Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1p34.2 40 (22%) 144 0.1501 0.254 0.82391 0.862 0.0090499 0.0384 0.25562 0.373 0.1135 0.21 0.68288 0.764 0.01354 0.0498 0.32023 0.435 0.76444 0.826 0.71282 0.788 amp_1q23.3 93 (51%) 91 0.00018 0.00168 2e-05 0.000283 0.83201 0.867 0.64639 0.737 0.01138 0.0446 0.80745 0.855 0.37075 0.483 0.84333 0.876 0.0204 0.0659 0.93767 0.952 amp_1q42.3 96 (52%) 88 9.9999e-06 2e-04 9.9999e-06 2e-04 0.89833 0.918 0.41266 0.525 0.03081 0.0843 0.73653 0.807 0.45426 0.565 0.28148 0.399 0.18106 0.292 0.67494 0.759 amp_2q14.2 60 (33%) 124 0.04934 0.118 0.0054699 0.0255 0.3143 0.43 0.30597 0.422 0.24408 0.362 0.053379 0.124 0.58242 0.68 0.20973 0.323 0.39353 0.507 0.19827 0.31 amp_2q31.1 60 (33%) 124 0.0055399 0.0257 8.9999e-05 0.000946 0.69445 0.774 0.23329 0.348 0.1887 0.3 0.03679 0.0952 0.97153 0.98 0.26888 0.388 0.16827 0.278 0.54742 0.651 amp_3q26.2 128 (70%) 56 9.9999e-06 2e-04 9.9999e-06 2e-04 0.086199 0.172 0.00060999 0.00451 2e-05 0.000283 9.9999e-06 2e-04 0.00484 0.0233 2e-05 0.000283 9.9999e-06 2e-04 5e-05 0.000594 amp_4q13.3 36 (20%) 148 0.03409 0.0899 0.48718 0.594 0.23263 0.347 0.03393 0.0897 0.14248 0.247 0.17751 0.289 0.43827 0.55 0.068549 0.149 0.23915 0.356 0.091389 0.179 amp_5p15.33 98 (53%) 86 9.9999e-06 2e-04 7.9999e-05 0.000863 0.4442 0.554 0.28319 0.4 0.03128 0.0847 0.00078999 0.00544 0.081259 0.165 0.00417 0.0212 0.00446 0.022 0.00133 0.0082 amp_6p21.1 69 (38%) 115 0.14987 0.254 0.03724 0.0957 0.18115 0.292 0.20373 0.316 0.097709 0.189 0.03094 0.0843 0.00274 0.0152 0.00211 0.0124 0.00287 0.0157 0.00249 0.014 amp_6q23.3 42 (23%) 142 0.16979 0.28 0.04868 0.117 0.005 0.0237 0.0056599 0.0261 0.17931 0.29 0.071729 0.154 0.01331 0.0494 0.03094 0.0843 0.00477 0.0233 0.01802 0.0606 amp_7p11.2 125 (68%) 59 0.092349 0.18 0.03078 0.0843 0.99795 1 0.74967 0.815 0.01868 0.0618 0.11537 0.213 0.44178 0.553 0.32478 0.439 0.81505 0.858 0.17013 0.28 amp_7q21.2 114 (62%) 70 0.01429 0.0518 0.33354 0.448 0.52959 0.633 0.91737 0.935 0.47954 0.59 0.81696 0.858 0.33831 0.451 0.60572 0.699 0.84594 0.878 0.28049 0.398 amp_8p23.1 52 (28%) 132 0.00029 0.0024 0.0085599 0.0367 0.79038 0.845 0.17643 0.288 0.02936 0.0818 7.9999e-05 0.000863 0.0064399 0.029 0.01409 0.0513 0.00091999 0.00608 0.0021 0.0124 amp_8p11.21 86 (47%) 98 0.74216 0.813 0.48002 0.59 0.76276 0.825 0.75058 0.815 0.089639 0.178 0.079579 0.164 0.04172 0.104 0.91928 0.935 0.80568 0.855 0.62056 0.713 amp_8q24.21 145 (79%) 39 0.11729 0.216 0.081569 0.165 0.01711 0.0583 0.062449 0.138 0.37325 0.484 0.1129 0.209 0.78486 0.841 0.099099 0.19 0.18867 0.3 0.31995 0.435 amp_9p13.3 40 (22%) 144 0.00345 0.018 0.10516 0.199 0.87063 0.897 0.78357 0.841 0.02416 0.0734 0.68247 0.764 0.10796 0.203 0.13177 0.232 0.2134 0.325 0.6094 0.702 amp_9q34.3 64 (35%) 120 0.00101 0.00652 0.58401 0.68 0.21237 0.324 0.0244 0.0738 0.02919 0.0817 0.7112 0.788 0.081389 0.165 0.11013 0.206 0.055179 0.126 0.33142 0.446 amp_11p13 52 (28%) 132 0.052459 0.123 0.12633 0.228 0.8872 0.908 0.64703 0.737 0.30574 0.422 0.33092 0.446 0.20208 0.314 0.12675 0.228 0.39507 0.508 0.2125 0.324 amp_11p13 50 (27%) 134 0.00243 0.0138 0.1787 0.29 0.66257 0.75 0.42909 0.542 0.55583 0.659 1 1 0.70725 0.786 0.71175 0.788 0.59008 0.686 0.84852 0.88 amp_11q13.3 104 (57%) 80 2e-05 0.000283 0.01584 0.055 0.0061199 0.0278 0.01318 0.0493 0.01545 0.0545 0.00095999 0.00625 0.10916 0.204 0.00134 0.0082 0.21052 0.323 0.00324 0.017 amp_12p12.1 79 (43%) 105 0.00087999 0.00587 0.14156 0.246 0.2457 0.363 0.55991 0.662 0.01734 0.0585 0.02912 0.0817 0.23208 0.347 0.083939 0.168 0.086709 0.172 0.11988 0.22 amp_12q15 51 (28%) 133 0.13138 0.232 0.68449 0.765 0.40023 0.512 0.80938 0.856 0.32147 0.436 0.91736 0.935 0.56404 0.663 0.59803 0.692 0.22505 0.339 0.46801 0.579 amp_13q22.1 65 (35%) 119 0.00104 0.00666 0.03749 0.0961 0.98293 0.989 0.18973 0.301 0.20293 0.315 0.00106 0.00669 0.0172 0.0583 0.00238 0.0136 0.01218 0.0469 0.00026 0.00227 amp_14q21.1 61 (33%) 123 0.005 0.0237 0.12875 0.23 0.073349 0.156 0.22937 0.344 0.18305 0.293 0.00281 0.0155 0.10011 0.192 0.00407 0.0209 0.0070299 0.0312 0.01473 0.053 amp_15q26.1 58 (32%) 126 0.00059999 0.00451 0.27625 0.394 0.26467 0.383 0.04461 0.11 0.01066 0.0426 0.01521 0.054 0.12471 0.226 0.04327 0.108 0.02525 0.0747 0.01569 0.0547 amp_17q12 75 (41%) 109 0.02473 0.0743 0.0013 0.00808 0.35459 0.466 0.53881 0.642 0.02226 0.0694 0.00296 0.0161 0.01396 0.0511 0.02007 0.0656 0.02134 0.0676 0.00146 0.0088 amp_18p11.32 69 (38%) 115 0.061759 0.138 0.27492 0.394 0.74568 0.815 0.46765 0.579 0.04388 0.108 0.17461 0.285 0.060469 0.136 0.5624 0.663 0.25883 0.376 0.293 0.409 amp_18q11.2 59 (32%) 125 0.03352 0.0892 0.0398 0.1 0.080439 0.165 0.14106 0.246 0.14464 0.25 0.00491 0.0235 0.00305 0.0162 0.0090899 0.0384 0.02815 0.0799 0.00052999 0.00402 amp_19q12 55 (30%) 129 0.060219 0.136 0.076439 0.161 0.52296 0.629 0.23088 0.346 0.04798 0.116 0.16448 0.274 0.04059 0.102 0.32298 0.438 0.17775 0.289 0.10712 0.202 amp_xq28 69 (38%) 115 0.01821 0.0609 0.43979 0.551 0.26997 0.389 0.53949 0.642 0.04782 0.116 0.02694 0.0781 0.41064 0.524 0.00235 0.0136 0.28663 0.402 3e-04 0.00244 del_1p36.11 75 (41%) 109 5.9999e-05 0.000693 9.9999e-06 2e-04 0.96824 0.978 0.92603 0.941 2e-05 0.000283 0.02354 0.0726 0.18566 0.296 0.02372 0.0727 0.03876 0.0984 0.03368 0.0894 del_1p13.2 64 (35%) 120 0.00022 0.00196 0.00027 0.00231 0.48645 0.594 0.56814 0.666 9.9999e-05 0.00104 0.59498 0.69 0.82978 0.866 0.10441 0.198 0.075079 0.158 0.52724 0.633 del_1q44 17 (9%) 167 0.94319 0.955 0.76728 0.827 0.052959 0.123 0.30674 0.422 0.79713 0.849 0.61231 0.704 0.48907 0.594 0.64413 0.736 0.79519 0.848 0.21852 0.331 del_2q22.1 59 (32%) 125 4e-05 0.000505 2e-05 0.000283 0.13524 0.236 0.00259 0.0144 9.9999e-06 2e-04 9.9999e-06 2e-04 2e-05 0.000283 9.9999e-06 2e-04 4e-05 0.000505 2e-05 0.000283 del_2q33.3 36 (20%) 148 0.155 0.26 0.15558 0.26 0.12246 0.222 0.19317 0.305 0.04988 0.119 0.02704 0.0781 0.03266 0.0877 0.070639 0.152 0.15355 0.259 0.03142 0.0848 del_3p26.2 111 (60%) 73 9.9999e-06 2e-04 3e-05 0.000397 0.1124 0.209 0.051039 0.12 0.00044 0.00337 5e-05 0.000594 0.02055 0.0661 0.00018 0.00168 0.01627 0.0563 0.00032 0.00255 del_3p14.3 126 (68%) 58 9.9999e-06 2e-04 9.9999e-06 2e-04 0.053119 0.123 0.060609 0.136 0.00028 0.00234 9.9999e-06 2e-04 0.00348 0.0181 2e-05 0.000283 2e-05 0.000283 9.9999e-06 2e-04 del_3p14.2 125 (68%) 59 9.9999e-06 2e-04 9.9999e-06 2e-04 0.21005 0.323 0.10282 0.196 0.00074999 0.00526 9.9999e-06 2e-04 0.01086 0.0432 9.9999e-06 2e-04 0.00012 0.0012 2e-05 0.000283 del_3q11.1 33 (18%) 151 0.81861 0.858 0.81617 0.858 0.56909 0.666 0.85905 0.889 0.080729 0.165 0.82101 0.86 0.15914 0.265 0.79259 0.846 0.35915 0.47 0.56437 0.663 del_3q26.31 16 (9%) 168 0.00024 0.00212 0.01271 0.0483 0.01129 0.0446 0.0096199 0.0396 0.01509 0.054 0.00013 0.00125 0.02716 0.0781 0.00032 0.00255 0.00147 0.0088 0.00013 0.00125 del_4p15.2 106 (58%) 78 0.02797 0.0796 0.0085899 0.0367 0.28446 0.401 0.94115 0.954 0.068239 0.149 0.47469 0.586 0.42773 0.541 0.74887 0.815 0.051339 0.121 0.47844 0.59 del_4q22.1 105 (57%) 79 3e-05 0.000397 0.01253 0.048 0.66537 0.75 0.95504 0.966 0.00484 0.0233 0.01192 0.0461 0.03764 0.0962 0.074429 0.158 0.0085599 0.0367 0.0098099 0.0399 del_4q34.3 99 (54%) 85 5e-05 0.000594 0.00245 0.0139 0.2648 0.383 0.88701 0.908 0.03329 0.0889 0.00105 0.00667 0.03271 0.0877 0.00323 0.017 0.0053399 0.025 0.00060999 0.00451 del_5q12.1 112 (61%) 72 0.00027 0.00231 0.00011 0.00113 0.81091 0.856 0.63749 0.731 0.01279 0.0483 0.4982 0.603 0.094749 0.184 0.02384 0.0727 0.37336 0.484 0.2081 0.321 del_6p25.3 74 (40%) 110 0.0098199 0.0399 0.066259 0.145 0.80633 0.855 0.43426 0.548 0.081339 0.165 0.33527 0.448 0.14712 0.252 0.02108 0.0673 0.25312 0.371 0.079249 0.164 del_6q16.3 55 (30%) 129 0.03465 0.0905 0.12054 0.22 0.39694 0.509 0.55561 0.659 0.04411 0.109 0.60303 0.696 0.34098 0.453 0.51044 0.616 0.25652 0.374 0.55669 0.659 del_6q26 50 (27%) 134 0.14846 0.253 0.19116 0.303 0.15297 0.258 0.29404 0.41 0.057409 0.13 0.19794 0.31 0.63956 0.731 0.72969 0.801 0.66516 0.75 0.29818 0.414 del_7q31.1 56 (30%) 128 0.12145 0.221 0.00238 0.0136 0.20185 0.314 0.76245 0.825 0.02537 0.0747 0.45926 0.571 0.70362 0.783 0.096099 0.186 0.11132 0.207 0.054789 0.126 del_7q36.3 67 (36%) 117 0.43779 0.55 0.02833 0.0801 0.78606 0.841 0.71739 0.791 0.00299 0.0161 0.22638 0.341 0.30618 0.422 0.14935 0.254 0.35327 0.465 0.46672 0.579 del_8p23.2 92 (50%) 92 0.00061999 0.00454 0.02325 0.0719 0.63898 0.731 0.00304 0.0162 0.061949 0.138 0.0232 0.0719 0.0084099 0.0365 0.055699 0.127 0.02008 0.0656 0.064089 0.142 del_8p12 75 (41%) 109 0.0076699 0.0336 0.28512 0.401 0.81095 0.856 0.48478 0.593 0.99667 1 0.13449 0.236 0.83544 0.869 0.8023 0.853 0.56078 0.662 0.59713 0.692 del_9p23 108 (59%) 76 0.01683 0.058 0.21555 0.328 0.36747 0.479 0.71219 0.788 0.0304 0.0839 0.02379 0.0727 0.27529 0.394 0.72634 0.798 0.98105 0.988 0.66772 0.752 del_9p21.3 141 (77%) 43 9.9999e-06 2e-04 0.03465 0.0905 0.82704 0.864 0.20978 0.323 0.15862 0.265 0.0208 0.0666 0.5287 0.633 0.10303 0.196 0.21767 0.331 0.098879 0.19 del_10p15.3 54 (29%) 130 0.00070999 0.00511 0.19942 0.311 0.03026 0.0838 0.1694 0.279 0.077369 0.162 0.02519 0.0747 0.03595 0.0934 0.01135 0.0446 0.12988 0.231 0.079849 0.165 del_10p11.21 52 (28%) 132 9.9999e-06 2e-04 0.00022 0.00196 0.0059399 0.0272 0.03107 0.0844 0.00043 0.00333 9.9999e-06 2e-04 8.9999e-05 0.000946 3e-05 0.000397 0.00092999 0.0061 3e-05 0.000397 del_10q21.1 46 (25%) 138 0.00446 0.022 0.036 0.0934 0.40796 0.521 0.35033 0.462 0.090999 0.179 0.065459 0.144 0.38191 0.494 0.056959 0.129 0.18143 0.292 0.050209 0.119 del_10q23.31 65 (35%) 119 0.03438 0.0904 0.076539 0.161 0.45422 0.565 0.090289 0.178 0.36255 0.473 0.28717 0.402 0.86312 0.891 0.27848 0.396 0.48313 0.593 0.24827 0.365 del_11p15.4 79 (43%) 105 0.01022 0.0413 0.18189 0.292 0.68061 0.764 0.48447 0.593 0.21886 0.331 0.36146 0.473 0.51685 0.622 0.1846 0.295 0.71802 0.791 0.2456 0.363 del_11q25 81 (44%) 103 2e-05 0.000283 0.04526 0.11 0.4889 0.594 0.26167 0.38 0.28734 0.402 0.04931 0.118 0.16583 0.275 0.081609 0.165 0.082679 0.167 0.065409 0.144 del_12q23.1 52 (28%) 132 0.27574 0.394 0.33521 0.448 0.31411 0.43 0.4139 0.525 0.27729 0.395 0.10097 0.193 0.33516 0.448 0.19389 0.306 0.14541 0.25 0.01329 0.0494 del_13q12.11 76 (41%) 108 0.00013 0.00125 0.00083999 0.00565 0.20635 0.319 0.03813 0.0971 0.01717 0.0583 0.00381 0.0196 0.01168 0.0454 0.0097199 0.0399 0.02171 0.068 0.01167 0.0454 del_13q14.2 74 (40%) 110 0.00080999 0.00549 0.0091699 0.0384 0.3392 0.452 0.13089 0.232 0.01722 0.0583 0.0213 0.0676 0.12892 0.23 0.02472 0.0743 0.01454 0.0525 0.0155 0.0545 del_13q21.31 69 (38%) 115 0.0050399 0.0238 0.15446 0.26 0.66275 0.75 0.64761 0.737 0.04817 0.116 0.11488 0.212 0.44215 0.553 0.13373 0.235 0.072709 0.155 0.090759 0.179 del_14q23.3 51 (28%) 133 9.9999e-06 2e-04 0.02509 0.0747 0.051069 0.12 0.02486 0.0744 0.00435 0.0219 0.04376 0.108 0.10781 0.203 0.01314 0.0493 0.074779 0.158 0.00458 0.0225 del_15q11.2 63 (34%) 121 0.03902 0.0988 0.12038 0.22 0.81661 0.858 0.41691 0.528 0.058989 0.133 0.24242 0.36 0.59368 0.69 0.02041 0.0659 0.74758 0.815 0.0184 0.0613 del_16p13.3 65 (35%) 119 2e-05 0.000283 3e-04 0.00244 0.37879 0.491 0.29564 0.412 9.9999e-06 2e-04 7.9999e-05 0.000863 0.00028 0.00234 9.9999e-06 2e-04 6.9999e-05 0.000786 2e-05 0.000283 del_16q23.1 84 (46%) 100 9.9999e-06 2e-04 9.9999e-06 2e-04 0.070589 0.152 0.03954 0.0998 9.9999e-06 2e-04 9.9999e-06 2e-04 6.9999e-05 0.000786 9.9999e-06 2e-04 9.9999e-06 2e-04 9.9999e-06 2e-04 del_17p12 86 (47%) 98 9.9999e-06 2e-04 9.9999e-06 2e-04 0.097779 0.189 0.25255 0.37 0.00012 0.0012 2e-05 0.000283 0.00038 0.003 4e-05 0.000505 0.01274 0.0483 9.9999e-06 2e-04 del_17q25.3 41 (22%) 143 0.28438 0.401 0.14869 0.253 0.91838 0.935 0.66179 0.75 0.34763 0.461 1 1 0.29911 0.415 0.53939 0.642 0.12855 0.23 0.30736 0.422 del_18p11.23 60 (33%) 124 2e-04 0.00182 0.085039 0.17 0.39889 0.511 0.76591 0.826 0.078559 0.164 0.02943 0.0818 0.02725 0.0781 0.13674 0.239 0.068779 0.149 0.04094 0.102 del_18q12.2 111 (60%) 73 0.00019 0.00175 0.045 0.11 0.51235 0.618 0.58408 0.68 0.01881 0.0619 0.072769 0.155 0.0091699 0.0384 0.00064999 0.00472 0.067489 0.148 0.00017 0.00162 del_18q21.2 119 (65%) 65 5e-05 0.000594 0.0094499 0.0393 0.35493 0.466 0.65043 0.739 0.00076999 0.00535 0.0095699 0.0396 5.9999e-05 0.000693 0.00203 0.0121 0.02174 0.068 0.00147 0.0088 del_18q22.3 112 (61%) 72 0.00424 0.0215 0.081979 0.166 0.8751 0.899 0.8664 0.894 0.084509 0.169 0.13383 0.235 0.02695 0.0781 0.0080299 0.035 0.072119 0.154 0.02732 0.0781 del_19p13.3 94 (51%) 90 0.00074999 0.00526 0.0064699 0.029 0.27477 0.394 0.9872 0.992 0.01846 0.0613 0.34893 0.462 0.1486 0.253 0.01345 0.0497 0.069039 0.149 0.0061299 0.0278 del_20p12.1 33 (18%) 151 0.03705 0.0955 0.50733 0.614 0.079469 0.164 0.87323 0.898 0.02172 0.068 0.0070399 0.0312 0.27592 0.394 0.04963 0.118 0.68192 0.764 0.02868 0.0808 del_21q21.1 107 (58%) 77 0.02633 0.0769 0.053629 0.124 0.39331 0.507 0.12914 0.23 0.25238 0.37 0.12706 0.228 0.3493 0.462 0.17378 0.284 0.21847 0.331 0.061979 0.138 del_21q22.12 108 (59%) 76 0.051799 0.121 0.01516 0.054 0.48681 0.594 0.25399 0.371 0.12071 0.22 0.16694 0.277 0.091339 0.179 0.3276 0.443 0.19782 0.31 0.17343 0.284 del_22q11.1 79 (43%) 105 9.9999e-06 2e-04 2e-05 0.000283 0.00043 0.00333 0.0044 0.022 9.9999e-06 2e-04 9.9999e-06 2e-04 0.00111 0.00695 9.9999e-06 2e-04 9.9999e-06 2e-04 2e-05 0.000283 del_xp21.1 70 (38%) 114 0.00074999 0.00526 0.091649 0.179 0.083629 0.168 0.52894 0.633 0.01043 0.0419 0.14552 0.25 0.31863 0.435 0.13019 0.231 0.14394 0.249 0.02636 0.0769 del_xp11.3 75 (41%) 109 0.00079999 0.00547 0.079239 0.164 0.41158 0.524 0.86216 0.891 0.0449 0.11 0.01565 0.0547 0.10553 0.199 0.02542 0.0747 0.055669 0.127 0.0072599 0.032 del_xq11.2 43 (23%) 141 0.43535 0.548 0.38905 0.502 0.78239 0.841 0.74964 0.815 0.77815 0.837 0.72049 0.793 0.49157 0.596 0.15163 0.256 0.19784 0.31 0.76223 0.825 del_xq21.33 41 (22%) 143 0.69383 0.774 0.24707 0.364 0.30726 0.422 0.88678 0.908 0.054939 0.126 0.35023 0.462 0.31804 0.435 0.02034 0.0659 0.5662 0.664 0.3382 0.451