		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	4 (4%)	86	0.15602	0.337	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1q gain	8 (9%)	82	0.22296	0.42	0.52446	0.717	0.28507	0.488	0.56361	0.758	0.0479	0.163	0.077599	0.219	0.2097	0.405	0.24119	0.441	0.16111	0.346	0.093169	0.24
2p gain	13 (14%)	77	0.00273	0.0233	0.0070199	0.0461	0.57235	0.766	0.34234	0.555	0.01297	0.0728	0.00025	0.00347	0.072199	0.21	0.01903	0.0899	0.03288	0.13	0.01126	0.0662
2q gain	13 (14%)	77	0.00322	0.0264	0.01099	0.0662	0.82829	0.958	0.0055199	0.0374	0.00377	0.0294	0.00097999	0.01	0.0389	0.142	0.0011	0.0106	0.01373	0.0731	8.9999e-05	0.00176
3p gain	14 (16%)	76	0.069309	0.203	0.058709	0.184	0.21497	0.41	0.88357	1	0.38373	0.603	0.36388	0.582	0.39953	0.613	0.10854	0.269	0.31301	0.517	0.27341	0.473
3q gain	16 (18%)	74	0.04604	0.158	0.01139	0.0662	0.44211	0.647	0.82212	0.958	0.076559	0.219	0.79497	0.935	0.62707	0.811	0.24598	0.446	0.14942	0.328	0.35219	0.565
4p gain	38 (42%)	52	4e-05	0.00102	0.0072799	0.0474	0.9771	1	0.42984	0.64	2e-05	0.000607	9.9999e-06	0.000456	0.73896	0.89	0.00153	0.0138	0.058479	0.184	0.12759	0.298
4q gain	35 (39%)	55	6.9999e-05	0.00155	0.00445	0.0323	1	1	0.5321	0.721	0.00012	0.00209	3e-05	0.00082	0.80013	0.939	0.00028	0.0037	0.37942	0.597	0.02477	0.106
5p gain	57 (63%)	33	4e-05	0.00102	0.00345	0.0276	0.064189	0.195	0.03426	0.133	0.00052999	0.0063	9.9999e-06	0.000456	0.13462	0.31	0.22604	0.424	0.00305	0.0255	0.15866	0.341
5q gain	55 (61%)	35	9.9999e-06	0.000456	0.00037	0.00467	0.18999	0.386	0.066159	0.197	0.00018	0.00278	9.9999e-06	0.000456	0.03825	0.142	0.082189	0.221	0.01015	0.0631	0.090369	0.235
6p gain	18 (20%)	72	0.04796	0.163	0.50417	0.701	0.68866	0.854	0.87169	0.994	0.0393	0.143	0.47439	0.671	0.2451	0.446	0.055279	0.179	0.02239	0.0999	0.16215	0.347
6q gain	16 (18%)	74	5.9999e-05	0.00141	0.91457	1	0.66035	0.834	0.68772	0.854	0.14819	0.328	0.29295	0.494	0.17727	0.367	0.1963	0.39	0.23575	0.435	0.4888	0.684
7p gain	48 (53%)	42	9.9999e-05	0.00186	0.04601	0.158	0.081149	0.22	0.092759	0.24	7.9999e-05	0.00164	0.00136	0.0124	1	1	0.54781	0.738	0.01516	0.0767	0.081259	0.22
7q gain	48 (53%)	42	0.00017	0.00273	0.0088899	0.0565	0.081689	0.22	0.24204	0.442	9.9999e-06	0.000456	0.00012	0.00209	1	1	0.33179	0.541	0.0149	0.0764	0.02181	0.0984
8p gain	32 (36%)	58	0.0033	0.0268	0.28131	0.484	0.5206	0.713	0.43743	0.643	0.16966	0.36	0.14637	0.326	0.077529	0.219	0.17228	0.362	0.02339	0.102	0.1921	0.387
8q gain	38 (42%)	52	0.0061599	0.0414	0.32292	0.53	0.42889	0.639	0.46791	0.667	0.31973	0.528	0.2308	0.43	0.42098	0.631	0.26315	0.459	0.21262	0.406	0.17383	0.364
9p gain	21 (23%)	69	9.9999e-06	0.000456	0.01163	0.0667	0.04829	0.163	0.12053	0.286	0.01702	0.0831	0.01372	0.0731	0.078789	0.219	0.43647	0.643	0.02805	0.119	0.14404	0.323
9q gain	27 (30%)	63	2e-05	0.000607	0.00434	0.0321	0.083619	0.223	0.21009	0.405	0.03551	0.136	0.0053399	0.0368	0.01897	0.0899	0.21163	0.405	0.0146	0.0753	0.20748	0.404
10p gain	25 (28%)	65	2e-05	0.000607	0.089489	0.234	0.02168	0.0984	0.0134	0.0731	9.9999e-06	0.000456	0.00016	0.00262	0.053549	0.176	0.50562	0.702	0.02102	0.0963	0.54764	0.738
10q gain	26 (29%)	64	9.9999e-06	0.000456	0.28849	0.491	0.056529	0.18	0.0145	0.0753	2e-05	0.000607	0.00042	0.00522	0.03106	0.125	0.34336	0.555	0.02851	0.119	0.39467	0.613
11p gain	5 (6%)	85	0.11814	0.282	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
11q gain	6 (7%)	84	0.03014	0.122	0.25932	0.458	0.19952	0.395	0.48272	0.679	0.03986	0.143	0.078749	0.219	0.45737	0.661	0.36906	0.588	0.20352	0.4	0.081119	0.22
12p gain	64 (71%)	26	9.9999e-06	0.000456	0.01332	0.0731	0.37157	0.588	0.067249	0.2	0.00011	0.002	5.9999e-05	0.00141	0.13284	0.307	0.21027	0.405	0.04089	0.145	0.11739	0.282
12q gain	64 (71%)	26	9.9999e-06	0.000456	0.02269	0.101	0.34162	0.555	0.02803	0.119	0.00057999	0.00661	0.00013	0.00222	0.14356	0.323	0.45454	0.66	0.092009	0.239	0.39197	0.612
13q gain	6 (7%)	84	0.89353	1	0.32347	0.53	0.69896	0.858	0.7242	0.877	0.02843	0.119	0.63408	0.815	0.20969	0.405	0.91295	1	0.055749	0.179	0.64611	0.821
14q gain	21 (23%)	69	0.00347	0.0276	0.01975	0.0923	0.14077	0.32	0.42684	0.639	0.00029	0.00377	0.00105	0.0104	0.00022	0.00322	0.00019	0.00289	2e-05	0.000607	2e-05	0.000607
15q gain	11 (12%)	79	0.01414	0.0739	0.02902	0.121	0.37142	0.588	0.84608	0.97	0.0097099	0.0608	0.00495	0.0353	0.18417	0.376	0.00069999	0.00765	0.01652	0.0821	0.04286	0.151
16p gain	50 (56%)	40	9.9999e-06	0.000456	2e-05	0.000607	1	1	0.063669	0.194	5e-05	0.00124	9.9999e-06	0.000456	0.11416	0.28	0.02048	0.0943	0.01121	0.0662	0.077399	0.219
16q gain	47 (52%)	43	9.9999e-06	0.000456	9.9999e-06	0.000456	1	1	0.32319	0.53	8.9999e-05	0.00176	9.9999e-06	0.000456	0.055169	0.179	0.01368	0.0731	0.00051999	0.00627	0.064839	0.195
17p gain	5 (6%)	85	0.11373	0.28	0.43866	0.643	NA	NA	NA	NA	0.6862	0.854	0.14393	0.323	0.28901	0.491	0.79288	0.934	0.60989	0.799	0.67121	0.842
17q gain	7 (8%)	83	0.0062899	0.0419	0.43801	0.643	NA	NA	NA	NA	0.68419	0.854	0.14467	0.323	0.29215	0.494	0.79267	0.934	0.6081	0.798	0.66916	0.84
18p gain	6 (7%)	84	0.75548	0.906	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
18q gain	5 (6%)	85	0.39712	0.613	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
19p gain	56 (62%)	34	3e-05	0.00082	0.18411	0.376	0.10831	0.269	0.01908	0.0899	0.00101	0.0102	0.00053999	0.00633	0.4288	0.639	0.46739	0.667	0.089089	0.233	0.70349	0.862
19q gain	52 (58%)	38	9.9999e-06	0.000456	0.25103	0.45	0.6636	0.836	0.055659	0.179	0.00027	0.00363	0.00115	0.0108	0.28853	0.491	0.11024	0.272	0.14086	0.32	0.37284	0.588
20p gain	46 (51%)	44	2e-05	0.000607	0.00032	0.0041	0.04162	0.147	0.0085199	0.055	0.00025	0.00347	6.9999e-05	0.00155	0.00218	0.019	0.088579	0.233	0.0053799	0.0368	0.0053299	0.0368
20q gain	49 (54%)	41	3e-05	0.00082	0.00018	0.00278	0.01132	0.0662	0.075639	0.218	0.00015	0.00251	0.00027	0.00363	0.00355	0.028	0.27332	0.473	0.0131	0.0731	0.0454	0.158
21q gain	31 (34%)	59	0.25369	0.452	0.00424	0.0316	0.078249	0.219	0.23127	0.43	0.033	0.13	0.00102	0.0102	0.02242	0.0999	0.02005	0.0929	0.01884	0.0899	0.087019	0.23
22q gain	3 (3%)	87	0.22026	0.417	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
xp gain	43 (48%)	47	9.9999e-06	0.000456	0.02971	0.122	0.43104	0.64	0.02349	0.102	0.00288	0.0243	0.01546	0.0773	1	1	0.061309	0.19	0.31289	0.517	0.0085899	0.055
xq gain	41 (46%)	49	7.9999e-05	0.00164	0.0051399	0.0363	0.19541	0.389	0.03295	0.13	0.00439	0.0321	0.02404	0.104	0.88336	1	0.10289	0.26	0.34691	0.56	0.03009	0.122
1p loss	29 (32%)	61	0.00022	0.00322	0.18361	0.376	0.90388	1	0.13075	0.303	0.40715	0.619	0.064729	0.195	0.68935	0.854	0.409	0.619	0.26578	0.463	0.24689	0.446
1q loss	21 (23%)	69	2e-05	0.000607	0.92131	1	0.77082	0.916	0.01091	0.0662	0.80723	0.944	0.46433	0.666	0.46832	0.667	0.72246	0.877	0.51189	0.707	0.52939	0.721
2p loss	16 (18%)	74	0.00205	0.0181	0.28756	0.491	0.85877	0.982	0.65812	0.833	0.72435	0.877	0.30101	0.504	0.0358	0.136	0.63915	0.818	0.25001	0.45	0.51775	0.711
2q loss	14 (16%)	76	0.00115	0.0108	0.14454	0.323	0.77013	0.916	0.88471	1	0.19044	0.386	0.068629	0.202	0.0337	0.132	0.64841	0.823	0.12045	0.286	0.57804	0.771
3p loss	19 (21%)	71	0.0052099	0.0365	0.49492	0.691	0.17049	0.361	0.29222	0.494	0.080859	0.22	0.13486	0.31	0.22602	0.424	0.39089	0.612	0.11585	0.282	0.1216	0.287
3q loss	19 (21%)	71	0.00107	0.0104	0.15433	0.335	0.45053	0.657	0.6023	0.793	0.01368	0.0731	0.02933	0.121	0.058149	0.184	0.33999	0.553	0.0067299	0.0445	0.03851	0.142
4p loss	9 (10%)	81	0.078299	0.219	0.21589	0.411	0.76351	0.913	0.89788	1	0.00397	0.0301	0.01405	0.0739	0.37256	0.588	0.70507	0.863	0.056969	0.181	0.45157	0.658
4q loss	10 (11%)	80	0.078149	0.219	0.079369	0.219	0.45491	0.66	0.61926	0.806	0.01771	0.0854	0.080909	0.22	0.3696	0.588	0.39749	0.613	0.4329	0.642	0.39986	0.613
5p loss	7 (8%)	83	0.39952	0.613	0.37272	0.588	0.15038	0.328	0.19098	0.386	0.40978	0.619	0.02184	0.0984	0.76587	0.913	0.15551	0.336	0.62342	0.81	0.83778	0.967
5q loss	5 (6%)	85	0.11752	0.282	0.46102	0.664	NA	NA	NA	NA	0.40749	0.619	0.21133	0.405	0.03343	0.131	0.079379	0.219	0.46302	0.665	0.094229	0.242
6p loss	19 (21%)	71	0.00067999	0.00754	0.81001	0.946	0.61333	0.801	0.23536	0.435	0.61166	0.8	0.69383	0.856	0.73354	0.885	0.1001	0.256	0.46986	0.668	0.26066	0.458
6q loss	22 (24%)	68	9.9999e-05	0.00186	0.63552	0.816	0.74922	0.9	0.2741	0.473	0.59213	0.783	0.69068	0.854	0.59466	0.785	0.17583	0.367	0.38928	0.61	0.1897	0.386
7p loss	5 (6%)	85	0.10169	0.258	0.78816	0.931	0.40501	0.619	0.20529	0.402	0.90896	1	0.89116	1	0.54068	0.73	0.41281	0.622	0.25818	0.457	0.10428	0.262
7q loss	6 (7%)	84	0.064919	0.195	0.50207	0.699	0.60568	0.796	0.77962	0.924	0.62638	0.811	0.65381	0.829	1	1	0.23423	0.435	0.48355	0.679	0.03857	0.142
8p loss	16 (18%)	74	0.03939	0.143	0.063039	0.194	0.069859	0.204	0.00057999	0.00661	0.13903	0.318	0.14143	0.32	0.065799	0.197	0.02305	0.102	0.054969	0.179	0.01081	0.0662
8q loss	12 (13%)	78	0.01347	0.0731	0.12824	0.298	0.40696	0.619	0.03568	0.136	0.02463	0.106	0.12757	0.298	0.079799	0.22	0.03525	0.136	0.02647	0.113	0.074429	0.215
9p loss	20 (22%)	70	9.9999e-06	0.000456	0.01192	0.0679	0.61769	0.805	0.11665	0.282	7.9999e-05	0.00164	0.00096999	0.01	0.04025	0.144	0.13884	0.318	0.00308	0.0255	0.24847	0.448
9q loss	12 (13%)	78	0.03805	0.142	0.096739	0.248	0.82873	0.958	0.16332	0.349	0.1763	0.367	0.31302	0.517	0.46881	0.667	0.57032	0.764	0.30023	0.503	0.81229	0.947
10p loss	12 (13%)	78	0.43715	0.643	0.88755	1	1	1	0.055509	0.179	0.18169	0.373	1	1	0.64161	0.818	0.70889	0.866	0.66574	0.837	0.49638	0.692
10q loss	10 (11%)	80	0.43857	0.643	0.84255	0.968	1	1	0.23846	0.438	0.41842	0.628	1	1	0.58025	0.772	0.70988	0.866	0.62933	0.813	0.48786	0.684
11p loss	23 (26%)	67	0.00125	0.0116	0.10121	0.258	0.96707	1	0.7977	0.937	0.29492	0.496	0.21069	0.405	0.33139	0.541	0.82617	0.958	0.58123	0.772	0.63367	0.815
11q loss	22 (24%)	68	0.00172	0.0153	0.01135	0.0662	0.75845	0.908	0.3951	0.613	0.19474	0.389	0.14928	0.328	0.17352	0.364	0.7661	0.913	0.25592	0.454	0.57675	0.77
12p loss	5 (6%)	85	0.47467	0.671	0.18172	0.373	0.26651	0.463	0.082289	0.221	0.62583	0.811	0.03783	0.142	0.051579	0.172	0.5158	0.71	0.34782	0.56	0.058879	0.184
12q loss	4 (4%)	86	0.4069	0.619	0.050819	0.17	0.26273	0.459	0.082819	0.221	0.40816	0.619	0.01033	0.0637	0.14799	0.328	0.24075	0.441	0.15057	0.328	0.01982	0.0923
13q loss	39 (43%)	51	0.00127	0.0117	0.12788	0.298	0.97302	1	0.94198	1	0.5296	0.721	0.885	1	0.83923	0.967	0.30343	0.507	0.95319	1	0.17115	0.361
14q loss	18 (20%)	72	0.00076999	0.0082	0.40018	0.613	0.33155	0.541	0.052709	0.174	0.01528	0.0769	0.04608	0.158	0.47274	0.671	0.52986	0.721	0.56488	0.758	0.98027	1
15q loss	21 (23%)	69	0.00073999	0.00798	0.86652	0.99	0.66092	0.834	0.50919	0.704	0.11452	0.28	0.23025	0.43	0.83948	0.967	0.04043	0.144	0.73202	0.884	0.04839	0.163
16p loss	4 (4%)	86	0.35094	0.564	0.26008	0.458	0.53188	0.721	0.20521	0.402	0.03973	0.143	0.076859	0.219	0.45839	0.662	0.74511	0.896	0.2032	0.4	0.67818	0.848
16q loss	5 (6%)	85	0.17695	0.367	0.12079	0.286	0.20199	0.399	0.17781	0.367	0.068129	0.201	0.085109	0.226	0.22289	0.42	0.30994	0.516	0.073629	0.213	0.8407	0.967
17p loss	33 (37%)	57	0.00024	0.00345	0.00256	0.0221	0.45628	0.661	0.1948	0.389	0.004	0.0301	0.01516	0.0767	0.087519	0.231	0.00093999	0.00988	0.03179	0.127	5e-04	0.00612
17q loss	25 (28%)	65	0.01159	0.0667	0.01217	0.0688	0.58318	0.774	0.51532	0.71	0.063619	0.194	0.04697	0.16	0.15245	0.332	0.0089499	0.0565	0.25975	0.458	0.04542	0.158
18p loss	37 (41%)	53	0.00387	0.0299	0.82858	0.958	0.95405	1	0.68773	0.854	0.64049	0.818	0.64598	0.821	0.88089	1	0.69358	0.856	0.80542	0.943	0.11624	0.282
18q loss	35 (39%)	55	0.0039	0.0299	0.69703	0.857	1	1	0.53312	0.721	0.73005	0.883	0.93352	1	0.59612	0.786	0.91454	1	0.63024	0.813	0.19334	0.388
19p loss	5 (6%)	85	0.14925	0.328	0.41619	0.626	NA	NA	NA	NA	0.1081	0.269	0.01383	0.0732	0.3955	0.613	0.71567	0.871	0.25521	0.454	0.02938	0.121
19q loss	4 (4%)	86	0.04447	0.156	0.58687	0.777	NA	NA	NA	NA	0.77261	0.917	0.11719	0.282	0.39479	0.613	0.207	0.404	0.25359	0.452	0.03076	0.124
20p loss	9 (10%)	81	0.10596	0.265	0.21961	0.417	0.52028	0.713	0.85601	0.98	0.19261	0.387	0.12642	0.298	0.12753	0.298	0.44623	0.652	0.11616	0.282	0.64124	0.818
20q loss	3 (3%)	87	0.17059	0.361	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
21q loss	15 (17%)	75	0.01689	0.0829	0.26137	0.458	0.062889	0.194	0.052039	0.173	0.24561	0.446	0.25338	0.452	0.23765	0.438	0.50736	0.703	0.47631	0.672	0.93209	1
22q loss	48 (53%)	42	0.00453	0.0326	0.24633	0.446	0.97499	1	0.48212	0.679	0.67855	0.848	0.28187	0.484	0.71599	0.871	0.82587	0.958	0.78646	0.931	0.46147	0.664
xp loss	16 (18%)	74	0.00067999	0.00754	0.10444	0.262	0.16502	0.351	0.061969	0.192	0.053919	0.177	0.067919	0.201	0.69491	0.856	0.10355	0.261	0.29415	0.495	0.30726	0.512
xq loss	16 (18%)	74	0.0373	0.14	0.01728	0.0838	0.01664	0.0822	0.059549	0.186	0.03468	0.134	0.03613	0.137	0.35473	0.568	0.15012	0.328	0.2769	0.477	0.23124	0.43
