		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	92 (31%)	203	9.9999e-06	0.000482	0.4019	0.598	0.7506	0.86	0.86395	0.933	0.00013	0.00314	0.00216	0.0233	0.16243	0.375	4e-05	0.00113	0.12634	0.328	0.00157	0.0189
1q gain	141 (48%)	154	9.9999e-06	0.000482	0.33537	0.541	0.34816	0.559	0.38036	0.584	0.00398	0.0352	0.0057499	0.0442	0.27288	0.487	0.00271	0.0258	0.067699	0.226	0.00267	0.0258
2p gain	65 (22%)	230	3e-05	0.00102	0.39508	0.594	0.01813	0.0941	0.11946	0.317	0.01797	0.0941	0.050679	0.188	0.12888	0.329	0.00112	0.016	0.2467	0.463	0.11749	0.315
2q gain	38 (13%)	257	4e-05	0.00113	0.04401	0.175	0.067179	0.226	0.17223	0.381	0.02454	0.117	0.0070699	0.0509	0.30375	0.519	0.00371	0.0334	0.58911	0.748	0.6282	0.773
3p gain	78 (26%)	217	0.20084	0.419	0.092519	0.273	0.75243	0.86	0.00495	0.0396	0.38789	0.588	0.88693	0.945	0.14784	0.355	0.61476	0.767	0.6777	0.806	0.58312	0.746
3q gain	176 (60%)	119	4e-05	0.00113	0.27597	0.49	1	1	0.32003	0.532	0.00113	0.016	4e-05	0.00113	0.34902	0.559	0.00022	0.00475	0.0065099	0.0477	9.9999e-06	0.000482
4p gain	11 (4%)	284	0.58951	0.748	0.14118	0.346	0.29956	0.516	0.20572	0.422	0.64714	0.786	0.59619	0.751	0.46679	0.659	0.59602	0.751	0.63669	0.778	0.9424	0.977
4q gain	14 (5%)	281	0.03814	0.161	0.41497	0.612	0.04634	0.179	0.36369	0.573	0.88269	0.944	0.46532	0.659	0.83366	0.907	0.28531	0.5	0.7919	0.883	0.28703	0.501
5p gain	115 (39%)	180	9.9999e-06	0.000482	0.23351	0.452	0.55312	0.729	0.65012	0.786	0.078629	0.248	0.02512	0.119	0.00434	0.037	0.00497	0.0396	0.02951	0.133	0.22403	0.443
5q gain	48 (16%)	247	2e-05	0.000745	1	1	0.652	0.786	0.95271	0.978	0.17561	0.385	0.84213	0.913	0.33467	0.541	0.7729	0.871	0.25023	0.466	0.93937	0.977
6p gain	52 (18%)	243	5e-04	0.00891	0.04479	0.177	0.76276	0.865	0.01097	0.0692	0.01042	0.0677	0.13888	0.343	0.94365	0.977	0.073719	0.239	0.26927	0.484	0.16548	0.378
6q gain	35 (12%)	260	0.01367	0.0781	0.0401	0.167	0.21535	0.434	0.091869	0.272	0.22989	0.45	0.24672	0.463	0.74109	0.854	0.2651	0.482	0.31474	0.53	0.66494	0.798
7p gain	37 (13%)	258	0.00311	0.0287	0.092729	0.273	0.079089	0.248	0.21003	0.427	0.059939	0.213	0.42338	0.62	5e-04	0.00891	0.12779	0.328	0.00475	0.0389	0.16853	0.378
7q gain	38 (13%)	257	0.00199	0.0222	0.069979	0.23	1	1	0.13693	0.342	0.47655	0.667	0.2115	0.429	0.00075999	0.0122	0.15555	0.363	0.00101	0.0155	0.04178	0.17
8p gain	53 (18%)	242	2e-05	0.000745	0.086429	0.265	0.76685	0.867	0.54923	0.726	0.03316	0.145	0.16654	0.378	0.82566	0.902	0.076279	0.244	0.88679	0.945	0.13432	0.339
8q gain	91 (31%)	204	0.002	0.0222	9.9999e-06	0.000482	0.38263	0.584	0.50136	0.687	0.0060699	0.0457	0.00127	0.0171	0.16986	0.378	0.0086199	0.0579	0.44155	0.632	0.00213	0.0233
9p gain	51 (17%)	244	0.0075899	0.0532	0.11352	0.307	0.24224	0.459	0.22346	0.443	0.32702	0.536	0.01049	0.0677	0.12699	0.328	0.01303	0.0763	0.35289	0.562	0.077129	0.245
9q gain	50 (17%)	245	0.00146	0.0184	0.0055099	0.0434	0.27842	0.491	0.55768	0.731	0.01346	0.078	0.00051999	0.00907	0.01118	0.0699	0.01042	0.0677	0.04607	0.179	0.03466	0.148
10p gain	25 (8%)	270	0.12756	0.328	0.51809	0.701	0.94331	0.977	0.69545	0.82	0.82112	0.9	0.47331	0.665	0.061559	0.216	0.69732	0.82	0.32723	0.536	0.78674	0.88
10q gain	17 (6%)	278	0.43235	0.625	0.85926	0.93	0.62544	0.773	0.69795	0.82	0.3602	0.57	0.20026	0.419	0.24229	0.459	0.91596	0.966	0.69862	0.82	0.62565	0.773
11p gain	9 (3%)	286	0.88613	0.945	0.91437	0.966	0.19828	0.417	0.89742	0.954	0.39827	0.595	0.15457	0.362	0.69717	0.82	0.02055	0.103	0.6352	0.777	0.5169	0.701
11q gain	8 (3%)	287	0.37704	0.584	0.2587	0.474	0.10763	0.297	0.67003	0.799	0.050639	0.188	0.00164	0.0195	0.17969	0.39	0.02293	0.112	0.17493	0.385	0.077449	0.245
12p gain	53 (18%)	242	0.11396	0.307	0.66693	0.799	0.37411	0.583	0.71993	0.837	0.00107	0.0157	0.67055	0.799	0.79347	0.883	0.35255	0.562	0.77271	0.871	0.63719	0.778
12q gain	50 (17%)	245	0.0481	0.183	0.79969	0.886	0.38153	0.584	0.78039	0.877	0.0024	0.0249	0.32651	0.536	1	1	0.27042	0.485	0.7225	0.839	0.58246	0.746
13q gain	25 (8%)	270	0.35656	0.567	0.12791	0.328	0.23289	0.452	0.62633	0.773	0.10655	0.296	0.057529	0.208	0.0157	0.087	0.089939	0.269	0.068299	0.226	0.052879	0.194
14q gain	47 (16%)	248	0.00359	0.0327	0.56214	0.733	0.96045	0.983	0.22438	0.443	0.21492	0.434	1	1	0.36834	0.578	0.14664	0.355	0.050339	0.188	0.12053	0.319
15q gain	52 (18%)	243	0.00254	0.0251	0.45301	0.644	0.13098	0.333	0.61444	0.767	0.87052	0.936	0.87004	0.936	0.87195	0.936	0.7616	0.865	0.94061	0.977	0.83212	0.906
16p gain	45 (15%)	250	0.00135	0.0176	0.55256	0.729	0.38276	0.584	0.76108	0.865	0.42789	0.622	0.33742	0.544	0.068259	0.226	0.085379	0.264	0.41067	0.609	0.5758	0.746
16q gain	40 (14%)	255	2e-05	0.000745	0.40637	0.604	0.36728	0.577	0.29149	0.505	0.57897	0.746	0.43653	0.628	0.1514	0.36	0.087219	0.266	0.091289	0.272	0.48771	0.676
17p gain	22 (7%)	273	0.00037	0.00722	0.26235	0.478	0.94184	0.977	0.97287	0.989	0.10883	0.297	0.33417	0.541	0.33012	0.539	0.65115	0.786	0.057929	0.208	0.971	0.989
17q gain	43 (15%)	252	0.00060999	0.01	0.10801	0.297	0.20591	0.422	0.052739	0.194	0.18925	0.405	0.41326	0.611	0.59056	0.748	0.82492	0.902	0.20543	0.422	0.66261	0.797
18p gain	49 (17%)	246	0.00183	0.0211	0.75265	0.86	0.57908	0.746	0.76242	0.865	0.03892	0.164	0.1651	0.378	0.7823	0.878	0.28878	0.503	0.89879	0.955	0.19347	0.412
18q gain	32 (11%)	263	0.00011	0.00273	0.79198	0.883	0.30203	0.519	0.21798	0.438	0.00118	0.0164	0.25063	0.466	0.31536	0.53	0.33444	0.541	0.96982	0.989	0.063079	0.216
19p gain	45 (15%)	250	2e-05	0.000745	0.36089	0.57	0.51625	0.701	0.9395	0.977	0.51148	0.697	0.55998	0.732	1	1	0.48446	0.674	0.80731	0.889	0.70556	0.824
19q gain	72 (24%)	223	9.9999e-06	0.000482	0.26609	0.482	0.62271	0.773	0.53168	0.714	0.15867	0.368	0.03283	0.145	0.46948	0.661	0.02559	0.12	0.30478	0.519	0.22523	0.443
20p gain	101 (34%)	194	9.9999e-06	0.000482	0.02103	0.103	0.81885	0.899	0.01271	0.0754	0.15588	0.363	0.097089	0.281	0.04365	0.175	0.1218	0.32	0.01691	0.0918	0.37715	0.584
20q gain	114 (39%)	181	9.9999e-06	0.000482	0.03451	0.148	0.21287	0.431	0.00176	0.0206	0.22477	0.443	0.04772	0.183	0.24064	0.459	0.02854	0.13	0.01265	0.0754	0.32056	0.532
21q gain	37 (13%)	258	0.10851	0.297	0.83654	0.909	0.54266	0.72	0.71573	0.834	0.01809	0.0941	0.35738	0.567	0.97463	0.989	0.76049	0.865	0.75219	0.86	0.51382	0.699
22q gain	29 (10%)	266	0.55527	0.729	0.49035	0.677	0.77373	0.871	0.58126	0.746	0.00021	0.00465	0.25205	0.466	0.79906	0.886	0.33388	0.541	0.80484	0.889	0.31537	0.53
xp gain	40 (14%)	255	0.57984	0.746	0.03332	0.145	0.5869	0.748	0.43473	0.626	0.13751	0.343	0.02795	0.128	0.73146	0.847	0.16655	0.378	0.64993	0.786	0.31742	0.53
xq gain	43 (15%)	252	0.53712	0.716	0.04543	0.178	0.084769	0.263	0.43187	0.625	0.24154	0.459	0.13891	0.343	0.17915	0.39	0.14653	0.355	0.2538	0.468	0.39344	0.593
1p loss	13 (4%)	282	0.14648	0.355	0.93415	0.977	0.76549	0.867	0.40014	0.597	0.00031	0.0062	0.01935	0.0992	0.098789	0.282	0.19964	0.419	0.39765	0.595	0.13948	0.343
1q loss	9 (3%)	286	0.38214	0.584	0.91332	0.966	0.44115	0.632	0.68338	0.809	0.03435	0.148	0.15455	0.362	0.061349	0.216	0.43839	0.63	0.20248	0.421	0.38406	0.584
2p loss	18 (6%)	277	0.01597	0.0879	0.78515	0.88	0.90893	0.963	0.25784	0.474	0.32479	0.535	0.2357	0.454	0.52871	0.712	0.27084	0.485	0.56128	0.733	0.79622	0.885
2q loss	34 (12%)	261	0.02101	0.103	0.18341	0.395	0.94665	0.977	0.17174	0.381	0.00234	0.0246	0.057319	0.208	0.12429	0.326	0.03234	0.144	0.56704	0.738	0.15679	0.364
3p loss	77 (26%)	218	9.9999e-06	0.000482	0.0057699	0.0442	0.37485	0.583	0.056759	0.207	0.01234	0.0744	0.00026	0.00547	0.01158	0.0707	0.00294	0.0277	0.0115	0.0707	0.00153	0.0189
3q loss	14 (5%)	281	0.01447	0.0818	0.3047	0.519	0.77471	0.871	0.029	0.131	0.02335	0.113	0.42842	0.622	0.058969	0.211	0.37081	0.58	0.11092	0.301	0.0063699	0.0471
4p loss	130 (44%)	165	9.9999e-06	0.000482	0.04363	0.175	0.93939	0.977	1	1	0.0063299	0.0471	0.00228	0.0243	0.31041	0.526	0.0012	0.0164	0.53665	0.716	0.0057099	0.0442
4q loss	95 (32%)	200	9.9999e-06	0.000482	0.55491	0.729	0.67874	0.806	0.95278	0.978	0.070889	0.232	0.0176	0.0941	1	1	0.04829	0.183	0.1821	0.393	0.27813	0.491
5p loss	17 (6%)	278	0.57694	0.746	0.62779	0.773	0.35318	0.562	0.55568	0.729	0.82828	0.903	0.48794	0.676	0.81471	0.896	0.54114	0.719	0.70143	0.822	0.14179	0.346
5q loss	49 (17%)	246	5e-05	0.00132	0.57221	0.742	0.80514	0.889	0.44695	0.638	0.65179	0.786	0.94726	0.977	0.11804	0.315	0.24212	0.459	0.32481	0.535	0.067499	0.226
6p loss	46 (16%)	249	0.01278	0.0754	0.03947	0.165	0.49423	0.68	0.31655	0.53	0.18947	0.405	0.0408	0.168	0.52359	0.707	0.16809	0.378	0.4265	0.622	0.094609	0.277
6q loss	74 (25%)	221	0.00018	0.0041	0.02344	0.113	0.42241	0.62	0.60232	0.756	0.23041	0.45	0.0302	0.135	0.14781	0.355	0.03623	0.154	0.22288	0.443	0.16946	0.378
7p loss	26 (9%)	269	0.384	0.584	0.0086199	0.0579	0.73671	0.852	0.096179	0.281	0.059209	0.211	0.24961	0.466	0.1259	0.328	0.82598	0.902	0.27793	0.491	0.27535	0.49
7q loss	36 (12%)	259	0.595	0.751	0.04162	0.17	0.19691	0.416	0.073449	0.239	0.45293	0.644	0.16429	0.378	0.098369	0.282	0.2044	0.422	0.14054	0.345	0.18776	0.403
8p loss	82 (28%)	213	9.9999e-06	0.000482	0.94443	0.977	0.88238	0.944	0.22202	0.443	0.01641	0.0897	0.30799	0.523	0.02033	0.103	0.04388	0.175	0.0068499	0.0497	0.39535	0.594
8q loss	25 (8%)	270	0.00156	0.0189	9.9999e-06	0.000482	0.66888	0.799	0.074999	0.242	7.9999e-05	0.00205	3e-05	0.00102	0.0072099	0.0514	5e-05	0.00132	0.0060699	0.0457	0.0082499	0.0564
9p loss	53 (18%)	242	0.0013	0.0172	0.79373	0.883	0.081999	0.257	0.48161	0.672	0.47373	0.665	0.60442	0.758	0.92641	0.972	0.87251	0.936	0.28224	0.497	0.8587	0.93
9q loss	48 (16%)	247	0.01473	0.0827	0.089139	0.269	0.22537	0.443	0.49509	0.68	0.13618	0.342	0.086279	0.265	0.37725	0.584	0.53558	0.716	0.01072	0.0686	0.38497	0.585
10p loss	66 (22%)	229	0.00271	0.0258	0.42758	0.622	0.74507	0.856	0.97405	0.989	0.41859	0.616	0.5296	0.712	0.6308	0.774	0.60096	0.756	0.32073	0.532	0.133	0.337
10q loss	73 (25%)	222	0.00401	0.0352	0.4233	0.62	0.92	0.968	0.90048	0.955	0.19788	0.417	0.20791	0.425	0.51018	0.696	0.25069	0.466	0.23483	0.453	0.1271	0.328
11p loss	100 (34%)	195	9.9999e-06	0.000482	0.33527	0.541	0.02555	0.12	0.02636	0.123	0.03422	0.148	0.086569	0.265	0.46581	0.659	0.062219	0.216	0.66927	0.799	0.02042	0.103
11q loss	115 (39%)	180	9.9999e-06	0.000482	0.2868	0.501	0.15006	0.359	0.29037	0.504	0.050109	0.188	0.088859	0.269	0.29788	0.514	0.0080299	0.0553	0.42435	0.62	0.070899	0.232
12p loss	40 (14%)	255	0.88312	0.944	0.084449	0.263	0.49278	0.679	0.00085999	0.0136	0.13685	0.342	0.48888	0.676	0.31633	0.53	0.80118	0.887	0.17228	0.381	0.39703	0.595
12q loss	15 (5%)	280	0.72437	0.84	0.0184	0.0949	0.74336	0.855	0.80628	0.889	0.64898	0.786	0.41387	0.611	0.20352	0.422	0.53779	0.716	0.26164	0.478	0.65435	0.788
13q loss	80 (27%)	215	9.9999e-06	0.000482	0.24595	0.463	0.97342	0.989	0.17917	0.39	0.01372	0.0781	0.02725	0.126	0.01784	0.0941	0.00193	0.022	0.18216	0.393	0.0456	0.178
14q loss	35 (12%)	260	0.37268	0.582	0.097309	0.281	0.30305	0.519	0.089969	0.269	0.062589	0.216	0.13852	0.343	0.94675	0.977	0.097789	0.281	0.19415	0.412	0.15082	0.36
15q loss	47 (16%)	248	0.04997	0.188	0.97945	0.993	0.91646	0.966	0.68252	0.809	0.16473	0.378	0.59118	0.748	0.16743	0.378	0.5096	0.696	0.15471	0.362	0.38403	0.584
16p loss	32 (11%)	263	0.10505	0.294	0.64224	0.783	0.6268	0.773	0.61737	0.769	0.04273	0.173	0.36428	0.573	0.27629	0.49	0.01125	0.0699	0.15279	0.361	0.50363	0.689
16q loss	43 (15%)	252	0.24244	0.459	0.0079299	0.0551	0.73899	0.853	0.17581	0.385	0.00491	0.0396	0.00249	0.0251	0.01079	0.0686	0.00251	0.0251	0.0404	0.167	0.00043	0.00801
17p loss	94 (32%)	201	0.00432	0.037	0.033	0.145	0.04803	0.183	0.59126	0.748	0.10263	0.289	0.052689	0.194	0.11848	0.315	0.076759	0.245	0.25223	0.466	0.58143	0.746
17q loss	34 (12%)	261	0.0135	0.078	0.02078	0.103	0.0073299	0.0518	0.39349	0.593	0.060509	0.214	0.2828	0.497	0.10174	0.288	0.3403	0.547	0.73931	0.853	0.698	0.82
18p loss	54 (18%)	241	0.47832	0.668	0.063629	0.217	0.96558	0.987	0.1696	0.378	0.01511	0.0843	0.065239	0.221	0.31103	0.526	0.062549	0.216	0.23377	0.452	0.00014	0.00328
18q loss	73 (25%)	222	0.00104	0.0155	0.0095699	0.0633	0.44966	0.641	0.20423	0.422	4e-05	0.00113	0.00103	0.0155	0.11085	0.301	0.00027	0.00553	0.01733	0.0935	2e-05	0.000745
19p loss	60 (20%)	235	9.9999e-06	0.000482	0.56881	0.739	0.7063	0.824	0.12184	0.32	0.00039	0.00744	0.00142	0.0182	0.1008	0.286	0.00055999	0.00957	0.04418	0.175	0.099819	0.284
19q loss	30 (10%)	265	0.00312	0.0287	0.10638	0.296	0.37875	0.584	0.63009	0.774	0.22858	0.448	0.29187	0.505	0.47599	0.667	0.10704	0.297	0.17926	0.39	0.23912	0.459
20p loss	22 (7%)	273	0.95395	0.978	0.92229	0.97	0.15213	0.361	0.92714	0.972	0.01797	0.0941	0.091479	0.272	0.062759	0.216	0.16837	0.378	0.00463	0.0383	0.00441	0.037
20q loss	12 (4%)	283	0.1481	0.355	0.86668	0.935	0.5365	0.716	0.59059	0.748	0.26794	0.484	0.096869	0.281	1	1	0.48722	0.676	1	1	0.32212	0.534
21q loss	49 (17%)	246	0.00060999	0.01	0.24435	0.462	0.60641	0.759	0.02431	0.117	0.0087899	0.0586	0.00442	0.037	0.45979	0.652	0.02688	0.125	0.12977	0.33	0.23387	0.452
22q loss	71 (24%)	224	0.00403	0.0352	0.63308	0.776	0.30236	0.519	0.11666	0.314	0.2249	0.443	0.01974	0.101	0.95364	0.978	0.2086	0.425	0.38891	0.588	0.43457	0.626
xp loss	65 (22%)	230	0.088569	0.269	0.065939	0.223	0.52939	0.712	0.70528	0.824	0.26859	0.484	0.62373	0.773	0.00243	0.0249	0.19523	0.414	0.064629	0.22	0.01164	0.0707
xq loss	58 (20%)	237	0.26622	0.482	0.10398	0.292	0.54684	0.724	0.67939	0.806	0.25179	0.466	1	1	0.075829	0.244	0.9538	0.978	0.25892	0.474	0.32284	0.534
