		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1q22	40 (8%)	452	9.9999e-06	5.25e-05	0.01296	0.024	0.00289	0.00646	0.04235	0.0659	0.02198	0.0375	0.00012	0.000418	0.00484	0.0102	0.00045	0.00134	0.14339	0.182	0.01329	0.0245
amp_3q21.3	75 (15%)	417	9.9999e-06	5.25e-05	4e-05	0.000161	0.074419	0.106	0.0052099	0.0107	2e-05	9e-05	9.9999e-05	0.000358	0.056529	0.0833	0.00032	0.000993	0.0059699	0.012	0.0061599	0.0124
amp_3q26.2	86 (17%)	406	9.9999e-06	5.25e-05	0.0094399	0.0183	0.15173	0.192	0.085699	0.117	7.9999e-05	0.000295	0.01468	0.0267	0.0334	0.054	0.0086199	0.0168	0.01854	0.0322	5e-05	0.000198
amp_4p16.3	20 (4%)	472	7.9999e-05	0.000295	0.01723	0.0302	0.5192	0.56	0.02148	0.0368	0.03034	0.0495	0.13523	0.173	0.75146	0.779	0.075489	0.106	0.76518	0.79	0.62561	0.66
amp_4q13.3	22 (4%)	470	9.9999e-05	0.000358	0.12461	0.161	0.04295	0.0666	0.03904	0.0613	0.01549	0.0278	0.28188	0.325	0.0095499	0.0185	0.065769	0.0953	0.04637	0.0707	0.14157	0.18
amp_5q35.3	28 (6%)	464	9.9999e-06	5.25e-05	3e-04	0.00094	0.11509	0.149	0.2044	0.248	0.32655	0.368	0.0422	0.0658	0.45834	0.5	0.00101	0.00266	0.00318	0.00703	0.04438	0.0684
amp_7p14.3	104 (21%)	388	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	0.00129	0.00322	0.31628	0.359	9.9999e-06	5.25e-05	3e-05	0.000129	0.00166	0.00401	0.00047	0.0014	0.0065399	0.0131	0.0054599	0.0112
amp_7q22.1	101 (21%)	391	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	0.00117	0.003	0.25089	0.294	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	0.00065999	0.00188	9.9999e-06	5.25e-05	0.00124	0.00314	0.00063999	0.00183
amp_8p11.23	67 (14%)	425	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	0.00037	0.00112	0.01082	0.0205	9.9999e-06	5.25e-05	0.00039	0.00118	0.00096999	0.00257	0.00131	0.00324	0.00017	0.000561	0.00052999	0.00155
amp_8q22.1	157 (32%)	335	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	2e-05	9e-05	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	2e-05	9e-05	3e-05	0.000129
amp_8q24.21	152 (31%)	340	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	5e-05	0.000198	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	4e-05	0.000161	0.00055999	0.00162
amp_9q33.3	62 (13%)	430	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	0.00428	0.00911	0.070709	0.101	3e-05	0.000129	0.01552	0.0278	0.099159	0.133	0.00092999	0.00254	0.081199	0.112	0.096559	0.13
amp_11q13.2	48 (10%)	444	9.9999e-06	5.25e-05	0.00095999	0.00255	0.02107	0.0362	0.10962	0.143	0.00094999	0.00255	0.00045	0.00134	0.01237	0.0231	0.00015	0.000503	0.0051599	0.0107	0.096919	0.13
amp_12q23.1	36 (7%)	456	0.00095999	0.00255	3e-05	0.000129	0.0051499	0.0107	0.01228	0.0231	0.00205	0.00484	0.0075699	0.0149	0.0065499	0.0131	0.00013	0.000445	0.01397	0.0255	0.04831	0.0732
amp_13q12.11	25 (5%)	467	2e-05	9e-05	0.00119	0.00302	0.00325	0.00713	0.0013	0.00324	0.00206	0.00484	0.10814	0.142	0.23247	0.276	0.03207	0.0519	0.079309	0.11	0.27047	0.312
amp_14q21.1	30 (6%)	462	9.9999e-06	5.25e-05	0.051179	0.0768	0.32084	0.364	0.8159	0.836	4e-05	0.000161	0.03602	0.0573	0.18206	0.224	0.01073	0.0205	0.01614	0.0286	0.022	0.0375
amp_15q11.2	16 (3%)	476	0.0059499	0.012	0.02407	0.0404	0.056609	0.0833	0.26453	0.307	0.054469	0.0807	0.52156	0.562	0.58071	0.619	0.68616	0.717	0.45832	0.5	0.76358	0.79
amp_16q11.2	30 (6%)	462	0.00037	0.00112	4e-05	0.000161	0.1392	0.178	0.50276	0.545	0.23945	0.282	0.057449	0.0842	0.15784	0.198	0.00109	0.00285	0.32496	0.367	0.71331	0.744
amp_17p11.2	22 (4%)	470	4e-05	0.000161	0.16733	0.21	0.24343	0.287	0.0184	0.032	0.1615	0.203	0.39277	0.438	0.21702	0.261	0.068069	0.0981	0.80231	0.825	0.02213	0.0376
amp_17q23.2	25 (5%)	467	0.00051999	0.00152	0.00212	0.00495	0.097039	0.13	0.28995	0.333	0.12983	0.167	0.23243	0.276	0.22004	0.264	0.01392	0.0255	0.41707	0.461	0.44765	0.49
amp_18q21.31	13 (3%)	479	0.00114	0.00293	0.076729	0.108	0.48624	0.528	0.82784	0.845	0.13076	0.168	0.22575	0.27	1	1	0.25953	0.302	0.93769	0.942	0.96775	0.971
amp_19q13.43	19 (4%)	473	9.9999e-06	5.25e-05	0.091659	0.124	0.068719	0.0988	0.066099	0.0955	0.10008	0.134	0.02598	0.0432	0.02048	0.0353	0.0014	0.00342	0.15736	0.198	0.076449	0.108
amp_20q13.2	45 (9%)	447	9.9999e-06	5.25e-05	4e-05	0.000161	0.00454	0.00957	0.02788	0.0461	0.00024	0.00076	0.00135	0.00332	0.04576	0.07	6.9999e-05	0.000267	0.082539	0.114	0.19423	0.237
amp_xp22.2	27 (5%)	465	9.9999e-06	5.25e-05	2e-05	9e-05	0.093609	0.127	0.03695	0.0586	0.00019	0.00062	0.03834	0.0604	0.090749	0.123	0.0074599	0.0147	0.11615	0.151	0.34768	0.389
amp_xq12	16 (3%)	476	2e-05	9e-05	4e-05	0.000161	0.01343	0.0247	0.02834	0.0466	7.9999e-05	0.000295	0.00018	0.000591	0.0357	0.0569	0.00073999	0.0021	0.61943	0.656	0.42675	0.469
amp_xq21.1	14 (3%)	478	0.00233	0.00532	0.02935	0.048	0.077549	0.109	0.01061	0.0203	0.03515	0.0563	0.00404	0.00863	0.41468	0.459	0.23611	0.28	0.56607	0.607	0.88037	0.892
amp_xq21.31	13 (3%)	479	0.00112	0.0029	0.01278	0.0238	0.25374	0.297	0.02784	0.0461	0.03705	0.0586	0.00445	0.00944	0.40819	0.453	0.18898	0.232	0.84634	0.863	0.42256	0.465
amp_xq25	19 (4%)	473	0.00214	0.00496	0.01566	0.0279	0.01328	0.0245	0.21007	0.254	0.04928	0.0741	0.02416	0.0405	0.27059	0.312	0.15102	0.191	0.8135	0.835	0.083859	0.115
del_1p31.3	60 (12%)	432	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	0.26581	0.308	0.89676	0.905	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	0.00084999	0.00236	0.16932	0.211	0.00327	0.00715	0.016	0.0284
del_1p22.1	58 (12%)	434	9.9999e-06	5.25e-05	2e-05	9e-05	0.22997	0.275	0.43806	0.481	2e-05	9e-05	0.00015	0.000503	9.9999e-06	5.25e-05	0.00317	0.00703	0.03528	0.0564	2e-05	9e-05
del_1q23.1	28 (6%)	464	0.1741	0.215	0.00323	0.00711	0.59596	0.632	0.74474	0.773	0.0057899	0.0118	0.00083999	0.00234	0.01497	0.0271	0.054029	0.0805	0.0094399	0.0183	0.28848	0.332
del_1q42.3	47 (10%)	445	0.00017	0.000561	9.9999e-06	5.25e-05	0.30655	0.35	0.30654	0.35	0.01543	0.0278	0.075249	0.106	0.00207	0.00485	0.03122	0.0507	0.63414	0.668	0.01589	0.0283
del_2p21	46 (9%)	446	5e-04	0.00147	4e-05	0.000161	0.40731	0.453	0.57831	0.618	0.00088999	0.00245	0.02042	0.0352	0.00094999	0.00255	0.071369	0.102	0.064179	0.0934	0.24943	0.293
del_2q22.1	92 (19%)	400	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	0.00194	0.00463	0.04773	0.0726	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	2e-05	9e-05	0.00093999	0.00255	0.00107	0.00281
del_2q22.3	85 (17%)	407	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	0.00218	0.00503	0.10663	0.141	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	2e-05	9e-05	0.00391	0.00844	0.00078999	0.00222
del_3p13	78 (16%)	414	0.00113	0.00292	9.9999e-06	5.25e-05	0.04179	0.0653	0.20886	0.253	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	0.13203	0.169	0.065649	0.0953	0.00179	0.00429	0.078069	0.109
del_3q29	32 (7%)	460	0.82796	0.845	0.10719	0.141	0.31608	0.359	0.65938	0.692	0.03093	0.0504	0.074299	0.106	0.68141	0.714	0.251	0.294	0.17157	0.213	0.7153	0.745
del_4q28.2	51 (10%)	441	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	0.33563	0.376	0.052069	0.0779	9.9999e-06	5.25e-05	2e-05	9e-05	0.00131	0.00324	0.01528	0.0276	0.00368	0.00797	0.00206	0.00484
del_5q11.2	105 (21%)	387	9.9999e-06	5.25e-05	2e-05	9e-05	0.073769	0.105	0.47803	0.52	9.9999e-06	5.25e-05	5.9999e-05	0.000233	2e-05	9e-05	9.9999e-06	5.25e-05	2e-04	0.000646	8.9999e-05	0.000328
del_5q13.2	99 (20%)	393	9.9999e-06	5.25e-05	2e-05	9e-05	0.058139	0.085	0.68653	0.717	9.9999e-06	5.25e-05	0.00272	0.00612	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	0.00245	0.00557	4e-05	0.000161
del_5q21.1	109 (22%)	383	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	0.085929	0.117	0.17087	0.212	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	0.00272	0.00612	0.00396	0.00849	0.00022	7e-04
del_6p25.1	46 (9%)	446	9.9999e-06	5.25e-05	0.00452	0.00956	0.071849	0.103	0.25563	0.298	0.03376	0.0544	0.01185	0.0224	0.2659	0.308	0.04899	0.0738	0.14372	0.182	0.74157	0.771
del_6q14.3	180 (37%)	312	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	0.00341	0.00741	7.9999e-05	0.000295	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	2e-05	9e-05	0.02026	0.0351	0.0079599	0.0156
del_8p21.3	294 (60%)	198	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	0.11707	0.151	0.00139	0.00341	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	2e-05	9e-05	9.9999e-06	5.25e-05	0.01117	0.0211	0.0085199	0.0167
del_9p23	45 (9%)	447	9.9999e-06	5.25e-05	0.060109	0.0877	0.00492	0.0103	0.0054499	0.0112	0.097189	0.13	0.00173	0.00416	0.03738	0.059	0.080439	0.111	0.39431	0.439	0.10176	0.135
del_10q23.31	157 (32%)	335	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	0.00111	0.00289	0.22037	0.264	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	8.9999e-05	0.000328	9.9999e-06	5.25e-05	0.04836	0.0732	0.00032	0.000993
del_11p11.2	34 (7%)	458	0.00012	0.000418	0.0051199	0.0106	0.00142	0.00345	0.095929	0.13	3e-05	0.000129	0.02529	0.0421	0.01658	0.0292	0.02405	0.0404	0.02824	0.0466	0.075459	0.106
del_11q22.3	43 (9%)	449	0.01041	0.02	0.0098599	0.019	0.55294	0.593	0.11362	0.148	0.10623	0.14	0.10419	0.138	0.1226	0.158	0.78263	0.807	0.51323	0.555	0.1681	0.21
del_11q23.2	48 (10%)	444	0.00059999	0.00173	0.1913	0.234	0.33369	0.375	0.10083	0.134	0.84985	0.865	0.9238	0.93	0.1733	0.214	0.46514	0.507	0.50664	0.548	0.58954	0.626
del_12p13.1	124 (25%)	368	9.9999e-06	5.25e-05	0.00090999	0.00249	0.23825	0.282	0.02381	0.0402	6.9999e-05	0.000267	0.00393	0.00845	0.00011	0.000389	5.9999e-05	0.000233	0.00035	0.00107	0.01623	0.0286
del_12q24.32	43 (9%)	449	0.01287	0.0239	0.18566	0.228	0.86444	0.877	0.88224	0.892	0.086069	0.117	0.56901	0.609	0.1982	0.241	0.55289	0.593	0.33031	0.372	0.99084	0.992
del_13q14.13	227 (46%)	265	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	0.10085	0.134	0.04531	0.0695	0.00078999	0.00222	5.9999e-05	0.000233	0.00048	0.00142	0.00033	0.00101	9.9999e-06	5.25e-05	0.00119	0.00302
del_13q22.1	176 (36%)	316	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	0.02449	0.0409	0.00012	0.000418	9.9999e-06	5.25e-05	7.9999e-05	0.000295	0.0182	0.0318	0.00148	0.00359	0.00079999	0.00224	9.9999e-06	5.25e-05
del_15q21.3	67 (14%)	425	9.9999e-06	5.25e-05	2e-05	9e-05	0.00033	0.00101	0.04479	0.0688	6.9999e-05	0.000267	9.9999e-06	5.25e-05	0.00016	0.000533	3e-05	0.000129	0.00094999	0.00255	7.9999e-05	0.000295
del_16q22.3	191 (39%)	301	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	0.084099	0.115	0.29945	0.343	9.9999e-06	5.25e-05	0.00015	0.000503	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	2e-05	9e-05	0.01455	0.0265
del_16q24.1	213 (43%)	279	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	0.23926	0.282	0.10909	0.143	9.9999e-06	5.25e-05	0.0058999	0.012	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	0.00335	0.0073	0.19133	0.234
del_17p13.1	163 (33%)	329	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	0.02347	0.0397	0.02856	0.0469	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	0.00013	0.000445	9.9999e-06	5.25e-05	0.0050199	0.0105	0.00222	0.00509
del_17q21.31	96 (20%)	396	0.0054799	0.0112	2e-05	9e-05	0.1128	0.147	0.03485	0.056	3e-05	0.000129	2e-04	0.000646	0.080319	0.111	0.054289	0.0807	0.1852	0.228	0.85759	0.871
del_18q21.31	131 (27%)	361	9.9999e-06	5.25e-05	0.00013	0.000445	0.21443	0.259	0.00219	0.00504	9.9999e-05	0.000358	0.01236	0.0231	0.00014	0.000477	0.01818	0.0318	0.00279	0.00626	0.00011	0.000389
del_18q23	137 (28%)	355	9.9999e-06	5.25e-05	0.00029	0.000913	0.62292	0.658	0.04333	0.0669	0.00055999	0.00162	0.04324	0.0669	0.0066799	0.0133	0.0074599	0.0147	0.00214	0.00496	0.00129	0.00322
del_19q13.2	52 (11%)	440	9.9999e-06	5.25e-05	0.00312	0.00695	0.58899	0.626	0.41823	0.461	0.00126	0.00318	0.04867	0.0735	0.00022	7e-04	0.00088999	0.00245	0.077719	0.109	0.23022	0.275
del_21q22.2	52 (11%)	440	0.32223	0.364	0.00202	0.0048	0.17049	0.212	0.79712	0.821	0.00256	0.0058	0.00022	7e-04	0.053779	0.0803	0.04096	0.0642	0.6506	0.684	0.31082	0.354
del_21q22.3	146 (30%)	346	4e-05	0.000161	9.9999e-06	5.25e-05	0.01082	0.0205	0.36267	0.405	9.9999e-06	5.25e-05	9.9999e-06	5.25e-05	0.056599	0.0833	9.9999e-06	5.25e-05	0.92172	0.929	0.056959	0.0836
