Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 6 (5%) 117 0.01087 0.0255 0.0073799 0.0192 0.094959 0.138 0.13116 0.179 0.052569 0.0848 0.02121 0.0432 0.02283 0.0457 0.17557 0.223 0.0080799 0.0204 0.064279 0.101 1q gain 23 (19%) 100 4e-04 0.00234 9.9999e-06 0.000159 0.00043 0.00249 9.9999e-06 0.000159 9.9999e-06 0.000159 9.9999e-06 0.000159 9.9999e-06 0.000159 9.9999e-06 0.000159 9.9999e-06 0.000159 9.9999e-06 0.000159 3q gain 5 (4%) 118 0.75458 0.795 0.37392 0.421 0.056429 0.0897 0.01419 0.032 0.21118 0.261 0.03727 0.0653 0.74433 0.786 0.0051299 0.0147 0.16496 0.214 0.24325 0.292 5p gain 11 (9%) 112 0.095209 0.138 2e-05 0.000283 0.065589 0.102 0.003 0.00962 0.00185 0.00709 0.00141 0.00575 0.00036 0.00219 0.01298 0.0298 9.9999e-06 0.000159 0.00224 0.00822 5q gain 9 (7%) 114 0.24468 0.292 7.9999e-05 0.00068 0.14338 0.191 0.0093699 0.0229 0.0089799 0.0223 0.0071499 0.0187 0.00099999 0.00436 0.01632 0.0354 5.9999e-05 0.000556 0.0059099 0.0166 7p gain 16 (13%) 107 0.00069999 0.00343 9.9999e-06 0.000159 0.02471 0.049 0.00389 0.0119 9.9999e-06 0.000159 9.9999e-06 0.000159 9.9999e-06 0.000159 7.9999e-05 0.00068 9.9999e-06 0.000159 3e-05 0.000356 7q gain 16 (13%) 107 0.00062999 0.00321 9.9999e-06 0.000159 0.02514 0.0491 0.00413 0.0125 3e-05 0.000356 9.9999e-06 0.000159 9.9999e-06 0.000159 9.9999e-05 0.000797 9.9999e-06 0.000159 5e-05 5e-04 8p gain 12 (10%) 111 0.099509 0.142 8.9999e-05 0.000752 0.40015 0.444 0.0043 0.0129 0.00046 0.00258 0.00017 0.00122 0.00034 0.00211 0.00185 0.00709 9.9999e-05 0.000797 0.00076999 0.0036 8q gain 12 (10%) 111 0.099309 0.142 3e-05 0.000356 0.40437 0.446 0.00407 0.0124 5e-04 0.00271 0.00019 0.00133 0.00053999 0.00287 0.00195 0.00742 5.9999e-05 0.000556 0.00069999 0.00343 9p gain 11 (9%) 112 0.00027 0.00177 0.00071999 0.0035 0.54509 0.59 0.38403 0.43 0.00039 0.00231 0.00094999 0.00421 4e-05 0.000425 0.0054499 0.0155 9.9999e-05 0.000797 0.00268 0.00893 9q gain 11 (9%) 112 0.00032 0.00201 0.00056999 0.00297 0.54237 0.589 0.38583 0.431 0.00050999 0.00274 0.00077999 0.00362 9.9999e-06 0.000159 0.0060899 0.0168 7.9999e-05 0.00068 0.00283 0.00925 12p gain 4 (3%) 119 0.02817 0.0538 0.0079599 0.0202 0.19233 0.24 0.02863 0.0541 0.00489 0.0143 0.00232 0.00839 0.11412 0.161 0.02678 0.0517 0.04906 0.0814 0.14741 0.195 12q gain 4 (3%) 119 0.02811 0.0538 0.0077999 0.02 0.19414 0.242 0.03043 0.0562 0.00471 0.014 0.00226 0.00823 0.11608 0.162 0.02736 0.0527 0.04779 0.0802 0.14764 0.195 14q gain 13 (11%) 110 0.00036 0.00219 9.9999e-06 0.000159 0.26812 0.317 0.02977 0.0556 2e-05 0.000283 5.9999e-05 0.000556 4e-05 0.000425 0.00011 0.00085 9.9999e-06 0.000159 4e-05 0.000425 15q gain 12 (10%) 111 0.24378 0.292 0.00090999 0.00411 0.88652 0.93 0.66565 0.706 0.02128 0.0432 0.0091799 0.0226 0.00266 0.00893 0.02147 0.0435 0.00068999 0.00343 0.01566 0.0345 17q gain 7 (6%) 116 0.00106 0.00454 0.12425 0.171 0.086909 0.128 0.13768 0.187 0.050399 0.0826 0.00353 0.0113 0.79608 0.837 0.067719 0.105 0.18189 0.231 0.39288 0.437 18p gain 3 (2%) 120 0.16575 0.214 0.052419 0.0848 NA NA NA NA 0.066279 0.103 0.02934 0.055 0.22996 0.28 0.28467 0.335 0.075569 0.115 0.43801 0.482 18q gain 3 (2%) 120 0.16663 0.214 0.051719 0.0842 NA NA NA NA 0.065639 0.102 0.03025 0.0561 0.23129 0.28 0.28497 0.335 0.076529 0.115 0.43952 0.482 19p gain 3 (2%) 120 0.25605 0.304 0.15081 0.198 NA NA NA NA 0.35428 0.403 0.32745 0.381 0.054709 0.0872 0.61398 0.655 0.075779 0.115 0.43937 0.482 19q gain 3 (2%) 120 0.25606 0.304 0.15214 0.199 NA NA NA NA 0.35507 0.403 0.32871 0.382 0.052749 0.0849 0.61276 0.655 0.076789 0.116 0.44067 0.482 20p gain 10 (8%) 113 0.1748 0.223 0.00075999 0.00359 0.0050999 0.0147 0.00023 0.00156 0.00151 0.00597 3e-04 0.00191 0.02842 0.0539 0.0115 0.0265 5e-05 5e-04 0.01762 0.0367 20q gain 10 (8%) 113 0.1728 0.221 0.00059999 0.00309 0.0050699 0.0147 0.00019 0.00133 0.00144 0.00578 0.00039 0.00231 0.02843 0.0539 0.01025 0.0245 5e-05 5e-04 0.01742 0.0364 21q gain 3 (2%) 120 0.16792 0.215 0.3801 0.427 0.36935 0.419 0.20393 0.253 0.4928 0.538 0.18691 0.235 0.65842 0.7 0.34175 0.392 0.61405 0.655 0.61983 0.66 22q gain 4 (3%) 119 0.081629 0.121 0.01658 0.0357 NA NA NA NA 0.13691 0.186 0.18501 0.234 0.11493 0.161 0.52768 0.574 0.04913 0.0814 0.14647 0.195 xq gain 4 (3%) 119 0.081159 0.121 0.01661 0.0357 NA NA NA NA 0.13796 0.187 0.18468 0.234 0.054109 0.0865 0.31511 0.369 0.04758 0.0801 0.25204 0.3 1p loss 5 (4%) 118 0.15088 0.198 0.0071199 0.0187 0.37404 0.421 0.01437 0.0321 0.0077499 0.02 0.02373 0.0473 0.03986 0.0693 0.23096 0.28 0.03166 0.0578 0.12639 0.174 3p loss 12 (10%) 111 0.00369 0.0115 9.9999e-06 0.000159 0.03811 0.0666 9.9999e-06 0.000159 0.00106 0.00454 0.00082999 0.00381 0.00045 0.00255 0.00455 0.0136 9.9999e-06 0.000159 0.00098999 0.00435 3q loss 7 (6%) 116 0.03615 0.064 0.002 0.0075 0.087189 0.128 0.00107 0.00455 0.03538 0.0635 0.03171 0.0578 0.01127 0.0262 0.085149 0.126 0.00259 0.00893 0.02659 0.0516 4p loss 5 (4%) 118 0.4043 0.446 0.22181 0.272 NA NA NA NA 0.050209 0.0826 0.065339 0.102 0.15779 0.206 0.38484 0.43 0.03089 0.0569 0.22751 0.278 4q loss 4 (3%) 119 0.34052 0.392 0.38839 0.432 NA NA NA NA 0.13886 0.187 0.18568 0.234 0.16621 0.214 0.11782 0.164 0.0482 0.0806 0.04351 0.0745 6p loss 21 (17%) 102 0.00054999 0.00289 9.9999e-06 0.000159 5.9999e-05 0.000556 4e-05 0.000425 9.9999e-06 0.000159 2e-05 0.000283 9.9999e-06 0.000159 0.00015 0.00112 9.9999e-06 0.000159 3e-05 0.000356 6q loss 20 (16%) 103 0.00027 0.00177 9.9999e-06 0.000159 0.00024 0.00161 6.9999e-05 0.000626 3e-05 0.000356 0.00013 0.00099 0.00029 0.00187 0.0016 0.00628 9.9999e-06 0.000159 0.00093999 0.00421 9p loss 4 (3%) 119 0.00145 0.00578 0.075219 0.115 0.18924 0.237 0.20065 0.25 0.02171 0.0436 0.00361 0.0114 1 1 0.058939 0.0931 0.68943 0.729 0.33647 0.388 10p loss 3 (2%) 120 0.077239 0.116 0.10931 0.155 NA NA NA NA 0.02125 0.0432 0.02167 0.0436 1 1 0.01491 0.0331 0.61264 0.655 0.55448 0.599 11p loss 9 (7%) 114 0.0097799 0.0236 0.00011 0.00085 0.01622 0.0354 0.00118 0.00489 0.0090999 0.0225 0.0069499 0.0186 0.00369 0.0115 0.051059 0.0835 0.00017 0.00122 0.01065 0.0253 11q loss 7 (6%) 116 0.01938 0.04 0.00074999 0.00357 0.04755 0.0801 0.0061599 0.0168 0.03585 0.0637 0.01434 0.0321 0.01098 0.0257 0.11296 0.16 0.00266 0.00893 0.02609 0.0508 12p loss 8 (7%) 115 0.00287 0.00926 0.0055499 0.0157 0.01712 0.0361 0.00246 0.00875 0.0088299 0.0221 0.01402 0.0318 0.0067399 0.0181 0.053099 0.0852 0.0092599 0.0227 0.01589 0.0348 12q loss 7 (6%) 116 0.0079799 0.0202 0.00109 0.00456 0.01697 0.0361 0.00282 0.00925 0.0088399 0.0221 0.01346 0.0306 0.01133 0.0263 0.12083 0.167 0.00264 0.00893 0.03644 0.0641 13q loss 14 (11%) 109 0.0050099 0.0146 0.00067999 0.00343 0.0061099 0.0168 0.04068 0.0701 0.070239 0.108 0.050149 0.0826 0.28917 0.339 0.58046 0.625 0.00203 0.00756 0.34526 0.394 16p loss 5 (4%) 118 0.12376 0.171 0.04523 0.0771 0.37376 0.421 0.01445 0.0322 0.21316 0.263 0.11534 0.162 0.15844 0.206 0.5756 0.621 0.16461 0.214 0.34305 0.392 16q loss 13 (11%) 110 0.00083999 0.00382 9.9999e-06 0.000159 0.078269 0.117 4e-05 0.000425 3e-05 0.000356 9.9999e-06 0.000159 0.03514 0.0633 2e-05 0.000283 0.00073999 0.00356 0.00166 0.00646 17p loss 14 (11%) 109 0.0097999 0.0236 0.00278 0.00921 0.00482 0.0142 0.00021 0.00145 0.01922 0.0398 0.00109 0.00456 0.26903 0.318 0.00197 0.00744 0.00236 0.00848 0.02874 0.0541 17q loss 6 (5%) 117 0.076079 0.115 0.04554 0.0774 0.1392 0.187 0.00257 0.00893 0.34319 0.392 0.14711 0.195 0.21627 0.266 0.23409 0.282 0.11628 0.162 0.20592 0.255 18p loss 7 (6%) 116 0.04734 0.0801 0.0358 0.0637 0.01693 0.0361 0.097389 0.14 0.0347 0.0628 0.03177 0.0578 0.0037 0.0115 0.095469 0.138 0.00247 0.00875 0.02496 0.049 18q loss 7 (6%) 116 0.04857 0.0809 0.03634 0.0641 0.01741 0.0364 0.098619 0.142 0.03575 0.0637 0.03186 0.0578 0.00382 0.0118 0.096059 0.139 0.00217 0.00802 0.02488 0.049 19p loss 3 (2%) 120 0.0067299 0.0181 0.00268 0.00893 NA NA NA NA 0.00137 0.00563 0.00047 0.00261 0.23353 0.282 0.0096199 0.0234 0.077399 0.116 0.058889 0.0931 19q loss 3 (2%) 120 0.0059499 0.0166 0.00287 0.00926 NA NA NA NA 0.00143 0.00578 0.00045 0.00255 0.23092 0.28 0.01049 0.025 0.075409 0.115 0.059309 0.0934 21q loss 9 (7%) 114 0.0069899 0.0186 6.9999e-05 0.000626 0.01688 0.0361 0.00256 0.00893 0.0066099 0.0179 0.0071099 0.0187 0.00389 0.0119 0.051819 0.0842 0.00016 0.00118 0.0077599 0.02 22q loss 13 (11%) 110 3e-05 0.000356 0.01081 0.0255 0.10451 0.149 0.04041 0.0699 0.089619 0.131 0.04313 0.0741 0.32532 0.38 0.33242 0.384 0.0059999 0.0166 0.33059 0.383 xp loss 8 (7%) 115 0.14036 0.188 0.0057399 0.0162 0.52114 0.568 0.02492 0.049 0.01974 0.0406 0.01345 0.0306 0.01706 0.0361 0.13693 0.186 5e-04 0.00271 0.10923 0.155 xq loss 5 (4%) 118 0.14747 0.195 0.0157 0.0345 0.13977 0.188 0.00263 0.00893 0.070509 0.108 0.091739 0.134 0.03993 0.0693 0.22945 0.28 0.03011 0.056 0.12961 0.178