Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1q21.2 69 (46%) 81 0.00107 0.00575 0.39535 0.472 0.31936 0.398 0.91562 0.927 0.14135 0.206 0.00085999 0.005 0.13445 0.199 0.93295 0.94 0.67299 0.719 0.13022 0.194 amp_2p24.1 62 (41%) 88 0.0083799 0.0253 0.00031 0.00242 0.19414 0.265 0.12861 0.193 0.03912 0.0776 0.0436 0.0842 0.02739 0.0593 0.0389 0.0775 0.04326 0.0838 0.01197 0.0323 amp_3p13 34 (23%) 116 0.01617 0.0402 0.15341 0.219 0.00012 0.0012 0.00159 0.00743 0.00058999 0.00399 0.01757 0.0433 0.14117 0.206 0.02069 0.049 0.0169 0.0418 0.03358 0.0694 amp_3q27.3 49 (33%) 101 0.41892 0.492 0.059159 0.105 0.00233 0.00975 0.00087999 0.00506 0.00018 0.00155 0.0078399 0.0242 0.00135 0.00668 0.00242 0.01 0.00106 0.00575 0.0097199 0.0286 amp_4q12 20 (13%) 130 4e-05 0.000513 0.80657 0.831 0.80375 0.83 0.45742 0.525 0.19697 0.267 0.39608 0.472 0.33921 0.415 0.33275 0.41 0.27841 0.357 0.24181 0.316 amp_7p22.1 126 (84%) 24 0.20846 0.279 0.072149 0.122 0.12545 0.19 0.091009 0.147 0.03161 0.0661 0.10439 0.164 0.01201 0.0323 0.01132 0.0322 0.02215 0.051 0.03857 0.0771 amp_7q11.22 120 (80%) 30 0.063279 0.111 0.02464 0.0542 0.01145 0.0322 0.057979 0.104 9.9999e-06 0.000161 0.00203 0.00891 2e-04 0.00167 0.00018 0.00155 9.9999e-05 0.00104 0.00088999 0.00506 amp_8q11.23 122 (81%) 28 0.00015 0.00142 0.0083399 0.0253 0.00060999 0.00401 0.00013 0.00127 9.9999e-06 0.000161 2e-05 0.000303 8.9999e-05 0.001 9.9999e-06 0.000161 3e-05 0.000417 5e-05 0.000581 amp_8q23.3 108 (72%) 42 0.10342 0.163 0.00183 0.00832 0.0241 0.0538 0.01099 0.0318 0.00033 0.0025 0.00056999 0.00396 2e-05 0.000303 9.9999e-05 0.00104 0.00032 0.00246 0.0088599 0.0265 amp_12p13.33 145 (97%) 5 0.19492 0.266 0.39695 0.472 0.15038 0.217 0.03735 0.0753 0.21625 0.288 0.6853 0.723 0.31995 0.398 0.082779 0.137 0.086819 0.141 0.47287 0.54 amp_12p12.1 147 (98%) 3 0.10759 0.169 0.1036 0.163 0.29429 0.37 0.23373 0.309 0.077479 0.13 0.56184 0.616 0.058889 0.105 0.33877 0.415 0.32645 0.405 0.1246 0.189 amp_12p11.21 144 (96%) 6 0.095959 0.154 0.19345 0.265 0.15284 0.219 0.03607 0.0734 0.15556 0.221 0.49639 0.56 0.20608 0.278 0.0361 0.0734 0.03819 0.0767 0.19391 0.265 amp_12q15 100 (67%) 50 0.86902 0.89 0.88723 0.904 0.38955 0.468 1 1 0.4972 0.56 0.73464 0.767 0.42957 0.499 0.51188 0.571 0.52444 0.583 0.47785 0.544 amp_16q21 21 (14%) 129 0.0053199 0.018 0.0191 0.0466 0.00335 0.0131 0.00119 0.00626 0.04646 0.088 0.0077699 0.0242 0.0014 0.0068 0.0084099 0.0253 0.00234 0.00975 0.00287 0.0117 amp_20q11.21 51 (34%) 99 0.03659 0.0741 0.00098999 0.00544 0.01946 0.047 0.01452 0.037 0.083489 0.137 0.03373 0.0694 0.01148 0.0322 0.0068699 0.0219 0.01018 0.0296 0.04214 0.082 amp_22q11.21 57 (38%) 93 9.9999e-06 0.000161 0.074909 0.127 0.01184 0.0323 0.0057399 0.019 9.9999e-06 0.000161 9.9999e-06 0.000161 0.02489 0.0543 0.00019 0.00161 0.00025 0.00202 5e-05 0.000581 del_1p36.31 34 (23%) 116 0.63952 0.686 0.056079 0.103 0.15802 0.224 0.057379 0.104 0.066839 0.115 0.050159 0.0936 0.0052399 0.018 0.00473 0.0168 0.00195 0.00878 0.0146 0.0371 del_1p31.1 27 (18%) 123 0.02002 0.0479 0.27243 0.351 0.35474 0.431 0.04894 0.0917 0.67644 0.719 0.72696 0.76 0.0078699 0.0242 0.15339 0.219 0.064199 0.112 0.42956 0.499 del_1q42.12 9 (6%) 141 0.094259 0.152 0.066729 0.115 0.83129 0.853 0.2882 0.365 0.62041 0.67 0.19555 0.266 0.12321 0.188 0.12719 0.192 0.50056 0.562 0.01303 0.0345 del_2q37.3 15 (10%) 135 0.56123 0.616 0.01998 0.0479 0.41104 0.485 0.25245 0.327 0.34372 0.418 0.1734 0.241 0.3812 0.459 0.11731 0.181 0.10858 0.17 0.2424 0.316 del_3p26.2 41 (27%) 109 0.02462 0.0542 0.00349 0.0133 0.089679 0.146 0.50515 0.565 0.0078899 0.0242 0.00442 0.0159 0.0037 0.014 0.00348 0.0133 0.0013 0.0065 0.00016 0.00148 del_4q22.2 110 (73%) 40 0.02503 0.0544 0.086669 0.141 0.67993 0.719 0.55926 0.616 0.0092399 0.0273 0.00142 0.00683 0.00065999 0.00412 0.00421 0.0155 0.02943 0.0624 0.00494 0.0174 del_5p15.2 101 (67%) 49 0.0398 0.078 0.40664 0.481 0.11865 0.183 0.488 0.553 0.48903 0.553 0.45796 0.525 0.54969 0.607 0.24107 0.316 0.2843 0.362 0.28603 0.363 del_5p14.3 103 (69%) 47 0.059099 0.105 0.16794 0.235 0.02094 0.0494 0.70473 0.742 0.27824 0.357 0.29469 0.37 0.79516 0.825 0.15191 0.219 0.19781 0.267 0.28219 0.36 del_5q12.1 105 (70%) 45 0.00062999 0.00404 0.066729 0.115 0.01111 0.0319 0.33168 0.409 0.01183 0.0323 0.0074499 0.0236 0.45096 0.521 0.0239 0.0536 0.02904 0.0621 0.03951 0.078 del_6p22.3 24 (16%) 126 0.00024 0.00197 0.00233 0.00975 0.00017 0.00152 0.00077999 0.00459 0.02198 0.0509 0.01159 0.0323 0.0050099 0.0175 0.00345 0.0133 0.00334 0.0131 0.0055299 0.0184 del_6q26 26 (17%) 124 0.10237 0.162 0.03967 0.078 0.02473 0.0542 0.01436 0.0368 0.00076999 0.00459 0.0013 0.0065 0.01789 0.0438 0.0050499 0.0175 0.00446 0.0159 0.02339 0.0529 del_7q11.22 4 (3%) 146 0.10129 0.162 0.062669 0.11 0.11994 0.184 0.02817 0.0607 0.079229 0.132 0.02927 0.0623 0.0053099 0.018 0.0089399 0.0266 0.01017 0.0296 0.02263 0.0517 del_7q35 13 (9%) 137 0.01368 0.0356 0.40398 0.479 0.58698 0.638 0.057789 0.104 0.14231 0.207 0.01146 0.0322 0.26744 0.346 0.80789 0.831 0.43024 0.499 0.03225 0.0672 del_9p24.3 70 (47%) 80 0.03076 0.0649 0.32914 0.407 0.66818 0.715 0.42415 0.495 0.46487 0.532 0.80324 0.83 0.33923 0.415 0.67791 0.719 1 1 0.87111 0.891 del_9p23 66 (44%) 84 0.00049 0.0035 0.60778 0.658 0.51958 0.579 0.34161 0.417 0.37745 0.457 0.52674 0.584 0.5848 0.637 0.9097 0.923 0.93206 0.94 0.88817 0.904 del_9q33.3 60 (40%) 90 0.00017 0.00152 0.12348 0.188 0.12718 0.192 0.054909 0.102 0.067949 0.116 0.01556 0.0391 0.67763 0.719 0.055269 0.102 0.16393 0.23 0.24171 0.316 del_9q34.2 60 (40%) 90 0.00098999 0.00544 0.068169 0.116 0.12827 0.193 0.055409 0.102 0.059329 0.105 0.00402 0.015 0.53744 0.595 0.02844 0.061 0.14263 0.207 0.13123 0.195 del_10p15.3 84 (56%) 66 0.00015 0.00142 0.02011 0.0479 0.00408 0.0151 0.00267 0.0109 0.0054199 0.0182 0.00126 0.00649 0.03463 0.071 0.00064999 0.00411 3e-04 0.00238 0.00144 0.00686 del_10q23.1 71 (47%) 79 0.00051999 0.00366 0.00403 0.015 0.02438 0.0542 0.01364 0.0356 0.00216 0.00927 0.00037 0.00276 0.02337 0.0529 3e-05 0.000417 9.9999e-05 0.00104 3e-05 0.000417 del_10q26.3 76 (51%) 74 9.9999e-06 0.000161 0.00077999 0.00459 0.01217 0.0325 0.00308 0.0123 0.00041 0.00301 0.00011 0.00112 0.0441 0.0845 5e-05 0.000581 5e-05 0.000581 4e-05 0.000513 del_11p15.5 94 (63%) 56 0.17975 0.249 0.04861 0.0917 0.15949 0.225 0.4498 0.521 0.082769 0.137 0.00427 0.0156 0.00217 0.00927 0.00204 0.00891 0.0061799 0.0202 0.01191 0.0323 del_11p12 99 (66%) 51 0.42069 0.493 0.04647 0.088 0.13823 0.203 0.48889 0.553 0.1094 0.17 0.0052899 0.018 0.00076999 0.00459 0.00128 0.0065 0.0063399 0.0205 0.01264 0.0336 del_11q12.3 114 (76%) 36 0.00089999 0.00506 0.18842 0.26 0.03241 0.0672 0.02168 0.0507 4e-05 0.000513 9.9999e-06 0.000161 9.9999e-06 0.000161 9.9999e-06 0.000161 7.9999e-05 0.000909 9.9999e-06 0.000161 del_11q24.3 122 (81%) 28 0.00060999 0.00401 0.57203 0.624 0.58835 0.638 0.30944 0.388 0.00205 0.00891 0.00058999 0.00399 0.00314 0.0125 0.0060799 0.02 0.01555 0.0391 0.00047 0.00341 del_13q34 113 (75%) 37 0.01324 0.0348 0.31599 0.395 0.11222 0.174 0.15943 0.225 0.00073999 0.00457 0.00198 0.00884 0.16455 0.23 0.13087 0.195 0.21944 0.291 0.00112 0.00596 del_16q23.1 66 (44%) 84 0.00062999 0.00404 0.0223 0.0511 0.67854 0.719 0.38083 0.459 0.29469 0.37 0.39465 0.472 0.056239 0.103 0.20737 0.278 0.56844 0.622 0.01615 0.0402 del_16q23.3 67 (45%) 83 0.00138 0.00676 0.00304 0.0123 0.76429 0.794 0.19205 0.265 0.04498 0.0858 0.085419 0.14 0.00177 0.00819 0.02183 0.0508 0.17189 0.239 0.01422 0.0366 del_18p11.32 118 (79%) 32 0.50181 0.563 0.15465 0.22 0.71021 0.746 0.95926 0.963 0.62688 0.674 0.24819 0.322 0.04399 0.0845 0.01934 0.0469 0.28139 0.36 0.067559 0.116 del_18q22.3 125 (83%) 25 0.01187 0.0323 0.13803 0.203 0.72017 0.755 0.95243 0.958 0.20652 0.278 0.13475 0.199 0.02364 0.0532 0.04051 0.0791 0.23549 0.311 0.0076499 0.0241 del_19q13.33 58 (39%) 92 9.9999e-06 0.000161 9.9999e-06 0.000161 9.9999e-06 0.000161 9.9999e-06 0.000161 9.9999e-06 0.000161 9.9999e-06 0.000161 9.9999e-06 0.000161 9.9999e-06 0.000161 9.9999e-06 0.000161 9.9999e-06 0.000161 del_19q13.42 57 (38%) 93 9.9999e-06 0.000161 9.9999e-06 0.000161 9.9999e-06 0.000161 9.9999e-06 0.000161 9.9999e-06 0.000161 9.9999e-06 0.000161 9.9999e-06 0.000161 9.9999e-06 0.000161 9.9999e-06 0.000161 9.9999e-06 0.000161 del_20p12.1 29 (19%) 121 0.21879 0.291 0.39727 0.472 0.41426 0.487 0.45414 0.523 0.078259 0.13 0.093839 0.151 0.03123 0.0656 0.24137 0.316 0.061139 0.108 0.00179 0.00821 del_xp21.1 28 (19%) 122 0.075429 0.127 0.00441 0.0159 0.90054 0.915 0.62156 0.67 0.076199 0.128 0.051339 0.0954 0.057189 0.104 0.072249 0.122 0.04899 0.0917 0.0067499 0.0216 del_xq27.3 30 (20%) 120 0.00149 0.00703 0.00124 0.00646 0.11721 0.181 0.7441 0.775 0.0063099 0.0205 0.063149 0.111 0.01375 0.0356 0.01202 0.0323 0.10212 0.162 0.0212 0.0498