		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	4 (1%)	495	0.7004	0.799	0.69434	0.799	NA	NA	NA	NA	0.5042	0.645	0.61391	0.738	0.48171	0.628	0.13692	0.245	0.62466	0.746	0.36018	0.508
1q gain	26 (5%)	473	0.19633	0.327	9.9999e-06	0.000311	0.051169	0.12	0.055949	0.129	0.00016	0.00163	9.9999e-06	0.000311	0.01534	0.0489	0.04778	0.114	0.03988	0.103	0.01487	0.0477
3p gain	3 (1%)	496	0.62336	0.746	0.77625	0.863	NA	NA	NA	NA	0.6413	0.751	0.58691	0.717	0.7648	0.859	0.18914	0.317	0.56311	0.704	0.18663	0.314
4p gain	5 (1%)	494	0.088459	0.178	0.03218	0.0846	NA	NA	NA	NA	0.02377	0.0671	0.01436	0.0468	0.4743	0.62	0.01388	0.0462	0.067279	0.146	0.01281	0.0439
4q gain	5 (1%)	494	0.090109	0.18	0.03183	0.0842	NA	NA	NA	NA	0.02445	0.068	0.0141	0.0462	0.47266	0.62	0.01452	0.0468	0.067289	0.146	0.0132	0.0448
5p gain	21 (4%)	478	0.0088799	0.0325	0.0058499	0.0235	0.12575	0.228	0.26215	0.407	0.01274	0.0439	7.9999e-05	0.000908	0.00261	0.0118	0.00013	0.00139	0.0063699	0.0251	0.00146	0.0073
5q gain	17 (3%)	482	0.00066999	0.00416	0.00027	0.00221	0.26685	0.407	0.088119	0.177	0.00056999	0.00374	9.9999e-05	0.00109	0.00124	0.00671	9.9999e-06	0.000311	0.00135	0.00705	0.00051999	0.00349
7p gain	18 (4%)	481	0.0053899	0.0219	0.0013	0.00691	0.23745	0.375	0.058729	0.133	0.00195	0.00935	0.00014	0.00147	0.01174	0.0417	4e-05	0.000638	0.00214	0.00994	0.00088999	0.0053
7q gain	20 (4%)	479	0.0065699	0.0257	0.00032	0.00255	0.14274	0.252	0.01659	0.0505	0.00032	0.00255	2e-05	0.000381	0.00302	0.0134	9.9999e-06	0.000311	0.00025	0.00214	6.9999e-05	0.000843
8p gain	6 (1%)	493	0.04118	0.104	0.95922	1	1	1	0.64575	0.753	0.70431	0.802	0.54376	0.686	0.72096	0.82	0.451	0.593	1	1	0.45147	0.593
8q gain	7 (1%)	492	0.079059	0.164	0.82569	0.909	1	1	0.64412	0.753	0.91181	0.993	0.51721	0.657	0.7657	0.859	0.62972	0.747	0.88199	0.966	0.62794	0.747
9p gain	3 (1%)	496	0.62278	0.746	0.77574	0.863	NA	NA	NA	NA	0.64186	0.751	0.5893	0.718	0.59804	0.727	1	1	0.89507	0.976	1	1
9q gain	4 (1%)	495	0.48641	0.628	0.92099	1	NA	NA	NA	NA	0.37727	0.524	0.37667	0.524	0.43833	0.585	1	1	0.58717	0.717	1	1
11p gain	6 (1%)	493	0.04128	0.104	0.17967	0.305	0.88402	0.966	0.30254	0.451	0.070349	0.149	0.04673	0.113	0.00165	0.00811	0.0068499	0.0266	0.13798	0.245	0.092399	0.18
11q gain	5 (1%)	494	0.087819	0.177	0.31635	0.465	0.88317	0.966	0.30237	0.451	0.17363	0.296	0.12306	0.223	0.0055499	0.0224	0.02298	0.0652	0.40014	0.546	0.26556	0.407
12p gain	15 (3%)	484	0.00048	0.00337	2e-05	0.000381	0.76708	0.859	0.089259	0.179	5e-05	0.000737	9.9999e-06	0.000311	0.00026	0.00216	9.9999e-06	0.000311	0.00022	0.00197	5e-05	0.000737
12q gain	15 (3%)	484	0.00050999	0.00349	5e-05	0.000737	0.7663	0.859	0.088009	0.177	2e-05	0.000381	9.9999e-06	0.000311	2e-04	0.0019	2e-05	0.000381	0.00026	0.00216	6.9999e-05	0.000843
13q gain	5 (1%)	494	0.39157	0.54	0.13475	0.242	0.63279	0.747	0.21606	0.348	0.068949	0.149	0.1035	0.194	0.57304	0.707	0.074359	0.155	0.21867	0.351	0.18333	0.309
14q gain	11 (2%)	488	0.00088999	0.0053	0.00043	0.00313	0.48327	0.628	0.16976	0.294	0.00133	0.00701	0.00022	0.00197	0.056459	0.13	6.9999e-05	0.000843	0.00119	0.00656	0.00023	0.00203
16p gain	15 (3%)	484	4e-04	0.00295	0.00142	0.00716	0.70028	0.799	0.085619	0.175	0.00051999	0.00349	3e-05	0.000506	0.0062699	0.0248	5.9999e-05	0.000823	0.00033	0.00256	5.9999e-05	0.000823
16q gain	13 (3%)	486	0.00142	0.00716	0.0070999	0.0272	0.44643	0.589	0.29575	0.446	0.0027	0.0121	0.00039	0.00291	0.03094	0.0828	0.00022	0.00197	0.00255	0.0116	0.00066999	0.00416
17p gain	16 (3%)	483	0.00019	0.00184	2e-05	0.000381	0.32256	0.47	0.03129	0.0832	9.9999e-06	0.000311	9.9999e-06	0.000311	0.00044	0.00317	9.9999e-06	0.000311	6.9999e-05	0.000843	3e-05	0.000506
17q gain	18 (4%)	481	0.00035	0.00265	9.9999e-06	0.000311	0.70004	0.799	0.01702	0.051	4e-05	0.000638	9.9999e-06	0.000311	0.00047	0.00334	9.9999e-06	0.000311	7.9999e-05	0.000908	2e-05	0.000381
18p gain	6 (1%)	493	0.18078	0.306	0.4202	0.569	NA	NA	NA	NA	0.21071	0.342	0.26627	0.407	0.22696	0.359	0.11202	0.207	0.52587	0.665	0.10752	0.201
18q gain	6 (1%)	493	0.17746	0.302	0.42037	0.569	NA	NA	NA	NA	0.20845	0.341	0.26592	0.407	0.2269	0.359	0.11045	0.205	0.52617	0.665	0.10821	0.202
19p gain	8 (2%)	491	0.0076499	0.0286	0.01203	0.0418	NA	NA	NA	NA	0.00149	0.00739	0.00024	0.00208	0.053069	0.124	2e-05	0.000381	0.068229	0.148	0.00097999	0.00567
19q gain	10 (2%)	489	0.01199	0.0418	0.00195	0.00935	0.36822	0.515	0.071249	0.15	0.00019	0.00184	2e-05	0.000381	0.0091299	0.0333	9.9999e-06	0.000311	0.00443	0.0183	8.9999e-05	0.001
20p gain	12 (2%)	487	0.0039	0.0172	0.01762	0.052	0.44572	0.589	0.10244	0.193	0.0069199	0.0267	0.00087999	0.0053	0.056189	0.129	0.00065999	0.00416	0.050709	0.12	0.01996	0.0569
20q gain	12 (2%)	487	0.00403	0.0174	0.01653	0.0505	0.44514	0.589	0.10231	0.193	0.0072999	0.0278	0.00109	0.00612	0.057139	0.131	0.00059999	0.00389	0.051259	0.12	0.01957	0.0563
21q gain	5 (1%)	494	0.39055	0.54	0.68737	0.792	NA	NA	NA	NA	0.33751	0.487	0.49253	0.632	0.141	0.25	0.30787	0.458	0.79207	0.875	0.57198	0.707
xp gain	8 (2%)	491	0.058939	0.133	0.02992	0.0806	0.77309	0.863	0.51796	0.657	0.072189	0.152	0.060239	0.135	0.27878	0.422	0.073289	0.153	0.059279	0.133	0.15695	0.275
xq gain	7 (1%)	492	0.079289	0.164	0.02938	0.0806	0.77557	0.863	0.51767	0.657	0.0471	0.113	0.01799	0.0528	0.098439	0.188	0.0060799	0.0242	0.01566	0.0493	0.02589	0.0714
1p loss	4 (1%)	495	0.48764	0.628	0.61261	0.738	NA	NA	NA	NA	0.34125	0.489	0.31814	0.466	0.68187	0.79	0.064759	0.144	0.34549	0.493	0.04124	0.104
1q loss	3 (1%)	496	0.25483	0.399	0.22426	0.357	NA	NA	NA	NA	0.17074	0.294	0.17301	0.296	0.76515	0.859	0.01661	0.0505	0.56536	0.704	0.01657	0.0505
2p loss	10 (2%)	489	0.00231	0.0106	0.00198	0.00942	0.6374	0.749	0.091999	0.18	0.00017	0.0017	7.9999e-05	0.000908	0.01342	0.0452	2e-05	0.000381	0.00139	0.00713	9.9999e-06	0.000311
2q loss	10 (2%)	489	0.00202	0.00953	0.00168	0.00819	0.57716	0.709	0.094339	0.183	0.00015	0.00155	3e-05	0.000506	0.01363	0.0457	2e-05	0.000381	0.0013	0.00691	2e-05	0.000381
3p loss	3 (1%)	496	0.25563	0.399	0.22197	0.354	NA	NA	NA	NA	0.1698	0.294	0.17025	0.294	0.76631	0.859	0.01638	0.0505	0.56471	0.704	0.01677	0.0507
3q loss	4 (1%)	495	0.20089	0.331	0.086699	0.176	0.36453	0.513	0.44412	0.589	0.069839	0.149	0.04797	0.114	0.33411	0.483	0.00409	0.0174	0.21619	0.348	0.00411	0.0174
6p loss	4 (1%)	495	0.19979	0.331	0.30188	0.451	NA	NA	NA	NA	0.55162	0.692	0.41089	0.559	0.68389	0.791	0.066609	0.146	0.34591	0.493	0.04048	0.104
6q loss	7 (1%)	492	0.01971	0.0565	0.02966	0.0806	0.10168	0.193	0.57892	0.71	0.04697	0.113	0.0186	0.0541	0.31227	0.462	0.00066999	0.00416	0.0408	0.104	0.00096999	0.00567
8p loss	4 (1%)	495	0.20166	0.331	0.29931	0.449	NA	NA	NA	NA	0.069749	0.149	0.04721	0.113	0.04345	0.107	0.00435	0.0181	0.03992	0.103	0.01698	0.051
8q loss	4 (1%)	495	0.20224	0.331	0.29939	0.449	NA	NA	NA	NA	0.069329	0.149	0.04719	0.113	0.04179	0.104	0.00404	0.0174	0.04174	0.104	0.0166	0.0505
9p loss	19 (4%)	480	0.02421	0.0677	0.091979	0.18	0.94132	1	0.64815	0.754	0.058159	0.132	0.062219	0.139	0.21025	0.342	0.0084199	0.0312	0.0173	0.0513	0.02522	0.0699
9q loss	25 (5%)	474	0.00056999	0.00374	0.03505	0.0915	0.57178	0.707	0.11751	0.215	0.2688	0.409	0.059939	0.134	0.053439	0.124	0.0074499	0.0282	0.01079	0.0388	0.01715	0.0511
10p loss	7 (1%)	492	0.080729	0.166	0.27467	0.417	0.36522	0.513	0.44359	0.589	0.03227	0.0846	0.01571	0.0493	0.31373	0.463	0.00080999	0.00498	0.04149	0.104	0.00118	0.00656
10q loss	6 (1%)	493	0.14362	0.253	0.42244	0.57	NA	NA	NA	NA	0.071159	0.15	0.04716	0.113	0.43534	0.585	0.00424	0.0179	0.10211	0.193	0.0041	0.0174
11p loss	7 (1%)	492	0.23889	0.376	0.02991	0.0806	0.78472	0.87	0.95876	1	0.01452	0.0468	0.01853	0.0541	0.098469	0.188	0.00092999	0.00549	0.04126	0.104	0.00139	0.00713
11q loss	9 (2%)	490	0.43711	0.585	0.01547	0.0491	0.60529	0.732	0.83099	0.913	0.03977	0.103	0.01894	0.0548	0.081359	0.167	0.00209	0.00979	0.01193	0.0418	0.00035	0.00265
13q loss	14 (3%)	485	0.01319	0.0448	0.070189	0.149	0.0074999	0.0282	0.1317	0.237	0.01156	0.0413	0.0085799	0.0316	0.12114	0.221	0.00051999	0.00349	0.01002	0.0363	0.00033	0.00256
15q loss	8 (2%)	491	0.17155	0.294	0.01203	0.0418	0.15374	0.27	0.094989	0.184	0.00124	0.00671	0.00022	0.00197	0.01396	0.0462	2e-05	0.000381	0.0043	0.018	6.9999e-05	0.000843
17p loss	8 (2%)	491	0.21459	0.348	0.79478	0.876	0.63487	0.748	0.39228	0.54	0.76366	0.859	0.59992	0.727	0.31063	0.46	0.16224	0.283	0.26413	0.407	0.1636	0.285
17q loss	4 (1%)	495	0.48496	0.628	0.57686	0.709	NA	NA	NA	NA	1	1	0.66718	0.775	0.19007	0.318	0.57257	0.707	0.79227	0.875	0.56548	0.704
18p loss	4 (1%)	495	0.48512	0.628	0.11508	0.212	0.63335	0.747	0.39423	0.54	0.33821	0.487	0.31697	0.465	0.36755	0.515	0.090979	0.18	0.34924	0.497	0.26632	0.407
18q loss	4 (1%)	495	0.48944	0.629	0.11258	0.208	0.62892	0.747	0.39328	0.54	0.3416	0.489	0.31984	0.467	0.37065	0.517	0.091019	0.18	0.35093	0.498	0.26347	0.407
19p loss	5 (1%)	494	0.72748	0.825	0.031	0.0828	0.1218	0.222	0.26058	0.406	0.02418	0.0677	0.01409	0.0462	0.04277	0.106	0.00104	0.00596	0.00226	0.0104	0.00107	0.00607
21q loss	8 (2%)	491	0.59983	0.727	0.69857	0.799	0.63102	0.747	0.21929	0.351	0.32571	0.473	0.42761	0.576	0.10978	0.204	0.02955	0.0806	0.35441	0.501	0.052919	0.124
22q loss	89 (18%)	410	9.9999e-06	0.000311	9.9999e-06	0.000311	0.40967	0.558	0.50914	0.65	9.9999e-06	0.000311	9.9999e-06	0.000311	0.00478	0.0196	5.9999e-05	0.000823	3e-05	0.000506	6.9999e-05	0.000843
xp loss	4 (1%)	495	0.48785	0.628	0.61322	0.738	0.065209	0.144	0.19884	0.33	0.55031	0.692	0.21752	0.35	0.080589	0.166	0.091889	0.18	0.13806	0.245	0.091489	0.18
xq loss	5 (1%)	494	0.33136	0.48	0.68658	0.792	0.065259	0.144	0.20192	0.331	0.43734	0.585	0.39325	0.54	0.24431	0.383	0.098159	0.188	0.12831	0.232	0.096389	0.186
