Clinical Features MRNA_CNMF MRNA_CHIERARCHICAL CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_2q33.1 92 (20%) 359 0.01482 0.0314 0.098199 0.155 9.9999e-06 4.86e-05 0.02119 0.0423 0.23267 0.317 0.3786 0.471 5e-05 0.000203 0.00201 0.00555 0.0177 0.0364 0.00103 0.00297 0.68323 0.754 0.31916 0.408 amp_5p13.2 87 (19%) 364 0.0080399 0.0184 0.205 0.285 9.9999e-06 4.86e-05 0.81633 0.866 0.01744 0.036 0.87339 0.91 0.03228 0.0606 0.00337 0.00867 0.079589 0.13 0.95329 0.968 0.41596 0.512 0.81476 0.866 amp_6p21.1 96 (21%) 355 0.081949 0.133 0.00017 0.00058 9.9999e-06 4.86e-05 0.065819 0.111 0.40219 0.498 0.2209 0.305 0.11647 0.179 5.9999e-05 0.000232 0.0053399 0.013 0.03163 0.0596 0.093709 0.149 0.59661 0.687 amp_8p11.23 158 (35%) 293 0.067869 0.114 0.11913 0.182 2e-05 9.1e-05 0.223 0.307 0.3082 0.396 0.2734 0.362 0.12633 0.192 0.03185 0.0599 0.32508 0.413 0.1083 0.169 0.085099 0.137 0.1965 0.276 amp_8p11.21 189 (42%) 262 0.079079 0.13 0.02038 0.0412 9.9999e-06 4.86e-05 0.13925 0.209 0.6044 0.693 0.17954 0.256 0.02916 0.0558 0.00158 0.00442 0.69488 0.762 0.03675 0.0675 0.04021 0.0727 0.17189 0.247 amp_8q24.21 260 (58%) 191 0.00102 0.00296 0.051859 0.0915 9.9999e-06 4.86e-05 0.00278 0.00746 0.18024 0.257 0.090969 0.145 0.00051999 0.00159 5.9999e-05 0.000232 0.1169 0.179 0.03384 0.0626 0.01009 0.0225 0.15762 0.232 amp_11p15.5 93 (21%) 358 2e-05 9.1e-05 0.00187 0.0052 9.9999e-06 4.86e-05 0.00323 0.00836 0.17879 0.256 0.24835 0.335 3e-05 0.000128 9.9999e-06 4.86e-05 0.01559 0.0328 9.9999e-06 4.86e-05 0.24604 0.332 0.70651 0.773 amp_12p13.33 112 (25%) 339 0.11044 0.172 0.88313 0.911 0.1615 0.235 0.10799 0.169 0.87722 0.91 0.56884 0.66 0.71649 0.782 0.82754 0.873 0.4513 0.542 0.63086 0.712 0.44286 0.538 0.9983 1 amp_13q12.13 276 (61%) 175 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 0.074129 0.122 0.083829 0.135 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 5e-05 0.000203 0.02125 0.0423 0.1693 0.244 amp_13q22.1 277 (61%) 174 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 0.13534 0.204 0.14329 0.214 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 6.9999e-05 0.000262 0.073789 0.122 0.56502 0.656 amp_16p11.2 126 (28%) 325 9.9999e-06 4.86e-05 4e-05 0.000168 9.9999e-06 4.86e-05 0.0078899 0.0182 0.10315 0.162 0.02728 0.0527 0.00184 0.00513 9.9999e-06 4.86e-05 0.00054999 0.00165 0.0012 0.00342 0.02448 0.048 0.1617 0.235 amp_16q12.1 111 (25%) 340 9.9999e-06 4.86e-05 2e-05 9.1e-05 9.9999e-06 4.86e-05 0.02515 0.0491 0.04628 0.0821 0.080969 0.132 0.00298 0.00792 9.9999e-06 4.86e-05 0.02316 0.0456 0.00247 0.0067 0.063959 0.108 0.24177 0.327 amp_17p11.2 44 (10%) 407 0.03248 0.0608 0.01176 0.0258 0.11643 0.179 0.2025 0.283 0.87588 0.91 0.2859 0.376 0.16582 0.24 0.21916 0.304 0.00285 0.0076 0.60527 0.693 0.0368 0.0675 0.02481 0.0485 amp_17q12 114 (25%) 337 0.00499 0.0123 0.02727 0.0527 9.9999e-06 4.86e-05 0.00447 0.0112 0.67749 0.75 0.0205 0.0413 5e-05 0.000203 0.00108 0.0031 0.27901 0.368 0.00041 0.00128 0.1206 0.184 0.19239 0.271 amp_17q24.1 106 (24%) 345 0.064489 0.109 0.02227 0.044 9.9999e-06 4.86e-05 0.00025 0.000811 0.33282 0.421 0.058579 0.101 2e-05 9.1e-05 2e-05 9.1e-05 0.03309 0.0614 0.0079199 0.0182 0.16088 0.235 0.72975 0.793 amp_19q13.11 95 (21%) 356 0.0077499 0.0179 0.02872 0.0552 0.00073999 0.00219 0.62797 0.712 0.01726 0.0357 0.78233 0.84 0.19096 0.271 0.00021 0.000696 0.01469 0.0313 0.092099 0.146 0.079359 0.13 0.0066999 0.0158 amp_20p12.1 195 (43%) 256 9.9999e-06 4.86e-05 6.9999e-05 0.000262 9.9999e-06 4.86e-05 0.16841 0.243 0.00152 0.00427 0.70687 0.773 0.052409 0.0917 9.9999e-06 4.86e-05 0.02157 0.0428 0.00029 0.000934 0.49371 0.585 0.5878 0.679 amp_20p11.23 220 (49%) 231 6.9999e-05 0.000262 3e-05 0.000128 9.9999e-06 4.86e-05 0.052099 0.0915 0.0094499 0.0211 0.52598 0.617 0.00056999 0.0017 9.9999e-06 4.86e-05 0.01235 0.0269 5e-05 0.000203 0.61182 0.697 0.26426 0.352 amp_20p11.21 252 (56%) 199 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 7.9999e-05 0.000295 0.0065499 0.0156 0.082709 0.133 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 0.00031 0.000994 9.9999e-06 4.86e-05 0.03093 0.0587 0.0086699 0.0197 amp_20q11.21 323 (72%) 128 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 0.01066 0.0236 9.9999e-05 0.000352 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 5.9999e-05 0.000232 0.02877 0.0552 amp_20q12 324 (72%) 127 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 0.01995 0.0405 8.9999e-05 0.000325 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 5.9999e-05 0.000232 0.061709 0.105 amp_20q13.12 326 (72%) 125 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 0.01316 0.0282 5.9999e-05 0.000232 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 0.00011 0.000384 0.061549 0.105 del_1p36.11 168 (37%) 283 3e-05 0.000128 0.00317 0.00828 9.9999e-06 4.86e-05 8.9999e-05 0.000325 0.10537 0.165 0.03049 0.058 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 0.00053999 0.00163 9.9999e-06 4.86e-05 0.066689 0.112 0.63456 0.713 del_1p33 123 (27%) 328 0.01848 0.0376 0.37645 0.469 9.9999e-06 4.86e-05 0.0050399 0.0124 0.37364 0.466 0.26288 0.351 9.9999e-05 0.000352 2e-05 9.1e-05 0.00276 0.00744 0.01285 0.0278 0.085339 0.137 0.63068 0.712 del_1p13.1 119 (26%) 332 0.02219 0.0439 0.23815 0.324 9.9999e-06 4.86e-05 0.0093699 0.021 0.30803 0.396 0.28851 0.379 6.9999e-05 0.000262 7.9999e-05 0.000295 0.00114 0.00326 0.01285 0.0278 0.3967 0.492 0.6502 0.727 del_2p21 17 (4%) 434 0.051999 0.0915 0.20097 0.281 0.6842 0.754 0.92284 0.941 0.52368 0.615 0.78901 0.843 0.45361 0.544 0.2739 0.362 0.056049 0.097 0.75166 0.813 NA NA NA NA del_2q22.1 24 (5%) 427 0.67809 0.75 0.4614 0.553 0.01606 0.0336 0.59856 0.687 1 1 0.42544 0.521 0.51851 0.612 0.31832 0.407 0.065319 0.11 0.45102 0.542 0.087029 0.139 0.59206 0.683 del_3p26.1 72 (16%) 379 0.0392 0.0714 0.3007 0.391 9.9999e-06 4.86e-05 0.19143 0.271 0.8483 0.89 0.77632 0.835 0.0069499 0.0163 0.00458 0.0114 0.19524 0.275 0.83265 0.877 0.15432 0.227 0.79386 0.847 del_3p14.2 88 (20%) 363 0.23899 0.324 0.59834 0.687 0.057509 0.0992 0.487 0.579 0.43747 0.534 0.63697 0.715 0.03778 0.0689 0.04156 0.075 0.71058 0.776 0.89027 0.912 0.15968 0.233 0.8115 0.864 del_3q26.31 47 (10%) 404 0.23023 0.315 0.49086 0.583 0.0051899 0.0126 0.41686 0.513 0.49659 0.588 0.95959 0.972 0.1374 0.206 0.1357 0.204 0.11584 0.179 0.67447 0.749 0.73246 0.794 0.77696 0.835 del_4p16.2 140 (31%) 311 3e-05 0.000128 0.00308 0.0081 9.9999e-06 4.86e-05 0.0066499 0.0158 0.68413 0.754 0.00311 0.00816 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 0.00018 0.000609 0.063369 0.108 0.03998 0.0725 0.19073 0.271 del_4q22.1 152 (34%) 299 0.00017 0.00058 0.0055399 0.0134 9.9999e-06 4.86e-05 0.0048 0.0119 0.77583 0.835 0.47596 0.568 5.9999e-05 0.000232 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-05 0.000352 0.0060899 0.0146 0.0070299 0.0164 0.30164 0.392 del_4q35.1 159 (35%) 292 9.9999e-05 0.000352 0.0059699 0.0143 9.9999e-06 4.86e-05 0.00037 0.00116 0.87854 0.91 0.30364 0.394 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 0.00035 0.0011 0.14778 0.219 0.04345 0.0775 0.96424 0.974 del_5q12.1 106 (24%) 345 5.9999e-05 0.000232 0.01546 0.0326 9.9999e-06 4.86e-05 0.01658 0.0345 0.02567 0.0498 0.19712 0.276 0.00013 0.00045 6.9999e-05 0.000262 0.00059999 0.00179 0.0063099 0.0151 0.44663 0.539 0.30779 0.396 del_5q21.1 127 (28%) 324 0.01297 0.0279 0.060179 0.103 9.9999e-06 4.86e-05 0.03711 0.0679 0.04288 0.0768 0.33467 0.423 0.0066799 0.0158 9.9999e-05 0.000352 0.0089699 0.0202 0.074939 0.123 0.078339 0.129 0.82151 0.869 del_5q22.2 130 (29%) 321 2e-04 0.000671 0.00307 0.0081 9.9999e-06 4.86e-05 0.054479 0.0948 0.062419 0.106 0.15131 0.224 0.00035 0.0011 6.9999e-05 0.000262 0.0028 0.00749 0.064909 0.11 0.079279 0.13 0.69043 0.758 del_6p25.3 56 (12%) 395 0.85457 0.894 0.55525 0.648 0.29564 0.386 0.242 0.327 0.44005 0.535 0.4738 0.566 0.20338 0.283 0.91081 0.93 0.8394 0.882 0.88952 0.912 0.082099 0.133 0.26633 0.353 del_6q26 62 (14%) 389 0.36014 0.451 0.30066 0.391 0.073609 0.122 0.5582 0.649 0.02961 0.0565 0.7699 0.832 0.35417 0.445 0.67491 0.749 0.83908 0.882 0.82112 0.869 0.54538 0.638 0.63506 0.713 del_7q31.1 13 (3%) 438 0.61198 0.697 0.61238 0.697 0.78471 0.841 0.35836 0.449 0.42149 0.518 0.85381 0.894 0.44512 0.539 0.6099 0.697 0.52111 0.613 0.96397 0.974 NA NA NA NA del_8p23.2 190 (42%) 261 2e-05 9.1e-05 0.00054999 0.00165 9.9999e-06 4.86e-05 0.00028 0.000905 0.66263 0.738 0.03535 0.0653 3e-05 0.000128 9.9999e-06 4.86e-05 0.00024 0.000782 0.00050999 0.00157 0.00299 0.00792 0.12244 0.186 del_8p22 203 (45%) 248 2e-05 9.1e-05 0.00012 0.000417 9.9999e-06 4.86e-05 0.00023 0.000753 0.41252 0.509 0.01677 0.0348 3e-05 0.000128 9.9999e-06 4.86e-05 5.9999e-05 0.000232 0.00045 0.0014 0.0080999 0.0184 0.17017 0.245 del_8q11.1 30 (7%) 421 0.01412 0.0301 0.057639 0.0992 0.00139 0.00392 0.95341 0.968 0.15144 0.224 0.68979 0.758 0.73227 0.794 0.070579 0.118 0.42509 0.521 0.44544 0.539 0.95674 0.97 0.72807 0.792 del_9p21.3 62 (14%) 389 0.00212 0.00579 0.02092 0.0419 4e-05 0.000168 0.2664 0.353 0.66248 0.738 0.2887 0.379 0.02815 0.0542 0.00123 0.00349 0.01274 0.0277 0.1271 0.192 0.23276 0.317 0.5562 0.648 del_10p15.3 80 (18%) 371 0.0067799 0.0159 0.23742 0.323 9.9999e-06 4.86e-05 0.00489 0.0121 0.72127 0.786 0.23184 0.317 0.00022 0.000723 0.00011 0.000384 0.19175 0.271 0.1084 0.169 0.096789 0.153 0.052459 0.0917 del_10q21.1 98 (22%) 353 0.00017 0.00058 0.0183 0.0375 9.9999e-06 4.86e-05 0.01127 0.0249 0.63298 0.713 0.14022 0.21 3e-05 0.000128 3e-05 0.000128 0.15942 0.233 0.01123 0.0248 0.19126 0.271 0.78631 0.842 del_10q23.31 109 (24%) 342 0.00321 0.00834 0.0433 0.0774 9.9999e-06 4.86e-05 0.01481 0.0314 0.974 0.983 0.13032 0.197 0.0056299 0.0136 5e-05 0.000203 0.055419 0.0963 0.0042 0.0106 0.03995 0.0725 0.10605 0.166 del_10q25.2 109 (24%) 342 0.01336 0.0286 0.00387 0.00986 9.9999e-06 4.86e-05 0.00090999 0.00267 0.11751 0.18 0.14646 0.218 3e-05 0.000128 9.9999e-06 4.86e-05 0.00318 0.00828 0.00207 0.00567 0.26602 0.353 0.31172 0.399 del_12p13.2 60 (13%) 391 0.00052999 0.00161 0.0080499 0.0184 9.9999e-06 4.86e-05 0.00206 0.00566 0.77154 0.833 0.82724 0.873 0.00125 0.00354 9.9999e-06 4.86e-05 0.00426 0.0107 0.35125 0.442 0.04636 0.0821 0.086889 0.139 del_13q14.13 19 (4%) 432 0.26095 0.349 0.65854 0.736 0.00103 0.00297 0.10272 0.162 0.88734 0.912 0.8008 0.854 0.93231 0.949 0.88437 0.911 0.65012 0.727 0.99378 1 0.61313 0.697 0.11133 0.173 del_14q31.1 151 (33%) 300 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-05 0.000352 9.9999e-06 4.86e-05 0.00018 0.000609 0.02058 0.0414 0.22563 0.31 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 0.01812 0.0372 0.34201 0.431 del_15q11.2 177 (39%) 274 5.9999e-05 0.000232 5e-04 0.00154 9.9999e-06 4.86e-05 8.9999e-05 0.000325 0.11312 0.175 0.35149 0.442 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 0.00336 0.00867 0.01662 0.0345 0.46779 0.56 del_15q15.2 172 (38%) 279 7.9999e-05 0.000295 0.00021 0.000696 9.9999e-06 4.86e-05 4e-05 0.000168 0.01211 0.0265 0.15932 0.233 3e-05 0.000128 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 0.00093999 0.00275 0.02104 0.0421 0.29176 0.382 del_15q21.1 169 (37%) 282 0.00194 0.00537 0.01033 0.023 9.9999e-06 4.86e-05 8.9999e-05 0.000325 0.04588 0.0817 0.15178 0.224 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 2e-05 9.1e-05 0.00243 0.00661 0.03134 0.0593 0.25974 0.348 del_15q22.33 161 (36%) 290 9.9999e-06 4.86e-05 0.00032 0.00102 9.9999e-06 4.86e-05 2e-05 9.1e-05 0.2579 0.346 0.22031 0.305 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 0.00052999 0.00161 0.03658 0.0674 0.17494 0.251 del_16p13.3 57 (13%) 394 0.87262 0.91 0.48374 0.576 0.04269 0.0767 0.095399 0.151 0.8755 0.91 0.81692 0.866 0.04222 0.076 0.081559 0.132 0.44526 0.539 0.52866 0.619 0.33099 0.419 0.87804 0.91 del_16q23.1 61 (14%) 390 0.0088299 0.02 0.0039 0.0099 0.13966 0.209 0.5004 0.592 0.90091 0.921 0.55338 0.646 0.30525 0.395 0.01581 0.0331 0.22677 0.311 0.25072 0.337 0.88488 0.911 0.88252 0.911 del_17p12 254 (56%) 197 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 0.056079 0.097 0.00095999 0.0028 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 0.00366 0.00935 0.052649 0.0918 del_17q24.3 69 (15%) 382 0.01998 0.0405 0.43965 0.535 3e-05 0.000128 0.61494 0.698 0.41099 0.508 0.40338 0.499 0.068019 0.114 0.126 0.192 0.0073999 0.0171 0.43338 0.53 0.29692 0.387 0.447 0.539 del_18p11.31 248 (55%) 203 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 0.31061 0.399 0.00474 0.0118 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 0.00048 0.00148 0.00353 0.00905 del_18q12.2 274 (61%) 177 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 0.3679 0.46 0.0050799 0.0124 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 0.00022 0.000723 0.02552 0.0497 del_18q21.2 287 (64%) 164 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 0.20339 0.283 0.0070299 0.0164 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 5.9999e-05 0.000232 0.03261 0.0609 del_18q22.1 286 (63%) 165 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 0.17784 0.255 0.0129 0.0278 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 5e-05 0.000203 0.03269 0.0609 del_19p13.3 63 (14%) 388 0.00033 0.00105 0.071009 0.118 0.00066999 0.00199 0.6641 0.739 0.57589 0.667 0.6301 0.712 0.0072499 0.0168 0.00086999 0.00256 0.58444 0.676 0.0059699 0.0143 0.51985 0.613 0.32854 0.417 del_20p12.1 87 (19%) 364 0.32375 0.413 0.03292 0.0612 9.9999e-06 4.86e-05 0.00019 0.00064 0.071989 0.12 0.0090999 0.0205 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 0.00256 0.00692 0.00497 0.0123 0.21993 0.305 0.04861 0.0859 del_21q11.2 141 (31%) 310 6.9999e-05 0.000262 0.02375 0.0467 9.9999e-06 4.86e-05 0.00446 0.0112 0.89285 0.914 0.30545 0.395 9.9999e-06 4.86e-05 0.00042 0.00131 0.01507 0.0318 0.16261 0.236 0.28263 0.372 0.85769 0.896 del_22q13.32 160 (35%) 291 2e-05 9.1e-05 3e-05 0.000128 9.9999e-06 4.86e-05 0.03139 0.0593 0.14502 0.216 0.01138 0.025 9.9999e-06 4.86e-05 9.9999e-06 4.86e-05 0.00021 0.000696 0.01836 0.0375 0.32494 0.413 0.88748 0.912