		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1p34.2	101 (25%)	307	9.9999e-06	9.73e-05	0.0074099	0.0261	0.28743	0.396	0.65227	0.719	0.18396	0.291	0.098079	0.178	0.065039	0.134	0.0237	0.062	0.28328	0.393	0.095779	0.176
amp_1q21.3	202 (50%)	206	9.9999e-06	9.73e-05	0.0058899	0.0215	0.3371	0.445	0.63518	0.705	0.0092999	0.0304	0.11594	0.204	0.01331	0.0399	0.090869	0.169	0.69211	0.759	0.0351	0.0835
amp_1q23.3	216 (53%)	192	9.9999e-06	9.73e-05	0.04094	0.094	0.060519	0.128	0.85834	0.893	0.02853	0.0716	0.02516	0.0654	0.00156	0.00735	0.00079999	0.00436	0.04475	0.101	0.01077	0.0336
amp_2p25.1	152 (37%)	256	9.9999e-06	9.73e-05	2e-05	0.000182	0.21927	0.331	0.62435	0.697	0.00034	0.00214	2e-05	0.000182	0.0052099	0.0193	0.0080199	0.0276	0.0379	0.0884	0.00053999	0.00313
amp_3p25.2	190 (47%)	218	9.9999e-06	9.73e-05	9.9999e-06	9.73e-05	0.2237	0.334	0.02651	0.0681	9.9999e-06	9.73e-05	9.9999e-06	9.73e-05	0.00012	0.000903	0.00012	0.000903	9.9999e-06	9.73e-05	9.9999e-06	9.73e-05
amp_3q26.33	218 (53%)	190	9.9999e-06	9.73e-05	0.89368	0.92	0.0018	0.00811	0.18668	0.294	0.15897	0.261	0.02257	0.0599	0.01029	0.0329	0.17759	0.284	0.28153	0.391	0.076939	0.15
amp_4p16.3	74 (18%)	334	0.02832	0.0714	0.03001	0.0738	0.00373	0.015	2e-04	0.00142	0.0179	0.0501	5.9999e-05	0.000487	0.00026	0.00177	0.00124	0.00612	0.02172	0.0582	0.00202	0.00888
amp_4q13.3	62 (15%)	346	9.9999e-06	9.73e-05	0.02994	0.0738	0.28134	0.391	0.65953	0.725	0.39305	0.496	0.44682	0.546	0.085039	0.162	0.091789	0.17	0.11774	0.206	0.00162	0.00748
amp_5p15.33	206 (50%)	202	9.9999e-06	9.73e-05	0.061129	0.128	0.00053999	0.00313	0.01401	0.0416	0.0081499	0.0279	0.01953	0.0536	0.00472	0.0178	0.01668	0.0472	0.084109	0.162	0.00463	0.0177
amp_6p22.3	171 (42%)	237	9.9999e-06	9.73e-05	5e-05	0.00042	0.04588	0.103	0.91317	0.936	0.00158	0.00739	0.54852	0.626	0.27387	0.384	0.39521	0.498	0.3317	0.44	0.27482	0.385
amp_6q21	35 (9%)	373	0.00068999	0.0039	0.061679	0.128	0.22095	0.333	0.38913	0.495	0.00070999	0.00396	0.058509	0.124	0.58058	0.655	0.89796	0.922	0.27114	0.381	0.71142	0.775
amp_6q23.3	46 (11%)	362	0.0051799	0.0193	0.62447	0.697	0.46708	0.565	0.22398	0.334	0.01101	0.0342	0.82863	0.873	0.20514	0.318	0.02991	0.0738	0.17794	0.284	0.16057	0.263
amp_7p21.1	201 (49%)	207	9.9999e-06	9.73e-05	0.00359	0.0147	0.02177	0.0582	0.093249	0.172	0.01334	0.0399	0.02308	0.061	0.060069	0.127	0.31161	0.422	0.15107	0.255	0.15438	0.258
amp_7p11.2	190 (47%)	218	9.9999e-06	9.73e-05	0.0084399	0.0285	0.00173	0.00789	0.21838	0.33	0.061319	0.128	0.25647	0.365	0.088109	0.166	0.64495	0.713	0.073669	0.147	0.089489	0.168
amp_8p11.23	124 (30%)	284	9.9999e-06	9.73e-05	0.0179	0.0501	0.53357	0.615	0.34365	0.453	0.27857	0.389	0.21271	0.324	0.2645	0.375	0.47604	0.573	0.86641	0.898	0.84873	0.887
amp_8p11.21	140 (34%)	268	9.9999e-06	9.73e-05	0.00070999	0.00396	0.087299	0.165	0.61096	0.684	0.28528	0.394	0.31298	0.423	0.77323	0.829	0.0367	0.0861	0.55516	0.632	0.48217	0.577
amp_8q22.3	264 (65%)	144	9.9999e-06	9.73e-05	7.9999e-05	0.000621	0.01237	0.0375	0.83442	0.876	0.44672	0.546	0.25385	0.363	0.099209	0.179	0.03369	0.0804	0.03266	0.0784	0.18628	0.294
amp_8q24.21	254 (62%)	154	9.9999e-06	9.73e-05	0.00125	0.00612	0.00034	0.00214	0.1716	0.277	0.38569	0.493	0.71942	0.78	0.04924	0.109	0.01424	0.0419	0.20109	0.312	0.23979	0.348
amp_9p24.1	88 (22%)	320	9.9999e-06	9.73e-05	0.00406	0.0162	0.03086	0.0751	0.0090899	0.0299	0.02371	0.062	0.00167	0.00767	0.0079199	0.0275	0.49496	0.585	0.00015	0.00109	0.00097999	0.005
amp_10p14	182 (45%)	226	9.9999e-06	9.73e-05	9.9999e-06	9.73e-05	0.25237	0.362	0.16425	0.267	0.00451	0.0175	5e-05	0.00042	0.15422	0.258	0.067889	0.138	0.38032	0.489	0.16778	0.272
amp_11p13	51 (12%)	357	9.9999e-06	9.73e-05	0.00361	0.0147	0.00147	0.00697	0.03628	0.0855	0.02502	0.0652	0.00083999	0.00451	0.00078999	0.00434	0.71269	0.775	0.03083	0.0751	0.00031	0.00199
amp_11q13.3	135 (33%)	273	3e-05	0.000264	0.13324	0.229	0.81561	0.864	0.085359	0.162	0.057299	0.123	0.32499	0.436	0.1087	0.193	0.43356	0.536	0.19745	0.309	0.11843	0.206
amp_11q22.2	71 (17%)	337	2e-05	0.000182	0.39132	0.495	0.88764	0.915	0.41259	0.515	0.21208	0.324	0.1644	0.267	0.00090999	0.00478	0.01986	0.0543	0.00026	0.00177	0.01409	0.0416
amp_12p12.1	132 (32%)	276	5.9999e-05	0.000487	0.065189	0.134	0.088809	0.167	0.86899	0.9	0.21805	0.33	0.63032	0.7	0.3038	0.414	0.4214	0.525	0.23233	0.343	0.02355	0.062
amp_12q15	118 (29%)	290	6.9999e-05	0.000562	0.37789	0.487	0.88507	0.915	0.57788	0.653	0.02552	0.0658	0.0090999	0.0299	0.00397	0.0159	0.0363	0.0855	0.0026	0.0111	7.9999e-05	0.000621
amp_13q22.1	128 (31%)	280	9.9999e-06	9.73e-05	0.93306	0.949	0.31946	0.43	0.82074	0.867	0.96957	0.975	0.37078	0.48	0.3771	0.487	0.72717	0.785	0.86336	0.897	0.99424	0.994
amp_16p13.2	87 (21%)	321	9.9999e-06	9.73e-05	0.00044	0.00265	0.98571	0.987	0.78153	0.837	0.0081799	0.0279	0.084949	0.162	0.20606	0.318	0.28423	0.394	0.50693	0.593	0.40811	0.512
amp_16p11.2	98 (24%)	310	9.9999e-06	9.73e-05	0.01899	0.0524	0.7237	0.784	0.51194	0.595	0.42881	0.532	0.39036	0.495	0.54538	0.624	0.37797	0.487	0.93751	0.951	0.82992	0.873
amp_16q22.1	108 (26%)	300	9.9999e-06	9.73e-05	0.56299	0.639	0.32551	0.436	0.27047	0.381	0.47467	0.573	0.00466	0.0177	0.051739	0.113	0.01473	0.0429	0.02916	0.0729	0.17033	0.275
amp_17p11.2	88 (22%)	320	0.00468	0.0177	0.15228	0.256	0.65448	0.721	0.93672	0.951	0.2329	0.343	0.62602	0.698	0.38778	0.495	0.2239	0.334	0.30978	0.42	0.47754	0.574
amp_17q11.2	174 (43%)	234	9.9999e-06	9.73e-05	9.9999e-06	9.73e-05	0.10559	0.188	0.1643	0.267	0.00051999	0.00306	0.00031	0.00199	0.062979	0.131	0.53805	0.619	0.00248	0.0106	0.0099999	0.0322
amp_17q12	165 (40%)	243	9.9999e-06	9.73e-05	0.03251	0.0783	0.2056	0.318	0.14823	0.251	0.094139	0.173	0.03523	0.0835	0.03709	0.0868	0.10578	0.188	0.0090899	0.0299	0.0090899	0.0299
amp_17q23.3	194 (48%)	214	9.9999e-06	9.73e-05	0.03206	0.0778	0.11706	0.205	0.85598	0.892	0.42906	0.532	0.3625	0.47	0.43501	0.536	0.28615	0.395	0.1311	0.226	0.35644	0.465
amp_19q12	164 (40%)	244	9.9999e-06	9.73e-05	0.00235	0.0102	0.23576	0.344	0.79601	0.847	0.22985	0.34	0.11508	0.203	0.15608	0.258	0.04268	0.0968	0.24687	0.355	0.17568	0.281
amp_19q13.43	155 (38%)	253	9.9999e-06	9.73e-05	0.0063599	0.0229	0.089659	0.168	0.65225	0.719	0.34406	0.453	0.5474	0.625	0.10338	0.185	0.29637	0.407	0.04722	0.105	0.083009	0.16
amp_20q11.21	263 (64%)	145	9.9999e-06	9.73e-05	0.069169	0.139	0.14058	0.241	0.50824	0.594	0.22973	0.34	0.02674	0.0685	0.21102	0.324	0.15601	0.258	0.066109	0.135	0.04688	0.105
amp_22q12.2	87 (21%)	321	7.9999e-05	0.000621	0.053289	0.116	0.78402	0.838	0.75189	0.808	0.1731	0.278	0.061609	0.128	0.097989	0.178	0.857	0.892	0.44239	0.543	0.92285	0.944
del_1p36.11	91 (22%)	317	0.14113	0.241	0.01597	0.0461	0.096929	0.177	0.32625	0.436	0.075929	0.15	0.95225	0.96	0.36261	0.47	0.055979	0.12	0.45596	0.556	0.69957	0.765
del_1q32.1	72 (18%)	336	0.00028	0.00186	0.02795	0.0708	0.59679	0.671	0.19542	0.306	0.45912	0.559	0.04467	0.101	0.43085	0.533	0.73436	0.792	0.55871	0.635	0.64103	0.71
del_2q22.1	134 (33%)	274	0.00127	0.00614	0.0076999	0.0269	0.49172	0.583	0.97608	0.98	0.00036	0.00223	0.15963	0.262	0.17312	0.278	0.38181	0.49	0.071969	0.144	0.698	0.764
del_2q34	174 (43%)	234	9.9999e-06	9.73e-05	0.00097999	0.005	0.0066199	0.0237	0.48527	0.579	0.0076699	0.0269	0.10843	0.193	0.50305	0.589	0.34819	0.457	0.52454	0.606	0.92668	0.946
del_2q37.1	207 (51%)	201	9.9999e-06	9.73e-05	0.00029	0.00189	0.04341	0.0981	0.60235	0.676	0.02552	0.0658	0.065879	0.135	0.23561	0.344	0.072549	0.145	0.28897	0.397	0.33548	0.444
del_3p14.2	117 (29%)	291	8.9999e-05	0.000692	0.02785	0.0708	0.00015	0.00109	0.01039	0.033	9.9999e-06	9.73e-05	4e-05	0.000348	0.00093999	0.0049	0.21699	0.33	0.00028	0.00186	2e-04	0.00142
del_4q22.1	161 (39%)	247	9.9999e-06	9.73e-05	0.099589	0.18	0.00112	0.0056	0.01048	0.0331	0.01786	0.0501	0.00122	0.00606	0.01335	0.0399	0.8195	0.867	0.077049	0.15	0.02836	0.0714
del_4q34.2	177 (43%)	231	9.9999e-06	9.73e-05	0.058189	0.124	0.066769	0.136	0.076019	0.15	0.14324	0.244	0.04097	0.094	0.16909	0.274	0.62981	0.7	0.4995	0.588	0.11986	0.208
del_5q12.1	202 (50%)	206	9.9999e-06	9.73e-05	0.00141	0.00677	0.074689	0.148	0.26904	0.38	0.48844	0.581	0.00456	0.0176	0.00182	0.00815	0.01209	0.0368	0.15734	0.259	0.053289	0.116
del_6p25.3	106 (26%)	302	9.9999e-06	9.73e-05	0.00037	0.00225	0.03913	0.0907	0.89811	0.922	0.050689	0.111	0.01476	0.0429	0.47498	0.573	0.40542	0.509	0.35781	0.466	0.84463	0.885
del_6q21	190 (47%)	218	9.9999e-06	9.73e-05	0.23826	0.347	0.14459	0.246	0.46475	0.564	0.88616	0.915	0.23547	0.344	0.00299	0.0124	0.01468	0.0429	0.2558	0.365	0.0062499	0.0226
del_6q27	190 (47%)	218	9.9999e-06	9.73e-05	0.054099	0.116	0.21278	0.324	0.081589	0.158	0.73528	0.792	0.0107	0.0336	0.01374	0.0409	0.01078	0.0336	0.25371	0.363	0.00281	0.0119
del_7q36.3	60 (15%)	348	0.00050999	0.00303	0.52138	0.603	0.11945	0.208	0.097569	0.178	0.03251	0.0783	0.48194	0.577	0.5373	0.619	0.053929	0.116	0.02084	0.0566	0.02966	0.0738
del_8p23.3	243 (60%)	165	9.9999e-06	9.73e-05	9.9999e-06	9.73e-05	0.12265	0.212	0.0084099	0.0285	5.9999e-05	0.000487	0.00013	0.000968	0.21277	0.324	0.0097899	0.0318	0.15547	0.258	0.195	0.306
del_8p21.3	252 (62%)	156	9.9999e-06	9.73e-05	9.9999e-06	9.73e-05	0.11783	0.206	0.03362	0.0804	0.00090999	0.00478	0.0086499	0.0291	0.069389	0.14	0.00448	0.0175	0.04968	0.11	0.04188	0.0955
del_9p23	177 (43%)	231	9.9999e-06	9.73e-05	0.00097999	0.005	0.02164	0.0582	0.00463	0.0177	0.00046	0.00275	0.00024	0.00167	0.00272	0.0115	0.090519	0.169	3e-05	0.000264	0.00286	0.012
del_9p21.3	239 (59%)	169	9.9999e-06	9.73e-05	0.19391	0.305	0.053929	0.116	0.0059099	0.0215	0.00037	0.00225	0.02233	0.0595	0.23836	0.347	0.091349	0.17	0.00414	0.0164	0.0119	0.0365
del_9q22.33	178 (44%)	230	2e-05	0.000182	2e-05	0.000182	0.00036	0.00223	9.9999e-06	9.73e-05	9.9999e-06	9.73e-05	9.9999e-06	9.73e-05	9.9999e-06	9.73e-05	0.32912	0.438	9.9999e-06	9.73e-05	9.9999e-06	9.73e-05
del_10p11.21	74 (18%)	334	0.01199	0.0366	0.91559	0.937	0.15188	0.256	0.51193	0.595	0.03076	0.0751	0.068499	0.139	0.49871	0.588	0.50163	0.589	0.21757	0.33	0.084679	0.162
del_10q23.31	168 (41%)	240	9.9999e-06	9.73e-05	0.02748	0.0701	0.13243	0.228	0.074369	0.148	0.17881	0.284	0.5671	0.643	0.80634	0.856	0.49232	0.583	0.24397	0.353	0.72714	0.785
del_11p15.5	211 (52%)	197	9.9999e-06	9.73e-05	0.00066999	0.00382	0.60859	0.682	0.00023	0.00161	0.00293	0.0122	9.9999e-06	9.73e-05	0.00018	0.0013	0.01817	0.0506	0.00080999	0.00438	0.00188	0.00837
del_11q23.3	153 (38%)	255	9.9999e-06	9.73e-05	0.29702	0.407	0.39035	0.495	0.70968	0.774	0.51651	0.599	0.20027	0.312	0.39877	0.502	0.086199	0.163	0.41175	0.515	0.22832	0.339
del_11q25	144 (35%)	264	9.9999e-06	9.73e-05	0.2432	0.352	0.48179	0.577	0.4242	0.528	0.54508	0.624	0.24597	0.355	0.50127	0.589	0.078909	0.153	0.29899	0.408	0.3072	0.418
del_12p13.1	68 (17%)	340	0.01537	0.0445	0.0051399	0.0192	0.8376	0.879	0.2214	0.333	9.9999e-06	9.73e-05	5e-05	0.00042	0.0099399	0.0321	0.48505	0.579	0.01185	0.0365	0.20779	0.32
del_12q24.33	88 (22%)	320	9.9999e-06	9.73e-05	0.49518	0.585	0.29938	0.408	0.33406	0.443	0.02177	0.0582	0.38538	0.493	0.78812	0.841	0.51713	0.599	0.94031	0.952	0.96425	0.971
del_13q14.2	156 (38%)	252	9.9999e-06	9.73e-05	0.27855	0.389	3e-05	0.000264	0.01635	0.0466	0.01613	0.0462	0.0097699	0.0318	0.00104	0.00527	0.35443	0.464	0.0072099	0.0257	0.00215	0.0094
del_14q24.1	137 (34%)	271	9.9999e-06	9.73e-05	9.9999e-06	9.73e-05	0.94662	0.956	0.081419	0.158	0.00145	0.00692	9.9999e-06	9.73e-05	0.00369	0.015	0.00416	0.0164	0.00161	0.00748	0.00029	0.00189
del_15q13.1	160 (39%)	248	9.9999e-06	9.73e-05	0.00226	0.00982	0.093379	0.172	0.54146	0.621	0.0089899	0.0299	0.3572	0.466	0.03967	0.0916	0.01037	0.033	0.01904	0.0524	0.058389	0.124
del_16p13.3	174 (43%)	234	9.9999e-06	9.73e-05	0.01865	0.0518	0.0057499	0.0211	0.44145	0.543	0.0079399	0.0275	0.26242	0.373	0.94572	0.956	0.9772	0.98	0.41118	0.515	0.51174	0.595
del_16q23.1	119 (29%)	289	9.9999e-06	9.73e-05	0.079039	0.153	0.077019	0.15	0.10096	0.182	0.0073499	0.026	0.065429	0.134	0.0053399	0.0197	0.20113	0.312	0.064499	0.133	0.061579	0.128
del_17p12	208 (51%)	200	9.9999e-06	9.73e-05	0.00055999	0.00322	0.3299	0.439	0.38963	0.495	0.22428	0.334	0.01604	0.0461	0.75926	0.815	0.80569	0.856	0.23412	0.344	0.71534	0.777
del_18q23	179 (44%)	229	9.9999e-06	9.73e-05	0.45989	0.559	0.82883	0.873	0.79249	0.845	0.92918	0.947	0.15289	0.257	0.00027	0.00182	9.9999e-06	9.73e-05	0.00307	0.0127	0.00439	0.0172
del_19p13.3	145 (36%)	263	9.9999e-06	9.73e-05	0.48801	0.581	0.26506	0.375	0.1554	0.258	0.02026	0.0552	0.00088999	0.00474	0.03853	0.0896	0.10997	0.194	0.35168	0.461	0.10202	0.183
del_22q13.32	188 (46%)	220	9.9999e-06	9.73e-05	0.00199	0.0088	0.02975	0.0738	0.00109	0.00549	0.00075999	0.0042	0.00126	0.00613	0.04272	0.0968	0.58941	0.664	0.0018	0.00811	0.01656	0.047
del_xp11.3	91 (22%)	317	0.43695	0.538	0.076329	0.15	0.93266	0.949	0.84962	0.887	0.32078	0.431	0.57189	0.647	0.69282	0.759	0.14776	0.251	0.44861	0.548	0.31797	0.429
del_xq21.33	84 (21%)	324	0.23387	0.344	0.04159	0.0952	0.32795	0.438	0.2517	0.362	0.01176	0.0364	0.096649	0.177	0.15556	0.258	0.04946	0.109	0.050769	0.111	0.1811	0.287
