		Clinical Features	MRNA_CNMF		MRNA_CHIERARCHICAL		CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1q22	42 (8%)	471	NA	NA	NA	NA	0.00026	0.000831	0.10416	0.153	0.084079	0.129	0.70782	0.778	0.00257	0.00624	0.057379	0.0929	0.36389	0.441	0.089909	0.135	0.00248	0.0061	0.75024	0.821
amp_1q32.1	43 (8%)	470	NA	NA	NA	NA	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.2921	0.367	0.44538	0.527	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.13615	0.193	2e-05	8.4e-05	0.00328	0.00765	3e-05	0.000119
amp_2p24.3	24 (5%)	489	0.61782	0.695	0.58414	0.664	0.00279	0.00669	0.25163	0.323	0.089079	0.134	0.088839	0.134	0.03123	0.0553	0.00253	0.00617	0.74282	0.815	0.03536	0.0613	0.00041	0.00126	0.03136	0.0554
amp_3q26.33	21 (4%)	492	1	1	0.58133	0.664	9.9999e-06	4.49e-05	0.0089499	0.0186	0.0238	0.0433	0.28681	0.361	0.00066999	0.00189	0.00124	0.00325	0.00049	0.00146	0.01888	0.0358	0.00101	0.00271	0.00369	0.00843
amp_4q12	30 (6%)	483	1	1	0.04198	0.0718	7.9999e-05	0.000282	9.9999e-06	4.49e-05	0.00015	0.000504	0.33574	0.415	5e-05	0.000187	9.9999e-06	4.49e-05	0.00303	0.00721	0.00012	0.000418	0.00251	0.00615	0.00065999	0.00188
amp_7p11.2	127 (25%)	386	0.86366	0.932	0.78168	0.851	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.0015	0.00387	0.00326	0.00764	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.00015	0.000504	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05
amp_7q31.2	173 (34%)	340	1	1	0.9376	0.999	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.10219	0.151	0.15444	0.212	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.01082	0.0219	9.9999e-06	4.49e-05	0.00065999	0.00188	9.9999e-06	4.49e-05
amp_7q32.3	181 (35%)	332	1	1	1	1	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.14707	0.204	0.1379	0.194	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.03354	0.0587	9.9999e-06	4.49e-05	0.00091999	0.0025	9.9999e-06	4.49e-05
amp_8q24.13	99 (19%)	414	0.36928	0.446	0.23638	0.307	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.25005	0.322	0.32767	0.408	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.0083499	0.0175	0.00043	0.0013	0.01474	0.0288	9.9999e-06	4.49e-05
amp_9q34.3	46 (9%)	467	0.50572	0.588	0.88172	0.947	0.02156	0.0397	0.01055	0.0215	0.01818	0.0346	1	1	0.11147	0.162	0.00019	0.000614	0.20841	0.274	0.086209	0.131	0.92558	0.988	0.15649	0.214
amp_10p15.3	71 (14%)	442	0.52515	0.608	0.084749	0.129	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.0082399	0.0174	0.00135	0.00353	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.00033	0.00104	0.075989	0.118	0.00237	0.00588	9.9999e-06	4.49e-05
amp_11q24.1	87 (17%)	426	0.071069	0.111	0.12229	0.176	0.22197	0.291	0.0088299	0.0184	0.24326	0.315	0.04733	0.0784	0.052579	0.0856	0.15698	0.214	0.68077	0.757	0.11348	0.164	0.49901	0.582	0.0085799	0.018
amp_12p13.32	72 (14%)	441	0.86342	0.932	0.096659	0.144	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.00499	0.011	0.14293	0.2	0.00012	0.000418	9.9999e-06	4.49e-05	0.01106	0.0223	0.0070899	0.0151	0.00144	0.00373	9.9999e-06	4.49e-05
amp_12q14.1	37 (7%)	476	NA	NA	NA	NA	9.9999e-06	4.49e-05	2e-05	8.4e-05	0.01454	0.0285	0.3462	0.424	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.00366	0.00841	9.9999e-06	4.49e-05	2e-05	8.4e-05	5.9999e-05	0.000222
amp_13q34	22 (4%)	491	NA	NA	NA	NA	0.00314	0.00741	0.00378	0.00855	0.13621	0.193	0.76931	0.841	0.050489	0.0827	0.02161	0.0397	0.10891	0.16	0.69133	0.766	0.28057	0.356	0.10972	0.16
amp_15q26.3	19 (4%)	494	1	1	0.04224	0.0718	0.00074999	0.00209	0.00024	0.000771	0.16523	0.222	0.19495	0.258	0.03586	0.0617	0.061799	0.0981	0.48002	0.562	0.28372	0.358	0.084559	0.129	0.03586	0.0617
amp_17q25.1	44 (9%)	469	NA	NA	NA	NA	0.03932	0.0674	0.58027	0.664	0.061919	0.0981	0.04861	0.0801	0.03362	0.0587	0.051769	0.0846	0.16535	0.222	0.56545	0.651	0.081039	0.125	0.3398	0.418
amp_19p13.3	129 (25%)	384	0.073739	0.114	0.14914	0.207	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.24895	0.322	0.00494	0.0109	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.00053999	0.00159	0.15423	0.212	2e-05	8.4e-05	9.9999e-06	4.49e-05
amp_xp11.22	48 (9%)	465	0.65112	0.729	1	1	2e-05	8.4e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.4496	0.531	0.16563	0.222	0.0028	0.00669	3e-05	0.000119	0.060429	0.0966	0.60004	0.681	0.01492	0.0289	0.00195	0.0049
amp_xp11.22	63 (12%)	450	0.65531	0.731	1	1	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.14501	0.202	0.10378	0.153	5e-05	0.000187	9.9999e-06	4.49e-05	0.00064999	0.00187	0.35175	0.43	0.00013	0.000447	0.00027	0.000858
del_1p36.32	206 (40%)	307	0.00061999	0.0018	0.00019	0.000614	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.00066999	0.00189	0.00045	0.00135	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05
del_1p32.3	196 (38%)	317	0.02828	0.0509	0.00019	0.000614	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.00164	0.00417	0.00060999	0.00178	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05
del_1q43	36 (7%)	477	NA	NA	NA	NA	0.01977	0.037	0.00206	0.00515	0.15883	0.216	0.19227	0.255	0.01519	0.0291	0.01582	0.0302	0.12556	0.179	0.18961	0.252	0.0195	0.0367	0.0485	0.0801
del_2q37.3	77 (15%)	436	0.3672	0.444	0.01345	0.0265	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.00109	0.00289	0.01486	0.0288	0.00019	0.000614	9.9999e-06	4.49e-05	0.02636	0.0477	0.14085	0.197	0.01507	0.029	9.9999e-06	4.49e-05
del_3p21.31	49 (10%)	464	1	1	0.0066299	0.0142	0.00092999	0.00251	0.00353	0.00814	6.9999e-05	0.000251	0.04368	0.0734	0.058469	0.0945	0.00092999	0.00251	0.00161	0.00412	0.00242	0.00598	0.3934	0.472	0.0097499	0.0199
del_3q13.31	39 (8%)	474	0.17543	0.234	0.88213	0.947	0.00185	0.00467	0.0093199	0.0192	0.0096699	0.0198	0.01919	0.0363	0.25058	0.322	0.01327	0.0263	0.15535	0.213	0.00044	0.00133	0.19399	0.257	0.12359	0.177
del_3q29	47 (9%)	466	0.17369	0.233	0.88275	0.947	0.00035	0.00109	2e-05	8.4e-05	0.4388	0.522	0.60395	0.684	0.0093399	0.0192	5.9999e-05	0.000222	0.13803	0.194	0.00439	0.00981	0.13461	0.191	0.068389	0.108
del_4q34.3	137 (27%)	376	1	1	0.35567	0.434	0.098649	0.146	9.9999e-06	4.49e-05	0.04211	0.0718	0.37606	0.453	0.070469	0.11	7.9999e-05	0.000282	0.02792	0.0504	0.04555	0.0761	0.68487	0.76	4e-05	0.000154
del_5p15.33	50 (10%)	463	1	1	0.066529	0.105	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.77697	0.848	0.65358	0.731	0.00086999	0.00239	5e-05	0.000187	0.00451	0.01	0.20589	0.271	0.00373	0.00847	3e-05	0.000119
del_5q34	64 (12%)	449	0.44465	0.527	0.23631	0.307	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.059509	0.0953	0.077309	0.119	6.9999e-05	0.000251	9.9999e-06	4.49e-05	5e-05	0.000187	0.13382	0.191	0.0081699	0.0173	9.9999e-06	4.49e-05
del_6p25.3	50 (10%)	463	NA	NA	NA	NA	4e-05	0.000154	0.013	0.0258	0.26616	0.338	0.32928	0.408	0.16237	0.219	0.070689	0.11	0.45829	0.539	0.25307	0.323	0.28295	0.358	0.086569	0.131
del_6q22.31	78 (15%)	435	0.6171	0.695	0.58317	0.664	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.061189	0.0975	0.01484	0.0288	0.0037	0.00843	0.00115	0.00303	0.00071999	0.00203	0.1228	0.176	0.00276	0.00665	0.00325	0.00764
del_6q26	82 (16%)	431	0.04707	0.0782	0.57991	0.664	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.11052	0.161	0.0091399	0.0189	0.00041	0.00126	0.00014	0.000476	3e-05	0.000119	0.16053	0.217	0.00333	0.00771	0.00031	0.00098
del_7p22.3	23 (4%)	490	NA	NA	NA	NA	0.01971	0.037	0.069149	0.108	0.31295	0.392	0.15841	0.216	0.53515	0.617	0.70695	0.778	0.52122	0.604	0.097699	0.145	0.52936	0.612	0.39606	0.474
del_8q24.3	29 (6%)	484	NA	NA	NA	NA	9.9999e-06	4.49e-05	0.00014	0.000476	0.33865	0.417	0.11949	0.172	0.0058999	0.0129	0.0063699	0.0138	0.04333	0.073	0.00333	0.00771	0.03341	0.0586	0.02897	0.0519
del_9p23	150 (29%)	363	0.44469	0.527	0.65785	0.733	9.9999e-06	4.49e-05	4e-05	0.000154	0.0059699	0.013	4e-05	0.000154	0.02069	0.0386	0.00016	0.000532	0.92426	0.988	0.1132	0.164	0.34512	0.424	0.03218	0.0567
del_9p21.3	176 (34%)	337	0.33429	0.414	0.064519	0.102	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	2e-05	8.4e-05	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.35872	0.437	9.9999e-06	4.49e-05	0.00083999	0.00232	9.9999e-06	4.49e-05
del_10q26.3	151 (29%)	362	0.082119	0.126	0.70659	0.778	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.00156	0.00401	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05
del_11p15.5	104 (20%)	409	0.64566	0.725	0.00043	0.0013	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.056159	0.0912	0.89777	0.962	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	2e-05	8.4e-05	0.00476	0.0106	0.0067499	0.0144	9.9999e-06	4.49e-05
del_11p15.1	72 (14%)	441	1	1	0.03014	0.0535	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.00143	0.00372	0.6133	0.694	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	3e-05	0.000119	6.9999e-05	0.000251	0.00080999	0.00225	9.9999e-06	4.49e-05
del_12p13.1	38 (7%)	475	NA	NA	NA	NA	0.01092	0.0221	3e-05	0.000119	0.23057	0.301	0.5807	0.664	0.00221	0.00551	0.0069299	0.0148	0.02214	0.0404	0.04488	0.0752	0.094679	0.142	0.096749	0.144
del_12q12	72 (14%)	441	1	1	0.15124	0.209	2e-05	8.4e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.42777	0.51	0.98262	1	0.00312	0.0074	9.9999e-06	4.49e-05	0.0056699	0.0124	0.49594	0.58	0.39972	0.478	0.00036	0.00112
del_13q14.2	144 (28%)	369	0.18219	0.243	6.9999e-05	0.000251	9.9999e-06	4.49e-05	0.00019	0.000614	0.02945	0.0526	0.78505	0.853	0.00013	0.000447	9.9999e-06	4.49e-05	0.03577	0.0617	0.00393	0.00885	0.21559	0.283	0.01127	0.0226
del_13q34	110 (21%)	403	0.50623	0.588	0.15187	0.21	9.9999e-06	4.49e-05	0.02602	0.0472	0.02161	0.0397	0.38301	0.461	0.01366	0.0269	0.00105	0.00281	0.04672	0.0778	0.00276	0.00665	0.70364	0.778	0.02985	0.0532
del_14q24.3	122 (24%)	391	0.30343	0.38	0.096609	0.144	9.9999e-06	4.49e-05	0.059039	0.0951	0.00072999	0.00204	0.02185	0.04	0.00051999	0.00154	0.00057999	0.0017	4e-04	0.00124	0.00416	0.00934	0.0061999	0.0135	0.00174	0.00441
del_18q23	78 (15%)	435	0.32297	0.403	0.32804	0.408	0.11547	0.167	0.059259	0.0952	0.98183	1	0.26464	0.337	0.4584	0.539	0.22725	0.297	0.13796	0.194	0.61655	0.695	0.46069	0.541	0.79229	0.86
del_19q13.42	278 (54%)	235	0.03466	0.0603	0.021	0.039	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.0063999	0.0138	0.02102	0.039	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05
del_22q13.31	77 (15%)	436	0.25277	0.323	0.04254	0.0721	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.00088999	0.00243	0.04293	0.0725	9.9999e-06	4.49e-05	9.9999e-06	4.49e-05	0.05	0.0821	9.9999e-06	4.49e-05	4e-05	0.000154	6.9999e-05	0.000251
del_xq21.1	78 (15%)	435	0.83861	0.908	0.26487	0.337	0.01171	0.0234	3e-05	0.000119	0.00108	0.00287	0.01505	0.029	0.0121	0.0241	3e-05	0.000119	0.00049	0.00146	0.36042	0.438	0.00016	0.000532	7.9999e-05	0.000282
