		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1p34.2	40 (22%)	144	0.1501	0.254	0.82391	0.862	0.0090499	0.0384	0.25562	0.373	0.1135	0.21	0.68288	0.764	0.01354	0.0498	0.32023	0.435	0.76444	0.826	0.71282	0.788
amp_1q23.3	93 (51%)	91	0.00018	0.00168	2e-05	0.000283	0.83201	0.867	0.64639	0.737	0.01138	0.0446	0.80745	0.855	0.37075	0.483	0.84333	0.876	0.0204	0.0659	0.93767	0.952
amp_1q42.3	96 (52%)	88	9.9999e-06	2e-04	9.9999e-06	2e-04	0.89833	0.918	0.41266	0.525	0.03081	0.0843	0.73653	0.807	0.45426	0.565	0.28148	0.399	0.18106	0.292	0.67494	0.759
amp_2q14.2	60 (33%)	124	0.04934	0.118	0.0054699	0.0255	0.3143	0.43	0.30597	0.422	0.24408	0.362	0.053379	0.124	0.58242	0.68	0.20973	0.323	0.39353	0.507	0.19827	0.31
amp_2q31.1	60 (33%)	124	0.0055399	0.0257	8.9999e-05	0.000946	0.69445	0.774	0.23329	0.348	0.1887	0.3	0.03679	0.0952	0.97153	0.98	0.26888	0.388	0.16827	0.278	0.54742	0.651
amp_3q26.2	128 (70%)	56	9.9999e-06	2e-04	9.9999e-06	2e-04	0.086199	0.172	0.00060999	0.00451	2e-05	0.000283	9.9999e-06	2e-04	0.00484	0.0233	2e-05	0.000283	9.9999e-06	2e-04	5e-05	0.000594
amp_4q13.3	36 (20%)	148	0.03409	0.0899	0.48718	0.594	0.23263	0.347	0.03393	0.0897	0.14248	0.247	0.17751	0.289	0.43827	0.55	0.068549	0.149	0.23915	0.356	0.091389	0.179
amp_5p15.33	98 (53%)	86	9.9999e-06	2e-04	7.9999e-05	0.000863	0.4442	0.554	0.28319	0.4	0.03128	0.0847	0.00078999	0.00544	0.081259	0.165	0.00417	0.0212	0.00446	0.022	0.00133	0.0082
amp_6p21.1	69 (38%)	115	0.14987	0.254	0.03724	0.0957	0.18115	0.292	0.20373	0.316	0.097709	0.189	0.03094	0.0843	0.00274	0.0152	0.00211	0.0124	0.00287	0.0157	0.00249	0.014
amp_6q23.3	42 (23%)	142	0.16979	0.28	0.04868	0.117	0.005	0.0237	0.0056599	0.0261	0.17931	0.29	0.071729	0.154	0.01331	0.0494	0.03094	0.0843	0.00477	0.0233	0.01802	0.0606
amp_7p11.2	125 (68%)	59	0.092349	0.18	0.03078	0.0843	0.99795	1	0.74967	0.815	0.01868	0.0618	0.11537	0.213	0.44178	0.553	0.32478	0.439	0.81505	0.858	0.17013	0.28
amp_7q21.2	114 (62%)	70	0.01429	0.0518	0.33354	0.448	0.52959	0.633	0.91737	0.935	0.47954	0.59	0.81696	0.858	0.33831	0.451	0.60572	0.699	0.84594	0.878	0.28049	0.398
amp_8p23.1	52 (28%)	132	0.00029	0.0024	0.0085599	0.0367	0.79038	0.845	0.17643	0.288	0.02936	0.0818	7.9999e-05	0.000863	0.0064399	0.029	0.01409	0.0513	0.00091999	0.00608	0.0021	0.0124
amp_8p11.21	86 (47%)	98	0.74216	0.813	0.48002	0.59	0.76276	0.825	0.75058	0.815	0.089639	0.178	0.079579	0.164	0.04172	0.104	0.91928	0.935	0.80568	0.855	0.62056	0.713
amp_8q24.21	145 (79%)	39	0.11729	0.216	0.081569	0.165	0.01711	0.0583	0.062449	0.138	0.37325	0.484	0.1129	0.209	0.78486	0.841	0.099099	0.19	0.18867	0.3	0.31995	0.435
amp_9p13.3	40 (22%)	144	0.00345	0.018	0.10516	0.199	0.87063	0.897	0.78357	0.841	0.02416	0.0734	0.68247	0.764	0.10796	0.203	0.13177	0.232	0.2134	0.325	0.6094	0.702
amp_9q34.3	64 (35%)	120	0.00101	0.00652	0.58401	0.68	0.21237	0.324	0.0244	0.0738	0.02919	0.0817	0.7112	0.788	0.081389	0.165	0.11013	0.206	0.055179	0.126	0.33142	0.446
amp_11p13	52 (28%)	132	0.052459	0.123	0.12633	0.228	0.8872	0.908	0.64703	0.737	0.30574	0.422	0.33092	0.446	0.20208	0.314	0.12675	0.228	0.39507	0.508	0.2125	0.324
amp_11p13	50 (27%)	134	0.00243	0.0138	0.1787	0.29	0.66257	0.75	0.42909	0.542	0.55583	0.659	1	1	0.70725	0.786	0.71175	0.788	0.59008	0.686	0.84852	0.88
amp_11q13.3	104 (57%)	80	2e-05	0.000283	0.01584	0.055	0.0061199	0.0278	0.01318	0.0493	0.01545	0.0545	0.00095999	0.00625	0.10916	0.204	0.00134	0.0082	0.21052	0.323	0.00324	0.017
amp_12p12.1	79 (43%)	105	0.00087999	0.00587	0.14156	0.246	0.2457	0.363	0.55991	0.662	0.01734	0.0585	0.02912	0.0817	0.23208	0.347	0.083939	0.168	0.086709	0.172	0.11988	0.22
amp_12q15	51 (28%)	133	0.13138	0.232	0.68449	0.765	0.40023	0.512	0.80938	0.856	0.32147	0.436	0.91736	0.935	0.56404	0.663	0.59803	0.692	0.22505	0.339	0.46801	0.579
amp_13q22.1	65 (35%)	119	0.00104	0.00666	0.03749	0.0961	0.98293	0.989	0.18973	0.301	0.20293	0.315	0.00106	0.00669	0.0172	0.0583	0.00238	0.0136	0.01218	0.0469	0.00026	0.00227
amp_14q21.1	61 (33%)	123	0.005	0.0237	0.12875	0.23	0.073349	0.156	0.22937	0.344	0.18305	0.293	0.00281	0.0155	0.10011	0.192	0.00407	0.0209	0.0070299	0.0312	0.01473	0.053
amp_15q26.1	58 (32%)	126	0.00059999	0.00451	0.27625	0.394	0.26467	0.383	0.04461	0.11	0.01066	0.0426	0.01521	0.054	0.12471	0.226	0.04327	0.108	0.02525	0.0747	0.01569	0.0547
amp_17q12	75 (41%)	109	0.02473	0.0743	0.0013	0.00808	0.35459	0.466	0.53881	0.642	0.02226	0.0694	0.00296	0.0161	0.01396	0.0511	0.02007	0.0656	0.02134	0.0676	0.00146	0.0088
amp_18p11.32	69 (38%)	115	0.061759	0.138	0.27492	0.394	0.74568	0.815	0.46765	0.579	0.04388	0.108	0.17461	0.285	0.060469	0.136	0.5624	0.663	0.25883	0.376	0.293	0.409
amp_18q11.2	59 (32%)	125	0.03352	0.0892	0.0398	0.1	0.080439	0.165	0.14106	0.246	0.14464	0.25	0.00491	0.0235	0.00305	0.0162	0.0090899	0.0384	0.02815	0.0799	0.00052999	0.00402
amp_19q12	55 (30%)	129	0.060219	0.136	0.076439	0.161	0.52296	0.629	0.23088	0.346	0.04798	0.116	0.16448	0.274	0.04059	0.102	0.32298	0.438	0.17775	0.289	0.10712	0.202
amp_xq28	69 (38%)	115	0.01821	0.0609	0.43979	0.551	0.26997	0.389	0.53949	0.642	0.04782	0.116	0.02694	0.0781	0.41064	0.524	0.00235	0.0136	0.28663	0.402	3e-04	0.00244
del_1p36.11	75 (41%)	109	5.9999e-05	0.000693	9.9999e-06	2e-04	0.96824	0.978	0.92603	0.941	2e-05	0.000283	0.02354	0.0726	0.18566	0.296	0.02372	0.0727	0.03876	0.0984	0.03368	0.0894
del_1p13.2	64 (35%)	120	0.00022	0.00196	0.00027	0.00231	0.48645	0.594	0.56814	0.666	9.9999e-05	0.00104	0.59498	0.69	0.82978	0.866	0.10441	0.198	0.075079	0.158	0.52724	0.633
del_1q44	17 (9%)	167	0.94319	0.955	0.76728	0.827	0.052959	0.123	0.30674	0.422	0.79713	0.849	0.61231	0.704	0.48907	0.594	0.64413	0.736	0.79519	0.848	0.21852	0.331
del_2q22.1	59 (32%)	125	4e-05	0.000505	2e-05	0.000283	0.13524	0.236	0.00259	0.0144	9.9999e-06	2e-04	9.9999e-06	2e-04	2e-05	0.000283	9.9999e-06	2e-04	4e-05	0.000505	2e-05	0.000283
del_2q33.3	36 (20%)	148	0.155	0.26	0.15558	0.26	0.12246	0.222	0.19317	0.305	0.04988	0.119	0.02704	0.0781	0.03266	0.0877	0.070639	0.152	0.15355	0.259	0.03142	0.0848
del_3p26.2	111 (60%)	73	9.9999e-06	2e-04	3e-05	0.000397	0.1124	0.209	0.051039	0.12	0.00044	0.00337	5e-05	0.000594	0.02055	0.0661	0.00018	0.00168	0.01627	0.0563	0.00032	0.00255
del_3p14.3	126 (68%)	58	9.9999e-06	2e-04	9.9999e-06	2e-04	0.053119	0.123	0.060609	0.136	0.00028	0.00234	9.9999e-06	2e-04	0.00348	0.0181	2e-05	0.000283	2e-05	0.000283	9.9999e-06	2e-04
del_3p14.2	125 (68%)	59	9.9999e-06	2e-04	9.9999e-06	2e-04	0.21005	0.323	0.10282	0.196	0.00074999	0.00526	9.9999e-06	2e-04	0.01086	0.0432	9.9999e-06	2e-04	0.00012	0.0012	2e-05	0.000283
del_3q11.1	33 (18%)	151	0.81861	0.858	0.81617	0.858	0.56909	0.666	0.85905	0.889	0.080729	0.165	0.82101	0.86	0.15914	0.265	0.79259	0.846	0.35915	0.47	0.56437	0.663
del_3q26.31	16 (9%)	168	0.00024	0.00212	0.01271	0.0483	0.01129	0.0446	0.0096199	0.0396	0.01509	0.054	0.00013	0.00125	0.02716	0.0781	0.00032	0.00255	0.00147	0.0088	0.00013	0.00125
del_4p15.2	106 (58%)	78	0.02797	0.0796	0.0085899	0.0367	0.28446	0.401	0.94115	0.954	0.068239	0.149	0.47469	0.586	0.42773	0.541	0.74887	0.815	0.051339	0.121	0.47844	0.59
del_4q22.1	105 (57%)	79	3e-05	0.000397	0.01253	0.048	0.66537	0.75	0.95504	0.966	0.00484	0.0233	0.01192	0.0461	0.03764	0.0962	0.074429	0.158	0.0085599	0.0367	0.0098099	0.0399
del_4q34.3	99 (54%)	85	5e-05	0.000594	0.00245	0.0139	0.2648	0.383	0.88701	0.908	0.03329	0.0889	0.00105	0.00667	0.03271	0.0877	0.00323	0.017	0.0053399	0.025	0.00060999	0.00451
del_5q12.1	112 (61%)	72	0.00027	0.00231	0.00011	0.00113	0.81091	0.856	0.63749	0.731	0.01279	0.0483	0.4982	0.603	0.094749	0.184	0.02384	0.0727	0.37336	0.484	0.2081	0.321
del_6p25.3	74 (40%)	110	0.0098199	0.0399	0.066259	0.145	0.80633	0.855	0.43426	0.548	0.081339	0.165	0.33527	0.448	0.14712	0.252	0.02108	0.0673	0.25312	0.371	0.079249	0.164
del_6q16.3	55 (30%)	129	0.03465	0.0905	0.12054	0.22	0.39694	0.509	0.55561	0.659	0.04411	0.109	0.60303	0.696	0.34098	0.453	0.51044	0.616	0.25652	0.374	0.55669	0.659
del_6q26	50 (27%)	134	0.14846	0.253	0.19116	0.303	0.15297	0.258	0.29404	0.41	0.057409	0.13	0.19794	0.31	0.63956	0.731	0.72969	0.801	0.66516	0.75	0.29818	0.414
del_7q31.1	56 (30%)	128	0.12145	0.221	0.00238	0.0136	0.20185	0.314	0.76245	0.825	0.02537	0.0747	0.45926	0.571	0.70362	0.783	0.096099	0.186	0.11132	0.207	0.054789	0.126
del_7q36.3	67 (36%)	117	0.43779	0.55	0.02833	0.0801	0.78606	0.841	0.71739	0.791	0.00299	0.0161	0.22638	0.341	0.30618	0.422	0.14935	0.254	0.35327	0.465	0.46672	0.579
del_8p23.2	92 (50%)	92	0.00061999	0.00454	0.02325	0.0719	0.63898	0.731	0.00304	0.0162	0.061949	0.138	0.0232	0.0719	0.0084099	0.0365	0.055699	0.127	0.02008	0.0656	0.064089	0.142
del_8p12	75 (41%)	109	0.0076699	0.0336	0.28512	0.401	0.81095	0.856	0.48478	0.593	0.99667	1	0.13449	0.236	0.83544	0.869	0.8023	0.853	0.56078	0.662	0.59713	0.692
del_9p23	108 (59%)	76	0.01683	0.058	0.21555	0.328	0.36747	0.479	0.71219	0.788	0.0304	0.0839	0.02379	0.0727	0.27529	0.394	0.72634	0.798	0.98105	0.988	0.66772	0.752
del_9p21.3	141 (77%)	43	9.9999e-06	2e-04	0.03465	0.0905	0.82704	0.864	0.20978	0.323	0.15862	0.265	0.0208	0.0666	0.5287	0.633	0.10303	0.196	0.21767	0.331	0.098879	0.19
del_10p15.3	54 (29%)	130	0.00070999	0.00511	0.19942	0.311	0.03026	0.0838	0.1694	0.279	0.077369	0.162	0.02519	0.0747	0.03595	0.0934	0.01135	0.0446	0.12988	0.231	0.079849	0.165
del_10p11.21	52 (28%)	132	9.9999e-06	2e-04	0.00022	0.00196	0.0059399	0.0272	0.03107	0.0844	0.00043	0.00333	9.9999e-06	2e-04	8.9999e-05	0.000946	3e-05	0.000397	0.00092999	0.0061	3e-05	0.000397
del_10q21.1	46 (25%)	138	0.00446	0.022	0.036	0.0934	0.40796	0.521	0.35033	0.462	0.090999	0.179	0.065459	0.144	0.38191	0.494	0.056959	0.129	0.18143	0.292	0.050209	0.119
del_10q23.31	65 (35%)	119	0.03438	0.0904	0.076539	0.161	0.45422	0.565	0.090289	0.178	0.36255	0.473	0.28717	0.402	0.86312	0.891	0.27848	0.396	0.48313	0.593	0.24827	0.365
del_11p15.4	79 (43%)	105	0.01022	0.0413	0.18189	0.292	0.68061	0.764	0.48447	0.593	0.21886	0.331	0.36146	0.473	0.51685	0.622	0.1846	0.295	0.71802	0.791	0.2456	0.363
del_11q25	81 (44%)	103	2e-05	0.000283	0.04526	0.11	0.4889	0.594	0.26167	0.38	0.28734	0.402	0.04931	0.118	0.16583	0.275	0.081609	0.165	0.082679	0.167	0.065409	0.144
del_12q23.1	52 (28%)	132	0.27574	0.394	0.33521	0.448	0.31411	0.43	0.4139	0.525	0.27729	0.395	0.10097	0.193	0.33516	0.448	0.19389	0.306	0.14541	0.25	0.01329	0.0494
del_13q12.11	76 (41%)	108	0.00013	0.00125	0.00083999	0.00565	0.20635	0.319	0.03813	0.0971	0.01717	0.0583	0.00381	0.0196	0.01168	0.0454	0.0097199	0.0399	0.02171	0.068	0.01167	0.0454
del_13q14.2	74 (40%)	110	0.00080999	0.00549	0.0091699	0.0384	0.3392	0.452	0.13089	0.232	0.01722	0.0583	0.0213	0.0676	0.12892	0.23	0.02472	0.0743	0.01454	0.0525	0.0155	0.0545
del_13q21.31	69 (38%)	115	0.0050399	0.0238	0.15446	0.26	0.66275	0.75	0.64761	0.737	0.04817	0.116	0.11488	0.212	0.44215	0.553	0.13373	0.235	0.072709	0.155	0.090759	0.179
del_14q23.3	51 (28%)	133	9.9999e-06	2e-04	0.02509	0.0747	0.051069	0.12	0.02486	0.0744	0.00435	0.0219	0.04376	0.108	0.10781	0.203	0.01314	0.0493	0.074779	0.158	0.00458	0.0225
del_15q11.2	63 (34%)	121	0.03902	0.0988	0.12038	0.22	0.81661	0.858	0.41691	0.528	0.058989	0.133	0.24242	0.36	0.59368	0.69	0.02041	0.0659	0.74758	0.815	0.0184	0.0613
del_16p13.3	65 (35%)	119	2e-05	0.000283	3e-04	0.00244	0.37879	0.491	0.29564	0.412	9.9999e-06	2e-04	7.9999e-05	0.000863	0.00028	0.00234	9.9999e-06	2e-04	6.9999e-05	0.000786	2e-05	0.000283
del_16q23.1	84 (46%)	100	9.9999e-06	2e-04	9.9999e-06	2e-04	0.070589	0.152	0.03954	0.0998	9.9999e-06	2e-04	9.9999e-06	2e-04	6.9999e-05	0.000786	9.9999e-06	2e-04	9.9999e-06	2e-04	9.9999e-06	2e-04
del_17p12	86 (47%)	98	9.9999e-06	2e-04	9.9999e-06	2e-04	0.097779	0.189	0.25255	0.37	0.00012	0.0012	2e-05	0.000283	0.00038	0.003	4e-05	0.000505	0.01274	0.0483	9.9999e-06	2e-04
del_17q25.3	41 (22%)	143	0.28438	0.401	0.14869	0.253	0.91838	0.935	0.66179	0.75	0.34763	0.461	1	1	0.29911	0.415	0.53939	0.642	0.12855	0.23	0.30736	0.422
del_18p11.23	60 (33%)	124	2e-04	0.00182	0.085039	0.17	0.39889	0.511	0.76591	0.826	0.078559	0.164	0.02943	0.0818	0.02725	0.0781	0.13674	0.239	0.068779	0.149	0.04094	0.102
del_18q12.2	111 (60%)	73	0.00019	0.00175	0.045	0.11	0.51235	0.618	0.58408	0.68	0.01881	0.0619	0.072769	0.155	0.0091699	0.0384	0.00064999	0.00472	0.067489	0.148	0.00017	0.00162
del_18q21.2	119 (65%)	65	5e-05	0.000594	0.0094499	0.0393	0.35493	0.466	0.65043	0.739	0.00076999	0.00535	0.0095699	0.0396	5.9999e-05	0.000693	0.00203	0.0121	0.02174	0.068	0.00147	0.0088
del_18q22.3	112 (61%)	72	0.00424	0.0215	0.081979	0.166	0.8751	0.899	0.8664	0.894	0.084509	0.169	0.13383	0.235	0.02695	0.0781	0.0080299	0.035	0.072119	0.154	0.02732	0.0781
del_19p13.3	94 (51%)	90	0.00074999	0.00526	0.0064699	0.029	0.27477	0.394	0.9872	0.992	0.01846	0.0613	0.34893	0.462	0.1486	0.253	0.01345	0.0497	0.069039	0.149	0.0061299	0.0278
del_20p12.1	33 (18%)	151	0.03705	0.0955	0.50733	0.614	0.079469	0.164	0.87323	0.898	0.02172	0.068	0.0070399	0.0312	0.27592	0.394	0.04963	0.118	0.68192	0.764	0.02868	0.0808
del_21q21.1	107 (58%)	77	0.02633	0.0769	0.053629	0.124	0.39331	0.507	0.12914	0.23	0.25238	0.37	0.12706	0.228	0.3493	0.462	0.17378	0.284	0.21847	0.331	0.061979	0.138
del_21q22.12	108 (59%)	76	0.051799	0.121	0.01516	0.054	0.48681	0.594	0.25399	0.371	0.12071	0.22	0.16694	0.277	0.091339	0.179	0.3276	0.443	0.19782	0.31	0.17343	0.284
del_22q11.1	79 (43%)	105	9.9999e-06	2e-04	2e-05	0.000283	0.00043	0.00333	0.0044	0.022	9.9999e-06	2e-04	9.9999e-06	2e-04	0.00111	0.00695	9.9999e-06	2e-04	9.9999e-06	2e-04	2e-05	0.000283
del_xp21.1	70 (38%)	114	0.00074999	0.00526	0.091649	0.179	0.083629	0.168	0.52894	0.633	0.01043	0.0419	0.14552	0.25	0.31863	0.435	0.13019	0.231	0.14394	0.249	0.02636	0.0769
del_xp11.3	75 (41%)	109	0.00079999	0.00547	0.079239	0.164	0.41158	0.524	0.86216	0.891	0.0449	0.11	0.01565	0.0547	0.10553	0.199	0.02542	0.0747	0.055669	0.127	0.0072599	0.032
del_xq11.2	43 (23%)	141	0.43535	0.548	0.38905	0.502	0.78239	0.841	0.74964	0.815	0.77815	0.837	0.72049	0.793	0.49157	0.596	0.15163	0.256	0.19784	0.31	0.76223	0.825
del_xq21.33	41 (22%)	143	0.69383	0.774	0.24707	0.364	0.30726	0.422	0.88678	0.908	0.054939	0.126	0.35023	0.462	0.31804	0.435	0.02034	0.0659	0.5662	0.664	0.3382	0.451
