Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 89 (22%) 319 9.9999e-06 0.000155 0.1033 0.238 0.31378 0.475 0.52921 0.64 0.25121 0.411 0.49468 0.616 0.91541 0.944 0.63602 0.723 0.46249 0.592 0.55371 0.659 1q gain 126 (31%) 282 9.9999e-06 0.000155 0.92892 0.949 0.594 0.693 0.48634 0.612 0.49821 0.618 0.8408 0.886 0.62317 0.715 0.25301 0.412 0.15177 0.298 0.45119 0.587 2p gain 111 (27%) 297 9.9999e-06 0.000155 5.9999e-05 0.000703 0.1335 0.276 0.60356 0.701 0.03131 0.105 0.01023 0.043 0.0065299 0.0323 0.01791 0.0665 0.20629 0.358 0.00236 0.0144 2q gain 55 (13%) 353 3e-05 0.000397 0.11258 0.25 0.61667 0.711 0.5555 0.659 0.092579 0.219 0.23135 0.39 0.10318 0.238 0.18836 0.341 0.28959 0.453 0.37369 0.526 3p gain 143 (35%) 265 9.9999e-06 0.000155 0.18402 0.338 0.88709 0.921 0.52884 0.64 0.01559 0.06 0.01294 0.052 0.0486 0.142 0.0082799 0.0376 0.11569 0.255 0.01991 0.0729 3q gain 179 (44%) 229 9.9999e-06 0.000155 0.41969 0.565 0.12417 0.264 0.66565 0.748 0.21603 0.371 0.065009 0.173 0.0081599 0.0376 0.0078999 0.0368 0.055929 0.157 0.0096399 0.0416 4p gain 38 (9%) 370 0.00052999 0.00457 0.0090799 0.0401 0.00488 0.0258 0.04374 0.132 0.27023 0.434 0.0097399 0.0416 0.01416 0.0556 0.44713 0.587 0.15769 0.305 0.12091 0.261 4q gain 26 (6%) 382 0.02405 0.085 0.18739 0.341 0.67586 0.753 0.55244 0.659 0.60701 0.703 0.11255 0.25 0.068979 0.179 0.33416 0.493 0.33447 0.493 0.38346 0.537 5p gain 166 (41%) 242 9.9999e-06 0.000155 0.02531 0.0879 0.00035 0.00334 0.00288 0.0172 0.00408 0.0226 0.00054999 0.00465 0.0399 0.124 0.24403 0.404 0.0246 0.0866 0.00454 0.0247 5q gain 51 (12%) 357 0.00076999 0.00585 0.054019 0.153 0.00215 0.0135 0.03565 0.116 0.80505 0.856 0.25802 0.42 0.089189 0.213 0.52088 0.636 0.4957 0.616 0.079909 0.199 6p gain 73 (18%) 335 9.9999e-06 0.000155 0.88433 0.92 0.34606 0.502 0.20046 0.353 0.29694 0.46 0.58044 0.68 0.36524 0.519 0.52468 0.639 0.59151 0.691 0.87455 0.912 6q gain 39 (10%) 369 0.00296 0.0176 0.9482 0.961 0.61846 0.711 0.25965 0.422 0.11988 0.261 0.2996 0.461 0.41484 0.562 0.15319 0.301 0.04675 0.139 0.36106 0.516 7p gain 171 (42%) 237 9.9999e-06 0.000155 0.03408 0.113 0.00327 0.019 0.19761 0.351 0.097609 0.229 0.17026 0.32 0.056549 0.158 0.60796 0.703 0.12103 0.261 0.04349 0.132 7q gain 148 (36%) 260 9.9999e-06 0.000155 0.13005 0.271 0.076869 0.196 0.75491 0.817 0.26481 0.427 0.64353 0.731 0.66858 0.749 0.31881 0.48 0.8269 0.876 0.71624 0.788 8p gain 90 (22%) 318 9.9999e-06 0.000155 0.47996 0.605 0.00137 0.00936 0.13336 0.276 0.29856 0.461 0.83178 0.88 0.24656 0.407 0.01534 0.0593 0.62205 0.714 0.31424 0.475 8q gain 200 (49%) 208 9.9999e-06 0.000155 0.00388 0.0216 0.00021 0.0021 0.53852 0.647 0.5357 0.644 1 1 0.22156 0.375 0.051379 0.149 0.50891 0.626 0.45378 0.587 9p gain 69 (17%) 339 9.9999e-06 0.000155 0.35853 0.515 0.17483 0.327 0.01662 0.0628 0.12224 0.261 0.17805 0.331 0.0097099 0.0416 0.55806 0.66 0.00014 0.00157 2e-05 0.000278 9q gain 56 (14%) 352 2e-05 0.000278 0.080519 0.2 0.15896 0.306 0.0061199 0.0308 0.00203 0.0128 0.00043 0.00392 0.0399 0.124 0.88616 0.921 2e-05 0.000278 0.00121 0.00848 10p gain 117 (29%) 291 9.9999e-06 0.000155 0.00050999 0.00445 0.27802 0.442 0.32458 0.484 0.02724 0.0927 0.00483 0.0258 0.072549 0.186 0.9729 0.982 0.43549 0.577 0.74521 0.81 10q gain 44 (11%) 364 0.00189 0.0123 0.00176 0.0116 0.72476 0.793 0.46376 0.592 0.39642 0.546 0.051239 0.149 0.0072299 0.0343 0.45861 0.589 0.067899 0.177 0.45291 0.587 11p gain 29 (7%) 379 0.0082799 0.0376 0.24208 0.402 0.060049 0.165 0.0089799 0.04 0.0018 0.0118 0.01222 0.0494 0.061999 0.167 0.62502 0.716 0.00139 0.00942 0.00479 0.0258 11q gain 47 (12%) 361 0.00331 0.019 0.62677 0.717 0.36738 0.52 0.01792 0.0665 0.075289 0.192 0.079109 0.199 0.29705 0.46 0.77768 0.837 0.0051199 0.0268 0.16596 0.316 12p gain 116 (28%) 292 0.00093999 0.00707 0.32288 0.483 0.20425 0.356 0.9814 0.99 0.14321 0.287 0.85753 0.902 0.51855 0.635 0.72261 0.792 0.46282 0.592 0.03892 0.123 12q gain 91 (22%) 317 0.061939 0.167 0.28707 0.452 0.27473 0.44 0.78567 0.843 0.15086 0.297 0.099059 0.231 0.36892 0.522 0.36381 0.518 0.98856 0.994 0.00224 0.0138 13q gain 100 (25%) 308 0.00071999 0.00568 0.80834 0.857 0.32524 0.484 0.88928 0.921 0.17003 0.32 0.46984 0.595 0.94713 0.961 0.79429 0.848 0.25163 0.411 0.34801 0.504 14q gain 57 (14%) 351 0.0066899 0.0325 0.02541 0.0879 0.5517 0.659 0.45815 0.589 0.0114 0.0466 0.02963 0.1 0.3742 0.526 0.32227 0.483 0.30558 0.467 0.16034 0.308 15q gain 35 (9%) 373 0.16817 0.318 0.00134 0.00923 0.00061999 0.00508 0.069099 0.179 0.1025 0.237 0.03195 0.106 0.44571 0.587 0.72507 0.793 0.12189 0.261 0.14077 0.285 16p gain 75 (18%) 333 9.9999e-06 0.000155 0.262 0.425 0.58167 0.68 0.47517 0.599 0.69156 0.765 0.12771 0.268 0.49275 0.616 0.19314 0.347 0.39918 0.548 0.74739 0.812 16q gain 82 (20%) 326 9.9999e-06 0.000155 0.13736 0.28 0.3979 0.547 0.28334 0.449 0.79952 0.851 0.10743 0.244 0.50916 0.626 0.28248 0.448 0.39453 0.545 0.4745 0.599 17p gain 56 (14%) 352 0.00106 0.00776 0.20633 0.358 0.65289 0.738 0.64771 0.734 0.53597 0.644 0.20733 0.359 0.14923 0.296 0.12528 0.265 0.13006 0.271 0.29495 0.458 17q gain 135 (33%) 273 9.9999e-06 0.000155 0.072039 0.185 0.04439 0.133 0.92447 0.948 0.55512 0.659 0.18507 0.339 0.24654 0.407 0.26787 0.431 0.16622 0.316 0.33355 0.493 18p gain 116 (28%) 292 9.9999e-06 0.000155 0.0076199 0.0357 0.63598 0.723 0.43105 0.574 9.9999e-06 0.000155 0.02928 0.0992 0.00031 0.00303 0.61408 0.709 0.28961 0.453 0.03854 0.122 18q gain 61 (15%) 347 0.0068999 0.0331 0.18381 0.338 0.32016 0.481 0.1727 0.323 0.04632 0.139 0.45074 0.587 0.04232 0.13 0.29319 0.457 0.55925 0.661 0.00284 0.0171 19p gain 87 (21%) 321 0.00076999 0.00585 0.17614 0.328 0.078149 0.198 0.46601 0.593 0.22945 0.388 0.10775 0.244 0.36727 0.52 0.78997 0.846 0.35242 0.509 0.78384 0.842 19q gain 132 (32%) 276 9.9999e-06 0.000155 0.02499 0.0873 0.13111 0.272 0.9568 0.967 0.23495 0.395 0.49192 0.616 0.097909 0.229 0.43203 0.574 0.20098 0.353 0.60776 0.703 20p gain 201 (49%) 207 9.9999e-06 0.000155 0.18702 0.341 0.32935 0.488 0.064829 0.173 0.15557 0.303 0.04136 0.128 0.12482 0.264 0.19039 0.344 0.057769 0.16 0.34546 0.502 20q gain 230 (56%) 178 9.9999e-06 0.000155 0.13718 0.28 0.4667 0.593 0.63575 0.723 0.3901 0.541 0.14106 0.285 0.19217 0.346 0.1492 0.296 0.092719 0.219 0.11259 0.25 21q gain 116 (28%) 292 9.9999e-06 0.000155 3e-05 0.000397 0.52706 0.639 0.40505 0.552 0.079469 0.199 0.00073999 0.00578 0.00167 0.0112 0.00037 0.00349 0.00424 0.0233 0.01125 0.0464 22q gain 48 (12%) 360 0.31412 0.475 0.067729 0.177 0.74453 0.81 0.23749 0.397 0.10903 0.245 0.03955 0.124 0.083519 0.204 0.64588 0.733 0.12468 0.264 0.35735 0.514 xp gain 65 (16%) 343 0.0061699 0.0308 2e-04 0.00208 0.00021 0.0021 0.0087899 0.0396 9.9999e-06 0.000155 0.0381 0.121 0.04217 0.13 0.04358 0.132 0.01529 0.0593 0.0382 0.121 xq gain 45 (11%) 363 0.13713 0.28 0.13781 0.28 0.02279 0.082 0.20407 0.356 0.04405 0.133 0.56654 0.667 0.063149 0.169 0.03093 0.104 0.52671 0.639 0.1683 0.318 1p loss 31 (8%) 377 0.1035 0.238 0.31115 0.472 0.56931 0.669 0.3856 0.539 0.86323 0.906 0.22157 0.375 0.78919 0.846 0.4631 0.592 0.72765 0.793 0.28715 0.452 1q loss 31 (8%) 377 0.082739 0.203 0.24694 0.407 0.86912 0.91 0.71918 0.791 0.8906 0.921 0.42731 0.572 0.99224 0.996 0.92261 0.948 0.04648 0.139 0.38277 0.537 2p loss 45 (11%) 363 0.33706 0.494 0.081179 0.201 0.69117 0.765 0.92506 0.948 0.53278 0.643 0.02715 0.0927 0.11456 0.253 0.94318 0.958 0.15673 0.304 0.76326 0.825 2q loss 92 (23%) 316 0.00063999 0.00515 0.0058499 0.0296 0.40399 0.551 0.33665 0.494 0.01059 0.0441 0.02658 0.0912 0.42929 0.573 0.95254 0.964 0.03641 0.118 0.55309 0.659 3p loss 51 (12%) 357 0.043 0.132 0.0082999 0.0376 0.01674 0.063 0.0066099 0.0323 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 0.01399 0.0552 0.1397 0.284 5.9999e-05 0.000703 0.0096799 0.0416 3q loss 23 (6%) 385 0.54142 0.649 0.35122 0.508 0.29973 0.461 0.061709 0.167 0.0066099 0.0323 0.15599 0.303 0.085739 0.207 0.45381 0.587 0.00124 0.00862 0.10495 0.24 4p loss 144 (35%) 264 9.9999e-06 0.000155 0.11979 0.261 0.16528 0.316 0.00332 0.019 0.0052599 0.0273 5e-05 0.000612 0.00042 0.00391 0.42572 0.57 0.058029 0.16 0.18577 0.339 4q loss 136 (33%) 272 9.9999e-06 0.000155 0.051899 0.149 0.10892 0.245 0.01143 0.0466 0.0051399 0.0268 0.00053999 0.00461 0.0055499 0.0284 0.92555 0.948 0.01015 0.043 0.071659 0.185 5p loss 54 (13%) 354 0.00114 0.00827 0.00015 0.00166 0.084779 0.205 0.00221 0.0137 0.053629 0.152 0.00049 0.00437 0.71322 0.787 0.67243 0.751 0.097329 0.229 0.2082 0.36 5q loss 160 (39%) 248 9.9999e-06 0.000155 0.00172 0.0115 0.42036 0.565 0.22011 0.375 0.41584 0.562 0.02033 0.0741 0.04685 0.139 0.094379 0.222 0.47318 0.599 0.10099 0.235 6p loss 103 (25%) 305 9.9999e-06 0.000155 0.02327 0.0829 0.078969 0.199 0.72286 0.792 0.56016 0.661 0.060739 0.165 0.23437 0.395 0.19995 0.353 0.14686 0.292 0.2626 0.425 6q loss 159 (39%) 249 9.9999e-06 0.000155 0.0089199 0.04 0.01802 0.0666 0.40026 0.548 0.67762 0.754 0.03542 0.116 0.081629 0.201 0.15402 0.301 0.50933 0.626 0.43184 0.574 7p loss 20 (5%) 388 0.45253 0.587 0.65783 0.742 0.65714 0.742 0.89827 0.928 0.27615 0.441 0.41462 0.562 0.54513 0.653 0.057909 0.16 0.4941 0.616 0.50092 0.62 7q loss 28 (7%) 380 0.0074699 0.0352 0.41382 0.562 0.45115 0.587 0.21122 0.365 0.98905 0.994 0.72639 0.793 0.48887 0.614 0.19128 0.345 0.59896 0.698 0.83321 0.88 8p loss 188 (46%) 220 9.9999e-06 0.000155 0.00383 0.0216 0.01373 0.0544 0.00097999 0.00724 0.00279 0.0169 0.0057799 0.0294 0.16592 0.316 0.03705 0.12 0.065539 0.174 0.44822 0.587 8q loss 38 (9%) 370 0.00033 0.00318 0.44823 0.587 0.50835 0.626 0.060669 0.165 0.01889 0.0695 0.38707 0.54 0.10787 0.244 0.061599 0.167 0.53342 0.643 0.61814 0.711 9p loss 174 (43%) 234 9.9999e-06 0.000155 2e-04 0.00208 0.00322 0.0189 0.00017 0.00183 5.9999e-05 0.000703 9.9999e-06 0.000155 0.0070199 0.0335 0.18361 0.338 4e-05 0.000521 0.00043 0.00392 9q loss 169 (41%) 239 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 5e-04 0.00441 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 5e-05 0.000612 0.30858 0.47 9.9999e-06 0.000155 2e-05 0.000278 10p loss 73 (18%) 335 0.01366 0.0544 0.2518 0.411 0.33988 0.497 0.87806 0.915 0.0161 0.0613 0.13768 0.28 0.71378 0.787 0.32382 0.484 0.19918 0.353 0.21843 0.373 10q loss 129 (32%) 279 9.9999e-06 0.000155 0.00203 0.0128 0.34479 0.502 0.41567 0.562 0.45037 0.587 0.55637 0.659 0.66113 0.744 0.15901 0.306 0.12187 0.261 0.51233 0.629 11p loss 178 (44%) 230 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 0.12008 0.261 0.00012 0.00137 0.00021 0.0021 9.9999e-06 0.000155 2e-05 0.000278 0.45533 0.588 2e-05 0.000278 0.00195 0.0125 11q loss 129 (32%) 279 9.9999e-06 0.000155 0.052479 0.149 0.30168 0.462 0.03442 0.113 0.35972 0.516 0.15445 0.302 0.30499 0.467 0.15079 0.297 0.29072 0.454 0.34316 0.501 12p loss 54 (13%) 354 0.00028 0.00277 0.01614 0.0613 0.38951 0.541 0.12203 0.261 0.02502 0.0873 0.02203 0.0796 0.27509 0.44 0.36222 0.517 0.18105 0.336 0.9411 0.958 12q loss 58 (14%) 350 0.00044 0.00396 0.77183 0.833 0.39278 0.543 0.21372 0.368 0.16697 0.317 0.46476 0.593 0.65956 0.743 0.79449 0.848 0.86503 0.907 0.68315 0.759 13q loss 85 (21%) 323 9.9999e-06 0.000155 0.50487 0.624 0.00016 0.00175 0.52664 0.639 0.00056999 0.00477 0.18852 0.341 5e-05 0.000612 0.01196 0.0486 0.0093899 0.041 0.00119 0.00841 14q loss 121 (30%) 287 9.9999e-06 0.000155 5e-05 0.000612 0.80763 0.857 0.41723 0.563 0.055019 0.155 0.00019 0.00202 0.00074999 0.0058 0.00119 0.00841 0.0036 0.0205 0.00115 0.00827 15q loss 144 (35%) 264 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 0.11028 0.247 0.067709 0.177 0.0054299 0.028 0.28836 0.453 0.02303 0.0825 0.0092899 0.0407 0.0102 0.043 0.02334 0.0829 16p loss 110 (27%) 298 9.9999e-06 0.000155 0.44321 0.586 0.00065999 0.00525 0.27787 0.442 0.051749 0.149 0.23535 0.395 0.23971 0.399 0.66673 0.748 0.17098 0.321 0.12741 0.268 16q loss 107 (26%) 301 9.9999e-06 0.000155 0.40286 0.551 0.01479 0.0578 0.33966 0.497 0.04169 0.129 0.38866 0.541 0.19947 0.353 0.88965 0.921 0.56418 0.665 0.46709 0.593 17p loss 182 (45%) 226 9.9999e-06 0.000155 0.45355 0.587 0.087249 0.21 0.11329 0.251 0.87156 0.912 0.091439 0.217 0.30015 0.461 0.39055 0.541 0.19586 0.348 0.35333 0.509 17q loss 46 (11%) 362 0.088739 0.213 0.60317 0.701 0.9281 0.949 0.26493 0.427 0.14138 0.285 0.79767 0.851 0.68499 0.76 0.91784 0.945 1 1 0.98536 0.993 18p loss 98 (24%) 310 0.00012 0.00137 0.11696 0.257 0.7008 0.774 0.43306 0.575 0.077049 0.196 0.051039 0.149 0.1831 0.338 0.33613 0.494 0.069499 0.18 0.1205 0.261 18q loss 146 (36%) 262 9.9999e-06 0.000155 0.93768 0.956 0.57069 0.669 0.4231 0.568 0.77616 0.836 0.04723 0.139 0.03747 0.12 0.00385 0.0216 0.083999 0.204 0.12746 0.268 19p loss 95 (23%) 313 3e-05 0.000397 0.051999 0.149 0.083959 0.204 0.19439 0.348 0.00193 0.0125 0.00486 0.0258 0.14641 0.292 0.23903 0.398 0.67052 0.75 0.44684 0.587 19q loss 59 (14%) 349 0.00094999 0.00708 0.22113 0.375 0.03646 0.118 0.31031 0.472 0.0068699 0.0331 0.20392 0.356 0.37059 0.523 0.49557 0.616 0.40003 0.548 0.51894 0.635 20p loss 32 (8%) 376 0.1048 0.24 0.19525 0.348 0.1311 0.272 0.23625 0.395 0.67417 0.752 0.32925 0.488 0.37969 0.533 0.49519 0.616 0.24865 0.409 0.45844 0.589 20q loss 15 (4%) 393 0.18128 0.336 0.91868 0.945 0.052249 0.149 0.13639 0.28 0.04784 0.141 0.84236 0.887 0.75255 0.815 1 1 0.87398 0.912 0.94255 0.958 21q loss 79 (19%) 329 0.01752 0.0656 0.065639 0.174 0.01365 0.0544 0.02653 0.0912 0.058399 0.161 0.0065699 0.0323 0.003 0.0177 0.090609 0.216 0.01123 0.0464 0.0082999 0.0376 22q loss 160 (39%) 248 9.9999e-06 0.000155 0.01059 0.0441 0.14313 0.287 0.00057999 0.0048 0.00437 0.0239 0.00063999 0.00515 0.054759 0.154 0.74956 0.813 0.03734 0.12 0.067529 0.177 xp loss 73 (18%) 335 0.19569 0.348 0.2843 0.449 0.36061 0.516 0.31568 0.476 0.081569 0.201 0.63546 0.723 0.84001 0.886 0.21484 0.369 0.14693 0.292 0.11985 0.261 xq loss 83 (20%) 325 0.084859 0.205 0.0090999 0.0401 0.52088 0.636 0.080039 0.199 0.02124 0.0771 0.21846 0.373 0.10888 0.245 0.29474 0.458 0.01614 0.0613 0.03388 0.112