		Clinical Features	MRNA_CNMF		MRNA_CHIERARCHICAL		MIR_CNMF		MIR_CHIERARCHICAL		CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1p36.21	92 (16%)	485	0.32369	0.485	0.42898	0.58	0.35852	0.52	0.11473	0.228	0.00013	0.00085	0.78297	0.863	0.082479	0.185	0.17062	0.312	0.00302	0.0135	0.01927	0.0612
amp_1q32.1	160 (28%)	417	0.78268	0.863	0.062139	0.153	0.28929	0.445	0.14744	0.277	0.0057599	0.0225	0.097699	0.206	0.10683	0.219	0.33885	0.503	0.46879	0.615	0.088999	0.195
amp_1q44	99 (17%)	478	0.12933	0.253	0.62272	0.747	0.35574	0.519	0.30742	0.466	2e-05	0.00016	0.23366	0.387	0.0191	0.0611	0.21721	0.372	0.96114	0.984	0.55228	0.69
amp_2p24.3	49 (8%)	528	0.065639	0.16	0.01679	0.056	0.586	0.719	0.97974	0.994	0.20094	0.352	0.01862	0.0609	0.28182	0.438	0.03328	0.0971	1	1	0.62552	0.748
amp_3q26.33	111 (19%)	466	0.00321	0.0142	0.21089	0.362	0.3161	0.477	0.055549	0.141	0.00039	0.00229	0.03763	0.106	0.10388	0.217	0.92543	0.965	0.25048	0.406	0.69842	0.811
amp_4p16.3	48 (8%)	529	0.22276	0.376	0.72435	0.825	0.70751	0.818	0.082319	0.185	0.96212	0.984	0.75752	0.848	0.4154	0.572	0.75311	0.846	1	1	1	1
amp_4q12	108 (19%)	469	0.00017	0.00107	0.00332	0.0145	0.58753	0.72	0.47182	0.617	0.02196	0.0685	0.01166	0.0402	0.067479	0.161	0.43455	0.582	0.14893	0.279	0.4157	0.572
amp_7p11.2	507 (88%)	70	9.9999e-06	9.71e-05	9.9999e-06	9.71e-05	9.9999e-06	9.71e-05	9.9999e-06	9.71e-05	9.9999e-06	9.71e-05	9.9999e-06	9.71e-05	0.00084999	0.00459	2e-05	0.00016	9.9999e-06	9.71e-05	9.9999e-06	9.71e-05
amp_7q11.21	464 (80%)	113	9.9999e-06	9.71e-05	9.9999e-06	9.71e-05	9.9999e-06	9.71e-05	2e-05	0.00016	9.9999e-06	9.71e-05	9.9999e-06	9.71e-05	0.02573	0.0788	0.0055599	0.0221	0.0049	0.0201	3e-05	0.000227
amp_7q21.2	480 (83%)	97	9.9999e-05	0.000687	9.9999e-06	9.71e-05	0.058819	0.147	9.9999e-05	0.000687	9.9999e-06	9.71e-05	0.00015	0.000953	0.086109	0.191	0.00328	0.0144	0.080989	0.184	0.00238	0.0109
amp_7q31.2	473 (82%)	104	0.00199	0.00933	2e-05	0.00016	0.01914	0.0611	0.0057099	0.0224	2e-05	0.00016	0.04055	0.111	0.3523	0.515	0.0051899	0.021	0.48187	0.625	0.0098999	0.0361
amp_8q24.21	69 (12%)	508	9.9999e-06	9.71e-05	9.9999e-06	9.71e-05	0.02064	0.065	0.23724	0.391	0.01215	0.0417	0.00139	0.00695	0.03474	0.101	0.02421	0.0745	0.060689	0.15	0.25815	0.412
amp_11p13	31 (5%)	546	0.811	0.879	0.34964	0.512	0.5328	0.676	0.24758	0.405	0.42195	0.577	0.68298	0.798	0.19352	0.341	1	1	1	1	0.8876	0.934
amp_12p13.32	84 (15%)	493	0.76407	0.853	0.38245	0.541	0.44428	0.589	0.43195	0.58	0.10734	0.219	0.76642	0.854	0.52905	0.673	0.27633	0.435	0.35726	0.52	0.54642	0.686
amp_12q14.1	134 (23%)	443	0.11269	0.227	0.14687	0.277	0.0099399	0.0361	0.088499	0.195	0.00287	0.0129	0.59663	0.729	0.27566	0.435	0.14555	0.276	0.062049	0.153	0.13917	0.267
amp_12q15	93 (16%)	484	0.67519	0.79	0.31523	0.476	0.47668	0.622	0.27878	0.436	0.077649	0.18	0.85506	0.911	0.57836	0.712	0.32508	0.486	0.37659	0.536	0.90013	0.945
amp_13q34	32 (6%)	545	0.23418	0.387	0.20334	0.354	0.068269	0.162	0.48048	0.625	0.065759	0.16	0.52783	0.673	0.04097	0.111	0.10439	0.217	0.76894	0.856	0.80426	0.875
amp_13q34	30 (5%)	547	0.27762	0.435	0.20893	0.361	0.30474	0.464	0.78753	0.865	0.072779	0.172	0.86916	0.921	0.14662	0.277	0.18571	0.331	0.7473	0.843	0.79213	0.868
amp_14q32.33	36 (6%)	541	0.075099	0.175	0.65746	0.779	0.0386	0.108	0.91971	0.961	0.091199	0.198	0.34711	0.51	0.17385	0.316	0.052719	0.137	0.02821	0.0838	0.066449	0.161
amp_17p13.2	51 (9%)	526	0.00183	0.0087	0.01384	0.0466	0.03972	0.11	0.11129	0.226	0.066809	0.161	0.04409	0.117	0.0061199	0.0236	0.48897	0.631	0.43966	0.586	0.56867	0.705
amp_17q25.1	84 (15%)	493	0.02795	0.0834	0.25525	0.409	0.1588	0.294	0.73113	0.831	0.0052699	0.0211	0.082459	0.185	0.069639	0.165	0.2545	0.409	0.90508	0.947	0.69164	0.805
amp_19p13.3	246 (43%)	331	9.9999e-06	9.71e-05	3e-05	0.000227	0.03992	0.11	0.00277	0.0126	9.9999e-06	9.71e-05	9.9999e-06	9.71e-05	0.2216	0.375	0.00011	0.000733	0.72404	0.825	0.97069	0.991
amp_19q12	216 (37%)	361	9.9999e-06	9.71e-05	9.9999e-06	9.71e-05	0.37875	0.538	0.0043	0.018	9.9999e-06	9.71e-05	9.9999e-06	9.71e-05	0.4853	0.629	0.00139	0.00695	0.054729	0.141	0.17011	0.312
amp_21q21.1	70 (12%)	507	0.01137	0.0394	0.059149	0.147	0.02624	0.08	0.0072399	0.0272	0.074349	0.174	0.04254	0.114	0.093509	0.201	0.71332	0.819	0.10322	0.216	0.40873	0.568
del_1p36.32	100 (17%)	477	0.80042	0.873	0.71256	0.819	0.58053	0.714	0.17313	0.316	0.37525	0.536	0.2823	0.438	0.62321	0.747	0.14096	0.268	0.1807	0.325	0.57691	0.712
del_1p36.23	135 (23%)	442	0.02	0.0633	0.22663	0.38	0.77589	0.861	0.62362	0.747	0.03516	0.101	0.56915	0.705	0.74162	0.84	0.22498	0.378	0.0055999	0.0221	0.074009	0.174
del_1p32.3	61 (11%)	516	0.36002	0.521	0.36609	0.525	0.59851	0.729	0.15783	0.293	0.41359	0.572	0.71628	0.82	0.85681	0.912	0.75405	0.846	0.73399	0.833	0.10624	0.219
del_1p22.1	48 (8%)	529	0.97577	0.992	0.55308	0.69	0.9571	0.982	0.00486	0.0201	0.067319	0.161	0.02719	0.0814	0.36518	0.525	0.60575	0.732	0.64225	0.765	0.31764	0.478
del_1q42.11	51 (9%)	526	0.23265	0.387	0.82422	0.888	0.45667	0.603	0.28566	0.441	0.19519	0.343	0.77516	0.861	0.90265	0.946	0.0067499	0.0256	0.42906	0.58	0.19155	0.339
del_1q44	35 (6%)	542	0.84619	0.905	0.47213	0.617	0.71143	0.819	0.24647	0.405	0.56014	0.698	0.69053	0.805	0.8007	0.873	0.34664	0.51	0.52949	0.673	0.3221	0.484
del_2q22.1	47 (8%)	530	0.00035	0.00211	0.0287	0.0849	0.60908	0.734	0.54681	0.686	0.00174	0.00839	0.15559	0.29	0.091109	0.198	0.81144	0.879	0.21787	0.372	0.43068	0.58
del_2q37.1	55 (10%)	522	0.01756	0.058	0.0061899	0.0238	0.54764	0.686	0.82295	0.888	0.079609	0.183	0.11399	0.228	0.13567	0.263	0.52871	0.673	0.21837	0.372	0.053509	0.138
del_3p21.1	54 (9%)	523	0.24863	0.405	0.13462	0.262	0.66898	0.786	0.39299	0.551	0.00423	0.0179	0.37955	0.538	0.080139	0.183	0.7153	0.82	0.46286	0.609	0.1065	0.219
del_3q13.31	56 (10%)	521	0.42106	0.577	0.34346	0.507	0.95158	0.979	0.5141	0.661	0.00024	0.00148	0.20604	0.357	0.17081	0.312	0.10241	0.215	1	1	0.17975	0.324
del_3q29	65 (11%)	512	0.079119	0.182	0.18573	0.331	0.69945	0.811	0.87503	0.923	0.62774	0.749	0.25295	0.409	0.04395	0.117	0.11528	0.229	0.95311	0.979	0.79271	0.868
del_4p16.3	78 (14%)	499	0.054959	0.141	0.00454	0.0189	0.10582	0.219	0.25058	0.406	0.01063	0.0378	0.00048	0.00277	0.75273	0.846	0.85855	0.912	0.79738	0.872	0.94612	0.975
del_4q34.3	93 (16%)	484	0.0075699	0.0281	3e-04	0.00184	0.058969	0.147	0.097439	0.206	0.00070999	0.00393	0.0111	0.0389	0.20905	0.361	0.080239	0.183	0.094489	0.201	0.13663	0.264
del_5q34	70 (12%)	507	2e-05	0.00016	9.9999e-06	9.71e-05	5.9999e-05	0.000443	0.0052399	0.0211	0.12533	0.247	0.00014	0.000907	0.62192	0.747	0.04913	0.129	0.28738	0.443	0.13071	0.255
del_6q22.1	155 (27%)	422	0.97544	0.992	0.94411	0.974	0.11333	0.227	0.60354	0.73	0.27694	0.435	0.40132	0.56	0.02691	0.0811	0.3586	0.52	0.52519	0.673	0.04716	0.125
del_6q26	179 (31%)	398	0.78461	0.863	0.75784	0.848	0.38449	0.542	0.54773	0.686	1	1	0.00138	0.00695	7.9999e-05	0.000567	0.055289	0.141	0.74228	0.84	0.01888	0.0611
del_8p23.2	66 (11%)	511	0.25433	0.409	0.24875	0.405	0.17792	0.322	0.27469	0.434	0.22489	0.378	0.779	0.863	0.9958	1	0.87189	0.921	0.72362	0.825	0.43643	0.583
del_9p21.3	421 (73%)	156	9.9999e-06	9.71e-05	9.9999e-06	9.71e-05	0.60186	0.73	0.03574	0.102	9.9999e-06	9.71e-05	0.00045	0.00262	0.04196	0.113	0.03714	0.106	0.03782	0.106	0.0079199	0.0293
del_9q34.2	79 (14%)	498	0.12774	0.251	0.10826	0.22	0.44267	0.588	0.22749	0.38	0.82678	0.89	0.70048	0.811	0.091799	0.198	0.66369	0.783	0.43507	0.582	0.30496	0.464
del_10p15.3	470 (81%)	107	9.9999e-06	9.71e-05	9.9999e-06	9.71e-05	0.0223	0.0692	0.00362	0.0157	9.9999e-06	9.71e-05	9.9999e-06	9.71e-05	0.59783	0.729	0.00069999	0.0039	0.02118	0.0664	0.00019	0.00119
del_10p13	471 (82%)	106	9.9999e-06	9.71e-05	9.9999e-06	9.71e-05	0.0051699	0.021	0.00118	0.00613	9.9999e-06	9.71e-05	9.9999e-06	9.71e-05	0.11257	0.227	9.9999e-06	9.71e-05	0.12158	0.24	0.00267	0.0122
del_10p11.23	476 (82%)	101	9.9999e-06	9.71e-05	9.9999e-06	9.71e-05	0.00068999	0.00388	3e-05	0.000227	9.9999e-06	9.71e-05	9.9999e-06	9.71e-05	0.1917	0.339	0.00011	0.000733	0.051569	0.134	0.0011	0.00575
del_10q11.23	489 (85%)	88	9.9999e-06	9.71e-05	9.9999e-06	9.71e-05	0.00092999	0.00498	2e-05	0.00016	9.9999e-06	9.71e-05	9.9999e-06	9.71e-05	0.078749	0.182	9.9999e-06	9.71e-05	0.10519	0.218	0.00376	0.0162
del_10q23.31	514 (89%)	63	3e-05	0.000227	9.9999e-06	9.71e-05	0.03417	0.0993	0.00322	0.0142	9.9999e-06	9.71e-05	0.00050999	0.00291	0.18626	0.332	0.00208	0.00969	0.36581	0.525	0.04101	0.111
del_10q26.3	515 (89%)	62	9.9999e-06	9.71e-05	2e-05	0.00016	0.091949	0.198	0.00147	0.00729	9.9999e-06	9.71e-05	0.00015	0.000953	0.60051	0.729	0.01678	0.056	0.28961	0.445	0.03494	0.101
del_11p15.5	132 (23%)	445	9.9999e-06	9.71e-05	9.9999e-06	9.71e-05	0.20144	0.352	0.00164	0.00797	9.9999e-06	9.71e-05	2e-05	0.00016	0.30706	0.466	0.02999	0.0883	0.0059999	0.0233	0.00228	0.0105
del_11p11.2	105 (18%)	472	9.9999e-06	9.71e-05	9.9999e-06	9.71e-05	0.59919	0.729	0.01767	0.058	9.9999e-06	9.71e-05	0.00148	0.00729	0.93318	0.97	0.13447	0.262	0.056599	0.143	0.089079	0.195
del_11q14.1	96 (17%)	481	9.9999e-06	9.71e-05	0.00059999	0.0034	0.84231	0.902	0.13686	0.264	9.9999e-06	9.71e-05	0.18234	0.327	0.37639	0.536	0.42567	0.579	0.03938	0.109	0.15969	0.295
del_12p13.1	72 (12%)	505	0.056549	0.143	0.0136	0.046	0.45753	0.603	0.2337	0.387	0.22038	0.375	0.0068399	0.0258	0.41529	0.572	0.1903	0.338	0.94361	0.974	0.93127	0.97
del_12q12	77 (13%)	500	0.01348	0.0458	0.00078999	0.0043	0.42347	0.577	0.083069	0.185	0.00011	0.000733	0.02282	0.0705	0.0096599	0.0355	0.16772	0.309	0.67108	0.787	0.66557	0.783
del_12q15	79 (14%)	498	0.00106	0.00559	0.00193	0.00911	0.267	0.425	0.4232	0.577	4e-05	0.000299	0.050479	0.132	0.065239	0.16	0.57104	0.706	0.53608	0.679	0.39684	0.555
del_13q14.2	241 (42%)	336	9.9999e-06	9.71e-05	2e-05	0.00016	0.17814	0.322	0.14528	0.276	9.9999e-06	9.71e-05	0.00012	0.000792	0.83018	0.892	0.11144	0.226	0.092559	0.199	0.067369	0.161
del_13q22.1	230 (40%)	347	2e-05	0.00016	9.9999e-05	0.000687	0.38871	0.546	0.3397	0.503	9.9999e-06	9.71e-05	3e-05	0.000227	0.83586	0.897	0.24689	0.405	0.51691	0.663	0.28218	0.438
del_14q13.1	178 (31%)	399	2e-05	0.00016	0.00033	0.002	0.71088	0.819	0.66257	0.783	9.9999e-06	9.71e-05	0.03761	0.106	0.41391	0.572	0.45274	0.599	0.44153	0.588	0.94278	0.974
del_14q24.2	173 (30%)	404	9.9999e-06	9.71e-05	2e-05	0.00016	0.082759	0.185	0.15582	0.29	9.9999e-06	9.71e-05	0.01115	0.0389	0.26824	0.426	0.04916	0.129	0.096689	0.205	0.94052	0.974
del_15q14	154 (27%)	423	9.9999e-06	9.71e-05	9.9999e-06	9.71e-05	0.00183	0.0087	6.9999e-05	0.000506	9.9999e-06	9.71e-05	0.0063199	0.0241	0.04096	0.111	0.02653	0.0805	0.00129	0.0066	0.01734	0.0575
del_16p12.2	92 (16%)	485	0.43041	0.58	0.22948	0.382	0.34225	0.506	0.87019	0.921	0.14087	0.268	0.077169	0.18	0.94404	0.974	0.64324	0.765	0.42782	0.58	0.33276	0.496
del_16q23.1	101 (18%)	476	0.01062	0.0378	0.48877	0.631	0.87186	0.921	0.5412	0.683	0.01031	0.0373	0.80937	0.879	0.22142	0.375	0.11433	0.228	0.84762	0.905	0.78472	0.863
del_17p13.1	98 (17%)	479	0.00125	0.00644	0.00162	0.00793	0.64885	0.77	0.89616	0.942	9.9999e-06	9.71e-05	0.04285	0.115	0.33511	0.499	0.095959	0.204	0.7446	0.841	0.66524	0.783
del_17q11.2	72 (12%)	505	9.9999e-06	9.71e-05	2e-05	0.00016	0.00396	0.0169	0.01086	0.0383	0.00037	0.00221	6.9999e-05	0.000506	0.00073999	0.00406	0.01074	0.038	0.54062	0.683	0.56236	0.699
del_18q22.3	82 (14%)	495	0.059029	0.147	0.086379	0.191	0.4019	0.56	0.38822	0.546	0.00398	0.0169	0.2838	0.44	0.29213	0.447	0.01907	0.0611	0.36483	0.525	0.27145	0.43
del_19q13.41	100 (17%)	477	0.0049	0.0201	7.9999e-05	0.000567	0.060779	0.15	0.03797	0.106	0.00039	0.00229	2e-05	0.00016	0.20296	0.354	0.13945	0.267	0.02695	0.0811	0.094099	0.201
del_21q21.1	56 (10%)	521	0.0073899	0.0276	0.00098999	0.00526	0.03136	0.0919	0.21029	0.362	0.51391	0.661	0.01283	0.0438	0.25785	0.412	0.01041	0.0375	1	1	1	1
del_22q13.32	212 (37%)	365	0.81927	0.886	0.97227	0.991	0.083069	0.185	0.4174	0.573	9.9999e-06	9.71e-05	0.48033	0.625	0.29395	0.449	0.36743	0.526	0.01905	0.0611	0.084819	0.188
