Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1p34.2 13 (7%) 171 0.33564 0.448 0.8121 0.85 0.17081 0.28 0.04328 0.105 0.91591 0.934 0.26539 0.385 0.48583 0.589 0.91783 0.935 0.26341 0.384 0.75243 0.806 amp_1p12 27 (15%) 157 0.10429 0.197 0.91556 0.934 0.16813 0.278 0.2022 0.316 0.79974 0.839 0.44241 0.551 0.94488 0.957 0.26049 0.382 0.092289 0.18 0.66895 0.737 amp_1q21.3 62 (34%) 122 0.00056999 0.00431 5.9999e-05 0.000715 0.066639 0.146 0.078709 0.163 0.01648 0.0543 0.01053 0.0391 0.01328 0.0476 0.01584 0.0538 0.0075699 0.0307 0.13503 0.237 amp_2q36.2 26 (14%) 158 0.01862 0.0579 8.9999e-05 0.000933 0.055699 0.128 0.31402 0.428 0.0191 0.0588 0.02103 0.0632 0.48456 0.589 0.00383 0.0188 0.03087 0.0804 0.0319 0.0827 amp_3p12.2 12 (7%) 172 0.12683 0.227 0.0283 0.0755 0.084419 0.169 0.77107 0.819 0.14613 0.25 0.92007 0.935 0.60762 0.686 1 1 0.63673 0.713 0.98031 0.984 amp_3q26.2 32 (17%) 152 0.00394 0.0192 3e-05 0.000442 0.21442 0.33 0.01659 0.0543 2e-05 0.000329 0.052589 0.122 0.59001 0.672 0.0171 0.0547 0.13583 0.238 0.0184 0.0579 amp_4p16.3 15 (8%) 169 0.15666 0.262 0.67641 0.741 0.13691 0.239 0.071279 0.155 0.04298 0.105 0.0184 0.0579 0.18591 0.297 0.02555 0.0701 0.0386 0.0961 0.00168 0.00996 amp_6p21.31 12 (7%) 172 0.10857 0.201 0.24807 0.369 0.68301 0.744 0.68265 0.744 0.41997 0.526 0.85481 0.885 0.03724 0.0939 0.71591 0.772 0.57231 0.658 0.38037 0.489 amp_7q22.1 56 (30%) 128 3e-05 0.000442 0.02011 0.0612 0.0324 0.0836 0.67836 0.742 0.02534 0.0701 0.31126 0.425 0.106 0.199 0.03761 0.0941 0.0024 0.0133 0.00477 0.0212 amp_8p11.22 34 (18%) 150 0.02048 0.062 0.26794 0.386 0.12441 0.224 0.33583 0.448 0.37467 0.482 0.6981 0.755 0.5115 0.609 0.69023 0.751 0.3521 0.456 0.67025 0.737 amp_8p11.21 34 (18%) 150 0.00065999 0.00456 0.12833 0.229 0.23412 0.353 0.45675 0.563 0.3287 0.443 0.69748 0.755 0.3423 0.451 0.21206 0.33 0.090169 0.178 0.48568 0.589 amp_8q24.21 74 (40%) 110 9.9999e-06 0.000224 0.00025 0.00212 0.1085 0.201 0.14034 0.243 0.00333 0.017 0.061329 0.136 0.12271 0.222 0.056239 0.129 0.10514 0.198 0.081829 0.167 amp_9p13.3 24 (13%) 160 0.16961 0.279 0.88781 0.916 0.94703 0.957 0.31127 0.425 0.82723 0.863 0.39199 0.5 0.5803 0.666 0.079899 0.164 0.97466 0.98 0.10365 0.197 amp_12p13.33 39 (21%) 145 0.00023 0.00198 2e-04 0.00181 0.40081 0.509 0.27574 0.394 0.01335 0.0476 0.55247 0.645 0.058039 0.131 0.19671 0.309 0.01495 0.052 0.00368 0.0184 amp_12p11.21 43 (23%) 141 3e-05 0.000442 2e-05 0.000329 0.49825 0.602 0.46337 0.568 0.00058999 0.00441 0.3099 0.425 0.073349 0.157 0.0078999 0.0318 0.089499 0.177 0.01877 0.0581 amp_12q15 29 (16%) 155 0.00028 0.00231 0.00417 0.0198 0.28911 0.406 0.075079 0.16 0.0068899 0.0286 0.32941 0.443 0.03264 0.0838 0.076939 0.161 0.04667 0.111 0.00144 0.00896 amp_15q26.1 22 (12%) 162 0.00063999 0.00454 0.10165 0.194 0.33541 0.448 0.66982 0.737 0.8354 0.87 0.11115 0.205 0.58488 0.67 0.53513 0.632 0.077029 0.161 0.34683 0.453 amp_17p11.2 15 (8%) 169 0.89516 0.919 0.26889 0.386 0.37101 0.479 0.40825 0.515 0.10169 0.194 0.050459 0.118 0.30216 0.419 0.11241 0.207 0.068339 0.149 0.00169 0.00996 amp_17q12 31 (17%) 153 0.084359 0.169 0.085489 0.17 0.96097 0.97 0.98571 0.987 0.02826 0.0755 0.21398 0.33 0.02271 0.0646 0.060129 0.134 0.5019 0.602 0.00264 0.0144 amp_18q11.2 56 (30%) 128 5e-05 0.000636 0.00106 0.00682 0.075119 0.16 0.1018 0.194 0.00065999 0.00456 0.075569 0.16 0.02187 0.0636 0.00053999 0.00414 0.1895 0.301 0.00022 0.00192 amp_19q13.2 47 (26%) 137 0.00012 0.00122 0.0099299 0.0373 0.34305 0.451 0.51199 0.609 0.0050299 0.022 0.87223 0.901 0.42894 0.536 0.22661 0.344 0.30767 0.425 0.35182 0.456 amp_20p11.23 38 (21%) 146 0.0062399 0.0266 0.0067099 0.028 0.077549 0.161 0.11854 0.215 0.075719 0.16 0.39485 0.503 0.04964 0.117 0.02589 0.0707 0.27241 0.39 0.00443 0.0202 amp_xq28 20 (11%) 164 0.00432 0.02 0.45927 0.565 0.28279 0.401 0.135 0.237 0.24482 0.366 0.21464 0.33 0.094879 0.184 0.32712 0.442 0.091079 0.178 0.02938 0.0776 del_1p36.11 68 (37%) 116 7.9999e-05 0.000878 9.9999e-06 0.000224 0.01628 0.0543 0.28365 0.401 0.00018 0.00171 0.0184 0.0579 0.19185 0.303 0.085479 0.17 0.095629 0.185 0.16685 0.276 del_2q14.3 9 (5%) 175 0.25557 0.376 0.18881 0.3 0.34361 0.451 0.19631 0.309 0.31479 0.428 0.48191 0.588 0.00028 0.00231 0.71798 0.773 0.51426 0.61 0.11648 0.212 del_3p21.31 51 (28%) 133 0.01698 0.0546 0.0054999 0.0237 0.23745 0.356 0.5442 0.639 0.00423 0.0199 0.78848 0.832 0.10478 0.198 0.04344 0.105 0.63164 0.709 0.11258 0.207 del_4q22.1 27 (15%) 157 0.3868 0.495 0.0080599 0.032 0.33574 0.448 0.14433 0.248 0.0063099 0.0266 0.088339 0.175 0.34465 0.451 0.0016 0.00985 0.15585 0.261 0.02617 0.071 del_4q34.3 35 (19%) 149 0.02553 0.0701 0.0352 0.0896 0.10749 0.201 0.053799 0.124 0.077579 0.161 0.62192 0.699 0.79913 0.839 0.17029 0.28 0.44631 0.554 0.13843 0.24 del_5q14.2 35 (19%) 149 0.00175 0.0102 0.090459 0.178 0.29233 0.408 0.1478 0.251 0.00196 0.0112 0.2207 0.338 0.29108 0.408 0.17668 0.288 0.14848 0.251 0.17982 0.289 del_6p25.2 74 (40%) 110 9.9999e-06 0.000224 2e-05 0.000329 0.00242 0.0133 0.17917 0.289 0.00346 0.0175 0.01235 0.0449 0.063049 0.139 0.00046 0.00358 0.17724 0.288 0.00104 0.00677 del_6p22.2 70 (38%) 114 9.9999e-06 0.000224 2e-05 0.000329 0.03617 0.0917 0.56027 0.65 0.00471 0.0212 0.02208 0.0637 0.14207 0.245 0.00093999 0.00627 0.2539 0.374 0.00167 0.00996 del_6q25.3 91 (49%) 93 9.9999e-06 0.000224 9.9999e-06 0.000224 0.01186 0.0436 0.40406 0.511 2e-05 0.000329 0.0050699 0.022 0.00427 0.0199 0.00021 0.00187 0.00062999 0.00454 0.0097299 0.0368 del_7q31.1 15 (8%) 169 0.26792 0.386 0.73514 0.79 0.55927 0.65 0.058439 0.131 0.50066 0.602 0.30808 0.425 0.85122 0.884 0.50996 0.609 0.76992 0.819 0.54599 0.64 del_7q36.1 15 (8%) 169 0.03971 0.0978 0.12911 0.229 0.15214 0.256 0.02127 0.0634 0.17683 0.288 0.60453 0.684 0.82676 0.863 0.34071 0.451 0.53636 0.632 0.16101 0.268 del_8p21.3 62 (34%) 122 9.9999e-06 0.000224 0.00475 0.0212 0.41035 0.516 0.14714 0.251 0.01856 0.0579 0.02799 0.0754 0.64511 0.721 0.02862 0.076 0.33879 0.45 0.34802 0.453 del_9p21.3 116 (63%) 68 9.9999e-06 0.000224 9.9999e-06 0.000224 0.15144 0.255 0.57088 0.658 9.9999e-06 0.000224 7.9999e-05 0.000878 9.9999e-06 0.000224 9.9999e-06 0.000224 9.9999e-06 0.000224 9.9999e-06 0.000224 del_10p15.3 41 (22%) 143 2e-05 0.000329 0.23455 0.353 0.89623 0.919 0.6744 0.741 0.00101 0.00665 0.01264 0.0457 0.65692 0.73 0.02419 0.0684 0.00038 0.00308 0.01548 0.0532 del_10q23.33 35 (19%) 149 4e-05 0.000546 0.79917 0.839 0.56676 0.656 0.30872 0.425 0.02191 0.0636 0.17924 0.289 0.14846 0.251 0.53824 0.633 0.01625 0.0543 0.0398 0.0978 del_11p15.4 29 (16%) 155 0.0072899 0.03 0.50036 0.602 0.00213 0.012 0.083319 0.169 0.59313 0.674 0.78381 0.83 0.51043 0.609 0.54984 0.643 0.69224 0.751 0.55969 0.65 del_12p13.1 29 (16%) 155 0.00019 0.00177 0.00014 0.00138 0.0091499 0.0351 0.051369 0.12 0.00086999 0.00587 0.0012 0.00764 0.29992 0.417 5.9999e-05 0.000715 0.04647 0.111 0.00442 0.0202 del_12q24.33 43 (23%) 141 0.00309 0.0163 0.00046 0.00358 0.01451 0.0511 0.01511 0.0522 0.01014 0.0379 0.00325 0.0169 0.11538 0.21 0.00063999 0.00454 0.13818 0.24 0.02492 0.0694 del_14q11.2 20 (11%) 164 0.44973 0.557 0.00397 0.0192 0.90913 0.931 0.73663 0.79 0.068799 0.15 0.13398 0.237 0.056989 0.13 0.24817 0.369 0.28159 0.4 0.78938 0.832 del_15q15.1 36 (20%) 148 0.00496 0.0219 0.056279 0.129 0.26452 0.385 0.43698 0.545 0.01681 0.0544 0.00331 0.017 0.66999 0.737 0.03404 0.087 0.58791 0.672 0.0087999 0.0345 del_16q23.1 19 (10%) 165 0.40353 0.511 0.76872 0.819 0.18874 0.3 0.0063099 0.0266 0.41723 0.524 0.0465 0.111 0.02459 0.0689 0.3378 0.449 0.25106 0.372 0.01362 0.0483 del_17p12 89 (48%) 95 9.9999e-06 0.000224 9.9999e-06 0.000224 0.22455 0.343 0.46116 0.566 9.9999e-06 0.000224 4e-05 0.000546 5e-05 0.000636 7.9999e-05 0.000878 9.9999e-06 0.000224 3e-05 0.000442 del_17q22 49 (27%) 135 9.9999e-06 0.000224 0.00082999 0.00567 0.00405 0.0194 0.058209 0.131 0.0090199 0.0351 0.01487 0.052 0.02223 0.0638 0.02623 0.071 0.00016 0.00154 0.31836 0.432 del_18p11.31 54 (29%) 130 0.0080499 0.032 0.66605 0.737 0.26724 0.386 0.18044 0.29 0.50038 0.602 0.97474 0.98 0.10126 0.194 0.85343 0.885 0.12467 0.224 0.19224 0.303 del_18q21.2 126 (68%) 58 9.9999e-06 0.000224 9.9999e-06 0.000224 0.244 0.365 0.60959 0.687 2e-05 0.000329 5e-05 0.000636 2e-04 0.00181 5.9999e-05 0.000715 0.00124 0.0078 9.9999e-06 0.000224 del_19p13.3 36 (20%) 148 2e-05 0.000329 9.9999e-06 0.000224 0.78198 0.829 0.25324 0.374 0.00013 0.0013 0.00183 0.0106 0.45188 0.559 0.0091399 0.0351 0.04756 0.112 0.11486 0.21 del_19p13.2 28 (15%) 156 0.00060999 0.00449 2e-05 0.000329 0.57197 0.658 0.083449 0.169 7.9999e-05 0.000878 0.00325 0.0169 0.097209 0.188 0.00039 0.00312 0.00292 0.0156 0.0119 0.0436 del_19q13.33 22 (12%) 162 0.02453 0.0689 0.071839 0.155 0.58971 0.672 0.53089 0.629 0.22659 0.344 0.22709 0.344 0.38544 0.494 0.084069 0.169 0.59956 0.68 0.2618 0.383 del_21q11.2 62 (34%) 122 4e-05 0.000546 0.00225 0.0126 0.34395 0.451 0.21301 0.33 0.12935 0.229 0.057909 0.131 0.22045 0.338 0.02112 0.0632 0.077079 0.161 0.35967 0.465 del_22q13.31 60 (33%) 124 9.9999e-06 0.000224 8.9999e-05 0.000933 0.47006 0.575 0.89399 0.919 0.0217 0.0636 0.080119 0.164 0.0156 0.0533 0.01651 0.0543 0.0029 0.0156 0.04116 0.101 del_22q13.32 61 (33%) 123 9.9999e-06 0.000224 8.9999e-05 0.000933 0.75598 0.808 0.94272 0.956 0.04676 0.111 0.072129 0.155 0.03766 0.0941 0.16548 0.275 0.0073299 0.03 0.28565 0.403 del_xp21.1 28 (15%) 156 0.0084099 0.0332 0.21067 0.329 0.03888 0.0963 0.65565 0.73 0.28001 0.399 0.29259 0.408 0.02952 0.0776 0.65468 0.73 0.060099 0.134 0.0215 0.0634 del_xq11.2 23 (12%) 161 0.0096499 0.0368 0.00373 0.0185 0.00164 0.00996 0.28836 0.406 0.03002 0.0786 0.01995 0.061 0.01675 0.0544 0.02264 0.0646 0.02139 0.0634 0.0161 0.0543