Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1q21.2 69 (46%) 81 0.079649 0.139 0.71882 0.767 0.32297 0.409 0.91646 0.932 0.87079 0.899 0.00079999 0.00508 0.080639 0.139 0.93365 0.944 0.67602 0.735 0.070199 0.124 amp_2p24.1 62 (41%) 88 0.0034 0.0141 0.00062999 0.00435 0.19438 0.272 0.12677 0.192 0.02046 0.0491 0.04409 0.086 0.02895 0.063 0.03877 0.0779 0.04357 0.0853 0.03229 0.0681 amp_3q27.3 49 (33%) 101 0.076519 0.134 0.10232 0.167 0.00255 0.0116 0.00119 0.00688 0.00243 0.0113 0.0078399 0.0242 0.00084999 0.00519 0.00261 0.0118 0.00076999 0.00503 0.00389 0.0154 amp_4q12 20 (13%) 130 0.0077799 0.0242 0.65537 0.716 0.80296 0.84 0.4511 0.529 0.39603 0.471 0.39581 0.471 0.35198 0.435 0.33164 0.418 0.2754 0.362 0.37457 0.456 amp_7p22.1 126 (84%) 24 0.086279 0.147 0.079979 0.139 0.12412 0.19 0.091129 0.152 0.0283 0.0624 0.10456 0.169 0.0077499 0.0242 0.01143 0.0316 0.02213 0.0516 0.02096 0.0495 amp_7q11.22 120 (80%) 30 0.00055999 0.00411 0.03831 0.0773 0.01228 0.033 0.057039 0.104 9.9999e-05 0.00117 0.00233 0.0111 0.00014 0.00143 2e-04 0.00184 0.00014 0.00143 0.00080999 0.00508 amp_8q11.23 122 (81%) 28 0.00012 0.00134 0.01022 0.0291 0.00054999 0.0041 0.00013 0.00142 2e-05 0.000392 9.9999e-06 0.000336 6.9999e-05 0.000914 2e-05 0.000392 2e-05 0.000392 2e-05 0.000392 amp_8q23.3 108 (72%) 42 0.18449 0.261 0.00365 0.0148 0.02496 0.0564 0.0109 0.0305 0.00031 0.0026 0.00075999 0.00503 5e-05 0.000783 9.9999e-05 0.00117 0.00053999 0.00409 0.00164 0.00838 amp_12p13.33 145 (97%) 5 0.052369 0.0985 0.10218 0.167 0.15299 0.223 0.03785 0.077 0.083189 0.143 0.68269 0.736 0.37295 0.455 0.084399 0.144 0.086899 0.147 0.063709 0.113 amp_12p12.1 147 (98%) 3 0.055319 0.103 0.10782 0.173 0.29063 0.376 0.23507 0.317 0.44828 0.527 0.55939 0.622 0.059169 0.106 0.33762 0.421 0.3281 0.415 0.02319 0.0534 amp_12p11.21 144 (96%) 6 0.1078 0.173 0.03811 0.0772 0.15277 0.223 0.03524 0.073 0.03653 0.0753 0.49758 0.573 0.20635 0.285 0.03768 0.077 0.03923 0.0785 0.02426 0.0551 amp_12q15 100 (67%) 50 0.52555 0.591 0.92819 0.942 0.39041 0.468 1 1 0.81556 0.85 0.73228 0.775 0.29555 0.381 0.51365 0.586 0.52038 0.591 0.22671 0.308 amp_16q21 21 (14%) 129 0.00017 0.0016 0.37237 0.455 0.00306 0.0128 0.00141 0.00762 0.00295 0.0126 0.0075799 0.0239 0.00116 0.00681 0.0082999 0.0252 0.0025 0.0115 0.0088399 0.0263 amp_20q11.21 51 (34%) 99 0.00497 0.0181 0.00288 0.0125 0.01914 0.0466 0.01446 0.0367 0.00288 0.0125 0.03403 0.0708 0.01697 0.042 0.0069599 0.0229 0.0096899 0.0281 0.0079899 0.0245 amp_22q11.21 57 (38%) 93 4e-05 0.000696 0.0066499 0.0222 0.01189 0.0321 0.0052799 0.0182 0.00017 0.0016 9.9999e-06 0.000336 0.01318 0.0346 0.00015 0.00147 0.00028 0.00244 2e-05 0.000392 del_1p36.31 34 (23%) 116 0.28339 0.368 0.73367 0.775 0.15587 0.226 0.057179 0.104 0.00232 0.0111 0.051539 0.0973 0.00441 0.0166 0.00462 0.0172 0.0017 0.0085 0.01388 0.036 del_1p31.1 27 (18%) 123 0.0070199 0.0229 0.59993 0.66 0.35316 0.436 0.04933 0.0942 0.24602 0.328 0.72783 0.772 0.0081899 0.025 0.15208 0.223 0.065109 0.115 0.23884 0.321 del_1q42.12 9 (6%) 141 0.04012 0.0799 0.51874 0.59 0.83313 0.864 0.29119 0.376 0.5589 0.622 0.19621 0.274 0.12549 0.191 0.12734 0.192 0.49906 0.573 0.0083999 0.0253 del_2q37.3 15 (10%) 135 0.45883 0.534 0.04096 0.0812 0.41614 0.493 0.25335 0.335 0.056139 0.104 0.1723 0.246 0.21603 0.296 0.11775 0.184 0.10709 0.173 0.11869 0.184 del_3p26.2 41 (27%) 109 0.75874 0.798 0.02095 0.0495 0.087309 0.148 0.50448 0.577 0.00138 0.00754 0.00396 0.0154 0.0066099 0.0222 0.00364 0.0148 0.00166 0.00839 0.00057999 0.00419 del_4q22.2 110 (73%) 40 0.01989 0.0482 0.0326 0.0684 0.67875 0.735 0.55956 0.622 0.0090699 0.0268 0.0015 0.00783 0.00287 0.0125 0.00469 0.0174 0.03052 0.0652 0.0099499 0.0287 del_5p15.2 101 (67%) 49 0.18702 0.263 0.48685 0.562 0.1182 0.184 0.48578 0.562 0.21183 0.291 0.45667 0.533 0.54576 0.612 0.24271 0.325 0.28271 0.368 0.35732 0.44 del_5p14.3 103 (69%) 47 0.26446 0.348 0.31747 0.403 0.02079 0.0495 0.70357 0.755 0.18233 0.259 0.29656 0.381 0.64579 0.708 0.15122 0.222 0.19721 0.274 0.17948 0.256 del_5q12.1 105 (70%) 45 0.087969 0.148 0.10445 0.169 0.01136 0.0316 0.33468 0.421 0.032 0.0681 0.0075499 0.0239 0.38989 0.468 0.02302 0.0533 0.02891 0.063 0.01258 0.0332 del_6p22.3 24 (16%) 126 5.9999e-05 0.00091 0.01561 0.0388 0.00021 0.0019 0.00061999 0.00435 0.00408 0.0157 0.01178 0.0321 0.0051899 0.0182 0.00351 0.0145 0.00384 0.0154 0.0075699 0.0239 del_6q26 26 (17%) 124 0.0328 0.0685 0.00076999 0.00503 0.02366 0.054 0.01427 0.0366 0.0061199 0.021 0.00149 0.00783 0.01394 0.036 0.0051899 0.0182 0.0050199 0.0181 0.01561 0.0388 del_7q11.22 4 (3%) 146 0.31388 0.4 0.0075499 0.0239 0.11912 0.184 0.0286 0.0628 0.0094799 0.0277 0.03033 0.0651 0.0048 0.0176 0.0093599 0.0275 0.01027 0.0291 0.01437 0.0367 del_7q36.1 15 (10%) 135 0.050649 0.0964 0.88934 0.917 0.38593 0.466 0.02919 0.063 0.19956 0.277 0.0102 0.0291 0.16704 0.239 0.83144 0.864 0.38443 0.466 0.02921 0.063 del_9p24.3 70 (47%) 80 0.089029 0.149 0.89567 0.921 0.66704 0.727 0.4253 0.502 1 1 0.80404 0.84 0.33846 0.421 0.67784 0.735 1 1 0.79408 0.833 del_9p23 66 (44%) 84 0.03724 0.0764 0.91636 0.932 0.52228 0.591 0.34336 0.426 0.91333 0.932 0.52513 0.591 0.52269 0.591 0.91083 0.932 0.93214 0.944 0.83782 0.867 del_9q33.3 60 (40%) 90 0.00028 0.00244 0.3899 0.468 0.12776 0.192 0.056199 0.104 0.11627 0.184 0.0151 0.038 0.5777 0.639 0.055029 0.103 0.16491 0.237 0.18733 0.263 del_9q34.2 60 (40%) 90 0.00034 0.00276 0.2799 0.365 0.12705 0.192 0.056559 0.104 0.094239 0.155 0.00394 0.0154 0.50203 0.576 0.02757 0.0611 0.13859 0.205 0.1227 0.188 del_10p15.3 84 (56%) 66 0.00134 0.0075 0.00038 0.00298 0.00391 0.0154 0.00306 0.0128 0.00015 0.00147 0.0012 0.00688 0.02043 0.0491 0.00066999 0.00456 0.00034 0.00276 0.00038 0.00298 del_10q23.1 71 (47%) 79 0.0050899 0.0181 2e-05 0.000392 0.02349 0.0539 0.01361 0.0355 3e-05 0.000542 0.00029 0.00248 0.01803 0.0444 3e-05 0.000542 7.9999e-05 0.00102 0.00014 0.00143 del_10q26.3 76 (51%) 74 4e-04 0.00308 9.9999e-06 0.000336 0.01183 0.0321 0.00291 0.0125 2e-05 0.000392 0.00011 0.00126 0.02159 0.0507 6.9999e-05 0.000914 2e-05 0.000392 6.9999e-05 0.000914 del_11p15.5 94 (63%) 56 0.02563 0.0575 0.25436 0.336 0.15835 0.229 0.44745 0.527 0.00281 0.0125 0.00418 0.016 0.0052399 0.0182 0.00241 0.0113 0.0062399 0.0213 0.0070899 0.023 del_11p12 99 (66%) 51 0.055389 0.103 0.11112 0.177 0.13759 0.205 0.48597 0.562 0.0016 0.00826 0.0050799 0.0181 0.00209 0.0101 0.00137 0.00754 0.0065199 0.022 0.00422 0.016 del_11q12.3 114 (76%) 36 5e-05 0.000783 0.18545 0.262 0.03221 0.0681 0.02219 0.0516 8.9999e-05 0.00111 2e-05 0.000392 5e-05 0.000783 9.9999e-06 0.000336 6.9999e-05 0.000914 2e-05 0.000392 del_11q24.2 122 (81%) 28 6.9999e-05 0.000914 0.72233 0.768 0.59356 0.655 0.3102 0.397 0.0088199 0.0263 0.00058999 0.0042 0.01249 0.0332 0.0066999 0.0222 0.01505 0.038 0.00080999 0.00508 del_13q34 113 (75%) 37 0.04442 0.0861 0.55631 0.622 0.11319 0.18 0.16099 0.232 0.083849 0.144 0.00207 0.0101 0.12244 0.188 0.13038 0.196 0.2171 0.297 0.00207 0.0101 del_16q23.1 66 (44%) 84 0.00134 0.0075 0.23548 0.317 0.68279 0.736 0.38239 0.464 0.35977 0.441 0.39345 0.471 0.11693 0.184 0.20782 0.286 0.5715 0.634 0.22279 0.304 del_18p11.32 118 (79%) 32 0.69806 0.751 0.13094 0.196 0.71236 0.763 0.95922 0.965 0.04856 0.0935 0.24815 0.329 0.11886 0.184 0.01891 0.0463 0.27828 0.364 0.14519 0.214 del_18q22.2 125 (83%) 25 0.059019 0.106 0.14336 0.212 0.71985 0.767 0.95279 0.961 0.1087 0.174 0.13495 0.201 0.092389 0.154 0.0412 0.0814 0.23574 0.317 0.02571 0.0575 del_19q13.41 58 (39%) 92 9.9999e-06 0.000336 9.9999e-06 0.000336 9.9999e-06 0.000336 9.9999e-06 0.000336 9.9999e-06 0.000336 9.9999e-06 0.000336 9.9999e-06 0.000336 9.9999e-06 0.000336 9.9999e-06 0.000336 9.9999e-06 0.000336 del_20p12.1 29 (19%) 121 0.33582 0.421 0.33706 0.421 0.41412 0.492 0.45291 0.53 0.31105 0.397 0.094189 0.155 0.02615 0.0582 0.24507 0.327 0.062429 0.112 0.01245 0.0332 del_xp21.1 28 (19%) 122 0.057769 0.105 0.00086999 0.00524 0.89974 0.923 0.61973 0.681 0.04454 0.0861 0.050899 0.0965 0.04326 0.0851 0.071889 0.126 0.04914 0.0942 0.00084999 0.00519 del_xq27.3 30 (20%) 120 0.00113 0.00672 0.00147 0.00783 0.11872 0.184 0.74344 0.783 0.092849 0.154 0.063639 0.113 0.01091 0.0305 0.0116 0.0319 0.10195 0.167 0.058949 0.106