		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	10 (3%)	278	0.01589	0.04	9.9999e-06	8.41e-05	0.28194	0.398	0.01039	0.028	7.9999e-05	0.00047	0.00374	0.0124	0.86664	0.924	0.03896	0.0828	0.14283	0.23	0.16136	0.252
1q gain	17 (6%)	271	0.00034	0.00163	9.9999e-06	8.41e-05	0.60528	0.716	0.04937	0.101	9.9999e-06	8.41e-05	0.00021	0.00104	0.69585	0.783	0.01023	0.0279	0.083959	0.151	0.055399	0.112
2p gain	42 (15%)	246	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.93988	0.975	0.11937	0.2	0.3123	0.433	0.90127	0.945	0.01281	0.0335	0.14491	0.233	0.93976	0.975	0.66758	0.764
2q gain	47 (16%)	241	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	1	1	0.03339	0.0731	0.46003	0.577	0.73638	0.821	0.02599	0.0592	0.10567	0.181	0.63202	0.733	0.4446	0.56
3p gain	75 (26%)	213	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.21355	0.317	0.00017	0.000892	9.9999e-06	8.41e-05	0.00279	0.00965	0.01077	0.0289	0.00076999	0.00333	0.12178	0.203	0.01679	0.0417
3q gain	95 (33%)	193	9.9999e-06	8.41e-05	2e-05	0.000151	0.26203	0.376	0.00467	0.015	9.9999e-06	8.41e-05	0.00469	0.015	0.00132	0.00506	0.00087999	0.00368	0.73438	0.82	0.0079599	0.0227
4p gain	10 (3%)	278	0.088939	0.157	0.35928	0.482	0.89429	0.94	0.43708	0.554	0.34841	0.474	0.68574	0.777	0.22531	0.33	0.84783	0.917	0.7047	0.79	0.89355	0.94
4q gain	9 (3%)	279	0.18865	0.29	0.35966	0.482	0.8951	0.94	0.43472	0.553	0.55862	0.672	0.74066	0.823	0.13763	0.224	0.69174	0.782	0.40347	0.525	1	1
5p gain	34 (12%)	254	0.00224	0.00797	0.00047	0.00215	0.76319	0.845	0.84485	0.917	0.0067299	0.0199	0.00013	0.000713	0.63474	0.734	0.16903	0.262	0.66706	0.764	0.16752	0.26
5q gain	31 (11%)	257	6.9999e-05	0.000432	0.00131	0.00505	0.53877	0.654	0.78099	0.859	0.00047	0.00215	5.9999e-05	0.000383	0.76602	0.847	0.26416	0.378	0.66456	0.764	0.26634	0.38
6p gain	10 (3%)	278	0.58079	0.691	0.02257	0.0529	0.16014	0.251	0.13564	0.222	0.01498	0.0382	0.061849	0.12	0.91656	0.957	0.03853	0.0824	0.13971	0.227	0.092919	0.163
6q gain	7 (2%)	281	0.62683	0.73	0.0051499	0.0159	0.39353	0.515	0.35744	0.481	0.26108	0.376	0.21526	0.318	0.96798	0.996	0.26916	0.383	0.37292	0.495	0.43134	0.551
7p gain	171 (59%)	117	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.01015	0.0279	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.00012	0.000663	0.00012	0.000663	2e-05	0.000151	2e-05	0.000151
7q gain	172 (60%)	116	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.01797	0.0442	2e-05	0.000151	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.00017	0.000892	0.00017	0.000892	5.9999e-05	0.000383	9.9999e-06	8.41e-05
8p gain	20 (7%)	268	0.77871	0.858	0.073689	0.139	0.16695	0.26	0.55952	0.672	0.47041	0.588	0.082259	0.15	0.079989	0.147	0.32446	0.448	0.51844	0.635	0.51313	0.63
8q gain	25 (9%)	263	0.54495	0.66	0.00491	0.0154	0.27741	0.393	0.44957	0.565	0.01521	0.0385	0.04603	0.0954	0.1265	0.208	0.067229	0.129	0.086069	0.153	0.19767	0.3
9p gain	3 (1%)	285	0.68134	0.776	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.42709	0.548	0.03628	0.0787	0.64697	0.746	0.48248	0.596	0.53916	0.654	0.36416	0.486
10p gain	8 (3%)	280	0.35064	0.475	0.00117	0.00453	0.85321	0.917	0.085009	0.152	0.061429	0.119	0.29131	0.409	0.67002	0.765	0.34572	0.472	0.87494	0.926	0.87004	0.925
10q gain	8 (3%)	280	0.35102	0.475	0.00095999	0.00388	0.85169	0.917	0.086489	0.154	0.061019	0.119	0.29342	0.411	0.67175	0.766	0.34613	0.472	0.87404	0.926	0.86697	0.924
11p gain	12 (4%)	276	0.37294	0.495	6.9999e-05	0.000432	0.43174	0.551	0.0071999	0.0211	0.058939	0.117	0.00019	0.00097	0.00172	0.0063	0.86965	0.925	0.77173	0.852	0.41326	0.534
11q gain	10 (3%)	278	0.04535	0.0943	7.9999e-05	0.00047	0.34973	0.475	0.01754	0.0433	0.061019	0.119	0.00367	0.0122	0.0054199	0.0165	0.92091	0.96	0.90871	0.951	0.55736	0.672
12p gain	112 (39%)	176	0.02114	0.0507	0.56566	0.676	0.02851	0.0641	0.081529	0.149	0.00098999	0.00394	0.11599	0.195	0.03001	0.0667	0.050669	0.103	0.47073	0.588	0.02688	0.0606
12q gain	112 (39%)	176	0.02126	0.0507	0.56431	0.676	0.02886	0.0643	0.081769	0.149	0.00075999	0.00331	0.11525	0.194	0.03014	0.0668	0.051539	0.104	0.4716	0.588	0.0262	0.0595
13q gain	28 (10%)	260	0.01028	0.0279	0.50717	0.624	0.87752	0.928	0.68984	0.781	0.51375	0.63	0.77356	0.853	0.04357	0.0911	0.55408	0.67	0.12302	0.205	0.61015	0.718
14q gain	3 (1%)	285	0.32624	0.449	0.03713	0.0796	0.01686	0.0417	0.41031	0.533	0.35329	0.476	0.03626	0.0787	0.43575	0.553	0.47845	0.592	0.53871	0.654	0.36419	0.486
15q gain	5 (2%)	283	0.16306	0.255	0.23727	0.346	0.30964	0.432	0.20408	0.305	0.19935	0.302	0.26069	0.376	0.10708	0.182	0.23241	0.339	NA	NA	NA	NA
16p gain	153 (53%)	135	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.91194	0.953	0.00075999	0.00331	9.9999e-06	8.41e-05	4e-05	0.000269	5e-05	0.000327	9.9999e-06	8.41e-05	0.00019	0.00097	3e-05	0.000213
16q gain	148 (51%)	140	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.95445	0.985	0.00187	0.00682	9.9999e-06	8.41e-05	0.00011	0.000631	2e-05	0.000151	9.9999e-06	8.41e-05	0.00011	0.000631	9.9999e-06	8.41e-05
17p gain	172 (60%)	116	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	5.9999e-05	0.000383	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.00011	0.000631	0.00014	0.000762	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05
17q gain	191 (66%)	97	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.00082999	0.00353	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.0078599	0.0225	0.00096999	0.00388	3e-05	0.000213	2e-05	0.000151
18p gain	12 (4%)	276	0.074579	0.14	0.21825	0.322	0.47202	0.588	0.79358	0.87	0.62388	0.729	0.48423	0.597	0.81833	0.892	0.56667	0.676	0.31084	0.432	0.4035	0.525
18q gain	9 (3%)	279	0.083309	0.15	0.33805	0.463	0.26693	0.381	0.59518	0.705	0.63178	0.733	0.15916	0.251	0.71412	0.799	0.20333	0.305	0.19959	0.302	0.31162	0.433
19p gain	5 (2%)	283	0.14923	0.238	0.00381	0.0125	0.85379	0.917	0.20424	0.305	0.056479	0.113	0.0099499	0.0275	0.10503	0.18	0.86329	0.923	0.84551	0.917	1	1
19q gain	5 (2%)	283	0.14869	0.238	0.00378	0.0124	0.85074	0.917	0.20384	0.305	0.055599	0.112	0.0099199	0.0275	0.10487	0.18	0.86156	0.923	0.84696	0.917	1	1
20p gain	99 (34%)	189	9.9999e-06	8.41e-05	0.00021	0.00104	0.02591	0.0592	0.00265	0.00929	0.00114	0.00444	0.0218	0.0519	0.0055099	0.0167	0.0031	0.0106	0.071779	0.136	0.04303	0.0902
20q gain	101 (35%)	187	9.9999e-06	8.41e-05	0.00055999	0.00254	0.071919	0.136	0.0076199	0.0219	0.0074499	0.0216	0.050159	0.102	0.01273	0.0334	0.0052299	0.0161	0.15193	0.241	0.096619	0.168
21q gain	19 (7%)	269	0.00096999	0.00388	0.10254	0.176	0.60683	0.716	0.52011	0.636	0.37909	0.501	0.94823	0.98	0.37344	0.495	0.084299	0.151	0.3947	0.516	0.30574	0.427
22q gain	5 (2%)	283	0.1911	0.292	0.63908	0.738	1	1	0.8836	0.933	0.39681	0.518	0.71711	0.802	0.424	0.545	0.39113	0.514	0.74613	0.828	0.70381	0.79
xp gain	88 (31%)	200	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.10865	0.184	0.00202	0.00729	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	6.9999e-05	0.000432	0.00019	0.00097	2e-04	0.00101	0.00068999	0.00304
xq gain	92 (32%)	196	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.1255	0.207	0.0070699	0.0208	9.9999e-06	8.41e-05	3e-05	0.000213	0.00039	0.00185	0.00019	0.00097	0.00096999	0.00388	0.00302	0.0104
1p loss	30 (10%)	258	0.0071799	0.0211	0.00057999	0.00262	0.88957	0.938	0.63238	0.733	2e-05	0.000151	0.00085999	0.00362	0.0051599	0.0159	0.063349	0.122	0.95578	0.985	0.15043	0.239
1q loss	21 (7%)	267	0.084109	0.151	0.04785	0.0986	0.84939	0.917	0.37523	0.497	0.18531	0.286	0.0080799	0.0228	0.23062	0.337	0.01285	0.0335	0.53285	0.651	0.27722	0.393
2p loss	5 (2%)	283	0.59128	0.701	0.0080499	0.0228	0.01674	0.0417	0.21055	0.313	0.055669	0.112	0.074459	0.14	0.02003	0.0486	0.73872	0.822	NA	NA	NA	NA
2q loss	3 (1%)	285	0.32209	0.446	0.1843	0.285	NA	NA	NA	NA	0.35289	0.476	0.03698	0.0795	0.01519	0.0385	1	1	NA	NA	NA	NA
3p loss	21 (7%)	267	4e-05	0.000269	4e-05	0.000269	0.15858	0.25	0.03261	0.0716	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.03865	0.0824	0.10714	0.182	0.089019	0.157	0.0187	0.0457
3q loss	6 (2%)	282	0.0048	0.0152	0.00318	0.0108	0.5358	0.653	0.20328	0.305	0.00060999	0.00272	0.00243	0.00856	0.38102	0.503	0.6673	0.764	0.87378	0.926	0.62142	0.728
4p loss	25 (9%)	263	0.00080999	0.00346	9.9999e-06	8.41e-05	0.20675	0.308	0.00068999	0.00304	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.076389	0.142	0.068089	0.13	0.01651	0.0413	0.0053899	0.0165
4q loss	26 (9%)	262	0.00034	0.00163	9.9999e-06	8.41e-05	0.47692	0.592	0.00359	0.012	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.03636	0.0787	0.20079	0.303	0.0165	0.0413	0.0031	0.0106
5p loss	7 (2%)	281	0.1917	0.292	0.00041	0.00192	0.57846	0.689	0.075619	0.141	0.03245	0.0715	0.00154	0.0057	0.14836	0.238	0.04995	0.102	0.052719	0.107	0.42981	0.55
5q loss	8 (3%)	280	0.03947	0.0837	4e-05	0.000269	0.58141	0.691	0.075139	0.14	0.0066799	0.0199	0.00028	0.00137	0.070909	0.135	0.02308	0.0536	0.02205	0.0523	0.26228	0.376
6p loss	21 (7%)	267	0.093619	0.163	5e-05	0.000327	0.94719	0.98	0.04062	0.0856	2e-05	0.000151	0.00017	0.000892	0.82627	0.899	0.26123	0.376	0.56442	0.676	0.28868	0.406
6q loss	27 (9%)	261	0.088799	0.157	9.9999e-06	8.41e-05	1	1	0.02126	0.0507	9.9999e-06	8.41e-05	4e-05	0.000269	0.03079	0.068	0.78977	0.867	0.080889	0.149	0.099089	0.171
8p loss	16 (6%)	272	0.13555	0.222	0.14078	0.228	0.16845	0.261	0.28442	0.401	0.00436	0.0141	0.0090499	0.0253	0.078839	0.146	0.94667	0.98	0.9319	0.97	0.36365	0.486
8q loss	9 (3%)	279	0.11241	0.19	0.0485	0.0997	0.4449	0.56	0.41228	0.534	0.00485	0.0153	0.00083999	0.00355	0.060149	0.119	0.62662	0.73	1	1	0.61979	0.727
9p loss	33 (11%)	255	0.00033	0.00161	9.9999e-06	8.41e-05	0.3342	0.459	0.01584	0.04	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.01809	0.0443	0.14256	0.23	0.0256	0.0586	0.00094999	0.00388
9q loss	34 (12%)	254	0.00148	0.00553	9.9999e-06	8.41e-05	0.057059	0.113	0.00479	0.0152	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.0423	0.0889	0.064129	0.124	0.0091499	0.0255	0.00041	0.00192
10p loss	17 (6%)	271	0.093549	0.163	0.00012	0.000663	0.8095	0.885	0.082719	0.15	7.9999e-05	0.00047	0.0016	0.00589	0.01268	0.0334	0.3931	0.515	0.086999	0.154	0.0037	0.0123
10q loss	18 (6%)	270	0.097379	0.169	0.00016	0.000864	0.60761	0.716	0.02342	0.0542	3e-05	0.000213	0.00104	0.00409	0.01217	0.0324	0.61246	0.719	0.02248	0.0528	0.00093999	0.00388
11p loss	17 (6%)	271	0.01252	0.0331	0.0074799	0.0216	0.68273	0.776	0.27362	0.389	3e-05	0.000213	0.00416	0.0135	0.074869	0.14	0.20712	0.308	0.02864	0.0642	0.0136	0.0349
11q loss	21 (7%)	267	0.04632	0.0957	0.00095999	0.00388	0.096439	0.168	0.01217	0.0324	2e-05	0.000151	0.00206	0.0074	0.060939	0.119	0.3442	0.471	0.073789	0.139	0.0443	0.0923
13q loss	24 (8%)	264	0.00060999	0.00272	9.9999e-06	8.41e-05	0.47753	0.592	0.00139	0.00527	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.03675	0.0793	0.01041	0.028	0.0076299	0.0219	0.0050799	0.0158
14q loss	47 (16%)	241	4e-05	0.000269	5e-05	0.000327	0.0056299	0.017	6.9999e-05	0.000432	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.04055	0.0856	0.86138	0.923	0.01903	0.0463	0.00273	0.00948
15q loss	31 (11%)	257	0.02235	0.0527	2e-05	0.000151	0.091469	0.161	0.02879	0.0643	7.9999e-05	0.00047	9.9999e-06	8.41e-05	0.02079	0.0501	0.060269	0.119	0.12387	0.205	0.02525	0.058
16p loss	4 (1%)	284	1	1	0.00334	0.0112	0.19044	0.292	0.083039	0.15	0.056639	0.113	0.0072899	0.0212	0.55558	0.671	0.22437	0.329	0.22282	0.328	0.11895	0.2
16q loss	7 (2%)	281	0.13735	0.224	0.01314	0.034	0.63387	0.734	0.060929	0.119	0.00145	0.00545	0.01312	0.034	0.15101	0.24	0.38435	0.506	0.12993	0.213	0.12365	0.205
17p loss	13 (5%)	275	0.00332	0.0112	0.00026	0.00128	0.25213	0.366	0.30031	0.42	0.00012	0.000663	0.00021	0.00104	0.1563	0.247	0.42368	0.545	0.0062499	0.0186	0.0080899	0.0228
18p loss	42 (15%)	246	0.02065	0.0499	9.9999e-06	8.41e-05	0.00213	0.00761	0.00461	0.0148	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.00141	0.00532	0.00093999	0.00388	0.02494	0.0575	0.02309	0.0536
18q loss	44 (15%)	244	0.00109	0.00427	9.9999e-06	8.41e-05	0.0062199	0.0186	0.00046	0.00213	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	0.00136	0.00519	0.00037	0.00177	0.02222	0.0525	0.00492	0.0154
19p loss	16 (6%)	272	0.00046	0.00213	0.00151	0.00562	1	1	0.12328	0.205	0.00191	0.00693	0.01031	0.0279	0.12949	0.213	0.082059	0.15	0.15982	0.251	0.18993	0.292
19q loss	15 (5%)	273	9.9999e-06	8.41e-05	0.00012	0.000663	0.79619	0.872	0.1098	0.186	0.00079999	0.00344	0.03577	0.0781	0.057079	0.113	0.44464	0.56	0.47852	0.592	0.32656	0.449
21q loss	43 (15%)	245	0.01019	0.0279	0.26155	0.376	0.073889	0.139	0.24068	0.35	0.69395	0.783	0.41936	0.541	0.8121	0.886	0.19396	0.295	0.66173	0.762	0.098119	0.17
22q loss	60 (21%)	228	0.00099999	0.00396	9.9999e-06	8.41e-05	0.4353	0.553	0.01463	0.0375	9.9999e-06	8.41e-05	9.9999e-06	8.41e-05	7.9999e-05	0.00047	0.695	0.783	0.14659	0.235	0.0086099	0.0241
xp loss	33 (11%)	255	0.0060699	0.0183	9.9999e-06	8.41e-05	0.21552	0.318	0.00242	0.00856	9.9999e-06	8.41e-05	3e-05	0.000213	0.02304	0.0536	0.41276	0.534	0.02661	0.0602	0.00398	0.013
xq loss	29 (10%)	259	0.00273	0.00948	9.9999e-06	8.41e-05	0.44446	0.56	0.01246	0.033	9.9999e-06	8.41e-05	7.9999e-05	0.00047	0.080089	0.147	0.68416	0.777	0.065489	0.126	0.01341	0.0346
