		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	50 (11%)	391	9.9999e-06	5.91e-05	0.0055199	0.0143	0.10496	0.17	0.10505	0.17	0.00045	0.00163	0.078269	0.134	0.00041	0.00151	0.00194	0.00576	0.00147	0.00448	0.0079699	0.0197
1q gain	105 (24%)	336	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.1251	0.196	0.01611	0.0362	8.9999e-05	0.000401	0.080999	0.138	9.9999e-06	5.91e-05	0.00061999	0.00215	0.052969	0.0989	0.00313	0.00859
2p gain	78 (18%)	363	9.9999e-06	5.91e-05	2e-05	0.000107	0.4531	0.547	0.52916	0.616	0.01168	0.0273	0.15568	0.234	0.0081899	0.0202	0.00093999	0.00311	0.097039	0.16	0.02543	0.0539
2q gain	66 (15%)	375	2e-05	0.000107	0.00071999	0.00244	0.49927	0.59	0.55778	0.638	0.0021	0.00614	0.075489	0.131	0.0075099	0.0188	0.0089799	0.0219	0.73662	0.8	0.23671	0.324
3p gain	52 (12%)	389	0.04074	0.0799	0.13545	0.21	0.0097399	0.0235	0.060769	0.11	0.41745	0.515	0.097839	0.16	0.16928	0.249	0.30407	0.398	0.23178	0.318	0.15683	0.235
3q gain	91 (21%)	350	0.00018	0.000711	0.01207	0.0279	0.051439	0.0971	0.21998	0.307	0.29598	0.389	0.02105	0.046	0.01678	0.0375	0.079149	0.135	0.13378	0.208	0.076919	0.132
4p gain	21 (5%)	420	0.17299	0.254	0.25968	0.348	0.28647	0.38	0.11197	0.178	0.04148	0.0812	0.073559	0.128	0.89464	0.915	0.02901	0.0607	0.12866	0.201	0.37546	0.476
4q gain	16 (4%)	425	0.097429	0.16	0.13076	0.204	0.88318	0.91	0.16192	0.24	0.0076399	0.0191	0.056649	0.104	0.23193	0.318	0.0061399	0.0158	0.48988	0.583	0.10687	0.172
5p gain	100 (23%)	341	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.78644	0.845	0.11098	0.177	2e-05	0.000107	0.00058999	0.00208	0.00066999	0.00228	9.9999e-06	5.91e-05	0.086489	0.146	0.00029	0.00111
5q gain	43 (10%)	398	0.00156	0.00471	0.19834	0.281	0.60951	0.688	0.24698	0.335	0.6846	0.757	0.93684	0.95	0.92472	0.94	0.41325	0.512	0.88835	0.912	0.36471	0.464
6p gain	81 (18%)	360	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.060019	0.109	0.051949	0.0978	9.9999e-06	5.91e-05	0.00474	0.0124	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.23109	0.318	4e-05	0.000194
6q gain	66 (15%)	375	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.03836	0.0754	0.065519	0.116	9.9999e-06	5.91e-05	0.02032	0.0446	3e-05	0.000151	0.00018	0.000711	0.076959	0.132	3e-05	0.000151
7p gain	202 (46%)	239	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.53746	0.621	0.13992	0.215	0.0077299	0.0192	0.04267	0.0831	0.14583	0.222	0.01098	0.0258	0.095099	0.158	0.0081699	0.0202
7q gain	171 (39%)	270	9.9999e-06	5.91e-05	0.00131	0.0041	0.43811	0.534	0.30929	0.403	0.18835	0.271	0.15888	0.237	0.38132	0.481	0.2215	0.308	0.2882	0.381	0.25102	0.338
8p gain	183 (41%)	258	0.00238	0.00684	0.0015	0.00455	0.27205	0.363	0.25557	0.343	0.82897	0.869	0.35851	0.459	0.43389	0.53	0.77944	0.838	0.80893	0.861	0.99597	0.998
8q gain	240 (54%)	201	0.41027	0.509	4e-05	0.000194	0.42598	0.524	0.51201	0.599	0.15429	0.232	0.98509	0.99	0.0131	0.03	0.03484	0.0711	0.18798	0.271	0.059729	0.108
9p gain	59 (13%)	382	1	1	0.80097	0.856	0.83239	0.869	0.71693	0.783	0.8667	0.897	0.82785	0.869	0.86835	0.897	0.68113	0.755	1	1	0.28249	0.376
9q gain	77 (17%)	364	0.40784	0.507	0.42402	0.523	0.50618	0.597	0.77187	0.833	0.62728	0.705	0.6898	0.759	0.56334	0.643	0.83084	0.869	0.82333	0.868	0.458	0.55
10p gain	98 (22%)	343	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.8056	0.86	0.39165	0.49	0.0073999	0.0186	0.12544	0.196	0.050609	0.0958	0.00060999	0.00212	0.54495	0.628	0.01605	0.0362
10q gain	67 (15%)	374	2e-05	0.000107	0.04637	0.0892	0.66133	0.736	0.50924	0.599	0.16017	0.238	0.075669	0.131	0.14955	0.227	0.10482	0.17	0.18048	0.261	0.17343	0.254
11p gain	62 (14%)	379	9.9999e-06	5.91e-05	0.00011	0.000464	0.25472	0.342	0.29095	0.384	0.057809	0.105	0.085789	0.145	0.00021	0.000818	0.00026	0.001	0.069289	0.121	0.0096499	0.0234
11q gain	74 (17%)	367	9.9999e-06	5.91e-05	7.9999e-05	0.000364	0.03659	0.0734	0.1908	0.273	0.02079	0.0455	0.0067799	0.0173	5e-05	0.000238	5.9999e-05	0.000281	0.0176	0.0391	6.9999e-05	0.000324
12p gain	92 (21%)	349	0.00041	0.00151	0.19147	0.274	0.2404	0.328	0.77346	0.833	0.19335	0.276	0.23099	0.318	0.17531	0.256	0.27143	0.363	0.01176	0.0274	0.32966	0.429
12q gain	78 (18%)	363	0.072529	0.126	0.54571	0.628	0.00335	0.00911	0.53781	0.621	0.89353	0.915	0.54069	0.624	0.37009	0.471	0.51107	0.599	0.28326	0.376	0.38636	0.485
13q gain	153 (35%)	288	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.075689	0.131	0.86539	0.896	2e-05	0.000107	0.00384	0.0103	9.9999e-06	5.91e-05	0.00058999	0.00208	0.56365	0.643	0.00397	0.0106
14q gain	28 (6%)	413	0.050199	0.0952	0.23869	0.326	0.53597	0.621	0.61002	0.688	0.49371	0.586	0.79061	0.848	0.34822	0.448	0.51781	0.603	0.04852	0.0925	0.02935	0.0613
15q gain	39 (9%)	402	9.9999e-06	5.91e-05	0.00204	0.00601	0.35882	0.459	0.052819	0.0988	0.02331	0.0503	0.03762	0.0747	0.063059	0.112	0.00313	0.00859	0.22361	0.31	0.0062299	0.016
16p gain	58 (13%)	383	0.0046	0.0121	0.04903	0.0932	0.45338	0.547	0.01144	0.0268	0.45232	0.547	0.18937	0.272	0.76304	0.825	0.71498	0.782	0.82134	0.868	0.14129	0.217
16q gain	48 (11%)	393	0.0097599	0.0235	0.2227	0.309	0.9204	0.937	0.16672	0.246	0.61431	0.691	0.65376	0.73	0.90961	0.928	0.81001	0.861	0.88848	0.912	0.083319	0.142
17p gain	29 (7%)	412	0.00271	0.00762	0.0083999	0.0206	0.89834	0.918	0.94818	0.96	0.10694	0.172	0.2204	0.307	0.23146	0.318	0.47585	0.568	0.10817	0.173	0.0249	0.0531
17q gain	64 (15%)	377	9.9999e-06	5.91e-05	0.00079999	0.00269	0.86254	0.895	0.55451	0.636	0.00048	0.00174	0.0052899	0.0137	0.20673	0.291	0.38271	0.482	0.15897	0.237	0.02192	0.0476
18p gain	85 (19%)	356	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.45529	0.549	0.00060999	0.00212	9.9999e-05	0.000429	0.04308	0.0836	0.00027	0.00104	5e-05	0.000238	0.00032	0.0012	0.00324	0.00887
18q gain	55 (12%)	386	0.03798	0.0749	0.01185	0.0275	0.8207	0.868	0.052089	0.0978	0.01367	0.0312	0.38099	0.481	0.053169	0.099	0.01507	0.0342	0.11443	0.181	0.17315	0.254
19p gain	53 (12%)	388	0.00346	0.00934	0.85702	0.89	0.03361	0.0689	0.21616	0.303	0.88797	0.912	0.95293	0.964	0.40399	0.504	0.79668	0.854	0.72966	0.794	0.56491	0.644
19q gain	79 (18%)	362	9.9999e-06	5.91e-05	0.10391	0.169	0.01095	0.0258	0.02369	0.0509	0.13736	0.212	0.095509	0.158	0.04316	0.0836	0.068139	0.12	0.03772	0.0747	0.0088499	0.0217
20p gain	242 (55%)	199	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.062479	0.112	0.01865	0.0413	2e-05	0.000107	2e-05	0.000107	4e-05	0.000194	9.9999e-06	5.91e-05	0.087809	0.148	7.9999e-05	0.000364
20q gain	280 (63%)	161	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.088399	0.148	0.00143	0.00439	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.062369	0.112	9.9999e-06	5.91e-05
21q gain	22 (5%)	419	0.00052999	0.0019	0.00448	0.0119	0.10641	0.172	0.46709	0.561	0.00021	0.000818	0.24402	0.332	0.02765	0.058	0.00055999	0.00199	0.67942	0.754	0.00237	0.00683
22q gain	32 (7%)	409	0.02476	0.0531	0.054819	0.102	0.59639	0.676	0.81424	0.864	0.17978	0.261	0.2055	0.29	0.12104	0.19	0.55701	0.638	0.44401	0.54	0.63557	0.713
xp gain	51 (12%)	390	0.11573	0.182	0.00271	0.00762	0.99415	0.998	0.49904	0.59	0.44507	0.54	0.70638	0.775	0.01066	0.0254	0.39032	0.489	0.58841	0.668	0.10956	0.175
xq gain	55 (12%)	386	0.032	0.0658	0.03065	0.0637	0.97512	0.981	0.80874	0.861	0.17737	0.258	0.02242	0.0486	0.03668	0.0734	0.45346	0.547	0.82692	0.869	0.22838	0.316
1p loss	58 (13%)	383	9.9999e-06	5.91e-05	8.9999e-05	0.000401	0.73245	0.796	0.5104	0.599	0.00135	0.00417	0.00309	0.00859	0.00469	0.0123	0.0068899	0.0175	0.30424	0.398	0.00489	0.0127
1q loss	25 (6%)	416	8.9999e-05	0.000401	0.00012	0.000501	0.84635	0.881	0.53732	0.621	0.071559	0.125	0.01031	0.0246	0.34434	0.445	0.090379	0.151	0.4257	0.524	0.00142	0.00437
2p loss	23 (5%)	418	0.00016	0.000648	5.9999e-05	0.000281	0.16151	0.24	0.19842	0.281	0.03079	0.0637	0.59932	0.678	0.15705	0.235	0.1456	0.222	0.04734	0.0909	0.65945	0.736
2q loss	30 (7%)	411	9.9999e-06	5.91e-05	0.00018	0.000711	0.38059	0.481	0.34928	0.449	0.14376	0.22	0.64757	0.724	0.2808	0.374	0.02544	0.0539	0.22741	0.315	0.55382	0.636
3p loss	93 (21%)	348	9.9999e-06	5.91e-05	0.00019	0.000747	0.61177	0.689	0.45658	0.55	2e-05	0.000107	0.00311	0.00859	0.04172	0.0814	0.00083999	0.0028	0.086279	0.146	0.00131	0.0041
3q loss	56 (13%)	385	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-05	0.000429	0.065439	0.116	0.34307	0.444	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.00146	0.00446	0.01078	0.0255	0.16333	0.241	6.9999e-05	0.000324
4p loss	167 (38%)	274	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.49769	0.589	0.30478	0.398	9.9999e-06	5.91e-05	0.070339	0.123	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.0097699	0.0235	9.9999e-06	5.91e-05
4q loss	165 (37%)	276	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.89257	0.915	0.052149	0.0978	2e-05	0.000107	0.02587	0.0546	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.18574	0.268	2e-05	0.000107
5p loss	63 (14%)	378	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.96895	0.976	0.48015	0.573	9.9999e-06	5.91e-05	0.00060999	0.00212	2e-05	0.000107	9.9999e-06	5.91e-05	0.14833	0.225	4e-05	0.000194
5q loss	108 (24%)	333	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.75572	0.818	0.29137	0.384	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.057539	0.105	9.9999e-06	5.91e-05
6p loss	50 (11%)	391	9.9999e-06	5.91e-05	8.9999e-05	0.000401	0.01219	0.0281	0.51384	0.601	0.00221	0.00642	0.03038	0.0633	0.51458	0.601	0.011	0.0258	0.096249	0.159	0.20286	0.287
6q loss	69 (16%)	372	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-05	0.000429	0.097099	0.16	0.67772	0.753	0.00082999	0.00278	0.0047	0.0123	0.50819	0.598	0.0356	0.0721	0.1131	0.179	0.2874	0.38
7p loss	17 (4%)	424	0.00064999	0.00223	0.00174	0.0052	0.24609	0.334	0.96109	0.971	0.00228	0.0066	0.64295	0.72	0.00074999	0.00253	0.00428	0.0114	0.054209	0.101	0.03663	0.0734
7q loss	29 (7%)	412	9.9999e-06	5.91e-05	0.00033	0.00123	0.15284	0.231	0.8244	0.868	7.9999e-05	0.000364	0.41697	0.515	0.00013	0.000537	0.00251	0.00713	0.11267	0.179	0.14004	0.215
8p loss	91 (21%)	350	9.9999e-06	5.91e-05	5e-04	0.0018	0.03733	0.0745	0.03499	0.0712	0.00023	0.000891	0.00018	0.000711	0.0142	0.0323	0.00132	0.00411	0.0073499	0.0185	9.9999e-05	0.000429
8q loss	37 (8%)	404	9.9999e-06	5.91e-05	0.43093	0.528	0.38353	0.482	0.43107	0.528	0.0176	0.0391	0.061129	0.11	0.02029	0.0446	0.14512	0.222	0.83788	0.873	0.04338	0.0839
9p loss	149 (34%)	292	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.49332	0.586	5.9999e-05	0.000281	9.9999e-06	5.91e-05	0.00012	0.000501	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.066699	0.117	0.00011	0.000464
9q loss	104 (24%)	337	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.82408	0.868	0.00337	0.00913	9.9999e-06	5.91e-05	0.00111	0.00358	3e-05	0.000151	9.9999e-06	5.91e-05	0.03591	0.0725	4e-05	0.000194
10p loss	64 (15%)	377	9.9999e-06	5.91e-05	0.0012	0.00384	0.48114	0.573	0.077489	0.133	0.00166	0.00498	0.00135	0.00417	0.00108	0.00351	0.00031	0.00117	0.090439	0.151	0.16354	0.241
10q loss	68 (15%)	373	9.9999e-06	5.91e-05	2e-05	0.000107	0.68609	0.757	0.055199	0.102	3e-05	0.000151	0.00192	0.00572	0.00268	0.00759	2e-05	0.000107	0.13934	0.215	0.02352	0.0507
11p loss	64 (15%)	377	9.9999e-06	5.91e-05	5e-05	0.000238	0.065359	0.116	0.0201	0.0444	0.01237	0.0284	0.0215	0.0468	0.19615	0.279	0.0069399	0.0176	0.063019	0.112	0.00209	0.00613
11q loss	61 (14%)	380	9.9999e-06	5.91e-05	0.0013	0.0041	0.92659	0.941	0.35326	0.453	0.15425	0.232	0.10451	0.17	0.6609	0.736	0.21864	0.306	0.059429	0.108	0.01653	0.0371
12p loss	62 (14%)	379	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.33882	0.439	0.33547	0.435	9.9999e-06	5.91e-05	0.00014	0.000576	0.00113	0.00363	9.9999e-06	5.91e-05	0.0090999	0.0221	9.9999e-06	5.91e-05
12q loss	52 (12%)	389	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.68769	0.758	0.58044	0.66	9.9999e-05	0.000429	0.00293	0.00821	0.096659	0.159	9.9999e-05	0.000429	0.057749	0.105	0.00066999	0.00228
13q loss	37 (8%)	404	0.00035	0.0013	0.47078	0.564	0.25222	0.339	0.056749	0.104	0.71957	0.784	0.18949	0.272	0.79865	0.855	0.81961	0.868	0.40565	0.505	0.71462	0.782
14q loss	111 (25%)	330	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.74799	0.811	0.25093	0.338	0.00013	0.000537	0.00129	0.00408	0.00031	0.00117	3e-05	0.000151	0.03179	0.0655	0.0103	0.0246
15q loss	90 (20%)	351	9.9999e-06	5.91e-05	3e-04	0.00114	0.01705	0.038	0.43309	0.53	9.9999e-05	0.000429	0.00103	0.00338	0.04601	0.0887	0.00445	0.0118	0.24624	0.334	0.00093999	0.00311
16p loss	100 (23%)	341	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.35921	0.459	0.37493	0.476	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.00104	0.0034	9.9999e-06	5.91e-05
16q loss	114 (26%)	327	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.91858	0.936	0.057799	0.105	9.9999e-06	5.91e-05	0.00011	0.000464	2e-05	0.000107	9.9999e-06	5.91e-05	0.00249	0.0071	3e-05	0.000151
17p loss	164 (37%)	277	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.0107	0.0254	0.00311	0.00859	9.9999e-06	5.91e-05	3e-05	0.000151	0.00044	0.00161	9.9999e-06	5.91e-05	0.03558	0.0721	0.00016	0.000648
17q loss	74 (17%)	367	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.7712	0.833	0.066499	0.117	4e-05	0.000194	0.02493	0.0531	0.00161	0.00485	9.9999e-06	5.91e-05	0.43617	0.532	0.03082	0.0637
18p loss	119 (27%)	322	9.9999e-06	5.91e-05	0.03801	0.0749	0.82523	0.868	0.11208	0.178	0.30221	0.397	0.03631	0.0732	0.39768	0.497	0.17938	0.261	0.14998	0.227	0.088289	0.148
18q loss	154 (35%)	287	9.9999e-06	5.91e-05	2e-05	0.000107	0.85402	0.888	0.03751	0.0747	0.0033	0.009	0.00018	0.000711	0.02641	0.0556	0.00124	0.00395	0.03483	0.0711	0.00015	0.000614
19p loss	116 (26%)	325	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.3628	0.463	0.00367	0.00988	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.00096999	0.00319	9.9999e-06	5.91e-05
19q loss	86 (20%)	355	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.69796	0.767	0.062959	0.112	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.0063599	0.0163	9.9999e-06	5.91e-05
20p loss	22 (5%)	419	0.0152	0.0344	0.00242	0.00693	0.0064899	0.0166	0.68546	0.757	0.097769	0.16	0.11928	0.188	0.34687	0.447	0.59001	0.669	0.7076	0.776	0.47412	0.567
21q loss	181 (41%)	260	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.20084	0.284	0.31979	0.416	0.0011	0.00356	0.00312	0.00859	0.02589	0.0546	0.00055999	0.00199	0.01187	0.0275	0.00044	0.00161
22q loss	146 (33%)	295	9.9999e-06	5.91e-05	9.9999e-06	5.91e-05	0.87255	0.9	0.00212	0.00618	0.00199	0.00588	0.0077099	0.0192	3e-05	0.000151	9.9999e-06	5.91e-05	0.091739	0.153	0.00064999	0.00223
xp loss	61 (14%)	380	9.9999e-06	5.91e-05	0.00128	0.00407	0.83187	0.869	0.17948	0.261	0.10805	0.173	0.20674	0.291	0.5298	0.616	0.1577	0.236	0.13525	0.21	0.24977	0.338
xq loss	55 (12%)	386	9.9999e-06	5.91e-05	3e-05	0.000151	0.96498	0.973	0.04793	0.0916	0.092379	0.154	0.085099	0.145	0.4045	0.504	0.04763	0.0912	0.056999	0.105	0.21191	0.297
