MELANOMA PRIMARY KNOWN |
BRESLOW THICKNESS |
GENDER |
RADIATION THERAPY |
RACE | ETHNICITY | ||
nMutated (%) | nWild-Type | logrank test | logrank test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | |
NF1 | 38 (13%) | 252 |
0.11 (0.956) |
0.0886 (0.94) |
2.24e-05 (0.0342) |
0.0254 (0.803) |
0.0143 (0.803) |
0.695 (1.00) |
0.255 (1.00) |
1 (1.00) |
0.601 (1.00) |
0.158 (1.00) |
0.151 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.333 (1.00) |
MUC7 | 17 (6%) | 273 |
0.947 (1.00) |
0.855 (1.00) |
4.17e-05 (0.0342) |
0.152 (1.00) |
0.0253 (0.803) |
0.883 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.126 (0.999) |
1 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.304 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
NRAS | 87 (30%) | 203 |
0.106 (0.954) |
0.193 (1.00) |
0.455 (1.00) |
0.241 (1.00) |
0.255 (1.00) |
0.0867 (0.94) |
0.412 (1.00) |
0.872 (1.00) |
0.848 (1.00) |
0.708 (1.00) |
0.51 (1.00) |
1 (1.00) |
0.749 (1.00) |
1 (1.00) |
TP53 | 48 (17%) | 242 |
0.367 (1.00) |
0.436 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.478 (1.00) |
0.765 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.641 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.871 (1.00) |
0.332 (1.00) |
0.663 (1.00) |
1 (1.00) |
CDKN2A | 41 (14%) | 249 |
0.192 (1.00) |
0.472 (1.00) |
0.373 (1.00) |
0.636 (1.00) |
0.625 (1.00) |
0.127 (0.999) |
0.723 (1.00) |
0.0219 (0.803) |
0.622 (1.00) |
0.194 (1.00) |
1 (1.00) |
0.44 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
PTEN | 25 (9%) | 265 |
0.549 (1.00) |
0.931 (1.00) |
0.0225 (0.803) |
0.506 (1.00) |
0.643 (1.00) |
0.709 (1.00) |
0.643 (1.00) |
0.61 (1.00) |
0.54 (1.00) |
0.816 (1.00) |
0.285 (1.00) |
0.0546 (0.94) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
RAC1 | 20 (7%) | 270 |
0.467 (1.00) |
0.0776 (0.94) |
0.265 (1.00) |
0.569 (1.00) |
0.569 (1.00) |
0.15 (1.00) |
0.617 (1.00) |
0.489 (1.00) |
0.0289 (0.803) |
0.263 (1.00) |
0.633 (1.00) |
0.079 (0.94) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
ARID2 | 37 (13%) | 253 |
0.925 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.0659 (0.94) |
0.284 (1.00) |
0.204 (1.00) |
0.436 (1.00) |
0.708 (1.00) |
0.827 (1.00) |
0.441 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.587 (1.00) |
0.788 (1.00) |
1 (1.00) |
0.341 (1.00) |
C15ORF23 | 19 (7%) | 271 |
0.287 (1.00) |
0.47 (1.00) |
0.0904 (0.94) |
0.455 (1.00) |
0.198 (1.00) |
0.979 (1.00) |
0.61 (1.00) |
0.357 (1.00) |
0.719 (1.00) |
0.113 (0.956) |
0.338 (1.00) |
0.713 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
NUDT11 | 8 (3%) | 282 |
0.195 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.365 (1.00) |
0.943 (1.00) |
0.124 (0.999) |
0.025 (0.803) |
0.366 (1.00) |
0.397 (1.00) |
0.271 (1.00) |
0.0363 (0.838) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
ZFX | 15 (5%) | 275 |
0.658 (1.00) |
0.654 (1.00) |
0.171 (1.00) |
0.2 (1.00) |
0.735 (1.00) |
0.479 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.443 (1.00) |
0.0558 (0.94) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.15 (1.00) |
SLC38A4 | 33 (11%) | 257 |
0.55 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.0498 (0.932) |
0.906 (1.00) |
0.575 (1.00) |
0.568 (1.00) |
0.699 (1.00) |
0.439 (1.00) |
0.0218 (0.803) |
0.823 (1.00) |
0.0136 (0.803) |
0.26 (1.00) |
0.519 (1.00) |
1 (1.00) |
FAM58A | 6 (2%) | 284 |
0.962 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.129 (1.00) |
0.622 (1.00) |
1 (1.00) |
0.295 (1.00) |
1 (1.00) |
0.273 (1.00) |
0.562 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.0868 (0.94) |
0.157 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
PPP6C | 20 (7%) | 270 |
0.0349 (0.838) |
0.0109 (0.803) |
0.47 (1.00) |
0.749 (1.00) |
1 (1.00) |
0.347 (1.00) |
1 (1.00) |
0.573 (1.00) |
0.487 (1.00) |
0.889 (1.00) |
1 (1.00) |
0.72 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
C7ORF58 | 37 (13%) | 253 |
0.391 (1.00) |
0.286 (1.00) |
0.403 (1.00) |
0.0192 (0.803) |
0.601 (1.00) |
0.295 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.109 (0.956) |
0.312 (1.00) |
0.856 (1.00) |
0.788 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
COL3A1 | 59 (20%) | 231 |
0.967 (1.00) |
0.577 (1.00) |
0.0288 (0.803) |
0.183 (1.00) |
0.64 (1.00) |
0.122 (0.999) |
0.758 (1.00) |
0.704 (1.00) |
0.131 (1.00) |
0.995 (1.00) |
0.000817 (0.334) |
0.823 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
CDK4 | 8 (3%) | 282 |
0.408 (1.00) |
0.0916 (0.94) |
0.579 (1.00) |
0.978 (1.00) |
0.45 (1.00) |
0.162 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.227 (1.00) |
1 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.152 (1.00) |
1 (1.00) |
DSG3 | 48 (17%) | 242 |
0.592 (1.00) |
0.793 (1.00) |
0.0252 (0.803) |
0.665 (1.00) |
1 (1.00) |
0.92 (1.00) |
0.495 (1.00) |
1 (1.00) |
0.233 (1.00) |
0.912 (1.00) |
0.871 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.425 (1.00) |
MLL | 40 (14%) | 250 |
0.978 (1.00) |
0.698 (1.00) |
0.0678 (0.94) |
0.981 (1.00) |
0.915 (1.00) |
0.726 (1.00) |
0.255 (1.00) |
0.114 (0.956) |
0.197 (1.00) |
0.874 (1.00) |
0.598 (1.00) |
0.601 (1.00) |
1 (1.00) |
0.365 (1.00) |
DDX3X | 20 (7%) | 270 |
0.6 (1.00) |
0.571 (1.00) |
0.787 (1.00) |
0.573 (1.00) |
0.958 (1.00) |
0.583 (1.00) |
0.118 (0.979) |
0.783 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.0323 (0.803) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
HSD11B1 | 14 (5%) | 276 |
0.546 (1.00) |
0.495 (1.00) |
0.289 (1.00) |
0.897 (1.00) |
0.846 (1.00) |
0.921 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.762 (1.00) |
0.399 (1.00) |
0.39 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
ALPK2 | 47 (16%) | 243 |
0.372 (1.00) |
0.197 (1.00) |
0.0397 (0.86) |
0.0648 (0.94) |
0.0872 (0.94) |
0.447 (1.00) |
0.743 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0905 (0.94) |
0.535 (1.00) |
0.0324 (0.803) |
0.475 (1.00) |
0.657 (1.00) |
1 (1.00) |
ATP5F1 | 6 (2%) | 284 |
0.708 (1.00) |
0.531 (1.00) |
0.228 (1.00) |
0.814 (1.00) |
0.594 (1.00) |
1 (1.00) |
0.65 (1.00) |
1 (1.00) |
0.267 (1.00) |
0.415 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
RPTN | 42 (14%) | 248 |
0.717 (1.00) |
0.848 (1.00) |
0.0461 (0.9) |
0.0945 (0.94) |
0.137 (1.00) |
0.415 (1.00) |
0.723 (1.00) |
0.0214 (0.803) |
0.0412 (0.86) |
0.458 (1.00) |
0.864 (1.00) |
0.798 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
KRTAP5-10 | 10 (3%) | 280 |
0.647 (1.00) |
0.755 (1.00) |
0.816 (1.00) |
0.717 (1.00) |
0.569 (1.00) |
0.872 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.99 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
GML | 11 (4%) | 279 |
0.527 (1.00) |
0.771 (1.00) |
0.0697 (0.94) |
0.92 (1.00) |
0.503 (1.00) |
0.531 (1.00) |
0.514 (1.00) |
0.403 (1.00) |
0.153 (1.00) |
0.599 (1.00) |
0.544 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
MAP2K1 | 15 (5%) | 275 |
0.0215 (0.803) |
0.0108 (0.803) |
0.0973 (0.94) |
0.987 (1.00) |
0.977 (1.00) |
0.34 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.864 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
IDH1 | 15 (5%) | 275 |
0.703 (1.00) |
0.71 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.0311 (0.803) |
0.503 (1.00) |
0.658 (1.00) |
0.214 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.492 (1.00) |
0.426 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
KEL | 36 (12%) | 254 |
0.664 (1.00) |
0.932 (1.00) |
0.523 (1.00) |
0.0845 (0.94) |
0.789 (1.00) |
0.316 (1.00) |
0.703 (1.00) |
0.247 (1.00) |
0.429 (1.00) |
0.799 (1.00) |
0.0169 (0.803) |
0.171 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
RQCD1 | 9 (3%) | 281 |
0.757 (1.00) |
0.529 (1.00) |
0.757 (1.00) |
0.00124 (0.406) |
0.486 (1.00) |
0.403 (1.00) |
0.444 (1.00) |
0.688 (1.00) |
1 (1.00) |
0.56 (1.00) |
0.304 (1.00) |
0.606 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
NGF | 9 (3%) | 281 |
0.337 (1.00) |
0.656 (1.00) |
0.566 (1.00) |
0.202 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.331 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.915 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0149 (0.803) |
1 (1.00) |
0.0918 (0.94) |
DMC1 | 11 (4%) | 279 |
0.986 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.726 (1.00) |
0.396 (1.00) |
0.479 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.48 (1.00) |
0.476 (1.00) |
0.637 (1.00) |
0.756 (1.00) |
0.544 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
TRERF1 | 26 (9%) | 264 |
0.167 (1.00) |
0.534 (1.00) |
0.096 (0.94) |
0.947 (1.00) |
0.436 (1.00) |
0.746 (1.00) |
1 (1.00) |
0.597 (1.00) |
1 (1.00) |
0.942 (1.00) |
0.138 (1.00) |
0.752 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
CYP3A5 | 13 (4%) | 277 |
0.837 (1.00) |
0.804 (1.00) |
0.812 (1.00) |
0.913 (1.00) |
1 (1.00) |
0.298 (1.00) |
1 (1.00) |
0.741 (1.00) |
0.675 (1.00) |
0.642 (1.00) |
1 (1.00) |
0.2 (1.00) |
1 (1.00) |
0.131 (1.00) |
BRAF | 145 (50%) | 145 |
0.00167 (0.457) |
0.019 (0.803) |
0.000461 (0.252) |
0.378 (1.00) |
0.00285 (0.667) |
0.0639 (0.94) |
0.806 (1.00) |
0.65 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.0193 (0.803) |
0.467 (1.00) |
1 (1.00) |
0.211 (1.00) |
1 (1.00) |
NBPF1 | 26 (9%) | 264 |
0.519 (1.00) |
0.62 (1.00) |
0.0124 (0.803) |
0.22 (1.00) |
0.573 (1.00) |
0.161 (1.00) |
0.38 (1.00) |
0.287 (1.00) |
0.35 (1.00) |
0.723 (1.00) |
0.834 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
ZNF780B | 10 (3%) | 280 |
0.445 (1.00) |
0.341 (1.00) |
0.927 (1.00) |
0.858 (1.00) |
1 (1.00) |
0.345 (1.00) |
1 (1.00) |
0.444 (1.00) |
0.622 (1.00) |
1 (1.00) |
0.33 (1.00) |
0.348 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
STK19 | 14 (5%) | 276 |
0.261 (1.00) |
0.87 (1.00) |
0.381 (1.00) |
0.0965 (0.94) |
0.944 (1.00) |
0.898 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.4 (1.00) |
0.745 (1.00) |
0.779 (1.00) |
0.39 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
KYNU | 16 (6%) | 274 |
0.15 (1.00) |
0.0684 (0.94) |
0.56 (1.00) |
0.237 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.738 (1.00) |
1 (1.00) |
0.476 (1.00) |
0.44 (1.00) |
0.25 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.0322 (0.803) |
1 (1.00) |
0.159 (1.00) |
ANO4 | 46 (16%) | 244 |
0.695 (1.00) |
0.812 (1.00) |
0.182 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.114 (0.956) |
0.315 (1.00) |
0.324 (1.00) |
1 (1.00) |
0.63 (1.00) |
0.223 (1.00) |
0.097 (0.94) |
0.322 (1.00) |
1 (1.00) |
0.403 (1.00) |
SLC27A5 | 10 (3%) | 280 |
0.552 (1.00) |
0.93 (1.00) |
0.7 (1.00) |
0.223 (1.00) |
0.454 (1.00) |
0.564 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.122 (0.999) |
0.754 (1.00) |
0.748 (1.00) |
0.348 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
POTEG | 27 (9%) | 263 |
0.564 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.869 (1.00) |
0.326 (1.00) |
0.909 (1.00) |
0.229 (1.00) |
0.802 (1.00) |
0.761 (1.00) |
0.333 (1.00) |
0.412 (1.00) |
0.551 (1.00) |
1 (1.00) |
0.258 (1.00) |
TPTE | 64 (22%) | 226 |
0.649 (1.00) |
0.515 (1.00) |
0.0814 (0.94) |
0.576 (1.00) |
0.777 (1.00) |
0.127 (0.999) |
0.379 (1.00) |
0.858 (1.00) |
1 (1.00) |
0.807 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.664 (1.00) |
0.679 (1.00) |
0.527 (1.00) |
USH2A | 91 (31%) | 199 |
0.878 (1.00) |
0.332 (1.00) |
0.0119 (0.803) |
0.336 (1.00) |
0.899 (1.00) |
0.557 (1.00) |
0.594 (1.00) |
0.869 (1.00) |
0.0566 (0.94) |
0.165 (1.00) |
0.193 (1.00) |
1 (1.00) |
0.432 (1.00) |
1 (1.00) |
XIRP2 | 98 (34%) | 192 |
0.862 (1.00) |
0.635 (1.00) |
0.0169 (0.803) |
0.467 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.43 (1.00) |
0.795 (1.00) |
0.638 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.365 (1.00) |
0.609 (1.00) |
1 (1.00) |
0.229 (1.00) |
1 (1.00) |
THSD7B | 92 (32%) | 198 |
0.0246 (0.803) |
0.109 (0.956) |
0.399 (1.00) |
0.676 (1.00) |
0.222 (1.00) |
0.0913 (0.94) |
1 (1.00) |
0.105 (0.954) |
0.45 (1.00) |
0.474 (1.00) |
0.0517 (0.933) |
0.251 (1.00) |
0.229 (1.00) |
0.554 (1.00) |
USP17L2 | 22 (8%) | 268 |
0.282 (1.00) |
0.353 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.778 (1.00) |
0.868 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.597 (1.00) |
0.33 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.0659 (0.94) |
1 (1.00) |
0.38 (1.00) |
1 (1.00) |
S100A8 | 8 (3%) | 282 |
0.167 (1.00) |
0.0208 (0.803) |
0.54 (1.00) |
0.385 (1.00) |
0.858 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0682 (0.94) |
0.948 (1.00) |
0.48 (1.00) |
0.0601 (0.94) |
1 (1.00) |
0.0819 (0.94) |
CTNNB1 | 16 (6%) | 274 |
0.31 (1.00) |
0.958 (1.00) |
0.036 (0.838) |
0.17 (1.00) |
0.04 (0.86) |
0.0412 (0.86) |
0.609 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0359 (0.838) |
0.605 (1.00) |
0.233 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
USP9X | 17 (6%) | 273 |
0.393 (1.00) |
0.231 (1.00) |
0.386 (1.00) |
0.786 (1.00) |
0.7 (1.00) |
0.816 (1.00) |
1 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.535 (1.00) |
0.799 (1.00) |
0.445 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
C10ORF28 | 7 (2%) | 283 |
0.427 (1.00) |
0.0869 (0.94) |
0.127 (0.999) |
0.936 (1.00) |
0.731 (1.00) |
0.933 (1.00) |
1 (1.00) |
0.148 (1.00) |
1 (1.00) |
0.891 (1.00) |
0.715 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
MAN1A1 | 15 (5%) | 275 |
0.828 (1.00) |
0.977 (1.00) |
0.0164 (0.803) |
0.611 (1.00) |
0.968 (1.00) |
0.23 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.703 (1.00) |
0.0297 (0.803) |
0.778 (1.00) |
0.0558 (0.94) |
0.701 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
OXA1L | 8 (3%) | 282 |
0.694 (1.00) |
0.855 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.599 (1.00) |
0.639 (1.00) |
0.261 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.723 (1.00) |
1 (1.00) |
0.252 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
NAP1L2 | 25 (9%) | 265 |
0.0262 (0.803) |
0.199 (1.00) |
0.0513 (0.933) |
0.977 (1.00) |
0.881 (1.00) |
0.389 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.34 (1.00) |
0.253 (1.00) |
0.831 (1.00) |
0.205 (1.00) |
1 (1.00) |
0.241 (1.00) |
MPP7 | 32 (11%) | 258 |
0.547 (1.00) |
0.975 (1.00) |
0.00508 (0.718) |
0.758 (1.00) |
0.215 (1.00) |
0.785 (1.00) |
0.422 (1.00) |
0.0677 (0.94) |
0.268 (1.00) |
0.796 (1.00) |
0.00636 (0.739) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
BTK | 15 (5%) | 275 |
0.525 (1.00) |
0.137 (1.00) |
0.279 (1.00) |
0.682 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.587 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.717 (1.00) |
0.0297 (0.803) |
0.19 (1.00) |
0.0977 (0.94) |
0.0939 (0.94) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
SLC9A11 | 44 (15%) | 246 |
0.259 (1.00) |
0.734 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.0905 (0.94) |
0.52 (1.00) |
1 (1.00) |
0.677 (1.00) |
0.229 (1.00) |
0.781 (1.00) |
0.311 (1.00) |
0.209 (1.00) |
0.631 (1.00) |
0.38 (1.00) |
EMG1 | 7 (2%) | 283 |
0.0983 (0.94) |
0.139 (1.00) |
0.867 (1.00) |
0.173 (1.00) |
0.525 (1.00) |
0.837 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.601 (1.00) |
0.435 (1.00) |
0.715 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
SELP | 33 (11%) | 257 |
0.266 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.952 (1.00) |
0.515 (1.00) |
0.0115 (0.803) |
0.797 (1.00) |
1 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.16 (1.00) |
0.657 (1.00) |
0.088 (0.94) |
0.0956 (0.94) |
0.521 (1.00) |
0.3 (1.00) |
PARM1 | 19 (7%) | 271 |
0.684 (1.00) |
0.219 (1.00) |
0.217 (1.00) |
0.931 (1.00) |
0.495 (1.00) |
0.489 (1.00) |
0.61 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.719 (1.00) |
0.224 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.265 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
ACSBG1 | 13 (4%) | 277 |
0.15 (1.00) |
0.267 (1.00) |
0.0978 (0.94) |
0.188 (1.00) |
0.101 (0.94) |
0.487 (1.00) |
0.514 (1.00) |
0.244 (1.00) |
0.675 (1.00) |
0.241 (1.00) |
0.564 (1.00) |
0.663 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
CCK | 6 (2%) | 284 |
0.224 (1.00) |
0.143 (1.00) |
0.717 (1.00) |
0.815 (1.00) |
0.294 (1.00) |
0.0313 (0.803) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.562 (1.00) |
0.483 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
C1QTNF9 | 16 (6%) | 274 |
0.39 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.712 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.4 (1.00) |
0.402 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0706 (0.94) |
0.427 (1.00) |
0.703 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
UBE2V2 | 3 (1%) | 287 |
0.698 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.273 (1.00) |
0.268 (1.00) |
0.824 (1.00) |
1 (1.00) |
0.515 (1.00) |
1 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.294 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
BOLA1 | 3 (1%) | 287 |
0.669 (1.00) |
0.814 (1.00) |
0.377 (1.00) |
0.921 (1.00) |
0.621 (1.00) |
0.44 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.769 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
IFNGR2 | 4 (1%) | 286 |
0.124 (0.999) |
0.744 (1.00) |
0.689 (1.00) |
0.994 (1.00) |
0.851 (1.00) |
0.44 (1.00) |
1 (1.00) |
0.648 (1.00) |
1 (1.00) |
0.394 (1.00) |
0.301 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
KRAS | 6 (2%) | 284 |
0.324 (1.00) |
0.103 (0.951) |
0.254 (1.00) |
0.585 (1.00) |
0.337 (1.00) |
0.932 (1.00) |
1 (1.00) |
0.305 (1.00) |
1 (1.00) |
0.107 (0.954) |
1 (1.00) |
0.157 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
ZNF595 | 8 (3%) | 282 |
0.128 (1.00) |
0.0479 (0.923) |
0.532 (1.00) |
0.186 (1.00) |
0.442 (1.00) |
0.383 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.812 (1.00) |
0.714 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
PRKAA2 | 25 (9%) | 265 |
0.0597 (0.94) |
0.0518 (0.933) |
0.699 (1.00) |
0.0158 (0.803) |
0.113 (0.956) |
0.159 (1.00) |
1 (1.00) |
0.162 (1.00) |
0.54 (1.00) |
0.023 (0.803) |
0.195 (1.00) |
0.0991 (0.94) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
MMP27 | 13 (4%) | 277 |
0.748 (1.00) |
0.825 (1.00) |
0.031 (0.803) |
0.39 (1.00) |
0.0103 (0.803) |
0.856 (1.00) |
1 (1.00) |
0.444 (1.00) |
0.675 (1.00) |
0.0784 (0.94) |
0.141 (1.00) |
0.663 (1.00) |
0.244 (1.00) |
1 (1.00) |
POLR2B | 10 (3%) | 280 |
0.544 (1.00) |
0.599 (1.00) |
0.146 (1.00) |
0.69 (1.00) |
0.604 (1.00) |
0.595 (1.00) |
1 (1.00) |
0.16 (1.00) |
1 (1.00) |
0.181 (1.00) |
0.0152 (0.803) |
0.616 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
CSN3 | 4 (1%) | 286 |
0.249 (1.00) |
0.0886 (0.94) |
0.249 (1.00) |
0.716 (1.00) |
0.261 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.515 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0314 (0.803) |
1 (1.00) |
0.406 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
CASP8 | 9 (3%) | 281 |
0.588 (1.00) |
0.792 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.137 (1.00) |
0.0623 (0.94) |
0.249 (1.00) |
0.102 (0.94) |
0.273 (1.00) |
0.0934 (0.94) |
0.0747 (0.94) |
0.304 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
PPFIA1 | 16 (6%) | 274 |
0.514 (1.00) |
0.615 (1.00) |
0.502 (1.00) |
0.502 (1.00) |
0.39 (1.00) |
0.426 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.792 (1.00) |
0.115 (0.957) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
ZNF490 | 16 (6%) | 274 |
0.141 (1.00) |
0.149 (1.00) |
0.092 (0.94) |
0.935 (1.00) |
0.562 (1.00) |
1 (1.00) |
0.238 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.932 (1.00) |
1 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.15 (1.00) |
IL5RA | 16 (6%) | 274 |
0.18 (1.00) |
0.058 (0.94) |
0.0425 (0.86) |
0.657 (1.00) |
0.891 (1.00) |
0.975 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.365 (1.00) |
1 (1.00) |
0.733 (1.00) |
0.182 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.289 (1.00) |
1 (1.00) |
LILRB5 | 19 (7%) | 271 |
0.562 (1.00) |
0.335 (1.00) |
0.136 (1.00) |
0.955 (1.00) |
0.51 (1.00) |
0.0989 (0.94) |
0.613 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.0779 (0.94) |
0.539 (1.00) |
0.0501 (0.932) |
0.713 (1.00) |
1 (1.00) |
0.187 (1.00) |
C10ORF72 | 20 (7%) | 270 |
0.982 (1.00) |
0.517 (1.00) |
0.181 (1.00) |
0.932 (1.00) |
0.29 (1.00) |
0.297 (1.00) |
1 (1.00) |
0.204 (1.00) |
0.153 (1.00) |
0.992 (1.00) |
0.0323 (0.803) |
0.079 (0.94) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
C3ORF71 | 4 (1%) | 286 |
0.198 (1.00) |
0.635 (1.00) |
0.956 (1.00) |
0.187 (1.00) |
0.622 (1.00) |
0.69 (1.00) |
1 (1.00) |
0.273 (1.00) |
1 (1.00) |
0.677 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
ZNF589 | 3 (1%) | 287 |
0.504 (1.00) |
0.272 (1.00) |
0.124 (0.999) |
1 (1.00) |
0.515 (1.00) |
0.337 (1.00) |
0.294 (1.00) |
0.323 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
||||
DSP | 60 (21%) | 230 |
0.743 (1.00) |
0.662 (1.00) |
0.698 (1.00) |
0.407 (1.00) |
0.98 (1.00) |
0.21 (1.00) |
1 (1.00) |
0.359 (1.00) |
0.831 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.3 (1.00) |
0.824 (1.00) |
0.672 (1.00) |
0.501 (1.00) |
ZZZ3 | 3 (1%) | 287 |
0.101 (0.94) |
0.319 (1.00) |
0.189 (1.00) |
0.212 (1.00) |
0.365 (1.00) |
0.0249 (0.803) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.232 (1.00) |
0.559 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
MCART2 | 10 (3%) | 280 |
0.929 (1.00) |
0.916 (1.00) |
0.233 (1.00) |
0.79 (1.00) |
0.84 (1.00) |
0.523 (1.00) |
1 (1.00) |
0.403 (1.00) |
1 (1.00) |
0.446 (1.00) |
0.748 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
CD2 | 22 (8%) | 268 |
0.171 (1.00) |
0.0738 (0.94) |
0.518 (1.00) |
0.166 (1.00) |
0.198 (1.00) |
0.831 (1.00) |
0.628 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.75 (1.00) |
0.611 (1.00) |
1 (1.00) |
0.739 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
CD209 | 12 (4%) | 278 |
0.966 (1.00) |
0.995 (1.00) |
0.309 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.0796 (0.94) |
0.0629 (0.94) |
0.545 (1.00) |
0.0409 (0.86) |
1 (1.00) |
0.049 (0.932) |
0.768 (1.00) |
0.645 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
C2ORF16 | 29 (10%) | 261 |
0.395 (1.00) |
0.97 (1.00) |
0.0561 (0.94) |
0.198 (1.00) |
0.488 (1.00) |
0.0985 (0.94) |
0.679 (1.00) |
0.0774 (0.94) |
0.073 (0.94) |
0.646 (1.00) |
0.0045 (0.718) |
0.55 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
GLRB | 30 (10%) | 260 |
0.503 (1.00) |
0.93 (1.00) |
0.0216 (0.803) |
0.883 (1.00) |
0.282 (1.00) |
0.611 (1.00) |
1 (1.00) |
0.361 (1.00) |
0.779 (1.00) |
0.273 (1.00) |
0.111 (0.956) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.284 (1.00) |
PKDREJ | 30 (10%) | 260 |
0.896 (1.00) |
0.904 (1.00) |
0.654 (1.00) |
0.946 (1.00) |
0.941 (1.00) |
0.917 (1.00) |
0.39 (1.00) |
0.595 (1.00) |
0.243 (1.00) |
0.597 (1.00) |
1 (1.00) |
0.553 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
PTPRT | 86 (30%) | 204 |
0.00403 (0.718) |
0.01 (0.803) |
0.843 (1.00) |
0.922 (1.00) |
0.923 (1.00) |
0.0908 (0.94) |
1 (1.00) |
0.241 (1.00) |
0.445 (1.00) |
0.788 (1.00) |
0.185 (1.00) |
0.845 (1.00) |
0.527 (1.00) |
1 (1.00) |
FAM55C | 6 (2%) | 284 |
0.00415 (0.718) |
0.0457 (0.9) |
0.0974 (0.94) |
0.962 (1.00) |
0.692 (1.00) |
0.643 (1.00) |
1 (1.00) |
0.397 (1.00) |
1 (1.00) |
0.206 (1.00) |
0.415 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
NUDT4 | 5 (2%) | 285 |
0.991 (1.00) |
0.493 (1.00) |
0.447 (1.00) |
0.0458 (0.9) |
0.362 (1.00) |
0.295 (1.00) |
1 (1.00) |
0.648 (1.00) |
1 (1.00) |
0.205 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
MYPOP | 7 (2%) | 283 |
0.621 (1.00) |
0.834 (1.00) |
0.522 (1.00) |
0.42 (1.00) |
0.00885 (0.803) |
0.472 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.601 (1.00) |
0.41 (1.00) |
0.715 (1.00) |
1 (1.00) |
0.137 (1.00) |
1 (1.00) |
MLL4 | 32 (11%) | 258 |
0.64 (1.00) |
0.357 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.173 (1.00) |
0.248 (1.00) |
0.235 (1.00) |
0.826 (1.00) |
0.397 (1.00) |
0.587 (1.00) |
0.00636 (0.739) |
0.0858 (0.94) |
1 (1.00) |
0.3 (1.00) |
MMP1 | 14 (5%) | 276 |
0.716 (1.00) |
0.973 (1.00) |
0.621 (1.00) |
0.034 (0.83) |
0.809 (1.00) |
0.298 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.0855 (0.94) |
1 (1.00) |
0.973 (1.00) |
0.264 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
THEMIS | 34 (12%) | 256 |
0.532 (1.00) |
0.835 (1.00) |
0.12 (0.991) |
0.49 (1.00) |
0.793 (1.00) |
0.171 (1.00) |
0.703 (1.00) |
0.652 (1.00) |
0.409 (1.00) |
0.836 (1.00) |
0.188 (1.00) |
0.399 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
ACO1 | 8 (3%) | 282 |
0.863 (1.00) |
0.676 (1.00) |
0.944 (1.00) |
0.964 (1.00) |
0.956 (1.00) |
0.328 (1.00) |
1 (1.00) |
0.305 (1.00) |
0.271 (1.00) |
0.757 (1.00) |
0.157 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0819 (0.94) |
TP63 | 50 (17%) | 240 |
0.0421 (0.86) |
0.0829 (0.94) |
0.757 (1.00) |
0.371 (1.00) |
0.0791 (0.94) |
0.439 (1.00) |
0.322 (1.00) |
1 (1.00) |
0.485 (1.00) |
0.0417 (0.86) |
0.263 (1.00) |
0.161 (1.00) |
0.662 (1.00) |
0.439 (1.00) |
APCS | 13 (4%) | 277 |
0.181 (1.00) |
0.913 (1.00) |
0.444 (1.00) |
0.11 (0.956) |
0.31 (1.00) |
0.415 (1.00) |
0.00526 (0.718) |
0.403 (1.00) |
0.222 (1.00) |
0.596 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
GPX5 | 18 (6%) | 272 |
0.808 (1.00) |
0.828 (1.00) |
0.176 (1.00) |
0.753 (1.00) |
0.755 (1.00) |
0.376 (1.00) |
0.61 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.654 (1.00) |
0.0776 (0.94) |
0.467 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
PDK4 | 7 (2%) | 283 |
0.238 (1.00) |
0.105 (0.954) |
0.255 (1.00) |
0.318 (1.00) |
0.69 (1.00) |
0.0402 (0.86) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.715 (1.00) |
0.6 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
EPS8 | 7 (2%) | 283 |
0.274 (1.00) |
0.697 (1.00) |
0.18 (1.00) |
0.919 (1.00) |
1 (1.00) |
0.356 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.22 (1.00) |
0.434 (1.00) |
0.261 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
LUZP1 | 6 (2%) | 284 |
0.783 (1.00) |
0.774 (1.00) |
0.592 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.66 (1.00) |
0.932 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.682 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0255 (0.803) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
C10ORF118 | 7 (2%) | 283 |
0.986 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.777 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.512 (1.00) |
0.931 (1.00) |
0.323 (1.00) |
1 (1.00) |
0.22 (1.00) |
0.902 (1.00) |
0.715 (1.00) |
0.6 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
OR51S1 | 30 (10%) | 260 |
0.237 (1.00) |
0.612 (1.00) |
0.241 (1.00) |
0.44 (1.00) |
0.895 (1.00) |
0.593 (1.00) |
1 (1.00) |
0.194 (1.00) |
0.0813 (0.94) |
0.623 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.231 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
AMPD3 | 22 (8%) | 268 |
0.771 (1.00) |
0.929 (1.00) |
0.0662 (0.94) |
0.168 (1.00) |
0.0805 (0.94) |
0.739 (1.00) |
1 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.383 (1.00) |
0.365 (1.00) |
0.739 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
CD300E | 10 (3%) | 280 |
0.309 (1.00) |
0.493 (1.00) |
0.412 (1.00) |
0.624 (1.00) |
0.355 (1.00) |
0.232 (1.00) |
0.102 (0.94) |
0.65 (1.00) |
0.0269 (0.803) |
0.805 (1.00) |
0.51 (1.00) |
0.108 (0.956) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
SAG | 11 (4%) | 279 |
0.776 (1.00) |
0.936 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.245 (1.00) |
0.479 (1.00) |
0.415 (1.00) |
1 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.37 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.544 (1.00) |
0.137 (1.00) |
1 (1.00) |
0.111 (0.956) |
DDX17 | 8 (3%) | 282 |
0.491 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.576 (1.00) |
0.869 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.126 (0.999) |
1 (1.00) |
0.305 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.476 (1.00) |
0.714 (1.00) |
0.602 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
RUFY4 | 11 (4%) | 279 |
0.1 (0.94) |
0.0745 (0.94) |
0.0639 (0.94) |
0.621 (1.00) |
0.535 (1.00) |
0.811 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.703 (1.00) |
0.637 (1.00) |
0.792 (1.00) |
0.0576 (0.94) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
MAP3K5 | 20 (7%) | 270 |
0.876 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.716 (1.00) |
0.777 (1.00) |
0.642 (1.00) |
0.608 (1.00) |
0.311 (1.00) |
0.0296 (0.803) |
0.153 (1.00) |
0.966 (1.00) |
0.00768 (0.786) |
0.72 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
NTN4 | 15 (5%) | 275 |
0.902 (1.00) |
0.888 (1.00) |
0.289 (1.00) |
0.348 (1.00) |
0.333 (1.00) |
0.602 (1.00) |
1 (1.00) |
0.703 (1.00) |
1 (1.00) |
0.486 (1.00) |
0.426 (1.00) |
0.0242 (0.803) |
1 (1.00) |
0.15 (1.00) |
BCMO1 | 17 (6%) | 273 |
0.106 (0.954) |
0.164 (1.00) |
0.716 (1.00) |
0.513 (1.00) |
0.976 (1.00) |
0.442 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.0855 (0.94) |
1 (1.00) |
0.549 (1.00) |
0.304 (1.00) |
0.0415 (0.86) |
1 (1.00) |
0.168 (1.00) |
OR11H12 | 15 (5%) | 275 |
0.4 (1.00) |
0.867 (1.00) |
0.098 (0.94) |
0.926 (1.00) |
0.107 (0.954) |
0.713 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.587 (1.00) |
0.792 (1.00) |
0.701 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
SI | 67 (23%) | 223 |
0.552 (1.00) |
0.622 (1.00) |
0.0699 (0.94) |
0.981 (1.00) |
0.148 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.77 (1.00) |
0.724 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0549 (0.94) |
0.0851 (0.94) |
0.671 (1.00) |
0.69 (1.00) |
0.552 (1.00) |
ADAM33 | 16 (6%) | 274 |
0.168 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.949 (1.00) |
0.139 (1.00) |
0.345 (1.00) |
0.158 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.244 (1.00) |
0.132 (1.00) |
0.447 (1.00) |
0.792 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
RICTOR | 12 (4%) | 278 |
0.224 (1.00) |
0.754 (1.00) |
0.00677 (0.739) |
0.884 (1.00) |
0.77 (1.00) |
0.592 (1.00) |
1 (1.00) |
0.403 (1.00) |
0.655 (1.00) |
0.43 (1.00) |
1 (1.00) |
0.168 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
MED17 | 5 (2%) | 285 |
0.415 (1.00) |
0.683 (1.00) |
0.816 (1.00) |
0.153 (1.00) |
0.0598 (0.94) |
0.523 (1.00) |
1 (1.00) |
0.497 (1.00) |
0.653 (1.00) |
0.479 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
P value = 2.24e-05 (Wilcoxon-test), Q value = 0.034
nPatients | Mean (Std.Dev) | |
---|---|---|
ALL | 285 | 55.9 (15.5) |
NF1 MUTATED | 38 | 65.9 (12.9) |
NF1 WILD-TYPE | 247 | 54.4 (15.4) |
P value = 4.17e-05 (Wilcoxon-test), Q value = 0.034
nPatients | Mean (Std.Dev) | |
---|---|---|
ALL | 285 | 55.9 (15.5) |
MUC7 MUTATED | 17 | 70.8 (10.6) |
MUC7 WILD-TYPE | 268 | 55.0 (15.3) |
-
Mutation data file = sample_sig_gene_table.txt from Mutsig_2CV pipeline
-
Processed Mutation data file = /xchip/cga/gdac-prod/tcga-gdac/jobResults/GDAC_Correlate_Genomic_Events_Preprocess/SKCM-TM/20359500/transformed.cor.cli.txt
-
Clinical data file = /xchip/cga/gdac-prod/tcga-gdac/jobResults/Append_Data/SKCM-TM/19775519/SKCM-TM.merged_data.txt
-
Number of patients = 290
-
Number of significantly mutated genes = 117
-
Number of selected clinical features = 14
-
Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3
For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R
For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R
For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.
In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.