		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	22 (12%)	162	0.63677	0.776	0.10748	0.246	0.24458	0.416	0.058449	0.165	0.84839	0.924	0.42109	0.6	0.87223	0.942	0.76807	0.875	0.47704	0.645	0.94271	0.981
1q gain	52 (28%)	132	0.0070899	0.0479	9.9999e-06	0.000571	0.42596	0.601	0.2937	0.469	0.03596	0.122	0.03017	0.11	0.0345	0.12	0.02089	0.0866	0.056129	0.16	0.2691	0.44
2p gain	16 (9%)	168	0.25235	0.423	0.00018	0.00389	0.43203	0.604	0.43815	0.607	0.01327	0.0656	0.1829	0.342	0.74857	0.859	0.0050999	0.0391	0.080179	0.203	0.16831	0.324
2q gain	18 (10%)	166	0.17738	0.338	5e-05	0.0019	0.43258	0.604	0.43754	0.607	0.02438	0.0956	0.12106	0.266	0.66626	0.793	0.00149	0.0174	0.061429	0.169	0.072839	0.19
3p gain	10 (5%)	174	0.065799	0.177	0.0085499	0.0534	0.55563	0.715	0.206	0.367	0.02911	0.108	0.61758	0.765	1	1	0.44376	0.613	0.42283	0.601	0.74998	0.86
3q gain	20 (11%)	164	0.0083299	0.0525	3e-05	0.00126	0.20828	0.369	0.0439	0.14	0.00159	0.0174	0.28095	0.454	0.76773	0.875	0.059189	0.166	0.64217	0.776	0.1659	0.321
4p gain	11 (6%)	173	0.01985	0.0833	0.62939	0.77	0.35793	0.535	0.04557	0.142	0.01411	0.068	0.01086	0.0591	0.1748	0.335	0.02141	0.0883	0.01768	0.0769	0.00153	0.0174
4q gain	9 (5%)	175	0.0069999	0.0479	0.57117	0.726	0.35898	0.535	0.04513	0.142	0.0079799	0.0519	0.0088999	0.0535	0.03995	0.132	0.01351	0.0663	0.02903	0.108	0.00094999	0.0135
5p gain	28 (15%)	156	0.01625	0.073	0.50208	0.665	0.80365	0.898	0.46138	0.631	0.21005	0.372	0.15684	0.312	0.01829	0.0791	0.12613	0.273	0.01991	0.0833	0.00077999	0.012
5q gain	22 (12%)	162	0.01374	0.0666	0.58581	0.74	0.77266	0.878	0.4169	0.597	0.13674	0.283	0.02287	0.0924	0.0112	0.0597	0.0414	0.136	0.060919	0.169	0.00099999	0.0136
6p gain	7 (4%)	177	0.29614	0.47	0.61046	0.761	0.74704	0.859	0.43237	0.604	0.66091	0.791	1	1	0.01467	0.069	0.87364	0.942	0.88142	0.945	0.47104	0.639
6q gain	5 (3%)	179	0.60605	0.759	0.67978	0.804	1	1	0.90725	0.958	0.62005	0.765	1	1	0.0091699	0.0539	1	1	0.24763	0.417	0.19754	0.359
7p gain	53 (29%)	131	0.00117	0.0155	0.04667	0.144	0.0073299	0.0489	0.04739	0.145	0.01225	0.0624	0.20532	0.367	0.14392	0.295	0.03794	0.128	0.03296	0.117	0.00133	0.0169
7q gain	49 (27%)	135	0.0051299	0.0391	0.26041	0.432	0.03682	0.125	0.1136	0.257	0.076279	0.196	0.1931	0.352	0.2941	0.469	0.26635	0.438	0.03528	0.121	0.00428	0.0353
8p gain	25 (14%)	159	0.01058	0.0588	0.19242	0.352	0.29676	0.47	0.82887	0.914	0.32653	0.501	1	1	0.13301	0.279	0.62871	0.77	0.39343	0.574	0.83027	0.914
8q gain	48 (26%)	136	0.00017	0.00378	0.01434	0.0683	0.84368	0.922	0.78925	0.887	0.073389	0.19	0.54768	0.707	0.13221	0.279	0.079969	0.203	0.223	0.39	0.18618	0.346
9p gain	8 (4%)	176	0.15813	0.312	1	1	0.79834	0.894	0.26707	0.438	0.6622	0.791	0.6338	0.774	0.87474	0.942	0.78854	0.887	0.40405	0.587	0.10173	0.237
9q gain	12 (7%)	172	0.02473	0.0965	0.79426	0.891	0.82127	0.909	0.50418	0.667	0.1326	0.279	0.61196	0.761	0.81469	0.904	0.26352	0.436	0.17859	0.339	0.03096	0.112
10p gain	10 (5%)	174	1	1	0.2509	0.422	0.019	0.0813	0.095409	0.232	0.34677	0.523	0.81585	0.904	0.077169	0.198	0.90226	0.957	1	1	0.23439	0.403
10q gain	13 (7%)	171	0.95522	0.99	0.16019	0.314	0.04268	0.138	0.13469	0.281	0.48382	0.652	0.37708	0.553	0.067549	0.179	0.91446	0.963	0.50617	0.668	0.8396	0.92
11p gain	14 (8%)	170	0.02374	0.0945	0.02633	0.1	0.20506	0.367	0.37759	0.553	0.29366	0.469	1	1	0.92644	0.97	0.74021	0.856	0.76993	0.876	0.90869	0.958
11q gain	17 (9%)	167	0.02283	0.0924	0.01032	0.0577	0.097429	0.233	0.0082599	0.0525	0.04905	0.148	0.89026	0.95	0.90692	0.958	0.56121	0.721	0.053339	0.155	0.19227	0.352
12p gain	32 (17%)	152	9.9999e-05	0.00276	0.00095999	0.0135	0.48617	0.654	0.04935	0.148	0.00333	0.0306	0.50084	0.664	0.03879	0.129	0.059349	0.166	0.04284	0.138	0.00236	0.0235
12q gain	24 (13%)	160	0.00428	0.0353	0.01557	0.072	0.23261	0.402	0.052249	0.154	0.0067499	0.0474	0.1693	0.326	0.083289	0.209	0.04614	0.144	0.01675	0.0744	0.00080999	0.0122
13q gain	28 (15%)	156	0.10017	0.236	0.71973	0.841	0.97433	1	0.97219	1	0.00168	0.0182	0.31864	0.493	0.41467	0.595	0.12558	0.273	0.64685	0.778	0.04996	0.149
14q gain	26 (14%)	158	0.00023	0.0046	0.13882	0.286	0.58902	0.743	0.66284	0.791	0.0082699	0.0525	0.57662	0.731	0.28852	0.465	0.26259	0.435	0.9224	0.968	0.099949	0.236
15q gain	15 (8%)	169	0.01751	0.0769	0.054629	0.157	0.77669	0.88	1	1	0.36431	0.541	0.086139	0.214	0.19342	0.352	1	1	0.3313	0.508	0.46173	0.631
16p gain	23 (12%)	161	0.00238	0.0235	0.00419	0.0353	0.0050899	0.0391	0.51222	0.671	0.02433	0.0956	0.054689	0.157	0.31205	0.485	0.0091899	0.0539	0.47146	0.639	0.24751	0.417
16q gain	23 (12%)	161	0.00074999	0.012	0.00386	0.0329	0.11427	0.257	0.83524	0.917	0.01092	0.0591	0.054239	0.157	0.40524	0.587	0.00073999	0.012	0.16826	0.324	0.081039	0.204
17p gain	10 (5%)	174	0.83049	0.914	0.15472	0.311	0.7464	0.859	0.229	0.398	0.00261	0.0249	0.00157	0.0174	0.04559	0.142	0.0067199	0.0474	0.0069299	0.0478	9.9999e-06	0.000571
17q gain	19 (10%)	165	0.12064	0.266	0.34703	0.523	0.78119	0.881	0.8641	0.935	0.0058999	0.0433	0.060149	0.168	0.096629	0.233	0.064069	0.174	0.15621	0.312	0.00044	0.00749
18p gain	29 (16%)	155	0.00341	0.031	0.02544	0.0983	0.5123	0.671	0.57424	0.729	0.0088799	0.0535	0.12306	0.269	0.21276	0.376	0.01567	0.072	0.55453	0.714	0.0063299	0.0452
18q gain	13 (7%)	171	0.070839	0.186	0.70808	0.831	0.68087	0.805	0.18079	0.341	0.50911	0.67	0.4043	0.587	0.02395	0.0949	0.094649	0.231	0.16352	0.319	0.00012	0.003
19p gain	19 (10%)	165	0.00469	0.0375	0.27182	0.443	0.64232	0.776	0.36098	0.537	0.00149	0.0174	0.72012	0.841	0.074799	0.193	0.50079	0.664	0.42031	0.6	0.03047	0.11
19q gain	29 (16%)	155	0.00028	0.00509	0.13456	0.281	0.88305	0.946	0.63694	0.776	0.00118	0.0155	0.85658	0.929	0.16594	0.321	0.88804	0.949	0.15555	0.312	0.206	0.367
20p gain	36 (20%)	148	0.0153	0.0712	0.02864	0.108	0.1502	0.304	0.069729	0.183	0.04492	0.142	0.079749	0.203	0.11111	0.253	0.0087999	0.0535	0.15924	0.313	0.0027	0.0254
20q gain	46 (25%)	138	0.00022	0.00451	0.04833	0.147	0.18366	0.342	0.01094	0.0591	0.12023	0.266	0.15642	0.312	0.12921	0.276	0.01966	0.0833	0.04865	0.147	0.01636	0.0731
22q gain	7 (4%)	177	0.00090999	0.0132	0.01597	0.0722	0.94167	0.981	0.5273	0.685	0.27876	0.452	0.17179	0.33	0.43493	0.606	0.15906	0.313	0.4095	0.588	0.319	0.493
xp gain	8 (4%)	176	0.88049	0.945	0.3099	0.485	0.72884	0.847	0.10098	0.237	0.03394	0.12	0.03479	0.12	0.18384	0.342	0.03995	0.132	0.01028	0.0577	3e-05	0.00126
xq gain	15 (8%)	169	0.17936	0.339	0.5659	0.721	0.20192	0.365	0.02841	0.107	0.31253	0.485	0.02329	0.0936	0.02958	0.109	0.11074	0.252	0.0098499	0.0563	0.01198	0.0624
1p loss	34 (18%)	150	0.00224	0.0233	0.00011	0.00284	0.00364	0.0324	0.072339	0.189	0.04489	0.142	0.077999	0.199	0.11362	0.257	0.060539	0.168	0.2439	0.416	0.03879	0.129
1q loss	8 (4%)	176	0.11542	0.259	0.51925	0.678	0.74518	0.859	0.92573	0.97	0.59872	0.752	0.51189	0.671	0.46561	0.636	0.69686	0.821	0.8676	0.938	0.062549	0.171
2p loss	10 (5%)	174	0.33274	0.508	0.21808	0.383	0.73356	0.851	0.42408	0.601	0.80942	0.902	0.24772	0.417	0.057569	0.164	0.60183	0.755	0.31035	0.485	0.062979	0.172
2q loss	4 (2%)	180	0.56437	0.721	0.40859	0.588	NA	NA	NA	NA	0.29155	0.468	0.066699	0.178	0.00142	0.0174	0.20231	0.365	0.34834	0.524	0.0052899	0.0399
3p loss	36 (20%)	148	0.050709	0.151	0.066419	0.178	0.13345	0.279	0.44671	0.616	0.12715	0.274	0.90724	0.958	0.13243	0.279	0.29712	0.47	0.92216	0.968	0.47003	0.639
3q loss	19 (10%)	165	0.12542	0.273	0.46641	0.636	0.00289	0.0269	0.057869	0.164	0.35237	0.528	0.66925	0.796	0.067399	0.179	1	1	0.13144	0.279	0.03181	0.114
4p loss	25 (14%)	159	0.42852	0.602	0.0093699	0.0543	0.29356	0.469	0.84963	0.924	0.01202	0.0624	0.10254	0.237	0.13841	0.286	0.01262	0.0635	0.53195	0.69	0.17584	0.336
4q loss	24 (13%)	160	0.34373	0.521	0.01295	0.0647	0.49824	0.664	0.35879	0.535	0.03843	0.129	0.23442	0.403	0.22997	0.398	0.00438	0.0354	0.40622	0.587	0.092549	0.226
5p loss	9 (5%)	175	0.78206	0.881	0.8789	0.945	0.93263	0.974	0.81512	0.904	0.62541	0.77	0.2383	0.408	0.81496	0.904	1	1	0.83598	0.917	0.89641	0.953
5q loss	11 (6%)	173	0.44704	0.616	0.50018	0.664	0.69796	0.821	0.15783	0.312	0.62807	0.77	0.34498	0.522	0.49549	0.664	0.69449	0.819	0.9516	0.987	0.77904	0.881
6p loss	64 (35%)	120	9.9999e-06	0.000571	5.9999e-05	0.00209	0.084009	0.21	0.1881	0.348	0.00228	0.0234	0.01481	0.0693	0.26024	0.432	0.00098999	0.0136	0.31567	0.489	0.00043	0.00748
6q loss	82 (45%)	102	9.9999e-06	0.000571	9.9999e-06	0.000571	0.02253	0.0922	0.5208	0.679	2e-05	0.000941	0.00088999	0.0132	0.00127	0.0164	9.9999e-06	0.000571	0.00036	0.0064	0.00027	0.00502
7q loss	3 (2%)	181	0.35031	0.526	0.62416	0.769	NA	NA	NA	NA	0.92863	0.971	0.77414	0.878	0.61511	0.763	1	1	1	1	1	1
8p loss	42 (23%)	142	9.9999e-06	0.000571	0.00368	0.0324	0.18171	0.341	0.23836	0.408	0.01596	0.0722	0.0083299	0.0525	0.42276	0.601	0.0079799	0.0519	0.087319	0.216	0.058399	0.165
8q loss	16 (9%)	168	0.00067999	0.0113	0.22907	0.398	0.063319	0.172	0.30352	0.476	0.42648	0.601	0.43575	0.606	0.32385	0.499	0.44978	0.618	0.25963	0.432	0.03477	0.12
9p loss	74 (40%)	110	9.9999e-06	0.000571	0.00027	0.00502	0.02614	0.1	0.062329	0.171	0.00172	0.0183	0.04292	0.138	0.04839	0.147	0.02258	0.0922	0.099529	0.236	0.03268	0.116
9q loss	43 (23%)	141	0.0060899	0.0439	0.10478	0.241	0.51485	0.673	0.11645	0.259	0.32443	0.499	0.44159	0.611	0.14715	0.3	0.26575	0.438	0.29873	0.471	0.26686	0.438
10p loss	36 (20%)	148	2e-05	0.000941	0.43265	0.604	0.89672	0.953	0.67669	0.802	0.00386	0.0329	0.19306	0.352	0.6589	0.79	0.14681	0.3	0.01968	0.0833	0.04253	0.138
10q loss	30 (16%)	154	0.00015	0.00353	0.90298	0.957	0.89634	0.953	0.19994	0.362	0.04321	0.139	0.01754	0.0769	0.064279	0.174	0.33408	0.509	0.01594	0.0722	0.01887	0.0812
11p loss	17 (9%)	167	0.054329	0.157	0.04675	0.144	0.088999	0.22	0.11635	0.259	0.27534	0.448	0.8856	0.947	0.0076899	0.0508	0.48158	0.65	0.20482	0.367	0.01328	0.0656
11q loss	15 (8%)	169	0.18103	0.341	0.12169	0.267	0.25264	0.423	7.9999e-05	0.00237	0.62722	0.77	0.56475	0.721	0.00024	0.00468	0.4017	0.585	0.1365	0.283	5e-05	0.0019
12p loss	19 (10%)	165	0.02341	0.0936	0.03486	0.12	6.9999e-05	0.00224	0.00142	0.0174	0.0091399	0.0539	0.01426	0.0683	0.59511	0.75	0.00021	0.00442	0.10268	0.237	0.00077999	0.012
12q loss	28 (15%)	156	0.01195	0.0624	0.069019	0.182	0.01214	0.0624	0.092149	0.226	0.01766	0.0769	0.00256	0.0247	0.75244	0.861	0.02639	0.1	0.051699	0.153	0.10219	0.237
13q loss	20 (11%)	164	0.0057399	0.0425	0.01442	0.0683	0.97257	1	0.63891	0.776	0.0050799	0.0391	0.15376	0.31	0.02536	0.0983	0.0126	0.0635	0.40677	0.587	0.01067	0.0589
14q loss	15 (8%)	169	0.49601	0.664	0.04729	0.145	0.42633	0.601	0.56636	0.721	0.12693	0.274	0.098029	0.234	0.18175	0.341	0.20637	0.367	0.15792	0.312	0.47666	0.645
15q loss	30 (16%)	154	0.0087199	0.0535	0.01008	0.0572	0.56254	0.721	0.6194	0.765	0.00156	0.0174	0.00224	0.0233	0.75304	0.861	0.0069099	0.0478	0.72235	0.841	0.0087299	0.0535
16p loss	10 (5%)	174	0.59857	0.752	0.50039	0.664	0.052439	0.154	0.0122	0.0624	0.40851	0.588	0.24531	0.416	0.37502	0.553	0.54068	0.699	0.28122	0.454	0.01125	0.0597
16q loss	13 (7%)	171	0.19881	0.361	0.66641	0.793	0.71456	0.837	0.3777	0.553	0.33266	0.508	0.1207	0.266	0.13927	0.286	0.24468	0.416	0.37545	0.553	0.02602	0.1
17p loss	79 (43%)	105	9.9999e-06	0.000571	9.9999e-06	0.000571	0.051889	0.153	0.1292	0.276	9.9999e-06	0.000571	9.9999e-06	0.000571	9.9999e-05	0.00276	5.9999e-05	0.00209	9.9999e-06	0.000571	7.9999e-05	0.00237
17q loss	19 (10%)	165	0.0051199	0.0391	0.21863	0.384	0.02	0.0833	0.10219	0.237	0.19134	0.352	0.58418	0.739	0.52191	0.679	0.63836	0.776	0.85288	0.926	0.70399	0.827
18p loss	54 (29%)	130	0.01127	0.0597	0.45212	0.62	0.7216	0.841	0.84147	0.921	0.93623	0.977	0.64995	0.781	0.085139	0.212	0.97501	1	0.12895	0.276	0.13341	0.279
18q loss	104 (57%)	80	2e-05	0.000941	0.00013	0.00315	0.78086	0.881	0.53322	0.69	0.00436	0.0354	0.00244	0.0238	0.00016	0.00366	0.00236	0.0235	0.03418	0.12	0.00011	0.00284
19p loss	17 (9%)	167	0.0092299	0.0539	0.0456	0.142	0.37023	0.547	0.064479	0.174	0.00159	0.0174	0.02937	0.108	0.50749	0.669	0.00359	0.0323	0.080919	0.204	0.14843	0.301
19q loss	11 (6%)	173	0.099739	0.236	0.04211	0.138	0.29727	0.47	0.22295	0.39	0.00375	0.0326	0.0059599	0.0433	0.73044	0.848	0.01359	0.0663	0.31122	0.485	0.16242	0.318
20p loss	19 (10%)	165	0.0071199	0.0479	0.11925	0.265	0.64506	0.777	0.73861	0.855	0.11036	0.252	0.11387	0.257	0.073279	0.19	0.04637	0.144	0.15251	0.308	0.091299	0.225
20q loss	5 (3%)	179	0.03045	0.11	0.61071	0.761	NA	NA	NA	NA	0.74329	0.858	0.84727	0.924	0.60864	0.761	0.82603	0.913	0.84848	0.924	0.67218	0.798
21q loss	58 (32%)	126	6.9999e-05	0.00224	0.0055499	0.0415	0.61297	0.761	0.13126	0.279	0.34365	0.521	0.096099	0.233	0.27079	0.442	0.03257	0.116	0.25755	0.43	0.4262	0.601
22q loss	47 (26%)	137	9.9999e-06	0.000571	0.0015	0.0174	0.79876	0.894	0.94769	0.985	0.10131	0.237	0.30271	0.476	0.22549	0.393	0.02902	0.108	0.099209	0.236	0.16423	0.32
xp loss	27 (15%)	157	0.0097899	0.0563	0.24416	0.416	0.03432	0.12	0.644	0.777	0.36522	0.541	0.28942	0.466	0.18742	0.347	0.95668	0.99	0.30307	0.476	0.1777	0.338
xq loss	16 (9%)	168	0.096339	0.233	0.096889	0.233	0.053219	0.155	0.14539	0.297	0.33997	0.517	0.38735	0.567	0.64044	0.776	0.80968	0.902	0.21416	0.377	0.49268	0.661
