Clinical Features MRNA_CNMF MRNA_CHIERARCHICAL MIR_CNMF MIR_CHIERARCHICAL CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 82 (14%) 495 0.54727 0.728 0.13079 0.29 0.42849 0.634 0.24839 0.441 9.9999e-06 0.000182 0.79432 0.902 0.37684 0.581 0.52177 0.711 0.23189 0.417 0.27262 0.468 1q gain 89 (15%) 488 0.093549 0.233 0.088799 0.223 0.10816 0.258 0.62719 0.79 9.9999e-06 0.000182 0.1921 0.375 0.086709 0.219 0.53086 0.717 0.62465 0.789 0.5051 0.699 2p gain 37 (6%) 540 0.60226 0.769 0.73513 0.865 0.54599 0.728 0.22263 0.407 0.42525 0.633 0.30981 0.508 0.79617 0.902 0.13888 0.307 0.92432 0.988 0.53712 0.72 2q gain 35 (6%) 542 0.79402 0.902 0.90993 0.978 0.11954 0.275 0.20097 0.384 0.42767 0.634 0.44912 0.653 0.88339 0.967 0.36966 0.572 0.70149 0.846 0.17709 0.355 3p gain 58 (10%) 519 0.00153 0.0114 0.02933 0.105 0.37631 0.581 0.02698 0.1 0.01689 0.0719 0.02453 0.0958 0.98802 1 0.70505 0.846 0.81324 0.911 0.25505 0.45 3q gain 64 (11%) 513 0.00066999 0.00572 0.061259 0.174 0.50544 0.699 0.064179 0.18 0.0087899 0.0438 0.03463 0.115 0.80902 0.909 1 1 0.58923 0.763 0.15118 0.321 4p gain 35 (6%) 542 0.19029 0.373 0.75357 0.882 0.25685 0.452 0.48152 0.68 0.21699 0.403 0.41086 0.616 0.49089 0.685 0.54858 0.728 0.61714 0.783 0.79156 0.902 4q gain 34 (6%) 543 0.22478 0.411 0.19384 0.376 0.16089 0.333 0.65597 0.814 0.18595 0.367 0.31992 0.523 0.39198 0.596 0.70055 0.846 0.36555 0.571 0.66081 0.818 5p gain 49 (8%) 528 0.1243 0.279 0.15739 0.33 0.21764 0.403 0.34483 0.55 0.086659 0.219 0.11482 0.269 0.055989 0.165 0.35879 0.567 0.13994 0.308 0.22942 0.414 5q gain 41 (7%) 536 0.12971 0.288 0.22977 0.414 0.16478 0.339 0.054289 0.161 0.30187 0.501 0.056939 0.166 0.083879 0.215 0.33863 0.546 0.20196 0.385 0.40329 0.609 6p gain 24 (4%) 553 0.03146 0.109 0.11757 0.273 0.89069 0.967 0.15998 0.332 0.053479 0.16 0.0057599 0.0313 0.65185 0.812 0.88906 0.967 1 1 1 1 6q gain 23 (4%) 554 0.0078399 0.0407 0.03682 0.121 0.75459 0.882 0.10462 0.252 0.0054899 0.0302 0.00062999 0.0055 0.6823 0.831 0.67128 0.82 0.81322 0.911 1 1 7p gain 468 (81%) 109 9.9999e-06 0.000182 9.9999e-06 0.000182 0.00024 0.00246 9.9999e-06 0.000182 9.9999e-06 0.000182 2e-05 0.000298 0.0083999 0.0425 0.00054999 0.00496 0.0094199 0.0454 7.9999e-05 0.000937 7q gain 475 (82%) 102 2e-05 0.000298 9.9999e-06 0.000182 0.00208 0.014 9.9999e-05 0.00114 9.9999e-06 0.000182 0.00043 0.0041 0.34296 0.549 0.01125 0.0504 0.066079 0.183 0.00157 0.0115 8p gain 52 (9%) 525 9.9999e-06 0.000182 0.00052999 0.00483 0.0375 0.123 0.5567 0.737 0.00129 0.0106 0.054269 0.161 0.27787 0.475 0.15923 0.332 0.19038 0.373 0.67675 0.826 8q gain 59 (10%) 518 9.9999e-06 0.000182 3e-05 0.000424 0.03963 0.127 0.45574 0.656 0.00137 0.0107 0.0094199 0.0454 0.28051 0.476 0.15853 0.332 0.14283 0.312 0.51435 0.704 9p gain 47 (8%) 530 0.01075 0.0487 0.03084 0.108 0.84004 0.927 0.43547 0.639 0.01222 0.0545 0.36926 0.572 0.32089 0.523 0.70409 0.846 0.20639 0.39 0.11202 0.264 9q gain 70 (12%) 507 0.16543 0.339 0.077909 0.204 0.66599 0.818 0.12303 0.278 0.061049 0.174 0.10993 0.261 0.51333 0.704 0.36496 0.571 0.41197 0.616 0.078589 0.205 10p gain 13 (2%) 564 0.00136 0.0107 0.00016 0.0017 0.15969 0.332 0.059719 0.172 0.00136 0.0107 0.00475 0.0267 0.40612 0.612 0.00433 0.025 NA NA NA NA 10q gain 3 (1%) 574 0.78912 0.902 1 1 0.073259 0.195 0.79522 0.902 1 1 0.48835 0.683 NA NA NA NA NA NA NA NA 11p gain 18 (3%) 559 0.95962 1 0.89989 0.971 0.66528 0.818 0.89766 0.97 0.6418 0.805 0.34577 0.55 0.40693 0.612 0.88563 0.967 0.6872 0.835 1 1 11q gain 15 (3%) 562 0.14775 0.317 0.063619 0.179 0.52446 0.712 0.2442 0.434 0.30617 0.504 0.00253 0.0161 0.7054 0.846 0.88354 0.967 1 1 1 1 12p gain 60 (10%) 517 0.78501 0.9 0.79299 0.902 0.68538 0.834 0.1647 0.339 0.094859 0.235 1 1 0.25474 0.45 0.57734 0.755 0.00433 0.025 0.078019 0.204 12q gain 49 (8%) 528 0.59094 0.764 0.95503 1 0.40308 0.609 0.0099999 0.0469 0.29899 0.498 0.7794 0.899 0.21313 0.399 0.52746 0.715 0.02531 0.0965 0.12291 0.278 13q gain 10 (2%) 567 0.071209 0.192 0.4958 0.69 0.2198 0.405 0.82419 0.917 0.11836 0.274 0.93602 0.997 0.148 0.317 0.82406 0.917 0.86605 0.952 1 1 14q gain 22 (4%) 555 0.39272 0.596 0.78172 0.9 0.01775 0.0739 0.80638 0.908 0.75218 0.882 0.91502 0.98 0.40746 0.612 0.11044 0.262 0.36258 0.571 0.32621 0.531 15q gain 25 (4%) 552 0.081899 0.213 0.097339 0.238 0.77238 0.895 0.076419 0.201 0.04619 0.144 0.83819 0.927 0.068359 0.187 0.80231 0.906 0.03902 0.126 0.38693 0.594 16p gain 38 (7%) 539 0.01483 0.064 0.066389 0.183 0.48884 0.683 0.27257 0.468 0.0041 0.0242 0.03771 0.123 0.19276 0.375 0.6612 0.818 1 1 1 1 16q gain 37 (6%) 540 0.028 0.102 0.0053399 0.0296 0.44602 0.65 0.066289 0.183 0.02636 0.0992 0.02875 0.104 0.02299 0.0918 0.88552 0.967 0.47354 0.673 0.73478 0.865 17p gain 49 (8%) 528 0.00044 0.00415 0.0275 0.101 0.050499 0.152 0.02736 0.101 0.0291 0.105 0.02451 0.0958 0.02467 0.0959 0.20378 0.387 0.21775 0.403 0.23592 0.422 17q gain 61 (11%) 516 0.00159 0.0115 0.063949 0.18 0.04948 0.151 0.051379 0.154 0.04375 0.138 0.01041 0.0481 0.058639 0.169 0.060909 0.174 0.69211 0.84 0.4792 0.679 18p gain 58 (10%) 519 9.9999e-06 0.000182 0.00052999 0.00483 0.43449 0.639 0.36717 0.571 9.9999e-06 0.000182 0.0089299 0.044 0.44098 0.645 0.39036 0.596 0.02761 0.101 0.096349 0.237 18q gain 58 (10%) 519 9.9999e-06 0.000182 0.00059999 0.00535 0.38222 0.588 0.43349 0.639 2e-05 0.000298 0.01058 0.0482 0.36403 0.571 0.60731 0.773 0.02653 0.0993 0.11412 0.268 19p gain 226 (39%) 351 9.9999e-06 0.000182 9.9999e-06 0.000182 0.12208 0.278 0.00025 0.00253 9.9999e-06 0.000182 9.9999e-06 0.000182 0.20289 0.386 2e-05 0.000298 0.14603 0.317 0.65614 0.814 19q gain 198 (34%) 379 9.9999e-06 0.000182 9.9999e-06 0.000182 0.27682 0.474 0.00471 0.0266 9.9999e-06 0.000182 9.9999e-06 0.000182 0.20813 0.392 0.00022 0.00228 0.04477 0.141 0.34203 0.549 20p gain 222 (38%) 355 9.9999e-06 0.000182 9.9999e-06 0.000182 0.00352 0.0215 2e-05 0.000298 9.9999e-06 0.000182 0.00016 0.0017 0.35228 0.559 0.00065999 0.0057 0.66376 0.818 0.11971 0.275 20q gain 220 (38%) 357 9.9999e-06 0.000182 9.9999e-06 0.000182 0.00174 0.0123 2e-05 0.000298 9.9999e-06 0.000182 4e-05 0.000521 0.26312 0.458 0.00039 0.00381 0.66354 0.818 0.12124 0.278 21q gain 64 (11%) 513 0.00301 0.0187 0.0075099 0.0395 0.01744 0.0733 0.00378 0.023 0.060019 0.172 0.0057099 0.0312 0.11719 0.273 0.7577 0.883 0.01928 0.079 0.3295 0.535 22q gain 34 (6%) 543 3e-05 0.000424 0.00305 0.0188 0.45537 0.656 0.21688 0.403 0.00407 0.0242 0.04524 0.142 0.26763 0.463 0.02964 0.105 0.28653 0.483 0.19348 0.376 xp gain 15 (3%) 562 0.19466 0.376 1 1 0.81798 0.914 0.18494 0.366 0.88994 0.967 0.63182 0.793 1 1 0.62612 0.79 0.085879 0.219 0.43315 0.639 xq gain 17 (3%) 560 0.29664 0.496 0.96733 1 0.98488 1 0.51393 0.704 0.73207 0.865 0.58397 0.758 0.50832 0.702 1 1 0.04687 0.145 0.25932 0.454 1p loss 16 (3%) 561 0.75621 0.882 0.82784 0.919 0.91347 0.98 0.19613 0.378 0.04982 0.151 0.73027 0.864 0.34614 0.55 0.26474 0.459 0.10127 0.245 0.01791 0.0742 1q loss 15 (3%) 562 0.78447 0.9 0.97775 1 0.79466 0.902 0.36088 0.569 0.25409 0.45 0.8487 0.935 0.33887 0.546 0.28754 0.484 0.51152 0.704 0.082659 0.214 2p loss 32 (6%) 545 0.00138 0.0107 0.02764 0.101 0.48274 0.68 0.77077 0.894 0.01104 0.0497 0.28014 0.476 0.11507 0.269 0.93868 0.997 0.23668 0.423 0.22598 0.411 2q loss 33 (6%) 544 0.00227 0.015 0.01385 0.0604 0.34347 0.549 0.66528 0.818 0.0089599 0.044 0.26889 0.464 0.067519 0.186 0.87087 0.956 0.10521 0.253 0.073089 0.195 3p loss 41 (7%) 536 0.93232 0.994 0.91575 0.98 0.58006 0.756 0.081449 0.212 0.00208 0.014 0.93943 0.997 0.01693 0.0719 0.65397 0.814 0.43549 0.639 0.16679 0.341 3q loss 36 (6%) 541 0.10017 0.244 0.27892 0.475 0.49954 0.693 0.39407 0.597 0.00050999 0.00475 0.62394 0.789 0.01247 0.055 0.094789 0.235 0.4969 0.691 0.066419 0.183 4p loss 56 (10%) 521 0.055939 0.165 0.00188 0.0131 0.03274 0.111 0.17597 0.354 0.0091299 0.0446 0.00159 0.0115 0.7691 0.893 0.35808 0.567 0.81943 0.914 1 1 4q loss 55 (10%) 522 0.00217 0.0145 0.00146 0.0112 0.02484 0.0961 0.14098 0.309 0.0050699 0.0283 0.00161 0.0116 0.76342 0.888 0.39216 0.596 0.38981 0.596 1 1 5p loss 43 (7%) 534 2e-05 0.000298 2e-05 0.000298 0.00416 0.0244 0.095889 0.237 0.0064899 0.035 0.00153 0.0114 0.79981 0.905 0.21159 0.397 0.18261 0.363 0.053979 0.161 5q loss 45 (8%) 532 3e-05 0.000424 9.9999e-06 0.000182 0.00103 0.00862 0.14685 0.317 0.0044 0.0252 4e-05 0.000521 0.66854 0.818 0.084759 0.217 0.098139 0.24 0.04277 0.135 6p loss 87 (15%) 490 0.55922 0.74 0.36865 0.572 0.5106 0.704 0.77789 0.899 0.00013 0.00144 0.83992 0.927 0.11107 0.262 0.069079 0.188 0.75478 0.882 0.59613 0.768 6q loss 126 (22%) 451 0.94665 1 0.61279 0.779 0.29352 0.493 0.98002 1 0.01706 0.0721 0.72566 0.862 0.04843 0.149 0.33372 0.54 0.36709 0.571 0.29476 0.494 7p loss 8 (1%) 569 0.02349 0.093 0.03398 0.114 0.54778 0.728 0.04138 0.132 0.03017 0.106 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7q loss 6 (1%) 571 0.083249 0.214 0.30013 0.499 0.89531 0.97 0.12558 0.281 0.10545 0.253 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 8p loss 58 (10%) 519 0.28523 0.483 0.44557 0.65 0.21727 0.403 0.78241 0.9 0.30848 0.507 0.93914 0.997 0.73664 0.865 1 1 0.5706 0.75 0.39213 0.596 8q loss 42 (7%) 535 0.34053 0.548 0.15351 0.325 0.04939 0.151 0.80777 0.909 0.22583 0.411 0.59739 0.768 0.4577 0.657 1 1 0.45848 0.657 0.14417 0.314 9p loss 203 (35%) 374 0.0075199 0.0395 0.12369 0.279 0.62851 0.79 0.48912 0.683 0.60149 0.769 0.90689 0.976 0.10148 0.245 0.070199 0.19 0.0096799 0.0461 0.0083899 0.0425 9q loss 94 (16%) 483 0.30461 0.504 0.12971 0.288 0.17545 0.353 0.1751 0.353 0.23391 0.42 0.70907 0.849 0.14737 0.317 0.54726 0.728 0.64685 0.809 0.17924 0.357 10p loss 480 (83%) 97 9.9999e-06 0.000182 9.9999e-06 0.000182 0.0151 0.0648 7.9999e-05 0.000937 9.9999e-06 0.000182 9.9999e-06 0.000182 0.27251 0.468 0.00137 0.0107 0.22095 0.405 0.01261 0.0553 10q loss 492 (85%) 85 9.9999e-06 0.000182 9.9999e-06 0.000182 0.0076299 0.0399 0.00036 0.00356 9.9999e-06 0.000182 7.9999e-05 0.000937 0.43896 0.643 0.00072999 0.00617 0.25799 0.453 0.02103 0.0854 11p loss 98 (17%) 479 2e-05 0.000298 9.9999e-06 0.000182 0.89815 0.97 0.01772 0.0739 9.9999e-06 0.000182 0.00153 0.0114 0.81592 0.913 0.03224 0.11 0.057599 0.167 0.087479 0.22 11q loss 92 (16%) 485 5e-05 0.000641 0.00014 0.00153 0.92813 0.991 0.070049 0.19 9.9999e-06 0.000182 0.22739 0.413 0.33233 0.539 0.15101 0.321 0.14012 0.308 0.53327 0.717 12p loss 59 (10%) 518 0.0097499 0.0462 0.03679 0.121 0.54593 0.728 0.72513 0.862 0.00241 0.0157 0.03955 0.127 0.12205 0.278 0.17056 0.348 0.72808 0.863 0.57943 0.756 12q loss 57 (10%) 520 0.0082899 0.0425 0.02991 0.106 0.56927 0.749 0.41802 0.624 6.9999e-05 0.000857 0.050039 0.151 0.076339 0.201 0.53339 0.717 0.72868 0.863 0.57756 0.755 13q loss 185 (32%) 392 5.9999e-05 0.000745 0.00243 0.0157 0.59875 0.768 0.61994 0.786 9.9999e-06 0.000182 0.00461 0.0263 0.52134 0.711 0.02665 0.0993 0.12496 0.28 0.4883 0.683 14q loss 147 (25%) 430 9.9999e-06 0.000182 0.00011 0.00124 0.53421 0.717 0.48134 0.68 9.9999e-06 0.000182 0.056759 0.166 0.18945 0.373 0.02961 0.105 0.14675 0.317 0.6015 0.769 15q loss 104 (18%) 473 5.9999e-05 0.000745 9.9999e-06 0.000182 0.00182 0.0128 0.00205 0.014 9.9999e-06 0.000182 0.02201 0.0889 0.17452 0.353 0.01905 0.0785 0.00393 0.0237 0.02306 0.0918 16p loss 63 (11%) 514 0.52392 0.712 0.85135 0.937 0.56033 0.74 0.73475 0.865 0.03064 0.107 0.073029 0.195 0.71857 0.858 0.79463 0.902 0.56435 0.744 0.64623 0.809 16q loss 83 (14%) 494 0.02499 0.0962 0.42684 0.634 0.36409 0.571 0.89537 0.97 0.0099799 0.0469 0.72025 0.858 0.22812 0.413 0.19955 0.384 0.71153 0.851 0.59695 0.768 17p loss 65 (11%) 512 0.096919 0.238 0.02053 0.0838 0.30526 0.504 0.58214 0.757 9.9999e-06 0.000182 0.14806 0.317 0.5326 0.717 0.2097 0.394 0.29905 0.498 0.70404 0.846 17q loss 41 (7%) 536 0.0088099 0.0438 0.061389 0.174 0.12248 0.278 0.04702 0.145 4e-05 0.000521 0.0255 0.0968 0.15431 0.326 1 1 0.15691 0.33 0.10731 0.257 18p loss 71 (12%) 506 0.01016 0.0473 0.03156 0.109 0.30513 0.504 0.21828 0.403 0.00042 0.00405 0.17312 0.351 0.46679 0.668 0.04276 0.135 0.20452 0.387 0.59833 0.768 18q loss 62 (11%) 515 0.03396 0.114 0.0070699 0.0379 0.52857 0.715 0.2389 0.426 0.00233 0.0153 0.60692 0.773 0.70417 0.846 0.00272 0.0172 0.69926 0.846 0.11881 0.274 19p loss 26 (5%) 551 0.00167 0.0119 0.00291 0.0182 0.01428 0.062 0.31253 0.512 0.17794 0.356 0.00060999 0.00538 0.068539 0.187 0.03629 0.12 0.8389 0.927 0.80393 0.907 19q loss 35 (6%) 542 0.0072099 0.0384 0.0095299 0.0457 0.2625 0.458 0.15073 0.321 0.03215 0.11 0.0013 0.0106 0.20066 0.384 0.19057 0.373 0.77958 0.899 0.48334 0.68 20p loss 19 (3%) 558 0.00035 0.0035 2e-05 0.000298 0.0483 0.149 0.093029 0.233 0.0081699 0.0421 0.47503 0.674 0.075649 0.201 0.45212 0.653 0.01049 0.0481 0.00202 0.0139 20q loss 17 (3%) 560 0.00245 0.0157 9.9999e-05 0.00114 0.47369 0.673 0.26451 0.459 0.03889 0.126 0.47229 0.673 0.57292 0.752 0.45236 0.653 0.03914 0.126 0.01245 0.055 21q loss 42 (7%) 535 0.02285 0.0918 0.0013 0.0106 0.083309 0.214 0.2619 0.458 0.03186 0.11 0.03242 0.11 0.44963 0.653 0.02638 0.0992 0.90685 0.976 1 1 22q loss 181 (31%) 396 0.58189 0.757 0.66851 0.818 0.46961 0.671 0.8884 0.967 9.9999e-06 0.000182 0.086519 0.219 0.42328 0.631 0.16335 0.337 0.19993 0.384 0.15621 0.329 xp loss 116 (20%) 461 0.00408 0.0242 0.01047 0.0481 0.072859 0.195 0.22103 0.405 4e-05 0.000521 0.00021 0.00221 0.03299 0.111 0.51513 0.704 0.28656 0.483 0.64799 0.809 xq loss 106 (18%) 471 0.02518 0.0965 0.0236 0.093 0.17915 0.357 0.17156 0.349 4e-05 0.000521 0.0087399 0.0438 0.056889 0.166 0.82663 0.918 0.45148 0.653 0.96127 1