Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features
Skin Cutaneous Melanoma (Metastatic)
28 January 2016  |  analyses__2016_01_28
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doi:10.7908/C10C4V7V
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2016): Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C10C4V7V
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant arm-level copy number variations (cnvs) and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 82 arm-level events and 14 clinical features across 367 patients, one significant finding detected with Q value < 0.25.

  • 10q loss cnv correlated to 'YEARS_TO_BIRTH'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 82 arm-level events and 14 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, one significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
from
Specimen
Diagnosis
to
Death 		Time
to
Death 		YEARS
TO
BIRTH 		PATHOLOGIC
STAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		MELANOMA
ULCERATION 		MELANOMA
PRIMARY
KNOWN 		BRESLOW
THICKNESS 		GENDER RADIATION
THERAPY 		RACE ETHNICITY
nCNV (%) nWild-Type logrank test logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
10q loss 224 (61%) 143 0.411
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.000141
(0.162) 		0.525
(1.00) 		0.0351
(0.997) 		0.217
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.0977
(0.999) 		0.524
(1.00) 		0.0365
(0.997) 		1
(1.00)
1p gain 93 (25%) 274 0.829
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.0467
(0.997) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
1q gain 173 (47%) 194 0.816
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.435
(1.00) 		1
(1.00) 		0.263
(1.00)
2p gain 67 (18%) 300 0.192
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.274
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0883
(0.997) 		0.782
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.357
(1.00)
2q gain 65 (18%) 302 0.0897
(0.997) 		0.211
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.0929
(0.999) 		1
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.03
(0.997) 		0.674
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.361
(1.00)
3p gain 64 (17%) 303 0.005
(0.69) 		0.024
(0.997) 		0.579
(1.00) 		0.0999
(0.999) 		0.479
(1.00) 		0.073
(0.997) 		0.144
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.608
(1.00)
3q gain 74 (20%) 293 0.0103
(0.847) 		0.0125
(0.896) 		0.19
(1.00) 		0.0715
(0.997) 		0.256
(1.00) 		0.0481
(0.997) 		0.0579
(0.997) 		0.312
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.0635
(0.997) 		0.592
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.353
(1.00)
4p gain 57 (16%) 310 0.627
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.0484
(0.997) 		0.154
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.855
(1.00) 		1
(1.00) 		0.856
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.635
(1.00) 		1
(1.00)
4q gain 48 (13%) 319 0.944
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.661
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.572
(1.00) 		1
(1.00)
5p gain 74 (20%) 293 0.163
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.0315
(0.997) 		0.417
(1.00) 		0.0836
(0.997) 		0.846
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.847
(1.00) 		1
(1.00) 		0.637
(1.00)
5q gain 52 (14%) 315 0.414
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.0986
(0.999) 		1
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.0657
(0.997)
6p gain 148 (40%) 219 0.217
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.101
(0.999) 		0.0259
(0.997) 		0.0487
(0.997) 		0.695
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.705
(1.00)
6q gain 50 (14%) 317 0.125
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.102
(0.999) 		0.0151
(0.961) 		0.0643
(0.997) 		0.751
(1.00) 		0.574
(1.00) 		1
(1.00) 		0.958
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.6
(1.00)
7p gain 204 (56%) 163 0.0592
(0.997) 		0.396
(1.00) 		0.991
(1.00) 		0.0176
(0.997) 		0.428
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.466
(1.00)
7q gain 199 (54%) 168 0.0851
(0.997) 		0.244
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.0326
(0.997) 		0.737
(1.00) 		0.83
(1.00) 		1
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.0842
(0.997) 		0.437
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.458
(1.00)
8p gain 123 (34%) 244 0.95
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.0899
(0.997) 		1
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.0435
(0.997) 		1
(1.00)
8q gain 172 (47%) 195 0.0632
(0.997) 		0.174
(1.00) 		0.0404
(0.997) 		0.0976
(0.999) 		0.22
(1.00) 		0.235
(1.00) 		1
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.0843
(0.997) 		0.0707
(0.997) 		0.914
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.189
(1.00) 		1
(1.00)
9p gain 16 (4%) 351 0.984
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.758
(1.00) 		1
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.253
(1.00) 		1
(1.00) 		0.444
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
9q gain 20 (5%) 347 0.497
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.433
(1.00) 		1
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.0901
(0.997) 		0.079
(0.997) 		0.816
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.0819
(0.997) 		1
(1.00)
10p gain 12 (3%) 355 0.633
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.153
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0111
(0.847) 		0.667
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.658
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
10q gain 3 (1%) 364 0.87
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.0742
(0.997) 		1
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.338
(1.00) 		1
(1.00) 		0.339
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
11p gain 34 (9%) 333 0.222
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.0763
(0.997) 		0.38
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.618
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0604
(0.997) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
11q gain 28 (8%) 339 0.0935
(0.999) 		0.345
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.0301
(0.997) 		0.232
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.0697
(0.997) 		0.0941
(0.999) 		1
(1.00) 		0.0701
(0.997) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
12p gain 64 (17%) 303 0.186
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.0375
(0.997) 		0.285
(1.00) 		0.0218
(0.997) 		0.777
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.399
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0681
(0.997) 		0.355
(1.00)
12q gain 40 (11%) 327 0.348
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.0406
(0.997) 		1
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.172
(1.00) 		1
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.556
(1.00)
13q gain 92 (25%) 275 0.0206
(0.997) 		0.169
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.0636
(0.997) 		0.2
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.336
(1.00) 		1
(1.00) 		0.61
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.704
(1.00) 		1
(1.00)
14q gain 42 (11%) 325 0.659
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.538
(1.00) 		1
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.329
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
15q gain 84 (23%) 283 0.288
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.457
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
16p gain 57 (16%) 310 0.704
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.0809
(0.997) 		0.141
(1.00) 		0.0369
(0.997) 		0.549
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.00449
(0.69) 		0.301
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.641
(1.00) 		1
(1.00)
16q gain 45 (12%) 322 0.647
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.936
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.0346
(0.997) 		0.194
(1.00) 		1
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.00622
(0.69) 		0.327
(1.00) 		1
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.585
(1.00)
17p gain 40 (11%) 327 0.744
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.0904
(0.997) 		0.988
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.19
(1.00) 		1
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.306
(1.00) 		1
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.556
(1.00)
17q gain 67 (18%) 300 0.848
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.000436
(0.25) 		0.935
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.218
(1.00) 		1
(1.00)
18p gain 56 (15%) 311 0.178
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.072
(0.997) 		0.0249
(0.997) 		0.00661
(0.69) 		0.695
(1.00) 		1
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.634
(1.00) 		1
(1.00)
18q gain 45 (12%) 322 0.0647
(0.997) 		0.165
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.0418
(0.997) 		0.00544
(0.69) 		0.641
(1.00) 		1
(1.00) 		0.279
(1.00) 		1
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.238
(1.00) 		1
(1.00) 		0.594
(1.00)
19p gain 58 (16%) 309 0.759
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.634
(1.00) 		1
(1.00)
19q gain 56 (15%) 311 0.553
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.0831
(0.997) 		0.519
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.62
(1.00) 		1
(1.00)
20p gain 147 (40%) 220 0.162
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.041
(0.997) 		0.584
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.0701
(0.997) 		0.742
(1.00) 		0.874
(1.00) 		1
(1.00) 		0.707
(1.00)
20q gain 180 (49%) 187 0.108
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.0729
(0.997) 		0.0229
(0.997) 		0.885
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.0879
(0.997) 		1
(1.00) 		0.535
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
21q gain 67 (18%) 300 0.344
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.055
(0.997) 		0.39
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.0825
(0.997) 		1
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.841
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
22q gain 126 (34%) 241 0.799
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.816
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.429
(1.00)
xp gain 42 (11%) 325 0.383
(1.00) 		0.0395
(0.997) 		0.169
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.976
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.53
(1.00) 		1
(1.00)
xq gain 44 (12%) 323 0.0106
(0.847) 		0.00204
(0.585) 		0.139
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.475
(1.00) 		1
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.0933
(0.999) 		0.549
(1.00) 		1
(1.00)
1p loss 51 (14%) 316 0.501
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.0766
(0.997) 		0.389
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.0416
(0.997) 		0.942
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.589
(1.00) 		1
(1.00)
1q loss 27 (7%) 340 0.723
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.461
(1.00) 		1
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.554
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
2p loss 50 (14%) 317 0.635
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.748
(1.00) 		1
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.06
(0.997) 		0.531
(1.00) 		0.652
(1.00) 		1
(1.00) 		0.237
(1.00)
2q loss 51 (14%) 316 0.188
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.511
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0416
(0.997) 		0.311
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.501
(1.00) 		1
(1.00) 		0.245
(1.00)
3p loss 60 (16%) 307 0.898
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.705
(1.00) 		1
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.298
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
3q loss 51 (14%) 316 0.854
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.597
(1.00) 		1
(1.00)
4p loss 80 (22%) 287 0.211
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.745
(1.00) 		1
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.896
(1.00) 		1
(1.00) 		0.119
(1.00) 		1
(1.00)
4q loss 85 (23%) 282 0.193
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.193
(1.00) 		1
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.135
(1.00) 		1
(1.00)
5p loss 79 (22%) 288 0.342
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.00625
(0.69) 		0.188
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.353
(1.00)
5q loss 97 (26%) 270 0.47
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.198
(1.00)
6p loss 70 (19%) 297 0.653
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.384
(1.00) 		1
(1.00)
6q loss 172 (47%) 195 0.193
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.823
(1.00) 		1
(1.00)
7p loss 18 (5%) 349 0.842
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.0134
(0.904) 		0.614
(1.00) 		0.618
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.461
(1.00) 		1
(1.00) 		0.267
(1.00) 		1
(1.00)
7q loss 17 (5%) 350 0.542
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.612
(1.00) 		1
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.653
(1.00) 		1
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.254
(1.00) 		1
(1.00)
8p loss 66 (18%) 301 1
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.417
(1.00) 		1
(1.00) 		0.159
(1.00) 		1
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.84
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
8q loss 25 (7%) 342 0.951
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.725
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.813
(1.00) 		1
(1.00) 		0.545
(1.00) 		1
(1.00) 		0.387
(1.00)
9p loss 235 (64%) 132 0.491
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.0332
(0.997) 		0.193
(1.00) 		1
(1.00) 		0.104
(1.00)
9q loss 185 (50%) 182 0.893
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.0522
(0.997) 		0.756
(1.00) 		1
(1.00) 		0.722
(1.00)
10p loss 204 (56%) 163 0.677
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.0237
(0.997) 		0.523
(1.00) 		0.00272
(0.625) 		0.659
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.051
(0.997) 		0.638
(1.00) 		0.118
(1.00) 		1
(1.00)
11p loss 126 (34%) 241 0.495
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.0167
(0.997) 		0.231
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.00922
(0.847) 		0.515
(1.00) 		0.559
(1.00) 		1
(1.00)
11q loss 149 (41%) 218 0.696
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.00142
(0.543) 		0.427
(1.00) 		0.637
(1.00) 		1
(1.00)
12p loss 61 (17%) 306 0.32
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.95
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.836
(1.00) 		1
(1.00) 		0.605
(1.00)
12q loss 68 (19%) 299 0.523
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.809
(1.00) 		1
(1.00) 		0.601
(1.00) 		1
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.357
(1.00)
13q loss 82 (22%) 285 0.149
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.0587
(0.997) 		0.708
(1.00) 		0.101
(0.999) 		0.699
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.658
(1.00)
14q loss 112 (31%) 255 0.51
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.967
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.736
(1.00) 		1
(1.00) 		0.442
(1.00)
15q loss 54 (15%) 313 0.456
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.0578
(0.997) 		0.0239
(0.997) 		0.6
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.6
(1.00)
16p loss 69 (19%) 298 0.385
(1.00) 		0.964
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.101
(0.999) 		0.411
(1.00) 		1
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.128
(1.00)
16q loss 105 (29%) 262 0.697
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.418
(1.00)
17p loss 124 (34%) 243 0.807
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.0307
(0.997) 		0.248
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.431
(1.00)
17q loss 62 (17%) 305 0.276
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.661
(1.00) 		1
(1.00)
18p loss 104 (28%) 263 0.516
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.0482
(0.997) 		1
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.518
(1.00) 		1
(1.00)
18q loss 100 (27%) 267 0.753
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.904
(1.00) 		1
(1.00) 		0.513
(1.00) 		1
(1.00)
19p loss 77 (21%) 290 0.856
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.0331
(0.997) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
19q loss 73 (20%) 294 0.537
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.0795
(0.997) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
20p loss 25 (7%) 342 0.74
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.959
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.622
(1.00) 		1
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.671
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0732
(0.997)
20q loss 9 (2%) 358 0.465
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.247
(1.00) 		1
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.493
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.164
(1.00)
21q loss 70 (19%) 297 0.189
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.0543
(0.997) 		0.804
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.0835
(0.997) 		1
(1.00)
22q loss 39 (11%) 328 0.75
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.127
(1.00) 		1
(1.00) 		0.394
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0505
(0.997) 		0.546
(1.00)
xp loss 96 (26%) 271 0.106
(1.00) 		0.969
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.0827
(0.997) 		0.0369
(0.997) 		0.11
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
xq loss 92 (25%) 275 0.292
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.102
(0.999) 		0.0815
(0.997) 		0.072
(0.997) 		1
(1.00) 		0.685
(1.00)
'10q loss' versus 'YEARS_TO_BIRTH'

P value = 0.000141 (Wilcoxon-test), Q value = 0.16

Table S1.  Gene #61: '10q loss' versus Clinical Feature #3: 'YEARS_TO_BIRTH'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 359 56.3 (15.7)
10Q LOSS MUTATED 217 53.8 (16.0)
10Q LOSS WILD-TYPE 142 60.2 (14.4)

Figure S1.  Get High-res Image Gene #61: '10q loss' versus Clinical Feature #3: 'YEARS_TO_BIRTH'

Methods & Data
Input

  • Copy number data file = broad_values_by_arm.txt from GISTIC pipeline

  • Processed Copy number data file = /xchip/cga/gdac-prod/tcga-gdac/jobResults/GDAC_Correlate_Genomic_Events_Preprocess/SKCM-TM/22533835/transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = /xchip/cga/gdac-prod/tcga-gdac/jobResults/Append_Data/SKCM-TM/22507034/SKCM-TM.merged_data.txt

  • Number of patients = 367

  • Number of significantly arm-level cnvs = 82

  • Number of selected clinical features = 14

  • Exclude regions that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
Copyright © 2016 Broad Institute TCGA GDAC as part of the TCGA Research Network. All rights reserved.
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