		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	15 (3%)	477	0.00109	0.00692	0.51444	0.605	0.073269	0.158	0.46405	0.562	0.11151	0.205	0.00151	0.00888	0.33011	0.441	0.077549	0.164	0.71972	0.783	0.50085	0.594
1q gain	26 (5%)	466	0.00014	0.00142	0.14466	0.246	0.070419	0.153	0.21414	0.328	0.10194	0.193	0.00066999	0.00483	0.099439	0.189	0.03374	0.0944	0.68809	0.757	0.13038	0.226
2p gain	11 (2%)	481	0.0059599	0.0242	0.03416	0.0945	0.079459	0.166	0.44541	0.542	0.00348	0.0163	0.092499	0.183	0.15943	0.265	0.02029	0.0632	0.189	0.298	0.24952	0.363
2q gain	7 (1%)	485	0.01878	0.0592	0.41801	0.517	0.22665	0.342	0.6885	0.757	0.01887	0.0592	0.55417	0.64	0.1226	0.216	0.063039	0.141	0.44406	0.541	0.51303	0.604
3p gain	40 (8%)	452	9.9999e-06	0.000163	0.01294	0.045	0.15877	0.265	0.02729	0.0809	3e-05	0.000387	0.00033	0.00267	0.053229	0.125	0.00496	0.0213	0.00458	0.02	0.00081999	0.00551
3q gain	54 (11%)	438	9.9999e-06	0.000163	0.00261	0.0136	0.10126	0.192	0.02042	0.0633	5.9999e-05	0.000696	0.00192	0.0105	0.10528	0.197	0.01106	0.04	0.00286	0.0145	0.00062999	0.00458
4p gain	9 (2%)	483	0.1651	0.272	0.69815	0.765	0.80633	0.859	0.42021	0.518	0.88071	0.92	0.76867	0.828	0.65742	0.733	0.41258	0.513	0.55441	0.64	0.58123	0.659
4q gain	10 (2%)	482	0.086429	0.174	0.67801	0.749	0.60764	0.685	0.404	0.508	0.27926	0.393	0.55765	0.642	0.83106	0.884	0.17448	0.284	0.40133	0.508	0.21541	0.329
5p gain	23 (5%)	469	5.9999e-05	0.000696	0.00050999	0.00381	0.03746	0.0999	0.19189	0.301	0.00285	0.0145	0.060659	0.137	0.22781	0.343	0.0018	0.0101	0.0074999	0.0296	0.00179	0.0101
5q gain	12 (2%)	480	0.086669	0.174	0.11253	0.205	0.070739	0.153	0.57809	0.659	0.096969	0.187	0.22943	0.344	0.38607	0.492	0.15926	0.265	0.16583	0.272	0.25476	0.369
6p gain	10 (2%)	482	0.01481	0.0496	0.22207	0.337	0.30311	0.415	0.40494	0.508	0.35273	0.462	0.27356	0.387	0.58098	0.659	0.104	0.195	0.03703	0.0991	0.31748	0.427
6q gain	6 (1%)	486	0.04934	0.12	0.46116	0.559	0.4784	0.573	0.91257	0.941	0.94398	0.967	0.58087	0.659	0.50971	0.602	0.0382	0.101	0.16035	0.266	0.2077	0.32
7p gain	101 (21%)	391	9.9999e-06	0.000163	9.9999e-06	0.000163	0.00293	0.0147	0.40408	0.508	9.9999e-06	0.000163	3e-05	0.000387	0.00036	0.00282	5.9999e-05	0.000696	0.00109	0.00692	0.00025	0.0022
7q gain	94 (19%)	398	9.9999e-06	0.000163	9.9999e-06	0.000163	0.0095399	0.0357	0.75394	0.814	9.9999e-06	0.000163	7.9999e-05	0.000877	0.00031	0.00256	5.9999e-05	0.000696	0.00055999	0.00411	0.00029	0.00249
8p gain	68 (14%)	424	9.9999e-06	0.000163	9.9999e-06	0.000163	9.9999e-06	0.000163	0.00031	0.00256	2e-05	0.000281	3e-04	0.00255	0.00039	0.003	0.0051799	0.0222	5.9999e-05	0.000696	0.0061899	0.0248
8q gain	126 (26%)	366	9.9999e-06	0.000163	9.9999e-06	0.000163	0.00024	0.00216	0.00017	0.0016	9.9999e-06	0.000163	3e-05	0.000387	7.9999e-05	0.000877	9.9999e-06	0.000163	2e-05	0.000281	0.00018	0.00167
9p gain	34 (7%)	458	9.9999e-06	0.000163	0.00014	0.00142	0.04959	0.121	0.12579	0.219	0.0061199	0.0246	0.095159	0.185	0.64642	0.723	0.11165	0.205	0.34955	0.46	0.23151	0.346
9q gain	48 (10%)	444	9.9999e-06	0.000163	0.00015	0.00148	0.0078199	0.0305	0.10653	0.199	0.00031	0.00256	0.24591	0.359	0.40464	0.508	0.01389	0.0477	0.12715	0.221	0.31678	0.427
10p gain	15 (3%)	477	0.00246	0.013	0.00089999	0.006	0.59855	0.676	0.8057	0.859	0.12275	0.216	0.03426	0.0945	0.00433	0.0192	0.01313	0.0455	0.16255	0.268	0.14338	0.244
10q gain	14 (3%)	478	0.0054599	0.0227	0.0057599	0.0235	0.13243	0.229	0.092839	0.183	0.071629	0.155	0.03285	0.0927	0.01179	0.0419	0.086959	0.174	0.35242	0.462	0.21591	0.329
11p gain	27 (5%)	465	9.9999e-06	0.000163	0.01644	0.0532	0.13883	0.237	0.40509	0.508	0.12075	0.214	0.02068	0.0636	0.19176	0.301	0.03411	0.0945	0.02317	0.0699	0.2022	0.315
11q gain	30 (6%)	462	9.9999e-06	0.000163	0.03677	0.0988	0.082559	0.17	0.34133	0.452	0.13414	0.23	0.053129	0.125	0.21633	0.329	0.03253	0.0923	0.04327	0.11	0.27289	0.386
12p gain	15 (3%)	477	0.00251	0.0131	0.00298	0.0149	0.0112	0.0403	0.83189	0.884	0.12419	0.218	0.064339	0.143	0.88284	0.92	0.00376	0.0169	0.23834	0.352	0.060369	0.137
12q gain	18 (4%)	474	0.00144	0.00866	0.0032	0.0152	0.0089799	0.0342	0.42669	0.524	0.10259	0.193	0.060159	0.137	0.87105	0.912	0.03214	0.0915	0.11265	0.205	0.00437	0.0192
13q gain	8 (2%)	484	0.058839	0.135	0.04395	0.111	0.13528	0.232	0.85069	0.897	0.54629	0.634	0.6603	0.734	0.56777	0.649	0.56108	0.643	0.53869	0.628	0.90829	0.939
14q gain	10 (2%)	482	0.0014	0.00848	0.090719	0.18	0.52246	0.614	0.77756	0.835	0.01028	0.0377	0.22916	0.344	0.099409	0.189	0.25723	0.369	0.28865	0.4	0.054729	0.128
15q gain	6 (1%)	486	0.1747	0.284	0.89578	0.927	0.21255	0.326	0.88981	0.922	0.70475	0.769	0.66575	0.738	0.74636	0.807	0.18221	0.293	0.84391	0.891	0.80264	0.857
16p gain	32 (7%)	460	9.9999e-06	0.000163	0.25597	0.369	0.11883	0.212	0.86204	0.906	0.17484	0.284	0.23127	0.346	0.46928	0.565	0.0053099	0.0226	0.04093	0.106	0.078369	0.165
16q gain	7 (1%)	485	0.10884	0.202	0.02508	0.0751	0.8827	0.92	0.92801	0.952	0.56081	0.643	1	1	0.86162	0.906	0.03029	0.0874	0.28528	0.398	0.36452	0.474
17p gain	8 (2%)	484	0.28975	0.401	0.9222	0.948	0.35814	0.468	1	1	0.38285	0.489	0.66142	0.734	0.51131	0.603	0.01579	0.0516	1	1	0.01073	0.039
17q gain	11 (2%)	481	0.04729	0.117	0.53458	0.625	0.072769	0.157	0.95718	0.975	0.12524	0.219	0.21655	0.329	0.46486	0.562	0.11053	0.205	0.74569	0.807	0.376	0.482
18p gain	19 (4%)	473	0.00076999	0.00522	0.23378	0.347	0.090529	0.18	1	1	0.44212	0.54	0.79236	0.848	0.92504	0.95	0.67481	0.747	1	1	0.97174	0.987
18q gain	10 (2%)	482	0.086299	0.174	0.74434	0.807	0.41125	0.512	0.96627	0.983	0.68286	0.752	0.77645	0.835	1	1	0.3363	0.447	0.95546	0.975	0.22277	0.337
19p gain	12 (2%)	480	0.00032	0.00261	0.10261	0.193	0.00362	0.0165	0.30161	0.413	0.63694	0.714	0.34197	0.452	0.11213	0.205	0.084769	0.173	0.37488	0.482	0.36103	0.471
19q gain	12 (2%)	480	0.00036	0.00282	0.11119	0.205	0.04107	0.106	0.10792	0.201	0.58111	0.659	0.36681	0.476	0.095549	0.185	0.061309	0.139	0.40462	0.508	0.28437	0.397
20p gain	26 (5%)	466	9.9999e-06	0.000163	0.03852	0.101	0.31723	0.427	0.14718	0.249	0.00148	0.00877	0.036	0.0975	0.01482	0.0496	0.00434	0.0192	0.11987	0.214	0.11779	0.211
20q gain	29 (6%)	463	9.9999e-06	0.000163	0.0077599	0.0304	0.0091699	0.0346	0.076259	0.162	0.03936	0.103	0.087329	0.175	0.078909	0.165	0.0066399	0.0264	0.26105	0.374	0.20353	0.316
21q gain	21 (4%)	471	9.9999e-06	0.000163	0.0086199	0.033	0.68003	0.75	0.842	0.89	0.067489	0.148	0.02696	0.0802	0.056859	0.131	0.00318	0.0152	0.01838	0.0585	0.02054	0.0634
22q gain	4 (1%)	488	0.69218	0.76	0.31062	0.422	0.2875	0.399	0.88806	0.921	0.56216	0.643	0.22227	0.337	0.39217	0.498	0.40681	0.509	0.56024	0.643	0.65127	0.728
xp gain	7 (1%)	485	0.0184	0.0585	0.0084799	0.0327	0.15601	0.262	0.83967	0.889	0.083549	0.172	0.092159	0.182	0.12111	0.214	0.04557	0.114	0.28287	0.397	0.36941	0.479
xq gain	7 (1%)	485	0.01988	0.0621	0.0084899	0.0327	0.15598	0.262	0.83962	0.889	0.084109	0.172	0.093329	0.183	0.12296	0.216	0.04554	0.114	0.28334	0.397	0.37352	0.482
1p loss	22 (4%)	470	9.9999e-06	0.000163	0.00093999	0.00621	0.34993	0.46	0.86785	0.91	0.01213	0.0427	2e-04	0.00184	0.0097299	0.0362	0.00355	0.0164	0.02804	0.0825	0.00304	0.015
1q loss	6 (1%)	486	0.050089	0.121	0.11117	0.205	0.15793	0.264	0.47421	0.569	0.063099	0.141	0.096259	0.186	0.074299	0.159	0.10222	0.193	0.02842	0.0833	0.2074	0.32
2p loss	14 (3%)	478	0.00069999	0.00496	0.0083899	0.0326	0.58867	0.666	0.57711	0.659	0.49373	0.587	0.6107	0.687	0.050079	0.121	0.26398	0.375	0.01535	0.0504	0.40563	0.508
2q loss	18 (4%)	474	0.00013	0.00135	0.0219	0.0671	0.7632	0.823	0.88499	0.921	0.3632	0.473	0.48398	0.577	0.063869	0.143	0.03524	0.0959	0.0070799	0.028	0.18018	0.291
3p loss	9 (2%)	483	0.11355	0.206	0.13381	0.23	0.46831	0.565	0.20462	0.317	0.19209	0.301	0.03802	0.101	0.01842	0.0585	0.40815	0.509	0.11667	0.21	0.18125	0.292
3q loss	5 (1%)	487	0.42323	0.521	0.66011	0.734	NA	NA	NA	NA	0.4908	0.584	0.24973	0.363	0.02209	0.0671	0.03204	0.0915	NA	NA	NA	NA
4p loss	23 (5%)	469	9.9999e-06	0.000163	0.0427	0.109	0.080629	0.167	0.18666	0.296	0.00108	0.00692	0.04039	0.105	2e-05	0.000281	0.00287	0.0145	0.00377	0.0169	0.00015	0.00148
4q loss	16 (3%)	476	0.00013	0.00135	0.12507	0.219	0.54114	0.629	0.86512	0.908	0.00161	0.00927	0.13299	0.229	0.069369	0.151	0.0468	0.116	0.081359	0.168	0.04217	0.108
5p loss	12 (2%)	480	0.0037	0.0168	0.20143	0.314	0.55539	0.64	0.5489	0.636	0.41641	0.516	0.0057499	0.0235	0.31806	0.427	0.00329	0.0156	0.48088	0.575	0.04906	0.12
5q loss	23 (5%)	469	9.9999e-06	0.000163	0.01798	0.0578	0.18292	0.293	0.25342	0.367	0.03111	0.0892	0.00191	0.0105	0.01122	0.0403	0.00052999	0.00393	0.65437	0.73	0.27654	0.39
6p loss	26 (5%)	466	9.9999e-06	0.000163	0.01205	0.0427	0.086359	0.174	0.061899	0.139	0.11675	0.21	0.0028	0.0145	0.19196	0.301	0.083829	0.172	0.04348	0.11	0.01639	0.0532
6q loss	41 (8%)	451	9.9999e-06	0.000163	0.01432	0.0487	0.085309	0.174	0.02805	0.0825	0.0095199	0.0357	0.00069999	0.00496	0.052149	0.124	0.095659	0.185	0.01526	0.0504	0.0061199	0.0246
8p loss	171 (35%)	321	9.9999e-06	0.000163	9.9999e-06	0.000163	0.91824	0.945	0.34509	0.456	2e-05	0.000281	2e-05	0.000281	0.01294	0.045	0.067189	0.148	0.18658	0.296	0.33779	0.448
8q loss	21 (4%)	471	0.051399	0.123	0.00022	0.002	0.71802	0.783	0.63423	0.712	0.00036	0.00282	0.00072999	0.00508	0.053759	0.126	0.3974	0.504	0.44387	0.541	0.086109	0.174
9p loss	21 (4%)	471	0.00025	0.0022	0.31246	0.424	0.088989	0.178	0.0054099	0.0227	0.42047	0.518	0.02214	0.0671	0.17984	0.291	0.24598	0.359	0.075329	0.161	0.52718	0.617
9q loss	11 (2%)	481	0.04763	0.118	0.26364	0.375	0.01537	0.0504	0.23205	0.346	0.17537	0.285	0.18705	0.296	0.11646	0.21	0.50655	0.599	0.33196	0.442	0.60409	0.682
10p loss	41 (8%)	451	9.9999e-06	0.000163	9.9999e-06	0.000163	0.18023	0.291	0.31404	0.425	6.9999e-05	0.000789	0.00013	0.00135	9.9999e-06	0.000163	5e-05	0.000625	0.01148	0.041	0.00124	0.00775
10q loss	43 (9%)	449	9.9999e-06	0.000163	3e-05	0.000387	0.069179	0.151	0.16171	0.267	0.00070999	0.00498	0.00046	0.00347	3e-05	0.000387	0.00124	0.00775	0.00246	0.013	0.00395	0.0177
11p loss	8 (2%)	484	0.051909	0.124	0.2837	0.397	0.54057	0.629	0.70182	0.767	0.059399	0.136	0.11732	0.21	0.11401	0.206	0.26187	0.374	0.6113	0.687	0.04632	0.115
11q loss	5 (1%)	487	0.29534	0.407	0.20587	0.318	0.03948	0.103	0.88773	0.921	0.078019	0.164	0.30088	0.413	0.23746	0.351	0.1885	0.298	0.18653	0.296	0.17249	0.282
12p loss	47 (10%)	445	9.9999e-05	0.00108	0.16979	0.278	0.74434	0.807	0.69927	0.765	0.03356	0.0942	0.43625	0.535	0.04099	0.106	0.01454	0.0493	0.01466	0.0495	0.30433	0.415
12q loss	20 (4%)	472	0.00137	0.00837	0.29602	0.407	0.28694	0.399	0.33068	0.441	0.2938	0.406	0.2622	0.374	0.073789	0.158	0.04997	0.121	0.077879	0.164	0.55458	0.64
13q loss	78 (16%)	414	9.9999e-06	0.000163	0.01658	0.0535	0.00251	0.0131	0.0102	0.0376	0.23576	0.349	0.055509	0.129	0.01337	0.0461	0.02626	0.0784	0.02967	0.086	0.00342	0.0161
14q loss	25 (5%)	467	0.00028	0.00243	0.02386	0.0718	0.24058	0.354	0.84048	0.889	0.19571	0.306	0.098349	0.189	0.066969	0.148	0.064649	0.143	0.050559	0.121	0.30595	0.417
15q loss	35 (7%)	457	9.9999e-06	0.000163	0.0035	0.0163	0.00183	0.0102	0.40978	0.511	0.00187	0.0104	0.01069	0.039	0.00486	0.021	0.01238	0.0434	0.00315	0.0152	0.03403	0.0945
16p loss	31 (6%)	461	9.9999e-06	0.000163	0.26664	0.378	0.96793	0.984	0.13715	0.234	0.24191	0.355	0.44223	0.54	0.38721	0.492	0.32489	0.435	0.15552	0.262	0.95495	0.975
16q loss	107 (22%)	385	9.9999e-06	0.000163	9.9999e-06	0.000163	0.095199	0.185	0.97779	0.991	0.0036	0.0165	0.02922	0.085	0.0054599	0.0227	0.00041	0.00312	0.00233	0.0125	0.41825	0.517
17p loss	76 (15%)	416	9.9999e-06	0.000163	9.9999e-06	0.000163	0.23971	0.353	0.15524	0.262	0.00017	0.0016	0.00145	0.00866	0.29403	0.406	0.03292	0.0927	0.01496	0.0497	0.23296	0.346
17q loss	20 (4%)	472	0.00037	0.00287	0.00164	0.00937	0.49687	0.59	0.52604	0.617	0.00194	0.0106	0.03607	0.0975	0.0098499	0.0365	0.04569	0.114	0.055699	0.13	0.47313	0.568
18p loss	67 (14%)	425	9.9999e-06	0.000163	0.0091399	0.0346	0.25608	0.369	0.00212	0.0115	0.00107	0.00692	0.051849	0.124	0.063949	0.143	0.03487	0.0959	0.00075999	0.00522	0.0396	0.103
18q loss	100 (20%)	392	9.9999e-06	0.000163	0.00157	0.00916	0.0368	0.0988	0.00096999	0.00636	0.00311	0.0152	0.03037	0.0874	0.00137	0.00837	0.00304	0.015	0.00076999	0.00522	0.00125	0.00775
19p loss	19 (4%)	473	2e-05	0.000281	0.31787	0.427	0.387	0.492	0.12071	0.214	0.095619	0.185	0.11295	0.205	0.01428	0.0487	0.13015	0.226	0.080809	0.167	0.27731	0.391
19q loss	18 (4%)	474	2e-05	0.000281	0.30794	0.419	0.48209	0.576	0.25171	0.365	0.065749	0.145	0.095719	0.185	0.02206	0.0671	0.2026	0.315	0.15503	0.262	0.44044	0.54
20p loss	19 (4%)	473	0.052809	0.125	0.0032	0.0152	0.98419	0.997	0.95422	0.975	0.8757	0.916	0.18366	0.294	0.37874	0.485	0.18495	0.295	0.53609	0.626	0.79258	0.848
20q loss	8 (2%)	484	0.04887	0.12	0.00158	0.00916	0.77998	0.836	0.37344	0.482	0.35051	0.46	0.04278	0.109	0.232	0.346	0.078549	0.165	0.72568	0.789	0.91161	0.941
21q loss	24 (5%)	468	0.0032	0.0152	0.057349	0.132	0.097069	0.187	0.15869	0.265	0.01883	0.0592	0.32812	0.439	0.099079	0.189	0.10209	0.193	0.25897	0.371	0.45328	0.55
22q loss	47 (10%)	445	9.9999e-06	0.000163	0.2439	0.357	0.47075	0.566	0.3712	0.481	0.01489	0.0496	0.04793	0.118	0.25649	0.369	0.02852	0.0833	0.076859	0.163	0.03772	0.1
xp loss	38 (8%)	454	9.9999e-06	0.000163	0.00017	0.0016	0.37482	0.482	0.056269	0.13	2e-05	0.000281	4e-05	0.000508	9.9999e-06	0.000163	0.03518	0.0959	0.0057499	0.0235	0.00483	0.021
xq loss	38 (8%)	454	9.9999e-06	0.000163	0.00017	0.0016	0.37527	0.482	0.057099	0.132	9.9999e-06	0.000163	6.9999e-05	0.000789	9.9999e-06	0.000163	0.03517	0.0959	0.0057499	0.0235	0.0053299	0.0226
