		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1p34.2	13 (7%)	171	0.33564	0.448	0.8121	0.85	0.17081	0.28	0.04328	0.105	0.91591	0.934	0.26539	0.385	0.48583	0.589	0.91783	0.935	0.26341	0.384	0.75243	0.806
amp_1p12	27 (15%)	157	0.10429	0.197	0.91556	0.934	0.16813	0.278	0.2022	0.316	0.79974	0.839	0.44241	0.551	0.94488	0.957	0.26049	0.382	0.092289	0.18	0.66895	0.737
amp_1q21.3	62 (34%)	122	0.00056999	0.00431	5.9999e-05	0.000715	0.066639	0.146	0.078709	0.163	0.01648	0.0543	0.01053	0.0391	0.01328	0.0476	0.01584	0.0538	0.0075699	0.0307	0.13503	0.237
amp_2q36.2	26 (14%)	158	0.01862	0.0579	8.9999e-05	0.000933	0.055699	0.128	0.31402	0.428	0.0191	0.0588	0.02103	0.0632	0.48456	0.589	0.00383	0.0188	0.03087	0.0804	0.0319	0.0827
amp_3p12.2	12 (7%)	172	0.12683	0.227	0.0283	0.0755	0.084419	0.169	0.77107	0.819	0.14613	0.25	0.92007	0.935	0.60762	0.686	1	1	0.63673	0.713	0.98031	0.984
amp_3q26.2	32 (17%)	152	0.00394	0.0192	3e-05	0.000442	0.21442	0.33	0.01659	0.0543	2e-05	0.000329	0.052589	0.122	0.59001	0.672	0.0171	0.0547	0.13583	0.238	0.0184	0.0579
amp_4p16.3	15 (8%)	169	0.15666	0.262	0.67641	0.741	0.13691	0.239	0.071279	0.155	0.04298	0.105	0.0184	0.0579	0.18591	0.297	0.02555	0.0701	0.0386	0.0961	0.00168	0.00996
amp_6p21.31	12 (7%)	172	0.10857	0.201	0.24807	0.369	0.68301	0.744	0.68265	0.744	0.41997	0.526	0.85481	0.885	0.03724	0.0939	0.71591	0.772	0.57231	0.658	0.38037	0.489
amp_7q22.1	56 (30%)	128	3e-05	0.000442	0.02011	0.0612	0.0324	0.0836	0.67836	0.742	0.02534	0.0701	0.31126	0.425	0.106	0.199	0.03761	0.0941	0.0024	0.0133	0.00477	0.0212
amp_8p11.22	34 (18%)	150	0.02048	0.062	0.26794	0.386	0.12441	0.224	0.33583	0.448	0.37467	0.482	0.6981	0.755	0.5115	0.609	0.69023	0.751	0.3521	0.456	0.67025	0.737
amp_8p11.21	34 (18%)	150	0.00065999	0.00456	0.12833	0.229	0.23412	0.353	0.45675	0.563	0.3287	0.443	0.69748	0.755	0.3423	0.451	0.21206	0.33	0.090169	0.178	0.48568	0.589
amp_8q24.21	74 (40%)	110	9.9999e-06	0.000224	0.00025	0.00212	0.1085	0.201	0.14034	0.243	0.00333	0.017	0.061329	0.136	0.12271	0.222	0.056239	0.129	0.10514	0.198	0.081829	0.167
amp_9p13.3	24 (13%)	160	0.16961	0.279	0.88781	0.916	0.94703	0.957	0.31127	0.425	0.82723	0.863	0.39199	0.5	0.5803	0.666	0.079899	0.164	0.97466	0.98	0.10365	0.197
amp_12p13.33	39 (21%)	145	0.00023	0.00198	2e-04	0.00181	0.40081	0.509	0.27574	0.394	0.01335	0.0476	0.55247	0.645	0.058039	0.131	0.19671	0.309	0.01495	0.052	0.00368	0.0184
amp_12p11.21	43 (23%)	141	3e-05	0.000442	2e-05	0.000329	0.49825	0.602	0.46337	0.568	0.00058999	0.00441	0.3099	0.425	0.073349	0.157	0.0078999	0.0318	0.089499	0.177	0.01877	0.0581
amp_12q15	29 (16%)	155	0.00028	0.00231	0.00417	0.0198	0.28911	0.406	0.075079	0.16	0.0068899	0.0286	0.32941	0.443	0.03264	0.0838	0.076939	0.161	0.04667	0.111	0.00144	0.00896
amp_15q26.1	22 (12%)	162	0.00063999	0.00454	0.10165	0.194	0.33541	0.448	0.66982	0.737	0.8354	0.87	0.11115	0.205	0.58488	0.67	0.53513	0.632	0.077029	0.161	0.34683	0.453
amp_17p11.2	15 (8%)	169	0.89516	0.919	0.26889	0.386	0.37101	0.479	0.40825	0.515	0.10169	0.194	0.050459	0.118	0.30216	0.419	0.11241	0.207	0.068339	0.149	0.00169	0.00996
amp_17q12	31 (17%)	153	0.084359	0.169	0.085489	0.17	0.96097	0.97	0.98571	0.987	0.02826	0.0755	0.21398	0.33	0.02271	0.0646	0.060129	0.134	0.5019	0.602	0.00264	0.0144
amp_18q11.2	56 (30%)	128	5e-05	0.000636	0.00106	0.00682	0.075119	0.16	0.1018	0.194	0.00065999	0.00456	0.075569	0.16	0.02187	0.0636	0.00053999	0.00414	0.1895	0.301	0.00022	0.00192
amp_19q13.2	47 (26%)	137	0.00012	0.00122	0.0099299	0.0373	0.34305	0.451	0.51199	0.609	0.0050299	0.022	0.87223	0.901	0.42894	0.536	0.22661	0.344	0.30767	0.425	0.35182	0.456
amp_20p11.23	38 (21%)	146	0.0062399	0.0266	0.0067099	0.028	0.077549	0.161	0.11854	0.215	0.075719	0.16	0.39485	0.503	0.04964	0.117	0.02589	0.0707	0.27241	0.39	0.00443	0.0202
amp_xq28	20 (11%)	164	0.00432	0.02	0.45927	0.565	0.28279	0.401	0.135	0.237	0.24482	0.366	0.21464	0.33	0.094879	0.184	0.32712	0.442	0.091079	0.178	0.02938	0.0776
del_1p36.11	68 (37%)	116	7.9999e-05	0.000878	9.9999e-06	0.000224	0.01628	0.0543	0.28365	0.401	0.00018	0.00171	0.0184	0.0579	0.19185	0.303	0.085479	0.17	0.095629	0.185	0.16685	0.276
del_2q14.3	9 (5%)	175	0.25557	0.376	0.18881	0.3	0.34361	0.451	0.19631	0.309	0.31479	0.428	0.48191	0.588	0.00028	0.00231	0.71798	0.773	0.51426	0.61	0.11648	0.212
del_3p21.31	51 (28%)	133	0.01698	0.0546	0.0054999	0.0237	0.23745	0.356	0.5442	0.639	0.00423	0.0199	0.78848	0.832	0.10478	0.198	0.04344	0.105	0.63164	0.709	0.11258	0.207
del_4q22.1	27 (15%)	157	0.3868	0.495	0.0080599	0.032	0.33574	0.448	0.14433	0.248	0.0063099	0.0266	0.088339	0.175	0.34465	0.451	0.0016	0.00985	0.15585	0.261	0.02617	0.071
del_4q34.3	35 (19%)	149	0.02553	0.0701	0.0352	0.0896	0.10749	0.201	0.053799	0.124	0.077579	0.161	0.62192	0.699	0.79913	0.839	0.17029	0.28	0.44631	0.554	0.13843	0.24
del_5q14.2	35 (19%)	149	0.00175	0.0102	0.090459	0.178	0.29233	0.408	0.1478	0.251	0.00196	0.0112	0.2207	0.338	0.29108	0.408	0.17668	0.288	0.14848	0.251	0.17982	0.289
del_6p25.2	74 (40%)	110	9.9999e-06	0.000224	2e-05	0.000329	0.00242	0.0133	0.17917	0.289	0.00346	0.0175	0.01235	0.0449	0.063049	0.139	0.00046	0.00358	0.17724	0.288	0.00104	0.00677
del_6p22.2	70 (38%)	114	9.9999e-06	0.000224	2e-05	0.000329	0.03617	0.0917	0.56027	0.65	0.00471	0.0212	0.02208	0.0637	0.14207	0.245	0.00093999	0.00627	0.2539	0.374	0.00167	0.00996
del_6q25.3	91 (49%)	93	9.9999e-06	0.000224	9.9999e-06	0.000224	0.01186	0.0436	0.40406	0.511	2e-05	0.000329	0.0050699	0.022	0.00427	0.0199	0.00021	0.00187	0.00062999	0.00454	0.0097299	0.0368
del_7q31.1	15 (8%)	169	0.26792	0.386	0.73514	0.79	0.55927	0.65	0.058439	0.131	0.50066	0.602	0.30808	0.425	0.85122	0.884	0.50996	0.609	0.76992	0.819	0.54599	0.64
del_7q36.1	15 (8%)	169	0.03971	0.0978	0.12911	0.229	0.15214	0.256	0.02127	0.0634	0.17683	0.288	0.60453	0.684	0.82676	0.863	0.34071	0.451	0.53636	0.632	0.16101	0.268
del_8p21.3	62 (34%)	122	9.9999e-06	0.000224	0.00475	0.0212	0.41035	0.516	0.14714	0.251	0.01856	0.0579	0.02799	0.0754	0.64511	0.721	0.02862	0.076	0.33879	0.45	0.34802	0.453
del_9p21.3	116 (63%)	68	9.9999e-06	0.000224	9.9999e-06	0.000224	0.15144	0.255	0.57088	0.658	9.9999e-06	0.000224	7.9999e-05	0.000878	9.9999e-06	0.000224	9.9999e-06	0.000224	9.9999e-06	0.000224	9.9999e-06	0.000224
del_10p15.3	41 (22%)	143	2e-05	0.000329	0.23455	0.353	0.89623	0.919	0.6744	0.741	0.00101	0.00665	0.01264	0.0457	0.65692	0.73	0.02419	0.0684	0.00038	0.00308	0.01548	0.0532
del_10q23.33	35 (19%)	149	4e-05	0.000546	0.79917	0.839	0.56676	0.656	0.30872	0.425	0.02191	0.0636	0.17924	0.289	0.14846	0.251	0.53824	0.633	0.01625	0.0543	0.0398	0.0978
del_11p15.4	29 (16%)	155	0.0072899	0.03	0.50036	0.602	0.00213	0.012	0.083319	0.169	0.59313	0.674	0.78381	0.83	0.51043	0.609	0.54984	0.643	0.69224	0.751	0.55969	0.65
del_12p13.1	29 (16%)	155	0.00019	0.00177	0.00014	0.00138	0.0091499	0.0351	0.051369	0.12	0.00086999	0.00587	0.0012	0.00764	0.29992	0.417	5.9999e-05	0.000715	0.04647	0.111	0.00442	0.0202
del_12q24.33	43 (23%)	141	0.00309	0.0163	0.00046	0.00358	0.01451	0.0511	0.01511	0.0522	0.01014	0.0379	0.00325	0.0169	0.11538	0.21	0.00063999	0.00454	0.13818	0.24	0.02492	0.0694
del_14q11.2	20 (11%)	164	0.44973	0.557	0.00397	0.0192	0.90913	0.931	0.73663	0.79	0.068799	0.15	0.13398	0.237	0.056989	0.13	0.24817	0.369	0.28159	0.4	0.78938	0.832
del_15q15.1	36 (20%)	148	0.00496	0.0219	0.056279	0.129	0.26452	0.385	0.43698	0.545	0.01681	0.0544	0.00331	0.017	0.66999	0.737	0.03404	0.087	0.58791	0.672	0.0087999	0.0345
del_16q23.1	19 (10%)	165	0.40353	0.511	0.76872	0.819	0.18874	0.3	0.0063099	0.0266	0.41723	0.524	0.0465	0.111	0.02459	0.0689	0.3378	0.449	0.25106	0.372	0.01362	0.0483
del_17p12	89 (48%)	95	9.9999e-06	0.000224	9.9999e-06	0.000224	0.22455	0.343	0.46116	0.566	9.9999e-06	0.000224	4e-05	0.000546	5e-05	0.000636	7.9999e-05	0.000878	9.9999e-06	0.000224	3e-05	0.000442
del_17q22	49 (27%)	135	9.9999e-06	0.000224	0.00082999	0.00567	0.00405	0.0194	0.058209	0.131	0.0090199	0.0351	0.01487	0.052	0.02223	0.0638	0.02623	0.071	0.00016	0.00154	0.31836	0.432
del_18p11.31	54 (29%)	130	0.0080499	0.032	0.66605	0.737	0.26724	0.386	0.18044	0.29	0.50038	0.602	0.97474	0.98	0.10126	0.194	0.85343	0.885	0.12467	0.224	0.19224	0.303
del_18q21.2	126 (68%)	58	9.9999e-06	0.000224	9.9999e-06	0.000224	0.244	0.365	0.60959	0.687	2e-05	0.000329	5e-05	0.000636	2e-04	0.00181	5.9999e-05	0.000715	0.00124	0.0078	9.9999e-06	0.000224
del_19p13.3	36 (20%)	148	2e-05	0.000329	9.9999e-06	0.000224	0.78198	0.829	0.25324	0.374	0.00013	0.0013	0.00183	0.0106	0.45188	0.559	0.0091399	0.0351	0.04756	0.112	0.11486	0.21
del_19p13.2	28 (15%)	156	0.00060999	0.00449	2e-05	0.000329	0.57197	0.658	0.083449	0.169	7.9999e-05	0.000878	0.00325	0.0169	0.097209	0.188	0.00039	0.00312	0.00292	0.0156	0.0119	0.0436
del_19q13.33	22 (12%)	162	0.02453	0.0689	0.071839	0.155	0.58971	0.672	0.53089	0.629	0.22659	0.344	0.22709	0.344	0.38544	0.494	0.084069	0.169	0.59956	0.68	0.2618	0.383
del_21q11.2	62 (34%)	122	4e-05	0.000546	0.00225	0.0126	0.34395	0.451	0.21301	0.33	0.12935	0.229	0.057909	0.131	0.22045	0.338	0.02112	0.0632	0.077079	0.161	0.35967	0.465
del_22q13.31	60 (33%)	124	9.9999e-06	0.000224	8.9999e-05	0.000933	0.47006	0.575	0.89399	0.919	0.0217	0.0636	0.080119	0.164	0.0156	0.0533	0.01651	0.0543	0.0029	0.0156	0.04116	0.101
del_22q13.32	61 (33%)	123	9.9999e-06	0.000224	8.9999e-05	0.000933	0.75598	0.808	0.94272	0.956	0.04676	0.111	0.072129	0.155	0.03766	0.0941	0.16548	0.275	0.0073299	0.03	0.28565	0.403
del_xp21.1	28 (15%)	156	0.0084099	0.0332	0.21067	0.329	0.03888	0.0963	0.65565	0.73	0.28001	0.399	0.29259	0.408	0.02952	0.0776	0.65468	0.73	0.060099	0.134	0.0215	0.0634
del_xq11.2	23 (12%)	161	0.0096499	0.0368	0.00373	0.0185	0.00164	0.00996	0.28836	0.406	0.03002	0.0786	0.01995	0.061	0.01675	0.0544	0.02264	0.0646	0.02139	0.0634	0.0161	0.0543
