Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 10 (3%) 278 0.01589 0.04 9.9999e-06 8.41e-05 0.28194 0.398 0.01039 0.028 7.9999e-05 0.00047 0.00374 0.0124 0.86664 0.924 0.03896 0.0828 0.14283 0.23 0.16136 0.252 1q gain 17 (6%) 271 0.00034 0.00163 9.9999e-06 8.41e-05 0.60528 0.716 0.04937 0.101 9.9999e-06 8.41e-05 0.00021 0.00104 0.69585 0.783 0.01023 0.0279 0.083959 0.151 0.055399 0.112 2p gain 42 (15%) 246 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 0.93988 0.975 0.11937 0.2 0.3123 0.433 0.90127 0.945 0.01281 0.0335 0.14491 0.233 0.93976 0.975 0.66758 0.764 2q gain 47 (16%) 241 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 1 1 0.03339 0.0731 0.46003 0.577 0.73638 0.821 0.02599 0.0592 0.10567 0.181 0.63202 0.733 0.4446 0.56 3p gain 75 (26%) 213 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 0.21355 0.317 0.00017 0.000892 9.9999e-06 8.41e-05 0.00279 0.00965 0.01077 0.0289 0.00076999 0.00333 0.12178 0.203 0.01679 0.0417 3q gain 95 (33%) 193 9.9999e-06 8.41e-05 2e-05 0.000151 0.26203 0.376 0.00467 0.015 9.9999e-06 8.41e-05 0.00469 0.015 0.00132 0.00506 0.00087999 0.00368 0.73438 0.82 0.0079599 0.0227 4p gain 10 (3%) 278 0.088939 0.157 0.35928 0.482 0.89429 0.94 0.43708 0.554 0.34841 0.474 0.68574 0.777 0.22531 0.33 0.84783 0.917 0.7047 0.79 0.89355 0.94 4q gain 9 (3%) 279 0.18865 0.29 0.35966 0.482 0.8951 0.94 0.43472 0.553 0.55862 0.672 0.74066 0.823 0.13763 0.224 0.69174 0.782 0.40347 0.525 1 1 5p gain 34 (12%) 254 0.00224 0.00797 0.00047 0.00215 0.76319 0.845 0.84485 0.917 0.0067299 0.0199 0.00013 0.000713 0.63474 0.734 0.16903 0.262 0.66706 0.764 0.16752 0.26 5q gain 31 (11%) 257 6.9999e-05 0.000432 0.00131 0.00505 0.53877 0.654 0.78099 0.859 0.00047 0.00215 5.9999e-05 0.000383 0.76602 0.847 0.26416 0.378 0.66456 0.764 0.26634 0.38 6p gain 10 (3%) 278 0.58079 0.691 0.02257 0.0529 0.16014 0.251 0.13564 0.222 0.01498 0.0382 0.061849 0.12 0.91656 0.957 0.03853 0.0824 0.13971 0.227 0.092919 0.163 6q gain 7 (2%) 281 0.62683 0.73 0.0051499 0.0159 0.39353 0.515 0.35744 0.481 0.26108 0.376 0.21526 0.318 0.96798 0.996 0.26916 0.383 0.37292 0.495 0.43134 0.551 7p gain 171 (59%) 117 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 0.01015 0.0279 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 0.00012 0.000663 0.00012 0.000663 2e-05 0.000151 2e-05 0.000151 7q gain 172 (60%) 116 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 0.01797 0.0442 2e-05 0.000151 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 0.00017 0.000892 0.00017 0.000892 5.9999e-05 0.000383 9.9999e-06 8.41e-05 8p gain 20 (7%) 268 0.77871 0.858 0.073689 0.139 0.16695 0.26 0.55952 0.672 0.47041 0.588 0.082259 0.15 0.079989 0.147 0.32446 0.448 0.51844 0.635 0.51313 0.63 8q gain 25 (9%) 263 0.54495 0.66 0.00491 0.0154 0.27741 0.393 0.44957 0.565 0.01521 0.0385 0.04603 0.0954 0.1265 0.208 0.067229 0.129 0.086069 0.153 0.19767 0.3 9p gain 3 (1%) 285 0.68134 0.776 NA NA NA NA NA NA 0.42709 0.548 0.03628 0.0787 0.64697 0.746 0.48248 0.596 0.53916 0.654 0.36416 0.486 10p gain 8 (3%) 280 0.35064 0.475 0.00117 0.00453 0.85321 0.917 0.085009 0.152 0.061429 0.119 0.29131 0.409 0.67002 0.765 0.34572 0.472 0.87494 0.926 0.87004 0.925 10q gain 8 (3%) 280 0.35102 0.475 0.00095999 0.00388 0.85169 0.917 0.086489 0.154 0.061019 0.119 0.29342 0.411 0.67175 0.766 0.34613 0.472 0.87404 0.926 0.86697 0.924 11p gain 12 (4%) 276 0.37294 0.495 6.9999e-05 0.000432 0.43174 0.551 0.0071999 0.0211 0.058939 0.117 0.00019 0.00097 0.00172 0.0063 0.86965 0.925 0.77173 0.852 0.41326 0.534 11q gain 10 (3%) 278 0.04535 0.0943 7.9999e-05 0.00047 0.34973 0.475 0.01754 0.0433 0.061019 0.119 0.00367 0.0122 0.0054199 0.0165 0.92091 0.96 0.90871 0.951 0.55736 0.672 12p gain 112 (39%) 176 0.02114 0.0507 0.56566 0.676 0.02851 0.0641 0.081529 0.149 0.00098999 0.00394 0.11599 0.195 0.03001 0.0667 0.050669 0.103 0.47073 0.588 0.02688 0.0606 12q gain 112 (39%) 176 0.02126 0.0507 0.56431 0.676 0.02886 0.0643 0.081769 0.149 0.00075999 0.00331 0.11525 0.194 0.03014 0.0668 0.051539 0.104 0.4716 0.588 0.0262 0.0595 13q gain 28 (10%) 260 0.01028 0.0279 0.50717 0.624 0.87752 0.928 0.68984 0.781 0.51375 0.63 0.77356 0.853 0.04357 0.0911 0.55408 0.67 0.12302 0.205 0.61015 0.718 14q gain 3 (1%) 285 0.32624 0.449 0.03713 0.0796 0.01686 0.0417 0.41031 0.533 0.35329 0.476 0.03626 0.0787 0.43575 0.553 0.47845 0.592 0.53871 0.654 0.36419 0.486 15q gain 5 (2%) 283 0.16306 0.255 0.23727 0.346 0.30964 0.432 0.20408 0.305 0.19935 0.302 0.26069 0.376 0.10708 0.182 0.23241 0.339 NA NA NA NA 16p gain 153 (53%) 135 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 0.91194 0.953 0.00075999 0.00331 9.9999e-06 8.41e-05 4e-05 0.000269 5e-05 0.000327 9.9999e-06 8.41e-05 0.00019 0.00097 3e-05 0.000213 16q gain 148 (51%) 140 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 0.95445 0.985 0.00187 0.00682 9.9999e-06 8.41e-05 0.00011 0.000631 2e-05 0.000151 9.9999e-06 8.41e-05 0.00011 0.000631 9.9999e-06 8.41e-05 17p gain 172 (60%) 116 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 5.9999e-05 0.000383 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 0.00011 0.000631 0.00014 0.000762 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 17q gain 191 (66%) 97 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 0.00082999 0.00353 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 0.0078599 0.0225 0.00096999 0.00388 3e-05 0.000213 2e-05 0.000151 18p gain 12 (4%) 276 0.074579 0.14 0.21825 0.322 0.47202 0.588 0.79358 0.87 0.62388 0.729 0.48423 0.597 0.81833 0.892 0.56667 0.676 0.31084 0.432 0.4035 0.525 18q gain 9 (3%) 279 0.083309 0.15 0.33805 0.463 0.26693 0.381 0.59518 0.705 0.63178 0.733 0.15916 0.251 0.71412 0.799 0.20333 0.305 0.19959 0.302 0.31162 0.433 19p gain 5 (2%) 283 0.14923 0.238 0.00381 0.0125 0.85379 0.917 0.20424 0.305 0.056479 0.113 0.0099499 0.0275 0.10503 0.18 0.86329 0.923 0.84551 0.917 1 1 19q gain 5 (2%) 283 0.14869 0.238 0.00378 0.0124 0.85074 0.917 0.20384 0.305 0.055599 0.112 0.0099199 0.0275 0.10487 0.18 0.86156 0.923 0.84696 0.917 1 1 20p gain 99 (34%) 189 9.9999e-06 8.41e-05 0.00021 0.00104 0.02591 0.0592 0.00265 0.00929 0.00114 0.00444 0.0218 0.0519 0.0055099 0.0167 0.0031 0.0106 0.071779 0.136 0.04303 0.0902 20q gain 101 (35%) 187 9.9999e-06 8.41e-05 0.00055999 0.00254 0.071919 0.136 0.0076199 0.0219 0.0074499 0.0216 0.050159 0.102 0.01273 0.0334 0.0052299 0.0161 0.15193 0.241 0.096619 0.168 21q gain 19 (7%) 269 0.00096999 0.00388 0.10254 0.176 0.60683 0.716 0.52011 0.636 0.37909 0.501 0.94823 0.98 0.37344 0.495 0.084299 0.151 0.3947 0.516 0.30574 0.427 22q gain 5 (2%) 283 0.1911 0.292 0.63908 0.738 1 1 0.8836 0.933 0.39681 0.518 0.71711 0.802 0.424 0.545 0.39113 0.514 0.74613 0.828 0.70381 0.79 xp gain 88 (31%) 200 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 0.10865 0.184 0.00202 0.00729 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 6.9999e-05 0.000432 0.00019 0.00097 2e-04 0.00101 0.00068999 0.00304 xq gain 92 (32%) 196 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 0.1255 0.207 0.0070699 0.0208 9.9999e-06 8.41e-05 3e-05 0.000213 0.00039 0.00185 0.00019 0.00097 0.00096999 0.00388 0.00302 0.0104 1p loss 30 (10%) 258 0.0071799 0.0211 0.00057999 0.00262 0.88957 0.938 0.63238 0.733 2e-05 0.000151 0.00085999 0.00362 0.0051599 0.0159 0.063349 0.122 0.95578 0.985 0.15043 0.239 1q loss 21 (7%) 267 0.084109 0.151 0.04785 0.0986 0.84939 0.917 0.37523 0.497 0.18531 0.286 0.0080799 0.0228 0.23062 0.337 0.01285 0.0335 0.53285 0.651 0.27722 0.393 2p loss 5 (2%) 283 0.59128 0.701 0.0080499 0.0228 0.01674 0.0417 0.21055 0.313 0.055669 0.112 0.074459 0.14 0.02003 0.0486 0.73872 0.822 NA NA NA NA 2q loss 3 (1%) 285 0.32209 0.446 0.1843 0.285 NA NA NA NA 0.35289 0.476 0.03698 0.0795 0.01519 0.0385 1 1 NA NA NA NA 3p loss 21 (7%) 267 4e-05 0.000269 4e-05 0.000269 0.15858 0.25 0.03261 0.0716 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 0.03865 0.0824 0.10714 0.182 0.089019 0.157 0.0187 0.0457 3q loss 6 (2%) 282 0.0048 0.0152 0.00318 0.0108 0.5358 0.653 0.20328 0.305 0.00060999 0.00272 0.00243 0.00856 0.38102 0.503 0.6673 0.764 0.87378 0.926 0.62142 0.728 4p loss 25 (9%) 263 0.00080999 0.00346 9.9999e-06 8.41e-05 0.20675 0.308 0.00068999 0.00304 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 0.076389 0.142 0.068089 0.13 0.01651 0.0413 0.0053899 0.0165 4q loss 26 (9%) 262 0.00034 0.00163 9.9999e-06 8.41e-05 0.47692 0.592 0.00359 0.012 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 0.03636 0.0787 0.20079 0.303 0.0165 0.0413 0.0031 0.0106 5p loss 7 (2%) 281 0.1917 0.292 0.00041 0.00192 0.57846 0.689 0.075619 0.141 0.03245 0.0715 0.00154 0.0057 0.14836 0.238 0.04995 0.102 0.052719 0.107 0.42981 0.55 5q loss 8 (3%) 280 0.03947 0.0837 4e-05 0.000269 0.58141 0.691 0.075139 0.14 0.0066799 0.0199 0.00028 0.00137 0.070909 0.135 0.02308 0.0536 0.02205 0.0523 0.26228 0.376 6p loss 21 (7%) 267 0.093619 0.163 5e-05 0.000327 0.94719 0.98 0.04062 0.0856 2e-05 0.000151 0.00017 0.000892 0.82627 0.899 0.26123 0.376 0.56442 0.676 0.28868 0.406 6q loss 27 (9%) 261 0.088799 0.157 9.9999e-06 8.41e-05 1 1 0.02126 0.0507 9.9999e-06 8.41e-05 4e-05 0.000269 0.03079 0.068 0.78977 0.867 0.080889 0.149 0.099089 0.171 8p loss 16 (6%) 272 0.13555 0.222 0.14078 0.228 0.16845 0.261 0.28442 0.401 0.00436 0.0141 0.0090499 0.0253 0.078839 0.146 0.94667 0.98 0.9319 0.97 0.36365 0.486 8q loss 9 (3%) 279 0.11241 0.19 0.0485 0.0997 0.4449 0.56 0.41228 0.534 0.00485 0.0153 0.00083999 0.00355 0.060149 0.119 0.62662 0.73 1 1 0.61979 0.727 9p loss 33 (11%) 255 0.00033 0.00161 9.9999e-06 8.41e-05 0.3342 0.459 0.01584 0.04 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 0.01809 0.0443 0.14256 0.23 0.0256 0.0586 0.00094999 0.00388 9q loss 34 (12%) 254 0.00148 0.00553 9.9999e-06 8.41e-05 0.057059 0.113 0.00479 0.0152 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 0.0423 0.0889 0.064129 0.124 0.0091499 0.0255 0.00041 0.00192 10p loss 17 (6%) 271 0.093549 0.163 0.00012 0.000663 0.8095 0.885 0.082719 0.15 7.9999e-05 0.00047 0.0016 0.00589 0.01268 0.0334 0.3931 0.515 0.086999 0.154 0.0037 0.0123 10q loss 18 (6%) 270 0.097379 0.169 0.00016 0.000864 0.60761 0.716 0.02342 0.0542 3e-05 0.000213 0.00104 0.00409 0.01217 0.0324 0.61246 0.719 0.02248 0.0528 0.00093999 0.00388 11p loss 17 (6%) 271 0.01252 0.0331 0.0074799 0.0216 0.68273 0.776 0.27362 0.389 3e-05 0.000213 0.00416 0.0135 0.074869 0.14 0.20712 0.308 0.02864 0.0642 0.0136 0.0349 11q loss 21 (7%) 267 0.04632 0.0957 0.00095999 0.00388 0.096439 0.168 0.01217 0.0324 2e-05 0.000151 0.00206 0.0074 0.060939 0.119 0.3442 0.471 0.073789 0.139 0.0443 0.0923 13q loss 24 (8%) 264 0.00060999 0.00272 9.9999e-06 8.41e-05 0.47753 0.592 0.00139 0.00527 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 0.03675 0.0793 0.01041 0.028 0.0076299 0.0219 0.0050799 0.0158 14q loss 47 (16%) 241 4e-05 0.000269 5e-05 0.000327 0.0056299 0.017 6.9999e-05 0.000432 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 0.04055 0.0856 0.86138 0.923 0.01903 0.0463 0.00273 0.00948 15q loss 31 (11%) 257 0.02235 0.0527 2e-05 0.000151 0.091469 0.161 0.02879 0.0643 7.9999e-05 0.00047 9.9999e-06 8.41e-05 0.02079 0.0501 0.060269 0.119 0.12387 0.205 0.02525 0.058 16p loss 4 (1%) 284 1 1 0.00334 0.0112 0.19044 0.292 0.083039 0.15 0.056639 0.113 0.0072899 0.0212 0.55558 0.671 0.22437 0.329 0.22282 0.328 0.11895 0.2 16q loss 7 (2%) 281 0.13735 0.224 0.01314 0.034 0.63387 0.734 0.060929 0.119 0.00145 0.00545 0.01312 0.034 0.15101 0.24 0.38435 0.506 0.12993 0.213 0.12365 0.205 17p loss 13 (5%) 275 0.00332 0.0112 0.00026 0.00128 0.25213 0.366 0.30031 0.42 0.00012 0.000663 0.00021 0.00104 0.1563 0.247 0.42368 0.545 0.0062499 0.0186 0.0080899 0.0228 18p loss 42 (15%) 246 0.02065 0.0499 9.9999e-06 8.41e-05 0.00213 0.00761 0.00461 0.0148 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 0.00141 0.00532 0.00093999 0.00388 0.02494 0.0575 0.02309 0.0536 18q loss 44 (15%) 244 0.00109 0.00427 9.9999e-06 8.41e-05 0.0062199 0.0186 0.00046 0.00213 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 0.00136 0.00519 0.00037 0.00177 0.02222 0.0525 0.00492 0.0154 19p loss 16 (6%) 272 0.00046 0.00213 0.00151 0.00562 1 1 0.12328 0.205 0.00191 0.00693 0.01031 0.0279 0.12949 0.213 0.082059 0.15 0.15982 0.251 0.18993 0.292 19q loss 15 (5%) 273 9.9999e-06 8.41e-05 0.00012 0.000663 0.79619 0.872 0.1098 0.186 0.00079999 0.00344 0.03577 0.0781 0.057079 0.113 0.44464 0.56 0.47852 0.592 0.32656 0.449 21q loss 43 (15%) 245 0.01019 0.0279 0.26155 0.376 0.073889 0.139 0.24068 0.35 0.69395 0.783 0.41936 0.541 0.8121 0.886 0.19396 0.295 0.66173 0.762 0.098119 0.17 22q loss 60 (21%) 228 0.00099999 0.00396 9.9999e-06 8.41e-05 0.4353 0.553 0.01463 0.0375 9.9999e-06 8.41e-05 9.9999e-06 8.41e-05 7.9999e-05 0.00047 0.695 0.783 0.14659 0.235 0.0086099 0.0241 xp loss 33 (11%) 255 0.0060699 0.0183 9.9999e-06 8.41e-05 0.21552 0.318 0.00242 0.00856 9.9999e-06 8.41e-05 3e-05 0.000213 0.02304 0.0536 0.41276 0.534 0.02661 0.0602 0.00398 0.013 xq loss 29 (10%) 259 0.00273 0.00948 9.9999e-06 8.41e-05 0.44446 0.56 0.01246 0.033 9.9999e-06 8.41e-05 7.9999e-05 0.00047 0.080089 0.147 0.68416 0.777 0.065489 0.126 0.01341 0.0346