Clinical Features	MRNA_CNMF		MRNA_CHIERARCHICAL		CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	31 (4%)	851	0.87031	0.919	0.91526	0.956	2e-05	4.44e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.00031	0.000611	0.00074999	0.00138	0.0060099	0.00968	9.9999e-06	2.35e-05	0.26603	0.327	9.9999e-06	2.35e-05	0.064169	0.0892	0.01016	0.0158
1q gain	68 (8%)	814	0.60081	0.658	0.695	0.749	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.00307	0.00518	0.02764	0.041	0.00021	0.000423	9.9999e-06	2.35e-05	0.0031	0.00522	9.9999e-06	2.35e-05	0.03425	0.0502	9.9999e-06	2.35e-05
2p gain	120 (14%)	762	0.45969	0.525	0.32956	0.392	9.9999e-06	2.35e-05	0.00106	0.0019	0.48397	0.547	0.01737	0.0265	0.00244	0.00416	2e-05	4.44e-05	0.089399	0.121	0.00188	0.00329	0.051749	0.0735	0.00203	0.00352
2q gain	127 (14%)	755	0.45889	0.525	0.32726	0.39	9.9999e-06	2.35e-05	0.00029	0.000575	0.52262	0.587	0.0059899	0.00966	0.00326	0.00545	9.9999e-06	2.35e-05	0.19057	0.243	0.00077999	0.00144	0.02012	0.0304	0.00206	0.00356
3p gain	103 (12%)	779	0.00157	0.00276	0.0074899	0.0119	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.21093	0.266	0.0070199	0.0112	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
3q gain	161 (18%)	721	0.01843	0.0279	0.04747	0.0679	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.33953	0.403	0.00289	0.00489	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
4p gain	47 (5%)	835	0.19577	0.249	0.41958	0.486	0.00029	0.000575	9.9999e-06	2.35e-05	0.53827	0.602	0.00091999	0.00168	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	2e-05	4.44e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
4q gain	46 (5%)	836	0.36471	0.428	0.64851	0.705	0.00043	0.000823	9.9999e-06	2.35e-05	0.54023	0.603	0.0033	0.0055	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	2e-05	4.44e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
5p gain	238 (27%)	644	0.48598	0.549	0.60318	0.66	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.03438	0.0503	6.9999e-05	0.000148	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
5q gain	253 (29%)	629	0.15986	0.206	0.20745	0.262	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.56765	0.63	3e-05	6.56e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
6p gain	22 (2%)	860	NA	NA	NA	NA	0.3972	0.462	0.12948	0.171	0.04622	0.0662	0.090599	0.122	0.94281	0.981	0.01094	0.017	0.43266	0.5	0.074119	0.102	0.00189	0.00329	0.02529	0.0378
6q gain	16 (2%)	866	NA	NA	NA	NA	0.62285	0.68	0.40136	0.466	0.10252	0.138	0.31229	0.374	0.86325	0.912	0.1588	0.205	0.85107	0.9	0.30909	0.371	0.072539	0.0997	0.45033	0.516
7p gain	369 (42%)	513	0.11815	0.157	0.10998	0.147	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.0101	0.0158	0.00194	0.00337	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
7q gain	371 (42%)	511	0.11913	0.158	0.10926	0.146	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.01422	0.0218	0.00117	0.00208	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
8p gain	69 (8%)	813	0.36532	0.428	0.47129	0.536	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.22244	0.277	0.00037	0.000715	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.20127	0.255	9.9999e-06	2.35e-05	0.00080999	0.00148	0.00055999	0.00106
8q gain	103 (12%)	779	0.097649	0.131	0.24252	0.3	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.0060499	0.00973	0.00019	0.000384	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.02549	0.0381	9.9999e-06	2.35e-05	0.0014	0.00247	4e-05	8.63e-05
9p gain	26 (3%)	856	0.057889	0.0816	0.072259	0.0994	0.14058	0.183	9.9999e-06	2.35e-05	0.72516	0.779	0.55628	0.619	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.32487	0.387	9.9999e-06	2.35e-05	0.00065999	0.00123	0.00037	0.000715
9q gain	24 (3%)	858	NA	NA	NA	NA	0.04847	0.0692	9.9999e-06	2.35e-05	0.77121	0.823	0.28448	0.347	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.31766	0.38	9.9999e-06	2.35e-05	5e-04	0.00095	0.00013	0.000267
10p gain	28 (3%)	854	0.19458	0.248	0.42113	0.488	0.01832	0.0278	0.18322	0.234	0.22537	0.28	0.10635	0.143	0.00322	0.00539	0.0057399	0.00932	0.4697	0.535	0.0081199	0.0129	0.21886	0.274	0.46982	0.535
10q gain	22 (2%)	860	0.03906	0.0565	0.11824	0.157	0.058329	0.082	0.80107	0.85	0.3171	0.38	0.57617	0.636	0.057989	0.0816	0.078729	0.108	0.75906	0.811	0.059159	0.0829	0.88449	0.931	0.80211	0.851
11p gain	58 (7%)	824	0.355	0.418	0.81185	0.86	0.00119	0.00211	2e-05	4.44e-05	0.43573	0.501	0.079339	0.108	3e-05	6.56e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.21027	0.265	9.9999e-06	2.35e-05	0.00013	0.000267	9.9999e-06	2.35e-05
11q gain	55 (6%)	827	0.47564	0.539	0.91388	0.956	0.00238	0.00407	9.9999e-06	2.35e-05	0.68995	0.745	0.54848	0.612	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.16145	0.208	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
12p gain	252 (29%)	630	0.03129	0.046	0.064359	0.0893	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.0292	0.0433	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	4e-05	8.63e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.00024	0.000481	9.9999e-06	2.35e-05
12q gain	256 (29%)	626	0.03085	0.0454	0.062939	0.0878	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.01173	0.0181	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	2e-05	4.44e-05	9.9999e-06	2.35e-05	3e-04	0.000593	9.9999e-06	2.35e-05
13q gain	52 (6%)	830	0.22054	0.275	0.2971	0.36	0.00331	0.00551	0.097189	0.131	0.34626	0.41	0.3019	0.364	0.03449	0.0504	0.0179	0.0273	0.03706	0.0539	0.01501	0.023	0.29772	0.361	0.21113	0.266
14q gain	39 (4%)	843	0.7582	0.811	0.7433	0.797	0.00054999	0.00104	9.9999e-06	2.35e-05	0.74382	0.797	0.00257	0.00438	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.00094999	0.00172	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
15q gain	52 (6%)	830	0.87293	0.921	0.55649	0.619	0.00044	0.000841	9.9999e-06	2.35e-05	0.89824	0.941	0.03118	0.0459	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.23224	0.288	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
16p gain	281 (32%)	601	0.082589	0.112	0.068149	0.0941	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.0051799	0.00842	0.00049	0.000933	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
16q gain	268 (30%)	614	0.088699	0.12	0.057309	0.0809	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.00285	0.00484	0.00037	0.000715	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
17p gain	196 (22%)	686	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.03081	0.0454	0.00070999	0.00132	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
17q gain	222 (25%)	660	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.15187	0.197	0.00338	0.00562	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
18p gain	54 (6%)	828	0.57387	0.634	0.74932	0.802	0.43544	0.501	2e-05	4.44e-05	0.78799	0.839	0.35559	0.419	3e-05	6.56e-05	0.00018	0.000364	0.02321	0.0349	2e-05	4.44e-05	0.00094999	0.00172	0.00098999	0.00179
18q gain	50 (6%)	832	0.63953	0.696	0.7743	0.825	0.57924	0.638	9.9999e-06	2.35e-05	0.68676	0.743	0.29058	0.353	4e-05	8.63e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.04516	0.0648	9.9999e-06	2.35e-05	3e-04	0.000593	3e-05	6.56e-05
19p gain	74 (8%)	808	0.19592	0.249	0.21709	0.272	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.17722	0.227	0.0022	0.00378	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.50018	0.564	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
19q gain	78 (9%)	804	0.065259	0.0903	0.064539	0.0894	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.061919	0.0865	0.00037	0.000715	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.19482	0.248	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
20p gain	233 (26%)	649	0.063189	0.0879	0.076319	0.104	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.01834	0.0278	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	8.9999e-05	0.000189	9.9999e-06	2.35e-05	0.0068699	0.011	0.00012	0.000249
20q gain	237 (27%)	645	0.03559	0.0519	0.04956	0.0707	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.0096999	0.0152	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-05	0.000208	9.9999e-06	2.35e-05	0.0085399	0.0135	0.00014	0.000286
21q gain	72 (8%)	810	0.44443	0.51	0.45282	0.519	9.9999e-06	2.35e-05	0.04983	0.071	0.30056	0.363	0.02032	0.0307	0.00013	0.000267	0.00132	0.00234	0.056589	0.08	0.132	0.173	0.94352	0.981	0.95364	0.99
22q gain	64 (7%)	818	0.36963	0.432	0.4666	0.533	0.00029	0.000575	9.9999e-06	2.35e-05	0.89423	0.939	0.15958	0.206	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.92898	0.969	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
xp gain	129 (15%)	753	0.01097	0.017	0.0088999	0.014	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.29063	0.353	0.00222	0.00381	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
xq gain	130 (15%)	752	0.00023	0.000462	0.00055999	0.00106	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.63257	0.689	0.00438	0.00718	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
1p loss	145 (16%)	737	0.00313	0.00526	0.01309	0.0202	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.35727	0.42	3e-05	6.56e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
1q loss	110 (12%)	772	0.01879	0.0284	0.0137	0.0211	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.78982	0.84	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
2p loss	65 (7%)	817	9.9999e-06	2.35e-05	0.00041	0.00079	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.13953	0.182	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
2q loss	63 (7%)	819	0.00018	0.000364	5.9999e-05	0.000128	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.32396	0.387	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
3p loss	411 (47%)	471	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.00059999	0.00113	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
3q loss	119 (13%)	763	0.13945	0.182	0.13918	0.182	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.88811	0.934	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	5e-05	0.000107	0.00104	0.00187
4p loss	98 (11%)	784	0.49112	0.554	0.47966	0.543	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.02562	0.0382	4e-05	8.63e-05	2e-05	4.44e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.00068999	0.00128	9.9999e-06	2.35e-05	0.00102	0.00183	0.00012	0.000249
4q loss	92 (10%)	790	0.50206	0.565	0.62361	0.68	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.15165	0.197	5e-05	0.000107	2e-05	4.44e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.0029	0.0049	9.9999e-06	2.35e-05	0.00321	0.00538	4e-05	8.63e-05
5p loss	24 (3%)	858	NA	NA	NA	NA	0.00017	0.000346	9.9999e-06	2.35e-05	0.04333	0.0623	0.04473	0.0643	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.065979	0.0912	9.9999e-06	2.35e-05	0.00062999	0.00118	5.9999e-05	0.000128
5q loss	23 (3%)	859	NA	NA	NA	NA	2e-05	4.44e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.14895	0.194	0.051159	0.0727	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.02615	0.0389	9.9999e-06	2.35e-05	0.00037	0.000715	5.9999e-05	0.000128
6p loss	171 (19%)	711	0.0063299	0.0102	0.00356	0.00591	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.00079999	0.00147	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.15501	0.201	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
6q loss	206 (23%)	676	0.0082199	0.013	0.00358	0.00593	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.00213	0.00368	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.66966	0.727	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
7p loss	4 (0%)	878	NA	NA	NA	NA	0.6826	0.74	0.12987	0.171	0.57054	0.632	0.04101	0.0592	0.21357	0.268	0.29975	0.363	0.27946	0.341	0.1742	0.224	0.083889	0.114	0.37312	0.436
7q loss	4 (0%)	878	NA	NA	NA	NA	0.68465	0.741	0.12979	0.171	0.57096	0.632	0.04179	0.0602	0.21655	0.271	0.30209	0.364	0.27637	0.339	0.17475	0.224	0.083999	0.114	0.37141	0.434
8p loss	161 (18%)	721	0.13285	0.174	0.27581	0.338	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.59641	0.654	0.12847	0.17	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
8q loss	83 (9%)	799	0.35292	0.417	0.50376	0.567	0.00068999	0.00128	2e-05	4.44e-05	0.28948	0.353	0.87633	0.923	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.0098399	0.0154	0.00013	0.000267	0.00115	0.00205	0.00091999	0.00168
9p loss	192 (22%)	690	0.01701	0.026	0.02113	0.0318	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	2e-05	4.44e-05	9.9999e-05	0.000208
9q loss	195 (22%)	687	0.03832	0.0556	0.03882	0.0563	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	4e-05	8.63e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	2e-05	4.44e-05	7.9999e-05	0.000169
10p loss	133 (15%)	749	0.37773	0.44	0.35837	0.421	2e-05	4.44e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.57026	0.632	5.9999e-05	0.000128	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.00037	0.000715	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
10q loss	157 (18%)	725	0.27705	0.339	0.23785	0.294	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.42819	0.495	0.00089999	0.00165	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.11906	0.158	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
11p loss	42 (5%)	840	0.059049	0.0829	0.071269	0.0982	0.0051499	0.00839	8.9999e-05	0.000189	0.57159	0.632	0.15816	0.205	0.00093999	0.00171	2e-05	4.44e-05	0.11275	0.15	0.00099999	0.0018	2e-05	4.44e-05	0.00185	0.00324
11q loss	52 (6%)	830	0.17735	0.227	0.3045	0.366	2e-05	4.44e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.57694	0.636	0.0024	0.0041	0.00011	0.000229	9.9999e-06	2.35e-05	0.11965	0.158	0.00016	0.000326	2e-05	4.44e-05	0.00033	0.000648
12p loss	7 (1%)	875	NA	NA	NA	NA	0.89478	0.939	0.24811	0.306	0.3416	0.404	0.91285	0.956	0.95379	0.99	0.55704	0.619	0.79695	0.847	0.43408	0.501	0.053329	0.0756	0.27937	0.341
12q loss	4 (0%)	878	NA	NA	NA	NA	1	1	NA	NA	0.47129	0.536	0.47309	0.537	0.33262	0.395	0.68285	0.74	0.22078	0.275	0.7131	0.767	NA	NA	NA	NA
13q loss	137 (16%)	745	0.0065199	0.0104	0.01134	0.0176	2e-05	4.44e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.075949	0.104	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.00164	0.00288	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
14q loss	265 (30%)	617	5e-05	0.000107	9.9999e-05	0.000208	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
15q loss	68 (8%)	814	0.24972	0.308	0.26855	0.33	2e-05	4.44e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.18404	0.235	0.00043	0.000823	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.097479	0.131	0.00146	0.00257	0.00391	0.00643	0.0022	0.00378
16p loss	18 (2%)	864	NA	NA	NA	NA	0.53873	0.602	0.00378	0.00623	0.22549	0.28	0.0093999	0.0147	0.00027	0.00054	0.00061999	0.00116	0.034	0.0499	0.00479	0.00783	0.00014	0.000286	0.00397	0.00652
16q loss	28 (3%)	854	NA	NA	NA	NA	0.02148	0.0323	0.00046	0.000877	0.15074	0.196	0.21255	0.267	0.0066399	0.0106	0.00058999	0.00111	0.078919	0.108	0.00114	0.00203	0.00111	0.00199	0.0086599	0.0136
17p loss	111 (13%)	771	0.00206	0.00356	0.00311	0.00523	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.58579	0.643	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
17q loss	82 (9%)	800	0.00034	0.000666	0.00036	0.000704	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.62291	0.68	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
18p loss	141 (16%)	741	0.30013	0.363	0.40814	0.474	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	4e-04	0.000772	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.00189	0.00329	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	7.9999e-05	0.000169
18q loss	148 (17%)	734	0.22717	0.282	0.35348	0.417	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.00071999	0.00133	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.0081699	0.0129	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
19p loss	29 (3%)	853	NA	NA	NA	NA	0.00112	0.002	0.00029	0.000575	0.37418	0.436	0.063109	0.0879	0.00058999	0.00111	0.00022	0.000443	0.13091	0.172	0.02352	0.0353	0.00080999	0.00148	0.11158	0.149
19q loss	23 (3%)	859	NA	NA	NA	NA	0.00363	0.006	0.00095999	0.00174	0.69293	0.748	0.3086	0.371	0.00215	0.00371	0.00070999	0.00132	0.00465	0.00761	0.04034	0.0583	0.00145	0.00256	0.082769	0.112
20p loss	12 (1%)	870	NA	NA	NA	NA	0.93552	0.975	0.0071399	0.0114	0.20393	0.258	0.19908	0.252	0.00043	0.000823	0.014	0.0215	0.53609	0.601	0.00378	0.00623	0.0059799	0.00966	0.01384	0.0213
20q loss	6 (1%)	876	NA	NA	NA	NA	0.58445	0.643	0.00497	0.00811	0.24883	0.307	0.4372	0.503	0.00272	0.00462	0.01448	0.0222	1	1	0.0058499	0.00947	0.0086599	0.0136	0.0058099	0.00942
21q loss	133 (15%)	749	0.02631	0.0391	0.02411	0.0361	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.95688	0.992	2e-05	4.44e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	2e-05	4.44e-05	9.9999e-06	2.35e-05
22q loss	107 (12%)	775	0.0072099	0.0115	0.03747	0.0545	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.3386	0.402	6.9999e-05	0.000148	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	2e-05	4.44e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.00032	0.00063	3e-05	6.56e-05
xp loss	114 (13%)	768	0.02966	0.0439	0.03067	0.0453	2e-05	4.44e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.5303	0.595	0.00014	0.000286	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05
xq loss	113 (13%)	769	0.061919	0.0865	0.055929	0.0792	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	0.69669	0.75	3e-05	6.56e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05	9.9999e-06	2.35e-05