Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 37 (25%) 113 0.00282 0.0115 5e-04 0.00306 0.00317 0.0125 0.011 0.0312 0.00035 0.00231 0.00221 0.00997 0.00016 0.00123 0.00012 0.000955 9.9999e-06 0.000121 0.00051999 0.00313 1q gain 61 (41%) 89 0.43891 0.523 0.66276 0.729 0.1996 0.281 0.45875 0.544 0.8256 0.867 0.059469 0.112 0.03908 0.0823 0.63541 0.706 0.24151 0.329 0.053369 0.104 2p gain 46 (31%) 104 0.0138 0.0367 0.0087799 0.0264 0.068929 0.125 0.03848 0.0818 0.01634 0.0411 0.1688 0.247 0.059449 0.112 0.02428 0.0565 0.03006 0.0674 0.062869 0.117 2q gain 42 (28%) 108 0.11623 0.186 0.03306 0.0717 0.88094 0.909 0.34643 0.435 0.278 0.368 0.74906 0.802 0.4915 0.575 0.40031 0.486 0.34521 0.435 0.4149 0.5 3p gain 27 (18%) 123 0.0221 0.0524 0.39829 0.484 0.00179 0.00849 0.01372 0.0367 0.0069099 0.0226 0.0062799 0.0209 0.081129 0.141 0.01296 0.0351 0.01528 0.0394 0.01023 0.0297 3q gain 36 (24%) 114 0.0068299 0.0225 0.17883 0.257 0.00227 0.01 0.00327 0.0127 0.0321 0.0706 0.03268 0.0712 0.080379 0.14 0.02162 0.0518 0.03865 0.082 0.076689 0.136 4p gain 3 (2%) 147 0.63573 0.706 0.19949 0.281 0.86218 0.895 1 1 1 1 0.68429 0.745 0.49317 0.576 1 1 1 1 0.89273 0.919 5p gain 6 (4%) 144 0.66847 0.733 0.02616 0.0603 0.0085399 0.0261 0.1508 0.227 0.01149 0.0323 0.0081499 0.0256 0.00423 0.0154 0.0063699 0.0211 0.00358 0.0134 0.0056799 0.0195 5q gain 3 (2%) 147 0.77695 0.827 0.057429 0.109 NA NA NA NA 0.03585 0.0771 0.04111 0.0855 0.11092 0.18 0.01501 0.0388 0.01338 0.0361 0.03916 0.0823 6p gain 28 (19%) 122 0.00042 0.00261 0.75341 0.806 0.42505 0.511 0.04128 0.0856 0.01242 0.0342 0.00097999 0.00537 0.01678 0.0419 0.0061199 0.0205 0.054109 0.105 0.01969 0.0484 6q gain 23 (15%) 127 0.02309 0.0541 0.87972 0.909 0.83831 0.876 0.21489 0.298 0.01382 0.0367 0.00029 0.00204 0.01255 0.0343 0.00419 0.0153 0.050829 0.101 0.03003 0.0674 7p gain 121 (81%) 29 0.00459 0.0163 0.058039 0.11 0.01532 0.0394 0.02061 0.0498 0.0045 0.0162 0.0087999 0.0264 0.0074599 0.0236 0.0073299 0.0235 0.0072699 0.0234 0.02293 0.054 7q gain 105 (70%) 45 0.5486 0.629 0.068259 0.125 0.1047 0.172 0.43772 0.522 0.00437 0.0158 0.01172 0.0327 0.00255 0.0107 0.00257 0.0107 0.00202 0.00934 0.00338 0.0128 8p gain 110 (73%) 40 0.062729 0.117 0.0058999 0.02 0.00106 0.00573 0.00014 0.00109 9.9999e-06 0.000121 3e-04 0.00206 4e-05 0.000375 2e-05 0.000203 2e-05 0.000203 5.9999e-05 0.000522 8q gain 111 (74%) 39 0.02051 0.0498 0.00271 0.0111 0.01212 0.0335 0.00245 0.0104 0.00017 0.00128 0.00034 0.00227 0.00011 0.000894 0.00012 0.000955 4e-04 0.00257 0.00031 0.0021 9p gain 16 (11%) 134 0.23477 0.322 0.3334 0.424 0.4318 0.518 0.69608 0.751 0.15704 0.234 0.29343 0.385 0.22028 0.304 0.13943 0.215 0.17783 0.257 0.32928 0.421 9q gain 17 (11%) 133 0.15201 0.227 0.49651 0.579 0.80271 0.849 0.53537 0.619 1 1 0.077599 0.137 0.44227 0.526 0.89545 0.92 0.5418 0.625 0.38206 0.469 10p gain 6 (4%) 144 0.58503 0.661 0.095209 0.159 0.64167 0.711 0.82744 0.867 0.32378 0.416 0.3434 0.434 0.15095 0.227 0.32445 0.416 0.36831 0.457 0.056839 0.109 10q gain 8 (5%) 142 0.59581 0.669 0.38771 0.474 0.54579 0.628 0.17857 0.257 0.36692 0.456 0.22693 0.313 0.054539 0.105 0.41088 0.497 0.5145 0.598 0.14345 0.22 11p gain 10 (7%) 140 0.27244 0.363 0.18662 0.267 0.090049 0.152 0.13017 0.204 0.16381 0.241 0.051909 0.102 0.19733 0.28 0.20047 0.282 0.20338 0.284 0.3559 0.446 11q gain 4 (3%) 146 0.38919 0.475 0.14921 0.225 0.03993 0.0837 0.14834 0.224 0.078369 0.138 0.01421 0.0373 0.37969 0.468 0.10831 0.177 0.10607 0.174 0.33664 0.427 12p gain 146 (97%) 4 0.19361 0.276 0.38449 0.471 0.51911 0.602 0.53724 0.62 0.8096 0.855 0.36991 0.458 0.31619 0.409 0.58326 0.66 0.69286 0.748 0.086989 0.148 12q gain 100 (67%) 50 0.56902 0.648 0.84198 0.879 0.26442 0.354 0.54768 0.629 0.20542 0.287 0.33875 0.428 0.04793 0.0959 0.17619 0.256 0.075719 0.135 0.0071599 0.0232 14q gain 51 (34%) 99 0.25334 0.341 0.23695 0.324 0.58754 0.662 0.56796 0.648 0.5835 0.66 0.39822 0.484 0.82161 0.864 0.30269 0.396 0.20205 0.283 0.48168 0.568 15q gain 51 (34%) 99 0.051349 0.102 0.00227 0.01 0.0019 0.0089 3e-04 0.00206 9.9999e-06 0.000121 2e-05 0.000203 7.9999e-05 0.00068 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 16p gain 16 (11%) 134 0.01157 0.0324 0.079429 0.139 0.094129 0.158 0.00269 0.0111 0.00411 0.0151 0.01785 0.0445 0.00228 0.01 0.0060899 0.0205 0.00298 0.012 0.02172 0.0518 16q gain 14 (9%) 136 0.0071899 0.0232 0.13951 0.215 0.085919 0.147 0.0085799 0.0261 0.0092499 0.0275 0.04856 0.0969 0.01348 0.0363 0.01254 0.0343 0.0081899 0.0256 0.051969 0.102 17p gain 40 (27%) 110 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 3e-05 0.000288 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 17q gain 51 (34%) 99 0.00025 0.0018 5.9999e-05 0.000522 2e-05 0.000203 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 18p gain 4 (3%) 146 0.68671 0.746 0.069939 0.127 0.69012 0.748 1 1 0.37896 0.467 0.78549 0.833 0.67508 0.739 0.47854 0.566 0.57173 0.649 0.68345 0.745 19p gain 36 (24%) 114 0.0101 0.0295 0.00011 0.000894 0.0093899 0.0278 0.00318 0.0125 9.9999e-05 0.000831 0.00090999 0.00503 0.04384 0.0901 5e-05 0.000457 0.00046 0.00284 3e-05 0.000288 19q gain 29 (19%) 121 0.01606 0.0407 7.9999e-05 0.00068 0.00215 0.00976 0.0026 0.0108 4e-05 0.000375 0.00061999 0.00358 0.14644 0.223 5.9999e-05 0.000522 0.00033 0.00222 9.9999e-06 0.000121 20p gain 34 (23%) 116 0.0052499 0.0183 0.11479 0.184 0.29655 0.388 0.1713 0.25 0.04155 0.0859 0.28533 0.377 0.14623 0.223 0.14807 0.224 0.060369 0.113 0.063689 0.118 20q gain 40 (27%) 110 0.0074099 0.0235 0.0056899 0.0195 0.087129 0.148 0.03659 0.0783 0.0071499 0.0232 0.053719 0.104 0.0472 0.0947 0.01265 0.0344 0.01645 0.0413 0.01443 0.0376 21q gain 125 (83%) 25 0.40519 0.491 0.2744 0.365 0.10286 0.17 0.33304 0.424 0.082429 0.143 0.23804 0.324 0.21738 0.301 0.089429 0.151 0.12786 0.2 0.13105 0.205 22q gain 38 (25%) 112 2e-05 0.000203 0.00134 0.00675 0.0092399 0.0275 0.00050999 0.00309 3e-05 0.000288 9.9999e-06 0.000121 0.055829 0.107 2e-05 0.000203 5.9999e-05 0.000522 9.9999e-06 0.000121 xp gain 22 (15%) 128 0.00059999 0.00352 0.01811 0.0448 0.03902 0.0823 0.0087999 0.0264 0.00055999 0.00332 0.00331 0.0128 0.00083999 0.00471 0.00017 0.00128 0.00173 0.00837 0.00452 0.0162 xq gain 22 (15%) 128 0.00196 0.00912 0.01805 0.0448 0.02125 0.0511 0.01426 0.0373 0.00076999 0.00442 0.00397 0.0148 0.00282 0.0115 0.00041 0.00257 0.00144 0.0071 0.0041 0.0151 1p loss 18 (12%) 132 0.12097 0.191 0.5715 0.649 0.4878 0.573 0.41228 0.498 0.64947 0.718 0.88463 0.912 0.02186 0.052 0.35731 0.447 0.13205 0.205 0.36885 0.457 1q loss 8 (5%) 142 0.34568 0.435 0.24448 0.331 0.81686 0.86 0.6822 0.745 0.29305 0.385 0.21705 0.301 0.38155 0.469 0.32379 0.416 0.15721 0.234 0.59637 0.669 2p loss 5 (3%) 145 0.86038 0.895 0.37847 0.467 NA NA NA NA 1 1 1 1 0.73542 0.791 1 1 1 1 0.81282 0.857 2q loss 6 (4%) 144 0.44493 0.528 0.67614 0.739 0.86181 0.895 0.60164 0.674 0.55713 0.637 0.90016 0.924 0.66625 0.731 0.65732 0.724 0.56399 0.644 1 1 3p loss 30 (20%) 120 0.93446 0.955 0.03059 0.0684 0.01621 0.0409 0.31787 0.411 0.00121 0.00635 0.00317 0.0125 0.00122 0.00636 0.00077999 0.00444 0.00241 0.0103 0.00168 0.00818 3q loss 22 (15%) 128 0.73775 0.792 0.73973 0.793 0.04701 0.0947 0.15165 0.227 0.086719 0.148 0.057299 0.109 0.071719 0.129 0.072509 0.131 0.04717 0.0947 0.12593 0.198 4p loss 92 (61%) 58 0.62934 0.701 0.04544 0.0921 0.36512 0.455 0.78204 0.831 0.0322 0.0706 0.16539 0.242 0.10206 0.169 0.078909 0.139 0.11307 0.183 0.33267 0.424 4q loss 108 (72%) 42 0.067019 0.123 0.01027 0.0297 0.4848 0.57 0.55032 0.63 0.01079 0.0308 0.01185 0.033 0.01572 0.0401 0.0050199 0.0176 0.03523 0.0762 0.02567 0.0594 5p loss 103 (69%) 47 0.11464 0.184 0.21139 0.294 0.02729 0.0622 0.47844 0.566 0.11558 0.185 0.13301 0.206 0.49008 0.574 0.083469 0.144 0.11234 0.182 0.10536 0.173 5q loss 101 (67%) 49 0.058369 0.11 0.061819 0.116 0.0404 0.0844 0.25986 0.35 0.01366 0.0366 0.00338 0.0128 0.30584 0.399 0.0103 0.0297 0.02002 0.0489 0.0080199 0.0253 6p loss 13 (9%) 137 0.268 0.359 0.03607 0.0774 0.31053 0.403 0.082839 0.143 0.16152 0.239 0.01421 0.0373 0.26926 0.36 0.11438 0.184 0.18502 0.265 0.32147 0.414 6q loss 16 (11%) 134 0.1201 0.191 0.0096299 0.0283 0.15766 0.234 0.060999 0.114 0.04445 0.0906 0.00117 0.00618 0.10687 0.175 0.02731 0.0622 0.03539 0.0764 0.099329 0.165 8p loss 12 (8%) 138 0.35462 0.445 0.050769 0.101 0.02736 0.0622 0.0094399 0.0278 0.01028 0.0297 0.04702 0.0947 0.0085299 0.0261 0.00207 0.00951 0.0073999 0.0235 0.02261 0.0535 8q loss 5 (3%) 145 0.18794 0.268 0.02422 0.0565 0.12086 0.191 0.01427 0.0373 0.00237 0.0102 0.01211 0.0335 0.00132 0.00669 0.00226 0.01 0.0029 0.0117 0.00335 0.0128 9p loss 63 (42%) 87 0.03227 0.0706 1 1 0.6268 0.7 0.30789 0.401 0.86781 0.899 0.43775 0.522 0.78266 0.831 0.77132 0.822 0.91091 0.934 0.79994 0.847 9q loss 58 (39%) 92 0.00028 0.00199 0.33618 0.427 0.14469 0.221 0.17632 0.256 0.30849 0.401 0.01847 0.0456 0.65659 0.724 0.39727 0.484 0.36424 0.455 0.52387 0.607 10p loss 77 (51%) 73 0.0207 0.0499 0.00037 0.00242 0.0082999 0.0258 0.0068199 0.0225 3e-04 0.00206 0.0054999 0.019 0.03819 0.0814 0.00084999 0.00473 0.00209 0.00955 0.00127 0.00648 10q loss 72 (48%) 78 0.0087799 0.0264 9.9999e-06 0.000121 0.13298 0.206 0.076679 0.136 0.00018 0.00135 0.00229 0.01 0.03217 0.0706 0.00041 0.00257 0.00123 0.00636 0.00139 0.00695 11p loss 98 (65%) 52 0.0085399 0.0261 0.18423 0.265 0.077239 0.137 0.16422 0.241 0.00039 0.00253 0.00054999 0.00328 0.00103 0.0056 0.00041 0.00257 0.00178 0.00849 0.00125 0.00642 11q loss 115 (77%) 35 9.9999e-06 0.000121 0.12327 0.194 0.1123 0.182 0.055079 0.106 8.9999e-05 0.000757 2e-05 0.000203 0.00061999 0.00358 0.00014 0.00109 0.00108 0.00579 2e-05 0.000203 13q loss 113 (75%) 37 0.04425 0.0906 0.29007 0.382 0.093999 0.158 0.052409 0.103 0.0327 0.0712 0.00111 0.00591 0.04514 0.0918 0.02309 0.0541 0.099599 0.165 0.0014 0.00695 14q loss 20 (13%) 130 0.11946 0.191 0.00078999 0.00446 0.02768 0.0626 0.093709 0.158 0.0043 0.0156 5e-05 0.000457 0.03077 0.0684 0.00322 0.0125 0.00247 0.0104 0.01094 0.0311 15q loss 29 (19%) 121 0.0054799 0.019 3e-05 0.000288 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 16p loss 44 (29%) 106 0.14815 0.224 0.0059899 0.0202 0.29039 0.382 0.25231 0.341 0.080369 0.14 0.26343 0.354 0.0085499 0.0261 0.01119 0.0316 0.078569 0.138 0.20957 0.292 16q loss 51 (34%) 99 0.079519 0.139 0.066529 0.122 0.65765 0.724 0.59054 0.664 0.2332 0.32 0.48269 0.569 0.03074 0.0684 0.12097 0.191 0.32857 0.421 0.69122 0.748 17p loss 37 (25%) 113 2e-05 0.000203 0.0405 0.0844 0.04434 0.0906 0.00321 0.0125 0.00462 0.0164 0.00024 0.00174 0.056769 0.109 0.00314 0.0125 0.00168 0.00818 2e-05 0.000203 17q loss 16 (11%) 134 0.0058099 0.0198 0.13138 0.205 0.43574 0.522 0.063269 0.117 0.01981 0.0485 0.02899 0.0654 0.068439 0.125 0.01461 0.0379 0.0107 0.0307 0.00489 0.0172 18p loss 116 (77%) 34 0.69203 0.748 0.074959 0.134 0.69992 0.754 0.85392 0.89 0.04318 0.089 0.24279 0.33 0.088799 0.151 0.01599 0.0407 0.27763 0.368 0.13536 0.209 18q loss 122 (81%) 28 0.085969 0.147 0.31481 0.408 0.50595 0.589 0.87374 0.904 0.068879 0.125 0.12587 0.198 0.064279 0.119 0.03204 0.0706 0.20141 0.283 0.02048 0.0498 19p loss 50 (33%) 100 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 19q loss 53 (35%) 97 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 20p loss 30 (20%) 120 0.23562 0.322 0.18758 0.268 0.22799 0.314 0.42569 0.511 0.19763 0.28 0.17172 0.25 0.01566 0.0401 0.14969 0.226 0.079969 0.14 0.02738 0.0622 20q loss 15 (10%) 135 0.58564 0.661 0.48943 0.574 0.6381 0.708 0.8321 0.871 0.19968 0.281 0.27257 0.363 0.069679 0.126 0.14137 0.217 0.10125 0.168 0.25001 0.338 22q loss 45 (30%) 105 0.00234 0.0101 9.9999e-06 0.000121 0.00022 0.00161 2e-05 0.000203 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 2e-05 0.000203 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 9.9999e-06 0.000121 xp loss 29 (19%) 121 0.00234 0.0101 0.00175 0.00841 0.7612 0.813 0.91783 0.939 0.16152 0.239 0.17764 0.257 0.073969 0.133 0.092559 0.156 0.053639 0.104 0.00352 0.0133 xq loss 29 (19%) 121 0.00019 0.00141 0.00187 0.00881 0.15541 0.232 0.62018 0.693 0.16183 0.239 0.098429 0.164 0.02539 0.0589 0.02658 0.0611 0.052709 0.103 0.00393 0.0147