Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 4 (1%) 495 0.0098399 0.0282 0.61607 0.748 NA NA NA NA 0.60005 0.734 0.61518 0.748 0.26924 0.396 0.13906 0.232 0.65214 0.766 0.37307 0.52 1q gain 25 (5%) 474 9.9999e-06 0.000109 0.01894 0.0462 0.050929 0.107 0.053679 0.112 0.00051999 0.00238 3e-05 0.000239 0.12572 0.214 0.087719 0.17 0.02752 0.0644 0.02827 0.0659 3p gain 3 (1%) 496 0.00129 0.00501 0.55038 0.691 NA NA NA NA 0.49349 0.633 0.58708 0.725 0.30327 0.436 0.18895 0.3 1 1 0.19104 0.301 4p gain 5 (1%) 494 4e-05 0.000299 0.0065199 0.0202 NA NA NA NA 0.01637 0.0425 0.01381 0.0375 0.0408 0.0905 0.01392 0.0377 1 1 0.076099 0.149 4q gain 5 (1%) 494 2e-05 0.000182 0.0066399 0.0205 NA NA NA NA 0.01662 0.0427 0.01365 0.0373 0.04208 0.093 0.01432 0.0384 1 1 0.076819 0.15 5p gain 21 (4%) 478 9.9999e-06 0.000109 0.0021 0.00751 0.12552 0.214 0.26128 0.389 0.0055699 0.0175 5.9999e-05 0.000407 0.00099999 0.00407 0.00011 0.000656 0.60099 0.734 0.00384 0.013 5q gain 17 (3%) 482 9.9999e-06 0.000109 5.9999e-05 0.000407 0.26784 0.395 0.090209 0.173 0.00021 0.00108 3e-05 0.000239 2e-04 0.00105 3e-05 0.000239 0.83849 0.947 0.00479 0.0156 7p gain 18 (4%) 481 9.9999e-06 0.000109 7.9999e-05 0.000519 0.23693 0.36 0.058229 0.121 0.00059999 0.00262 2e-04 0.00105 0.00049 0.00229 4e-05 0.000299 0.57371 0.713 0.0052399 0.0166 7q gain 20 (4%) 479 9.9999e-06 0.000109 9.9999e-06 0.000109 0.14141 0.236 0.01591 0.0418 0.00011 0.000656 4e-05 0.000299 6.9999e-05 0.000469 9.9999e-06 0.000109 0.6433 0.761 0.00093999 0.00388 8p gain 6 (1%) 493 0.00015 0.000843 0.41361 0.559 1 1 0.64525 0.761 0.59542 0.732 0.5387 0.679 0.45163 0.596 0.45276 0.596 1 1 1 1 8q gain 7 (1%) 492 3e-05 0.000239 0.20043 0.311 1 1 0.64517 0.761 0.82737 0.939 0.5194 0.659 0.79856 0.91 0.63165 0.755 0.89903 0.998 0.8938 0.997 9p gain 3 (1%) 496 0.00158 0.0059 0.54804 0.689 NA NA NA NA 0.49215 0.633 0.58861 0.725 1 1 1 1 0.414 0.559 0.63375 0.755 9q gain 4 (1%) 495 0.01037 0.0293 0.79069 0.905 NA NA NA NA 0.89811 0.998 0.38045 0.529 0.83933 0.947 1 1 0.16619 0.273 0.56769 0.71 11p gain 6 (1%) 493 0.00167 0.00619 0.0364 0.0817 0.88289 0.988 0.30546 0.438 0.052959 0.111 0.04575 0.1 0.0092399 0.0267 0.0070999 0.0218 0.4714 0.61 0.097339 0.179 11q gain 5 (1%) 494 0.00016 0.000866 0.059609 0.123 0.88518 0.989 0.30332 0.436 0.11048 0.193 0.12677 0.214 0.02716 0.0643 0.02257 0.0541 0.30876 0.442 0.27556 0.402 12p gain 14 (3%) 485 9.9999e-06 0.000109 9.9999e-06 0.000109 0.7671 0.886 0.089169 0.172 9.9999e-06 0.000109 9.9999e-06 0.000109 5e-05 0.000355 9.9999e-06 0.000109 0.553 0.693 0.00308 0.0106 12q gain 15 (3%) 484 9.9999e-06 0.000109 9.9999e-06 0.000109 0.76518 0.885 0.088639 0.171 9.9999e-06 0.000109 9.9999e-06 0.000109 2e-05 0.000182 9.9999e-06 0.000109 0.38211 0.53 0.00101 0.00408 13q gain 5 (1%) 494 3e-05 0.000239 0.01837 0.0457 0.63036 0.755 0.21851 0.336 0.04795 0.103 0.10119 0.183 0.23503 0.358 0.072449 0.144 0.84291 0.948 0.1969 0.307 14q gain 11 (2%) 488 9.9999e-06 0.000109 0.00013 0.000752 0.48341 0.624 0.1692 0.277 0.00056999 0.00253 9.9999e-05 0.000634 0.00073999 0.00316 5.9999e-05 0.000407 0.8517 0.955 0.0018 0.00652 16p gain 15 (3%) 484 9.9999e-06 0.000109 2e-05 0.000182 0.7001 0.813 0.085039 0.166 5.9999e-05 0.000407 5e-05 0.000355 0.00012 0.000708 9.9999e-06 0.000109 0.46392 0.603 0.00085999 0.0036 16q gain 13 (3%) 486 9.9999e-06 0.000109 0.00015 0.000843 0.44759 0.595 0.29294 0.424 0.00093999 0.00388 0.00031 0.00151 0.00168 0.00619 7.9999e-05 0.000519 0.61711 0.748 0.0081499 0.0242 17p gain 16 (3%) 483 9.9999e-06 0.000109 9.9999e-06 0.000109 0.32235 0.456 0.02999 0.0692 2e-05 0.000182 9.9999e-06 0.000109 9.9999e-06 0.000109 9.9999e-06 0.000109 0.35701 0.503 0.00027 0.00134 17q gain 18 (4%) 481 9.9999e-06 0.000109 9.9999e-06 0.000109 0.6993 0.813 0.01706 0.0434 9.9999e-06 0.000109 9.9999e-06 0.000109 9.9999e-06 0.000109 9.9999e-06 0.000109 0.51267 0.655 0.00023 0.00117 18p gain 6 (1%) 493 3e-05 0.000239 0.092449 0.174 NA NA NA NA 0.12713 0.214 0.2671 0.395 0.25322 0.381 0.1123 0.195 0.45462 0.597 0.396 0.544 18q gain 6 (1%) 493 9.9999e-06 0.000109 0.092969 0.174 NA NA NA NA 0.12611 0.214 0.26644 0.395 0.25706 0.386 0.1111 0.193 0.45762 0.599 0.39909 0.546 19p gain 8 (2%) 491 9.9999e-06 0.000109 0.00017 0.000912 NA NA NA NA 0.00054999 0.00248 0.00016 0.000866 7.9999e-05 0.000519 2e-05 0.000182 0.45227 0.596 0.02328 0.0556 19q gain 10 (2%) 489 9.9999e-06 0.000109 2e-05 0.000182 0.36673 0.514 0.069569 0.139 5e-05 0.000355 4e-05 0.000299 2e-05 0.000182 9.9999e-06 0.000109 0.63738 0.757 0.00152 0.00571 20p gain 12 (2%) 487 9.9999e-06 0.000109 0.00032 0.00155 0.4464 0.595 0.1041 0.186 0.00288 0.00994 0.00114 0.00451 0.00422 0.0142 0.00069999 0.00304 0.91382 1 0.094569 0.176 20q gain 12 (2%) 487 9.9999e-06 0.000109 0.00028 0.00138 0.44418 0.595 0.1032 0.185 0.00275 0.0096 0.00107 0.00429 0.00448 0.0147 0.00057999 0.00255 0.91364 1 0.094669 0.176 21q gain 5 (1%) 494 0.00024 0.00121 0.16779 0.275 NA NA NA NA 0.2347 0.358 0.49282 0.633 0.44934 0.596 0.31104 0.444 0.69425 0.81 0.68503 0.8 xp gain 8 (2%) 491 9.9999e-06 0.000109 0.00216 0.00763 0.7762 0.893 0.51649 0.658 0.04736 0.102 0.059389 0.123 0.18362 0.294 0.072269 0.144 0.8004 0.91 0.18319 0.294 xq gain 9 (2%) 490 9.9999e-06 0.000109 0.011 0.0308 0.77378 0.892 0.51743 0.658 0.097639 0.179 0.14368 0.239 0.28008 0.407 0.13699 0.23 0.90851 1 0.39683 0.544 1p loss 4 (1%) 495 0.00013 0.000752 0.18484 0.294 NA NA NA NA 0.23984 0.364 0.31902 0.452 0.11411 0.197 0.065639 0.133 0.84345 0.948 0.195 0.306 1q loss 3 (1%) 496 0.00145 0.00556 0.050209 0.106 NA NA NA NA 0.10078 0.183 0.17112 0.279 0.02723 0.0643 0.01683 0.043 1 1 0.19136 0.301 2p loss 10 (2%) 489 9.9999e-06 0.000109 3e-05 0.000239 0.63493 0.755 0.094089 0.176 0.00011 0.000656 5e-05 0.000355 2e-05 0.000182 9.9999e-06 0.000109 0.26252 0.39 0.00038 0.00182 2q loss 10 (2%) 489 9.9999e-06 0.000109 2e-05 0.000182 0.57997 0.717 0.092889 0.174 9.9999e-05 0.000634 3e-05 0.000239 9.9999e-06 0.000109 9.9999e-06 0.000109 0.26072 0.389 0.00048 0.00227 3p loss 3 (1%) 496 0.00146 0.00556 0.04947 0.105 NA NA NA NA 0.099739 0.182 0.17214 0.279 0.02726 0.0643 0.01602 0.0418 1 1 0.19134 0.301 3q loss 4 (1%) 495 0.00015 0.000843 0.01833 0.0457 0.36843 0.515 0.44628 0.595 0.03529 0.0804 0.0476 0.102 0.0081099 0.0242 0.00429 0.0144 1 1 0.066429 0.133 6p loss 4 (1%) 495 0.00021 0.00108 0.04552 0.1 NA NA NA NA 0.459 0.599 0.41206 0.559 0.11569 0.199 0.066319 0.133 0.40087 0.547 0.1968 0.307 6q loss 7 (1%) 492 9.9999e-06 0.000109 0.0021 0.00751 0.10212 0.184 0.57761 0.716 0.03174 0.0729 0.01883 0.0461 0.0053799 0.017 0.00083999 0.00357 1 1 0.01065 0.0299 8p loss 4 (1%) 495 0.00011 0.000656 0.01799 0.0454 NA NA NA NA 0.03602 0.0817 0.04682 0.102 0.0084899 0.0249 0.00431 0.0144 0.11002 0.193 0.01882 0.0461 8q loss 4 (1%) 495 0.00016 0.000866 0.01818 0.0456 NA NA NA NA 0.03641 0.0817 0.04576 0.1 0.0081699 0.0242 0.00433 0.0144 0.11095 0.193 0.01866 0.0461 9p loss 19 (4%) 480 9.9999e-06 0.000109 0.03693 0.0824 0.94171 1 0.65028 0.766 0.03306 0.0756 0.062279 0.127 0.0090099 0.0262 0.0076599 0.0231 0.28592 0.414 0.00384 0.013 9q loss 25 (5%) 474 9.9999e-06 0.000109 0.10236 0.184 0.57268 0.713 0.11596 0.199 0.17479 0.283 0.060299 0.124 0.01003 0.0286 0.0071199 0.0218 0.28024 0.407 0.0044 0.0145 10p loss 7 (1%) 492 9.9999e-06 0.000109 0.01171 0.0324 0.36504 0.513 0.44555 0.595 0.0211 0.0508 0.01596 0.0418 0.0048 0.0156 0.00085999 0.0036 1 1 0.0097299 0.028 10q loss 6 (1%) 493 2e-05 0.000182 0.03622 0.0817 NA NA NA NA 0.051549 0.108 0.04631 0.101 0.01432 0.0384 0.0051699 0.0165 1 1 0.02857 0.0664 11p loss 7 (1%) 492 9.9999e-06 0.000109 0.01116 0.0311 0.78211 0.898 0.9591 1 0.0075699 0.0229 0.01852 0.0459 0.00488 0.0157 0.00073999 0.00316 0.79948 0.91 0.01036 0.0293 11q loss 9 (2%) 490 2e-05 0.000182 0.0166 0.0427 0.60631 0.739 0.83 0.94 0.01663 0.0427 0.01933 0.0467 0.00050999 0.00237 0.00216 0.00763 0.9071 1 0.00282 0.00979 13q loss 14 (3%) 485 0.00147 0.00556 0.01555 0.0413 0.0073199 0.0223 0.13137 0.221 0.0050799 0.0163 0.0088399 0.0258 0.00117 0.0046 0.00055999 0.0025 0.10397 0.186 0.01221 0.0337 15q loss 8 (2%) 491 0.00011 0.000656 0.00021 0.00108 0.15342 0.254 0.096069 0.178 0.00052999 0.00241 0.00026 0.0013 0.00011 0.000656 4e-05 0.000299 0.4088 0.556 0.00147 0.00556 17p loss 8 (2%) 491 0.01293 0.0355 0.41479 0.559 0.63397 0.755 0.39342 0.542 0.63431 0.755 0.5998 0.734 0.091949 0.174 0.16166 0.266 0.12612 0.214 0.20743 0.32 17q loss 4 (1%) 495 0.1052 0.187 0.79165 0.905 NA NA NA NA 0.9 0.998 0.66771 0.783 0.46913 0.608 0.56953 0.71 0.33058 0.467 0.68284 0.799 18p loss 4 (1%) 495 0.00174 0.00634 0.183 0.294 0.63089 0.755 0.39282 0.542 0.24044 0.364 0.31827 0.452 0.074309 0.146 0.091119 0.174 0.5314 0.671 0.27438 0.402 18q loss 4 (1%) 495 0.00173 0.00634 0.1849 0.294 0.63092 0.755 0.39342 0.542 0.24138 0.364 0.31774 0.452 0.074029 0.146 0.093049 0.174 0.53004 0.671 0.27494 0.402 19p loss 5 (1%) 494 0.0084999 0.0249 0.0064999 0.0202 0.11936 0.205 0.25978 0.389 0.01603 0.0418 0.01466 0.0391 0.00247 0.00867 0.00112 0.00446 0.1095 0.193 0.00129 0.00501 21q loss 8 (2%) 491 0.00095999 0.00393 0.16037 0.265 0.63289 0.755 0.22077 0.338 0.70858 0.821 0.42924 0.577 0.091999 0.174 0.03004 0.0692 0.46404 0.603 0.055469 0.115 22q loss 89 (18%) 410 9.9999e-06 0.000109 9.9999e-06 0.000109 0.40656 0.554 0.51005 0.653 9.9999e-06 0.000109 9.9999e-06 0.000109 0.00051999 0.00238 3e-05 0.000239 0.00016 0.000866 0.00039 0.00186 xp loss 4 (1%) 495 0.10665 0.189 0.18378 0.294 0.065519 0.133 0.20041 0.311 0.45887 0.599 0.21891 0.336 0.073819 0.146 0.092349 0.174 0.037 0.0824 0.096989 0.179 xq loss 3 (1%) 496 0.04763 0.102 0.04819 0.103 0.065559 0.133 0.20073 0.311 0.098329 0.18 0.17166 0.279 0.02739 0.0644 0.01793 0.0454 0.11015 0.193 0.01904 0.0462