Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 15 (3%) 477 0.00109 0.00692 0.51444 0.605 0.073269 0.158 0.46405 0.562 0.11151 0.205 0.00151 0.00888 0.33011 0.441 0.077549 0.164 0.71972 0.783 0.50085 0.594 1q gain 26 (5%) 466 0.00014 0.00142 0.14466 0.246 0.070419 0.153 0.21414 0.328 0.10194 0.193 0.00066999 0.00483 0.099439 0.189 0.03374 0.0944 0.68809 0.757 0.13038 0.226 2p gain 11 (2%) 481 0.0059599 0.0242 0.03416 0.0945 0.079459 0.166 0.44541 0.542 0.00348 0.0163 0.092499 0.183 0.15943 0.265 0.02029 0.0632 0.189 0.298 0.24952 0.363 2q gain 7 (1%) 485 0.01878 0.0592 0.41801 0.517 0.22665 0.342 0.6885 0.757 0.01887 0.0592 0.55417 0.64 0.1226 0.216 0.063039 0.141 0.44406 0.541 0.51303 0.604 3p gain 40 (8%) 452 9.9999e-06 0.000163 0.01294 0.045 0.15877 0.265 0.02729 0.0809 3e-05 0.000387 0.00033 0.00267 0.053229 0.125 0.00496 0.0213 0.00458 0.02 0.00081999 0.00551 3q gain 54 (11%) 438 9.9999e-06 0.000163 0.00261 0.0136 0.10126 0.192 0.02042 0.0633 5.9999e-05 0.000696 0.00192 0.0105 0.10528 0.197 0.01106 0.04 0.00286 0.0145 0.00062999 0.00458 4p gain 9 (2%) 483 0.1651 0.272 0.69815 0.765 0.80633 0.859 0.42021 0.518 0.88071 0.92 0.76867 0.828 0.65742 0.733 0.41258 0.513 0.55441 0.64 0.58123 0.659 4q gain 10 (2%) 482 0.086429 0.174 0.67801 0.749 0.60764 0.685 0.404 0.508 0.27926 0.393 0.55765 0.642 0.83106 0.884 0.17448 0.284 0.40133 0.508 0.21541 0.329 5p gain 23 (5%) 469 5.9999e-05 0.000696 0.00050999 0.00381 0.03746 0.0999 0.19189 0.301 0.00285 0.0145 0.060659 0.137 0.22781 0.343 0.0018 0.0101 0.0074999 0.0296 0.00179 0.0101 5q gain 12 (2%) 480 0.086669 0.174 0.11253 0.205 0.070739 0.153 0.57809 0.659 0.096969 0.187 0.22943 0.344 0.38607 0.492 0.15926 0.265 0.16583 0.272 0.25476 0.369 6p gain 10 (2%) 482 0.01481 0.0496 0.22207 0.337 0.30311 0.415 0.40494 0.508 0.35273 0.462 0.27356 0.387 0.58098 0.659 0.104 0.195 0.03703 0.0991 0.31748 0.427 6q gain 6 (1%) 486 0.04934 0.12 0.46116 0.559 0.4784 0.573 0.91257 0.941 0.94398 0.967 0.58087 0.659 0.50971 0.602 0.0382 0.101 0.16035 0.266 0.2077 0.32 7p gain 101 (21%) 391 9.9999e-06 0.000163 9.9999e-06 0.000163 0.00293 0.0147 0.40408 0.508 9.9999e-06 0.000163 3e-05 0.000387 0.00036 0.00282 5.9999e-05 0.000696 0.00109 0.00692 0.00025 0.0022 7q gain 94 (19%) 398 9.9999e-06 0.000163 9.9999e-06 0.000163 0.0095399 0.0357 0.75394 0.814 9.9999e-06 0.000163 7.9999e-05 0.000877 0.00031 0.00256 5.9999e-05 0.000696 0.00055999 0.00411 0.00029 0.00249 8p gain 68 (14%) 424 9.9999e-06 0.000163 9.9999e-06 0.000163 9.9999e-06 0.000163 0.00031 0.00256 2e-05 0.000281 3e-04 0.00255 0.00039 0.003 0.0051799 0.0222 5.9999e-05 0.000696 0.0061899 0.0248 8q gain 126 (26%) 366 9.9999e-06 0.000163 9.9999e-06 0.000163 0.00024 0.00216 0.00017 0.0016 9.9999e-06 0.000163 3e-05 0.000387 7.9999e-05 0.000877 9.9999e-06 0.000163 2e-05 0.000281 0.00018 0.00167 9p gain 34 (7%) 458 9.9999e-06 0.000163 0.00014 0.00142 0.04959 0.121 0.12579 0.219 0.0061199 0.0246 0.095159 0.185 0.64642 0.723 0.11165 0.205 0.34955 0.46 0.23151 0.346 9q gain 48 (10%) 444 9.9999e-06 0.000163 0.00015 0.00148 0.0078199 0.0305 0.10653 0.199 0.00031 0.00256 0.24591 0.359 0.40464 0.508 0.01389 0.0477 0.12715 0.221 0.31678 0.427 10p gain 15 (3%) 477 0.00246 0.013 0.00089999 0.006 0.59855 0.676 0.8057 0.859 0.12275 0.216 0.03426 0.0945 0.00433 0.0192 0.01313 0.0455 0.16255 0.268 0.14338 0.244 10q gain 14 (3%) 478 0.0054599 0.0227 0.0057599 0.0235 0.13243 0.229 0.092839 0.183 0.071629 0.155 0.03285 0.0927 0.01179 0.0419 0.086959 0.174 0.35242 0.462 0.21591 0.329 11p gain 27 (5%) 465 9.9999e-06 0.000163 0.01644 0.0532 0.13883 0.237 0.40509 0.508 0.12075 0.214 0.02068 0.0636 0.19176 0.301 0.03411 0.0945 0.02317 0.0699 0.2022 0.315 11q gain 30 (6%) 462 9.9999e-06 0.000163 0.03677 0.0988 0.082559 0.17 0.34133 0.452 0.13414 0.23 0.053129 0.125 0.21633 0.329 0.03253 0.0923 0.04327 0.11 0.27289 0.386 12p gain 15 (3%) 477 0.00251 0.0131 0.00298 0.0149 0.0112 0.0403 0.83189 0.884 0.12419 0.218 0.064339 0.143 0.88284 0.92 0.00376 0.0169 0.23834 0.352 0.060369 0.137 12q gain 18 (4%) 474 0.00144 0.00866 0.0032 0.0152 0.0089799 0.0342 0.42669 0.524 0.10259 0.193 0.060159 0.137 0.87105 0.912 0.03214 0.0915 0.11265 0.205 0.00437 0.0192 13q gain 8 (2%) 484 0.058839 0.135 0.04395 0.111 0.13528 0.232 0.85069 0.897 0.54629 0.634 0.6603 0.734 0.56777 0.649 0.56108 0.643 0.53869 0.628 0.90829 0.939 14q gain 10 (2%) 482 0.0014 0.00848 0.090719 0.18 0.52246 0.614 0.77756 0.835 0.01028 0.0377 0.22916 0.344 0.099409 0.189 0.25723 0.369 0.28865 0.4 0.054729 0.128 15q gain 6 (1%) 486 0.1747 0.284 0.89578 0.927 0.21255 0.326 0.88981 0.922 0.70475 0.769 0.66575 0.738 0.74636 0.807 0.18221 0.293 0.84391 0.891 0.80264 0.857 16p gain 32 (7%) 460 9.9999e-06 0.000163 0.25597 0.369 0.11883 0.212 0.86204 0.906 0.17484 0.284 0.23127 0.346 0.46928 0.565 0.0053099 0.0226 0.04093 0.106 0.078369 0.165 16q gain 7 (1%) 485 0.10884 0.202 0.02508 0.0751 0.8827 0.92 0.92801 0.952 0.56081 0.643 1 1 0.86162 0.906 0.03029 0.0874 0.28528 0.398 0.36452 0.474 17p gain 8 (2%) 484 0.28975 0.401 0.9222 0.948 0.35814 0.468 1 1 0.38285 0.489 0.66142 0.734 0.51131 0.603 0.01579 0.0516 1 1 0.01073 0.039 17q gain 11 (2%) 481 0.04729 0.117 0.53458 0.625 0.072769 0.157 0.95718 0.975 0.12524 0.219 0.21655 0.329 0.46486 0.562 0.11053 0.205 0.74569 0.807 0.376 0.482 18p gain 19 (4%) 473 0.00076999 0.00522 0.23378 0.347 0.090529 0.18 1 1 0.44212 0.54 0.79236 0.848 0.92504 0.95 0.67481 0.747 1 1 0.97174 0.987 18q gain 10 (2%) 482 0.086299 0.174 0.74434 0.807 0.41125 0.512 0.96627 0.983 0.68286 0.752 0.77645 0.835 1 1 0.3363 0.447 0.95546 0.975 0.22277 0.337 19p gain 12 (2%) 480 0.00032 0.00261 0.10261 0.193 0.00362 0.0165 0.30161 0.413 0.63694 0.714 0.34197 0.452 0.11213 0.205 0.084769 0.173 0.37488 0.482 0.36103 0.471 19q gain 12 (2%) 480 0.00036 0.00282 0.11119 0.205 0.04107 0.106 0.10792 0.201 0.58111 0.659 0.36681 0.476 0.095549 0.185 0.061309 0.139 0.40462 0.508 0.28437 0.397 20p gain 26 (5%) 466 9.9999e-06 0.000163 0.03852 0.101 0.31723 0.427 0.14718 0.249 0.00148 0.00877 0.036 0.0975 0.01482 0.0496 0.00434 0.0192 0.11987 0.214 0.11779 0.211 20q gain 29 (6%) 463 9.9999e-06 0.000163 0.0077599 0.0304 0.0091699 0.0346 0.076259 0.162 0.03936 0.103 0.087329 0.175 0.078909 0.165 0.0066399 0.0264 0.26105 0.374 0.20353 0.316 21q gain 21 (4%) 471 9.9999e-06 0.000163 0.0086199 0.033 0.68003 0.75 0.842 0.89 0.067489 0.148 0.02696 0.0802 0.056859 0.131 0.00318 0.0152 0.01838 0.0585 0.02054 0.0634 22q gain 4 (1%) 488 0.69218 0.76 0.31062 0.422 0.2875 0.399 0.88806 0.921 0.56216 0.643 0.22227 0.337 0.39217 0.498 0.40681 0.509 0.56024 0.643 0.65127 0.728 xp gain 7 (1%) 485 0.0184 0.0585 0.0084799 0.0327 0.15601 0.262 0.83967 0.889 0.083549 0.172 0.092159 0.182 0.12111 0.214 0.04557 0.114 0.28287 0.397 0.36941 0.479 xq gain 7 (1%) 485 0.01988 0.0621 0.0084899 0.0327 0.15598 0.262 0.83962 0.889 0.084109 0.172 0.093329 0.183 0.12296 0.216 0.04554 0.114 0.28334 0.397 0.37352 0.482 1p loss 22 (4%) 470 9.9999e-06 0.000163 0.00093999 0.00621 0.34993 0.46 0.86785 0.91 0.01213 0.0427 2e-04 0.00184 0.0097299 0.0362 0.00355 0.0164 0.02804 0.0825 0.00304 0.015 1q loss 6 (1%) 486 0.050089 0.121 0.11117 0.205 0.15793 0.264 0.47421 0.569 0.063099 0.141 0.096259 0.186 0.074299 0.159 0.10222 0.193 0.02842 0.0833 0.2074 0.32 2p loss 14 (3%) 478 0.00069999 0.00496 0.0083899 0.0326 0.58867 0.666 0.57711 0.659 0.49373 0.587 0.6107 0.687 0.050079 0.121 0.26398 0.375 0.01535 0.0504 0.40563 0.508 2q loss 18 (4%) 474 0.00013 0.00135 0.0219 0.0671 0.7632 0.823 0.88499 0.921 0.3632 0.473 0.48398 0.577 0.063869 0.143 0.03524 0.0959 0.0070799 0.028 0.18018 0.291 3p loss 9 (2%) 483 0.11355 0.206 0.13381 0.23 0.46831 0.565 0.20462 0.317 0.19209 0.301 0.03802 0.101 0.01842 0.0585 0.40815 0.509 0.11667 0.21 0.18125 0.292 3q loss 5 (1%) 487 0.42323 0.521 0.66011 0.734 NA NA NA NA 0.4908 0.584 0.24973 0.363 0.02209 0.0671 0.03204 0.0915 NA NA NA NA 4p loss 23 (5%) 469 9.9999e-06 0.000163 0.0427 0.109 0.080629 0.167 0.18666 0.296 0.00108 0.00692 0.04039 0.105 2e-05 0.000281 0.00287 0.0145 0.00377 0.0169 0.00015 0.00148 4q loss 16 (3%) 476 0.00013 0.00135 0.12507 0.219 0.54114 0.629 0.86512 0.908 0.00161 0.00927 0.13299 0.229 0.069369 0.151 0.0468 0.116 0.081359 0.168 0.04217 0.108 5p loss 12 (2%) 480 0.0037 0.0168 0.20143 0.314 0.55539 0.64 0.5489 0.636 0.41641 0.516 0.0057499 0.0235 0.31806 0.427 0.00329 0.0156 0.48088 0.575 0.04906 0.12 5q loss 23 (5%) 469 9.9999e-06 0.000163 0.01798 0.0578 0.18292 0.293 0.25342 0.367 0.03111 0.0892 0.00191 0.0105 0.01122 0.0403 0.00052999 0.00393 0.65437 0.73 0.27654 0.39 6p loss 26 (5%) 466 9.9999e-06 0.000163 0.01205 0.0427 0.086359 0.174 0.061899 0.139 0.11675 0.21 0.0028 0.0145 0.19196 0.301 0.083829 0.172 0.04348 0.11 0.01639 0.0532 6q loss 41 (8%) 451 9.9999e-06 0.000163 0.01432 0.0487 0.085309 0.174 0.02805 0.0825 0.0095199 0.0357 0.00069999 0.00496 0.052149 0.124 0.095659 0.185 0.01526 0.0504 0.0061199 0.0246 8p loss 171 (35%) 321 9.9999e-06 0.000163 9.9999e-06 0.000163 0.91824 0.945 0.34509 0.456 2e-05 0.000281 2e-05 0.000281 0.01294 0.045 0.067189 0.148 0.18658 0.296 0.33779 0.448 8q loss 21 (4%) 471 0.051399 0.123 0.00022 0.002 0.71802 0.783 0.63423 0.712 0.00036 0.00282 0.00072999 0.00508 0.053759 0.126 0.3974 0.504 0.44387 0.541 0.086109 0.174 9p loss 21 (4%) 471 0.00025 0.0022 0.31246 0.424 0.088989 0.178 0.0054099 0.0227 0.42047 0.518 0.02214 0.0671 0.17984 0.291 0.24598 0.359 0.075329 0.161 0.52718 0.617 9q loss 11 (2%) 481 0.04763 0.118 0.26364 0.375 0.01537 0.0504 0.23205 0.346 0.17537 0.285 0.18705 0.296 0.11646 0.21 0.50655 0.599 0.33196 0.442 0.60409 0.682 10p loss 41 (8%) 451 9.9999e-06 0.000163 9.9999e-06 0.000163 0.18023 0.291 0.31404 0.425 6.9999e-05 0.000789 0.00013 0.00135 9.9999e-06 0.000163 5e-05 0.000625 0.01148 0.041 0.00124 0.00775 10q loss 43 (9%) 449 9.9999e-06 0.000163 3e-05 0.000387 0.069179 0.151 0.16171 0.267 0.00070999 0.00498 0.00046 0.00347 3e-05 0.000387 0.00124 0.00775 0.00246 0.013 0.00395 0.0177 11p loss 8 (2%) 484 0.051909 0.124 0.2837 0.397 0.54057 0.629 0.70182 0.767 0.059399 0.136 0.11732 0.21 0.11401 0.206 0.26187 0.374 0.6113 0.687 0.04632 0.115 11q loss 5 (1%) 487 0.29534 0.407 0.20587 0.318 0.03948 0.103 0.88773 0.921 0.078019 0.164 0.30088 0.413 0.23746 0.351 0.1885 0.298 0.18653 0.296 0.17249 0.282 12p loss 47 (10%) 445 9.9999e-05 0.00108 0.16979 0.278 0.74434 0.807 0.69927 0.765 0.03356 0.0942 0.43625 0.535 0.04099 0.106 0.01454 0.0493 0.01466 0.0495 0.30433 0.415 12q loss 20 (4%) 472 0.00137 0.00837 0.29602 0.407 0.28694 0.399 0.33068 0.441 0.2938 0.406 0.2622 0.374 0.073789 0.158 0.04997 0.121 0.077879 0.164 0.55458 0.64 13q loss 78 (16%) 414 9.9999e-06 0.000163 0.01658 0.0535 0.00251 0.0131 0.0102 0.0376 0.23576 0.349 0.055509 0.129 0.01337 0.0461 0.02626 0.0784 0.02967 0.086 0.00342 0.0161 14q loss 25 (5%) 467 0.00028 0.00243 0.02386 0.0718 0.24058 0.354 0.84048 0.889 0.19571 0.306 0.098349 0.189 0.066969 0.148 0.064649 0.143 0.050559 0.121 0.30595 0.417 15q loss 35 (7%) 457 9.9999e-06 0.000163 0.0035 0.0163 0.00183 0.0102 0.40978 0.511 0.00187 0.0104 0.01069 0.039 0.00486 0.021 0.01238 0.0434 0.00315 0.0152 0.03403 0.0945 16p loss 31 (6%) 461 9.9999e-06 0.000163 0.26664 0.378 0.96793 0.984 0.13715 0.234 0.24191 0.355 0.44223 0.54 0.38721 0.492 0.32489 0.435 0.15552 0.262 0.95495 0.975 16q loss 107 (22%) 385 9.9999e-06 0.000163 9.9999e-06 0.000163 0.095199 0.185 0.97779 0.991 0.0036 0.0165 0.02922 0.085 0.0054599 0.0227 0.00041 0.00312 0.00233 0.0125 0.41825 0.517 17p loss 76 (15%) 416 9.9999e-06 0.000163 9.9999e-06 0.000163 0.23971 0.353 0.15524 0.262 0.00017 0.0016 0.00145 0.00866 0.29403 0.406 0.03292 0.0927 0.01496 0.0497 0.23296 0.346 17q loss 20 (4%) 472 0.00037 0.00287 0.00164 0.00937 0.49687 0.59 0.52604 0.617 0.00194 0.0106 0.03607 0.0975 0.0098499 0.0365 0.04569 0.114 0.055699 0.13 0.47313 0.568 18p loss 67 (14%) 425 9.9999e-06 0.000163 0.0091399 0.0346 0.25608 0.369 0.00212 0.0115 0.00107 0.00692 0.051849 0.124 0.063949 0.143 0.03487 0.0959 0.00075999 0.00522 0.0396 0.103 18q loss 100 (20%) 392 9.9999e-06 0.000163 0.00157 0.00916 0.0368 0.0988 0.00096999 0.00636 0.00311 0.0152 0.03037 0.0874 0.00137 0.00837 0.00304 0.015 0.00076999 0.00522 0.00125 0.00775 19p loss 19 (4%) 473 2e-05 0.000281 0.31787 0.427 0.387 0.492 0.12071 0.214 0.095619 0.185 0.11295 0.205 0.01428 0.0487 0.13015 0.226 0.080809 0.167 0.27731 0.391 19q loss 18 (4%) 474 2e-05 0.000281 0.30794 0.419 0.48209 0.576 0.25171 0.365 0.065749 0.145 0.095719 0.185 0.02206 0.0671 0.2026 0.315 0.15503 0.262 0.44044 0.54 20p loss 19 (4%) 473 0.052809 0.125 0.0032 0.0152 0.98419 0.997 0.95422 0.975 0.8757 0.916 0.18366 0.294 0.37874 0.485 0.18495 0.295 0.53609 0.626 0.79258 0.848 20q loss 8 (2%) 484 0.04887 0.12 0.00158 0.00916 0.77998 0.836 0.37344 0.482 0.35051 0.46 0.04278 0.109 0.232 0.346 0.078549 0.165 0.72568 0.789 0.91161 0.941 21q loss 24 (5%) 468 0.0032 0.0152 0.057349 0.132 0.097069 0.187 0.15869 0.265 0.01883 0.0592 0.32812 0.439 0.099079 0.189 0.10209 0.193 0.25897 0.371 0.45328 0.55 22q loss 47 (10%) 445 9.9999e-06 0.000163 0.2439 0.357 0.47075 0.566 0.3712 0.481 0.01489 0.0496 0.04793 0.118 0.25649 0.369 0.02852 0.0833 0.076859 0.163 0.03772 0.1 xp loss 38 (8%) 454 9.9999e-06 0.000163 0.00017 0.0016 0.37482 0.482 0.056269 0.13 2e-05 0.000281 4e-05 0.000508 9.9999e-06 0.000163 0.03518 0.0959 0.0057499 0.0235 0.00483 0.021 xq loss 38 (8%) 454 9.9999e-06 0.000163 0.00017 0.0016 0.37527 0.482 0.057099 0.132 9.9999e-06 0.000163 6.9999e-05 0.000789 9.9999e-06 0.000163 0.03517 0.0959 0.0057499 0.0235 0.0053299 0.0226