		Clinical Features	MRNA_CNMF		MRNA_CHIERARCHICAL		MIR_CNMF		MIR_CHIERARCHICAL		CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	82 (14%)	495	0.54727	0.728	0.13079	0.29	0.42849	0.634	0.24839	0.441	9.9999e-06	0.000182	0.79432	0.902	0.37684	0.581	0.52177	0.711	0.23189	0.417	0.27262	0.468
1q gain	89 (15%)	488	0.093549	0.233	0.088799	0.223	0.10816	0.258	0.62719	0.79	9.9999e-06	0.000182	0.1921	0.375	0.086709	0.219	0.53086	0.717	0.62465	0.789	0.5051	0.699
2p gain	37 (6%)	540	0.60226	0.769	0.73513	0.865	0.54599	0.728	0.22263	0.407	0.42525	0.633	0.30981	0.508	0.79617	0.902	0.13888	0.307	0.92432	0.988	0.53712	0.72
2q gain	35 (6%)	542	0.79402	0.902	0.90993	0.978	0.11954	0.275	0.20097	0.384	0.42767	0.634	0.44912	0.653	0.88339	0.967	0.36966	0.572	0.70149	0.846	0.17709	0.355
3p gain	58 (10%)	519	0.00153	0.0114	0.02933	0.105	0.37631	0.581	0.02698	0.1	0.01689	0.0719	0.02453	0.0958	0.98802	1	0.70505	0.846	0.81324	0.911	0.25505	0.45
3q gain	64 (11%)	513	0.00066999	0.00572	0.061259	0.174	0.50544	0.699	0.064179	0.18	0.0087899	0.0438	0.03463	0.115	0.80902	0.909	1	1	0.58923	0.763	0.15118	0.321
4p gain	35 (6%)	542	0.19029	0.373	0.75357	0.882	0.25685	0.452	0.48152	0.68	0.21699	0.403	0.41086	0.616	0.49089	0.685	0.54858	0.728	0.61714	0.783	0.79156	0.902
4q gain	34 (6%)	543	0.22478	0.411	0.19384	0.376	0.16089	0.333	0.65597	0.814	0.18595	0.367	0.31992	0.523	0.39198	0.596	0.70055	0.846	0.36555	0.571	0.66081	0.818
5p gain	49 (8%)	528	0.1243	0.279	0.15739	0.33	0.21764	0.403	0.34483	0.55	0.086659	0.219	0.11482	0.269	0.055989	0.165	0.35879	0.567	0.13994	0.308	0.22942	0.414
5q gain	41 (7%)	536	0.12971	0.288	0.22977	0.414	0.16478	0.339	0.054289	0.161	0.30187	0.501	0.056939	0.166	0.083879	0.215	0.33863	0.546	0.20196	0.385	0.40329	0.609
6p gain	24 (4%)	553	0.03146	0.109	0.11757	0.273	0.89069	0.967	0.15998	0.332	0.053479	0.16	0.0057599	0.0313	0.65185	0.812	0.88906	0.967	1	1	1	1
6q gain	23 (4%)	554	0.0078399	0.0407	0.03682	0.121	0.75459	0.882	0.10462	0.252	0.0054899	0.0302	0.00062999	0.0055	0.6823	0.831	0.67128	0.82	0.81322	0.911	1	1
7p gain	468 (81%)	109	9.9999e-06	0.000182	9.9999e-06	0.000182	0.00024	0.00246	9.9999e-06	0.000182	9.9999e-06	0.000182	2e-05	0.000298	0.0083999	0.0425	0.00054999	0.00496	0.0094199	0.0454	7.9999e-05	0.000937
7q gain	475 (82%)	102	2e-05	0.000298	9.9999e-06	0.000182	0.00208	0.014	9.9999e-05	0.00114	9.9999e-06	0.000182	0.00043	0.0041	0.34296	0.549	0.01125	0.0504	0.066079	0.183	0.00157	0.0115
8p gain	52 (9%)	525	9.9999e-06	0.000182	0.00052999	0.00483	0.0375	0.123	0.5567	0.737	0.00129	0.0106	0.054269	0.161	0.27787	0.475	0.15923	0.332	0.19038	0.373	0.67675	0.826
8q gain	59 (10%)	518	9.9999e-06	0.000182	3e-05	0.000424	0.03963	0.127	0.45574	0.656	0.00137	0.0107	0.0094199	0.0454	0.28051	0.476	0.15853	0.332	0.14283	0.312	0.51435	0.704
9p gain	47 (8%)	530	0.01075	0.0487	0.03084	0.108	0.84004	0.927	0.43547	0.639	0.01222	0.0545	0.36926	0.572	0.32089	0.523	0.70409	0.846	0.20639	0.39	0.11202	0.264
9q gain	70 (12%)	507	0.16543	0.339	0.077909	0.204	0.66599	0.818	0.12303	0.278	0.061049	0.174	0.10993	0.261	0.51333	0.704	0.36496	0.571	0.41197	0.616	0.078589	0.205
10p gain	13 (2%)	564	0.00136	0.0107	0.00016	0.0017	0.15969	0.332	0.059719	0.172	0.00136	0.0107	0.00475	0.0267	0.40612	0.612	0.00433	0.025	NA	NA	NA	NA
10q gain	3 (1%)	574	0.78912	0.902	1	1	0.073259	0.195	0.79522	0.902	1	1	0.48835	0.683	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
11p gain	18 (3%)	559	0.95962	1	0.89989	0.971	0.66528	0.818	0.89766	0.97	0.6418	0.805	0.34577	0.55	0.40693	0.612	0.88563	0.967	0.6872	0.835	1	1
11q gain	15 (3%)	562	0.14775	0.317	0.063619	0.179	0.52446	0.712	0.2442	0.434	0.30617	0.504	0.00253	0.0161	0.7054	0.846	0.88354	0.967	1	1	1	1
12p gain	60 (10%)	517	0.78501	0.9	0.79299	0.902	0.68538	0.834	0.1647	0.339	0.094859	0.235	1	1	0.25474	0.45	0.57734	0.755	0.00433	0.025	0.078019	0.204
12q gain	49 (8%)	528	0.59094	0.764	0.95503	1	0.40308	0.609	0.0099999	0.0469	0.29899	0.498	0.7794	0.899	0.21313	0.399	0.52746	0.715	0.02531	0.0965	0.12291	0.278
13q gain	10 (2%)	567	0.071209	0.192	0.4958	0.69	0.2198	0.405	0.82419	0.917	0.11836	0.274	0.93602	0.997	0.148	0.317	0.82406	0.917	0.86605	0.952	1	1
14q gain	22 (4%)	555	0.39272	0.596	0.78172	0.9	0.01775	0.0739	0.80638	0.908	0.75218	0.882	0.91502	0.98	0.40746	0.612	0.11044	0.262	0.36258	0.571	0.32621	0.531
15q gain	25 (4%)	552	0.081899	0.213	0.097339	0.238	0.77238	0.895	0.076419	0.201	0.04619	0.144	0.83819	0.927	0.068359	0.187	0.80231	0.906	0.03902	0.126	0.38693	0.594
16p gain	38 (7%)	539	0.01483	0.064	0.066389	0.183	0.48884	0.683	0.27257	0.468	0.0041	0.0242	0.03771	0.123	0.19276	0.375	0.6612	0.818	1	1	1	1
16q gain	37 (6%)	540	0.028	0.102	0.0053399	0.0296	0.44602	0.65	0.066289	0.183	0.02636	0.0992	0.02875	0.104	0.02299	0.0918	0.88552	0.967	0.47354	0.673	0.73478	0.865
17p gain	49 (8%)	528	0.00044	0.00415	0.0275	0.101	0.050499	0.152	0.02736	0.101	0.0291	0.105	0.02451	0.0958	0.02467	0.0959	0.20378	0.387	0.21775	0.403	0.23592	0.422
17q gain	61 (11%)	516	0.00159	0.0115	0.063949	0.18	0.04948	0.151	0.051379	0.154	0.04375	0.138	0.01041	0.0481	0.058639	0.169	0.060909	0.174	0.69211	0.84	0.4792	0.679
18p gain	58 (10%)	519	9.9999e-06	0.000182	0.00052999	0.00483	0.43449	0.639	0.36717	0.571	9.9999e-06	0.000182	0.0089299	0.044	0.44098	0.645	0.39036	0.596	0.02761	0.101	0.096349	0.237
18q gain	58 (10%)	519	9.9999e-06	0.000182	0.00059999	0.00535	0.38222	0.588	0.43349	0.639	2e-05	0.000298	0.01058	0.0482	0.36403	0.571	0.60731	0.773	0.02653	0.0993	0.11412	0.268
19p gain	226 (39%)	351	9.9999e-06	0.000182	9.9999e-06	0.000182	0.12208	0.278	0.00025	0.00253	9.9999e-06	0.000182	9.9999e-06	0.000182	0.20289	0.386	2e-05	0.000298	0.14603	0.317	0.65614	0.814
19q gain	198 (34%)	379	9.9999e-06	0.000182	9.9999e-06	0.000182	0.27682	0.474	0.00471	0.0266	9.9999e-06	0.000182	9.9999e-06	0.000182	0.20813	0.392	0.00022	0.00228	0.04477	0.141	0.34203	0.549
20p gain	222 (38%)	355	9.9999e-06	0.000182	9.9999e-06	0.000182	0.00352	0.0215	2e-05	0.000298	9.9999e-06	0.000182	0.00016	0.0017	0.35228	0.559	0.00065999	0.0057	0.66376	0.818	0.11971	0.275
20q gain	220 (38%)	357	9.9999e-06	0.000182	9.9999e-06	0.000182	0.00174	0.0123	2e-05	0.000298	9.9999e-06	0.000182	4e-05	0.000521	0.26312	0.458	0.00039	0.00381	0.66354	0.818	0.12124	0.278
21q gain	64 (11%)	513	0.00301	0.0187	0.0075099	0.0395	0.01744	0.0733	0.00378	0.023	0.060019	0.172	0.0057099	0.0312	0.11719	0.273	0.7577	0.883	0.01928	0.079	0.3295	0.535
22q gain	34 (6%)	543	3e-05	0.000424	0.00305	0.0188	0.45537	0.656	0.21688	0.403	0.00407	0.0242	0.04524	0.142	0.26763	0.463	0.02964	0.105	0.28653	0.483	0.19348	0.376
xp gain	15 (3%)	562	0.19466	0.376	1	1	0.81798	0.914	0.18494	0.366	0.88994	0.967	0.63182	0.793	1	1	0.62612	0.79	0.085879	0.219	0.43315	0.639
xq gain	17 (3%)	560	0.29664	0.496	0.96733	1	0.98488	1	0.51393	0.704	0.73207	0.865	0.58397	0.758	0.50832	0.702	1	1	0.04687	0.145	0.25932	0.454
1p loss	16 (3%)	561	0.75621	0.882	0.82784	0.919	0.91347	0.98	0.19613	0.378	0.04982	0.151	0.73027	0.864	0.34614	0.55	0.26474	0.459	0.10127	0.245	0.01791	0.0742
1q loss	15 (3%)	562	0.78447	0.9	0.97775	1	0.79466	0.902	0.36088	0.569	0.25409	0.45	0.8487	0.935	0.33887	0.546	0.28754	0.484	0.51152	0.704	0.082659	0.214
2p loss	32 (6%)	545	0.00138	0.0107	0.02764	0.101	0.48274	0.68	0.77077	0.894	0.01104	0.0497	0.28014	0.476	0.11507	0.269	0.93868	0.997	0.23668	0.423	0.22598	0.411
2q loss	33 (6%)	544	0.00227	0.015	0.01385	0.0604	0.34347	0.549	0.66528	0.818	0.0089599	0.044	0.26889	0.464	0.067519	0.186	0.87087	0.956	0.10521	0.253	0.073089	0.195
3p loss	41 (7%)	536	0.93232	0.994	0.91575	0.98	0.58006	0.756	0.081449	0.212	0.00208	0.014	0.93943	0.997	0.01693	0.0719	0.65397	0.814	0.43549	0.639	0.16679	0.341
3q loss	36 (6%)	541	0.10017	0.244	0.27892	0.475	0.49954	0.693	0.39407	0.597	0.00050999	0.00475	0.62394	0.789	0.01247	0.055	0.094789	0.235	0.4969	0.691	0.066419	0.183
4p loss	56 (10%)	521	0.055939	0.165	0.00188	0.0131	0.03274	0.111	0.17597	0.354	0.0091299	0.0446	0.00159	0.0115	0.7691	0.893	0.35808	0.567	0.81943	0.914	1	1
4q loss	55 (10%)	522	0.00217	0.0145	0.00146	0.0112	0.02484	0.0961	0.14098	0.309	0.0050699	0.0283	0.00161	0.0116	0.76342	0.888	0.39216	0.596	0.38981	0.596	1	1
5p loss	43 (7%)	534	2e-05	0.000298	2e-05	0.000298	0.00416	0.0244	0.095889	0.237	0.0064899	0.035	0.00153	0.0114	0.79981	0.905	0.21159	0.397	0.18261	0.363	0.053979	0.161
5q loss	45 (8%)	532	3e-05	0.000424	9.9999e-06	0.000182	0.00103	0.00862	0.14685	0.317	0.0044	0.0252	4e-05	0.000521	0.66854	0.818	0.084759	0.217	0.098139	0.24	0.04277	0.135
6p loss	87 (15%)	490	0.55922	0.74	0.36865	0.572	0.5106	0.704	0.77789	0.899	0.00013	0.00144	0.83992	0.927	0.11107	0.262	0.069079	0.188	0.75478	0.882	0.59613	0.768
6q loss	126 (22%)	451	0.94665	1	0.61279	0.779	0.29352	0.493	0.98002	1	0.01706	0.0721	0.72566	0.862	0.04843	0.149	0.33372	0.54	0.36709	0.571	0.29476	0.494
7p loss	8 (1%)	569	0.02349	0.093	0.03398	0.114	0.54778	0.728	0.04138	0.132	0.03017	0.106	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
7q loss	6 (1%)	571	0.083249	0.214	0.30013	0.499	0.89531	0.97	0.12558	0.281	0.10545	0.253	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
8p loss	58 (10%)	519	0.28523	0.483	0.44557	0.65	0.21727	0.403	0.78241	0.9	0.30848	0.507	0.93914	0.997	0.73664	0.865	1	1	0.5706	0.75	0.39213	0.596
8q loss	42 (7%)	535	0.34053	0.548	0.15351	0.325	0.04939	0.151	0.80777	0.909	0.22583	0.411	0.59739	0.768	0.4577	0.657	1	1	0.45848	0.657	0.14417	0.314
9p loss	203 (35%)	374	0.0075199	0.0395	0.12369	0.279	0.62851	0.79	0.48912	0.683	0.60149	0.769	0.90689	0.976	0.10148	0.245	0.070199	0.19	0.0096799	0.0461	0.0083899	0.0425
9q loss	94 (16%)	483	0.30461	0.504	0.12971	0.288	0.17545	0.353	0.1751	0.353	0.23391	0.42	0.70907	0.849	0.14737	0.317	0.54726	0.728	0.64685	0.809	0.17924	0.357
10p loss	480 (83%)	97	9.9999e-06	0.000182	9.9999e-06	0.000182	0.0151	0.0648	7.9999e-05	0.000937	9.9999e-06	0.000182	9.9999e-06	0.000182	0.27251	0.468	0.00137	0.0107	0.22095	0.405	0.01261	0.0553
10q loss	492 (85%)	85	9.9999e-06	0.000182	9.9999e-06	0.000182	0.0076299	0.0399	0.00036	0.00356	9.9999e-06	0.000182	7.9999e-05	0.000937	0.43896	0.643	0.00072999	0.00617	0.25799	0.453	0.02103	0.0854
11p loss	98 (17%)	479	2e-05	0.000298	9.9999e-06	0.000182	0.89815	0.97	0.01772	0.0739	9.9999e-06	0.000182	0.00153	0.0114	0.81592	0.913	0.03224	0.11	0.057599	0.167	0.087479	0.22
11q loss	92 (16%)	485	5e-05	0.000641	0.00014	0.00153	0.92813	0.991	0.070049	0.19	9.9999e-06	0.000182	0.22739	0.413	0.33233	0.539	0.15101	0.321	0.14012	0.308	0.53327	0.717
12p loss	59 (10%)	518	0.0097499	0.0462	0.03679	0.121	0.54593	0.728	0.72513	0.862	0.00241	0.0157	0.03955	0.127	0.12205	0.278	0.17056	0.348	0.72808	0.863	0.57943	0.756
12q loss	57 (10%)	520	0.0082899	0.0425	0.02991	0.106	0.56927	0.749	0.41802	0.624	6.9999e-05	0.000857	0.050039	0.151	0.076339	0.201	0.53339	0.717	0.72868	0.863	0.57756	0.755
13q loss	185 (32%)	392	5.9999e-05	0.000745	0.00243	0.0157	0.59875	0.768	0.61994	0.786	9.9999e-06	0.000182	0.00461	0.0263	0.52134	0.711	0.02665	0.0993	0.12496	0.28	0.4883	0.683
14q loss	147 (25%)	430	9.9999e-06	0.000182	0.00011	0.00124	0.53421	0.717	0.48134	0.68	9.9999e-06	0.000182	0.056759	0.166	0.18945	0.373	0.02961	0.105	0.14675	0.317	0.6015	0.769
15q loss	104 (18%)	473	5.9999e-05	0.000745	9.9999e-06	0.000182	0.00182	0.0128	0.00205	0.014	9.9999e-06	0.000182	0.02201	0.0889	0.17452	0.353	0.01905	0.0785	0.00393	0.0237	0.02306	0.0918
16p loss	63 (11%)	514	0.52392	0.712	0.85135	0.937	0.56033	0.74	0.73475	0.865	0.03064	0.107	0.073029	0.195	0.71857	0.858	0.79463	0.902	0.56435	0.744	0.64623	0.809
16q loss	83 (14%)	494	0.02499	0.0962	0.42684	0.634	0.36409	0.571	0.89537	0.97	0.0099799	0.0469	0.72025	0.858	0.22812	0.413	0.19955	0.384	0.71153	0.851	0.59695	0.768
17p loss	65 (11%)	512	0.096919	0.238	0.02053	0.0838	0.30526	0.504	0.58214	0.757	9.9999e-06	0.000182	0.14806	0.317	0.5326	0.717	0.2097	0.394	0.29905	0.498	0.70404	0.846
17q loss	41 (7%)	536	0.0088099	0.0438	0.061389	0.174	0.12248	0.278	0.04702	0.145	4e-05	0.000521	0.0255	0.0968	0.15431	0.326	1	1	0.15691	0.33	0.10731	0.257
18p loss	71 (12%)	506	0.01016	0.0473	0.03156	0.109	0.30513	0.504	0.21828	0.403	0.00042	0.00405	0.17312	0.351	0.46679	0.668	0.04276	0.135	0.20452	0.387	0.59833	0.768
18q loss	62 (11%)	515	0.03396	0.114	0.0070699	0.0379	0.52857	0.715	0.2389	0.426	0.00233	0.0153	0.60692	0.773	0.70417	0.846	0.00272	0.0172	0.69926	0.846	0.11881	0.274
19p loss	26 (5%)	551	0.00167	0.0119	0.00291	0.0182	0.01428	0.062	0.31253	0.512	0.17794	0.356	0.00060999	0.00538	0.068539	0.187	0.03629	0.12	0.8389	0.927	0.80393	0.907
19q loss	35 (6%)	542	0.0072099	0.0384	0.0095299	0.0457	0.2625	0.458	0.15073	0.321	0.03215	0.11	0.0013	0.0106	0.20066	0.384	0.19057	0.373	0.77958	0.899	0.48334	0.68
20p loss	19 (3%)	558	0.00035	0.0035	2e-05	0.000298	0.0483	0.149	0.093029	0.233	0.0081699	0.0421	0.47503	0.674	0.075649	0.201	0.45212	0.653	0.01049	0.0481	0.00202	0.0139
20q loss	17 (3%)	560	0.00245	0.0157	9.9999e-05	0.00114	0.47369	0.673	0.26451	0.459	0.03889	0.126	0.47229	0.673	0.57292	0.752	0.45236	0.653	0.03914	0.126	0.01245	0.055
21q loss	42 (7%)	535	0.02285	0.0918	0.0013	0.0106	0.083309	0.214	0.2619	0.458	0.03186	0.11	0.03242	0.11	0.44963	0.653	0.02638	0.0992	0.90685	0.976	1	1
22q loss	181 (31%)	396	0.58189	0.757	0.66851	0.818	0.46961	0.671	0.8884	0.967	9.9999e-06	0.000182	0.086519	0.219	0.42328	0.631	0.16335	0.337	0.19993	0.384	0.15621	0.329
xp loss	116 (20%)	461	0.00408	0.0242	0.01047	0.0481	0.072859	0.195	0.22103	0.405	4e-05	0.000521	0.00021	0.00221	0.03299	0.111	0.51513	0.704	0.28656	0.483	0.64799	0.809
xq loss	106 (18%)	471	0.02518	0.0965	0.0236	0.093	0.17915	0.357	0.17156	0.349	4e-05	0.000521	0.0087399	0.0438	0.056889	0.166	0.82663	0.918	0.45148	0.653	0.96127	1
