		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	89 (22%)	319	9.9999e-06	0.000155	0.1033	0.238	0.31378	0.475	0.52921	0.64	0.25121	0.411	0.49468	0.616	0.91541	0.944	0.63602	0.723	0.46249	0.592	0.55371	0.659
1q gain	126 (31%)	282	9.9999e-06	0.000155	0.92892	0.949	0.594	0.693	0.48634	0.612	0.49821	0.618	0.8408	0.886	0.62317	0.715	0.25301	0.412	0.15177	0.298	0.45119	0.587
2p gain	111 (27%)	297	9.9999e-06	0.000155	5.9999e-05	0.000703	0.1335	0.276	0.60356	0.701	0.03131	0.105	0.01023	0.043	0.0065299	0.0323	0.01791	0.0665	0.20629	0.358	0.00236	0.0144
2q gain	55 (13%)	353	3e-05	0.000397	0.11258	0.25	0.61667	0.711	0.5555	0.659	0.092579	0.219	0.23135	0.39	0.10318	0.238	0.18836	0.341	0.28959	0.453	0.37369	0.526
3p gain	143 (35%)	265	9.9999e-06	0.000155	0.18402	0.338	0.88709	0.921	0.52884	0.64	0.01559	0.06	0.01294	0.052	0.0486	0.142	0.0082799	0.0376	0.11569	0.255	0.01991	0.0729
3q gain	179 (44%)	229	9.9999e-06	0.000155	0.41969	0.565	0.12417	0.264	0.66565	0.748	0.21603	0.371	0.065009	0.173	0.0081599	0.0376	0.0078999	0.0368	0.055929	0.157	0.0096399	0.0416
4p gain	38 (9%)	370	0.00052999	0.00457	0.0090799	0.0401	0.00488	0.0258	0.04374	0.132	0.27023	0.434	0.0097399	0.0416	0.01416	0.0556	0.44713	0.587	0.15769	0.305	0.12091	0.261
4q gain	26 (6%)	382	0.02405	0.085	0.18739	0.341	0.67586	0.753	0.55244	0.659	0.60701	0.703	0.11255	0.25	0.068979	0.179	0.33416	0.493	0.33447	0.493	0.38346	0.537
5p gain	166 (41%)	242	9.9999e-06	0.000155	0.02531	0.0879	0.00035	0.00334	0.00288	0.0172	0.00408	0.0226	0.00054999	0.00465	0.0399	0.124	0.24403	0.404	0.0246	0.0866	0.00454	0.0247
5q gain	51 (12%)	357	0.00076999	0.00585	0.054019	0.153	0.00215	0.0135	0.03565	0.116	0.80505	0.856	0.25802	0.42	0.089189	0.213	0.52088	0.636	0.4957	0.616	0.079909	0.199
6p gain	73 (18%)	335	9.9999e-06	0.000155	0.88433	0.92	0.34606	0.502	0.20046	0.353	0.29694	0.46	0.58044	0.68	0.36524	0.519	0.52468	0.639	0.59151	0.691	0.87455	0.912
6q gain	39 (10%)	369	0.00296	0.0176	0.9482	0.961	0.61846	0.711	0.25965	0.422	0.11988	0.261	0.2996	0.461	0.41484	0.562	0.15319	0.301	0.04675	0.139	0.36106	0.516
7p gain	171 (42%)	237	9.9999e-06	0.000155	0.03408	0.113	0.00327	0.019	0.19761	0.351	0.097609	0.229	0.17026	0.32	0.056549	0.158	0.60796	0.703	0.12103	0.261	0.04349	0.132
7q gain	148 (36%)	260	9.9999e-06	0.000155	0.13005	0.271	0.076869	0.196	0.75491	0.817	0.26481	0.427	0.64353	0.731	0.66858	0.749	0.31881	0.48	0.8269	0.876	0.71624	0.788
8p gain	90 (22%)	318	9.9999e-06	0.000155	0.47996	0.605	0.00137	0.00936	0.13336	0.276	0.29856	0.461	0.83178	0.88	0.24656	0.407	0.01534	0.0593	0.62205	0.714	0.31424	0.475
8q gain	200 (49%)	208	9.9999e-06	0.000155	0.00388	0.0216	0.00021	0.0021	0.53852	0.647	0.5357	0.644	1	1	0.22156	0.375	0.051379	0.149	0.50891	0.626	0.45378	0.587
9p gain	69 (17%)	339	9.9999e-06	0.000155	0.35853	0.515	0.17483	0.327	0.01662	0.0628	0.12224	0.261	0.17805	0.331	0.0097099	0.0416	0.55806	0.66	0.00014	0.00157	2e-05	0.000278
9q gain	56 (14%)	352	2e-05	0.000278	0.080519	0.2	0.15896	0.306	0.0061199	0.0308	0.00203	0.0128	0.00043	0.00392	0.0399	0.124	0.88616	0.921	2e-05	0.000278	0.00121	0.00848
10p gain	117 (29%)	291	9.9999e-06	0.000155	0.00050999	0.00445	0.27802	0.442	0.32458	0.484	0.02724	0.0927	0.00483	0.0258	0.072549	0.186	0.9729	0.982	0.43549	0.577	0.74521	0.81
10q gain	44 (11%)	364	0.00189	0.0123	0.00176	0.0116	0.72476	0.793	0.46376	0.592	0.39642	0.546	0.051239	0.149	0.0072299	0.0343	0.45861	0.589	0.067899	0.177	0.45291	0.587
11p gain	29 (7%)	379	0.0082799	0.0376	0.24208	0.402	0.060049	0.165	0.0089799	0.04	0.0018	0.0118	0.01222	0.0494	0.061999	0.167	0.62502	0.716	0.00139	0.00942	0.00479	0.0258
11q gain	47 (12%)	361	0.00331	0.019	0.62677	0.717	0.36738	0.52	0.01792	0.0665	0.075289	0.192	0.079109	0.199	0.29705	0.46	0.77768	0.837	0.0051199	0.0268	0.16596	0.316
12p gain	116 (28%)	292	0.00093999	0.00707	0.32288	0.483	0.20425	0.356	0.9814	0.99	0.14321	0.287	0.85753	0.902	0.51855	0.635	0.72261	0.792	0.46282	0.592	0.03892	0.123
12q gain	91 (22%)	317	0.061939	0.167	0.28707	0.452	0.27473	0.44	0.78567	0.843	0.15086	0.297	0.099059	0.231	0.36892	0.522	0.36381	0.518	0.98856	0.994	0.00224	0.0138
13q gain	100 (25%)	308	0.00071999	0.00568	0.80834	0.857	0.32524	0.484	0.88928	0.921	0.17003	0.32	0.46984	0.595	0.94713	0.961	0.79429	0.848	0.25163	0.411	0.34801	0.504
14q gain	57 (14%)	351	0.0066899	0.0325	0.02541	0.0879	0.5517	0.659	0.45815	0.589	0.0114	0.0466	0.02963	0.1	0.3742	0.526	0.32227	0.483	0.30558	0.467	0.16034	0.308
15q gain	35 (9%)	373	0.16817	0.318	0.00134	0.00923	0.00061999	0.00508	0.069099	0.179	0.1025	0.237	0.03195	0.106	0.44571	0.587	0.72507	0.793	0.12189	0.261	0.14077	0.285
16p gain	75 (18%)	333	9.9999e-06	0.000155	0.262	0.425	0.58167	0.68	0.47517	0.599	0.69156	0.765	0.12771	0.268	0.49275	0.616	0.19314	0.347	0.39918	0.548	0.74739	0.812
16q gain	82 (20%)	326	9.9999e-06	0.000155	0.13736	0.28	0.3979	0.547	0.28334	0.449	0.79952	0.851	0.10743	0.244	0.50916	0.626	0.28248	0.448	0.39453	0.545	0.4745	0.599
17p gain	56 (14%)	352	0.00106	0.00776	0.20633	0.358	0.65289	0.738	0.64771	0.734	0.53597	0.644	0.20733	0.359	0.14923	0.296	0.12528	0.265	0.13006	0.271	0.29495	0.458
17q gain	135 (33%)	273	9.9999e-06	0.000155	0.072039	0.185	0.04439	0.133	0.92447	0.948	0.55512	0.659	0.18507	0.339	0.24654	0.407	0.26787	0.431	0.16622	0.316	0.33355	0.493
18p gain	116 (28%)	292	9.9999e-06	0.000155	0.0076199	0.0357	0.63598	0.723	0.43105	0.574	9.9999e-06	0.000155	0.02928	0.0992	0.00031	0.00303	0.61408	0.709	0.28961	0.453	0.03854	0.122
18q gain	61 (15%)	347	0.0068999	0.0331	0.18381	0.338	0.32016	0.481	0.1727	0.323	0.04632	0.139	0.45074	0.587	0.04232	0.13	0.29319	0.457	0.55925	0.661	0.00284	0.0171
19p gain	87 (21%)	321	0.00076999	0.00585	0.17614	0.328	0.078149	0.198	0.46601	0.593	0.22945	0.388	0.10775	0.244	0.36727	0.52	0.78997	0.846	0.35242	0.509	0.78384	0.842
19q gain	132 (32%)	276	9.9999e-06	0.000155	0.02499	0.0873	0.13111	0.272	0.9568	0.967	0.23495	0.395	0.49192	0.616	0.097909	0.229	0.43203	0.574	0.20098	0.353	0.60776	0.703
20p gain	201 (49%)	207	9.9999e-06	0.000155	0.18702	0.341	0.32935	0.488	0.064829	0.173	0.15557	0.303	0.04136	0.128	0.12482	0.264	0.19039	0.344	0.057769	0.16	0.34546	0.502
20q gain	230 (56%)	178	9.9999e-06	0.000155	0.13718	0.28	0.4667	0.593	0.63575	0.723	0.3901	0.541	0.14106	0.285	0.19217	0.346	0.1492	0.296	0.092719	0.219	0.11259	0.25
21q gain	116 (28%)	292	9.9999e-06	0.000155	3e-05	0.000397	0.52706	0.639	0.40505	0.552	0.079469	0.199	0.00073999	0.00578	0.00167	0.0112	0.00037	0.00349	0.00424	0.0233	0.01125	0.0464
22q gain	48 (12%)	360	0.31412	0.475	0.067729	0.177	0.74453	0.81	0.23749	0.397	0.10903	0.245	0.03955	0.124	0.083519	0.204	0.64588	0.733	0.12468	0.264	0.35735	0.514
xp gain	65 (16%)	343	0.0061699	0.0308	2e-04	0.00208	0.00021	0.0021	0.0087899	0.0396	9.9999e-06	0.000155	0.0381	0.121	0.04217	0.13	0.04358	0.132	0.01529	0.0593	0.0382	0.121
xq gain	45 (11%)	363	0.13713	0.28	0.13781	0.28	0.02279	0.082	0.20407	0.356	0.04405	0.133	0.56654	0.667	0.063149	0.169	0.03093	0.104	0.52671	0.639	0.1683	0.318
1p loss	31 (8%)	377	0.1035	0.238	0.31115	0.472	0.56931	0.669	0.3856	0.539	0.86323	0.906	0.22157	0.375	0.78919	0.846	0.4631	0.592	0.72765	0.793	0.28715	0.452
1q loss	31 (8%)	377	0.082739	0.203	0.24694	0.407	0.86912	0.91	0.71918	0.791	0.8906	0.921	0.42731	0.572	0.99224	0.996	0.92261	0.948	0.04648	0.139	0.38277	0.537
2p loss	45 (11%)	363	0.33706	0.494	0.081179	0.201	0.69117	0.765	0.92506	0.948	0.53278	0.643	0.02715	0.0927	0.11456	0.253	0.94318	0.958	0.15673	0.304	0.76326	0.825
2q loss	92 (23%)	316	0.00063999	0.00515	0.0058499	0.0296	0.40399	0.551	0.33665	0.494	0.01059	0.0441	0.02658	0.0912	0.42929	0.573	0.95254	0.964	0.03641	0.118	0.55309	0.659
3p loss	51 (12%)	357	0.043	0.132	0.0082999	0.0376	0.01674	0.063	0.0066099	0.0323	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	0.01399	0.0552	0.1397	0.284	5.9999e-05	0.000703	0.0096799	0.0416
3q loss	23 (6%)	385	0.54142	0.649	0.35122	0.508	0.29973	0.461	0.061709	0.167	0.0066099	0.0323	0.15599	0.303	0.085739	0.207	0.45381	0.587	0.00124	0.00862	0.10495	0.24
4p loss	144 (35%)	264	9.9999e-06	0.000155	0.11979	0.261	0.16528	0.316	0.00332	0.019	0.0052599	0.0273	5e-05	0.000612	0.00042	0.00391	0.42572	0.57	0.058029	0.16	0.18577	0.339
4q loss	136 (33%)	272	9.9999e-06	0.000155	0.051899	0.149	0.10892	0.245	0.01143	0.0466	0.0051399	0.0268	0.00053999	0.00461	0.0055499	0.0284	0.92555	0.948	0.01015	0.043	0.071659	0.185
5p loss	54 (13%)	354	0.00114	0.00827	0.00015	0.00166	0.084779	0.205	0.00221	0.0137	0.053629	0.152	0.00049	0.00437	0.71322	0.787	0.67243	0.751	0.097329	0.229	0.2082	0.36
5q loss	160 (39%)	248	9.9999e-06	0.000155	0.00172	0.0115	0.42036	0.565	0.22011	0.375	0.41584	0.562	0.02033	0.0741	0.04685	0.139	0.094379	0.222	0.47318	0.599	0.10099	0.235
6p loss	103 (25%)	305	9.9999e-06	0.000155	0.02327	0.0829	0.078969	0.199	0.72286	0.792	0.56016	0.661	0.060739	0.165	0.23437	0.395	0.19995	0.353	0.14686	0.292	0.2626	0.425
6q loss	159 (39%)	249	9.9999e-06	0.000155	0.0089199	0.04	0.01802	0.0666	0.40026	0.548	0.67762	0.754	0.03542	0.116	0.081629	0.201	0.15402	0.301	0.50933	0.626	0.43184	0.574
7p loss	20 (5%)	388	0.45253	0.587	0.65783	0.742	0.65714	0.742	0.89827	0.928	0.27615	0.441	0.41462	0.562	0.54513	0.653	0.057909	0.16	0.4941	0.616	0.50092	0.62
7q loss	28 (7%)	380	0.0074699	0.0352	0.41382	0.562	0.45115	0.587	0.21122	0.365	0.98905	0.994	0.72639	0.793	0.48887	0.614	0.19128	0.345	0.59896	0.698	0.83321	0.88
8p loss	188 (46%)	220	9.9999e-06	0.000155	0.00383	0.0216	0.01373	0.0544	0.00097999	0.00724	0.00279	0.0169	0.0057799	0.0294	0.16592	0.316	0.03705	0.12	0.065539	0.174	0.44822	0.587
8q loss	38 (9%)	370	0.00033	0.00318	0.44823	0.587	0.50835	0.626	0.060669	0.165	0.01889	0.0695	0.38707	0.54	0.10787	0.244	0.061599	0.167	0.53342	0.643	0.61814	0.711
9p loss	174 (43%)	234	9.9999e-06	0.000155	2e-04	0.00208	0.00322	0.0189	0.00017	0.00183	5.9999e-05	0.000703	9.9999e-06	0.000155	0.0070199	0.0335	0.18361	0.338	4e-05	0.000521	0.00043	0.00392
9q loss	169 (41%)	239	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	5e-04	0.00441	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	5e-05	0.000612	0.30858	0.47	9.9999e-06	0.000155	2e-05	0.000278
10p loss	73 (18%)	335	0.01366	0.0544	0.2518	0.411	0.33988	0.497	0.87806	0.915	0.0161	0.0613	0.13768	0.28	0.71378	0.787	0.32382	0.484	0.19918	0.353	0.21843	0.373
10q loss	129 (32%)	279	9.9999e-06	0.000155	0.00203	0.0128	0.34479	0.502	0.41567	0.562	0.45037	0.587	0.55637	0.659	0.66113	0.744	0.15901	0.306	0.12187	0.261	0.51233	0.629
11p loss	178 (44%)	230	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	0.12008	0.261	0.00012	0.00137	0.00021	0.0021	9.9999e-06	0.000155	2e-05	0.000278	0.45533	0.588	2e-05	0.000278	0.00195	0.0125
11q loss	129 (32%)	279	9.9999e-06	0.000155	0.052479	0.149	0.30168	0.462	0.03442	0.113	0.35972	0.516	0.15445	0.302	0.30499	0.467	0.15079	0.297	0.29072	0.454	0.34316	0.501
12p loss	54 (13%)	354	0.00028	0.00277	0.01614	0.0613	0.38951	0.541	0.12203	0.261	0.02502	0.0873	0.02203	0.0796	0.27509	0.44	0.36222	0.517	0.18105	0.336	0.9411	0.958
12q loss	58 (14%)	350	0.00044	0.00396	0.77183	0.833	0.39278	0.543	0.21372	0.368	0.16697	0.317	0.46476	0.593	0.65956	0.743	0.79449	0.848	0.86503	0.907	0.68315	0.759
13q loss	85 (21%)	323	9.9999e-06	0.000155	0.50487	0.624	0.00016	0.00175	0.52664	0.639	0.00056999	0.00477	0.18852	0.341	5e-05	0.000612	0.01196	0.0486	0.0093899	0.041	0.00119	0.00841
14q loss	121 (30%)	287	9.9999e-06	0.000155	5e-05	0.000612	0.80763	0.857	0.41723	0.563	0.055019	0.155	0.00019	0.00202	0.00074999	0.0058	0.00119	0.00841	0.0036	0.0205	0.00115	0.00827
15q loss	144 (35%)	264	9.9999e-06	0.000155	9.9999e-06	0.000155	0.11028	0.247	0.067709	0.177	0.0054299	0.028	0.28836	0.453	0.02303	0.0825	0.0092899	0.0407	0.0102	0.043	0.02334	0.0829
16p loss	110 (27%)	298	9.9999e-06	0.000155	0.44321	0.586	0.00065999	0.00525	0.27787	0.442	0.051749	0.149	0.23535	0.395	0.23971	0.399	0.66673	0.748	0.17098	0.321	0.12741	0.268
16q loss	107 (26%)	301	9.9999e-06	0.000155	0.40286	0.551	0.01479	0.0578	0.33966	0.497	0.04169	0.129	0.38866	0.541	0.19947	0.353	0.88965	0.921	0.56418	0.665	0.46709	0.593
17p loss	182 (45%)	226	9.9999e-06	0.000155	0.45355	0.587	0.087249	0.21	0.11329	0.251	0.87156	0.912	0.091439	0.217	0.30015	0.461	0.39055	0.541	0.19586	0.348	0.35333	0.509
17q loss	46 (11%)	362	0.088739	0.213	0.60317	0.701	0.9281	0.949	0.26493	0.427	0.14138	0.285	0.79767	0.851	0.68499	0.76	0.91784	0.945	1	1	0.98536	0.993
18p loss	98 (24%)	310	0.00012	0.00137	0.11696	0.257	0.7008	0.774	0.43306	0.575	0.077049	0.196	0.051039	0.149	0.1831	0.338	0.33613	0.494	0.069499	0.18	0.1205	0.261
18q loss	146 (36%)	262	9.9999e-06	0.000155	0.93768	0.956	0.57069	0.669	0.4231	0.568	0.77616	0.836	0.04723	0.139	0.03747	0.12	0.00385	0.0216	0.083999	0.204	0.12746	0.268
19p loss	95 (23%)	313	3e-05	0.000397	0.051999	0.149	0.083959	0.204	0.19439	0.348	0.00193	0.0125	0.00486	0.0258	0.14641	0.292	0.23903	0.398	0.67052	0.75	0.44684	0.587
19q loss	59 (14%)	349	0.00094999	0.00708	0.22113	0.375	0.03646	0.118	0.31031	0.472	0.0068699	0.0331	0.20392	0.356	0.37059	0.523	0.49557	0.616	0.40003	0.548	0.51894	0.635
20p loss	32 (8%)	376	0.1048	0.24	0.19525	0.348	0.1311	0.272	0.23625	0.395	0.67417	0.752	0.32925	0.488	0.37969	0.533	0.49519	0.616	0.24865	0.409	0.45844	0.589
20q loss	15 (4%)	393	0.18128	0.336	0.91868	0.945	0.052249	0.149	0.13639	0.28	0.04784	0.141	0.84236	0.887	0.75255	0.815	1	1	0.87398	0.912	0.94255	0.958
21q loss	79 (19%)	329	0.01752	0.0656	0.065639	0.174	0.01365	0.0544	0.02653	0.0912	0.058399	0.161	0.0065699	0.0323	0.003	0.0177	0.090609	0.216	0.01123	0.0464	0.0082999	0.0376
22q loss	160 (39%)	248	9.9999e-06	0.000155	0.01059	0.0441	0.14313	0.287	0.00057999	0.0048	0.00437	0.0239	0.00063999	0.00515	0.054759	0.154	0.74956	0.813	0.03734	0.12	0.067529	0.177
xp loss	73 (18%)	335	0.19569	0.348	0.2843	0.449	0.36061	0.516	0.31568	0.476	0.081569	0.201	0.63546	0.723	0.84001	0.886	0.21484	0.369	0.14693	0.292	0.11985	0.261
xq loss	83 (20%)	325	0.084859	0.205	0.0090999	0.0401	0.52088	0.636	0.080039	0.199	0.02124	0.0771	0.21846	0.373	0.10888	0.245	0.29474	0.458	0.01614	0.0613	0.03388	0.112
