Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1p31.3 96 (33%) 199 9.9999e-06 0.000185 0.42872 0.567 0.46328 0.594 0.7114 0.802 0.02453 0.0715 0.00159 0.00972 0.24025 0.373 0.00101 0.00692 0.39352 0.528 0.17426 0.298 amp_1q21.3 158 (54%) 137 9.9999e-06 0.000185 0.44867 0.583 0.25011 0.379 0.24587 0.377 0.0366 0.0941 0.01116 0.0406 0.75121 0.822 0.00094999 0.00672 0.5365 0.663 0.01545 0.0521 amp_2p24.3 79 (27%) 216 2e-05 0.00028 0.49227 0.623 0.25306 0.381 0.053769 0.127 0.10423 0.206 0.04294 0.107 0.085359 0.18 2e-05 0.00028 0.053709 0.127 0.092389 0.188 amp_2q33.1 41 (14%) 254 9.9999e-06 0.000185 0.18543 0.31 0.19757 0.324 0.44425 0.578 0.00033 0.0032 0.053929 0.127 0.41885 0.557 0.0072599 0.0296 0.2688 0.398 0.24581 0.377 amp_3q26.31 227 (77%) 68 9.9999e-06 0.000185 0.00224 0.0126 0.572 0.693 0.88459 0.911 0.00041 0.00369 9.9999e-06 0.000185 0.1267 0.235 2e-05 0.00028 0.04344 0.107 9.9999e-06 0.000185 amp_4q12 21 (7%) 274 0.16176 0.284 0.3867 0.523 0.00396 0.0195 0.43308 0.57 0.24824 0.379 0.89057 0.914 0.95943 0.969 0.37177 0.508 0.11114 0.215 0.082019 0.175 amp_5p15.33 138 (47%) 157 9.9999e-06 0.000185 0.03047 0.0827 0.24101 0.373 0.37609 0.513 0.0066299 0.0278 0.0053899 0.0238 0.00259 0.0143 0.00076999 0.00571 0.00388 0.0195 0.01479 0.0501 amp_6p21.33 82 (28%) 213 0.00033 0.0032 0.3673 0.504 0.54096 0.667 0.062599 0.143 0.01861 0.0589 0.15871 0.28 0.8169 0.872 0.01471 0.0501 0.35815 0.496 0.073799 0.164 amp_7p11.2 52 (18%) 243 4e-05 0.000504 0.01442 0.0495 0.02984 0.0817 0.0084099 0.0335 0.03157 0.085 0.067439 0.152 0.00025 0.00254 0.088889 0.185 6.9999e-05 0.000802 0.13492 0.245 amp_8q24.21 127 (43%) 168 0.24135 0.373 0.00113 0.00757 0.090109 0.187 0.14592 0.261 0.44128 0.577 0.03949 0.0995 0.10876 0.212 0.096689 0.194 0.13322 0.245 0.01375 0.0476 amp_9p24.1 63 (21%) 232 0.00043 0.00376 0.35298 0.492 0.097399 0.195 0.01194 0.0423 0.35882 0.496 0.0333 0.0878 0.52707 0.655 0.068649 0.154 0.38937 0.524 0.17233 0.297 amp_11p12 23 (8%) 272 0.1829 0.308 0.82362 0.878 0.72718 0.808 0.86374 0.899 0.36718 0.504 0.29644 0.43 0.6044 0.717 0.069099 0.154 0.2384 0.371 0.56251 0.684 amp_11q13.3 41 (14%) 254 6.9999e-05 0.000802 0.69983 0.795 0.067149 0.152 0.03103 0.0839 0.02965 0.0817 6.9999e-05 0.000802 0.050219 0.121 2e-05 0.00028 0.00045 0.00388 0.14054 0.254 amp_11q22.1 47 (16%) 248 9.9999e-06 0.000185 0.00137 0.00872 0.00264 0.0145 9.9999e-06 0.000185 2e-05 0.00028 9.9999e-06 0.000185 0.00071999 0.00547 9.9999e-06 0.000185 3e-05 0.000386 0.00022 0.00227 amp_13q22.1 65 (22%) 230 0.10818 0.212 0.12976 0.24 0.18386 0.308 0.5194 0.648 0.11588 0.221 0.74265 0.817 0.72017 0.805 0.42746 0.567 0.63979 0.745 0.2063 0.334 amp_13q34 69 (23%) 226 0.29474 0.43 0.85296 0.893 0.63053 0.737 0.58897 0.704 0.69615 0.793 0.61356 0.724 0.71506 0.803 0.77037 0.837 0.84961 0.891 0.37886 0.515 amp_15q26.1 76 (26%) 219 0.01122 0.0406 0.83454 0.879 0.30452 0.439 0.33011 0.472 0.70129 0.795 0.59312 0.706 0.92812 0.946 0.60571 0.717 0.69184 0.791 0.95771 0.969 amp_16p13.13 65 (22%) 230 0.16314 0.285 0.11176 0.216 0.6299 0.737 0.88661 0.911 0.19286 0.317 0.37934 0.515 0.49919 0.63 0.22051 0.353 0.68463 0.784 0.33623 0.478 amp_17q12 55 (19%) 240 0.00169 0.01 0.00391 0.0195 0.72809 0.808 0.03772 0.0954 0.00496 0.023 0.00343 0.018 0.11604 0.221 0.03255 0.0865 0.01584 0.0523 0.11432 0.22 amp_17q25.1 74 (25%) 221 2e-05 0.00028 0.0059499 0.0253 0.34157 0.484 0.080459 0.173 0.02702 0.0766 0.50802 0.639 0.55473 0.677 0.94163 0.957 0.34103 0.484 0.88405 0.911 amp_19p13.3 39 (13%) 256 0.01262 0.0442 0.063829 0.145 0.14393 0.258 0.58866 0.704 0.1871 0.311 0.00122 0.00801 0.28886 0.424 0.01844 0.0589 0.35782 0.496 0.080909 0.173 amp_19p13.2 43 (15%) 252 0.03286 0.087 0.28938 0.424 0.17218 0.297 0.58239 0.7 0.47693 0.606 0.079359 0.172 0.77817 0.842 0.095089 0.192 0.34557 0.487 0.32102 0.46 amp_19q13.13 93 (32%) 202 9.9999e-06 0.000185 0.46994 0.599 0.83468 0.879 0.2506 0.379 0.3513 0.492 0.43519 0.571 0.70033 0.795 0.26975 0.398 0.55384 0.677 0.65572 0.758 amp_20q11.21 135 (46%) 160 9.9999e-06 0.000185 0.01356 0.0472 0.5957 0.708 0.00361 0.0188 0.04188 0.104 0.03731 0.0949 0.1027 0.204 0.03455 0.0903 0.0475 0.115 0.24656 0.377 amp_21q22.13 48 (16%) 247 0.12908 0.239 0.72771 0.808 0.63002 0.737 0.79802 0.859 0.062499 0.143 0.44161 0.577 0.78019 0.842 0.8342 0.879 0.88138 0.91 0.38217 0.518 amp_xq28 75 (25%) 220 0.98512 0.99 0.01858 0.0589 0.57588 0.695 0.90914 0.928 0.67758 0.78 0.5571 0.679 0.00132 0.00849 0.16808 0.292 0.02333 0.069 0.03387 0.0889 del_1p36.23 40 (14%) 255 0.076789 0.167 0.02203 0.0661 0.71436 0.803 0.096919 0.194 0.00064999 0.00499 2e-05 0.00028 0.25015 0.379 9.9999e-05 0.00107 0.23209 0.367 0.0050499 0.0231 del_1p13.2 34 (12%) 261 0.01587 0.0523 0.060109 0.139 0.13442 0.245 0.26309 0.391 5e-05 0.000606 0.068869 0.154 0.0055099 0.0238 0.17844 0.304 0.0095799 0.0366 0.055829 0.13 del_2q22.1 65 (22%) 230 0.01595 0.0523 0.17282 0.297 0.29991 0.433 0.72161 0.805 0.01816 0.0584 0.11788 0.224 0.90516 0.926 0.18212 0.308 0.38802 0.523 0.45179 0.584 del_2q37.1 129 (44%) 166 0.00155 0.00957 0.00043 0.00376 0.35691 0.496 0.10581 0.208 3e-05 0.000386 9.9999e-06 0.000185 0.0067599 0.0279 0.00124 0.00805 0.0076299 0.0308 8.9999e-05 0.000978 del_3p22.1 113 (38%) 182 9.9999e-06 0.000185 0.00393 0.0195 0.03682 0.0943 0.00139 0.00876 0.0072899 0.0296 3e-05 0.000386 0.17418 0.298 0.00061999 0.00499 0.23582 0.37 0.00092999 0.00672 del_3p14.2 134 (45%) 161 9.9999e-06 0.000185 0.00063999 0.00499 0.1418 0.256 0.04657 0.114 0.00161 0.00972 2e-05 0.00028 0.0039 0.0195 0.00046 0.00392 0.02005 0.0613 0.00014 0.00147 del_4p16.3 127 (43%) 168 9.9999e-06 0.000185 0.02139 0.0645 0.86164 0.899 0.99728 0.998 0.00466 0.0222 0.00099999 0.00692 0.2273 0.362 0.00038 0.00347 0.51487 0.645 0.00491 0.023 del_4q21.3 103 (35%) 192 9.9999e-06 0.000185 0.056479 0.131 0.67826 0.78 0.80218 0.86 0.0085199 0.0338 0.0053699 0.0238 0.23352 0.368 0.23711 0.371 0.80258 0.86 0.16584 0.289 del_4q22.1 100 (34%) 195 9.9999e-06 0.000185 0.15315 0.273 0.56922 0.691 0.87128 0.903 0.01718 0.0558 0.01139 0.0407 0.47987 0.608 0.04422 0.109 0.57444 0.695 0.086889 0.182 del_4q35.2 114 (39%) 181 9.9999e-06 0.000185 0.19903 0.326 0.95785 0.969 0.99771 0.998 0.0067499 0.0279 0.00272 0.0148 0.25417 0.382 0.12156 0.229 0.72195 0.805 0.0054599 0.0238 del_5q12.1 76 (26%) 219 9.9999e-06 0.000185 0.76439 0.833 0.11541 0.221 0.02998 0.0818 0.39579 0.528 0.93907 0.956 0.03493 0.0909 0.34801 0.489 0.21311 0.342 0.18881 0.312 del_5q35.2 71 (24%) 224 2e-05 0.00028 0.73163 0.81 0.65243 0.758 0.54831 0.675 0.87424 0.904 0.83987 0.883 0.02866 0.0802 0.55378 0.677 0.24912 0.379 0.39488 0.528 del_6p24.2 46 (16%) 249 0.01589 0.0523 0.074079 0.164 0.34974 0.491 0.18265 0.308 0.091739 0.188 0.04007 0.101 0.45849 0.592 0.02607 0.0743 0.22484 0.359 0.36074 0.497 del_6q26 100 (34%) 195 0.00279 0.0149 0.067429 0.152 0.6193 0.729 0.74817 0.821 0.45105 0.584 0.085529 0.18 0.11482 0.221 0.31903 0.459 0.17167 0.297 0.23461 0.369 del_7q34 60 (20%) 235 0.10281 0.204 0.2959 0.43 0.20388 0.331 0.4626 0.594 0.73287 0.81 0.69474 0.793 0.6806 0.781 0.46761 0.598 0.25884 0.386 0.35287 0.492 del_8p23.3 104 (35%) 191 9.9999e-06 0.000185 0.83034 0.879 0.25765 0.386 0.091499 0.188 5e-04 0.0042 0.02563 0.0734 0.083919 0.178 0.0173 0.0559 0.01119 0.0406 0.29795 0.432 del_8p23.1 97 (33%) 198 9.9999e-06 0.000185 0.96153 0.969 0.53129 0.658 0.090409 0.187 0.0022 0.0125 0.15912 0.28 0.02489 0.0721 0.0211 0.0639 0.00442 0.0214 0.21748 0.349 del_10q23.31 86 (29%) 209 0.0053399 0.0238 0.34365 0.485 0.31995 0.459 0.76101 0.831 0.12395 0.233 0.33119 0.472 0.70883 0.802 0.23854 0.371 0.47102 0.599 0.077159 0.168 del_11p15.1 102 (35%) 193 9.9999e-06 0.000185 0.074669 0.164 0.01026 0.0385 0.0093199 0.036 0.02903 0.0809 0.01937 0.0603 0.40204 0.535 0.076619 0.167 0.74211 0.817 0.03538 0.0913 del_11q23.3 162 (55%) 133 9.9999e-06 0.000185 0.18345 0.308 0.63675 0.743 0.13496 0.245 0.04096 0.102 0.00373 0.0193 0.84064 0.883 0.00237 0.0132 0.10405 0.206 0.01139 0.0407 del_11q25 160 (54%) 135 9.9999e-06 0.000185 0.15689 0.278 0.86603 0.9 0.18758 0.311 0.02713 0.0766 0.0054899 0.0238 0.81242 0.869 0.0057599 0.0247 0.054809 0.129 0.01963 0.0606 del_13q12.11 98 (33%) 197 9.9999e-06 0.000185 0.00173 0.0102 0.43117 0.568 0.091929 0.188 0.01878 0.0592 0.00033 0.0032 0.00187 0.0109 0.00483 0.0229 0.03514 0.0911 0.0054499 0.0238 del_13q14.2 118 (40%) 177 2e-05 0.00028 0.02013 0.0613 0.89774 0.92 0.62758 0.737 0.00122 0.00801 0.00216 0.0124 0.0050699 0.0231 0.00058999 0.00489 0.087229 0.182 0.0099799 0.0376 del_14q32.31 50 (17%) 245 0.71047 0.802 0.0067699 0.0279 0.094389 0.191 0.0080799 0.0324 0.0111 0.0406 0.0092199 0.0359 0.52493 0.654 0.0255 0.0734 0.26932 0.398 0.02417 0.0708 del_15q21.1 70 (24%) 225 0.02494 0.0721 0.46357 0.594 0.74038 0.817 0.55141 0.677 0.13471 0.245 0.04718 0.115 0.00492 0.023 0.03169 0.085 0.01925 0.0603 0.0088499 0.0346 del_16q11.2 53 (18%) 242 0.02971 0.0817 0.00036 0.00334 0.50457 0.636 0.15643 0.278 0.04724 0.115 0.0097899 0.0372 0.01654 0.054 0.0105 0.039 0.13074 0.241 0.00035 0.00334 del_16q23.1 55 (19%) 240 0.10489 0.207 0.0064199 0.0271 0.57934 0.698 0.18594 0.31 0.00064999 0.00499 0.00036 0.00334 0.03737 0.0949 0.00059999 0.00491 0.02281 0.0681 8.9999e-05 0.000978 del_17p12 109 (37%) 186 0.00072999 0.00547 0.1109 0.215 0.057579 0.133 0.72125 0.805 0.23287 0.368 0.27087 0.399 0.21059 0.34 0.20213 0.33 0.77634 0.842 0.8323 0.879 del_17q25.3 51 (17%) 244 0.0094799 0.0364 9.9999e-06 0.000185 0.39588 0.528 0.95167 0.965 9.9999e-06 0.000185 0.00093999 0.00672 0.00189 0.0109 0.00085999 0.0063 0.051269 0.123 0.0286 0.0802 del_18q21.2 82 (28%) 213 0.00062999 0.00499 0.00113 0.00757 0.51146 0.642 0.055269 0.129 9.9999e-06 0.000185 3e-05 0.000386 0.02306 0.0685 9.9999e-06 0.000185 0.0029 0.0154 9.9999e-06 0.000185 del_19p13.3 105 (36%) 190 9.9999e-06 0.000185 0.98741 0.991 0.37099 0.508 0.084369 0.178 7.9999e-05 9e-04 9.9999e-06 0.000185 0.01942 0.0603 5e-05 0.000606 0.01565 0.0523 0.00095999 0.00672 del_19q13.33 38 (13%) 257 0.01975 0.0607 0.02964 0.0817 0.42932 0.567 0.58972 0.704 0.14665 0.262 0.18332 0.308 0.11873 0.225 0.16761 0.292 0.061749 0.142 0.01221 0.043 del_20p12.1 36 (12%) 259 0.46101 0.594 0.82858 0.879 0.25843 0.386 0.12481 0.233 0.0053499 0.0238 0.12428 0.233 0.092879 0.189 0.14371 0.258 0.00152 0.00948 0.00162 0.00972 del_21q11.2 58 (20%) 237 0.00394 0.0195 0.51924 0.648 0.20286 0.33 0.00449 0.0216 0.053859 0.127 0.0087199 0.0343 0.61324 0.724 0.23141 0.367 0.65423 0.758 0.2568 0.385 del_22q13.32 87 (29%) 208 0.00406 0.0198 0.80291 0.86 0.12446 0.233 0.67435 0.778 0.18981 0.313 0.02356 0.0694 0.76512 0.833 0.58788 0.704 0.83286 0.879 0.86686 0.9 del_xp11.3 72 (24%) 223 0.082909 0.176 0.01052 0.039 0.44424 0.578 0.65497 0.758 0.075189 0.165 0.24508 0.377 2e-05 0.00028 0.03197 0.0853 0.00275 0.0148 0.01447 0.0495 del_xq21.33 59 (20%) 236 0.29589 0.43 0.050989 0.123 0.079609 0.172 0.01144 0.0407 0.8589 0.897 0.78098 0.842 0.21287 0.342 0.97007 0.976 0.53036 0.658 0.74896 0.821