Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1p12 121 (33%) 245 0.03633 0.146 0.91043 0.934 0.70122 0.807 0.88216 0.912 0.3682 0.563 0.2506 0.458 0.13952 0.328 0.53664 0.694 0.76067 0.837 0.67954 0.794 amp_1q21.3 203 (55%) 163 9.9999e-06 0.000239 0.075709 0.233 0.61233 0.745 0.52329 0.692 0.00425 0.0348 0.47151 0.652 0.00262 0.024 0.02074 0.0996 0.17164 0.371 0.079519 0.237 amp_1q44 201 (55%) 165 9.9999e-06 0.000239 0.0093899 0.0574 0.37827 0.57 0.14297 0.333 0.0088099 0.0551 0.36902 0.563 0.00434 0.0348 0.00258 0.024 0.02897 0.131 0.00479 0.0361 amp_3p13 103 (28%) 263 0.12233 0.304 0.53741 0.694 0.25711 0.461 0.052809 0.184 0.6029 0.743 0.2938 0.488 0.69637 0.806 0.11062 0.284 0.7605 0.837 0.8345 0.878 amp_4q12 65 (18%) 301 0.00308 0.0269 0.21932 0.427 0.13288 0.32 0.53568 0.694 0.75707 0.836 0.10141 0.276 0.068169 0.221 0.00107 0.012 0.4498 0.638 0.36947 0.563 amp_5p15.33 110 (30%) 256 3e-05 0.000589 0.13328 0.32 0.87177 0.903 0.73843 0.822 0.060629 0.205 0.56331 0.706 0.00446 0.0348 0.24701 0.456 0.2884 0.486 0.079029 0.237 amp_5q35.3 59 (16%) 307 0.00019 0.00307 0.00049 0.00674 0.055209 0.19 0.03444 0.145 0.01502 0.081 0.52466 0.692 0.78722 0.852 0.14914 0.343 0.25005 0.458 0.63988 0.762 amp_6p24.3 210 (57%) 156 9.9999e-06 0.000239 9.9999e-06 0.000239 0.1513 0.345 0.01641 0.0868 0.03421 0.145 0.0082199 0.0532 0.01717 0.0883 5e-05 0.000917 0.00209 0.0213 0.00055999 0.00751 amp_6q12 80 (22%) 286 0.54898 0.701 0.56053 0.705 0.32285 0.516 0.081609 0.24 0.45652 0.638 0.069849 0.222 0.067199 0.22 0.03158 0.141 0.49983 0.67 0.15282 0.347 amp_7p22.1 208 (57%) 158 9.9999e-06 0.000239 0.81427 0.868 0.64459 0.766 0.21356 0.423 0.02392 0.11 0.13182 0.32 0.52653 0.693 0.39885 0.594 0.8675 0.9 0.13793 0.326 amp_7q34 224 (61%) 142 3e-05 0.000589 0.48152 0.66 0.28664 0.486 0.94046 0.949 0.15862 0.352 0.25277 0.459 0.58961 0.732 0.22273 0.43 0.071289 0.225 0.48971 0.664 amp_8q11.21 163 (45%) 203 9.9999e-06 0.000239 0.0015 0.0159 0.67388 0.794 0.24552 0.455 0.01769 0.0901 0.01058 0.0619 0.94001 0.949 0.28801 0.486 0.53219 0.694 0.92767 0.945 amp_8q24.21 191 (52%) 175 9.9999e-06 0.000239 0.00358 0.0303 0.73739 0.822 0.93751 0.949 0.0096999 0.0585 0.31363 0.505 0.80055 0.86 0.12628 0.311 0.49232 0.664 0.92014 0.94 amp_11q13.3 69 (19%) 297 0.12613 0.311 0.085199 0.247 0.86232 0.897 0.8397 0.878 0.28318 0.484 0.45333 0.638 0.4208 0.614 0.068359 0.221 0.80484 0.863 0.27402 0.474 amp_12q14.1 58 (16%) 308 0.00318 0.0273 0.33238 0.525 0.88982 0.918 0.28663 0.486 0.04487 0.166 0.48791 0.664 0.59519 0.737 0.22456 0.432 0.27386 0.474 0.68045 0.794 amp_12q15 59 (16%) 307 0.072489 0.227 0.22709 0.433 0.8266 0.871 0.42593 0.618 0.097099 0.267 0.18639 0.39 0.31415 0.505 0.30996 0.503 0.49617 0.667 0.138 0.326 amp_13q31.3 104 (28%) 262 9.9999e-06 0.000239 9.9999e-06 0.000239 0.51046 0.68 0.27049 0.471 4e-04 0.00579 0.00103 0.0118 0.45258 0.638 0.55909 0.705 0.13144 0.32 0.93509 0.949 amp_15q26.2 119 (33%) 247 0.00044 0.00621 0.20549 0.417 0.93173 0.947 0.81047 0.867 0.15788 0.352 0.45701 0.638 0.67553 0.794 0.4861 0.663 0.10417 0.279 0.71373 0.807 amp_17q25.3 122 (33%) 244 0.00018 0.003 0.04104 0.16 0.056629 0.192 0.074169 0.23 0.42972 0.622 0.0071899 0.0485 0.78589 0.852 0.069479 0.222 0.41087 0.602 0.10887 0.284 amp_19p13.2 69 (19%) 297 0.00086999 0.0102 0.093729 0.262 0.5317 0.694 0.95755 0.963 0.00248 0.0235 0.13732 0.326 0.9736 0.977 0.38708 0.58 0.2434 0.454 0.83866 0.878 amp_20q13.33 187 (51%) 179 9.9999e-06 0.000239 0.00131 0.0144 0.77417 0.848 0.98883 0.99 0.0058099 0.0415 0.074569 0.23 0.38045 0.572 0.65045 0.769 0.74818 0.83 0.47792 0.657 amp_22q13.2 151 (41%) 215 3e-05 0.000589 0.04178 0.161 0.91953 0.94 0.71832 0.807 0.2346 0.443 0.13379 0.32 0.55631 0.705 0.10397 0.279 0.26132 0.462 0.19098 0.396 del_1p36.31 81 (22%) 285 0.03587 0.146 9.9999e-06 0.000239 0.25675 0.461 0.20845 0.42 0.03263 0.143 0.089929 0.255 0.11764 0.296 0.14053 0.329 0.51291 0.68 0.46186 0.643 del_1p22.1 97 (27%) 269 0.00086999 0.0102 9.9999e-06 0.000239 0.43117 0.622 0.21087 0.422 0.00015 0.00266 0.02242 0.106 0.10281 0.279 0.62988 0.753 0.16358 0.357 0.49219 0.664 del_2q37.3 93 (25%) 273 0.4226 0.615 0.096849 0.267 0.03945 0.156 0.01958 0.0958 0.0054299 0.0398 0.01852 0.0925 0.01423 0.0778 0.03488 0.145 0.20227 0.414 0.23842 0.447 del_3p25.1 71 (19%) 295 0.1726 0.371 0.239 0.447 0.37498 0.568 0.21783 0.427 0.52884 0.694 0.751 0.831 0.33388 0.525 0.25466 0.461 0.47623 0.656 0.4357 0.624 del_3q13.31 62 (17%) 304 0.16203 0.355 0.089849 0.255 0.26774 0.467 0.11793 0.296 0.054389 0.188 0.551 0.701 0.33438 0.525 0.061859 0.207 0.22765 0.433 0.6204 0.747 del_4p16.3 91 (25%) 275 0.54294 0.696 0.10926 0.284 0.67802 0.794 0.70537 0.807 0.17694 0.376 0.01708 0.0883 0.98959 0.99 0.20269 0.414 0.61893 0.747 0.44488 0.634 del_4q34.3 110 (30%) 256 0.26449 0.463 0.065269 0.215 0.34038 0.529 0.55173 0.701 0.076319 0.233 0.011 0.063 0.83723 0.878 0.00294 0.0265 0.11048 0.284 0.00305 0.0269 del_5p15.31 79 (22%) 287 0.64856 0.769 0.37707 0.57 0.24826 0.457 0.53595 0.694 0.81753 0.868 0.072359 0.227 0.62203 0.747 0.41149 0.602 0.20025 0.412 0.44932 0.638 del_5q12.1 97 (27%) 269 0.2344 0.443 0.22047 0.427 0.15596 0.352 0.11446 0.29 0.4916 0.664 0.0353 0.146 0.56196 0.706 0.58818 0.732 0.71785 0.807 0.77769 0.85 del_5q31.3 131 (36%) 235 0.27517 0.474 0.00245 0.0235 0.32463 0.518 0.30083 0.495 0.73668 0.822 0.17569 0.375 0.7013 0.807 0.60905 0.745 0.51305 0.68 0.60998 0.745 del_6q22.31 215 (59%) 151 9.9999e-06 0.000239 0.0052699 0.0392 0.92159 0.94 0.44513 0.634 0.00033 0.00491 0.16605 0.361 0.33855 0.529 0.25661 0.461 0.48431 0.663 0.45375 0.638 del_6q26 221 (60%) 145 9.9999e-06 0.000239 0.0097899 0.0585 0.78194 0.85 0.54011 0.696 0.00018 0.003 0.04704 0.172 0.095279 0.265 0.20418 0.416 0.67982 0.794 0.54691 0.7 del_8p23.3 89 (24%) 277 0.0086999 0.0551 0.10649 0.283 0.1988 0.411 0.16021 0.352 0.03974 0.156 0.2778 0.477 0.21077 0.422 0.41027 0.602 0.43502 0.624 0.23584 0.444 del_9p23 249 (68%) 117 9.9999e-06 0.000239 0.10126 0.276 0.6914 0.802 0.61175 0.745 0.0089399 0.0552 0.15664 0.352 0.03287 0.143 0.088779 0.255 0.89349 0.92 0.29763 0.493 del_9p21.3 278 (76%) 88 2e-05 0.00044 0.0073199 0.0485 0.70812 0.807 0.70254 0.807 2e-05 0.00044 0.0071699 0.0485 0.01428 0.0778 0.54222 0.696 0.68814 0.8 0.22686 0.433 del_10p15.3 199 (54%) 167 9.9999e-06 0.000239 0.04285 0.163 0.78954 0.852 0.2194 0.427 0.00065999 0.00844 0.00077999 0.00953 0.21624 0.426 0.21377 0.423 0.61643 0.747 0.32005 0.513 del_10q21.1 217 (59%) 149 9.9999e-06 0.000239 0.46603 0.647 0.6287 0.753 0.14723 0.34 0.01374 0.0763 0.03182 0.141 0.061979 0.207 0.1585 0.352 0.35294 0.545 0.82713 0.871 del_10q23.31 230 (63%) 136 9.9999e-06 0.000239 0.12688 0.312 0.84908 0.884 0.20864 0.42 0.00386 0.0322 0.0168 0.088 0.080669 0.239 0.29141 0.487 0.40681 0.601 0.71926 0.807 del_10q26.3 236 (64%) 130 9.9999e-06 0.000239 0.39578 0.592 0.81873 0.868 0.31084 0.503 0.00022 0.00346 0.00449 0.0348 0.050009 0.176 0.21284 0.423 0.28021 0.48 0.59709 0.738 del_11p15.5 114 (31%) 252 0.01969 0.0958 0.04891 0.175 0.57148 0.713 0.71432 0.807 0.53387 0.694 0.25933 0.462 0.2639 0.463 0.085409 0.247 0.03458 0.145 0.079569 0.237 del_11q23.3 202 (55%) 164 9.9999e-06 0.000239 0.33421 0.525 0.71919 0.807 0.26131 0.462 0.04373 0.164 0.00061999 0.00812 0.29339 0.488 0.04147 0.161 0.02392 0.11 0.0072499 0.0485 del_12q23.3 92 (25%) 274 0.01339 0.0751 0.036 0.146 0.78993 0.852 0.81833 0.868 0.3009 0.495 0.36751 0.563 0.2203 0.427 0.11002 0.284 0.79128 0.852 0.61133 0.745 del_13q34 85 (23%) 281 0.95071 0.958 0.0103 0.0609 0.04402 0.164 0.74338 0.826 0.81536 0.868 0.0071799 0.0485 0.71807 0.807 0.35209 0.545 0.15121 0.345 0.78126 0.85 del_14q23.3 120 (33%) 246 9.9999e-06 0.000239 0.78002 0.85 0.18988 0.396 0.24596 0.455 0.0056299 0.0407 0.03551 0.146 0.04785 0.172 0.56444 0.706 0.11046 0.284 0.02834 0.129 del_14q32.31 117 (32%) 249 9.9999e-06 0.000239 0.62012 0.747 0.3707 0.563 0.18327 0.386 0.00456 0.0348 0.03482 0.145 0.17272 0.371 0.60508 0.745 0.51136 0.68 0.04769 0.172 del_15q13.3 84 (23%) 282 0.050149 0.176 0.0107 0.0619 0.13329 0.32 0.30493 0.501 0.40125 0.595 0.01846 0.0925 0.33185 0.525 0.84557 0.882 0.055979 0.191 0.72644 0.814 del_15q21.1 91 (25%) 275 0.077729 0.236 0.10541 0.281 0.47171 0.652 0.33943 0.529 0.501 0.67 0.29033 0.487 0.45653 0.638 0.4104 0.602 0.26045 0.462 0.82542 0.871 del_16p13.3 62 (17%) 304 0.56026 0.705 0.089839 0.255 0.0079899 0.0523 0.33567 0.526 0.15954 0.352 0.10776 0.284 0.3109 0.503 0.35483 0.547 0.02382 0.11 0.14536 0.337 del_16q12.1 117 (32%) 249 0.26286 0.463 0.30657 0.502 0.050299 0.176 0.68176 0.794 0.03698 0.147 0.069969 0.222 0.15312 0.347 0.04403 0.164 0.18379 0.386 0.0472 0.172 del_16q24.3 133 (36%) 233 0.11204 0.285 0.62089 0.747 0.18126 0.383 0.90617 0.932 0.0087999 0.0551 0.00238 0.0234 0.04305 0.163 0.090389 0.255 0.01519 0.0811 0.03386 0.145 del_17p13.3 135 (37%) 231 0.25284 0.459 0.00023 0.00351 0.28914 0.486 0.63694 0.76 0.091279 0.256 0.01866 0.0925 0.71449 0.807 0.31027 0.503 0.69719 0.806 0.17322 0.371 del_19p13.3 104 (28%) 262 0.02082 0.0996 0.70437 0.807 0.00157 0.0163 0.063569 0.211 0.00077999 0.00953 0.00134 0.0145 0.76398 0.839 0.083929 0.246 0.43339 0.624 0.078879 0.237 del_xp21.1 87 (24%) 279 0.11954 0.299 9.9999e-06 0.000239 0.02245 0.106 0.11094 0.284 0.00436 0.0348 0.00221 0.0221 5e-05 0.000917 0.01288 0.073 0.0072699 0.0485 0.40118 0.595