Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 8 (7%) 115 0.00023 0.00134 0.02161 0.0449 0.27495 0.337 0.03492 0.0633 0.0087499 0.0221 0.00347 0.0111 0.0206 0.0437 0.02127 0.0444 0.00353 0.0113 0.0069799 0.0191 1q gain 22 (18%) 101 9.9999e-06 0.000106 9.9999e-06 0.000106 0.00116 0.00475 9.9999e-06 0.000106 9.9999e-06 0.000106 9.9999e-06 0.000106 9.9999e-06 0.000106 9.9999e-06 0.000106 9.9999e-06 0.000106 9.9999e-06 0.000106 3q gain 5 (4%) 118 0.26064 0.324 0.14061 0.194 0.057919 0.0938 0.01466 0.0329 0.16643 0.227 0.03839 0.0684 0.72431 0.769 0.00493 0.0146 0.35555 0.409 0.16955 0.23 5p gain 11 (9%) 112 9.9999e-06 0.000106 9.9999e-06 0.000106 0.064709 0.102 0.00271 0.00909 0.00183 0.00673 0.0014 0.00547 0.00082999 0.00366 0.0134 0.031 2e-05 0.000182 0.00207 0.00741 5q gain 9 (7%) 114 3e-05 0.000233 9.9999e-06 0.000106 0.1397 0.193 0.0097299 0.0239 0.0093299 0.023 0.0068799 0.0189 0.00362 0.0114 0.01659 0.0366 0.00025 0.00144 0.00324 0.0106 7p gain 16 (13%) 107 9.9999e-06 0.000106 9.9999e-06 0.000106 0.02517 0.0503 0.00412 0.0127 9.9999e-06 0.000106 9.9999e-06 0.000106 2e-05 0.000182 0.00016 0.00108 9.9999e-06 0.000106 9.9999e-06 0.000106 7q gain 16 (13%) 107 9.9999e-06 0.000106 9.9999e-06 0.000106 0.02506 0.0503 0.00411 0.0127 9.9999e-06 0.000106 9.9999e-06 0.000106 2e-05 0.000182 2e-04 0.0012 9.9999e-06 0.000106 2e-05 0.000182 8p gain 12 (10%) 111 0.00041 0.00215 0.02123 0.0444 0.4019 0.448 0.00392 0.0123 0.00069999 0.00328 0.00018 0.00111 0.00070999 0.00328 0.0018 0.00673 0.00017 0.00109 0.00046 0.00232 8q gain 12 (10%) 111 0.00026 0.00147 0.021 0.0442 0.40074 0.448 0.00396 0.0123 0.00071999 0.00328 0.00017 0.00109 5e-04 0.00245 0.00182 0.00673 0.00014 0.000958 0.00054999 0.00267 9p gain 11 (9%) 112 9.9999e-06 0.000106 0.00013 0.000914 0.54321 0.595 0.38403 0.434 0.00045 0.00232 0.00096999 0.00417 0.01025 0.0247 0.0055499 0.0159 0.0053199 0.0155 0.00103 0.00435 9q gain 11 (9%) 112 9.9999e-06 0.000106 0.00014 0.000958 0.54677 0.597 0.38484 0.434 0.00039 0.00207 0.00097999 0.00418 0.01013 0.0247 0.0059299 0.0167 0.00482 0.0144 0.00093999 0.00407 12p gain 4 (3%) 119 0.02815 0.0552 0.14424 0.198 0.19222 0.251 0.02957 0.0564 0.00476 0.0144 0.00232 0.00799 0.17205 0.231 0.027 0.0534 0.04477 0.0779 0.17003 0.23 12q gain 4 (3%) 119 0.02863 0.0558 0.14621 0.201 0.19126 0.251 0.02882 0.0559 0.00466 0.0142 0.00253 0.00854 0.17255 0.231 0.02641 0.0524 0.04535 0.0783 0.17097 0.231 14q gain 13 (11%) 110 9.9999e-06 0.000106 3e-05 0.000233 0.26867 0.333 0.02961 0.0564 3e-05 0.000233 3e-05 0.000233 0.00019 0.00115 0.00017 0.00109 2e-05 0.000182 4e-05 0.000301 15q gain 12 (10%) 111 0.00013 0.000914 4e-05 0.000301 0.88797 0.933 0.66456 0.71 0.02049 0.0437 0.0088999 0.0222 0.01408 0.032 0.02092 0.0442 0.0015 0.00577 0.0058399 0.0165 17q gain 7 (6%) 116 0.39249 0.441 0.22095 0.28 0.085689 0.132 0.13686 0.191 0.04045 0.0718 0.00362 0.0114 0.77349 0.816 0.068329 0.106 0.43912 0.488 0.39687 0.445 18p gain 3 (2%) 120 0.10182 0.151 0.17537 0.234 NA NA NA NA 0.0498 0.0841 0.0295 0.0564 0.1969 0.253 0.28576 0.348 0.10715 0.155 0.49879 0.551 18q gain 3 (2%) 120 0.10019 0.151 0.17676 0.235 NA NA NA NA 0.0497 0.0841 0.02841 0.0555 0.19681 0.253 0.28494 0.348 0.10623 0.155 0.50549 0.556 19p gain 3 (2%) 120 0.02444 0.0498 0.1788 0.237 NA NA NA NA 0.35742 0.41 0.32673 0.388 0.1952 0.253 0.6117 0.661 0.10517 0.154 0.30251 0.367 19q gain 3 (2%) 120 0.02461 0.0499 0.17589 0.235 NA NA NA NA 0.35579 0.409 0.32985 0.391 0.19571 0.253 0.61341 0.662 0.10572 0.154 0.30441 0.367 20p gain 10 (8%) 113 0.00046 0.00232 0.02357 0.0483 0.00486 0.0144 3e-04 0.00162 0.0014 0.00547 0.00032 0.00172 0.053219 0.088 0.01093 0.026 0.00049 0.00245 0.053299 0.088 20q gain 10 (8%) 113 0.00061999 0.00299 0.0247 0.0499 0.0055499 0.0159 0.00017 0.00109 0.00123 0.00492 3e-04 0.00162 0.052829 0.088 0.01089 0.026 5e-04 0.00245 0.053059 0.088 21q gain 3 (2%) 120 0.27823 0.34 0.34712 0.406 0.37243 0.423 0.20263 0.257 0.488 0.54 0.18802 0.248 0.64865 0.694 0.34416 0.403 0.7398 0.782 0.61995 0.666 22q gain 5 (4%) 118 0.03661 0.0656 0.0313 0.0584 0.37375 0.423 0.20252 0.257 0.27373 0.337 0.2279 0.286 0.32512 0.388 0.60483 0.655 0.22372 0.282 0.68235 0.726 xp gain 3 (2%) 120 0.02474 0.0499 0.17727 0.235 NA NA NA NA 0.35314 0.409 0.32674 0.388 0.1981 0.254 0.68196 0.726 0.10706 0.155 0.50472 0.556 xq gain 5 (4%) 118 0.00106 0.00441 0.0080799 0.0213 0.63115 0.677 0.33277 0.392 0.04868 0.0833 0.063789 0.101 0.14814 0.202 0.27445 0.337 0.01196 0.0281 0.1021 0.151 1p loss 4 (3%) 119 0.0052399 0.0153 0.00214 0.00752 NA NA NA NA 0.058759 0.094 0.1207 0.17 0.17238 0.231 0.53032 0.582 0.04507 0.0781 0.30511 0.367 3p loss 12 (10%) 111 9.9999e-06 0.000106 9.9999e-06 0.000106 0.03671 0.0656 3e-05 0.000233 0.00104 0.00436 0.00078999 0.00351 0.00066999 0.0032 0.00482 0.0144 9.9999e-06 0.000106 0.00046 0.00232 3q loss 7 (6%) 116 0.00077999 0.00351 0.00027 0.00149 0.086349 0.133 0.00111 0.00458 0.03151 0.0585 0.03216 0.0593 0.03474 0.0632 0.084609 0.131 0.0021 0.00743 0.0081799 0.0213 4p loss 5 (4%) 118 0.0077799 0.0207 0.01205 0.0282 NA NA NA NA 0.04933 0.0841 0.065649 0.103 0.32219 0.386 0.38544 0.434 0.052749 0.088 0.26861 0.333 4q loss 4 (3%) 119 0.02951 0.0564 0.061139 0.0966 NA NA NA NA 0.13855 0.193 0.1832 0.242 0.43497 0.484 0.11599 0.164 0.10536 0.154 0.087169 0.134 6p loss 20 (16%) 103 9.9999e-06 0.000106 9.9999e-06 0.000106 0.00018 0.00111 2e-05 0.000182 9.9999e-06 0.000106 9.9999e-06 0.000106 9.9999e-06 0.000106 3e-05 0.000233 9.9999e-06 0.000106 9.9999e-06 0.000106 6q loss 19 (15%) 104 9.9999e-06 0.000106 9.9999e-06 0.000106 0.00068999 0.00326 3e-05 0.000233 9.9999e-06 0.000106 9.9999e-06 0.000106 2e-05 0.000182 0.00026 0.00147 9.9999e-06 0.000106 8.9999e-05 0.00065 9p loss 4 (3%) 119 0.25035 0.313 0.10801 0.155 0.18871 0.248 0.20265 0.257 0.01607 0.0357 0.00331 0.0107 1 1 0.060549 0.096 1 1 0.33545 0.395 10p loss 3 (2%) 120 0.59993 0.651 0.35005 0.407 NA NA NA NA 0.01148 0.0271 0.02224 0.0459 1 1 0.01514 0.0338 0.73956 0.782 0.61896 0.666 11p loss 9 (7%) 114 9.9999e-06 0.000106 2e-05 0.000182 0.01656 0.0366 0.00121 0.00488 0.0092599 0.0229 0.0070499 0.0192 0.0091599 0.0228 0.052189 0.0875 0.00021 0.00124 0.0084399 0.0218 11q loss 7 (6%) 116 7.9999e-05 0.000586 3e-05 0.000233 0.04731 0.0812 0.0062499 0.0173 0.03211 0.0593 0.01353 0.031 0.03354 0.0612 0.11185 0.16 0.00208 0.00741 0.0081499 0.0213 12p loss 8 (7%) 115 0.00448 0.0137 6.9999e-05 0.00052 0.01746 0.0378 0.00253 0.00854 0.0085399 0.0218 0.01381 0.0315 0.02257 0.0464 0.053929 0.0885 0.00326 0.0106 0.01981 0.0424 12q loss 7 (6%) 116 0.0016 0.00607 9.9999e-06 0.000106 0.01771 0.0381 0.00245 0.00838 0.0075999 0.0204 0.01351 0.031 0.03293 0.0603 0.12307 0.173 0.00229 0.00794 0.03634 0.0654 13q loss 14 (11%) 109 3e-05 0.000233 0.0061099 0.0171 0.0061999 0.0172 0.04072 0.072 0.066219 0.103 0.04949 0.0841 0.36961 0.423 0.57783 0.629 0.060459 0.096 0.35362 0.409 16p loss 5 (4%) 118 0.12978 0.182 0.20209 0.257 0.3719 0.423 0.01434 0.0323 0.1959 0.253 0.11355 0.162 0.32444 0.388 0.57667 0.629 0.22793 0.286 0.30766 0.369 16q loss 13 (11%) 110 0.056299 0.0921 0.0055099 0.0159 0.077609 0.12 3e-05 0.000233 9.9999e-06 0.000106 9.9999e-06 0.000106 0.058699 0.094 9.9999e-06 0.000106 0.00146 0.00567 0.00078999 0.00351 17p loss 14 (11%) 109 0.0219 0.0454 0.00119 0.00483 0.0050099 0.0147 0.00019 0.00115 0.01721 0.0374 0.00084999 0.00371 0.36982 0.423 0.00185 0.00673 0.02787 0.0549 0.059419 0.0948 17q loss 6 (5%) 117 0.0104 0.0249 0.0084699 0.0218 0.13915 0.193 0.00295 0.00977 0.30082 0.365 0.14799 0.202 0.27152 0.335 0.23706 0.297 0.10049 0.151 0.4402 0.488 18p loss 7 (6%) 116 0.00185 0.00673 0.0085399 0.0218 0.01761 0.038 0.095919 0.145 0.03084 0.0583 0.03119 0.0584 0.01296 0.0301 0.095109 0.145 0.002 0.00722 0.04316 0.0756 18q loss 7 (6%) 116 0.00183 0.00673 0.0079999 0.0212 0.01698 0.0373 0.098919 0.149 0.03131 0.0584 0.03134 0.0584 0.01288 0.03 0.095659 0.145 0.00217 0.00757 0.04212 0.074 19p loss 3 (2%) 120 0.10093 0.151 0.34828 0.406 NA NA NA NA 0.00151 0.00577 0.00071999 0.00328 0.19642 0.253 0.01018 0.0247 0.10745 0.155 0.058559 0.094 19q loss 3 (2%) 120 0.10212 0.151 0.35053 0.407 NA NA NA NA 0.00133 0.00528 0.00027 0.00149 0.19661 0.253 0.0102 0.0247 0.10669 0.155 0.058479 0.094 21q loss 9 (7%) 114 9.9999e-06 0.000106 9.9999e-06 0.000106 0.01718 0.0374 0.00302 0.00994 0.0056499 0.0161 0.0073599 0.0199 0.0088999 0.0222 0.051489 0.0866 0.00018 0.00111 0.0087299 0.0221 22q loss 13 (11%) 110 9.9999e-06 0.000106 0.11501 0.163 0.10411 0.153 0.04088 0.0721 0.094479 0.144 0.04546 0.0783 0.11405 0.162 0.33154 0.392 0.053959 0.0885 0.3373 0.396 xp loss 7 (6%) 116 0.00291 0.0097 0.0081999 0.0213 0.82907 0.873 0.097579 0.148 0.02992 0.0568 0.03231 0.0594 0.056899 0.0928 0.10408 0.153 0.0075299 0.0203 0.13617 0.19 xq loss 4 (3%) 119 0.02933 0.0564 0.03619 0.0653 0.37212 0.423 0.01428 0.0323 0.057419 0.0933 0.11935 0.169 0.02562 0.051 0.25092 0.313 0.04472 0.0779 0.30362 0.367