		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	74 (14%)	448	0.00274	0.0114	0.00147	0.00681	0.76617	0.859	0.56403	0.71	0.28373	0.447	0.76937	0.86	0.58974	0.726	0.00352	0.0141	0.57705	0.723	0.80266	0.88
1q gain	124 (24%)	398	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.25017	0.413	0.62651	0.754	0.00139	0.00651	0.00247	0.0104	0.00147	0.00681	0.00056999	0.00304	0.5403	0.689	0.38013	0.547
2p gain	96 (18%)	426	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.75719	0.856	0.42417	0.587	0.0073899	0.026	3e-05	0.000241	0.00129	0.00611	0.03095	0.0827	0.080789	0.173	0.39939	0.564
2q gain	73 (14%)	449	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.62885	0.754	0.7642	0.859	0.02808	0.0763	9.9999e-06	8.82e-05	0.01309	0.041	0.14424	0.268	0.052049	0.124	0.10527	0.211
3p gain	82 (16%)	440	8.9999e-05	0.000647	0.00013	0.000867	0.18553	0.327	0.75589	0.856	0.0092799	0.0312	0.04044	0.1	0.0076399	0.0267	0.11541	0.227	0.02809	0.0763	0.17301	0.308
3q gain	257 (49%)	265	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.25712	0.418	0.28021	0.443	7.9999e-05	0.000581	0.067139	0.153	0.0084299	0.029	0.80958	0.883	0.13465	0.256	0.59168	0.727
4p gain	41 (8%)	481	0.0012	0.00575	0.00134	0.00631	0.14259	0.266	0.45708	0.615	0.088699	0.186	0.46718	0.621	0.64171	0.759	0.5942	0.729	0.40439	0.57	0.58891	0.726
4q gain	37 (7%)	485	0.0060699	0.0224	0.3784	0.545	0.83226	0.898	1	1	0.02883	0.0778	0.4792	0.632	0.68991	0.804	1	1	0.45769	0.615	0.89468	0.934
5p gain	201 (39%)	321	9.9999e-06	8.82e-05	0.00419	0.0161	0.91138	0.939	0.83431	0.898	0.01086	0.0355	0.92212	0.948	0.72503	0.833	0.032	0.0849	0.40899	0.574	0.36794	0.537
5q gain	75 (14%)	447	0.00171	0.00762	0.31423	0.483	0.58883	0.726	0.69903	0.812	0.19451	0.337	0.55372	0.702	0.94733	0.967	0.35325	0.523	0.34607	0.519	0.056669	0.134
6p gain	85 (16%)	437	0.00012	0.000813	0.00031	0.00183	0.37608	0.545	0.74594	0.846	0.10973	0.217	0.19427	0.337	0.66302	0.778	0.093209	0.192	0.13943	0.262	0.31462	0.483
6q gain	64 (12%)	458	0.00032	0.00187	0.0089899	0.0306	0.73259	0.834	0.10512	0.211	0.057999	0.136	0.04542	0.111	0.11551	0.227	0.90199	0.935	0.065639	0.15	0.40914	0.574
7p gain	184 (35%)	338	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.90474	0.936	0.45313	0.612	0.094549	0.193	9.9999e-06	8.82e-05	0.00062999	0.00333	9.9999e-06	8.82e-05	0.3746	0.544	0.6094	0.741
7q gain	128 (25%)	394	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.87461	0.925	0.72863	0.833	0.43281	0.595	0.00047	0.00259	0.064289	0.148	7.9999e-05	0.000581	0.36779	0.537	0.96145	0.975
8p gain	158 (30%)	364	0.0093499	0.0313	0.63657	0.758	0.5124	0.663	0.64241	0.759	0.88859	0.933	0.7143	0.823	0.43745	0.599	0.62523	0.754	0.44705	0.607	0.6737	0.789
8q gain	318 (61%)	204	9.9999e-06	8.82e-05	0.00011	0.000758	0.0088999	0.0304	0.96489	0.977	0.00031	0.00183	2e-05	0.000164	0.0066799	0.0239	0.00418	0.0161	0.03766	0.0956	0.0058799	0.0218
9p gain	102 (20%)	420	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.17551	0.312	0.092049	0.191	0.00065999	0.00345	0.00080999	0.00415	0.00215	0.00928	0.0090399	0.0306	0.1477	0.272	0.89272	0.934
9q gain	145 (28%)	377	9.9999e-06	8.82e-05	0.00154	0.00705	0.2703	0.433	0.17653	0.313	0.069589	0.156	0.0025	0.0105	0.28004	0.443	0.063269	0.147	0.58012	0.723	0.85028	0.909
10p gain	42 (8%)	480	0.04049	0.1	9.9999e-06	8.82e-05	0.13887	0.262	0.069819	0.156	0.36774	0.537	0.00149	0.00686	0.31948	0.489	0.04678	0.113	0.90968	0.938	0.47007	0.623
10q gain	34 (7%)	488	0.00075999	0.00392	0.078129	0.17	0.03872	0.0971	0.29951	0.467	0.36081	0.531	0.14222	0.266	0.5255	0.674	0.03778	0.0956	0.67926	0.792	0.49968	0.653
11p gain	68 (13%)	454	4e-05	0.000309	9.9999e-06	8.82e-05	0.84001	0.902	0.52918	0.677	0.15908	0.289	0.20947	0.357	0.005	0.0188	0.34029	0.511	0.63642	0.758	0.01916	0.0563
11q gain	71 (14%)	451	0.00015	0.000976	0.00022	0.00137	0.45793	0.615	0.50264	0.655	0.02598	0.0723	0.085849	0.181	5e-05	0.000373	0.02123	0.0611	0.4597	0.616	0.14592	0.269
12p gain	148 (28%)	374	9.9999e-06	8.82e-05	2e-05	0.000164	0.17157	0.307	0.82419	0.892	0.01406	0.0436	9.9999e-05	0.000713	0.072059	0.159	0.098299	0.199	0.95756	0.973	0.95582	0.972
12q gain	92 (18%)	430	2e-05	0.000164	0.00012	0.000813	0.14492	0.268	0.2663	0.428	0.066009	0.15	0.0098799	0.0329	0.2028	0.347	0.63028	0.754	0.54929	0.697	0.64337	0.759
13q gain	57 (11%)	465	9.9999e-06	8.82e-05	0.11746	0.229	0.9723	0.983	0.73471	0.836	0.03557	0.0914	0.0061099	0.0225	0.26397	0.426	0.24386	0.403	0.44227	0.603	0.063449	0.147
14q gain	153 (29%)	369	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.84821	0.908	0.097379	0.198	0.00101	0.00502	9.9999e-06	8.82e-05	7.9999e-05	0.000581	0.00029	0.00175	0.094029	0.193	0.00119	0.00574
15q gain	72 (14%)	450	0.00047	0.00259	0.00353	0.0141	0.24222	0.402	0.58601	0.725	0.35207	0.523	0.03497	0.0902	0.071869	0.159	0.0062399	0.0227	0.48886	0.641	0.16664	0.3
16p gain	109 (21%)	413	2e-05	0.000164	9.9999e-06	8.82e-05	0.47174	0.624	0.17751	0.314	0.19078	0.335	0.00233	0.0099	0.0075399	0.0264	0.00011	0.000758	0.27101	0.433	0.34836	0.519
16q gain	105 (20%)	417	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.3274	0.499	0.89097	0.933	0.0058599	0.0218	0.00226	0.0097	0.00033	0.00189	5e-05	0.000373	0.0086499	0.0297	0.01242	0.0399
17p gain	67 (13%)	455	9.9999e-06	8.82e-05	3e-05	0.000241	0.8104	0.883	0.90355	0.935	0.03621	0.0928	0.00299	0.0123	0.79915	0.878	0.04604	0.112	0.2336	0.392	0.13138	0.252
17q gain	86 (16%)	436	9.9999e-06	8.82e-05	4e-05	0.000309	0.87402	0.925	0.80406	0.88	0.04533	0.111	0.00096999	0.00485	0.43171	0.595	0.00191	0.00833	0.64164	0.759	0.25653	0.418
18p gain	124 (24%)	398	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.21647	0.367	0.23763	0.398	0.078479	0.17	0.00011	0.000758	0.03185	0.0848	0.01569	0.048	0.83636	0.899	0.51545	0.666
18q gain	53 (10%)	469	0.00029	0.00175	4e-05	0.000309	0.15214	0.278	0.01699	0.0508	0.00011	0.000758	0.00051999	0.00282	0.00018	0.00114	0.24065	0.401	1	1	0.13376	0.255
19p gain	56 (11%)	466	0.01953	0.057	9.9999e-06	8.82e-05	0.64437	0.759	0.76777	0.859	0.02635	0.0728	0.02771	0.0757	0.00309	0.0127	0.051469	0.123	0.5593	0.707	0.060859	0.142
19q gain	77 (15%)	445	0.13627	0.259	5e-05	0.000373	0.73099	0.834	0.79134	0.877	0.02699	0.074	0.065629	0.15	0.00157	0.00715	0.097309	0.198	0.61023	0.741	0.31438	0.483
20p gain	192 (37%)	330	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.5014	0.655	0.81377	0.883	0.03766	0.0956	0.00316	0.0128	0.2943	0.461	0.0091299	0.0308	0.21622	0.367	0.02402	0.0672
20q gain	204 (39%)	318	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.59889	0.732	0.93504	0.956	0.0080999	0.0281	0.00013	0.000867	0.01267	0.0402	0.00185	0.00816	0.04409	0.109	0.00033	0.00189
21q gain	35 (7%)	487	0.075409	0.165	0.01352	0.0422	0.085769	0.181	0.12875	0.249	0.02839	0.0768	0.074449	0.164	0.24383	0.403	0.25133	0.414	0.86365	0.919	0.54434	0.693
22q gain	112 (21%)	410	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.46681	0.621	0.5175	0.667	0.1552	0.283	0.00029	0.00175	0.00016	0.00103	0.079999	0.172	0.0333	0.087	0.73671	0.837
xp gain	51 (10%)	471	0.14888	0.273	0.01269	0.0402	0.41598	0.581	0.22448	0.379	0.50822	0.658	0.57714	0.723	0.27353	0.436	0.56638	0.711	0.35287	0.523	0.0321	0.0849
xq gain	96 (18%)	426	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.77346	0.862	0.86014	0.916	0.14968	0.274	0.01686	0.0508	0.89103	0.933	0.46432	0.62	0.43504	0.597	0.24189	0.402
1p loss	56 (11%)	466	3e-04	0.0018	9.9999e-06	8.82e-05	0.052929	0.126	0.20487	0.35	0.16316	0.295	9.9999e-06	8.82e-05	0.35801	0.529	0.20098	0.345	0.33371	0.505	0.33919	0.51
1q loss	39 (7%)	483	0.0062499	0.0227	0.13804	0.261	0.56334	0.71	0.3769	0.545	0.36079	0.531	0.00355	0.0141	0.14733	0.271	0.00113	0.00548	0.37746	0.545	0.29896	0.467
2p loss	32 (6%)	490	0.03303	0.0865	0.0084099	0.029	0.075809	0.166	0.04458	0.11	0.19493	0.337	0.092149	0.191	0.64812	0.762	0.82438	0.892	0.070169	0.156	0.86897	0.922
2q loss	44 (8%)	478	0.062889	0.147	0.2534	0.416	0.8786	0.926	0.62162	0.753	0.93441	0.956	0.8005	0.879	0.44726	0.607	0.81439	0.883	0.03441	0.0896	0.58504	0.725
3p loss	296 (57%)	226	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.62852	0.754	0.67791	0.792	0.00342	0.0137	9.9999e-06	8.82e-05	0.00171	0.00762	0.0016	0.00725	0.26657	0.428	0.19368	0.337
3q loss	58 (11%)	464	0.00111	0.00545	0.79124	0.877	0.585	0.725	0.39271	0.558	0.38247	0.548	0.42629	0.588	0.63834	0.758	0.00358	0.0141	0.31238	0.482	0.59851	0.732
4p loss	193 (37%)	329	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.0404	0.1	0.49504	0.648	0.01819	0.054	9.9999e-06	8.82e-05	0.069739	0.156	0.01032	0.0341	0.03277	0.0861	0.02307	0.065
4q loss	151 (29%)	371	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.45224	0.612	0.28264	0.446	0.02074	0.0599	9.9999e-06	8.82e-05	0.076869	0.168	0.03032	0.0812	0.073209	0.161	0.30881	0.478
5p loss	51 (10%)	471	0.00014	0.000926	5e-05	0.000373	0.01944	0.0569	0.38503	0.55	0.79606	0.877	0.01288	0.0406	0.36746	0.537	0.25619	0.418	0.33107	0.503	0.19415	0.337
5q loss	160 (31%)	362	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.01633	0.0496	0.78241	0.871	0.3481	0.519	9.9999e-06	8.82e-05	0.13186	0.252	0.00021	0.00132	0.37152	0.541	0.15753	0.286
6p loss	67 (13%)	455	0.01063	0.035	0.00197	0.00855	0.38809	0.553	0.081389	0.174	0.04566	0.111	0.04978	0.12	0.01625	0.0495	0.62465	0.754	0.14043	0.264	0.15952	0.289
6q loss	70 (13%)	452	0.11578	0.227	0.0166	0.0502	0.90624	0.936	0.26418	0.426	0.33639	0.507	0.76782	0.859	0.2544	0.417	0.21157	0.36	0.50825	0.658	0.48837	0.641
7p loss	29 (6%)	493	0.0071499	0.0254	0.01695	0.0508	0.01025	0.034	0.42097	0.584	0.03835	0.0965	0.10367	0.208	0.14381	0.267	0.76111	0.858	0.01548	0.0477	0.35246	0.523
7q loss	41 (8%)	481	0.02169	0.062	0.61941	0.751	0.30562	0.474	0.91227	0.939	0.72956	0.833	0.45385	0.612	0.57953	0.723	0.97868	0.988	0.87556	0.925	0.71672	0.824
8p loss	185 (35%)	337	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.39298	0.558	0.70014	0.812	0.00015	0.000976	9.9999e-06	8.82e-05	0.00064999	0.00342	0.00109	0.00538	0.068869	0.155	0.0062699	0.0227
8q loss	25 (5%)	497	0.01811	0.054	0.02648	0.0729	0.7951	0.877	1	1	0.89747	0.934	0.46241	0.619	0.88065	0.927	0.36712	0.537	0.96183	0.975	0.80747	0.883
9p loss	186 (36%)	336	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.18892	0.332	0.11565	0.227	0.01408	0.0436	9.9999e-06	8.82e-05	2e-05	0.000164	9.9999e-06	8.82e-05	0.81069	0.883	0.71304	0.823
9q loss	83 (16%)	439	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.84641	0.907	0.85331	0.911	0.04839	0.117	0.02948	0.0793	0.21769	0.368	0.0054699	0.0205	0.7074	0.819	0.22758	0.383
10p loss	156 (30%)	366	9.9999e-06	8.82e-05	0.00325	0.0131	0.58649	0.725	0.23178	0.389	0.01293	0.0406	0.064889	0.149	0.00389	0.0152	0.092469	0.191	0.085509	0.181	0.59767	0.732
10q loss	114 (22%)	408	9.9999e-06	8.82e-05	0.00033	0.00189	0.38335	0.549	0.30231	0.47	0.11949	0.232	0.093169	0.192	0.02332	0.0655	0.11924	0.232	0.43463	0.597	0.8887	0.933
11p loss	137 (26%)	385	9.9999e-06	8.82e-05	0.00056999	0.00304	0.90287	0.935	0.41489	0.581	0.0215	0.0616	0.17123	0.307	0.01836	0.0544	0.17259	0.308	0.60196	0.735	0.19355	0.337
11q loss	172 (33%)	350	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.90078	0.935	0.11896	0.232	0.00086999	0.00438	0.00269	0.0113	0.00044	0.00247	0.39942	0.564	0.44079	0.602	0.50449	0.656
12p loss	36 (7%)	486	0.081759	0.175	0.328	0.499	0.72898	0.833	0.10962	0.217	0.38084	0.547	0.052249	0.125	0.93216	0.955	0.8131	0.883	0.3892	0.554	0.83424	0.898
12q loss	31 (6%)	491	0.00049	0.00268	0.0116	0.0376	0.85839	0.915	0.11623	0.227	0.44699	0.607	0.98677	0.993	0.87842	0.926	0.26037	0.423	0.30555	0.474	0.89787	0.934
13q loss	168 (32%)	354	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.57855	0.723	0.82597	0.892	0.04876	0.118	0.00286	0.0118	0.20008	0.344	0.14285	0.266	0.41743	0.581	0.079849	0.172
14q loss	56 (11%)	466	0.0126	0.0402	0.00045	0.00251	0.078199	0.17	0.52832	0.677	0.00451	0.0173	0.0019	0.00833	0.00112	0.00547	0.28558	0.449	0.79431	0.877	0.61036	0.741
15q loss	103 (20%)	419	9.9999e-06	8.82e-05	0.088779	0.186	0.77244	0.862	0.34774	0.519	0.1303	0.251	0.13716	0.26	0.42284	0.586	0.27538	0.438	0.63108	0.754	0.41801	0.581
16p loss	62 (12%)	460	9.9999e-06	8.82e-05	0.0063299	0.0229	0.98405	0.991	0.094339	0.193	0.067659	0.153	0.26254	0.425	0.46466	0.62	0.55721	0.705	0.47779	0.631	0.94836	0.967
16q loss	82 (16%)	440	0.00161	0.00725	9.9999e-06	8.82e-05	0.76228	0.859	0.13105	0.252	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.01199	0.0387	0.33488	0.506	0.00081999	0.00418
17p loss	107 (20%)	415	9.9999e-06	8.82e-05	0.00074999	0.00389	0.45117	0.611	0.75938	0.858	0.62611	0.754	0.16352	0.295	0.27773	0.441	0.10777	0.215	0.92847	0.953	0.79275	0.877
17q loss	32 (6%)	490	0.00126	0.00601	0.064839	0.149	0.39867	0.564	0.69379	0.807	0.053449	0.127	0.058509	0.137	0.78472	0.872	0.86949	0.922	1	1	0.72887	0.833
18p loss	103 (20%)	419	9.9999e-06	8.82e-05	2e-05	0.000164	0.8977	0.934	0.51866	0.668	0.00473	0.018	0.00375	0.0147	0.02626	0.0727	0.0064499	0.0232	0.48784	0.641	0.17938	0.317
18q loss	211 (40%)	311	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.71429	0.823	0.32633	0.498	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	2e-05	0.000164	0.67639	0.791	0.01069	0.0351
19p loss	100 (19%)	422	9.9999e-06	8.82e-05	0.00084999	0.0043	0.63004	0.754	0.7122	0.823	0.089979	0.188	0.02032	0.0589	0.6365	0.758	0.00316	0.0128	0.23849	0.398	0.085839	0.181
19q loss	88 (17%)	434	9.9999e-06	8.82e-05	0.00017	0.00109	0.068389	0.154	0.52103	0.67	0.10781	0.215	0.00476	0.018	0.27963	0.443	0.02299	0.065	0.54713	0.696	0.53967	0.689
20p loss	46 (9%)	476	0.0127	0.0402	0.026	0.0723	0.50509	0.656	0.76571	0.859	0.082459	0.176	0.098939	0.2	0.084149	0.179	0.01121	0.0365	0.00233	0.0099	0.46838	0.621
20q loss	27 (5%)	495	0.1307	0.252	0.00405	0.0157	0.41696	0.581	0.58508	0.725	0.26541	0.428	0.01562	0.048	0.00054999	0.00297	0.02255	0.0642	0.03259	0.0859	0.038	0.0959
21q loss	185 (35%)	337	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.79775	0.878	0.98299	0.991	0.0070599	0.0252	4e-05	0.000309	0.00183	0.00811	0.00022	0.00137	0.19735	0.34	0.10292	0.207
22q loss	74 (14%)	448	0.00042	0.00238	0.03484	0.0901	0.37226	0.541	0.65493	0.769	0.04019	0.1	0.31813	0.488	0.00039	0.00222	0.41698	0.581	0.33154	0.503	0.00466	0.0178
xp loss	136 (26%)	386	9.9999e-06	8.82e-05	9.9999e-06	8.82e-05	0.63899	0.758	0.03704	0.0946	0.56605	0.711	0.03458	0.0897	0.054439	0.129	0.25495	0.417	0.071449	0.159	0.95275	0.971
xq loss	82 (16%)	440	9.9999e-06	8.82e-05	0.00027	0.00166	0.19599	0.338	0.0071999	0.0254	0.29251	0.459	0.02284	0.0648	0.01859	0.0548	0.094989	0.194	0.01997	0.0581	0.19292	0.337
