		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	62 (17%)	308	0.058389	0.137	0.23766	0.38	0.16742	0.298	0.65912	0.751	0.34997	0.477	0.10506	0.215	0.19569	0.331	0.080109	0.178
1q gain	226 (61%)	144	9.9999e-06	0.00016	9.9999e-05	0.00113	3e-05	0.00041	0.00158	0.0101	0.55429	0.668	0.02094	0.0642	0.7137	0.789	0.10831	0.221
2p gain	43 (12%)	327	0.13681	0.26	0.24864	0.389	0.14572	0.271	0.00024	0.00232	0.094589	0.2	0.96777	0.974	0.11736	0.234	0.2995	0.433
2q gain	40 (11%)	330	0.04846	0.121	0.48078	0.598	0.01444	0.0509	0.00051999	0.00411	0.067579	0.156	0.90003	0.926	0.081599	0.179	0.34435	0.472
3p gain	35 (9%)	335	0.0174	0.0565	0.02479	0.0716	0.00203	0.0119	0.087659	0.189	0.03642	0.0987	0.51608	0.631	0.068139	0.157	0.30428	0.434
3q gain	38 (10%)	332	0.01312	0.0468	0.25831	0.397	0.00298	0.0159	0.092139	0.196	0.03064	0.0859	0.51053	0.627	0.058629	0.137	0.71782	0.789
4p gain	27 (7%)	343	0.43044	0.556	0.0066699	0.0283	0.01219	0.0442	0.00188	0.0113	0.25567	0.395	0.44311	0.567	0.086729	0.187	0.16227	0.292
4q gain	7 (2%)	363	0.30379	0.434	0.70678	0.787	0.72752	0.798	0.40647	0.531	0.1945	0.331	0.84977	0.892	0.29253	0.426	0.59391	0.699
5p gain	134 (36%)	236	9.9999e-06	0.00016	0.25179	0.39	0.90925	0.928	0.74912	0.812	0.63198	0.726	0.14455	0.27	0.098499	0.206	0.55355	0.668
5q gain	110 (30%)	260	9.9999e-06	0.00016	0.081599	0.179	0.74179	0.807	0.90597	0.926	0.55873	0.671	0.90412	0.926	0.78551	0.841	0.89095	0.922
6p gain	116 (31%)	254	9.9999e-06	0.00016	0.0051799	0.0236	0.00098999	0.00676	0.02309	0.0685	0.0096399	0.0386	0.00401	0.0198	0.61278	0.71	0.22627	0.366
6q gain	67 (18%)	303	0.00015	0.00154	0.15629	0.286	0.03489	0.0956	0.2904	0.426	0.23844	0.381	0.2405	0.382	0.64946	0.742	0.5751	0.685
7p gain	109 (29%)	261	0.00128	0.00857	0.0247	0.0716	0.7909	0.845	0.88967	0.922	0.03619	0.0985	0.10448	0.214	0.64123	0.734	0.45466	0.578
7q gain	110 (30%)	260	0.20488	0.339	0.00050999	0.00408	0.5371	0.652	0.84051	0.889	0.24627	0.388	0.23768	0.38	0.67922	0.761	0.44003	0.564
8p gain	73 (20%)	297	0.39984	0.527	0.40711	0.531	0.00253	0.0139	0.01668	0.0553	0.27346	0.412	0.37032	0.499	0.88529	0.919	0.02791	0.0789
8q gain	184 (50%)	186	3e-05	0.00041	0.27412	0.412	9.9999e-06	0.00016	9.9999e-06	0.00016	0.44616	0.569	0.0064399	0.0276	0.46037	0.582	0.00193	0.0115
9p gain	19 (5%)	351	0.31271	0.44	0.68744	0.767	0.7508	0.813	0.66784	0.757	0.59934	0.703	0.40095	0.527	0.12472	0.241	0.32294	0.45
9q gain	19 (5%)	351	0.60225	0.704	0.68747	0.767	0.59707	0.702	0.65816	0.751	0.74101	0.807	0.39686	0.525	0.59289	0.699	0.43729	0.562
10p gain	58 (16%)	312	0.00315	0.0165	0.60559	0.707	0.0081799	0.034	0.02015	0.0626	0.14202	0.266	0.4761	0.594	0.053309	0.129	0.01112	0.0419
10q gain	36 (10%)	334	0.00045	0.00369	0.0302	0.085	5.9999e-05	0.000772	0.11981	0.237	0.18967	0.325	0.078949	0.176	0.21438	0.352	0.083089	0.182
11p gain	18 (5%)	352	0.43535	0.561	0.30593	0.435	0.19908	0.334	0.02266	0.0677	0.615	0.712	0.48279	0.599	0.057859	0.136	0.22914	0.369
11q gain	20 (5%)	350	0.34591	0.473	0.67134	0.758	0.47525	0.594	0.092899	0.197	0.78223	0.838	0.61116	0.71	0.051889	0.127	0.25091	0.39
12p gain	40 (11%)	330	0.61114	0.71	0.28229	0.421	0.0051799	0.0236	5e-04	0.00405	0.057469	0.136	0.34196	0.471	0.00012	0.00131	0.02657	0.0761
12q gain	47 (13%)	323	0.19915	0.334	0.71616	0.789	0.0090699	0.0367	0.0027	0.0145	0.1001	0.207	0.62385	0.719	0.00028	0.00262	0.057869	0.136
13q gain	23 (6%)	347	0.03657	0.0987	0.47441	0.594	0.16939	0.3	0.40868	0.532	0.052549	0.128	0.29242	0.426	0.16766	0.298	0.24203	0.384
14q gain	22 (6%)	348	0.18549	0.319	0.49986	0.615	0.36182	0.488	0.13296	0.255	0.56214	0.674	0.17424	0.308	0.14172	0.266	0.73375	0.804
15q gain	33 (9%)	337	0.18238	0.317	0.58394	0.693	0.89888	0.926	0.7152	0.789	0.9517	0.959	0.28448	0.423	0.54403	0.66	0.84346	0.891
16p gain	32 (9%)	338	0.17505	0.309	0.91863	0.933	0.04513	0.114	0.99528	0.997	0.20798	0.344	0.18308	0.317	0.11651	0.233	0.21732	0.355
16q gain	17 (5%)	353	0.12323	0.24	0.070049	0.159	0.0060399	0.0262	0.31291	0.44	0.93642	0.945	0.91209	0.929	0.19036	0.325	0.71692	0.789
17p gain	30 (8%)	340	0.03675	0.0988	0.38357	0.515	0.45742	0.579	0.098819	0.206	0.27394	0.412	0.75481	0.816	0.17839	0.312	0.32471	0.451
17q gain	93 (25%)	277	0.0058699	0.026	0.34148	0.471	0.30614	0.435	0.095049	0.2	0.077409	0.173	0.00092999	0.00649	0.80942	0.861	0.01551	0.0533
18p gain	36 (10%)	334	0.00159	0.0101	0.54641	0.661	0.02157	0.0655	0.01883	0.0596	0.03388	0.0938	0.1919	0.327	0.01289	0.0462	0.47441	0.594
18q gain	28 (8%)	342	0.04661	0.117	0.84893	0.892	0.051809	0.127	0.00318	0.0165	0.01712	0.0559	0.054409	0.13	0.00358	0.0179	0.30172	0.434
19p gain	56 (15%)	314	0.2454	0.388	0.0097399	0.0386	0.00334	0.017	0.01014	0.0391	0.03877	0.103	0.0066899	0.0283	0.00247	0.0137	0.059289	0.138
19q gain	71 (19%)	299	0.15425	0.284	0.00213	0.0124	0.00053999	0.00412	3e-05	0.00041	0.02167	0.0655	0.00151	0.00987	4e-05	0.000536	0.00043	0.00357
20p gain	107 (29%)	263	9.9999e-06	0.00016	0.28864	0.425	0.01502	0.0524	0.00177	0.011	0.16387	0.294	0.04448	0.113	0.00043	0.00357	0.051249	0.127
20q gain	112 (30%)	258	9.9999e-06	0.00016	0.27694	0.416	0.11833	0.235	0.01044	0.0398	0.29654	0.431	0.03897	0.103	0.00055999	0.00422	0.14038	0.265
21q gain	26 (7%)	344	0.18429	0.318	0.93396	0.944	0.089959	0.193	0.38799	0.518	0.92543	0.938	0.22491	0.365	0.30295	0.434	0.49216	0.607
22q gain	48 (13%)	322	0.00028	0.00262	0.14209	0.266	0.03886	0.103	0.00187	0.0113	0.12311	0.24	0.73678	0.806	0.01189	0.0438	0.068799	0.157
xp gain	41 (11%)	329	0.02445	0.0713	0.12195	0.24	0.02349	0.0694	0.37605	0.506	0.15094	0.279	0.051899	0.127	0.8466	0.892	0.03938	0.103
xq gain	60 (16%)	310	0.01173	0.0435	0.0097799	0.0386	0.00106	0.00717	0.00451	0.0216	0.00084999	0.00606	8.9999e-05	0.00107	0.0059899	0.0262	6.9999e-05	0.00085
1p loss	78 (21%)	292	9.9999e-06	0.00016	9.9999e-06	0.00016	9.9999e-06	0.00016	9.9999e-06	0.00016	0.00014	0.00148	0.01991	0.0622	0.00086999	0.00614	0.01615	0.0543
1q loss	20 (5%)	350	0.03229	0.0898	0.67045	0.758	0.2902	0.426	0.48544	0.6	0.25024	0.39	0.11294	0.228	0.51604	0.631	0.01889	0.0596
2p loss	33 (9%)	337	0.0054499	0.0245	0.39356	0.523	0.0053899	0.0244	0.03862	0.103	0.25416	0.393	0.70762	0.787	0.39182	0.522	0.26524	0.403
2q loss	38 (10%)	332	0.00132	0.00875	0.38599	0.517	0.00096999	0.0067	0.0216	0.0655	0.57977	0.689	0.59262	0.699	0.90108	0.926	0.40289	0.529
3p loss	52 (14%)	318	0.10028	0.207	0.069509	0.158	0.00409	0.02	0.0091899	0.037	0.00371	0.0184	0.31796	0.445	0.0050499	0.0235	0.04173	0.107
3q loss	41 (11%)	329	0.090169	0.193	0.34231	0.471	0.0056599	0.0253	0.053859	0.129	0.04132	0.107	0.466	0.587	0.0081099	0.0339	0.23564	0.379
4p loss	105 (28%)	265	9.9999e-06	0.00016	0.070859	0.16	0.00065999	0.00481	0.01874	0.0596	0.13316	0.255	0.0159	0.0543	0.017	0.0558	0.00039	0.00341
4q loss	146 (39%)	224	9.9999e-06	0.00016	0.0061299	0.0265	9.9999e-06	0.00016	0.00081999	0.00591	0.00239	0.0134	0.00459	0.0218	3e-05	0.00041	0.00267	0.0145
5p loss	29 (8%)	341	0.01681	0.0554	0.14511	0.27	0.14034	0.265	0.02424	0.071	0.01273	0.0459	0.1122	0.228	0.0098699	0.0387	0.01609	0.0543
5q loss	37 (10%)	333	0.01216	0.0442	0.01535	0.053	0.053199	0.129	0.00035	0.0031	0.0051099	0.0236	0.059389	0.138	0.00011	0.00122	0.00060999	0.00455
6p loss	31 (8%)	339	0.74593	0.81	0.4859	0.6	0.39548	0.524	0.48332	0.599	0.071319	0.161	0.85005	0.892	0.34294	0.471	0.39417	0.523
6q loss	94 (25%)	276	0.20311	0.338	0.16386	0.294	0.42734	0.553	0.83582	0.886	0.12561	0.242	0.25977	0.397	0.66436	0.754	0.99562	0.997
7p loss	16 (4%)	354	0.39747	0.525	0.3103	0.44	0.12029	0.238	0.35272	0.479	0.86341	0.9	0.22724	0.367	0.02045	0.063	0.04043	0.105
7q loss	21 (6%)	349	0.15819	0.287	0.28541	0.423	0.01851	0.0595	0.084189	0.183	0.67424	0.759	0.03499	0.0956	6.9999e-05	0.00085	0.0073299	0.0308
8p loss	196 (53%)	174	9.9999e-06	0.00016	0.18168	0.316	0.03453	0.0952	0.77654	0.834	0.77146	0.831	0.25968	0.397	0.30239	0.434	0.73804	0.806
8q loss	45 (12%)	325	0.19868	0.334	0.22352	0.364	0.086279	0.187	0.63165	0.726	0.70922	0.787	0.88183	0.917	0.77641	0.834	0.67282	0.758
9p loss	119 (32%)	251	9.9999e-06	0.00016	0.04019	0.105	0.00014	0.00148	0.0060399	0.0262	0.01014	0.0391	0.0084499	0.0349	0.099249	0.206	0.0088899	0.0362
9q loss	110 (30%)	260	9.9999e-06	0.00016	0.0099099	0.0387	0.00227	0.0131	0.00162	0.0102	0.02771	0.0787	0.0085399	0.035	0.2608	0.398	0.00041	0.00354
10p loss	47 (13%)	323	0.00015	0.00154	0.41716	0.542	0.00307	0.0162	0.00438	0.0213	0.01038	0.0398	0.01381	0.049	0.12424	0.24	0.01511	0.0524
10q loss	78 (21%)	292	9.9999e-06	0.00016	0.04478	0.113	9.9999e-06	0.00016	3e-05	0.00041	0.00322	0.0165	9.9999e-05	0.00113	0.081049	0.179	9.9999e-06	0.00016
11p loss	63 (17%)	307	0.01146	0.0427	0.86218	0.9	0.054909	0.131	0.011	0.0417	0.095719	0.201	0.15837	0.287	0.0146	0.0512	0.01613	0.0543
11q loss	72 (19%)	298	0.03908	0.103	0.8013	0.855	0.19513	0.331	0.17733	0.311	0.43803	0.562	0.2104	0.346	0.01203	0.0441	0.04929	0.122
12p loss	66 (18%)	304	2e-05	0.000305	0.35914	0.486	0.01808	0.0584	0.30155	0.434	0.35252	0.479	0.12399	0.24	0.18046	0.315	0.21049	0.346
12q loss	36 (10%)	334	0.02667	0.0761	0.90199	0.926	0.29975	0.433	0.66041	0.751	0.59984	0.703	0.91663	0.932	0.80382	0.856	0.88231	0.917
13q loss	122 (33%)	248	9.9999e-06	0.00016	0.03829	0.103	0.00233	0.0133	0.00033	0.00305	0.00337	0.017	0.00468	0.0219	0.00053999	0.00412	0.00063999	0.00472
14q loss	109 (29%)	261	9.9999e-06	0.00016	0.16531	0.295	5.9999e-05	0.000772	2e-05	0.000305	0.055399	0.132	0.15782	0.287	0.00019	0.00189	0.00463	0.0219
15q loss	67 (18%)	303	0.00042	0.00357	0.15587	0.286	0.00016	0.00161	6.9999e-05	0.00085	0.03098	0.0865	0.24866	0.389	0.00152	0.00987	0.02041	0.063
16p loss	108 (29%)	262	9.9999e-06	0.00016	9.9999e-05	0.00113	9.9999e-06	0.00016	9.9999e-06	0.00016	9.9999e-06	0.00016	9.9999e-06	0.00016	9.9999e-06	0.00016	9.9999e-06	0.00016
16q loss	145 (39%)	225	9.9999e-06	0.00016	9.9999e-06	0.00016	9.9999e-06	0.00016	9.9999e-06	0.00016	9.9999e-06	0.00016	9.9999e-06	0.00016	9.9999e-06	0.00016	9.9999e-06	0.00016
17p loss	185 (50%)	185	9.9999e-06	0.00016	0.083749	0.183	0.00187	0.0113	0.02186	0.0658	0.00199	0.0118	0.00034	0.00306	0.28144	0.421	0.00022	0.00215
17q loss	40 (11%)	330	0.053629	0.129	0.45724	0.579	0.51674	0.631	0.24927	0.389	0.68007	0.761	0.61224	0.71	0.47338	0.594	0.33896	0.469
18p loss	74 (20%)	296	0.02658	0.0761	0.00236	0.0133	0.56731	0.678	0.00322	0.0165	0.90024	0.926	0.71209	0.789	0.21713	0.355	0.29081	0.426
18q loss	79 (21%)	291	0.01632	0.0543	0.00164	0.0102	0.51939	0.633	0.00053999	0.00412	0.759	0.819	0.4042	0.529	0.28589	0.423	0.28244	0.421
19p loss	52 (14%)	318	9.9999e-06	0.00016	0.85884	0.899	0.068549	0.157	0.24669	0.388	0.076519	0.171	0.14784	0.274	0.31565	0.442	0.01876	0.0596
19q loss	39 (11%)	331	9.9999e-06	0.00016	0.32307	0.45	0.1558	0.286	0.9054	0.926	0.11323	0.228	0.094939	0.2	0.23967	0.382	0.13489	0.257
20p loss	26 (7%)	344	0.42004	0.545	0.33817	0.469	0.27101	0.411	0.10437	0.214	0.26267	0.4	0.85337	0.894	0.67535	0.759	0.31232	0.44
20q loss	13 (4%)	357	1	1	0.25903	0.397	0.20224	0.338	0.11255	0.228	0.55717	0.671	0.63839	0.732	0.04156	0.107	0.29996	0.433
21q loss	110 (30%)	260	0.01625	0.0543	0.59156	0.699	0.00034	0.00306	0.1236	0.24	0.45504	0.578	0.93083	0.942	0.01146	0.0427	0.11345	0.228
22q loss	70 (19%)	300	0.00452	0.0216	0.17683	0.311	0.00265	0.0145	0.15998	0.289	0.83137	0.882	0.46379	0.585	0.56618	0.678	0.9888	0.993
xp loss	95 (26%)	275	0.28619	0.423	0.01983	0.0622	0.124	0.24	0.02421	0.071	0.071699	0.161	0.31494	0.442	0.02269	0.0677	0.20336	0.338
xq loss	74 (20%)	296	0.04891	0.122	0.04194	0.107	0.2021	0.338	0.18606	0.32	0.35701	0.484	0.56807	0.678	0.61896	0.715	0.53095	0.646
