		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1q21.3	271 (73%)	99	9.9999e-06	7.39e-05	8.9999e-05	0.000453	3e-05	0.000201	0.00398	0.0111	0.13637	0.186	0.02992	0.0557	0.1059	0.152	0.38484	0.448
amp_1q42.2	268 (72%)	102	9.9999e-06	7.39e-05	0.0021	0.00653	9.9999e-06	7.39e-05	6.9999e-05	0.00038	0.24898	0.306	0.0085199	0.0202	0.057549	0.0942	0.40591	0.466
amp_2p24.1	65 (18%)	305	0.03545	0.0638	1	1	0.11175	0.159	0.00399	0.0111	0.01726	0.0351	0.04231	0.073	0.068719	0.108	0.173	0.227
amp_2q33.1	64 (17%)	306	0.02769	0.0522	0.93805	0.946	0.051519	0.0858	0.01144	0.0253	0.00157	0.00521	0.12112	0.171	0.0059599	0.0153	0.19216	0.246
amp_3q26.31	77 (21%)	293	9.9999e-06	7.39e-05	0.099509	0.145	0.02065	0.0409	0.02034	0.0405	0.070279	0.11	0.00491	0.013	0.25488	0.31	0.04818	0.0814
amp_4p14	54 (15%)	316	0.063599	0.102	0.01878	0.0376	4e-05	0.000257	0.00122	0.00431	0.03309	0.0603	0.055479	0.0912	0.0076399	0.0186	0.01231	0.0268
amp_5p15.33	163 (44%)	207	9.9999e-06	7.39e-05	0.03306	0.0603	0.19905	0.253	0.60726	0.648	0.14067	0.191	0.01741	0.0353	0.14291	0.193	0.12654	0.177
amp_5q35.3	135 (36%)	235	9.9999e-06	7.39e-05	0.0403	0.0713	0.72958	0.754	0.95748	0.963	0.43629	0.491	0.99913	1	0.68825	0.725	0.61963	0.659
amp_6p25.2	159 (43%)	211	9.9999e-06	7.39e-05	0.00017	0.000805	0.04336	0.0745	0.02452	0.0471	0.01499	0.0314	0.063409	0.102	0.70941	0.741	0.42593	0.482
amp_6p21.1	158 (43%)	212	9.9999e-06	7.39e-05	0.00109	0.00397	0.01412	0.03	0.065539	0.104	0.053959	0.0896	0.062349	0.101	0.17448	0.228	0.52947	0.581
amp_6q12	109 (29%)	261	9.9999e-06	7.39e-05	0.04175	0.0725	0.03183	0.0588	0.10797	0.154	0.04102	0.0717	0.6182	0.659	0.23531	0.292	0.15859	0.211
amp_6q12	83 (22%)	287	2e-05	0.000137	0.0072499	0.018	0.0081299	0.0195	0.0096699	0.0224	0.31927	0.378	0.54943	0.595	0.083629	0.125	0.087189	0.13
amp_7q31.2	120 (32%)	250	0.22543	0.285	0.00454	0.0124	0.63654	0.674	0.89654	0.911	0.17143	0.225	0.43245	0.489	0.72164	0.748	0.60422	0.647
amp_8q24.21	231 (62%)	139	9.9999e-06	7.39e-05	0.04737	0.0808	5e-04	0.00207	9.9999e-06	7.39e-05	0.080449	0.122	0.0062499	0.0157	0.3765	0.44	6.9999e-05	0.00038
amp_9q34.2	47 (13%)	323	0.02901	0.0542	0.40352	0.464	0.0258	0.0494	0.092669	0.137	0.24207	0.3	0.01225	0.0268	0.39996	0.461	0.0208	0.0409
amp_10p15.1	72 (19%)	298	0.00415	0.0115	0.90249	0.914	0.03588	0.0644	0.00356	0.0101	0.40822	0.468	0.24289	0.3	0.0079999	0.0193	0.02365	0.0463
amp_11q13.3	57 (15%)	313	0.03997	0.0709	0.49372	0.546	0.00459	0.0125	0.01774	0.0358	0.01283	0.0276	0.00331	0.00956	0.18088	0.234	9.9999e-05	0.000498
amp_13q32.3	67 (18%)	303	9.9999e-06	7.39e-05	0.10106	0.146	0.0093799	0.0219	0.079969	0.121	0.01258	0.0272	0.19845	0.253	0.0061999	0.0157	0.03506	0.0634
amp_13q33.3	67 (18%)	303	9.9999e-06	7.39e-05	0.04645	0.0795	0.00162	0.00534	0.24975	0.306	0.0094899	0.0221	0.18047	0.234	0.0061699	0.0157	0.083979	0.125
amp_15q26.3	54 (15%)	316	0.074109	0.114	0.44545	0.5	0.0243	0.0469	0.03946	0.0703	0.4146	0.473	0.1814	0.234	0.4966	0.548	0.57552	0.619
amp_17p11.2	46 (12%)	324	0.18836	0.242	0.04203	0.0727	0.47223	0.526	0.23054	0.289	0.1445	0.194	0.25167	0.307	0.38722	0.45	0.24363	0.3
amp_17q25.3	145 (39%)	225	9.9999e-06	7.39e-05	0.04776	0.0809	0.01133	0.0251	0.01062	0.0239	0.0074799	0.0183	0.00131	0.00457	0.054759	0.0906	0.01102	0.0246
amp_19p13.12	69 (19%)	301	0.01305	0.0279	0.00118	0.0042	0.00064999	0.00254	0.00054999	0.0022	0.00321	0.00932	0.00223	0.00676	0.00247	0.00739	0.00129	0.00453
amp_19q13.11	91 (25%)	279	0.01637	0.0336	0.092639	0.137	0.00041	0.00171	0.00065999	0.00256	0.03249	0.0598	0.0018	0.00574	9.9999e-06	7.39e-05	0.00027	0.00121
amp_20q13.13	124 (34%)	246	9.9999e-06	7.39e-05	0.57853	0.62	0.0168	0.0343	0.00035	0.0015	0.37706	0.44	0.01078	0.0241	5e-05	0.000298	0.04775	0.0809
amp_20q13.33	128 (35%)	242	9.9999e-06	7.39e-05	0.14874	0.198	0.00482	0.0128	5.9999e-05	0.000337	0.23137	0.289	0.062199	0.101	9.9999e-06	7.39e-05	0.1297	0.18
amp_xq28	87 (24%)	283	0.00178	0.00571	0.050279	0.0846	0.02754	0.0521	0.0099699	0.0225	0.00011	0.000537	0.00335	0.00962	0.01577	0.0326	0.00034	0.00147
del_1p36.31	162 (44%)	208	9.9999e-06	7.39e-05	9.9999e-06	7.39e-05	9.9999e-06	7.39e-05	9.9999e-06	7.39e-05	0.00149	0.00505	0.00113	0.00408	0.00398	0.0111	0.00469	0.0127
del_1p36.11	142 (38%)	228	9.9999e-06	7.39e-05	9.9999e-06	7.39e-05	9.9999e-06	7.39e-05	9.9999e-06	7.39e-05	2e-05	0.000137	6.9999e-05	0.00038	0.00053999	0.00218	0.00026	0.00117
del_2q22.1	52 (14%)	318	0.00308	0.009	0.39368	0.455	0.00471	0.0127	0.065859	0.104	0.27499	0.332	0.16695	0.221	0.77668	0.793	0.077789	0.119
del_2q37.3	62 (17%)	308	5e-05	0.000298	0.53469	0.585	9.9999e-06	7.39e-05	0.00090999	0.00339	0.050699	0.0847	0.0099399	0.0225	0.30706	0.365	0.00148	0.00505
del_3p13	73 (20%)	297	0.075089	0.115	0.0088199	0.0208	0.00011	0.000537	9.9999e-06	7.39e-05	5e-05	0.000298	0.03354	0.0608	0.0099299	0.0225	0.00163	0.00534
del_4p16.3	85 (23%)	285	9.9999e-06	7.39e-05	0.14799	0.198	0.10451	0.15	0.10086	0.146	0.098219	0.144	0.02697	0.0513	0.057789	0.0943	0.0055699	0.0145
del_4q21.3	171 (46%)	199	9.9999e-06	7.39e-05	0.00094999	0.00351	9.9999e-06	7.39e-05	0.00021	0.000976	0.00133	0.0046	0.00154	0.00515	5.9999e-05	0.000337	5.9999e-05	0.000337
del_4q24	173 (47%)	197	9.9999e-06	7.39e-05	0.00080999	0.00309	9.9999e-06	7.39e-05	5e-05	0.000298	0.00183	0.0058	0.00021	0.000976	2e-05	0.000137	4e-05	0.000257
del_4q35.1	172 (46%)	198	9.9999e-06	7.39e-05	0.00036	0.00153	9.9999e-06	7.39e-05	0.00071999	0.00277	0.00188	0.00592	0.0059699	0.0153	8.9999e-05	0.000453	0.00148	0.00505
del_6q27	136 (37%)	234	0.00152	0.00512	0.0053999	0.0141	0.47088	0.526	0.48048	0.534	0.02891	0.0542	0.03914	0.07	0.55897	0.603	0.30949	0.367
del_7q36.3	34 (9%)	336	0.23144	0.289	0.04081	0.0716	0.04143	0.0722	0.13135	0.181	0.90065	0.914	0.070649	0.11	0.00032	0.00139	0.0077199	0.0187
del_8p23.2	247 (67%)	123	9.9999e-06	7.39e-05	0.12709	0.178	0.097389	0.143	0.65177	0.688	0.69646	0.731	0.16964	0.224	0.1705	0.225	0.069059	0.108
del_8p12	242 (65%)	128	9.9999e-06	7.39e-05	0.12787	0.178	0.072499	0.112	0.5623	0.606	0.34001	0.4	0.099969	0.145	0.12939	0.18	0.088429	0.131
del_9p21.3	150 (41%)	220	9.9999e-06	7.39e-05	0.02421	0.0469	9.9999e-06	7.39e-05	0.00175	0.00566	4e-05	0.000257	0.00215	0.0066	0.02077	0.0409	0.00478	0.0127
del_9q31.3	119 (32%)	251	9.9999e-06	7.39e-05	0.0089699	0.021	0.00115	0.00413	0.00032	0.00139	0.02703	0.0513	0.0069599	0.0173	0.25109	0.307	0.00022	0.00101
del_10q23.31	97 (26%)	273	9.9999e-06	7.39e-05	0.01499	0.0314	9.9999e-06	7.39e-05	9.9999e-06	7.39e-05	9.9999e-06	7.39e-05	9.9999e-06	7.39e-05	0.01559	0.0324	9.9999e-06	7.39e-05
del_10q26.13	105 (28%)	265	9.9999e-06	7.39e-05	0.02422	0.0469	9.9999e-06	7.39e-05	9.9999e-06	7.39e-05	3e-05	0.000201	9.9999e-06	7.39e-05	0.072819	0.112	9.9999e-06	7.39e-05
del_11q14.1	77 (21%)	293	0.01606	0.0331	0.3566	0.418	0.12196	0.172	0.14428	0.194	0.13041	0.18	0.26275	0.319	0.0074299	0.0183	0.01529	0.0319
del_11q23.3	93 (25%)	277	0.00053999	0.00218	0.4879	0.541	0.058709	0.0955	0.04064	0.0716	0.076149	0.116	0.13647	0.186	0.01385	0.0295	0.0021	0.00653
del_12p12.1	78 (21%)	292	0.00083999	0.00318	0.45321	0.507	0.00254	0.00756	0.22899	0.289	0.064089	0.103	0.03101	0.0575	0.18115	0.234	0.03261	0.0598
del_12q24.33	59 (16%)	311	0.00345	0.00985	1	1	0.54413	0.593	0.91595	0.925	0.50223	0.552	0.71657	0.746	0.77553	0.793	0.28251	0.34
del_13q14.2	179 (48%)	191	9.9999e-06	7.39e-05	0.1339	0.184	0.00028	0.00124	9.9999e-06	7.39e-05	0.00175	0.00566	0.00063999	0.00252	0.01789	0.0359	7.9999e-05	0.00042
del_14q23.3	131 (35%)	239	9.9999e-06	7.39e-05	0.4994	0.55	0.00214	0.0066	5.9999e-05	0.000337	0.01196	0.0263	0.097629	0.143	0.00416	0.0115	0.050449	0.0846
del_14q32.33	133 (36%)	237	9.9999e-06	7.39e-05	0.1428	0.193	0.00474	0.0127	0.00012	0.00058	0.082999	0.125	0.17451	0.228	0.01251	0.0271	0.015	0.0314
del_15q26.3	79 (21%)	291	0.00051999	0.00213	0.43642	0.491	0.0083399	0.02	0.0097099	0.0224	0.079259	0.12	0.1208	0.171	0.00225	0.00678	0.064879	0.103
del_16q23.1	162 (44%)	208	9.9999e-06	7.39e-05	9.9999e-06	7.39e-05	9.9999e-06	7.39e-05	9.9999e-06	7.39e-05	5e-05	0.000298	9.9999e-06	7.39e-05	9.9999e-06	7.39e-05	5e-05	0.000298
del_17p13.1	226 (61%)	144	9.9999e-06	7.39e-05	0.068219	0.108	2e-05	0.000137	5.9999e-05	0.000337	9.9999e-06	7.39e-05	7.9999e-05	0.00042	0.18742	0.241	9.9999e-06	7.39e-05
del_17p11.2	195 (53%)	175	9.9999e-06	7.39e-05	0.32571	0.384	0.00016	0.000765	0.0083899	0.02	0.00089999	0.00338	0.00024	0.00109	0.23051	0.289	0.00039	0.00164
del_18q21.2	94 (25%)	276	0.02409	0.0469	8.9999e-05	0.000453	0.070929	0.11	2e-05	0.000137	0.82109	0.837	0.53802	0.587	0.41668	0.474	0.29874	0.356
del_19p13.3	87 (24%)	283	9.9999e-06	7.39e-05	0.42449	0.482	0.00498	0.0131	0.0026	0.00769	0.11148	0.159	0.13203	0.181	0.00217	0.00662	0.00098999	0.00363
del_20p12.1	29 (8%)	341	0.23439	0.292	0.548	0.595	0.73446	0.758	0.549	0.595	0.20565	0.261	0.73693	0.759	0.76019	0.781	0.40944	0.468
del_22q12.1	79 (21%)	291	0.0062199	0.0157	0.32319	0.382	0.00288	0.00847	0.10634	0.152	0.63462	0.673	0.19394	0.248	0.71353	0.744	0.77115	0.791
del_22q13.32	83 (22%)	287	0.00055999	0.00222	0.081859	0.123	8.9999e-05	0.000453	0.0099199	0.0225	0.055229	0.0911	0.26389	0.32	0.71837	0.746	0.28452	0.34
del_xq26.2	67 (18%)	303	7.9999e-05	0.00042	0.0069499	0.0173	0.14521	0.195	0.39171	0.454	0.28131	0.339	0.69506	0.731	0.28455	0.34	0.70078	0.734
