Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 37 (25%) 113 0.01401 0.0401 0.00307 0.0127 0.00022 0.00162 0.00249 0.0109 0.00189 0.00909 0.00050999 0.00311 5e-05 0.000463 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 0.00047 0.00291 1q gain 60 (40%) 90 0.03678 0.0826 0.19023 0.279 0.19324 0.282 0.38938 0.483 0.28422 0.378 0.03749 0.0834 0.074239 0.139 0.56269 0.647 0.22509 0.32 0.076189 0.142 2p gain 47 (31%) 103 0.37278 0.467 0.01007 0.0315 0.069929 0.133 0.03738 0.0834 0.03021 0.071 0.099119 0.172 0.02932 0.0694 0.01306 0.0381 0.01809 0.0483 0.01896 0.0499 2q gain 42 (28%) 108 0.80662 0.854 0.03194 0.0735 0.92814 0.951 0.25334 0.349 0.12792 0.212 0.74971 0.811 0.59465 0.67 0.39877 0.492 0.3481 0.445 0.61104 0.685 3p gain 26 (17%) 124 0.16057 0.246 0.055449 0.11 0.00171 0.00843 0.0134 0.0388 5.9999e-05 0.000542 0.00307 0.0127 0.052719 0.107 0.0054499 0.0197 0.0060199 0.0213 0.02682 0.0655 3q gain 35 (23%) 115 0.11713 0.198 0.0101 0.0315 0.00214 0.00985 0.00332 0.0133 0.00027 0.00187 0.01384 0.0398 0.04948 0.103 0.01036 0.0321 0.01941 0.0509 0.056089 0.111 4p gain 3 (2%) 147 0.60471 0.679 0.57874 0.66 0.86187 0.899 1 1 0.76823 0.823 0.68298 0.756 0.50182 0.595 1 1 1 1 0.77943 0.832 5p gain 6 (4%) 144 0.87031 0.906 0.03135 0.0723 0.0090099 0.0289 0.15009 0.235 0.057049 0.112 0.0079899 0.0265 0.00415 0.016 0.0069699 0.0242 0.00378 0.0148 0.02292 0.0575 5q gain 3 (2%) 147 0.83945 0.879 0.22233 0.316 NA NA NA NA 0.12217 0.204 0.04226 0.0916 0.11166 0.191 0.01462 0.0412 0.01189 0.0352 0.04306 0.0923 6p gain 28 (19%) 122 0.37127 0.466 0.76028 0.82 0.42754 0.521 0.04174 0.0913 0.03084 0.0717 0.00081999 0.00462 0.0052999 0.0193 0.0064799 0.0227 0.054419 0.109 0.02011 0.0519 6q gain 23 (15%) 127 0.18018 0.268 0.4074 0.5 0.836 0.877 0.2172 0.31 0.0063599 0.0224 0.00021 0.00156 0.0021 0.00972 0.00432 0.0164 0.051179 0.105 0.02165 0.0552 7p gain 121 (81%) 29 0.050739 0.105 0.14963 0.235 0.0155 0.0434 0.02134 0.0548 0.00075999 0.00438 0.0085899 0.0276 0.01162 0.0348 0.0074699 0.0252 0.0070599 0.0243 0.057609 0.113 7q gain 104 (69%) 46 0.14239 0.227 0.04525 0.0956 0.18444 0.273 0.47171 0.567 3e-05 0.000326 0.0081299 0.0266 0.02431 0.06 0.01422 0.0406 0.01237 0.0365 0.0079599 0.0265 8p gain 110 (73%) 40 0.058669 0.115 0.00080999 0.0046 0.00090999 0.00495 0.00011 0.000907 2e-05 0.000234 0.00021 0.00156 0.00016 0.00128 9.9999e-06 0.000134 2e-05 0.000234 9.9999e-05 0.000852 8q gain 111 (74%) 39 0.01146 0.0346 0.0071099 0.0243 0.01282 0.0376 0.00228 0.0104 4e-05 4e-04 0.00032 0.00212 2e-04 0.00153 7.9999e-05 0.00069 0.00028 0.00193 0.00172 0.00843 9p gain 16 (11%) 134 0.34975 0.446 0.51987 0.607 0.43022 0.524 0.69362 0.761 0.59317 0.669 0.29593 0.391 0.25094 0.347 0.14147 0.227 0.17614 0.263 0.4587 0.554 9q gain 17 (11%) 133 0.086259 0.156 0.53017 0.617 0.80289 0.852 0.53523 0.621 0.16298 0.249 0.076989 0.143 0.44549 0.541 0.89544 0.926 0.5402 0.626 0.097819 0.171 10p gain 6 (4%) 144 0.053759 0.108 0.26909 0.36 0.64184 0.716 0.8243 0.868 0.15285 0.238 0.34593 0.443 0.15206 0.237 0.32126 0.42 0.36982 0.466 0.1385 0.224 10q gain 10 (7%) 140 0.22743 0.321 0.53079 0.617 0.69434 0.761 0.50733 0.598 0.1375 0.223 0.32698 0.425 0.22121 0.315 0.4943 0.587 0.5857 0.664 0.26922 0.36 11p gain 9 (6%) 141 0.45049 0.545 0.57797 0.66 0.04989 0.103 0.16845 0.256 0.085619 0.155 0.03938 0.0866 0.28045 0.374 0.29039 0.384 0.33121 0.428 0.20779 0.299 11q gain 3 (2%) 147 0.14448 0.229 0.58129 0.661 0.13479 0.22 0.31478 0.413 0.23067 0.323 0.03082 0.0717 0.28098 0.374 0.14856 0.234 0.15642 0.242 0.17146 0.259 12p gain 146 (97%) 4 0.22997 0.323 0.42124 0.515 0.51777 0.607 0.54168 0.627 0.13165 0.217 0.37105 0.466 0.25247 0.348 0.58267 0.661 0.69179 0.761 0.18744 0.276 12q gain 100 (67%) 50 0.77153 0.825 0.33057 0.427 0.2668 0.359 0.54702 0.632 0.14577 0.23 0.33798 0.435 0.10581 0.182 0.1756 0.263 0.076049 0.142 0.077889 0.144 14q gain 51 (34%) 99 0.068129 0.13 0.68708 0.759 0.58774 0.665 0.56761 0.651 0.91698 0.942 0.3968 0.49 0.76233 0.821 0.30569 0.402 0.20263 0.294 0.7683 0.823 15q gain 51 (34%) 99 0.03235 0.0742 0.01669 0.0457 0.00191 0.00912 0.00039 0.00252 2e-05 0.000234 4e-05 4e-04 0.00011 0.000907 2e-05 0.000234 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 16p gain 17 (11%) 133 0.10035 0.174 0.12541 0.208 0.053539 0.108 0.00366 0.0144 0.1876 0.276 0.03643 0.0823 0.00391 0.0152 0.01661 0.0456 0.0083799 0.0271 0.070949 0.134 16q gain 15 (10%) 135 0.102 0.176 0.48406 0.576 0.053539 0.108 0.0080699 0.0265 0.32648 0.425 0.087149 0.157 0.02171 0.0552 0.0383 0.0847 0.02595 0.0638 0.04236 0.0916 17p gain 40 (27%) 110 0.00111 0.00595 9.9999e-06 0.000134 4e-05 4e-04 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 2e-05 0.000234 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 17q gain 50 (33%) 100 0.0069999 0.0242 3e-05 0.000326 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 2e-05 0.000234 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 18p gain 4 (3%) 146 0.62861 0.703 0.51309 0.604 0.69127 0.761 1 1 0.46898 0.565 0.78415 0.835 0.67937 0.753 0.47983 0.574 0.57492 0.657 0.88248 0.914 19p gain 37 (25%) 113 0.00418 0.016 0.01469 0.0413 0.01335 0.0388 0.0069399 0.0242 0.00217 0.00992 0.00118 0.00628 0.065709 0.126 0.00014 0.00113 0.00086999 0.00483 0.00091999 0.00496 19q gain 29 (19%) 121 5e-05 0.000463 0.00153 0.00786 0.00198 0.00928 0.00248 0.0109 0.00050999 0.00311 0.00055999 0.00336 0.13431 0.22 5e-05 0.000463 0.00035 0.0023 2e-04 0.00153 20p gain 35 (23%) 115 0.01819 0.0484 0.0106 0.0327 0.2274 0.321 0.13597 0.221 0.11895 0.2 0.32716 0.425 0.2098 0.301 0.14193 0.227 0.073739 0.139 0.16735 0.255 20q gain 41 (27%) 109 0.04944 0.103 0.00289 0.0122 0.04218 0.0916 0.02815 0.0672 0.0051199 0.0189 0.050809 0.105 0.03351 0.0766 0.01243 0.0366 0.0166 0.0456 0.064069 0.124 21q gain 126 (84%) 24 0.14201 0.227 0.17336 0.261 0.11779 0.199 0.55342 0.638 0.10385 0.179 0.25911 0.354 0.25983 0.354 0.091229 0.164 0.17088 0.258 0.19518 0.284 22q gain 39 (26%) 111 9.9999e-06 0.000134 0.056929 0.112 0.01653 0.0456 0.00444 0.0167 2e-05 0.000234 4e-05 4e-04 0.097819 0.171 5e-05 0.000463 0.00024 0.00171 5e-05 0.000463 xp gain 22 (15%) 128 0.050899 0.105 0.01969 0.0511 0.03828 0.0847 0.0092199 0.0292 0.00355 0.014 0.00308 0.0127 0.00023 0.00166 0.00018 0.00142 0.00166 0.00824 7.9999e-05 0.00069 xq gain 23 (15%) 127 0.3679 0.465 0.052129 0.106 0.03919 0.0864 0.0075499 0.0254 0.0081999 0.0266 0.00257 0.0111 0.00161 0.0081 0.00032 0.00212 0.00082999 0.00465 0.00045 0.00286 1p loss 20 (13%) 130 0.070769 0.134 0.47261 0.567 0.33893 0.435 0.26258 0.355 0.26303 0.355 0.87128 0.906 0.04278 0.0919 0.20336 0.294 0.071699 0.135 0.68919 0.76 1q loss 9 (6%) 141 0.16643 0.254 0.50262 0.595 0.92005 0.944 1 1 0.73815 0.802 0.65251 0.727 0.57437 0.657 0.61454 0.688 0.29863 0.394 0.87755 0.91 2p loss 4 (3%) 146 1 1 0.90428 0.934 NA NA NA NA 1 1 0.9108 0.938 1 1 1 1 1 1 0.70399 0.77 2q loss 5 (3%) 145 0.9082 0.937 0.74754 0.81 0.86215 0.899 0.59836 0.673 0.65373 0.727 0.58256 0.661 0.85509 0.894 0.5198 0.607 0.37606 0.47 0.25554 0.351 3p loss 31 (21%) 119 0.063319 0.122 0.00334 0.0133 0.01703 0.0463 0.31731 0.415 0.002 0.00932 0.00231 0.0104 0.00079999 0.00458 0.00046 0.0029 0.00186 0.009 0.00045 0.00286 3q loss 23 (15%) 127 0.98616 1 0.23784 0.332 0.04712 0.0993 0.15229 0.237 0.080849 0.148 0.03509 0.0797 0.061579 0.12 0.0491 0.103 0.03373 0.0769 0.17083 0.258 4p loss 94 (63%) 56 0.22993 0.323 0.02604 0.0638 0.35376 0.45 0.66589 0.739 0.04265 0.0919 0.077679 0.143 0.01762 0.0474 0.04449 0.0948 0.062339 0.121 0.01371 0.0395 4q loss 109 (73%) 41 0.068819 0.131 0.056789 0.112 0.49233 0.585 0.56358 0.647 0.02927 0.0694 0.0055299 0.0197 0.00174 0.00847 0.00498 0.0185 0.02984 0.0704 0.0079199 0.0265 5p loss 103 (69%) 47 0.01969 0.0511 0.13772 0.223 0.02743 0.0666 0.47744 0.572 0.11621 0.197 0.1338 0.22 0.51837 0.607 0.084109 0.153 0.11018 0.189 0.15768 0.244 5q loss 101 (67%) 49 5.9999e-05 0.000542 0.02243 0.0568 0.03969 0.087 0.26117 0.355 0.00277 0.0119 0.00349 0.0138 0.3874 0.482 0.01011 0.0315 0.02015 0.0519 0.01895 0.0499 6p loss 13 (9%) 137 0.23897 0.333 0.095949 0.169 0.30984 0.407 0.081489 0.148 0.24089 0.335 0.01459 0.0412 0.26839 0.36 0.11445 0.195 0.1852 0.273 0.48199 0.575 6q loss 16 (11%) 134 0.17425 0.262 0.12158 0.204 0.15892 0.245 0.062279 0.121 0.060549 0.118 0.00119 0.00629 0.11493 0.195 0.02767 0.0667 0.03552 0.0805 0.19 0.279 7q loss 4 (3%) 146 0.13352 0.22 1 1 0.40647 0.5 0.052209 0.106 0.79514 0.846 0.25847 0.354 0.38444 0.479 0.69678 0.763 0.81182 0.859 0.079909 0.147 8p loss 12 (8%) 138 0.37153 0.466 0.068719 0.131 0.02763 0.0667 0.0092299 0.0292 0.02149 0.055 0.04772 0.1 0.0096599 0.0304 0.00193 0.00915 0.0073899 0.0251 0.01627 0.0452 8q loss 5 (3%) 145 0.34122 0.437 0.19247 0.281 0.1221 0.204 0.01453 0.0412 0.01165 0.0348 0.01187 0.0352 0.00158 0.00806 0.00256 0.0111 0.00247 0.0109 0.00291 0.0123 9p loss 64 (43%) 86 0.00054999 0.00333 0.7175 0.781 0.51394 0.604 0.25954 0.354 0.39986 0.492 0.38806 0.482 0.8178 0.864 0.77289 0.826 0.83043 0.873 0.83114 0.873 9q loss 58 (39%) 92 9.9999e-06 0.000134 0.22683 0.321 0.14379 0.228 0.17484 0.262 0.28916 0.384 0.01782 0.0477 0.75954 0.82 0.39612 0.49 0.36795 0.465 0.26648 0.359 10p loss 77 (51%) 73 0.00247 0.0109 0.02292 0.0575 0.0081899 0.0266 0.0073399 0.025 0.03103 0.0718 0.0055299 0.0197 0.04208 0.0916 0.00061999 0.00369 0.00194 0.00915 0.00285 0.0122 10q loss 71 (47%) 79 0.00019 0.00148 0.01147 0.0346 0.054419 0.109 0.02378 0.0591 0.00438 0.0166 0.00142 0.00734 0.067659 0.13 0.00029 0.00196 0.00066999 0.00393 0.00023 0.00166 11p loss 99 (66%) 51 0.081309 0.148 0.0441 0.0942 0.093409 0.166 0.20443 0.295 0.092089 0.164 0.00038 0.00248 0.00026 0.00182 0.00029 0.00196 0.00448 0.0168 0.0054599 0.0197 11q loss 116 (77%) 34 0.00288 0.0122 0.10509 0.181 0.14679 0.231 0.077159 0.143 6.9999e-05 0.000625 9.9999e-06 0.000134 7.9999e-05 0.00069 0.00011 0.000907 0.00088999 0.00487 9.9999e-06 0.000134 13q loss 113 (75%) 37 0.01574 0.0439 0.22703 0.321 0.094299 0.167 0.051989 0.106 0.00047 0.00291 0.0012 0.00629 0.02699 0.0657 0.02321 0.058 0.097839 0.171 0.00069999 0.00407 14q loss 20 (13%) 130 0.10007 0.174 0.02406 0.0596 0.02792 0.0671 0.092069 0.164 0.00459 0.0171 3e-05 0.000326 0.03669 0.0826 0.00322 0.0131 0.00238 0.0107 0.00088999 0.00487 15q loss 29 (19%) 121 0.01765 0.0474 0.00026 0.00182 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 16p loss 44 (29%) 106 0.12124 0.203 0.01111 0.034 0.29008 0.384 0.24894 0.344 0.2331 0.326 0.26256 0.355 0.00305 0.0127 0.01126 0.0343 0.079169 0.146 0.13866 0.224 16q loss 51 (34%) 99 0.01863 0.0494 0.094679 0.167 0.65767 0.731 0.59009 0.667 0.71384 0.779 0.48224 0.575 0.01091 0.0335 0.12115 0.203 0.33029 0.427 0.12982 0.214 17p loss 37 (25%) 113 9.9999e-06 0.000134 0.1772 0.264 0.04473 0.095 0.00313 0.0128 0.00064999 0.00384 0.00021 0.00156 0.093339 0.166 0.00334 0.0133 0.0016 0.0081 9.9999e-06 0.000134 17q loss 19 (13%) 131 0.00397 0.0153 0.81935 0.864 0.76475 0.822 0.35163 0.448 0.14166 0.227 0.02815 0.0672 0.33756 0.435 0.15926 0.245 0.14238 0.227 0.13602 0.221 18p loss 118 (79%) 32 0.26822 0.36 0.0487 0.102 0.7155 0.78 1 1 0.52 0.607 0.23302 0.326 0.0058699 0.0209 0.01961 0.0511 0.16007 0.246 0.03695 0.0827 18q loss 122 (81%) 28 0.02934 0.0694 0.15328 0.238 0.50565 0.597 0.87502 0.909 0.21306 0.306 0.12333 0.205 0.01746 0.0473 0.03086 0.0717 0.20321 0.294 0.0080299 0.0265 19p loss 49 (33%) 101 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 19q loss 53 (35%) 97 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 20p loss 29 (19%) 121 0.38207 0.477 0.43618 0.53 0.41471 0.507 0.45056 0.545 0.20763 0.299 0.26027 0.354 0.03067 0.0717 0.24609 0.341 0.18198 0.27 0.0091199 0.0291 20q loss 15 (10%) 135 0.95572 0.978 0.74424 0.808 0.55309 0.638 0.32771 0.425 0.16955 0.257 0.35718 0.453 0.21624 0.31 0.41467 0.507 0.36362 0.461 0.46146 0.556 22q loss 43 (29%) 107 3e-05 0.000326 5e-05 0.000463 0.00166 0.00824 3e-05 0.000326 4e-05 4e-04 4e-05 4e-04 0.00014 0.00113 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 9.9999e-06 0.000134 xp loss 29 (19%) 121 0.00316 0.0129 0.0051999 0.019 0.76273 0.821 0.91676 0.942 0.04487 0.0951 0.17806 0.265 0.091949 0.164 0.092139 0.164 0.053949 0.108 0.01674 0.0457 xq loss 28 (19%) 122 2e-05 0.000234 0.00139 0.00724 0.074439 0.139 0.8019 0.852 0.02272 0.0574 0.14452 0.229 0.02355 0.0587 0.01148 0.0346 0.097459 0.171 0.0051799 0.019